Potential REST Targets in Neural Stem Cells and Glioblastoma-Derived Stem Cells

Glioblastoma multiforme (GBM) tumors are the most common malignant primary brain tumors in adults. The current theory is that these tumors are caused by self-renewing glioblastoma-derived stem cells (GSCs). At the current time, the mechanisms that regulate self-renewal and other oncogenic properties of GSCs remain unknown. Recently, we found transcriptional repressor REST maintains self-renewal in neural stem cells (NSCs) and in GSCs. REST also regulates other oncogenic properties, such as apoptosis, invasion and proliferation. However, the mechanisms by which REST regulates these oncogenic properties are unknown. In an attempt to determine these mechanisms, we performed loss and gain-of-function experiments and genome-wide mRNA expression analysis in GSCs, and we were able to identify REST-regulated genes in GSCs. This was accomplished, after screening concordantly regulated genes in NSCs and GSCs, utilizing two RE1 databases, and setting two-fold expression as filters on the resulting genes. These results received further validation by qRT-PCR. Ingenuity Pathway Analysis (IPA) analysis further revealed the top REST target genes in GSCs were downstream targets of REST and/or involved in other cancers in other cell lines. IPA also revealed that many of the differentially-regulated genes identified in this study are involved in oncogenic properties seen in GBM, and which we believe are related to REST expression.

(Table 1) Stratigraphic position, abundance, shape, color, and refractive indices of glass shards of selected samples from DSDP Leg 60 Holes vitric muds

Precisely determined refractive indices of glass shards from 32 ash-rich, volcaniclastic sediments, mostly turbidites interbedded with nonvolcanic sediments in the Mariana Trough, range from 1.480 to 1.585 (corresponding to SiO2 ca. 75 to 49%), with most in the range 1.500 to 1.540 (SiO2 ca. 70-62%) and a second, smaller mode between ca. 1.560 and 1.585 (57 to 49% SiO2). Shards are almost exclusively colorless from 1.480 to ca. 1.530, light brown with minor colorless and green tones between 1.530 and 1.560, and dominantly brown at higher refractive indices. Tubular pumice shards are more common at higher silica percentages and non- to poorly-vesicular cuniform shards at low SiO2 values, but there is no clear correlation between shape and composition of shards. About half of the samples have bimodal shard populations with silica differences ranging up to 20 percent; unimodal layers have a range of up to about 7 percent SiO2. Of 21 samples in which one type of shard dominates, seven have the main mode in the rhyolitic composition (>69% SiO2), eight in the intermediate range (56 to 69% SiO2), and five in mafic composition (SiO2 <53%). These unusually abundant mafic shards occur mainly in site survey piston cores, SP-IA and 4E, and in Holes 454, 456, 458, and 459B. These are the sites closest to the present arc. Hole 453, containing by far the most vitric tuff turbidites, shows a gradual increase in silica content of ash layers upward to the hole from Cores 36 to 19 (about 4.6 to 3.0 Ma). A drastic decrease in ash-rich beds in the younger (Pleistocene) part of this hole was noted by the shipboard party (see site chapter, Site 453) and was interpreted by them as indicating increasing distance from the arc volcanoes as the trough opened. The increase in silica in ashes from the early to the late Pliocene at Site 453 could be interpreted in the same way and might indicate that the trough started to open in early Pliocene time.

Modelos digitales de elevación generados por captura directa e indirecta de datos fuente : evaluación de su calidad

La información básica sobre el relieve de una cuenca hidrográfica, mediante metodologías analítico-descriptivas, permite a quienes evalúan proyectos relacionados con el uso de los recursos naturales, tales como el manejo integrado de cuencas, estudios sobre impacto ambiental, degradación de suelos, deforestación, conservación de los recursos hídricos, entre otros, contar para su análisis con los parámetros físicos necesarios. Estos procesos mencionados tienen un fuerte componente espacial y el empleo de Sistemas de Información Geográfica (SIG) son de suma utilidad, siendo los Modelos Digitales de Elevación (DEM) y sus derivados un componente relevante de esta base de datos. Los productos derivados de estos modelos, como pendiente, orientación o curvatura, resultarán tan precisos como el DEM usado para derivarlos. Por otra parte, es fundamental maximizar la habilidad del modelo para representar las variaciones del terreno; para ello se debe seleccionar una adecuada resolución (grilla) de acuerdo con los datos disponibles para su generación. En este trabajo se evalúa la calidad altimétrica de seis DEMs generados a partir de dos sistemas diferentes de captura de datos fuente y de distintas resoluciones de grilla. Para determinar la exactitud de los DEMs habitualmente se utiliza un grupo de puntos de control considerados como "verdad de campo" que se comparan con los generados por el modelo en la misma posición geográfica. El área seleccionada para realizar el estudio está ubicada en la localidad de Arrecifes, provincia de Buenos Aires (Argentina) y tiene una superficie de aproximadamente 120 ha. Los resultados obtenidos para los dos algoritmos y para los tres tamaños de grilla analizados presentaron los siguientes resultados: el algoritmo DEM from contourn, un RMSE (Root Mean Squared Error) de ± 0,11 m (para grilla de 1 m), ± 0,11 m (para grilla de 5 m) y de ± 0,15 m (para grilla de 10 m). Para el algoritmo DEM from vector/points, un RMSE de ± 0,09 m (para grilla de 1 m), ± 0,11 m (para grilla de 5 m) y de ± 0,11 m (para grilla de 10 m). Los resultados permiten concluir que el DEM generado a partir de puntos acotados del terreno como datos fuente y con el menor tamaño de grilla es el único que satisface los valores enumerados en la bibliografía, tanto nacional como internacional, lo que lo hace apto para proyectos relacionados con recursos naturales a nivel de ecotopo (predial). El resto de los DEMs generados presentan un RMSE que permite asegurar su aptitud para la evaluación de proyectos relacionados con el uso de los recursos naturales a nivel de unidad de paisaje (conjunto de ecotopos).