Divergent evolution and purifying selection of the flaA gene sequences in Aeromonas

BACKGROUND: The bacterial flagellum is the most important organelle of motility in bacteria and plays a key role in many bacterial lifestyles, including virulence. The flagellum also provides a paradigm of how hierarchical gene regulation, intricate protein-protein interactions and controlled protein secretion can result in the assembly of a complex multi-protein structure tightly orchestrated in time and space. As if to stress its importance, plants and animals produce receptors specifically dedicated to the recognition of flagella. Aside from motility, the flagellum also moonlights as an adhesion and has been adapted by humans as a tool for peptide display. Flagellar sequence variation constitutes a marker with widespread potential uses for studies of population genetics and phylogeny of bacterial species. RESULTS: We sequenced the complete flagellin gene (flaA) in 18 different species and subspecies of Aeromonas. Sequences ranged in size from 870 (A. allosaccharophila) to 921 nucleotides (A. popoffii). The multiple alignment displayed 924 sites, 66 of which presented alignment gaps. The phylogenetic tree revealed the existence of two groups of species exhibiting different FlaA flagellins (FlaA1 and FlaA2). Maximum likelihood models of codon substitution were used to analyze flaA sequences. Likelihood ratio tests suggested a low variation in selective pressure among lineages, with an omega ratio of less than 1 indicating the presence of purifying selection in almost all cases. Only one site under potential diversifying selection was identified (isoleucine in position 179). However, 17 amino acid positions were inferred as sites that are likely to be under positive selection using the branch-site model. Ancestral reconstruction revealed that these 17 amino acids were among the amino acid changes detected in the ancestral sequence. CONCLUSION: The models applied to our set of sequences allowed us to determine the possible evolutionary pathway followed by the flaA gene in Aeromonas, suggesting that this gene have probably been evolving independently in the two groups of Aeromonas species since the divergence of a distant common ancestor after one or several episodes of positive selection. REVIEWERS: This article was reviewed by Alexey Kondrashov, John Logsdon and Olivier Tenaillon (nominated by Laurence D Hurst).

Nota sobre la utilización de hidrocarburos saturados como indicadores paleo-ambientales en rocas sedimentarias

Se han utilizado las series de n-alcanos e isoprenides aciclicos para caracterizar los paleoambientes deposicionales de diferentes sedimentos eocenos del borde oriental de la Depresión del Ebro. Nuestros resultados concuerdan con las interpretaciones paleoambientales establecidas en base a criterios paleontológicos y sedimentológicos. Se observa una clara predominancia de los nalcanos con numero par de tomos de carbono en el intervalo C,,-C,, en todas las muestras marinas estudiadas, lo que es evidencia de actividad bacteriana sedimentaria.

Tratamento conservador ocular dos melanomas de coróide com braquiterapia utilizando placas de iodo-125

OBJETIVO: Avaliar, retrospectivamente, o resultado do tratamento conservador do melanoma de coróide, por meio de braquiterapia, usando placas episclerais de iodo-125 (modelo 6711, Amershan). MATERIAIS E MÉTODOS: Foram avaliados 49 pacientes portadores de melanoma de coróide tratados no Hospital do Câncer, São Paulo, SP, de março de 2001 a janeiro de 2003. Os seguintes parâmetros foram analisados e correlacionados ao controle local e sobrevida: sexo, idade, dimensões da lesão, tempo de tratamento e doses no ápice e base das lesões. RESULTADOS: Com diâmetro máximo da base do tumor de 17 mm e altura máxima de 12 mm, observamos que as doses na base do tumor variaram de 213 a 463 Gy (mediana de 347 Gy) e no ápice, de 51 a 250 Gy (mediana de 91 Gy). As taxas de preservação ocular, sobrevida livre de doença e conservação ocular, atuariais em dois anos, foram de 96%, 93,5% e 96,3%, respectivamente. Através de análise univariada, o único fator prognóstico para controle local nesta análise foi a altura do tumor menor que 6 mm (p = 0,0348). CONCLUSÃO: A braquiterapia levou a uma taxa bastante satisfatória de controle local, confirmando que a altura do tumor é um dos fatores prognósticos importantes desse parâmetro.

Comprometimento pulmonar nas leucemias: avaliação por tomografia computadorizada de alta resolução

OBJETIVO: Avaliar o papel da tomografia computadorizada de alta resolução (TCAR) no estudo de pacientes com leucemia e sintomas pulmonares, analisar os principais padrões encontrados e definir sua etiologia. MATERIAIS E MÉTODOS: Foi feito estudo retrospectivo das TCAR de 15 pacientes com diagnóstico confirmado de leucemia, em vigência de sintomas respiratórios. Os exames foram feitos com protocolo de alta resolução espacial, sendo avaliados por dois radiologistas, de forma independente. RESULTADOS: Os principais padrões observados foram: atenuação em vidro fosco (n = 11), consolidação (n = 9), nódulos do espaço aéreo (n = 3), espessamento de septos interlobulares (n = 3), padrão de árvore em brotamento (n = 3) e derrame pleural (n = 3). A infecção pulmonar foi o achado mais comum, observado em 12 pacientes, com a seguinte freqüência: pneumonia bacteriana (n = 6), infecção fúngica (n = 4), tuberculose pulmonar (n = 1) e infecção viral (n = 1). Os outros três pacientes mostraram infiltração leucêmica pleural (n = 1), linfoma (n = 1) e hemorragia pulmonar (n = 1). CONCLUSÃO: Concluiu-se que a TCAR é de grande importância na avaliação de pacientes com leucemia e neutropenia, com o objetivo de sugerir a causa do quadro pulmonar, avaliar a sua extensão e, em alguns casos, orientar procedimentos invasivos.

Método para a correção da distorção de imagens obtidas por videofluoroscopia

OBJETIVO: Operacionalizar um protocolo para a correção de imagens obtidas por videofluoroscopia a partir de um modelo matemático descrito por Baltzopoulos (1995) e avaliar a magnitude do erro pelos métodos de calibração linear e não linear. MATERIAIS E MÉTODOS: As imagens foram obtidas por meio de um videofluoroscópio da marca Axion Siemens Iconos R100 de um indivíduo realizando exercício de extensão de joelho. Para a correção das imagens foi utilizado padrão de calibração não-linear. O processamento dos dados foi realizado em placa de captura da marca Silicon Graphics 320 e posteriormente analisado em um "software" Matlab. RESULTADOS: Para demonstrar a aplicabilidade do método foi avaliada a deformação do ligamento patelar. A utilização do padrão de calibração linear produziu um erro máximo de 0,086 mm, enquanto o padrão de calibração não linear atingiu um valor máximo de 0,019 mm. Já com relação ao erro médio, a calibração linear atingiu o valor de 0,024 mm, e a não linear apresentou um valor de 0,007 mm. CONCLUSÃO: Os resultados evidenciam a necessidade de utilização de um procedimento de calibração não linear.

Alarma per acceleració implementada sobre LPC1769 i controlada des de dispositius Android

Aquest PFC implementa el control d'una alarma activada per acceleració. S'ha realitzat sobre la placa LPC1769 i el sistema FreeRTOS. El projecte permet controlar l'alarma des de dispositius Android, a través d'un servidor intermedi que s'encarrega de la comunicació.

Braquiterapia com rutênio-106 em melanomas uveais - resultados preliminares: experiência uni-institucional

OBJETIVO: Analisar os resultados preliminares da braquiterapia com rutênio-106 em pacientes portadores de melanomas uveais. MATERIAIS E MÉTODOS: No período de abril de 2002 a julho de 2003, 20 pacientes com diagnóstico de melanoma uveal foram tratados com braquiterapia com rutênio-106. A dose calculada no ápice tumoral variou de 55 Gy a 100 Gy. Pacientes com lesões com altura maior que 5 mm foram submetidos a termoterapia transpupilar concomitante à colocação da placa oftálmica. RESULTADOS: Quanto à localização da lesão, esta se encontrava na coróide em 75% dos casos, na íris em 15% e no corpo ciliar em 10% dos pacientes. Com seguimento mediano de 19 meses, a sobrevida livre de progressão para a braquiterapia e para a associação com a termoterapia transpupilar foi de 69% e 87%, respectivamente. Observou-se redução significante da altura tumoral após o tratamento. Nenhum dos pacientes foi submetido a enucleação. CONCLUSÃO: Nossos resultados preliminares mostram que a braquiterapia com rutênio-106 é uma opção adequada para o tratamento conservador de melanomas uveais em termos de controle local, manutenção do globo ocular e visão útil, com índice aceitável de complicações.

Considerações radiodosimétricas da braquiterapia ocular com iodo-125 e rutênio/ródio-106

OBJETIVO: Analisar, por meio de um modelo computacional da região ocular, as características da distribuição da dose utilizando placas contendo iodo-125 e rutênio/ródio-106. MATERIAIS E MÉTODOS: Foi utilizado um modelo computacional de voxels da região ocular incluindo os diversos tecidos, com a placa posicionada sobre a esclera. O código Monte Carlo foi utilizado para simular a irradiação. A distribuição da dose é apresentada por curvas de isodoses. RESULTADOS: As simulações computacionais apresentam a distribuição da dose no interior do bulbo e nas estruturas externas. Os resultados permitem comparar a distribuição espacial das doses geradas por partículas beta e por fótons. As simulações mostram que a aplicação de sementes de iodo-125 implica alta dose no cristalino, enquanto o rutênio/ródio-106 produz alta dose na superfície da esclera. CONCLUSÃO: A dose no cristalino depende da espessura do tumor, da posição e do diâmetro da placa, e do radionuclídeo utilizado. No presente estudo, a fonte de rutênio/ródio-106 é recomendada para tumores de dimensões reduzidas. A irradiação com iodo-125 gera doses maiores no cristalino do que a irradiação com rutênio/ródio-106. O valor máximo de dose no cristalino corresponde a 12,75% do valor máximo de dose com iodo-125 e apenas 0,005% para rutênio/ródio-106.

Differential regulation of horizontally acquired and core genome genes by the bacterial modulator H-NS

Horizontal acquisition of DNA by bacteria dramatically increases genetic diversity and hence successful bacterial colonization of several niches, including the human host. A relevant issue is how this newly acquired DNA interacts and integrates in the regulatory networks of the bacterial cell. The global modulator H-NS targets both core genome and HGT genes and silences gene expression in response to external stimuli such as osmolarity and temperature. Here we provide evidence that H-NS discriminates and differentially modulates core and HGT DNA. As an example of this, plasmid R27-encoded H-NS protein has evolved to selectively silence HGT genes and does not interfere with core genome regulation. In turn, differential regulation of both gene lineages by resident chromosomal H-NS requires a helper protein: the Hha protein. Tight silencing of HGT DNA is accomplished by H-NS-Hha complexes. In contrast, core genes are modulated by H-NS homoligomers. Remarkably, the presence of Hha-like proteins is restricted to the Enterobacteriaceae. In addition, conjugative plasmids encoding H-NS variants have hitherto been isolated only from members of the family. Thus, the H-NS system in enteric bacteria presents unique evolutionary features. The capacity to selectively discriminate between core and HGT DNA may help to maintain horizontally transmitted DNA in silent form and may give these bacteria a competitive advantage in adapting to new environments, including host colonization.

Characterizing RecA-Independent Induction of Shiga toxin2-encoding Phages by EDTA Treatment

The bacteriophage life cycle has an important role in Shiga toxin (Stx) expression. The induction of Shiga toxin-encoding phages (Stx phages) increases toxin production as a result of replication of the phage genome, and phage lysis of the host cell also provides a means of Stx toxin to exit the cell. Previous studies suggested that prophage induction might also occur in the absence of SOS response, independently of RecA.

Draft genome sequence of the Aeromonas diversa type strain

We present here the first genome sequence of the Aeromonas diversa type strain (CECT 4254T). This strain was isolated from the leg wound of a patient in New Orleans (Louisiana, USA) and was originally described as Enteric Group 501 and distinguished from A. schubertii by DNADNA hybridization and phenotypical characterization.

Differential regulation of horizontally acquired and core genome genes by the bacterial modulator H-NS

Horizontal acquisition of DNA by bacteria dramatically increases genetic diversity and hence successful bacterial colonization of several niches, including the human host. A relevant issue is how this newly acquired DNA interacts and integrates in the regulatory networks of the bacterial cell. The global modulator H-NS targets both core genome and HGT genes and silences gene expression in response to external stimuli such as osmolarity and temperature. Here we provide evidence that H-NS discriminates and differentially modulates core and HGT DNA. As an example of this, plasmid R27-encoded H-NS protein has evolved to selectively silence HGT genes and does not interfere with core genome regulation. In turn, differential regulation of both gene lineages by resident chromosomal H-NS requires a helper protein: the Hha protein. Tight silencing of HGT DNA is accomplished by H-NS-Hha complexes. In contrast, core genes are modulated by H-NS homoligomers. Remarkably, the presence of Hha-like proteins is restricted to the Enterobacteriaceae. In addition, conjugative plasmids encoding H-NS variants have hitherto been isolated only from members of the family. Thus, the H-NS system in enteric bacteria presents unique evolutionary features. The capacity to selectively discriminate between core and HGT DNA may help to maintain horizontally transmitted DNA in silent form and may give these bacteria a competitive advantage in adapting to new environments, including host colonization.

Verifique sus conocimientos sobre radiografía de tórax (1)

La presente entrega y la siguiente de esta serie de Nursing sobre las pruebas complementarias se dedican a la radiografía del tórax. Es una de las técnicas de imagen más habituales en todos los niveles asistenciales y, por tanto, está muy presente en la actividad enfermera. Es una exploración complementaría que basa la obtención de la imagen diagnóstica en la radiación ionizante. Se considera la técnica de primera elección para la valoración del tórax, ya que proporciona información general, de manera rápida e incruenta, del sistema cardiorrespiratorio. La lectura y la correcta interpretación de la placa de tórax son de gran importancia debido a la gran información que es capaz de aportar si se realiza e interpreta adecuadamente. En esta entrega se muestran las principales características de la imagen radiológica normal del tórax así como las herramientas necesarias para que la enfermera sea capaz de detectar los principales signos radiológicos al visualizarla, mientras que en la segunda entrega el objetivo será conocer las principales alteraciones de la normalidad y las imágenes radiológicas patológicas más usuales.

Verifique sus conocimientos sobre: radiografía de tórax (2)

Esta entrega de la serie de Nursing sobre las pruebas complementarias completa la dedicada a la radiografía de tórax. El tórax tiene estructuras anatómicas de densidad aérea y de partes blandas. Estas últimas, al ser atravesadas por la radiación X, muestran poca diferenciación de densidades, por lo que su interpretación es compleja, y la mayoría de veces su identificación se basa en signos indirectos. El objetivo de esta entrega es conocer las principales alteraciones de la normalidad y las imágenes radiológicas patológicas más usuales. Para ello es imprescindible conocer la anatomía y su traducción radiológica normal, que se presentó en la entrega anterior dedicada a la radiografía normal de tórax. La identificación de alteraciones y la detección de signos de alarma, junto con la exploración física, la anamnesia y las pruebas anteriores, proporcionan al profesional de enfermería la posibilidad de gestionar los cuidados de manera eficaz y con calidad para el paciente. En el contexto de estos artículos, y teniendo en cuenta que la imagen radiográfica del tórax es una de las más simples y a la vez más difíciles de interpretar, es útil visionar frecuentemente radiografías para mejorar la capacidad de distinguir las diferentes imágenes radiológicas presentes en la placa de tórax. Hay que tener presente que en muchos casos se visualizan diferentes alteraciones de la normalidad correspondientes a diferentes patologías presentes en un mismo paciente. Esto dificulta aún más el visionado de la imagen de tórax, ya de por sí compleja.

Verifique sus conocimientos sobre radiografía de tórax (1)

La presente entrega y la siguiente de esta serie de Nursing sobre las pruebas complementarias se dedican a la radiografía del tórax. Es una de las técnicas de imagen más habituales en todos los niveles asistenciales y, por tanto, está muy presente en la actividad enfermera. Es una exploración complementaría que basa la obtención de la imagen diagnóstica en la radiación ionizante. Se considera la técnica de primera elección para la valoración del tórax, ya que proporciona información general, de manera rápida e incruenta, del sistema cardiorrespiratorio. La lectura y la correcta interpretación de la placa de tórax son de gran importancia debido a la gran información que es capaz de aportar si se realiza e interpreta adecuadamente. En esta entrega se muestran las principales características de la imagen radiológica normal del tórax así como las herramientas necesarias para que la enfermera sea capaz de detectar los principales signos radiológicos al visualizarla, mientras que en la segunda entrega el objetivo será conocer las principales alteraciones de la normalidad y las imágenes radiológicas patológicas más usuales.