The Saccharomyces cerevisiae COQ10 gene encodes a START domain protein required for function of coenzyme Q in respiration

Deletion of the Saccharomyces cerevisiae gene YOL008W, here referred to as COQ10, elicits a respiratory defect as a result of the inability of the mutant to oxidize NADH and succinate. Both activities are restored by exogenous coenzyme Q(2). Respiration is also partially rescued by COQ2, COQ7, or COQ8/ABC1, when these genes are present in high copy. Unlike other coq mutants, all of which lack Q(6), the coq10 mutant has near normal amounts of Q(6) in mitochondria. Coq10p is widely distributed in bacteria and eukaryotes and is homologous to proteins of the aromatic-rich protein family Pfam03654 and to members of the START domain superfamily that have a hydrophobic tunnel implicated in binding lipophilic molecules such as cholesterol and polyketides. Analysis of coenzyme Q in polyhistidine-tagged Coq10p purified from mitochondria indicates the presence 0.032-0.034 mol of Q(6)/mol of protein. We propose that Coq10p is a Q(6)-binding protein and that in the coq10 mutant Q(6) it is not able to act as an electron carrier, possibly because of improper localization.

Structural bioinformatics study of EPSP synthase from Mycobacterium tuberculosis

The shikimate pathway is an attractive target for herbicides and antimicrobial agent development because it is essential in algae, higher plants, bacteria, and fungi, but absent from mammals. Homologues to enzymes in the shikimate pathway have been identified in the genome sequence of Mycobacterium tuberculosis. Among them, the EPSP synthase was proposed to be present by sequence homology. Accordingly, in order to pave the way for structural and functional efforts towards anti-mycobacterial agent development, here we describe the molecular modeling of 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate (EPSP) synthase isolated from M. tuberculosis that should provide a structural framework on which the design of specific inhibitors may be based on. Significant differences in the relative orientation of the domains in the two models result in open and closed conformations. The possible relevance of this structural transition in the ligand biding is discussed. (C) 2003 Elsevier B.V. All rights reserved.

Molecular models for shikimate pathway enzymes of Xylella fastidiosa

The Xylella fastidiosa is a bacterium that is the cause of citrus variegated chlorosis (CVC). The shikimate pathway is of pivotal importance for production of a plethora of aromatic compounds in plants, bacteria, and fungi. Putative structural differences in the enzymes from the shikimate pathway, between the proteins of bacterial origin and those of plants, could be used for the development of a drug for the control of CVC. However, inhibitors for shikimate pathway enzymes should have high specificity for X. fastidiosa enzymes, since they are also present in plants. In order to pave the way for structural and functional efforts towards antimicrobial agent development, here we describe the molecular modeling of seven enzymes of the shikimate pathway of X. fastidiosa. The structural models of shikimate pathway enzymes, complexed with inhibitors, strongly indicate that the previously identified inhibitors may also inhibit the X. fastidiosa enzymes. (C) 2004 Elsevier B.V. All rights reserved.

Protonectin (1-6): A novel chemotactic peptide from the venom of the social wasp Agelaia pallipes pallipes

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Avaliação (em escala laboratorial) da aplicação do processo eletrolítico em efluente de lagoa de estabilização de esgoto urbano

Physico-chemical and microbiological parameters were evaluated before and after applying an electrolytic process to effluents of a stabilization lagoon, in the presence or absence of salt. Chlorine generation and bactericidal properties of the treatments were studied following two experiments. Effluent pH increased with electrolysis time. In the absence of salt, 20 min electrolysis resulted in a COD (Chemical Oxygen Demand) reduction of 44%, along with ca. 99.9% (3 log10 cfu/mL) reduction in total coliforms, heterotrophic bacteria and Escherichia coli. These results indicated that the electrolytic process is a promising complementary technology to improve effluent quality for stabilization lagoons.

Structural studies of shikimate 5-dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis

Tuberculosis (TB) remains the leading cause of mortality due to a single bacterial pathogen, Mycobacterium tuberculosis. The reemergence of TB as a potential public health threat, the high susceptibility of human immunodeficiency virus-infected persons to the disease, the proliferation of multi-drug-resistant strains (MDR-TB) and, more recently, of extensively drug resistant isolates (XDR-TB) have created a need for the development of new antimycobacterial agents. Amongst the several proteins and/or enzymes to be studied as potential targets to develop novel drugs against M. tuberculosis, the enzymes of the shikimate pathway are attractive targets because they are essential in algae, higher plants, bacteria, and fungi, but absent from mammals. The mycobacterial shikimate pathway leads to the biosynthesis of chorismate, which is a precursor of aromatic amino acids, naphthoquinones, menaquinones, and mycobactins. Here we report the structural studies by homology modeling and circular dichroism spectroscopy of the shikimate dehydrogenase from M. tuberculosis (MtSDH), which catalyses the fourth step of the shikimate pathway. Our structural models show that the MtSDH has similar structure to other shikimate dehydrogenase structures previously reported either in presence or absence of NADP, despite the low amino acid sequence identity. The circular dichroism spectra corroborate the secondary structure content observed in the MtSDH models developed. The enzyme was stable up to 50 degrees C presenting a cooperative unfolding profile with the midpoint of the unfolding temperature value of similar to 63-64 degrees C, as observed in the unfolding experiment followed by circular dichroism. Our MtSDH structural models and circular dichroism data showed small conformational changes induced by NADP binding. We hope that the data presented here will assist the rational design of antitubercular agents.

Avaliação de desinfetantes de superfície utilizados em Odontologia

Desinfecção de superfície é um procedimento realizado nas áreas externas do equipamento odontológico e demais itens do consultório. O objetivo deste trabalho foi analisar a ação de quatro desinfetantes utilizados em Odontologia: álcool etílico a 77°GL, composto fenólico (Duplofen), iodóforo (PVP-I) e solução de álcool etílico a 77°GL com 5% de clorexidina para desinfecção de superfície. Foram analisados quatro pontos em cada equipamento (carter, pia de lavagem de mãos, encosto de cabeça da cadeira e superfície frontal externa do refletor), utilizando-se a técnica de spray-wipe-spray. de cada ponto, foram coletadas amostras utilizando-se placas de superfície contendo ágar Mitis Salivarius bacitracina sacarose, ágar Sabouraud Dextrose com cloranfenicol, ágar MacConkey e ágar-sangue para contagem de estreptococos do grupo mutans, leveduras do gênero Candida, bactérias gram-negativas e contagem total de microrganismos, respectivamente (ufc/placa). Os resultados foram analisados estatisticamente utilizando-se teste t de Student para comparação entre as médias de ufc/placa. O desinfetante que demonstrou ser mais efetivo na redução microbiana foi a solução alcoólica de clorexidina, principalmente para bactérias gram-positivas. O iodo e o composto fenólico mostraram ser bastante eficazes na redução microbiana. O álcool etílico a 77°GL foi o menos eficaz dos quatro desinfetantes analisados, mas apesar de não ser indicado como desinfetante de superfície, mostrou, no presente trabalho, redução microbiana estatisticamente significativa após o processo de desinfecção.

Monitoramento de indicadores geoquímicos e avaliação de biodegradação em área contaminada com óleo diesel

A biorremediação natural da água subterrânea contaminada com óleo diesel em um posto de combustíveis foi avaliada mediante o monitoramento de indicadores geoquímicos e ensaios laboratoriais de biodegradação. Durante um período de dois anos foram realizadas quatro coletas de água subterrânea para a avaliação de diversos parâmetros físico-químicos e a concentração de hidrocarbonetos. As análises microbiológicas consistiram na contagem de bactérias heterotróficas totais, na verificação da presença de bactérias hidrocarbonoclásticas e no teste de biodegradabilidade utilizando o indicador redox DCPIP. Foi possível identificar fatores que corroboram o emprego da técnica de biorremediação natural para o tratamento da água subterrânea, contudo, a presença de hidrocarbonetos retidos no solo representa uma fonte contínua de contaminação, por isso se faz necessário o monitoramento a longo prazo.

Potencial de aplicação do processo foto-fenton/solar como pré-tratamento de efluente da indústria de laticínios

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

MICROBIAL COUNTS of DARK RED LATOSOL SAMPLES STORED AT DIFFERENT TEMPERATURES

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Biodegradation of oil refinery residues using mixed-culture of microorganisms isolated from a landfarming

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

População microbiana total e solubilizadora de fosfato em solo submetido a diferentes sistemas de cultivo

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de diferentes espécies de plantas, fontes de fósforo e calagem sobre a população microbiana total e solubilizadora de fosfato. Foram isolados fungos e bactérias capazes de solubilizar hidroxiapatita, proporcionando P solúvel. O experimento utilizado foi em blocos ao acaso com fatorial 3x3x2. E os fatores avaliados foram espécies de plantas (controle, braquiária e guandu), fertilizantes (controle, superfosfato simples e fosfato de rocha, ambos na dose de 400 kg ha-1 de P(2)0(5) ) e calagem (com e sem calcário). A população bacteriana cresceu pelo efeito da calagem, e a de fungos aumentou, independentemente da calagem, nas parcelas cultivadas com braquiária e fertilizadas com superfosfato. Foi constatado incremento de biomassa-P microbiana sobre o controle por influência da braquiária (23,9%), do superfosfato (30,9%) e da calagem (46,9%). O número de bactérias solubilizadoras foi favorecido pela calagem ou pelo plantio de guandu adubado com fosfato natural ou com braquiária sem adubação. Os fungos solubilizadores aumentaram na ausência de planta ou de adubação e na presença de guandu com fosfato natural. Finalmente, a calagem favoreceumais o crescimento dos fungos solubilizadores, em comparação com o controle, nos tratamentos fosfato natural, braquiária ou guandu.

Microrganismos produtores de hidrolases envolvidos nas transformações dos compostos do carbono e do nitrogênio do solo

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Quantificação de bactérias totais e esporuladas no solo

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Atividade antimicrobiana in vitro da cefpiroma em comparação com outros beta-lactâmicos de amplo espectro contra 804 amostras clínicas de nove hospitais brasileiros

OBJETIVO: Avaliar a atividade in vitro da cefalosporina de quarta geração, cefpiroma em comparação com ceftazidima, ceftriaxona, cefotaxima e imipenem em um estudo multicêntrico envolvendo nove hospitais de seis cidades em quatro estados. MATERIAL E MÉTODOS: Foram estudadas 804 amostras clínicas isoladas em pacientes internados em unidades de terapia intensiva ou unidades de oncohematologia. As amostras foram coletadas no período de junho a novembro de 1995, isto é, antes da cefpiroma estar disponível comercialmente no Brasil, e testadas através do método de microdiluição em placas conforme descrito pelo National Committee for Clinical Laboratory Standards (NCCLS). Todas as amostras resistentes à cefpiroma foram retestadas utilizando-se o E-test. RESULTADOS: Contra as amostras de enterobactérias (n= 344), a cefpiroma apresentou atividade de 2 a 32 vezes superior àquela apresentada pelas cefalosporinas de terceira geração (CTGs) e semelhante àquela apresentada pelo imipenem. As porcentagens de enterobactérias sensíveis foram: 88% para a cefpiroma, 69% para as CTGs e 96% para o imipenem. O espectro de ação da cefpiroma foi maior ou igual ao do imipenem contra as espécies Citrobacter freundii, E. aerogenes, Morganella morganii e Serratia marcescens. Contra Acinetobacter sp. (n=77), a cefpiroma foi ligeiramente mais ativa que a ceftazidima, porém as porcentagens de resistência foram muito altas para esses compostos (84% e 88% respectivamente). As atividades da cefpiroma, ceftazidima e imipenem foram semelhantes contra Pseudomonas aeruginosa (n=128), com MIC50/porcentagem de sensibilidade de 8/59%, 8/62% e 4/62% respectivamente. Contra bactérias aeróbias gram-positivas, a cefpiroma foi de 4 a 16 vezes mais ativa que as CTGs. Contra S. epidermidis e outras espécies de estafilococos coagulase-negativos a cefpiroma foi ligeiramente superior ao imipenem, porém, contra as outras espécies de bactérias gram-positivas avaliadas, o imipenem apresentou atividade um pouco superior. CONCLUSÃO: Os resultados desse estudo sugerem que, no Brasil, a cefpiroma apresenta espectro de ação superior ao das CTGs contra bactérias gram-negativas (Enterobacteriaceae e não-fermentadares) e gram-positivas e semelhante ao do imipenem contra algumas espécies de enterobactérias e contra P. aeruginosa.