Genome sequence of Xanthomonas fuscans subsp. fuscans strain 4834-R reveals that flagellar motility is not a general feature of xanthomonads

Abstract Background Xanthomonads are plant-associated bacteria responsible for diseases on economically important crops. Xanthomonas fuscans subsp. fuscans (Xff) is one of the causal agents of common bacterial blight of bean. In this study, the complete genome sequence of strain Xff 4834-R was determined and compared to other Xanthomonas genome sequences. Results Comparative genomics analyses revealed core characteristics shared between Xff 4834-R and other xanthomonads including chemotaxis elements, two-component systems, TonB-dependent transporters, secretion systems (from T1SS to T6SS) and multiple effectors. For instance a repertoire of 29 Type 3 Effectors (T3Es) with two Transcription Activator-Like Effectors was predicted. Mobile elements were associated with major modifications in the genome structure and gene content in comparison to other Xanthomonas genomes. Notably, a deletion of 33 kbp affects flagellum biosynthesis in Xff 4834-R. The presence of a complete flagellar cluster was assessed in a collection of more than 300 strains representing different species and pathovars of Xanthomonas. Five percent of the tested strains presented a deletion in the flagellar cluster and were non-motile. Moreover, half of the Xff strains isolated from the same epidemic than 4834-R was non-motile and this ratio was conserved in the strains colonizing the next bean seed generations. Conclusions This work describes the first genome of a Xanthomonas strain pathogenic on bean and reports the existence of non-motile xanthomonads belonging to different species and pathovars. Isolation of such Xff variants from a natural epidemic may suggest that flagellar motility is not a key function for in planta fitness.

Effect of larval density and feeding sequence on meagre (Argyrosomus regius Asso, 1801) larval rearing

[EN] Meagre, has been proposed as a candidate for marine finfish diversification on commercial aquaculture (Quémèner, 2002, Mateos, 2007). Despite of the elevated on growing potential, the most important bottleneck of this specie is related to the limited production of fry. Larval rearing of this species, is performed mainly adapting seabream culture techniques with different success (Roo et al., 2007) However, since limited information about the optimal feeding sequences and nutritional requirements of meagre is available, more research is needed on larval rearing protocols and nutrition. Present results (elevated larval growth rate, high survival, short rotifers period) are very promising for a successful implementation at industrial scale, which helps to solve the continues lack of fry of this specie in the Mediterranean and Canary islands.

Embryonic and larval development of haliotis tuberculata coccinea reeve: an indexed micro-photographic sequence

[EN] First description of the complete embryo and larval development of the Canarian abalone (Haliotis tuberculata coccinea Reeve.) was conducted along 39 stages from fertilization to the appearance of the third tubule on the cephalic tentacles and illustrated in a microphotographic sequence. Eggs obtained by induced spawning with hydrogen peroxide from the GIA captive broodstock were stocked at a density of 10 eggs/mL and kept at 23 0.5 BC for 62 h until the formation of the third tubule. Live eggs and larvae were continuously observed on a 24 h basis at a 3400 magnification under transmitted light. At each stages, specific morphological features, illustrated by microscopic photographs, were described, as well as the time required for their apparition. Fertilized eggs diameter was 205 8 mm (mean SD), whereas length and width of larvae ready to undergo metamorphosis were 216.6 5.3 mmand 172 8.8 mm, respectively. Knowledge on the larval morphological development acquired through this study will contribute to the improvement of larval rearing techniques for this abalone species.

Le tavole input-output: le tavole delle risorse ed degli impieghi (SUT)

Modulo 2: lezioni 10-12

Le tavole input-output simmetriche

Modulo 2: lezioni 18-21

Le tavole input-output Il modello delle interdipendenze

Modulo 2: Lezioni 22-24

Esempio ridotto di modello input output (dati 2000)

Modulo 2. Esempio di modello input output di complemento ai lucidi sulle TIO

Regularizing a set of unstructured 3D points from a sequence of stereo images

[EN] In this paper we present a method for the regularization of a set of unstructured 3D points obtained from a sequence of stereo images. This method takes into account the information supplied by the disparity maps computed between pairs of images to constraint the regularization of the set of 3D points. We propose a model based on an energy which is composed of two terms: an attachment term that minimizes the distance from 3D points to the projective lines of camera points, and a second term that allows for the regularization of the set of 3D points by preserving discontinuities presented on the disparity maps. We embed this energy in a 2D finite element method. After minimizing, this method results in a large system of equations that can be optimized for fast computations. We derive an efficient implicit numerical scheme which reduces the number of calculations and memory allocations.

Essays on firm efficiency with imperfectly competitive input markets: an empirical analysis

In the thesis I exploit an empirical analysis on firm'’s productivity. I relate the efficiency at plant level with the input market features and I suggest an estimation technique for production function that takes into account firm'’s liquidity constraints. The main results are three. When I consider services as inputs for manufacturing firm’'s production process, I find that more competition in service sector affects positively plant’s productivity and export decision. Secondly liquidity constraints are important for the calculation of firm'’s productivity because they are a second source of firm's heterogeneity. Third liquidity constraints are important for firm'’s internationalization

Risposta del Meiobenthos all'input di detrito da barriere artificiali

Le aree costiere hanno un ruolo fondamentale nello sviluppo economico, sociale e politico della maggior parte dei paesi; esse supportano infatti diversi ecosistemi produttivi che rendono disponibili beni e servizi. L'importanza economica delle aree costiere è destinata a una considerevole crescita a causa del costante aumento delle popolazioni, delle industrie e delle attività  ricreazionali che si concentrano sempre di più sulle coste e ciò può provocare un'alterazione delle linee di costa, imputabile a più fattori e un deterioramento delle condizioni naturali. E' necessario anche tenere da conto dei processi erosivi, sia imputabili a cause naturali (correnti oceaniche, movimenti di marea; azione del vento) sia a cause antropiche (subsidenza del terreno indotta dall'uomo, dragaggio al largo, riduzione del rifornimento di sedimento dai fiumi, distruzione di letti algali, paludi e dune sabbiose). A questo panorama va poi aggiunto il problema dell'innalzamento del livello del mare e dell'aumento delle frequenze di tempeste, come conseguenza del cambiamento climatico globale. In questo contesto quindi, le strutture rigide di difesa contro l'erosione e le mareggiate sono diventate molto comuni nelle aree costiere, coinvolgendo in alcune regioni più della metà della linea di costa. Il meccanismo di difesa attuato dalle barriere consiste nel provocare una riduzione dell'energia delle onde e conseguentemente in una limitazione della quantità di sedimento che viene da loro rimosso dalla spiaggia. La presenza di strutture rigide di difesa generalmente comporta una perdita di habitat di fondale molle e, a causa delle variazioni idrodinamiche che la loro presenza comporta, anche delle comunità ad esso associate, sia su scala locale, che su scala regionale. Uno dei problemi che tali strutture possono indurre è l'eccessiva deposizione di detrito prodotto dalle specie che si insediano sul substrato duro artificiale, che normalmente non fanno parte delle comunità "naturali" di fondo molle circostanti le strutture. Lo scopo di questo studio è stato quello di cercare di evidenziare gli effetti che la deposizione di tale detrito potesse avere sulle comunita meiobentoniche di fondale molle. A tale fine è stata campionata un'area antistante la località di Lido di Dante (RA), la quale è protetta dal 1996 da una struttura artificiale, per fronteggiare il problema dell'erosione della zona, in aumento negli ultimi decenni. La struttura è costituita da una barriera semisoffolta e tre pennelli, di cui uno completamente collegato alla barriera. A circa 50 m dalla barriera, e alla profondità di 4 m circa, è stato allestito un esperimento manipolativo in cui è stato valutato l'effetto della deposizione delle due specie dominanti colonizzanti la barriera, Ulva sp. e Mitili sp. sull'ambiente bentonico, e in particolare sulla comunità  di meiofauna. Ulva e Mitili sono stati posti in sacche di rete che sono state depositate sul fondo al fine di simulare la deposizione naturale di detrito, e tali sacche hanno costituito i trattamenti dell'esperimento, i quali sono stati confrontati con un Controllo, costituito da sedimento non manipolato, e un Controllo Procedurale, costituito da una sacca vuota. Il campionamento è stato fatto in tre occasioni nel giugno 2009 (dopo 2 giorni, dopo 7 giorni e dopo 21 giorni dall'allestimento dell'esperimento) per seguire la dinamica temporale degli effetti del detrito. Per ogni combinazione tempo/trattamento sono state prelevate 4 repliche, per un totale di 48 campioni. Successivamente sono stati prelevati ulteriori campioni di meiofauna in condizioni naturali. In particolare sono stati raccolti in due Posizioni diverse, all'Interno e all'Esterno del pennello posto più a Sud, e su due substrati differenti, rispettivamente Ulva proveniente dalle barriere e sedimento privo di detrito. Per ogni combinazione Posizione/Substrato sono state prelevate 3 repliche, ottenendo un totale di 12 campioni. Tutti i campioni prelevati sono stati poi trattati in laboratorio tramite la procedura di filtratura, pulizia e centrifuga indicata dal protocollo. A questa fase è seguito il sorting al microscopio, durante il quale la meiofauna è stata identificata ed enumerata a livello di taxa maggiori. Per quanto riguarda il taxon più abbondante, quello dei Nematodi, si è proceduto anche all'analisi della distribuzione della biomassa per classi di taglia, in quanto descrittore funzionale delle comunità. Per la costruzione degli spettri di biomassa per classi di taglia sono state misurate la lunghezza e larghezza dei primi 100 Nematodi presenti nei campioni. A partire da tali valori dimensionali è stata calcolata la biomassa di ogni individuo, usata poi per la costruzione dei size spectra, tramite tre metodiche messe a confronto: "Nematode Biomass Spectra" (NBS), "Normalised Nematode Biomass Spectra"(NNBS), "Mean Cumulative Biomass Spectra" (MC-NBS). Successivamente la composizione e la struttura della comunità meiobentonica, in termini di consistenza numerica e di rapporti reciproci di densità degli organismi che la compongono e variabili dimensionali, sono state analizzate mediante tecniche di analisi univariate e multivariate. Ciò che emerge generalmente dai risultati dell'esperimento è la mancanza di interazione significativa tra i due fattori, tempi e trattamenti, mentre sono risultati significativi i due fattori principali, considerati singolarmente. Tali esiti sono probabilmente imputabili all'elevata variabilità fra campioni dei trattamenti e delle patches di controllo. Nonostante ciò l'analisi dei risultati ottenuti permette di effettuare alcune considerazioni interessanti. L'analisi univariata ha mostrato che nel confronto tra trattamenti non ci sono differenze significative nel numero medio di taxa rinvenuti, mentre il livello di diversità e di equidistribuzione degli individui nei taxa differisce in maniera significativa, indicando che la struttura delle comunità varia in funzione dei trattamenti e non in funzione del tempo. Nel trattamento Ulva si osservano le densità più elevate della meiofauna totale imputabile prevalentemente alla densità dei Nematodi. Tuttavia, i valori di diversità e di equiripartizione non sono risultati più elevati nei campioni di Ulva, bensì in quelli di Mitili. Tale differenza potrebbe essere imputabile all'inferiorità numerica dei Nematodi nei campioni di Mitili. Questo andamento è stato giustificato dai differenti tempi di degradazione di Mitili e Ulva posti nelle sacche durante l'esperimento, dai quali emerge una più rapida degradazione di Ulva; inoltre la dimensione ridotta della patch analizzata, i limitati tempi di permanenza fanno sì che l'Ulva non rappresenti un fattore di disturbo per la comunità analizzata. Basandosi su questo concetto risulta dunque difficile spiegare l'inferiorità numerica dei Nematodi nei campioni del trattamento Mitili, in quanto i tempi di degradazione durante l'esperimento sono risultati più lenti, ma è anche vero che è nota l'elevata resistenza dei Nematodi ai fenomeni di ipossia/anossia creata da fenomeni di arricchimento organico. E' possibile però ipotizzare che la presenza delle valve dei Mitili aumenti la complessità dell'habitat e favorisca la colonizzazione da parte di più specie, tra cui specie predatrici. Tale effetto di predazione potrebbe provocare la riduzione dell'abbondanza media dei Nematodi rispetto a Ulva e al Controllo, in quanto i Nematodi costituiscono circa l'85% della meiofauna totale rinvenuta nei campioni. A tale riduzione numerica, però, non corrisponde un decremento dei valori medi di biomassa rilevati, probabilmente a causa del fatto che l'arricchimento organico dovuto ai Mitili stessi favorisca la permanenza degli individui più facilmente adattabili a tali condizioni e di dimensioni maggiori, oppure, la colonizzazione in tempi successivi delle patches a Mitili da parte di individui più grandi. Anche i risultati dell'analisi multivariata sono in accordo con quanto rilevato dall'analisi univariata. Oltre alle differenze tra tempi si evidenzia anche un'evoluzione della comunità nel tempo, in particolar modo dopo 7 giorni dall'allestimento dell'esperimento, quando si registrano il maggior numero di individui meiobentonici e il maggior numero di taxa presenti. Il taxon che ha risentito maggiormente dell'influenza dei tempi è quello degli Anfipodi, con densità maggiori nei campioni prelevati al secondo tempo e sul trattamento Ulva. E'importante considerare questo aspetto in quanto gli Anfipodi sono animali che comprendono alcune specie detritivore e altre carnivore; le loro abitudini detritivore potrebbero quindi aumentare il consumo e la degradazione di Ulva, spiegando anche la loro abbondanza maggiore all'interno di questo trattamento, mentre le specie carnivore potrebbero concorrere al decremento del numero medio di Nematodi nei Mitili. Un risultato inatteso della sperimentazione riguarda l'assenza di differenze significative tra trattamenti e controlli, come invece era lecito aspettarsi. Risultati maggiormente significativi sono emersi dall'analisi del confronto tra sedimento privo di detrito e sedimento contenente Ulva provenienti dal contesto naturale. Relativamente all'area esterna alla barriera, sono stati confrontati sedimento privo di detrito e quello sottostante l'Ulva, nelle condizioni sperimentali e naturali. Globalmente notiamo che all'esterno della barriera gli indici univariati, le densità totali di meiofauna, di Nematodi e il numero di taxa, si comportano in maniera analoga nelle condizioni sperimentali e naturali, riportando valori medi maggiori nei campioni prelevati sotto l'Ulva, rispetto a quelli del sedimento privo di detrito. Differente appare invece l'andamento delle variabili e degli indici suddetti riguardanti i campioni prelevati nell'area racchiusa all'interno della barriera, dove invece i valori medi maggiori si rilevano nei campioni prelevati nel sedimento privo di detrito. Tali risultati possono essere spiegati dall'alterazione dell'idrodinamismo esercitato dalla barriera, il quale provoca maggiori tempi di residenza del detrito con conseguente arricchimento di materia organica nell'area interna alla barriera. Le comunità dei sedimenti di quest'area saranno quindi adattate a tale condizioni, ma la deposizione di Ulva in un contesto simile può aggravare la situazione comportando la riduzione delle abbondanze medie dei Nematodi e degli altri organismi meiobentonici sopracitata. Per quel che riguarda i size spectra la tecnica che illustra i risultati in maniera più evidente è quella dei Nematode Biomass Spectra. I risultati statistici fornitici dai campioni dell'esperimento, non evidenziano effetti significativi dei trattamenti, ma a livello visivo, l'osservazione dei grafici evidenzia valori medi di biomassa maggiori nei Nematodi rilevati sui Mitili rispetto a quelli rilevati su Ulva. Differenze significative si rilevano invece a livello dei tempi: a 21 giorni dall'allestimento dell'esperimento infatti, le biomasse dei Nematodi misurati sono più elevate. Relativamente invece ai size spectra costruiti per l'ambiente naturale, mostrano andamento e forma completamente diversi e con differenze significative tra l'interno e l'esterno della barriera; sembra infatti che la biomassa nella zona interna sia inibita, portando a densità maggiori di Nematodi, ma di dimensioni minori. All'esterno della barriera troviamo invece una situazione differente tra i due substrati. Nel sedimento prelevato sotto l'Ulva sembra infatti che siano prevalenti le classi dimensionali maggiori, probabilmente a causa del fatto che l'Ulva tende a soffocare le specie detritivore, permettendo la sopravvivenza delle specie più grosse, composte da predatori poco specializzati, i quali si cibano degli organismi presenti sull'Ulva stessa. Nel sedimento privo di detrito, invece, la distribuzione all'interno delle classi segue un andamento completamente diverso, mostrando una forma del size spectra più regolare. In base a questo si può ipotizzare che la risposta a questo andamento sia da relazionarsi alla capacità di movimento dei Nematodi: a causa della loro conformazione muscolare i Nematodi interstiziali di dimensioni minori sono facilitati nel movimento in un substrato con spazi interstiziali ridotti, come sono nel sedimento sabbioso, invece Nematodi di dimensioni maggiori sono più facilitati in sedimenti con spazi interstiziali maggiori, come l'Ulva. Globalmente si evidenzia una risposta della comunità  bentonica all'incremento di detrito proveniente dalla struttura rigida artificiale, ma la risposta dipende dal tipo di detrito e dai tempi di residenza del detrito stesso, a loro volta influenzati dal livello di alterazione del regime idrodinamico che la struttura comporta. Si evince inoltre come dal punto di vista metodologico, le analisi univariate, multivariate e dei size spectra riescano a porre l'accento su diverse caratteristiche strutturali e funzionali della comunità. Rimane comunque il fatto che nonostante la comunità scientifica stia studiando metodiche "taxonomic free" emerge che, se da un lato queste possono risultare utili, dall'altro, per meglio comprendere l'evoluzione di comunità, è necessaria un'analisi più specifica che punti all'identificazione almeno delle principali famiglie. E'importante infine considerare che l'effetto riscontrato in questo studio potrebbe diventare particolarmente significativo nel momento in cui venisse esteso alle centinaia di km di strutture artificiali che caratterizzano ormai la maggior parte delle coste, la cui gestione dovrebbe tenere conto non soltanto delle esigenze economico-turistiche, e non dovrebbe prescindere dalla conoscenza del contesto ambientale in cui si inseriscono, in quanto, affiancati a conseguenze generali di tali costruzioni, si incontrano molti effetti sitospecifici.

Microrganismi probiotici per le piante: una strategia di riduzione degli input nella coltura del pomodoro col metodo biologico

In the recent years, consumers became more aware and sensible in respect to environment and food safety matters. They are more and more interested in organic agriculture and markets and tend to prefer ‘organic’ products more than their traditional counterparts. To increase the quality and reduce the cost of production in organic and low-input agriculture, the 6FP-European “QLIF” project investigated the use of natural products such as bio-inoculants. They are mostly composed by arbuscular mycorrhizal fungi and other microorganisms, so-called “plant probiotic” microorganisms (PPM), because they help keeping an high yield, even under abiotic and biotic stressful conditions. Italian laws (DLgs 217, 2006) have recently included them as “special fertilizers”. This thesis focuses on the use of special fertilizers when growing tomatoes with organic methods in open field conditions, and the effects they induce on yield, quality and microbial rhizospheric communities. The primary objective was to achieve a better understanding of how plant-probiotic micro-flora management could buffer future reduction of external inputs, while keeping tomato fruit yield, quality and system sustainability. We studied microbial rhizospheric communities with statistical, molecular and histological methods. This work have demonstrated that long-lasting introduction of inoculum positively affected micorrhizal colonization and resistance against pathogens. Instead repeated introduction of compost negatively affected tomato quality, likely because it destabilized the ripening process, leading to over-ripening and increasing the amount of not-marketable product. Instead. After two years without any significant difference, the third year extreme combinations of inoculum and compost inputs (low inoculum with high amounts of compost, or vice versa) increased mycorrhizal colonization. As a result, in order to reduce production costs, we recommend using only inoculum rather than compost. Secondly, this thesis analyses how mycorrhizal colonization varies in respect to different tomato cultivars and experimental field locations. We found statistically significant differences between locations and between arbuscular colonization patterns per variety. To confirm these histological findings, we started a set of molecular experiments. The thesis discusses preliminary results and recommends their continuation and refinement to gather the complete results.

Assessment of Daily Life Mobility Levels using Wearable Inertial Sensors and Minimun Measured Input Models

Tracking activities during daily life and assessing movement parameters is essential for complementing the information gathered in confined environments such as clinical and physical activity laboratories for the assessment of mobility. Inertial measurement units (IMUs) are used as to monitor the motion of human movement for prolonged periods of time and without space limitations. The focus in this study was to provide a robust, low-cost and an unobtrusive solution for evaluating human motion using a single IMU. First part of the study focused on monitoring and classification of the daily life activities. A simple method that analyses the variations in signal was developed to distinguish two types of activity intervals: active and inactive. Neural classifier was used to classify active intervals; the angle with respect to gravity was used to classify inactive intervals. Second part of the study focused on extraction of gait parameters using a single inertial measurement unit (IMU) attached to the pelvis. Two complementary methods were proposed for gait parameters estimation. First method was a wavelet based method developed for the estimation of gait events. Second method was developed for estimating step and stride length during level walking using the estimations of the previous method. A special integration algorithm was extended to operate on each gait cycle using a specially designed Kalman filter. The developed methods were also applied on various scenarios. Activity monitoring method was used in a PRIN’07 project to assess the mobility levels of individuals living in a urban area. The same method was applied on volleyball players to analyze the fitness levels of them by monitoring their daily life activities. The methods proposed in these studies provided a simple, unobtrusive and low-cost solution for monitoring and assessing activities outside of controlled environments.

Wheat and low-input agriculture: agronomic, nutritional and nutraceutical implications

Recently, the increasing interest in organic food products and environmental friendly practices has emphasized the importance of selecting crop varieties suitable for the low-input systems. Additionally, in recent years the relationship between diet and human health has gained much attention among consumers, favoring the investigations on food nutraceutical properties. Among cereals, wheat plays an important role in human nutrition around the world and contributes to the daily intake of essential nutrients such as starch and protein. Moreover, whole grain contains several bioactive compounds that confer to wheat-derived products unique nutraceutical properties (dietary fibre, antioxidants). The present research provided interesting insights for the selection of wheat genotypes suitable for low-input systems and the development of specific breeding programs dedicated to organic farming. The investigation involved 5 old not dwarf genotypes (Andriolo, Frassineto, Gentil rosso, Inallettabile, Verna) and 1 modern dwarf variety (Palesio), grown under biodynamic management, over two consecutive growing seasons (2009/2010, 2010/2011). Results evidenced that under low-input farming some investigated old wheat genotypes (Frassineto, Inallettabile) were comparable to the modern cultivar in terms of whole agronomic performance. As regards the nutritional and nutraceutical properties, some old genotypes (Andriolo, Gentil rosso, Verna) emerged for their relevant content of several investigated phytochemicals (such as insoluble dietary fibre, polyphenols, flavonoids, in vitro antioxidant activity) and nutrients (protein, lipid, minerals). Despite of the low technological features, the six wheat varieties grown under low-input management may efficiently provide raw material for the preparation of traditionally processed bread with valuable sensory and nutritional properties. Results highlighted that old wheat varieties have peculiar phytochemical composition and may be a valuable source of nutraceutical compounds. Some of the genetic material involved in the present study may be used in breeding programs aimed at selecting varieties suitable for low-input farming and rich in health-promoting compounds.