The Origin of Nonmonotonic Complex Behavior and the Effects of Nonnative Interactions on the Diffusive Properties of Protein Folding

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Using genetic algorithm to design protein sequence

In this work, genetic algorithms concepts along with a rotamer library for proteins side chains are used to optimize the tertiary structure of the hydrophobic core of Cytochrome b(562) starting from the known PDB structure of its backbone which is kept fixed while the side chains of the hydrophobic core are allowed to adopt the conformations present in the rotamer library. The atoms of the side chains forming the core interact via van der Waals energy. Besides the prediction of the native core structure, it is also suggested a set of different amino acid sequences for this core. Comparison between these new cores and the native are made in terms of their volumes, van der Waals energies values and the numbers of contacts made by the side chains forming the cores. This paper proves that genetic algorithms area efficient to design new sequence for the protein core. (C) 2007 Elsevier B.V. All rights reserved.

Multi-functional properties of CaCu3Ti4O12 thin films

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

(-)-Kolavenic acid

In the two, almost identical, molecules in the asymmetric unit of the title compound [ systematic name: (E)-3-methyl-5-(1,2,4a, 5-tetramethyl-1,2,3,4,4a,7,8,8a-octahydronaphthalen-1yl) pent-2-enoic acid], C20H32O2, the rings are trans fused. The cyclohexane ring has a chair conformation and the cyclohexene ring a distorted half-boat conformation. The two independent molecules are connected into a dimer via O-H center dot center dot center dot O hydrogen bonds. The dimers are associated into supramolecular chains along c via C-H center dot center dot center dot O contacts.

Heterospecific sociality of birds on beaches from southeastern Brazil

Studies on the sociality of heterospecific assemblages of birds have promoted a greater understanding of the types of interactions and survivorship between coexisting species. This study verified the group compositions in bird assemblages and analyzed the sociality of migratory and resident species on sandy beaches of southeastern Brazil. A transect was established on the median portion of beaches and all the groups of bird species (monospecific, heterospecific) and solitary individuals were registered four days per month from November 2006 to April 2007. The sociality of each species was calculated by its frequency in heterospecific groups, its proportional number of contacts with other species in heterospecific groups, and the number of species that it associated with. Semipalmated Sandpiper Calidris pusilla (Linnaeus, 1766) and Semipalmated Plover Charadrius semipalmatus Bonaparte, 1825 (both migratory) had the highest degree of sociality and did not show a preference to associate with either residents or migratory species. Sanderling Calidris alba (Pallas, 1764) (migratory) occupied the third position in the sociality rank and associated with migratory species frequently. Southern Caracara Carara plancus (Miller, 1777) and Black Vulture Coragyps atratus (Beschstein, 1793) (both resident) were uniquely found among heterospecific groups with necrophagous and resident species. Kelp Gull Larus dominicanus Lichtenstein, 1823 (resident) associated more frequently with resident species. The sociality in assemblages of birds may promote advantages such as an increased collective awareness in dangerous situations and indication of sites with abundant food sources.

Methylation status of CDH1 gene in samples of gastric mucous from brazilian patients with chronic gastritis infected by Helicobacter pylori

CONTEXTO:O câncer gástrico é uma das principais neoplasias que causam o óbito no Brasil e no mundo. Helicobacter pylori é um carcinógeno do tipo I relacionado à gastrite crônica. Diferenças no grau de virulência de suas cepas levam a maior risco de desenvolvimento de doenças gástricas. A metilação de ilhas CpGs está envolvida com o processo de tumorigênese em diferentes tipos de câncer. CDH1 é um gene supressor tumoral que, quando inativado, pode aumentar as chances de metástase. A metilação deste gene em estágios precoces da carcinogênese gástrica ainda não é totalmente compreendida. OBJETIVO: Investigar o padrão de metilação do gene CDH1 em amostras de gastrites crônicas e correlacionar com a presença do H. pylori. MÉTODOS: Foram usadas 60 biopsias de mucosas gástricas. A detecção de H. pylori foi realizada por PCR para o gene da urease C e a genotipagem com PCR para os genes cagA e vacA (região s e m). O padrão de metilação do gene CDH1 foi analisado usando a técnica de PCR e específica para a metilação e sequenciamento direto dos produtos de PCR. RESULTADOS: A bactéria H. pylori foi detectada em 90% das amostras de gastrites crônicas; destas, 33% portavam o gene cagA e 100% vacA s1. O genótipo vacA s2/m1 não foi detectado nas amostras analisadas. Metilação de CDH1 foi detectada em 63,3% das amostras de gastrites e 95% delas eram portadoras de H. pylori. CONCLUSÃO: Os resultados deste estudo sugerem que a metilação em CDH1 e a infecção pelo H. pylori são eventos frequentes em amostras de pacientes brasileiros com gastrite crônica e reforça a correlação entre infecção por H. pylori e inativação do gene CDH1 em estágios precoces da tumorigênese gástrica.

Dinâmica da avifauna em fragmento de mata na Fazenda Rio Claro, Lençóis Paulista, São Paulo, Brasil

Discute-se a importância do levantamento qualitativo e quantitativo da comunidade de aves da Fazenda Rio Claro (22°27'S, 48°51'W), Lençóis Paulista, para a avaliação de um fragmento de mata mesófila do interior de São Paulo. Tais levantamentos foram realizados entre agosto de 2001 a julho de 2002. Para o estudo quantitativo utilizou-se da metodologia de Pontos de Escuta. Foram analisados os índices de diversidade e de freqüência de ocorrência dessa comunidade, sendo as suas espécies organizadas tanto em função das categorias alimentares quanto sob o aspecto da ocupação do estrato vegetal. O levantamento qualitativo registrou 216 espécies. Já o quantitativo registrou 74 espécies em 761 contatos, com uma média de 12,7 contatos/amostra. O índice pontual de abundância (IPA) variou de 0,001 (um contato) a 0,07 (53 contatos); aquele da diversidade foi de H' = 3,10, mostrando um aumento significativo entre setembro e novembro; a eqüitatividade média no período foi de E = 0,95. Os insetívoros constituem quase a metade das espécies registradas no levantamento quantitativo (44,6%), seguido por frugívoros (24,9%), onívoros (16,4%), carnívoros (8,5%), nectarívoros (4,2%) e uma pequena proporção de detritívoros (1,4%). A categoria mais abundante no sub-bosque foi a de insetívoros, enquanto que os frugívoros foram os mais abundantes no solo e na copa. A comunidade de aves no fragmento estudado mostrou o mesmo padrão encontrado em outros fragmentos de mata mesófila de mesmo tamanho relativo. Algumas espécies ameaçadas foram encontradas na área de estudo.

Análise comparativa da assembléia de aves em dois remanescentes florestais no interior do Estado de São Paulo, Brasil

Realizou-se o levantamento quantitativo e qualitativo da comunidade de aves de dois fragmentos de floresta estacional semidecídua no interior do estado de São Paulo de julho de 2004 a julho de 2005. Para o estudo quantitativo utilizou-se da metodologia de Pontos de Escuta. Foram analisados os índices de diversidade e de freqüência de ocorrência dessa comunidade. O levantamento qualitativo registrou 181 espécies na Fazenda Rio das Pedras - FRP (Itapetininga, 350 ha) e 126 espécies na Fazenda Santa Maria II - FSM (Buri, 480 ha), enquanto que o levantamento quantitativo registrou a presença de 73 espécies em 988 contatos e 64 espécies em 1019 contatos para FRP e FSM, respectivamente. O índice pontual de abundância (IPA) variou de 0,01 (1 contato) a 1,32 (132 contatos), para FRP e na FSM variou entre 0,01 (1 contato) a 0,97 (97 contatos). A diversidade do fragmento da FRP foi de H = 3,04 e na FSM de H = 2,85 onde a eqüitatividade em ambas áreas foi de 0,91. A comunidade de aves nos fragmentos estudados mostrou o mesmo padrão encontrado em outros fragmentos de floresta estacional semidecídua de tamanhos relativos. As categorias alimentares mais representativas nos dois remanescentes foram insetívoras (53% na FSM e 50% na FRP) e frugívoras (23% na FSM e 26% na FRP). Dentre os insetívoros, destacaram-se as famílias Tyrannidae na FSM e Thamnophilidae na FRP. Tanto na FSM como na FRP os insetívoros de sub-bosque foram mais representativos (53% e 51,4% respectivamente), seguidos pelos frugívoros de sub-bosque (50%) na FSM e frugívoros de copa (52,6%) na FRP. A importância do estudo de comunidade de aves esta ligada à elaboração do plano de manejo e conservação das áreas naturais.

Datação das formações Rio Claro e Piraçununga por termoluminescência

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

The venomous toadfish Thalassophryne nattereri (niquim or miquim): report of 43 injuries provoked in fishermen of Salinópolis (Pará State) and Aracaju (Sergipe State), Brazil

Os peixes da família Batrachoididae causam um grande número de acidentes em pescadores das regiões Norte e Nordeste do Brasil. O gênero Thalassophryne apresenta várias espécies no Brasil e a espécie Thalassophryne nattereri é a mais comum, todas apresentando veneno. O veneno é inoculado por duas espículas ocas na nadadeira dorsal e duas nas regiões pré-operculares, ligadas a uma glândula de veneno na base. Os envenenamentos causaram dor intensa, edema e eritema iniciais em 43 pescadores observados em Salinópolis (Pará) e Aracaju (Sergipe). em todos os casos, não ocorreram fenômenos sistêmicos dignos de nota, mas ocorreu necrose local em oito pacientes e infecção bacteriana em dez. As circunstâncias dos acidentes são comentadas, assim como aspectos terapêuticos. Nossa conclusão foi que o envenenamento por Thalassophryne é importante e freqüente e deve ser considerado de média gravidade, em função de não haverem fenômenos sistêmicos, como observado nos acidentes por peixes-escorpião (Scorpaena) ou arraias marinhas e fluviais.

Poole-Frenkel effect in amorphous poly(p-phenylene sulfide)

The conductivity of poly(p-phenylene sulfide) (PPS) amorphous samples sandwiched between metallic electrodes has been studied as a function of applied voltage, temperature, and electrode material. The voltage (U) dependence of the currents for electric fields within the range 10(3)-10(6) V/cm exhibits exp beta U-1/2 behavior with beta = beta(Schottky) below the glass transition temperature (T-g congruent to 90 degrees C), and beta = beta(Poole-Frenkel) above T-g. Coordinated temperature measurements of de currents with different metallic contacts and thermally stimulated currents (TSC) indicate, however, that the conductivity at T < T-g is consistent with the so-called ''anomalous'' Poole-Frenkel effect rather than the Schottky effect. Consequently, the p-type conductivity in amorphous PPS is proposed to be a bulk-limited process due to ionization of two different types of acceptor centers in the presence of neutral hole traps. (C) 1996 John Wiley & Sons, Inc.

Frustration and hydrophobicity interplay in protein folding and protein evolution

A lattice model is used to study mutations and compacting effects on protein folding rates and folding temperature. In the context of protein evolution, we address the question regarding the best scenario for a polypeptide chain to fold: either a fast nonspecific collapse followed by a slow rearrangement to form the native structure or a specific collapse from the unfolded state with the simultaneous formation of the native state. This question is investigated for optimized sequences, whose native state has no frustrated contacts between monomers, and also for mutated sequences, whose native state has some degree of frustration. It is found that the best scenario for folding may depend on the amount of frustration of the native structure. The implication of this result on protein evolution is discussed. (c) 2006 American Institute of Physics.

THEORY OF NON-STEADY-STATE ELECTRICAL CHARACTERISTICS OF METAL-INSULATOR-METAL STRUCTURES WITH SCHOTTKY BARRIERS AND UNIFORMLY DISTRIBUTED INTERFACE IMPURITY STATES

The metal-insulator (or amorphous semiconductor) blocking contact is still not well understood. In the present paper, we discuss the non steady state characteristics of Metal-lnsulator-Metal Structure with non-intimate blocking contacts (i.e. Metal-Oxide-Insulator-Metal Structure). We consider a uniform distribution (in energy) of impurity states in addition to impurity states at a single energy level within the depletion region. We discuss thermal as well as isothermal characteristics and present expressions for the temperature of maximum current (T-m) and a method to calculate the density of uniformly distributed impurity states. The variation of mobility with electrical field has also been considered. Finally we plot the theoretical curves under different conditions. The present results are closing into available experimental results.

Computational studies of the reversible domain swapping of p13suc1

A minimalist representation of protein structures using a Go- like potential for interactions is implemented to investigate the mechanisms of the domain swapping of p13suc1, a protein that exists in two native conformations: a monomer and a domain- swapped dimer formed by the exchange of a beta- strand. Inspired by experimental studies which showed a similarity of the transition states for folding of the monomer and the dimer, in this study we justify this similarity in molecular descriptions. When intermediates are populated in the simulations, formation of a domain- swapped dimer initiates from the ensemble of unfolded monomers, given by the fact that the dimer formation occurs at the folding/ unfolding temperature of the monomer ( T-f). It is also shown that transitions, leading to a dimer, involve the presence of two intermediates, one of them has a dimeric form and the other is monomeric; the latter is much more populated than the former. However, at temperatures lower than T-f, the population of intermediates decreases. It is argued that the two folded forms may coexist in absence of intermediates at a temperature much lower than T-f. Computational simulations enable us to find a mechanism, `` lock- and- dock'', for domain swapping of p13suc1. To explore the route toward dimer formation, the folding of unstructured monomers must be retarded by first locking one of the free ends of each chain. Then, the other free termini could follow and dock at particular regions, where most intrachain contacts are formed, and thus de. ne the transition states of the dimer. The simulations also showed that a decrease in the maximum distance between monomers increased their stability, which is explained based on confinement arguments. Although the simulations are based on models extracted from the native structure of the monomer and the dimer of p13suc1, the mechanism of the domain- swapping process could be general, not only for p13suc1.

Tissue remodeling in Guinea pig lateral prostate at different ages after estradiol treatment

Estrogen seems to have an essential role in the fibromuscular growth characteristic of benign prostatic hyperplasia (BPH). This paper describes the effects of chronic estradiol treatment on Guinea pig prostatic stroma at different ages. Tissues from experimental animals were studied by histological and histochemical procedures, morphometric-stereological analysis and transmission electron microscopy (TEM). Marked fibromuscular hypertrophy was observed after estradiol treatment in animals of pre-pubertal and adult ages. Increases in the density and thickness of the collagen and elastic fibers were observed by histochemistry. TEM revealed wide distributions of collagen fibrils and large elastic fibers adjacent to the epithelial basal lamina and between the stromal cells, establishing contacts between them. These results indicate that the Guinea pig prostate simulates the stromal modifications observed in BPH in some aged animals after estrogen treatment at different ages, making it a good model for this disease. (c) 2005 International Federation for Cell Biology. Published by Elsevier Ltd. All rights reserved.