Distributional and ecological notes on Polygonanthus amazonicus Ducke

Polygonanthus amazonicus Ducke já foi incorporada em oito famílias diferentes, mas era conhecida de apenas uma árvore desde a primeira coletada em 1929. Uma excursão do projeto Flora Amazônica comprovou sua área de ocorrência, que é de pelo menos 17.500 km2 na região compreendida entre Maués e Borba no Estado do Amazonas. Seu habitat e provável meio de dispersão são descritos. o caso desta e de muitas outras espécies com escassa representação nos herbários demonstra a necessidade de se manter um intenso programa de coleta botânica para se manter uma base mais realista da distribuição de muitas espécies.

Observations on flower visitors to Bertholletia excelsa H.B.K. and Couratari tenuicarpa A.C. Sm. (Lecythidaceae)

Bees visiting flowers of Bertholletia excelsa. (Brazil Nut tree) and Couratari tenuicarpa were collected, their behavior described and the pollen found clinging to their dorsal thorax and stored on their legs was identified. Female bees of Xylocopa frontalis(Olivier) and males of Eulaema mocsaryi (Friese) are apparently effective pollinators of Couratari in igapó near Manaus. Female bees of Euplusia seabrai Moure in litt., Epicharis umbraculata (Fabricius), Epicharis rustica (Olivier) and Eulaema nigrita(Lepeletier), as well as male bees of Eulaema cingulata(Fabricius) and Eulaema nigrita are apparently effective pollinators of adult Brazil Nut trees in the Aleixo plantation near Manaus. Only large bees capable of uncurling the floral androecium can effectively pollinate Couratari or Bertholletia.Pollen analysis indicated that all bees captured carried pollen of the host tree in question and had been foraging on flowers of plant species common in secondary growth. Secondary growth near the Aleixo plantation supports a bee guild which appeared to effectively pollinate almost every flower on the Brazil Nut tree studied. Proximity to primary forest (and to those Euglossine bee species which occur only in primary forest) therefore does not appear to be necessary for pollination of Brazil Nut trees.In the Aleixo plantation chronic low fruit set is probably due to some factor other than pollination. Since natural occurrences of Brazil Nut trees to the north and south of Manaus are associated with a higher soil fertility, low production at the Aleixo plantation may be due to deficiencies of the soil.

Therapeutics bioconjugates: evaluation of iminoboronates as payload delivery system for cancer

The advent of bioconjugation impacted deeply the world of sciences and technology. New biomolecules were found, biological processes were understood, and novel methodologies were formed due to the fast expansion of this area. The possibility of creating new effective therapies for diseases like cancer is one of big applications of this now big area of study. Off target toxicity was always the problem of potent small molecules with high activity towards specific tumour targets. However, chemotherapy is now selective due to powerful linkers that connect targeting molecules with affinity to interesting biological receptors and cytotoxic drugs. This linkers must have very specific properties, such as high stability in plasma, no toxicity, no interference with ligand affinity nor drug potency, and at the same time, be able to lyse once inside the target molecule to release the therapeutic warhead. Bipolar environments between tumour intracellular and extracellular medias are usually exploited by this linkers in order to complete this goal. The work done in this thesis explores a new model for that same task, specific cancer drug delivery. Iminoboronates were studied due to its remarkable selective stability towards a wide pH range and endogenous molecules. A fluorescence probe was design to validate this model by creating an Off/On system and determine the payload release location in situ. A process was optimized to synthetize the probe 8-(1-aminoethyl)-7-hydroxy-coumarin (1) through a reductive amination reaction in a microwave reactor with 61 % yield. A method to conjugate this probe to ABBA was also optimized, obtaining the iminoboronate in good yields in mild conditions. The iminoboronate model was studied regarding its stability in several simulated biological environments and each half-life time was determined, showing the conjugate is stable most of the cases except in tumour intracellular systems. The construction of folate-ABBA-coumarin bioconjugate have been made to complete this evaluation. The ability to be uptaken by a cancer cell through endocytosis process and the conjugation delivery of coumarin fluorescence payload are two features to hope for in this construct.

Design of bio-inspired ionic liquids for protein stabilisation

Ionic Liquids (ILs) consist in organic salts that are liquid at/or near room temperature. Since ILs are entirely composed of ions, the formation of ion pairs is expected to be one essential feature for describing solvation in ILs. In recent years, protein - ionic liquid (P-IL) interactions have been the subject of intensive studies mainly because of their capability to promote folding/unfolding of proteins. However, the ion pairs and their lifetimes in ILs in P-IL thematic is dismissed, since the action of ILs is therefore the result of a subtle equilibrium between anion-cation interaction, ion-solvent and ion-protein interaction. The work developed in this thesis innovates in this thematic, once the design of ILs for protein stabilisation was bio-inspired in the high concentration of organic charged metabolites found in cell milieu. Although this perception is overlooked, those combined concentrations have been estimated to be ~300 mM among the macromolecules at concentrations exceeding 300 g/L (macromolecular crowding) and transient ion-pair can naturally occur with a potential specific biological role. Hence the main objective of this work is to develop new bio-ILs with a detectable ion-pair and understand its effects on protein structure and stability, under crowding environment, using advanced NMR techniques and calorimetric techniques. The choline-glutamate ([Ch][Glu]) IL was synthesized and characterized. The ion-pair was detected in water solutions using mainly the selective NOE NMR technique. Through the same technique, it was possible to detect a similar ion-pair promotion under synthetic and natural crowding environments. Using NMR spectroscopy (protein diffusion, HSQC experiments, and hydrogen-deuterium exchange) and differential scanning calorimetry (DSC), the model protein GB1 (production and purification in isotopic enrichment media) it was studied in the presence of [Ch][Glu] under macromolecular crowding conditions (PEG, BSA, lysozyme). Under dilute condition, it is possible to assert that the [Ch][Glu] induces a preferential hydration by weak and non-specific interactions, which leads to a significant stabilisation. On the other hand, under crowding environment, the [Ch][Glu] ion pair is promoted, destabilising the protein by favourable weak hydrophobic interactions , which disrupt the hydration layer of the protein. However, this capability can mitigates the effect of protein crowders. Overall, this work explored the ion-pair existence and its consequences on proteins in conditions similar to cell milieu. In this way, the charged metabolites found in cell can be understood as key for protein stabilisation.

Regulação epigenética de um gene de resposta a stress de frio em arroz (OsDREB1B)

O arroz (Oryza sativa L.) constitui a principal fonte de alimento para mais de metade da população mundial. O frio tem um grande impacto no desenvolvimento da planta de arroz com efeitos negativos ao nível da produtividade e economia mundial. Os mecanismos epigenéticos associados a alterações estruturais da cromatina estão envolvidos nos mecanismos de resposta das plantas a stresses abióticos. O foco do presente trabalho consistiu na compreensão da influência de fatores epigenéticos, nomeadamente de modificações de histonas, na regulação transcricional de um gene específico (OsDREB1B) envolvido na resposta de arroz ao stress de frio. O estudo da regulação epigenética deste gene envolveu a utilização de plantas de arroz com mutações em enzimas epigenéticas e drogas remodeladoras da cromatina. Neste trabalho mostramos que o gene OsDREB1B é induzido pelo stress de frio (4 °C) em todas os genótipos de arroz analisados, no entanto, a indução do gene em resposta ao stress de frio é maior em Nipponbare que em Dongjin. Nos genótipos que apresentam epimutações, nomeadamente o knockout de osdrm2 (DMT706) e de oshac704 (HAC704), o gene OsDREB1B é mais expresso que no respetivo genótipo selvagem (Dongjin), sendo que a indução da expressão em resposta ao frio foi maior em DMT706 do que em HAC704. A análise do padrão de marcas histónicas ao longo do promotor de OsDREB1B, através da imunoprecipitação da cromatina (ChIP) com anticorpos específicos, revelou que, em resposta ao frio (4ºC), Dongjin apresenta uma menor predominância da marca H3K9ac na região de -519 a -355 pares de bases (antes do ATG), enquanto que Nipponbare possui maior presença de H4K5ac na região de -280 a -121 pares de bases, sugerindo que a regulação epigenética de OsDREB1B seja influenciada pelo genótipo. No caso dos epi-mutantes (HAC704 e DMT706) registou-se um empobrecimento das marcas histónicas testadas sugerindo que a indução da expressão do OsDREB1B em reposta ao stress provocado pelo frio não depende necessariamente da presença de OsDRM2 nem de OsHAC704. Uma visão integrada da paisagem epigenética e do transcriptoma, perspetiva uma melhor compreensão dos mecanismos envolvidos na resposta da planta a condições ambientais adversas, abrindo novas linhas de trabalho no sentido de obter plantas mais tolerantes a fatores de stress.

Synthesis and characterization of C3-symmetric 1,3,5 - Benzenetricarboxamide derived supramolecular systems

The aim of this work was to study the self-assembly process of C3-symmetric molecules. To accomplish this objective 1,3,5 – benzentricarboxamides (BTA) derivatives were obtained. Five C3-symmetric molecules were synthesized in moderate to good yields (39-72%) using azo-benzene, aniline, benzylamine, tryptophan and tyrosine. The aggregation behavior of the BTA derivatives was probed with 1H-NMR spectroscopy, 1H-1H 2D Nuclear Overhauser Effect Spectroscopy (NOESY) and Diffusion Ordered Spectroscopy (DOSY). These experiments allowed to study the influence of H-bonding groups, aromatic rings, unsaturated bonds and the overall geometry in the molecular self-assembly associated with the different structural patterns present on these molecules. The stacking and large molecule behavior where observed in BTA 1, aniline derivative, BTA 4, tyrosine derivative or BTA 5, tryptophan derivative, with several of those discussed functional groups such as unsaturated bonds and H-bonding groups. BTA 5 was used in a few preliminary interaction studies with glucose and ammonium chloride showing interaction with the ammonium ion.

Avaliação nutricional e alimentar de pré-escolares de uma creche de Manaus e a influência da entidade no estado nutricional de sua população

Foram estudadas 250 crianças na faixa etária de 4 a 6 anos de uma creche destinada a filhos de trabalhadores do Distrito Industrial de Manaus, AM. Os pais dessas crianças foram consideradas de baixa renda. O estado nutricional foi avaliado segundo os critérios de Gomez (1956) e Waterlow et al. (1977); para o inquérito alimentar foi utilizado o método recordatório de 24 hs e pesagem direta dos alimentos. Os resultados indicaram qe a maioria das crianças, 62,8% estavam em estado nutricional normal pela classificação de Gomez (1974). O cálcio, a riboflavina e a vitamina C apresentaram índices de adequação de 85, 89%, 82, 73% e 89,9% respectivamente. Ferro, tiamina e niacina apresentaram índices inferiores a 80% do recomendado FAO/OMS (1974).

Soil physical and Chemical properties of cultivated pasture on forest land, Roraima, Brazil .

Soil conditions under pasture were examined in a range of sites representing the sequence of conversion of forest to pasture at two locations in the vicinity of Ilha de Maracã, Roraima. Comparisons were made with adjacent savana. Soil bulk densities shown to increase after forest clearance and soil chemical data indicate that the initial beneficial effects on nutrient supply of burning forest debris are rather short-lived. Very low levels of available phosphorus prevail in areas of savanna and cultivated pasture of all ages. Variations in the status of older cultivated pastures are mainly attributable to different grazing levelt.

MADEIRAS DA AMAZÔNIA QUE APRESENTAM RAIOS LARGOS

O presente trabalho visa o estudo anatômico macroscópico de 80 espécies lenhosas da Amazônia representadas por 19 Famílias e 46 Gêneroe que apresentam raios considerados largos, segundo adaptação feita pela Divisão de Anatomia e Identificação de Madeiras/INPA, tomando como base a Norma Técnica COPANT (1974). Para cada espécie constam as seguintes informações: caracteres gerais, descrição macroscópica, usos comune, nomee vulgares, um atlas de fotomacrografias com 10x de aumento para auxiliar na identificação dae espécies, um gráfico comparativo contendo a classificação da largura doe raios estudados entre a Norma Técnica COPANT (1974) e a DAIM (1987), um histograma com a frequência da massa específica das espécies, uma listagem contendo as espécies estudadas com a classificação da massa específica, um índice alfabético por famílias e outro por nomee vulgares, ainda um glossário dos termos técnicos utilizados na descrição macroecópica de madeiras acompanhado de um desenho esquemático de um corpo de prova.

A NEW SPECIES OF Rhacodiaptomus Kiefer, 1936, FROM THE BRAZILIAN AMAZON (CRUSTACEA:COPEPODA: CALANOIDA)

A new species of Calanoid copepod, Rhacodiaptomus besti,is described from material collected in the Igarapé São Pedro, Rio Jamari, State of Rondônia, and Lago Amanã, Rio Japurá, State of Amazonas, in Western Amazonia. A detailed morphological analysis of the species was undertaken in order to provide a basis for future studies on inter and intrageneric relationships.

RESERVA FLORESTAL DUCKE: DIVERSIDADE E COMPOSIÇÃO DA FLORA VASCULAR

A Reserva Florestal Ducke, localizada próxima a Manaus (AM), com uma área de 100 Km2, é um dos locais com maior densidade de coletas depositadas no herbário do INPA. Sua flora vascular foi aqui caracterizada, através do levantamento de 7.107 exsicatas, das quais 4.946 estão determinadas ao nível de espécie. Embora muitas amostras estejam estéreis, indeterminadas e ainda não examinadas por especialistas, esta amostragem permitiu uma caracterização preliminar da flora da Reserva. Foi constatada a presença de 1.199 espécies (ou 1.453, se incluídas as indeterminadas), distribuídas em 510 gêneros e 112 famílias. Os 10 gêneros mais diversificados — com um total de 222 espécies — são predominantemente arborescentes: Pouteria(38 espécies), Miconia(27), Protium(24), Licania(23), Inga(21), Ocotea(20), Swartzia(19), Eschweilera( 19), Virola( 16) Sloanea(15). As 10 espécies mais coletadas constituem apenas 8,2% do universo de amostras determinadas ao nível específico. Estas, também, são árvores: Micropholis guyanensis(A. DC.) Pierre, Chrysophyllum sanguinolentum(Pierre) Baehni, Trattinnickia glazioviiSwart, Goupia glabraAubl., Scleronema micranthumDucke, Aniba panurensis(Meissner) Mez, Laetia procera(Poeppig) Eicbler, Caryocar villosum(Aublet) Pers., Brosimum rubescensTaubert, Cecropia sciadopliyllaMart. Apenas 123 espécies (10,3% das espécies determinadas) são consideradas comuns, sendo aquelas com 10 ou mais coletas. A maioria das 1.199 espécies determinadas são muito raras: 68% representadas por três ou menos coletas e 43% representadas por apenas uma coleta. Portanto, muitas outras espécies "raras" serão acrescentadas após novas visitas ao local, ou através do estudo do material ainda indeterminado. E apresentada uma discussão e gráficos sobre as famílias e gêneros mais diversificados e mais coletados.

ANÁLISE FAUNÍSTICA DOS PARASITÓIDES (HYMENOPTERA, BRACONIDAE) DE Anastrepha spp. (DIPTERA, TEPHRITIDAE) EM MANAUS E IRANDUBA, ESTADO DO AMAZONAS

Foram coletados 2 630 parasìtóides de Anastrephaspp., pertencentes a cinco espécies de Braconidae, em quatro locais de dois municípios do Estado do Amazonas. Optussp. foi a espécie predominante no estudo, ocorrendo com maior freqüência na área urbana de Manaus. Doryctobracon areolatus(Szépligeti, 1911) foi a espécie predominante nas áreas rurais. As comunidades foram delimitadas e caracterizadas através de índices faunísticos. As comunidades apresentaram quocientes de similaridade entre 82 e 100%.

ASPECTOS ECOLÓGICOS DA VEGETAÇÃO RUPESTRE DA SERRA DOS CARAJÁS, ESTADO DO PARÁ, BRASIL

São fornecidos aspectos ecológicos gerais da vegetação "rupestre" da Serra dos Carajás, envolvendo informações sobre composição floristica, associação solo/planta, fauna/planta e distribuição geográfica das espécies. Nesta vegetação foi registrado um total de 232 espécies, a maioria ervas, distribuídas em 145 gêneros e 58 famílias botânicas. As duas famílias mais bem representadas foram Gramineae e Leguminosae, seguidas de Cyperaceae, Myrtaceae, Rubiaceae, Malpighiaceae, Euphorbiaceae e Compositae. Algumas famílias apresentam espécies arbóreas esporadicamente representadas em "capões de árvores" ou isoladas como Anacardiaceae, Rutaceae, Sapotaceae e Vochysiaceae. Há famílias de ocorrência restrita em locais onde há acumulo de água, como Begoniaceae, Burmaniaceae, Eriocaulaceae, Gentíanaceae, etc. E finalmente aquelas famílias de ocorrência apenas ocasional, como Acanthaceae, Annonaceae. Chrysobalanaceae, Palmae, Sterculiaceae, etc. Parece que os polinizadores mais comumente encontrados na vegetação rupestre são as abelhas. Há também outros animais ali associados à biologia das plantas como meliponídeos, tabanídeos, répteis e pássaros. Além de apresentar uma insignificante camada lodosa, associada a musgos e líquens o solo onde se assenta a vegetação "rupestre" apresenta uma grande quantidade de ninhos de cupins, na transição entre as estações seca e chuvosa. A necessidade de preservação da área estudada justifica-se pela presença de inúmeras espécies endêmicas (ex. Ipomoea cavalcanteiAustin), espécies novas para a ciência (ex. Erytroxylum nelson-rosaePlowman), espécies medicinais (ex. Pilocarpus micmphylusStapf. ex. Wardleworth) e espécies ornamentais (ex. Vellozia glochideaPohl), todas associadas a uma fauna e a um tipo de solo que ainda carecem de pesquisas mais aprofundadas para melhor conhecê-los.

Previsão da estrutura temporal da taxa de juro na zona Euro : aproximação paramétrica e por métodos de aprendizagem automática

A estrutura temporal das taxas de juro, também conhecida por yield curve ou curva de rendimentos define a relação entre as taxas de juros e o prazo de vencimento (ou maturidades) dos investimentos feitos. Assim, o desenvolvimento de modelos que possibilitem a obtenção de previsões precisas sobre a estrutura temporal das taxas de juro e que permitam estudar a dinâmica da evolução das taxas de juro é de crucial importância em diversas áreas de financiamento. Neste estudo investigou-se a performance de diferentes métodos de previsão para obter a estrutura temporal das taxas de juro da Zona Euro, considerando o período entre 2009 e 2015. Em termos mais específicos, foi analisada a capacidade preditiva do modelo de Nelson-Siegel & Svensson assumindo que os parâmetros resultantes da estimação da especificação paramétrica podem ser modelizados através de métodos de séries temporais univariados (modelos ARIMA, Random walk) e multivariados (modelos VAR) e Redes Neuronais Artificiais (RNA) individuais e conjuntas. Os resultados deste estudo mostram que (i) as RNA com a previsão dos parâmetros em simultâneo exibem os valores de erro mais baixos para as maturidades de curto e médio prazo (3 meses a 5 anos); (ii) As RNAs individuais são melhores para prever as taxas de juro nas maturidades compreendidas entre os 7 e os 10 anos, e que (iii) para as maturidades de longo e muito longo prazo (15 e 30 anos respetivamente) deverá ser escolhido o modelo VAR(1). Estes resultados são robustos e consistentes para todos os horizontes de previsão analisados (1,2 e 3 meses). Contudo, no período analisado nenhum dos modelos testados apresenta valores de erro inferiores aos obtidos com o modelo Random Walk.

An agent-based model to assess the attractiveness of industrial estates

This article describes the main approaches adopted in a study focused on planning industrial estates on a sub-regional scale. The study was supported by an agent-based model, using firms as agents to assess the attractiveness of industrial estates. The simulation was made by the NetLogo toolkit and the environment represents a geographical space. Three scenarios and four hypotheses were used in the simulation to test the impact of different policies on the attractiveness of industrial estates. Policies were distinguished by the level of municipal coordination at which they were implemented and by the type of intervention. In the model, the attractiveness of industrial estates was based on the level of facilities, amenities, accessibility and on the price of land in each industrial estate. Firms are able to move and relocate whenever they find an attractive estate. The relocating firms were selected by their size, location and distance to an industrial estate. Results show that a coordinated policy among municipalities is the most efficient policy to promote advanced-qualified estates. In these scenarios, it was observed that more industrial estates became attractive, more firms were relocated and more vacant lots were occupied. Furthermore, the results also indicate that the promotion of widespread industrial estates with poor-quality infrastructures and amenities is an inefficient policy to attract firms.