982 resultados para Electrophoretic mobility shift assays


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Les fimbriae sont des structures protéiques extracellulaires retrouvées chez une vaste diversité de bactéries. Ces structures ont fait l’objet de nombreuses études et sont maintenant reconnus pour leur implication dans l’adhésion et l’invasion aux cellules eucaryotes, mais aussi dans la production de biofilms. Ils sont groupés selon leur voie de sécrétion. Certains utilisent une machinerie spécifique et individuelle, c’est le cas des pili de type IV, tandis que d’autres utilisent la voie de sécrétion générale suivit d’une voie spécifique telle que la voie du chaperon-placier (« Chaperon Usher Pathway ») (fimbriae CUP) ou la voie de nucléation précipitation (« nucleation precipitation pathway ») (Curli). Malgré toutes les connaissances actuelles concernant les fimbriae, très peu d’informations sont disponibles quant aux fimbriae de Salmonella enterica sérovar Typhi (S. Typhi). Ce pathogène unique à l’homme est l’agent étiologique de la fièvre typhoïde. Puisque les fimbriae sont reconnus pour être impliqués dans l’adaptation à l’hôte, nous avons décidé d’étudier davantage l’arsenal fimbriaire de S. Typhi, dans l’espoir d’identifier des facteurs de virulence uniques à S. Typhi et impliqués dans la ségrégation de l’hôte. La souche S. Typhi ISP1820 possède 14 opérons codant pour des systèmes d’adhésion, mais plusieurs contiennent des pseudogènes et leur expression n’a jamais été observée in vitro. Afin d’étudier les systèmes d’adhésion de S. Typhi, nous avons supprimé chaque opéron du génome individuellement et cumulativement à l’aide une technique de mutagénèse par échange allélique. Ainsi, nous avons testé chaque mutant individuel et la souche mutante pour tous les systèmes d’adhésion dans plusieurs essais tels que des infections de cellules épithéliales et de macrophages, de mobilité et de formation de biofilm. Nous avons aussi évalué l’expression des fimbriae lors de différentes conditions de croissance en laboratoire par RT-PCR. Tous les tests réalisés nous ont permis de découvrir que plusieurs opérons fimbriaires de S. Typhi sont opérationnels et utilisés pour différentes fonctions par la bactérie.

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La phosphorylation est une modification post-traductionnelle modulant l’activité, la conformation ou la localisation d’une protéine et régulant divers processus. Les kinases et phosphatases sont responsables de la dynamique de phosphorylation et agissent de manière coordonnée. L’activation anormale ou la dérégulation de kinases peuvent conduire au développement de cancers ou de désordres métaboliques. Les récepteurs tyrosine kinase (RTKs) sont souvent impliqués dans des maladies et la compréhension des mécanismes régissant leur régulation permet de déterminer les effets anticipés sur leurs substrats. Dans ce contexte, le but de cette thèse est d’identifier les évènements de phosphorylation intervenant dans la voie de l’insuline chez la drosophile impliquant un RTK : le récepteur de l’insuline (InR). La cascade de phosphorylation déclenchée suite à l’activation du récepteur est conservée chez le mammifère. Afin d’étudier le phosphoprotéome de cellules S2 de drosophile, nous avons utilisé une étape d’enrichissement de phosphopeptides sur dioxyde de titane suivie de leur séparation par chromatographie liquide (LC) et mobilité ionique (FAIMS). Les phosphopeptides sont analysés par spectrométrie de masse en tandem à haute résolution. Nous avons d’abord démontré les bénéfices de l’utilisation du FAIMS comparativement à une étude conventionnelle en rapportant une augmentation de 50 % dans le nombre de phosphopeptides identifiés avec FAIMS. Cette technique permet de séparer des phosphoisomères difficilement distinguables par LC et l’acquisition de spectres MS/MS distincts où la localisation précise du phosphate est déterminée. Nous avons appliqué cette approche pour l’étude des phosphoprotéomes de cellules S2 contrôles ou traitées à l’insuline et avons identifié 32 phosphopeptides (sur 2 660 quantifiés) pour lesquels la phosphorylation est modulée. Étonnamment, 50 % des cibles régulées possèdent un site consensus pour la kinase CK2. Une stratégie d’inhibition par RNAi a été implémentée afin d’investiguer le rôle de CK2 dans la voie de l’insuline. Nous avons identifié 6 phosphoprotéines (CG30085, su(var)205, scny, protein CDV3 homolog, D1 et mu2) positivement régulées suite à l’insuline et négativement modulées après le traitement par RNAi CK2. Par essai kinase in vitro, nous avons identifié 29 cibles directes de CK2 dont 15 corrélaient avec les résultats obtenus par RNAi. Nous avons démontré que la phosphorylation de su(var)205 (S15) était modulée par l’insuline en plus d’être une cible directe de CK2 suite à l’expérience RNAi et à l’essai kinase. L’analyse des données phosphoprotéomiques a mis en évidence des phosphopeptides isomériques dont certains étaient séparables par FAIMS. Nous avons déterminé leur fréquence lors d’études à grande échelle grâce à deux algorithmes. Le script basé sur les différences de temps de rétention entre isomères a identifié 64 phosphoisomères séparés par LC chez la souris et le rat (moins de 1 % des peptides identifiés). Chez la drosophile, 117 ont été répertoriés en combinaison avec une approche ciblée impliquant des listes d’inclusion. Le second algorithme basé sur la présence d’ions caractéristiques suite à la fragmentation de formes qui co-éluent a rapporté 23 paires isomériques. L’importance de pouvoir distinguer des phosphoisomères est capitale dans le but d’associer une fonction biologique à un site de phosphorylation précis qui doit être identifié avec confiance.

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"L’auteure Lucie Guibault aborde la question des ""logiciels libres"" dans le cadre des droits d’auteurs et des brevets. Ces logiciels sont des programmes informatiques qui sont gratuitement distribués au public, dont la modification et la redistribution sont fortement encouragées, mais dont la vente ou la commercialisation est découragée ou même carrément prohibée. Ces caractéristiques particulières distinguent les logiciels libres des ""programmes propriétés"" traditionnels, qui se basent sur le principe que le créateur d’un programme en possède les droits de propriété et qu’il est le seul autorisé à le modifier ou le vendre, sous réserve de sa capacité à faire cession de ces droits. Les logiciels libres sont fondés sur une idéologie de coopération, qui promeut la propagation des idées et des connaissances et qui favorise ainsi la création de meilleurs logiciels. L’auteure présente les grandes caractéristiques des trois principales licences de logiciels libres, soit la ""General Public License"", la licence ""Berkeley Software Distribution"" et la ""Mozilla Public License"". Elle soutient que ces logiciels libres et les régimes normatifs qui les encadrent sont à l’origine d’un changement de paradigme au sein des régimes européens et hollandais de protection des droits d’auteurs et des brevets. La première partie de l’article analyse les régimes des droits d’auteur des trois licences de logiciels libres. L’auteure souligne que ces régimes ont été établis en se basant sur la prémisse qu’il n’y a pas de distinction significative entre les créateurs et les utilisateurs de logiciels libres. Les régimes normatifs reflètent cette situation en prévoyant un ensemble de droits et d’obligations pour les utilisateurs dans le cadre de l’utilisation, de la reproduction, de la modification et de la redistribution gratuite des logiciels libres. L’auteur explique comment ces régimes normatifs s’intègrent au sein de la législation européenne et hollandaise, entre autre au niveau du droit de propriété, du droit commercial, du droit des communications et du droit des obligations. L’auteur démontre que, de façon générale, ces régimes normatifs législatifs semblent s’être adéquatement adaptés aux nouvelles réalités posées par les règles de droits d’auteurs des logiciels libres. La seconde partie aborde la problématique du droit des brevets, tel que défini par la législation européenne et hollandaise. La plupart des utilisateurs et créateurs de logiciels libres s’opposent aux régimes de brevets traditionnels, qui limitent l’innovation et les possibilités de développement techniques. L’auteur décrit les différents régimes alternatifs de brevets offerts par les trois licences de logiciels libres. De plus, l’auteur présente l’encadrement légal pour ces nouveaux brevets, tel que défini par les législations européennes et hollandaises. Elle soutient que cet encadrement légal est inadéquat et qu’il n’est pas adapté aux besoins des utilisateurs de logiciels libres."

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Les études sur les milieux de vie et la santé ont traditionnellement porté sur le seul quartier de résidence. Des critiques ont été émises à cet égard, soulignant le fait que la mobilité quotidienne des individus n’était pas prise en compte et que l’accent mis sur le quartier de résidence se faisait au détriment d’autres milieux de vie où les individus passent du temps, c’est-à-dire leur espace d’activité. Bien que la mobilité quotidienne fasse l’objet d’un intérêt croissant en santé publique, peu d’études se sont intéressé aux inégalités sociales de santé. Ceci, même en dépit du fait que différents groupes sociaux n’ont pas nécessairement la même capacité à accéder à des milieux favorables pour la santé. Le lien entre les inégalités en matière de mobilité et les inégalités sociales de santé mérite d’être exploré. Dans cette thèse, je développe d'abord une proposition conceptuelle qui ancre la mobilité quotidienne dans le concept de potentiel de mobilité. Le potentiel de mobilité englobe les opportunités et les lieux que les individus peuvent choisir d’accéder en convertissant leur potentiel en mobilité réalisée. Le potentiel de mobilité est façonné par des caractéristiques individuelles (ex. le revenu) et géographiques (ex. la proximité des transports en commun), ainsi que par des règles régissant l’accès à certaines ressources et à certains lieux (ex. le droit). Ces caractéristiques et règles sont inégalement distribuées entre les groupes sociaux. Des inégalités sociales en matière de mobilité réalisée peuvent donc en découler, autant en termes de l'ampleur de la mobilité spatiale que des expositions contextuelles rencontrées dans l'espace d'activité. Je discute de différents processus par lesquels les inégalités en matière de mobilité réalisée peuvent mener à des inégalités sociales de santé. Par exemple, les groupes défavorisés sont plus susceptibles de vivre et de mener des activités dans des milieux défavorisés, comparativement à leurs homologues plus riches, ce qui pourrait contribuer aux différences de santé entre ces groupes. Cette proposition conceptuelle est mise à l’épreuve dans deux études empiriques. Les données de la première vague de collecte de l’étude Interdisciplinaire sur les inégalités sociales de santé (ISIS) menée à Montréal, Canada (2011-2012) ont été analysées. Dans cette étude, 2 093 jeunes adultes (18-25 ans) ont rempli un questionnaire et fourni des informations socio-démographiques, sur leur consommation de tabac et sur leurs lieux d’activités. Leur statut socio-économique a été opérationnalisé à l’aide de leur plus haut niveau d'éducation atteint. Les lieux de résidence et d'activité ont servi à créer des zones tampons de 500 mètres à partir du réseau routier. Des mesures de défavorisation et de disponibilité des détaillants de produits du tabac ont été agrégées au sein des ces zones tampons. Dans une première étude empirique je compare l'exposition à la défavorisation dans le quartier résidentiel et celle dans l'espace d’activité non-résidentiel entre les plus et les moins éduqués. J’identifie également des variables individuelles et du quartier de résidence associées au niveau de défavorisation mesuré dans l’espace d’activité. Les résultats démontrent qu’il y a un gradient social dans l’exposition à la défavorisation résidentielle et dans l’espace d’activité : elle augmente à mesure que le niveau d’éducation diminue. Chez les moins éduqués les écarts dans l’exposition à la défavorisation sont plus marquées dans l’espace d’activité que dans le quartier de résidence, alors que chez les moyennement éduqués, elle diminuent. Un niveau inférieur d'éducation, l'âge croissant, le fait d’être ni aux études, ni à l’emploi, ainsi que la défavorisation résidentielle sont positivement corrélés à la défavorisation dans l’espace d’activité. Dans la seconde étude empirique j'étudie l'association entre le tabagisme et deux expositions contextuelles (la défavorisation et la disponibilité de détaillants de tabac) mesurées dans le quartier de résidence et dans l’espace d’activité non-résidentiel. J'évalue si les inégalités sociales dans ces expositions contribuent à expliquer les inégalités sociales dans le tabagisme. J’observe que les jeunes dont les activités quotidiennes ont lieu dans des milieux défavorisés sont plus susceptibles de fumer. La présence de détaillants de tabac dans le quartier de résidence et dans l’espace d’activité est aussi associée à la probabilité de fumer, alors que le fait de vivre dans un quartier caractérisé par une forte défavorisation protège du tabagisme. En revanche, aucune des variables contextuelles n’affectent de manière significative l’association entre le niveau d’éducation et le tabagisme. Les résultats de cette thèse soulignent l’importance de considérer non seulement le quartier de résidence, mais aussi les lieux où les gens mènent leurs activités quotidiennes, pour comprendre le lien entre le contexte et les inégalités sociales de santé. En discussion, j’élabore sur l’idée de reconnaître la mobilité quotidienne comme facteur de différenciation sociale chez les jeunes adultes. En outre, je conclus que l’identification de facteurs favorisant ou contraignant la mobilité quotidienne des individus est nécessaire afin: 1 ) d’acquérir une meilleure compréhension de la façon dont les inégalités sociales en matière de mobilité (potentielle et réalisée) surviennent et influencent la santé et 2) d’identifier des cibles d’intervention en santé publique visant à créer des environnements sains et équitables.

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Le concept des Sociétés de fictions élaboré dans le cadre de ce mémoire vise l’exploration de la médiation à l’ère du numérique. Pour penser les modalités de fictions littéraires avec l’idée qu’elles puissent former des sociétés distinctes, ce travail d’analyse propose d’examiner diverses fictions, plus précisément des expressions gothiques américaines en littérature contemporaine, afin d’en extraire un mode de pensée significatif. Dans le dessein d’analyser la manière dont ces fictions se relient entre elles, cette recherche se focalise sur le rapport qu’entretient la fiction littéraire avec la technologie ainsi qu’avec divers modes de diffusion et de médiation. Afin de comprendre comment les mécanismes du discours positionnent des œuvres de fictions les unes par rapport aux autres, ces fictions individuées seront d’abord examinées au sein d’une société qui leur est propre. Ceci mènera à exposer en quoi et comment les rapports qu’entretient l’humain avec la littérature et la technologie se reconfigurent par le biais de nouvelles formes de médiations. La présente réflexion se penche ainsi sur les modes d’interactions des fictions qui s’organisent en sociétés afin de pouvoir analyser comment le glissement du paradigme de l’imprimé et des supports matériels, à l’âge du numérique, peut se traduire par une manière inédite de penser notre relation au littéraire. En somme, cette réflexion sur la mobilité des formes et des plateformes liées aux fictions et à leur société devrait permettre de mieux analyser les individus qui inventent et consomment ces fictions, leur univers social ainsi que leur rapport intime à la technologie et ses médiations. Ces sociétés de fictions deviennent alors une clé pour comprendre notre rapport à la virtualisation de nos univers sociaux. Entre les sociétés de fictions et les sociétés des Hommes se noue un lien substantiel laissant entrevoir une véritable co-évolution de ces univers distincts. Les principales œuvres de fiction étudiées et citées seront celles du romancier et scénariste américain Bret Easton Ellis, plus précisément les romans Less Than Zero et Imperial Bedrooms. Il sera également question de la série télévisuelle Twin Peaks, diffusée sur la chaîne ABC en 1990 et réalisée par David Lynch, ainsi que d’une nouvelle de John Cheever, The enormous radio, parue en 1947, dans le New Yorker.

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La violence chronique qui caractérise la Somalie depuis plus de deux décennies a forcé près de deux millions de personnes à fuir. Cette ethnographie étudie l’expérience de l’asile prolongé de jeunes Somaliens qui ont grandi au camp de Kakuma, au Kenya. Leur expérience est hors du commun, bien qu’un nombre croissant de réfugiés passent de longues années dans des camps pourtant conçus comme temporaires, en vertu de la durée des conflits et de la normalisation de pratiques de mise à l’écart de populations « indésirables ». Nous explorons la perception qu’ont ces jeunes de leur environnement et de quelle façon leur exil structure leur perception du passé et de leur pays d’origine, et de leur futur. Ce faisant, nous considérons à la fois les spécificités du contexte et l’environnement global, afin de comprendre comment l’expérience des gens est façonnée par (et façonne) les dynamiques sociales, politiques, économiques et historiques. Nous observons que le camp est, et demeure, un espace de confinement, indépendamment de sa durée d’existence ; bien que conçu comme un lieu de gestion rationnelle des populations, le camp devient un monde social où se développent de nouvelles pratiques ; les jeunes Somaliens font preuve d’agentivité et interprètent leur expérience de manière à rendre leur quotidien acceptable ; ces derniers expriment une frustration croissante lorsque leurs études sont terminées et qu’ils peinent à s’établir en tant qu’adultes, ce qui exacerbe leur désir de quitter le camp. En effet, même s’il existe depuis plus de 20 ans, le camp demeure un lieu de transition. L’expérience de jeunes Somaliens qui ont grandi dans un camp de réfugiés n’a pas été étudiée auparavant. Nous soutenons que cette expérience est caractérisée par des tensions entre contraintes et opportunités, mobilité et immobilité, isolation et connexion ou victimisation et affirmation du sujet – et des temporalités contradictoires. Cette étude souligne que des notions comme la convivialité ou la pluralité des appartenances développées dans la littérature sur la cohabitation interethnique dans les villes ou sur l’identité des migrants aident à appréhender le réalité du camp. Cette ethnographie montre également que, loin d’être des victimes passives, les réfugiés contribuent à trouver des solutions à leur exil.

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It is hoped that the present study by analysing the dynamics of agrarian change and peasant mobility may contribute to the on-going debate on this issue in India and other developing countries. It may also help to throw light on the validity of some of the theories formulated on the basis of experience in different regions and at different times. The study is likely to be of special importance as it covers an area which has one of the highest densities of population. The area has also witnessed sweeping changes in agrarian structure as a result of the most radical land reforms among the Indian states.

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Division of Marine Biology, Microbiology and Biochemistry, School of Marine Sciences, Cochin University of Science and Technology

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This study was aimed at to characterize the spatio-temporal trends in the distributional characteristics of various species of nitrogen and phosphorus as well as to elucidate the factors and processes aflecting these nutrients in the dissolved, particulate and sedimentary phases of a river estuarine system. The main area of study is Chalakudy river in Kerala, which is a fresh water system originating from Anamalai hills and ending at Arabian Sea. Its basin is between I00 05 ’ to I00 35’ North latitude and 76” 15 ’ to 760 55’ East longitude. Being a riparian bufler zone, the dynamics of nutrient mobility tend to be more complex and variable in this river-estuarine system.The diflerent species of nitrogen estimated from the filtrate were nitrite-N, nitrateN, ammonia-N, urea-N, total nitrogen and residual nitrogen. The diflerent forms of phosphorus estimated from the filtrate were phosphate-P, total-P and residualP. Pre weighed sediments as well as particulate matter were analysed for quantijying nitrite-N, nitrate-N, ammonia-N and urea-N. Total nitrogen was estimated after digestion with potassium persulfate. Fractionation of phosphorus in sediment/particulate matter was performed by applying sequential extraction procedure. The dijferent forms of phosphorus thus estimated were loosely bound (exchangeable) P, Fe/Al bound P, polyphosphates, Ca bound P and refractory P. Sedimental total P was also measured directly by applying digestion method.The analyses carried out in this bimonthly annual survey have revealed specific information on the latent factors influencing the water quality pattern ofthe river. There was dependence among the chemical components of the river sediment and suspended matter, reflecting the water quality. A period of profound environmental change occurred and changes in various species had been noted in association with seasonal variations in the waterway, especially following enhanced river runoff during the monsoon. The results also successfully represented the distribution trend of nutrients during the rainy as well as dry season. Thus, the information gathered in this work will also be beneficial for those interested or involved in river management, conservation, regulation and policy making in regional and national levels.

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‘Biochemical genetics of selected commercially important penaeid prawns‘ dloted was carried out by collecting samples from different important fishing ceatres of India and the practical work was carried out in the Research Centre of CMFRI laboratories attached with those places. On the whole, in crustacea little importance has been given so far in finding out tin genetic characteristics of different species, genetic variation within and between species and ontogenetic variations in lobsters, prawns and other crustaceans. Prawn is caunercially important group where very little attention had been given so far to find out the racial divergence which may exist in cufferent species. with the increased foreign exchange earning and consequent indiscriminate over exploitation of existing resources of prawns resulting in depletion of the marine rescurces, alternative ways and augmenting production has become essential. In this connection genetic manipulation of the broodstock will surely bring about the heterogenous characters to multiply production. In order to understand racial fragmentation of sane of the coumercially important prawns such as Pengeus ggdicus and Parggenagsis sgliferg the isozyme studies were carried out. Qatogenetic variation of g. indicus showed stage specific electrophoretic variation. Inter species variation studies was carried out for the closely aligned Penaeus species

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Cluster based protocols like LEACH were found best suited for routing in wireless sensor networks. In mobility centric environments some improvements were suggested in the basic scheme. LEACH-Mobile is one such protocol. The basic LEACH protocol is improved in the mobile scenario by ensuring whether a sensor node is able to communicate with its cluster head. Since all the nodes, including cluster head is moving it will be better to elect a node as cluster head which is having less mobility related to its neighbours. In this paper, LEACH-Mobile protocol has been enhanced based on a mobility metric “remoteness” for cluster head election. This ensures high success rate in data transfer between the cluster head and the collector nodes even though nodes are moving. We have simulated and compared our LEACH-Mobile-Enhanced protocol with LEACHMobile. Results show that inclusion of neighbouring node information improves the routing protocol.

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In wireless sensor networks, the routing algorithms currently available assume that the sensor nodes are stationary. Therefore when mobility modulation is applied to the wireless sensor networks, most of the current routing algorithms suffer from performance degradation. The path breaks in mobile wireless networks are due to the movement of mobile nodes, node failure, channel fading and shadowing. It is desirable to deal with dynamic topology changes with optimal effort in terms of resource and channel utilization. As the nodes in wireless sensor medium make use of wireless broadcast to communicate, it is possible to make use of neighboring node information to recover from path failure. Cooperation among the neighboring nodes plays an important role in the context of routing among the mobile nodes. This paper proposes an enhancement to an existing protocol for accommodating node mobility through neighboring node information while keeping the utilization of resources to a minimum.

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Immortal cell lines have not yet been reported from Penaeus monodon, which delimits the prospects of investigating the associated viral pathogens especially white spot syndrome virus (WSSV). In this context, a method of developing primary hemocyte culture from this crustacean has been standardized by employing modified double strength Leibovitz-15 (L-15) growth medium supplemented with 2% glucose, MEM vitamins (1 ), tryptose phosphate broth (2.95 g l 1), 20% FBS, N-phenylthiourea (0.2 mM), 0.06 lgml 1 chloramphenicol, 100 lgml 1 streptomycin and 100 IU ml 1 penicillin and hemolymph drawn from shrimp grown under a bio-secured recirculating aquaculture system (RAS). In this medium the hemocytes remained viable up to 8 days. 5-Bromo-20-deoxyuridine (BrdU) labeling assay revealed its incorporation in 22 ± 7% of cells at 24 h. Susceptibility of the cells to WSSV was confirmed by immunofluoresence assay using a monoclonal antibody against 28 kDa envelope protein of WSSV. A convenient method for determining virus titer as MTT50/ml was standardized employing the primary hemocyte culture. Expression of viral genes and cellular immune genes were also investigated. The cell culture could be demonstrated for determining toxicity of a management chemical (benzalkonium chloride) by determining its IC50. The primary hemocyte culture could serve as a model for WSSV titration and viral and cellular immune related gene expression and also for investigations on cytotoxicity of aquaculture drugs and chemicals

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Cluster based protocols like LEACH were found best suited for routing in wireless sensor networks. In mobility centric environments some improvements were suggested in the basic scheme. LEACH-Mobile is one such protocol. The basic LEACH protocol is improved in the mobile scenario by ensuring whether a sensor node is able to communicate with its cluster head. Since all the nodes, including cluster head is moving it will be better to elect a node as cluster head which is having less mobility related to its neighbours. In this paper, LEACH-Mobile protocol has been enhanced based on a mobility metric “remoteness” for cluster head election. This ensures high success rate in data transfer between the cluster head and the collector nodes even though nodes are moving. We have simulated and compared our LEACH-Mobile-Enhanced protocol with LEACHMobile. Results show that inclusion of neighbouring node information improves the routing protocol.