Development and validation of a D-loop mtDNA SNP assay for the screening of specimens in forensic casework

Mitochondrial DNA (mtDNA) analysis is usually a last resort in routine forensic DNA casework. However, it has become a powerful tool for the analysis of highly degraded samples or samples containing too little or no nuclear DNA, such as old bones and hair shafts. The gold standard methodology still constitutes the direct sequencing of polymerase chain reaction (PCR) products or cloned amplicons from the HVS-1 and HVS-2 (hypervariable segment) control region segments. Identifications using mtDNA are time consuming, expensive and can be very complex, depending on the amount and nature of the material being tested. The main goal of this work is to develop a less labour-intensive and less expensive screening method for mtDNA analysis, in order to aid in the exclusion of non-matching samples and as a presumptive test prior to final confirmatory DNA sequencing. We have selected 14 highly discriminatory single nucleotide polymorphisms (SNPs) based on simulations performed by Salas and Amigo (2010) [1] to be typed using SNaPShotTM (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). The assay was validated by typing more than 100 HVS-1/HVS-2 sequenced samples. No differences were observed between the SNP typing and DNA sequencing when results were compared, with the exception of allelic dropouts observed in a few haplotypes. Haplotype diversity simulations were performed using 172 mtDNA sequences representative of the Brazilian population and a score of 0.9794 was obtained when the 14 SNPs were used, showing that the theoretical prediction approach for the selection of highly discriminatory SNPs suggested by Salas and Amigo (2010) [1] was confirmed in the population studied. As the main goal of the work is to develop a screening assay to skip the sequencing of all samples in a particular case, a pair-wise comparison of the sequences was done using the selected SNPs. When both HVS-1/HVS-2 SNPs were used for simulations, at least two differences were observed in 93.2% of the comparisons performed. The assay was validated with casework samples. Results show that the method is straightforward and can be used for exclusionary purposes, saving time and laboratory resources. The assay confirms the theoretic prediction suggested by Salas and Amigo (2010) [1]. All forensic advantages, such as high sensitivity and power of discrimination, as also the disadvantages, such as the occurrence of allele dropouts, are discussed throughout the article. © 2013 Elsevier B.V.

Responses of melanocytes and melanomacrophages of Eupemphix nattereri (Anura: Leiuperidae) to Nle4, D-Phe7-α-melanocyte stimulating hormone and lipopolysaccharides

Melanocytes are found in various organs of ectothermic animals, playing a protective role against bacteria and free radicals. It is known that pigment cells from hematopoietic organs have immune functions. However, the role of visceral melanocytes is not well understood. Cutaneous melanocytes are responsive to α-melanocyte stimulating hormone (α-MSH), which is associated with the dispersion of melanin granules within melanocytes. α-MSH has also been reported to inhibit most forms of inflammatory responses by decreasing the pro-inflammatory cytokines and neutrophil migration. The present study evaluated the influence of an α-MSH analog (Nle4, D-Phe7-α-MSH) and lipopolysaccharides (LPS) from Escherichia coli on the liver and testicular tissues of the anuran Eupemphix nattereri. The tested hypotheses were: (i) the pigmented area will increase following hormone and LPS administration, (ii) pre-treatment with α-MSH will decrease the number of mast cells, and (iii) the hormone will have protective effects against LPS-induced responses. We found that hormone administration did not change hepatic pigmentation, but increased testicular pigmentation. Testicular pigmentation quickly increased after LPS administration, whereas there was a late response in the liver. The response of enhanced pigmentation was delayed and the number of mast cells decreased in animals previously treated with the α-MSH analog when compared to the LPS group. Hemosiderin and lipofuscin were found in melanomacrophages, but not in testicular melanocytes. Although both the liver and the testes of E. nattereri have pigmented cells, these are distinct in morphology, embryonic origin, and pigmentary substances. These differences may be responsible for the different responses of these cells to the α-MSH analog and LPS administration. © 2013 Elsevier GmbH.

Avaliação da ingestão de cálcio, vitamina D e macronutrientes e do metabolismo ósseo em pacientes submetidos à cirurgia bariátrica de Bypass Gástrico em Y de Roux

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Estudo da reação álcali-agregado na tomada d'água da UHE Jaguari por meio de ensaios laboratoriais

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Gênese do cristianismo: a relação entre judeus e gentios no discurso de Paulo em meados do I século d.C

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

A travessia de Maria: uma experiência de leitura de Corda Bamba de Lygia Bojunga Nunes

Pós-graduação em Letras - FCLAS

Os Guardiões da memória na Praça D. Pedro II

Aborda a memória constituída pelos engraxates da praça Dom Pedro II, a partir da relação que estes mantêm com este espaço público e dos significados que eles lhes atribuem. Tem por objetivo estudar a construção dessa memória como fenômeno constitutivo da vida desses engraxates flagradas nas suas histórias de vida, ferramenta deste trabalho.

Evolução tectônica dos altos estruturais de Pitanga, Artemis, Pau D'Alho e Jibóia - Centro do Estado de São Paulo

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

O final de uma guerra e suas questões logísticas: o conde D'Eu na guerra do Paraguai (1869-1870)

Pós-graduação em História - FCHS

A criação da diocese de Ribeirão Preto e o governo do primeiro Bispo: D. Alberto José Gonçalves

Pós-graduação em História - FCHS

Maria Lúcia Medeiros, entreatos, o fato e a ficção

Este trabalho é uma Biografia Literária, e tem como objetivo o de traçar um panorama da vida e da obra da escritora Maria Lúcia Medeiros, apoiado nos pressupostos teóricos de uma nova vertente da crítica literária: a crítica biográfica. Com base na leitura dos textos - literários e não literários - de Maria Lúcia Medeiros (contos, fotos, anotações, rascunhos e bilhetes, Diário, documentos e vida), esta dissertação - construída em Atos, a exemplo de uma peça de teatro, com Prólogo e Remate -, procura estabelecer uma leitura interpretativa da vida e da obra da mulher e escritora (como se sua vida fosse um texto a mais entre os outros textos). No prólogo, destacamos como se iniciou este estudo e comentamos as teorias que sustentam a interpretação da vida e da obra de Maria Lúcia Medeiros, reafirmando o seu prazer de lidar com a palavra e sua contribuição para a Literatura Paraense. Ao traçar a sua trajetória nos "atos" da sua peça-vida, acompanhamos seu percurso como ser humano e como escritora - a criança e adolescente, a mulher, a professora de Literatura Brasileira e Literatura Infanto-Juvenil, a leitora, a escritora, tentando descobrir o quantum de sua vida tornou-se obra e em que medida a literatura enriqueceu sua vida. Em seus textos, a autora de Horizonte silencioso funde realidades e gêneros literários. No texto deste trabalho, também se unem domínios, que antes se encontravam separados: ler conjuntamente textos e vidas é o que a nova crítica biográfica propõe, fusionando obra e existência. Diante disso, a construção do trabalho mostra o fascínio das biografias literárias, ao permitir a criação de um novo texto que entrelaça o contexto histórico-social com a história da vida e da obra de um autor, neste caso, de Maria Lúcia Medeiros.

Análise comparativa do potencial alelopático do extrato hidroalcoólico e do óleo essencial de folhas de cipó-d'alho (Bignoniaceae)

A alelopatia é um importante mecanismo que influencia a estabilidade de agroecossistemas. A identificação desse caráter, em muitos casos, realiza-se via análise dos efeitos de extratos brutos polares. No presente trabalho, caracterizou-se a atividade alelopática do cipó-d'alho (Mansoa standleyi - Bignoniaceae), analisando-se, comparativamente, o extrato hidroalcoólico e o óleo essencial das folhas da planta, procurando-se estabelecer a necessidade de se considerar, em estudos dessa natureza, a abordagem envolvendo extratos apolares. Realizaram-se bioensaios de germinação e desenvolvimento da radícula e do hipocótilo de malícia (Mimosa pudica), em períodos de dez dias, empregando-se concentrações de 0,5%, 1,0% e 2,0%. Foram identificados, ainda, os principais constituintes químicos do óleo essencial. Os resultados indicaram que tanto o extrato hidroalcoólico como o óleo essencial apresentaram potencial para inibir a germinação e o desenvolvimento da radícula e do hipocótilo. O extrato hidroalcoólico manifestou maior potencial inibitório sobre a germinação, enquanto o óleo essencial promoveu inibições mais expressivas sobre o desenvolvimento da radícula e do hipocótilo. Os efeitos estiveram positivamente associados à concentração, com efeitos máximos e mínimos obtidos nas concentrações de 2,0% e 0,5%, respectivamente. Compostos sulfurados, como o dissulfeto de dialila (42,15%) e o trissulfeto de dialila (11,25%), isoladamente ou em associação, estão envolvidos nos efeitos alelopáticos promovidos pelo óleo essencial. Adicionalmente, os resultados obtidos apontam para a necessidade de se considerar a utilização de extratos apolares quando da análise da atividade alelopática de uma dada planta, especialmente se não houver informações sobre a produção de óleo essencial pela planta prospectada.

Análise da variação morfológica de Dipsas catesbyi (Sentzen, 1796) e Dipsas pavonina Schlegel, 1837 (Serpentes: Colubridae: Dipsadinae)

A subfamília Dipsadinae engloba 22 gêneros da fauna de colubrídeos neotropicais e 24 outros considerados incertae sedis, mas com caracteres comuns aos dipsadíneos. Os gêneros Dipsas, Sibon, Sibynomorphus e Tropidodipsas formalmente compõem a tribo Dipsadini a qual é considerado um grupo monofilético bem fundamentado. A tribo é caracterizada por serpentes que apresentam um alto grau de especialização morfológica, relacionado ao modo de alimentação e adaptações ao hábitat em que vivem. O gênero Dipsas inclui aproximadamente 32 espécies, distribuídas do México até a América do Sul, é constituído por serpentes de corpo delgado e alongado, com cabeça curta e proeminente, olhos grandes, pupilas verticais e ausência de sulco mentoniano. As espécies são notavelmente variáveis na coloração, número de escamas e outros caracteres morfológicos. Essa extrema variação tem dificultado a definição dos limites entre as espécies e a interpretação de padrões de variação geográfica. A grande variação morfológica dos caracteres presentes nas espécies D. catesbyi e D. pavonina, associada à dificuldade de identificação dos táxons e à escassez de informações sobre as suas distribuições geográficas, justificam a necessidade de uma análise mais detalhada destas espécies. Para tal, o presente estudo foi dividido em dois capítulos. O primeiro capítulo corresponde à análise da variação individual, sexual e geográfica de D. catesbyi e D. pavonina, e a comparação dos caracteres morfológicos entre as duas espécies. O segundo corresponde à análise da macroestrutura das glândulas cefálicas nestas duas espécies, relacionando-as com outros táxons de Dipsadinae.

Prevalência dos marcadores sorológicos dos vírus das hepatites B e D na área indígena Apyterewa, do grupo Parakanã, Pará, Brasil

Com o objetivo de estudar a prevalência dos vírus das hepatites B (HBV) e D (HDV), nas aldeias Apyterewa e Xingu, do grupo Parakanã, e avaliar o impacto da vacinação contra a hepatite B, iniciada nessas aldeias em 1995, foram coletadas, em 2004, 258 amostras de soro para análise dos marcadores sorológicos das hepatites B e D, por técnicas imunoenzimáticas; cujos resultados revelaram padrão de endemicidade moderada com prevalência total de infecção pelo HBV de 55,7%, com 5,4% de portadores do vírus, na aldeia Apyterewa, e de 49,5%, com 1,1% de portadores, na Xingu; 31,4% de anti-HBs+ como marcador isolado nas duas aldeias, e não foi detectada sorologia positiva para o HDV entre portadores do HBV. Caracterizamos, em base laboratorial, a presença de portadores crônicos do HBV, ausência de portadores do HDV e emergência de perfil vacinal entre os susceptíveis, confirmando a efetividade e a necessidade de manter a vacinação, principalmente no primeiro ano de vida, e, ainda, a necessidade de desenvolver vigilância epidemiológica efetiva para detecção precoce da infecção pelo HDV, entre os portadores do HBV.

Modelagem direta de dados de eletrorresistividade 3-D

Dentre os métodos geofísicos, o da Eletrorresistividade é um dos mais tradicionais, com o seu desenvolvimento ocorrido há mais de 80 anos. Durante esse tempo o seu uso acompanhou o avanço no poder de processamento numérico e mais recentemente, a modelagem e inversão tridimensional tornou-se uma possibilidade para o geofísico. Apresentamos, neste trabalho, a técnica de elementos finitos aplicada ao método da eletrorresistividade 3-D, através do cálculo do potencial secundário. Para o desenvolvimento da metodologia, simulamos o levantamento do método da eletrorresistividade 3-D com os arranjos Dipolo-Dipolo e Schlumberger, visando medir as variações laterais e verticais da resistividade aparente do solo. Estes arranjos consistem na injeção de corrente elétrica na superfície e de medidas de diferenças de potencial elétrico, resultante da interação da corrente elétrica com o solo. Sendo que, as fontes e receptores são localizados de acordo com os arranjos escolhidos para o levantamento. Neste trabalho, as curvas de sondagem e as pseudo-secções de resistividade aparente, são obtidas através da modelagem de eletrorresistividade 3-D, usando malha de elementos finitos regular. Para efeito de validação, os resultados são comparados com a resposta 3-D obtida a partir dos potenciais totais.