Engineered structures for the profiling and enrichment of the phosphoproteome

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Bioengenharia (MIT-Portugal)

Suscetibilidade in vitro de isolados de Sporothrix schenckii frente à terbinafina e itraconazol

O estudo objetiva determinar a atividade in vitro da terbinafina e itraconazol através da técnica de microdiluição em caldo (NCCLSM27-A2) adaptado para um fungo dimórfico frente a 12 isolados de Sporothrix schenckii, sendo seis de esporotricose felina, três de esporotricose humana, um isolado de cão e dois isolados humanos provenientes do Instituto Oswaldo Cruz (IOC). O inóculo e as concentrações antifúngicas foram distribuídas em microplacas, as quais foram incubadas a 35°C por cinco dias, quando foi realizada a leitura da concentração inibitória mínima. A concentração inibitória mínima para a terbinafina variou de 0,055µg/ml a 0,109µg/ml e para o itraconazol de 0,219µg/ml a 1,75µg/ml, sendo que para ambos os fármacos as CIMs entre os isolados do IOC foi de 0,875µg/ml. O estudo demonstrou uma alta suscetibilidade do Sporothrix schenckii frente à terbinafina, necessitando mais estudos que correlacionem os testes in vitro frente ao fármaco com a resposta clínica em pacientes com esporotricose.

Soroprevalência da hepatite C em pacientes hemodialisados

Os objetivos deste estudo foram estimar a soroprevalência da infecção pelo vírus da hepatite C em um centro de diálise da grande Recife; e associar a soropositividade para o vírus da hepatite C em relação a alguns fatores de risco. Foram analisados 250 pacientes com idade variando de 17 a 92 anos e de ambos os sexos. Dados epidemiológicos desses pacientes foram obtidos para a determinação dos fatores de riscos para esta infecção. A pesquisa de anticorpos anti-HCV foi realizada pelo ELISA de 4ª geração. Foi observado que em relação aos fatores de riscos, como o tempo de hemodiálise, número e período das transfusões de hemocomponentes, foi encontrada uma associação estatisticamente significante (p< 0,05). A prevalência encontrada foi baixa (8,4%) em relação a outros estudos do Brasil. Entretanto, seriam necessários mais estudos em outros centros a fim de estimar a real prevalência para infecção pelo vírus da hepatite C em pacientes submetidos a hemodiálise em Pernambuco.

Nosocomial Mycobacterium tuberculosis transmission among healthcare students in a high incidence region, in Vitória, State of Espírito Santo

This open comparative study for evaluating hypersensitivity to tuberculin among medical students (n=441), nursing students (n=178) and economics students (n=230) in Vitória, State of Espírito Santo, had the aim of assessing whether the prevalence of positive tuberculin tests among healthcare students could be used as a sentinel event for nosocomial transmission in localities with high endemicity. There was a significant change in the frequency of purified protein derivative reactivity in the nursing students (20. 3%) and medical students (18. 4%), in comparison with the economics students (6%) (p <0. 001). As expected, the medical and nursing students had more knowledge about tuberculosis than did the economics students (p <0. 001). Our data suggest that the incidence of Mycobacterium tuberculosis infection among nursing and medical students in our region, which has high endemicity of tuberculosis, does not differ from what is found in low-incidence countries. These data reinforce the need for implementing biosafety programs for this target population.

Estudos de nutrição para a produção de clamidósporos de Pochonia chlamydosporia em cultura líquida estacionária

O fungo nematófago Pochonia chlamydosporia, estirpe PcMR, tem a capacidade de produzir clamidósporos em cultura líquida. Neste estudo quantificou-se o efeito da adição de hidratos de carbono (glucose, sacarose ou amido) ao meio basal de produção de clamidósporos (ALMA), e o efeito da substituição da lecitina no meio ALMA por outro lípido (ácidos gordos ou triglicéridos). Determinou-se as curvas de crescimento de clamidósporos e peso seco para o meio basal e meios ALMA + glucose, sendo medido o consumo de albumina, lecitina e glucose. Foram obtidas produções elevadas de clamidósporos (superior a 5X105 clamidósporos/ml) nos meios com 0 a 5g/L de glucose ou sacarose. A adição de maiores quantidades de hidratos de carbono ao meio ALMA leva à diminuição da produção de clamidósporos e a um aumento proporcional do peso seco. Ácidos gordos insaturados no meio ALMA permitem obter produções de clamidósporos superiores às obtidas com ácidos gordos saturados ou triglicéridos mas inferiores às obtidas com lecitina. No entanto, o peso seco final é menor quando se utiliza meio ALMA contendo ácidos gordos insaturados do que com quando se utilizam os restantes lípidos mais complexos estudados. O fungo desenvolve-se mais rapidamente nos meios com glucose, embora nesses meios a produção de clamidósporos se inicie mais tarde. Com elevadas quantidades de glucose no meio, o consumo de albumina é limitado, e a produção de clamidósporos é reduzida. Estes resultados mostram que os meios líquidos podem ser utilizados para a produção de elevadas quantidades de clamidósporos, permitem estabelecer alguns dos componentes mais importantes no processo de optimização industrial, e estabelecem a lecitina como o lípido mais importante na produção de clamidósporos.

Estado de direito consuetudinário. Os problemas jusfilosóficos do pluralismo jurídico e das fontes do direito

Com a presente dissertação pretende-se elaborar uma síntese do que se entende hoje por pluralismo jurídico, suas categorizações e reconhecimento nos ordenamentos jurídicos contemporâneos, visando a determinação do lugar que o costume jurídico ocupa. O principal objetivo consiste em desenvolver uma reflexão filosófica sobre a relação dialética entre o Estado e o Direito nas suas manifestações pluralísticas. O método de tematização das matérias assenta numa incessante identificação de problemas que o Direito Consuetudinário suscita, ancorando-se em última análise ao relativismo epistemológico e suas alternativas enquanto princípio aplicado à investigação de conteúdos filosóficos.Com efeito, o tema central da presente dissertação cai no domínio da Filosofia do Direito e funda-se no pressuposto de que a prática filosófica explora problemas e experiências revelados pela tradição em que se realiza. Por isso, o desafio reside na necessidade de explicar a razão por que a modernidade ocidental revela os indícios da sua própria crise, sendo esta suscetível de ser analisada a partir da inadequação do modelo de Estado-nação e dos ordenamentos jurídicos a que dá lugar em determinados contextos históricos. A dimensão empírica da demonstração constrói-se em torno de proposições e premissas que sustentam a descrição dos ordenamentos jurídicos procurando abordar as suas singularidades através de um repertório de casos com a finalidade de identificar os princípios e as normas constitucionais que tematizam essas matérias, avaliando o grau de pertinência das soluções e das respostas perante as questões formuladas.

Detection of human herpesvirus-7 by qualitative nested-PCR: comparison between healthy individuals and liver transplant recipients

Diagnosis of human herpesvirus-7 active infection in transplant patients has proved difficult, because this virus is ubiquitous and can cause persistent infections in the host. The significance of viral DNA detected in leukocytes by PCR is unclear and cross-reaction in serological tests may occur. This study aimed to evaluate nested-PCR to detect human herpesvirus-7 active infection in liver transplant recipients compared to healthy individuals. human herpesvirus-7 nested-PCR was performed on leukocytes and sera of 53 healthy volunteers and sera of 29 liver transplant recipients. In healthy volunteers, human herpesvirus-7 was detected in 28.3% of leukocytes and 0% of serum. human herpesvirus-7 was detected in sera of 48.2% of the liver transplant recipients. Nested-PCR on DNA extracted from leukocytes detected latent infection and the study suggests that nested-PCR performed on serum could be useful to detect human herpesvirus-7 active infection in liver transplant recipients.

Optimização de catalisadores básicos provenientes de casca de ovo activos na produção de biodiesel

Uma das dificuldades no que concerne à utilização e produção do biodiesel e que ainda persiste, diz respeito ao recurso a bases fortes como catalisadores num processo homogéneo. Para além destes serem nocivos para o ambiente, possuem o inconveniente de produzirem sabões, os quais dificultam a separação do biodiesel formado. Assim sendo, neste trabalho foi estudada a transesterificação de triglicéridos com metanol, recorrendo a um processo catalítico heterogéneo. Os catalisadores que foram testados são sustentáveis do ponto de vista ambiental e económico, pois foram preparados a partir de casca de ovo. Os catalisadores preparados podem ser agrupados em três diferentes grupos:  ESC1: grupo de amostras catalíticas calcinadas uma vez  ESC2: grupo de amostras catalíticas sujeitas a tratamentos com água durante diferentes tempos  ESCUS: grupo de amostras catalíticas sujeitas ao tratamento em ultrassons durante diferentes tempos Durante o trabalho efectuado, foram realizados testes catalíticos com todos os catalisadores preparados, a fim de perceber a influência das diferentes condições de preparação na actividade catalítica demonstrada para a reacção estudada. Todos os catalisadores preparados e testados laboratorialmente revelaram ser activos na reacção de transesterificação do óleo de soja. No grupo ESC2 foi efectivamente criada porosidade e no grupo ESCUS foram fragmentadas as partículas do catalisador. A fim de perceber a influência da actividade catalítica com as modificações estruturais dos catalisadores, algumas das amostras pertencentes aos diferentes grupos foram caracterizadas mediante difracção de Raio-X (XRD), microscopia electrónica de transmissão (TEM) e caracterização textural através da obtenção das isotérmicas de adsorção e dessorção de azoto. Palavras-chave: Transesterificação; Biodiesel; Actividade Catalítica; Calcinação; Tratamento com água; Tratamento no ultrassons.

Evidência sorológica da infecção aguda pelo Toxoplasma gondii em gestantes de Cascavel, Paraná

Para verificar a ocorrência da toxoplasmose em Cascavel, Paraná, cidade próxima a região onde ocorreu o maior surto epidêmico descrito mundialmente, 334 amostras de soros de gestantes foram triadas pelo ensaio imunoenzimático comercial IgG no Laboratório Municipal de Cascavel, e confirmadas no Instituto de Medicina Tropical de São Paulo por imunofluorescência IgG, ensaio imunoenzimático e avidez de IgG in house. A soropositividade pelo IgG comercial foi 54,2%, pela imunofluorescência 54,8% e pelo IgG in house 53,9%, com boa concordância entre imunofluorescência/IgG comercial (Kappa=0,963781; co-positividade=97,8%; co-negatividade=98,7%) e imunofluorescência/IgG in house (Kappa=0,975857; co-positividade=97,8%; co-negatividade=100%). A evidência de infecção aguda nas gestantes foi similar tanto pela avidez de IgG (2,4% ao ano) como pela análise estatística de tendência (teste χ2) por faixa etária (2% ao ano), sugerindo que a triagem sorológica pré-natal e a vigilância epidemiológica são imprescindíveis para redução do risco da toxoplasmose na região, embora sem evidência de surto epidêmico.

Avaliação da adesão aos anti-retrovirais em um município no Sul do Brasil

O objetivo desta pesquisa foi avaliar os fatores preditores e o grau de adesão aos anti-retrovirais por meio de auto-relato e data de retirada da medicação. Trata-se de um estudo transversal em que foram entrevistados 67 pacientes. Foram considerados aderentes aqueles pacientes que utilizaram mais de 90% das doses. Os resultados de adesão foram: referida (72,7%); calculada por dose esquecida no último dia (70%); por três dias (76,1%); por sete dias (80,5%); e por quinze dias (80,5%); calculada pela data de retirada da medicação no período de três meses (53,7%); e em seis meses (47,8%). As variáveis associadas significativamente com a adesão foram: escolaridade, fato de viver com a família, referir boa adesão, avaliação positiva da terapia anti-retroviral, diagnóstico por doença oportunista, menor contagem de linfócitos CD4 maior que 200 células/mm³ e o fato de estar no primeiro tratamento. A partir da identificação dos fatores que comprometem a adesão, devem ser elaboradas estratégias individuais e coletivas para a promoção da adesão.

Novel affinity pairs "tag-receptor" for the purification of fusion proteins

Fundação para a Ciência e Tecnologia - SFRH/BD/48804/2008 and the project PTDC/BI/65383/2006 assigned to Prof. Cecíla Roque and also to Associate Laboratory REQUIMTE (Pest-C/EQB/LA0006/2011)

Análise e propostas de alteração ao modelo de abertura de lojas numa cadeia de franchising

O franchising é um modelo organizacional presente em diversos sectores da economia. A decisão de franquear um negócio está muitas vezes associada à política de expansão adotada, quer nacional, quer internacional. Note-se que este modelo constitui o pilar da internacionalização de empresas espalhadas por todo o mundo, como é o caso da McDonald’s. Além disso, surge como uma ferramenta ao dispor dos empreendedores, quer sejam franqueadores ou franqueados. Por um lado, é apontado como um meio de fazer face às restrições de capital a que os empreendedores franqueadores estão sujeitos. Por outro lado, permite aos empreendedores franqueados investir num modelo de negócio comprovado e assim reduzir o risco associado à iniciação de um novo negócio. Tal como de seria de esperar, também o franchising tem sido afetado pela atual conjuntura económico-financeira, sendo cada vez mais importante que os franqueadores desenvolvam mecanismos que permitam atrair um maior número de franqueados, como por exemplo, um maior apoio um maior apoio financeiro durante o investimento inicial. No entanto, uma das principais vantagens apontadas ao franchising para o franqueador é a utilização de capital e de trabalho dos franqueados para aumentar o tamanho da rede de franquia. Esta situação traduz-se num tradeoff para as entidades franqueadoras. Tendo em conta todos os aspetos apontados nos parágrafos anteriores e a exigência dos objetivos internos da organização em termos de número de lojas abertas, a entidade franqueadora em estudo está disposta a assumir um papel mais ativo durante o processo de abertura. Por um lado pretende incorrer num maior nível de investimento inicial de modo a conseguir atrair um maior número de franqueados, e por outro lado, pretende assumir as responsabilidades mais problemáticas do franqueado no momento de abertura, tornando assim o processo mais ágil. Posto isto, o principal objetivo da presente dissertação é analisar o modelo atual de abertura de lojas e apresentar um conjunto de propostas de alteração que vão ao encontro das indicações dadas pela entidade franqueadora. Uma das propostas apresentadas passa pela transferência de atividades do franqueado para o franqueador, bem como os seus respetivos custos. Outra das propostas, alternativa à primeira mas menos agressiva, passa pela transferência dessas mesmas atividades, no entanto o franqueador assume os custos no momento inicial e ajusta um modelo de pagamento com o franqueado ao longo dos anos de exploração. É apresentada ainda outra proposta relacionada com a diminuição da garantia bancária. É realizada uma análise económico-financeira das propostas apresentadas na perspetiva do franqueado e na perspetiva do franqueador. Pretende-se que os impactos sejam positivos para o franqueado, mas ao mesmo tempo que não diminuam significativamente a rentabilidade da entidade franqueadora. No final, são apresentadas propostas de trabalho futuro e as limitações ao estudo realizado.

Impact of using different radiation therapy techniques in breat cancer: contralateral breast dose

RESUMO: O cancro de mama e o mais frequente diagnoticado a indiv duos do sexo feminino. O conhecimento cientifico e a tecnologia tem permitido a cria ção de muitas e diferentes estrat egias para tratar esta patologia. A Radioterapia (RT) est a entre as diretrizes atuais para a maioria dos tratamentos de cancro de mama. No entanto, a radia ção e como uma arma de dois canos: apesar de tratar, pode ser indutora de neoplasias secund arias. A mama contralateral (CLB) e um orgão susceptivel de absorver doses com o tratamento da outra mama, potenciando o risco de desenvolver um tumor secund ario. Nos departamentos de radioterapia tem sido implementadas novas tecnicas relacionadas com a radia ção, com complexas estrat egias de administra ção da dose e resultados promissores. No entanto, algumas questões precisam de ser devidamente colocadas, tais como: E seguro avançar para tecnicas complexas para obter melhores indices de conformidade nos volumes alvo, em radioterapia de mama? O que acontece aos volumes alvo e aos tecidos saudaveis adjacentes? Quão exata e a administração de dose? Quais são as limitações e vantagens das técnicas e algoritmos atualmente usados? A resposta a estas questões e conseguida recorrendo a m etodos de Monte Carlo para modelar com precisão os diferentes componentes do equipamento produtor de radia ção(alvos, ltros, colimadores, etc), a m de obter uma descri cão apropriada dos campos de radia cão usados, bem como uma representa ção geometrica detalhada e a composição dos materiais que constituem os orgãos e os tecidos envolvidos. Este trabalho visa investigar o impacto de tratar cancro de mama esquerda usando diferentes tecnicas de radioterapia f-IMRT (intensidade modulada por planeamento direto), IMRT por planeamento inverso (IMRT2, usando 2 feixes; IMRT5, com 5 feixes) e DCART (arco conformacional dinamico) e os seus impactos em irradia ção da mama e na irradia ção indesejada dos tecidos saud aveis adjacentes. Dois algoritmos do sistema de planeamento iPlan da BrainLAB foram usados: Pencil Beam Convolution (PBC) e Monte Carlo comercial iMC. Foi ainda usado um modelo de Monte Carlo criado para o acelerador usado (Trilogy da VARIAN Medical Systems), no c odigo EGSnrc MC, para determinar as doses depositadas na mama contralateral. Para atingir este objetivo foi necess ario modelar o novo colimador multi-laminas High- De nition que nunca antes havia sido simulado. O modelo desenvolvido est a agora disponí vel no pacote do c odigo EGSnrc MC do National Research Council Canada (NRC). O acelerador simulado foi validado com medidas realizadas em agua e posteriormente com c alculos realizados no sistema de planeamento (TPS).As distribui ções de dose no volume alvo (PTV) e a dose nos orgãos de risco (OAR) foram comparadas atrav es da an alise de histogramas de dose-volume; an alise estati stica complementar foi realizadas usando o software IBM SPSS v20. Para o algoritmo PBC, todas as tecnicas proporcionaram uma cobertura adequada do PTV. No entanto, foram encontradas diferen cas estatisticamente significativas entre as t ecnicas, no PTV, nos OAR e ainda no padrão da distribui ção de dose pelos tecidos sãos. IMRT5 e DCART contribuem para maior dispersão de doses baixas pelos tecidos normais, mama direita, pulmão direito, cora cão e at e pelo pulmão esquerdo, quando comparados com as tecnicas tangenciais (f-IMRT e IMRT2). No entanto, os planos de IMRT5 melhoram a distribuição de dose no PTV apresentando melhor conformidade e homogeneidade no volume alvo e percentagens de dose mais baixas nos orgãos do mesmo lado. A t ecnica de DCART não apresenta vantagens comparativamente com as restantes t ecnicas investigadas. Foram tamb em identi cadas diferen cas entre os algoritmos de c alculos: em geral, o PBC estimou doses mais elevadas para o PTV, pulmão esquerdo e cora ção, do que os algoritmos de MC. Os algoritmos de MC, entre si, apresentaram resultados semelhantes (com dferen cas at e 2%). Considera-se que o PBC não e preciso na determina ção de dose em meios homog eneos e na região de build-up. Nesse sentido, atualmente na cl nica, a equipa da F sica realiza medi ções para adquirir dados para outro algoritmo de c alculo. Apesar de melhor homogeneidade e conformidade no PTV considera-se que h a um aumento de risco de cancro na mama contralateral quando se utilizam t ecnicas não-tangenciais. Os resultados globais dos estudos apresentados confirmam o excelente poder de previsão com precisão na determinação e c alculo das distribui ções de dose nos orgãos e tecidos das tecnicas de simulação de Monte Carlo usados.---------ABSTRACT:Breast cancer is the most frequent in women. Scienti c knowledge and technology have created many and di erent strategies to treat this pathology. Radiotherapy (RT) is in the actual standard guidelines for most of breast cancer treatments. However, radiation is a two-sword weapon: although it may heal cancer, it may also induce secondary cancer. The contralateral breast (CLB) is a susceptible organ to absorb doses with the treatment of the other breast, being at signi cant risk to develop a secondary tumor. New radiation related techniques, with more complex delivery strategies and promising results are being implemented and used in radiotherapy departments. However some questions have to be properly addressed, such as: Is it safe to move to complex techniques to achieve better conformation in the target volumes, in breast radiotherapy? What happens to the target volumes and surrounding healthy tissues? How accurate is dose delivery? What are the shortcomings and limitations of currently used treatment planning systems (TPS)? The answers to these questions largely rely in the use of Monte Carlo (MC) simulations using state-of-the-art computer programs to accurately model the di erent components of the equipment (target, lters, collimators, etc.) and obtain an adequate description of the radiation elds used, as well as the detailed geometric representation and material composition of organs and tissues. This work aims at investigating the impact of treating left breast cancer using di erent radiation therapy (RT) techniques f-IMRT (forwardly-planned intensity-modulated), inversely-planned IMRT (IMRT2, using 2 beams; IMRT5, using 5 beams) and dynamic conformal arc (DCART) RT and their e ects on the whole-breast irradiation and in the undesirable irradiation of the surrounding healthy tissues. Two algorithms of iPlan BrainLAB TPS were used: Pencil Beam Convolution (PBC)and commercial Monte Carlo (iMC). Furthermore, an accurate Monte Carlo (MC) model of the linear accelerator used (a Trilogy R VARIANR) was done with the EGSnrc MC code, to accurately determine the doses that reach the CLB. For this purpose it was necessary to model the new High De nition multileaf collimator that had never before been simulated. The model developed was then included on the EGSnrc MC package of National Research Council Canada (NRC). The linac was benchmarked with water measurements and later on validated against the TPS calculations. The dose distributions in the planning target volume (PTV) and the dose to the organs at risk (OAR) were compared analyzing dose-volume histograms; further statistical analysis was performed using IBM SPSS v20 software. For PBC, all the techniques provided adequate coverage of the PTV. However, statistically significant dose di erences were observed between the techniques, in the PTV, OAR and also in the pattern of dose distribution spreading into normal tissues. IMRT5 and DCART spread low doses into greater volumes of normal tissue, right breast, right lung, heart and even the left lung than tangential techniques (f-IMRT and IMRT2). However,IMRT5 plans improved distributions for the PTV, exhibiting better conformity and homogeneity in target and reduced high dose percentages in ipsilateral OAR. DCART did not present advantages over any of the techniques investigated. Di erences were also found comparing the calculation algorithms: PBC estimated higher doses for the PTV, ipsilateral lung and heart than the MC algorithms predicted. The MC algorithms presented similar results (within 2% di erences). The PBC algorithm was considered not accurate in determining the dose in heterogeneous media and in build-up regions. Therefore, a major e ort is being done at the clinic to acquire data to move from PBC to another calculation algorithm. Despite better PTV homogeneity and conformity there is an increased risk of CLB cancer development, when using non-tangential techniques. The overall results of the studies performed con rm the outstanding predictive power and accuracy in the assessment and calculation of dose distributions in organs and tissues rendered possible by the utilization and implementation of MC simulation techniques in RT TPS.

Esporotricose cutânea experimental: Avaliação in vivo do itraconazol e terbinafina

O estudo objetivou avaliar a atividade in vivo do itraconazol e terbinafina no tratamento da esporotricose cutânea experimental. Foram utilizados 80 ratos Wistar divididos em quatro grupos (TERB20, TERB30, ITRA e CONT) inoculados no coxim plantar esquerdo com 0,2ml de solução contendo 2x103 células de Sporothrix schenckii/ml e tratados com terbinafina (20 e 30mg/kg), itraconazol (10mg/kg) e placebo durante 13 semanas. As lesões do sítio de inoculação foram avaliadas e mensuradas semanalmente, assim como a disseminação das mesmas. Após foi realizada análise micológica e histopatológica. Os resultados demonstraram que os animais do grupo ITRA diferiram estatisticamente em todos os parâmetros avaliados em relação ao CONT. Em relação à terbinafina, não houve diferenças estatísticas entre os grupos tratados e controle. Pode-se confirmar a boa atividade do itraconazol no tratamento da esporotricose e a pouca eficácia da terbinafina nas doses utilizadas, sendo necessários mais estudos com este antifúngico.