Analysis and functional annotation of an expressed sequence tag collection for tropical crop sugarcane

To contribute to our understanding of the genome complexity of sugarcane, we undertook a large-scale expressed sequence tag (EST),program. More than 260,000 cDNA clones were partially sequenced from 26 standard cDNA libraries generated from different sugarcane tissues. After the processing of the sequences, 237,954 high-quality ESTs were identified. These ESTs were assembled into 43,141 putative transcripts. of the assembled sequences, 35.6% presented no matches with existing sequences in public databases. A global analysis of the whole SUCEST data set indicated that 14,409 assembled sequences (33% of the total) contained at least one cDNA clone with a full-length insert. Annotation of the 43,141 assembled sequences associated almost 50% of the putative identified sugarcane genes with protein metabolism, cellular communication/signal transduction, bioenergetics, and stress responses. Inspection of the translated assembled sequences for conserved protein domains revealed 40,821 amino acid sequences with 1415 Pfam domains. Reassembling the consensus sequences of the 43,141 transcripts revealed a 22% redundancy in the first assembling. This indicated that possibly 33,620 unique genes had been identified and indicated that >90% of the sugarcane expressed genes were tagged.

Classic and molecular cytogenetic analyses reveal chromosomal gains and losses correlated with survival in head and neck cancer patients

Purpose: Genetic biomarkers of head and neck tumors could be useful for distinguishing among patients with similar clinical and histopathologic characteristics but having differential probabilities of survival. The purpose of this study was to investigate chromosomal alterations in head and neck carcinomas and to correlate the results with clinical and epidentiologic variables.Experimental Design: Cytogenetic analysis of short-term cultures from 64 primary untreated head and neck squamous cell carcinomas was used to determine the overall pattern of chromosome aberrations. A representative subset of tumors was analyzed in detail by spectral karyotyping and/or confirmatory fluorescence in situ hybridization analysis.Results: Recurrent losses of chromosomes Y (26 cases) and 19 (14 cases), and gains of chromosomes 22 (23 cases), 8 and 20 (11 cases each) were observed. The most frequent structural aberration was del(22)(q13.1) followed by rearrangements involving 6q and 12p. The presence of specific cytogenetic aberrations was found to correlate significantly with an unfavorable outcome. There was a significant association between survival and gains in chromosomes 10 (P = 0.008) and 20 (P = 0.002) and losses of chromosomes 15 (P = 0.005) and 22 (P = 0.021). Univariate analysis indicated that acquisition of monosomy 17 was a significant (P = 0.0012) factor for patients with a previous family history of cancer.Conclusions: the significant associations found in this study emphasize that alterations of distinct regions of the genome may be genetic biomarkers for a poor prognosis. Losses of chromosomes 17 and 22 can be associated with a family history of cancer.

Determination of the optimal quantity of crop residues for energy in sugarcane crop management using linear programming in variety selection and planting strategy

The aim of this work was to present organizational models for optimizing the reduction of crop residue generated by the sugarcane culture. The first model consisted of the selection of varieties of sugarcane to be planted meeting the mill requirements and, at the same time, to minimize the quantity of residue produced. The second model discussed the use of residue to produce energy. This is related to the selection of variety and quantity to be planted, in order to meet the requirements of the mill, to reduce the quantity of residue, and to maximize as much as possible the energy production. The use of linear programming was proposed. The two models presented similar results in this study, and both may be used to define the varieties and areas to be cultivated. (C) 2001 Published by Elsevier B.V. Ltd.

Game theory in sugarcane crop residue and available energy optimization

This work proposes a mathematical model to aid variety selection and planting quantity of sugarcane in order to reduce crop residues, maximize energy generated by this residue, and satisfy all the supply of the mill. We propose Linear Programming with two objective. The conflict between these objectives allows the use of the Nonzero-sum Game Theory. (C) 2003 Elsevier B.V. Ltd. All rights reserved.

Identification and expression analysis of microRNAs and targets in the biofuel crop sugarcane

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Friction losses in valves and fittings for liquid food products

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Green lacewings (Neuroptera: Chrysopidae) associated with Melon Crop in Mossoró, Rio Grande do Norte State, Brazil

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Adubação nitrogenada na cultura do milho safrinha

Pesquisas com a cultura do milho (Zea mays L.) plantado em época normal, em solos argilosos de regiões tropicais, sugerem que as perdas de N do solo pela lixiviação não são significativas. A persistência da forma amoniacal nos solos tropicais tem sido maior que se supunha e, fisiologicamente, foi demonstrado que a absorção de N é mais intensa nos estádios iniciais das plantas. Com o objetivo de avaliar os efeitos do manejo do fertilizante nitrogenado na cultura do milho plantado na época denominada safrinha, foram plantados, em 3 de fevereiro de 1999, em um Latossolo Vermelho-Escuro, textura argilosa, em Jaboticabal, SP, dois híbridos de milho (o simples, C333B e o duplo, C444). Foram aplicados 0, 30, 60 e 90 kg/ha de N (uréia), em duas épocas: no plantio e após a emergência, quando as plantas atingiram cinco a seis folhas. A colheita foi efetuada em 7 de julho de 1999, quando foram avaliadas as características agronômicas e o teor de nutrientes nas folhas. em relação à época extemporânea, não houve efeito das doses nem da forma de aplicação do N, nas características de rendimento de grãos, massa de mil grãos, índice de colheita, altura das plantas e espigas, número de fileiras de grãos por espiga e número de grãos. Os teores de N, P, K, Ca, Mg, S e Zn, determinados nas folhas do milho, não foram influenciados pelos tratamentos, pois os valores permaneceram dentro das faixas de teores tidos como adequados.

Erosão hídrica pós-plantio em florestas de eucalipto na região centro-leste de Minas Gerais

O objetivo deste trabalho foi avaliar as perdas de solo e água por erosão hídrica, em parcelas-padrão sob chuva natural, no período pós-plantio, em diferentes sistemas de manejo de florestas de eucalipto. O experimento foi instalado em Latossolo Vermelho-Amarelo, muito argiloso, relevo ondulado. As coletas de dados foram realizadas no período de outubro de 2002 a fevereiro de 2004, em eventos de chuva considerada erosiva. Os sistemas estudados foram: mata nativa; pastagem plantada; eucalipto plantado em nível; eucalipto plantado na direção do declive; eucalipto plantado na direção do declive com queima de restos culturais; e solo descoberto. Entre os sistemas florestais, o eucalipto em nível é o que mais se aproxima da mata nativa, em perdas de solo, indicando assim maior sustentabilidade desse sistema. Os maiores valores de perda de água são encontrados no sistema eucalipto plantado na direção do declive com queima de restos culturais, sugerindo que o fogo aumenta a repelência à água e diminui a taxa de infiltração de água no solo. Todos os sistemas de manejo do eucalipto estudados apresentaram perdas de solo inferiores ao limite de tolerância.

Absorção de Subdoses Glyphosate aplicadas em diferentes locais de plantas de eucalipto

Um dos grandes problemas enfrentados em áreas de reflorestamento com o cultivo de eucalipto são as plantas daninhas, cujo manejo assume papel de destaque entre os tratos culturais e com reflexos diretos no rendimento e nos custos de produção. Trabalhos preliminares de pesquisa e observação de campo apontam para uma tolerância diferencial ao glyphosate entre os locais (folhas e caule) que este herbicida atinge. Nesse contexto, este trabalho teve como objetivo verificar a intoxicação e o desenvolvimento de plantas submetidas a subdoses de glyphosate e sua absorção em diferentes locais de aplicação na planta, simulando uma deriva. O experimento foi conduzido em casa de vegetação, em um esquema fatorial, sendo quatro subdoses de glyphosate (40; 80; 160 e 240 g ha-1) e três locais de aplicação (folha, caule e da planta inteira), além de uma testemunha sem a aplicação de herbicidas. O herbicida glyphosate causou fitointoxicação à cultura do eucalipto, sendo crescente com o aumento das subdoses e com maior intensidade nas aplicações sobre o caule e a planta inteira, atingindo 75% aos 14 dias após aplicação. O ganho em altura de plantas e em diâmetro, em massa seca da parte aérea e da área foliar teve reduções significativas, que resultaram em perdas de até 58% na massa seca, 56% na área foliar e uma diferença de 6 cm no ganho em altura.

Perdas na colheita mecanizada de soja no estado de Minas Gerais

O presente trabalho teve por objetivo avaliar as perdas na colheita de soja em função da idade, velocidade de trabalho, sistema de trilha (axial e radial) e condição de propriedade das colhedoras (própria ou alugada), nas regiões do Triângulo Mineiro e Alto Paranaíba - MG, durante a colheita de soja da safra 2002-2003. A velocidade de trabalho das colhedoras e a rotação do cilindro de trilha também foram estudadas, à exceção de quando avaliadas como variável-função. Os resultados obtidos permitiram concluir que as perdas de grãos independem da velocidade das colhedoras e que as colhedoras com até cinco anos, independentemente da sua taxa de utilização anual, tiveram menores perdas do que as colhedoras com mais de seis anos. As colhedoras próprias apresentaram menores perdas comparadas com as alugadas, e as máquinas com sistema de trilha axial apresentaram menores perdas do que aquelas com sistema de trilha radial.

Controle estatístico aplicado ao processo de colheita mecanizada de cana-de-açúcar

O avanço da mecanização na colheita da cana-de-açúcar (Saccharum spp.) proporcionou o uso de novas tecnologias e ganho em produtividade para a cultura. O controle da qualidade do processo de colheita da cana-de-açúcar é fundamental para reduzir as perdas. Este trabalho teve o objetivo de avaliar as perdas na colheita mecanizada de cana-de-açúcar, utilizando-as como indicadores de qualidade do processo de colheita. Os dados foram coletados em duas propriedades próximas a Jaboticabal - SP, com a variedade SP80-3280, em 3º e 4º cortes. Caracterizou-se o porte do canavial e, após a colheita, demarcou-se área de 1,5 ha, sendo demarcados 25 pontos, espaçados de 12 x 50 m, quantificando-se as perdas visíveis. Posteriormente, foi aplicado o controle estatístico do processo pela média, que consta de três vezes o desvio-padrão para mais ou para menos, sendo esses os limites superior e inferior de controle, respectivamente. A média das perdas de pedaço solto foi estatisticamente maior do que as médias de perdas em pedaço fixo, cana inteira, cana-ponta e toco. A ocorrência de perdas em rebolo estilhaçado foi menor para o 4º corte em relação ao 3º corte, enquanto as perdas em pedaço fixo e toco foram menores no 3º corte, comparadas às perdas no 4º corte. em cada corte, as médias para as perdas totais estiveram próximas dos valores encontrados na bibliografia. Pedaço solto foi a variável de perdas visíveis com maior percentagem de ocorrência. As perdas demonstraram que a colheita mecanizada não se encontra sob controle estatístico de processo.

Caracterização das perdas e distribuição de cobertura vegetal em colheita mecanizada de soja

O conceito de controle de qualidade nas operações inserido na agricultura é viabilizado por incidir diretamente nos principais objetivos do processo produtivo: retorno econômico e aumento da produtividade. A colheita mecanizada normalmente é realizada sem que haja controle efetivo para que a variabilidade das perdas fique dentro de padrões aceitáveis. Esta pesquisa teve o objetivo de determinar e caracterizar as perdas e a distribuição da cobertura vegetal após a colheita mecanizada da soja, por meio de ferramenta de controle estatístico de processo (cartas de controle). A média da perda de grãos total foi próxima do limite superior aceitável para a cultura da soja, apresentando alta variabilidade entre os pontos, tornando o processo fora de controle. A distribuição de cobertura vegetal manteve-se em processo controlado, com maior variabilidade onde o relevo foi mais inclinado. A utilização das cartas de controle foi eficiente na identificação dos pontos fora de controle e na avaliação da qualidade do processo de colheita.

Sistemas de adubação e consórcio de culturas intercalares e seus efeitos nas variáveis de colheita da cultura do milho

A colheita é a operação final de campo do processo produtivo, e por isso os fatores que interferem na mesma devem ser observados e avaliados atentamente para reduzir ao mínimo as perdas nessa etapa. O objetivo deste trabalho foi avaliar a influência dos sistemas de adubação (em pré-semeadura e na semeadura) e dos consórcios de culturas intercalares (milho+mucuna-cinza-anã, milho+guandu-anão e milho+lablab) nas variáveis de colheita da cultura do milho em sistema plantio direto. O experimento foi realizado na UNESP de Jaboticabal - SP, no período de safra normal, utilizando-se do delineamento em blocos ao acaso, no esquema fatorial (2 x 3), com quatro repetições. Os componentes avaliados na colheita foram: diâmetro do colmo, altura de inserção da primeira espiga, altura da planta, número de espigas por planta, índice de espiga, número de fileiras na espiga, biomassa seca da palhada no solo, estande final, produtividade de grãos, fluxos de grãos, de palha e de sabugo e perdas na colheita. Os resultados demonstraram que o diâmetro do colmo, a altura de inserção da primeira espiga e a altura de plantas apresentaram maiores valores para o sistema de adubação na semeadura. O número de fileiras, espigas viáveis, índice de espiga, estande final, biomassa seca da palhada, produtividade, fluxos de palha, de sabugo, de grãos e as perdas na colheita não foram afetados pelos sistemas de adubação e os consórcios.