Persistence of Transmitted HIV-1 Drug Resistance Mutations Associated with Fitness Costs and Viral Genetic Backgrounds.

Transmission of drug-resistant pathogens presents an almost-universal challenge for fighting infectious diseases. Transmitted drug resistance mutations (TDRM) can persist in the absence of drugs for considerable time. It is generally believed that differential TDRM-persistence is caused, at least partially, by variations in TDRM-fitness-costs. However, in vivo epidemiological evidence for the impact of fitness costs on TDRM-persistence is rare. Here, we studied the persistence of TDRM in HIV-1 using longitudinally-sampled nucleotide sequences from the Swiss-HIV-Cohort-Study (SHCS). All treatment-naïve individuals with TDRM at baseline were included. Persistence of TDRM was quantified via reversion rates (RR) determined with interval-censored survival models. Fitness costs of TDRM were estimated in the genetic background in which they occurred using a previously published and validated machine-learning algorithm (based on in vitro replicative capacities) and were included in the survival models as explanatory variables. In 857 sequential samples from 168 treatment-naïve patients, 17 TDRM were analyzed. RR varied substantially and ranged from 174.0/100-person-years;CI=[51.4, 588.8] (for 184V) to 2.7/100-person-years;[0.7, 10.9] (for 215D). RR increased significantly with fitness cost (increase by 1.6[1.3,2.0] per standard deviation of fitness costs). When subdividing fitness costs into the average fitness cost of a given mutation and the deviation from the average fitness cost of a mutation in a given genetic background, we found that both components were significantly associated with reversion-rates. Our results show that the substantial variations of TDRM persistence in the absence of drugs are associated with fitness-cost differences both among mutations and among different genetic backgrounds for the same mutation.

Protective effects of social networks on disability among older adults in Spain

The loss of autonomy at advanced ages is not only associated with ageing, but also with the characteristics of the physical and social environment. Recent investigations have shown that social networks, social engagement and participation act like predictors of disability among the elderly. The aim of this study is to determine whether social networks are related to the development and progression of disability in the early years of old age. The source of data is the first wave of the survey "Processes of Vulnerability among Spanish Elderly", carried out in 2005 to a sample of 1 244 individuals. The population object of study is the cohort aged 70 to 74 years in metropolitan areas (Madrid and Barcelona) and not institutionalized. Disability is measured by the development of basic activities of daily life (ADL), and instrumental activities of daily life (IADL). The structural aspects of the social relationships are measured through the diversity of social networks and participation. We used the social network index (SNI). For each point over the SNI, the risk of developing any type of disability decreased by 49% (HR = 0.51, 95%CI = 0.31-0.82). The SNI was a decisive factor in all forecasting models constructed with some hazard ratios (HR) that ranged from 0.29 (95%CI = 0.14-0.59) in the first model to 0.43 (95%CI 0.20-0.90) in the full model. The results of the present study showed a strong association between an active social life, emotional support provided by friends and confidents and disability. These findings suggest a protective effect of social networks on disability. Also, these results indicate that some family and emotional ties have a significant effect on both the prevalence and the incidence of disability.

Using narratives to study the impact of social networks on the educational paths of immigrant students

This paper presents the qualitative data collection process aimed at the study of the impactsocial relations and networks have on educational paths of immigrant students. In theframework of a R & D longitudinal study funded by the Ministry of Science and Innovation(2012-2014), the research team tracked the path of 87 immigrant students, from whom only 17successfully achieved the transition through the first and second year of Post-16 Education.A vast range of literature notes that relationships are an important part of migration process andsocial integration analysis, as well as school history in terms of success or failure. Through thefieldwork researchers collect the personal networks of all immigrant students from 3 highschools who were at that time attending last course of compulsory school. The network structureinfluences their social capital and therefore determines the resources, goods and types of supportindividuals can access. All these aspects are influential elements in the configuration anddevelopment of academic trajectories of immigrant students.At the end of the second year of Post-16 Education (two years later), the study captures personalnetworks of these students again, analyses and discusses their evolution and influence on theirpaths through qualitative interviews. Such interviews facilitated the discussion of theirrelationships while providing interesting narratives that are presented in the text. In order to do so, the biographical interpretive narrative method of interviewing is implemented.

Using narratives to study the impact of social networks on the educational paths of immigrant students

This paper presents the qualitative data collection process aimed at the study of the impactsocial relations and networks have on educational paths of immigrant students. In theframework of a R & D longitudinal study funded by the Ministry of Science and Innovation(2012-2014), the research team tracked the path of 87 immigrant students, from whom only 17successfully achieved the transition through the first and second year of Post-16 Education.A vast range of literature notes that relationships are an important part of migration process andsocial integration analysis, as well as school history in terms of success or failure. Through thefieldwork researchers collect the personal networks of all immigrant students from 3 highschools who were at that time attending last course of compulsory school. The network structureinfluences their social capital and therefore determines the resources, goods and types of supportindividuals can access. All these aspects are influential elements in the configuration anddevelopment of academic trajectories of immigrant students.At the end of the second year of Post-16 Education (two years later), the study captures personalnetworks of these students again, analyses and discusses their evolution and influence on theirpaths through qualitative interviews. Such interviews facilitated the discussion of theirrelationships while providing interesting narratives that are presented in the text. In order to do so, the biographical interpretive narrative method of interviewing is implemented.

HIV-1 immune activation induces Siglec-1 expression and enhances viral trans-infection in blood and tissue myeloid cells.

BACKGROUND: Myeloid cells are key players in the recognition and response of the host against invading viruses. Paradoxically, upon HIV-1 infection, myeloid cells might also promote viral pathogenesis through trans-infection, a mechanism that promotes HIV-1 transmission to target cells via viral capture and storage. The receptor Siglec-1 (CD169) potently enhances HIV-1 trans-infection and is regulated by immune activating signals present throughout the course of HIV-1 infection, such as interferon α (IFNα). RESULTS: Here we show that IFNα-activated dendritic cells, monocytes and macrophages have an enhanced ability to capture and trans-infect HIV-1 via Siglec-1 recognition of viral membrane gangliosides. Monocytes from untreated HIV-1-infected individuals trans-infect HIV-1 via Siglec-1, but this capacity diminishes after effective antiretroviral treatment. Furthermore, Siglec-1 is expressed on myeloid cells residing in lymphoid tissues, where it can mediate viral trans-infection. CONCLUSIONS: Siglec-1 on myeloid cells could fuel novel CD4(+) T-cell infections and contribute to HIV-1 dissemination in vivo.

Mobility Management in Packet Switched Mobile Networks

Nykyisin matkaviestinverkot ovat osa jokapäiväistä elämää. Merkittävimpiä eroja kiinteiden ja matkaviestinverkkojen välillä on käyttäjän liikkuvuus, joka voidaan määritellä mahdollisuudeksi soittaa ja vastaanottaa puheluita missä ja milloin tahansa. Työ selittää termin liikkuvuus ja määrittää ongelmat, jotka täytyy ratkaista liikkuvuuden aikaansaamiseksi sekä tavat, joilla nämä ongelmat on ratkaistu matkaviestinverkoissa. Työ luo yleiskatsauksen liikkuvuuden aikaansaamisessa käytettäviin menetelmiin, joita ovat haku, sijainnin päivitys, sijainnin seuranta ja kanavan vaihto. Työ keskittyy liikkuvuuteen kolmannen sukupolven matkaviestinverkkojen paketti-kytkentäisessä osassa, esimerkkinä liikkuvuuden hallinta UMTS:ssa (Universal Mobile Telecommunications System). Erot paketti- ja piirikytkentäisen osan välillä tuodaan esille ja selitetään. Jotta käyttäjät ja heidän päätteensä voisivat liikkua, tiedon täytyy kulkea verkon eri osien välillä. Merkinanto verkkoelementtien välillä ja liikkuvuuden mahdollistavien toimenpiteiden suoritus tehdään yhteyskäytännön avulla. Työ kuvaa yhteyskäytännöt, jotka ovat osallisena liikkuvuuden tarjontaan. Painopiste on GPRS:n liikkuvuuden-hallintayhteyskäytännössä, GMM:ssä. GMM protokollan prototyypin toteutus on esitetty työn käytännön osassa.

Service Management in IP Networks

IP-verkoissa tarjottavat palvelut ovat lisääntyneet, on tullut uusia kanavia, jotka tarjoavat IP-pohjaisia palveluja. Internet-palvelujen tarjonta on tullut mukaan kaapelitelevisio- ja matkapuhelinverkkoihin. Lisääntynyt palvelujen tarjonta ja kysyntä ovat lisänneet palvelujen hallinnan merkitystä. IP-verkoissa on ilmennyt turvallisuuteen, skaalattavuuteen ja palvelun laatuun liittyviä ongelmia. Palvelun laadun tärkeys painottuu reaaliaikaisuutta ja suurta kapasiteettia vaativissa sovelluksissa. Tulevaisuudessa IP-liikenteen on ennustettu kasvavan yli satakertaiseksi nykyisestä tasosta kolmen vuoden kuluessa. Tämän vuoksi on kehitetty uusi verkon ja palvelun hallintamenetelmiä, joista tässä työssä on tutkittu sääntöpohjaista verkon hallintaa.

Strategic supply lead time management. Case Nokia Networks, Hardware Services

Teollisuuden palveluiden on huomattu olevan potentiaalinen lisätulojen lähde. Teollisuuden palveluiden dynaamisessa maailmassa räätälöinti ja kyky toimia nopeasti ovat kriittisiä asiakastyytyväisyyden ja kilpailuedun luomisprosessin osia. Toimitusketjussa käytetyn ajan lyhentämisellä voidaan saavuttaa sekä paremmat vasteajat, että alhaisemmat kokonaiskustannukset. Tutkielman tavoitteena on kuvata teollisuuden palveluiden dynaamista ympäristöä: asiakastarvetta, sekä mahdollisuuksia kaventaa pyydetyn ja saavutetun toimitusajan välistä eroa. Tämä toteutetaan pääosin strategisen toimitusajan hallinnan keinoin. Langattomien tietoliikenneverkkojen operaattorit haluavat vähentää ydinosaamiseensa kuulumatomiin toimintoihin, kuten ylläpitoon sitoutuneita pääomia. Tutkielman case osiossa varaosapalvelujen toimitusketjun kysyntä-, materiaali- ja informaatiovirtoja analysoidaan niin kvalitatiivisten haastatteluiden, sisäisten dokumenttien, kuin kvantitatiivisten tilastollisten menetelmienkin avulla. Löydöksiä peilataan vallitsevaa toimitusketjun ja ajanhallinnan paradigmaa vasten. Tulokset osoittavat, että vahvan palvelukulttuurin omaksuminen ja kokonaisvaltainen toimitusketjun tehokkuuden mittaaminen ovat ajanhallinnan lähtökohtia teollisuuden palveluissa.

Percolation of spatially constrained Erdos-R enyi networks with degree correlations

Motivated by experiments on activity in neuronal cultures [J. Soriano, M. Rodr ́ıguez Mart́ınez, T. Tlusty, and E. Moses, Proc. Natl. Acad. Sci. 105, 13758 (2008)], we investigate the percolation transition and critical exponents of spatially embedded Erd̋os-Ŕenyi networks with degree correlations. In our model networks, nodes are randomly distributed in a two-dimensional spatial domain, and the connection probability depends on Euclidian link length by a power law as well as on the degrees of linked nodes. Generally, spatial constraints lead to higher percolation thresholds in the sense that more links are needed to achieve global connectivity. However, degree correlations favor or do not favor percolation depending on the connectivity rules. We employ two construction methods to introduce degree correlations. In the first one, nodes stay homogeneously distributed and are connected via a distance- and degree-dependent probability. We observe that assortativity in the resulting network leads to a decrease of the percolation threshold. In the second construction methods, nodes are first spatially segregated depending on their degree and afterwards connected with a distance-dependent probability. In this segregated model, we find a threshold increase that accompanies the rising assortativity. Additionally, when the network is constructed in a disassortative way, we observe that this property has little effect on the percolation transition.

Managing Packet Data (Sessions) in 3G Mobile Networks

Tällä hetkellä kolmannen sukupolven matkapuhelinjärjestelmät ovat siirtyneet kaupalliseen vaiheeseen. Universal Mobile Telecommunication System (UMTS) on eräs kolmannen sukupolven matkapuhelinjärjestelmä, jota tullaan käyttämään Euroopassa. Diplomityön päämääränä on tutkia, kuinka pakettivälitteistä tiedonsiirtoa hallitaan UMTS - verkoissa. Diplomityö antaa yleiskuvan toisen sukupolven matkapuhelinjärjestelmien datapalveluiden kehityksestä kolmannen sukupolven nopeisiin matkapuhelinjärjestelmiin. Pakettivälitteisen verkon verkkoarkkitehtuuri on esitetty sekä sen, diplomityön kannalta, tärkeimpien osien toiminnallisuus on selvitetty. Myös pakettipohjaisten datayhteyksien eli istuntojen muodostaminen ja vapauttaminen sekä aktiivisen yhteyden ominaisuuksien muokkaaminen on esitetty tässä diplomityössä. Yhteydenhallintaprotokolla, Session Management (SM), on yksi protokolla, joka osallistuu pakettidatayhteyden hallintaan. SM -protokolla on käsitelty työssä yksityiskohtaisesti. SM -protokollan SDL toteutus on esitetty diplomityön käytännönosassa

IP Multicast in Future Mobile Networks

Erilaisten IP-pohjaisten palvelujen käyttö lisääntyy jatkuvasti samalla, kun käyttäjistä tulee yhä liikkuvaisempia. Tästä syystä IP- protokolla tulee väistämättä myös mobiiliverkkoihin. Tässä diplomityössä tutkitaan mobiliteetin IP multcastingiin tuomia ongelmia ja simuloidaan niitä Network Simulatoria käyttäen. Pääpaino on ongelmalla, joka aiheutuu multicast- ryhmänmuodostusviiveestä. Tätä ongelmaa simuloidaan, jotta viiveen, mobiilikäyttäjien palveluunsaapumistaajuuden ja Scalable Reliable Multicast (SRM) protokollan ajastinarvojen asetusten vaikutus repair request- pakettien määrään ja sitä kautta suoritettavien uudelleenlähetysten määrään selviäisi. Eri parametrien vaikutuksen tutkimiseksi esitetään simulaatiotuloksia varioiduilla parametreillä käyttäen CDF- käyriä. Tulosten perusteella merkittävin tekijä uudelleenlähetyspyyntöjen kannalta on protokollan ajastimien arvot ja haluttu palvelun taso, viiveen merkityksen jäädessä vähäiseksi. Työn lopuksi tutkitaan SRM- protokollan soveltuvuutta mobiiliverkkoihin ja pohditaan vaihtoehtoja toiminnan parantamiseksi.

Implementing telephony signalling over IP networks using SIGTRAN standards

Diplomityössä tutkitaan yhteiskanavamerkinantoverkon signalointiliikenteen siirtoa IP-pohjaisiin verkkoihin käyttäen IETF:n aliorganisaation, SIGTRAN:in, määrittelemiä standardeja. Tutkimuksen lisäksi työssä suoritetaan myös toteutus, joka mahdollistaa em. verkkojen yhdistymisen. Ensin työssä käsitellään yhteiskanavamerkinantoverkon tulevaisuus ja alan yleiset näkymät, jotka luovat pohjan työn toteutuksen ymmärtämiseen. Toiseksi työssä esitellään toteutuksessa käytetyt teknologiat. Esiteltäviin teknologioihin kuuluvat yhteiskanavamerkinantoverkko, IP-pohjainen verkko, SIGTRAN:in määrittelemät standardit, toteutustyökalut sekä ympäristö, johon toteutus liitetään. Toteutukseen olennaisesti liittyvät asiat ovat painotettuina teknologioiden esittelyssä. Diplomityön loppuosassa kuvataan merkinantoyhdyskäytävän toteutus suunnittelun ja toteutettujen toiminnallisuuksien osalta. Diplomityön tuloksena saatiin uusi testattu merkinantosovellus, joka täyttää yhteiskanavamerkinantoverkolle asetetut vaatimukset. Toteutus toimii osana Intellitel(TM) ONE palvelualustaa. Toteutuksen kehitys tulee jatkumaan.

Object-Oriented Modelling of Multilayer Networks

Tämä diplomityökuuluu tietoliikenneverkkojen suunnittelun tutkimukseen ja pohjimmiltaan kohdistuu verkon mallintamiseen. Tietoliikenneverkkojen suunnittelu on monimutkainen ja vaativa ongelma, joka sisältää mutkikkaita ja aikaa vieviä tehtäviä. Tämä diplomityö esittelee ”monikerroksisen verkkomallin”, jonka tarkoitus on auttaa verkon suunnittelijoita selviytymään ongelmien monimutkaisuudesta ja vähentää verkkojen suunnitteluun kuluvaa aikaa. Monikerroksinen verkkomalli perustuu yleisille objekteille, jotka ovat yhteisiä kaikille tietoliikenneverkoille. Tämä tekee mallista soveltuvan mielivaltaisille verkoille, välittämättä verkkokohtaisista ominaisuuksista tai verkon toteutuksessa käytetyistä teknologioista. Malli määrittelee tarkan terminologian ja käyttää kolmea käsitettä: verkon jakaminen tasoihin (plane separation), kerrosten muodostaminen (layering) ja osittaminen (partitioning). Nämä käsitteet kuvataan yksityiskohtaisesti tässä työssä. Monikerroksisen verkkomallin sisäinen rakenne ja toiminnallisuus ovat määritelty käyttäen Unified Modelling Language (UML) -notaatiota. Tämä työ esittelee mallin use case- , paketti- ja luokkakaaviot. Diplomityö esittelee myös tulokset, jotka on saatu vertailemalla monikerroksista verkkomallia muihin verkkomalleihin. Tulokset osoittavat, että monikerroksisella verkkomallilla on etuja muihin malleihin verrattuna.

Use of social networks for academic purposes: a case study

Purpose- This paper aims to analyse various aspects of an academic social network: the profile of users, the reasons for its use, its perceived benefits and the use of other social media for scholarly purposes. Design/methodology/approach- The authors examined the profiles of the users of an academic social network. The users were affiliated with 12 universities. The following were recorded for each user: sex, the number of documents uploaded, the number of followers, and the number of people being followed. In addition, a survey was sent to the individuals who had an email address in their profile. Findings- Half of the users of the social network were academics and a third were PhD students. Social sciences scholars accounted for nearly half of all users. Academics used the service to get in touch with other scholars, disseminate research results and follow other scholars. Other widely employed social media included citation indexes, document creation, edition and sharing tools and communication tools. Users complained about the lack of support for the utilisation of these tools. Research limitations/implications- The results are based on a single case study. Originality/value- This study provides new insights on the impact of social media in academic contexts by analysing the user profiles and benefits of a social network service that is specifically targeted at the academic community.