Computational design of self-assembling proteins and protein-DNA nanowires

Computational protein design (CPD) is a burgeoning field that uses a physical-chemical or knowledge-based scoring function to create protein variants with new or improved properties. This exciting approach has recently been used to generate proteins with entirely new functions, ones that are not observed in naturally occurring proteins. For example, several enzymes were designed to catalyze reactions that are not in the repertoire of any known natural enzyme. In these designs, novel catalytic activity was built de novo (from scratch) into a previously inert protein scaffold. In addition to de novo enzyme design, the computational design of protein-protein interactions can also be used to create novel functionality, such as neutralization of influenza. Our goal here was to design a protein that can self-assemble with DNA into nanowires. We used computational tools to homodimerize a transcription factor that binds a specific sequence of double-stranded DNA. We arranged the protein-protein and protein-DNA binding sites so that the self-assembly could occur in a linear fashion to generate nanowires. Upon mixing our designed protein homodimer with the double-stranded DNA, the molecules immediately self-assembled into nanowires. This nanowire topology was confirmed using atomic force microscopy. Co-crystal structure showed that the nanowire is assembled via the desired interactions. To the best of our knowledge, this is the first example of a protein-DNA self-assembly that does not rely on covalent interactions. We anticipate that this new material will stimulate further interest in the development of advanced biomaterials.

Catch trends from Lake Victoria - Tanzanian waters

Catch trends from Fisheries Department reports from the last eleven years (1985-1995) were analyzed. These showed a shift in the fishery from a cichlid-based system to one dominated by Nile perch and tilapias. In recent years, catches have declined from a peak in the early 1990s. Catch per unit effort appears to have remained stable except for a drop in 1995, however, this is considered dubious because the effort showed a doubling in that year. Limitations of the fisheries data collection system for the Tanzanian sector of Lake Victoria are highlighted and discussed.

A língua portuguesa no vestibular: ensino, leitura e conhecimento prévio

Esta tese objetiva a análise de provas discursivas de Língua Portuguesa de vestibulares, na perspectiva da leitura, focando a compreensão de texto, suas estratégias e os conhecimentos prévios necessários ao egresso do Ensino Médio. São analisadas as provas discursivas de Língua Portuguesa da UERJ, UNIRIO, UFF e UFRJ, realizadas nos vestibulares 2006, 2007 e 2008. Parte-se das seguintes hipóteses: as provas solicitam conhecimentos prévios baseados nos programas, habilidades e competências a serem desenvolvidos no nível médio; a dificuldade apresentada na realização das questões está relacionada não só ao conhecimento disciplinar de língua portuguesa, mas também à capacidade/estratégia de leitura dos enunciados e à dificuldade de seleção e interação de diferentes conhecimentos específicos relacionados ao seu uso pragmático. A partir de tais hipóteses, propõem-se os seguintes objetivos: levantar os conhecimentos específicos relativos ao ensino de língua portuguesa; compreender a relação do processo de leitura na ativação do conhecimento prévio; relacionar o processo de avaliação do vestibular ao contexto da educação básica; buscar explicação para as questões com nota média baixa. Para atingir os objetivos, contextualiza-se o ensino de Língua Portuguesa no Ensino Médio; aborda-se a leitura, no viés da compreensão de texto, focalizando principalmente conhecimentos prévios e inferências; faz-se uma breve história do vestibular, seus objetivos e seu papel; a seguir, analisam-se as provas indicadas, levantando-se conhecimento prévio, habilidades e competências envolvidas no processo de compreensão de texto. As principais conclusões são: as questões das provas analisadas estão de acordo com os programas publicados pelas universidades e com os PCNs; o nível de exigência é graduado, conforme as competências e habilidades variadas; o conhecimento prévio organizado e esquematizado é fundamental para a realização de inferências adequadas

A narrativa na e sobre a clínica na atenção primária: uma reflexão sobre o modo pensar e agir dirigido ao diálogo, à integralidade e ao cuidado em saúde

A incorporação do sujeito que adoece e suas expectativas de cuidado é um apelo que acompanha as propostas de mudança da prática clínica no campo da APS. Esta perspectiva implica em um novo modo de ver o processo de adoecimento que procura romper com o reducionismo biomédico onde a clínica e sua ação são, praticamente, independentes do discurso do paciente. Este trabalho usou a narrativa, aplicada como uma ferramenta conceitual e prática na clínica na APS, para investigar as possibilidades de ampliar o universo discursivo e interpretativo, isto é, a competência narrativa do médico, para além de um modelo biomédico restritivo. Foi realizada uma busca, não sistemática, na literatura médica e de ciências sociais procurando identificar os aspectos conceituais, significados e perspectivas que podem ser assumidos para substantivar a narrativa como um conceito/idéia e suas possíveis interfaces e aplicações na clínica. Esta apropriação da narrativa instrumentalizou a observação participante nos módulos do Programa Médico de Família de Niterói, assim como a realização e análise dos resultados de entrevistas semi-estruturadas com seus médicos. Observou-se que a formação da identidade e da legitimidade profissionais do médico de família é dirigida, principalmente, pelo arranjo organizacional promovido pelo modelo de atenção e não pelo desenvolvimento de um saber que o diferencie e qualifique. Identificou-se que as capacidades dialógicas desenvolvidas nas experiências com a clínica na APS eram compreendidas e assumidas pelos médicos como habilidades pessoais e/ou como aspectos morais. Percebeu-se que este modo de pensar dá margem a uma tensão, externada por um discurso ambíguo e fragmentado, entre a proximidade, o vínculo e o diálogo com o paciente e a estruturação do saber e da prática clínica. A limitação dos médicos em incorporar novos saberes a partir de suas vivências, associada à forma como a racionalidade biomédica dirige a clínica, se constituem como obstáculos epistemológicos e práticos para a ampliação da competência narrativa e interpretativa médica. Estas são condições que dificultam o desenvolvimento de um estilo de pensamento médico que reflita, desenvolva e integre o saber prático e os saberes não biomédicos como algo legítimo, sistematizável, avaliável e reprodutível no âmbito da clínica.

Um estudo sobre a construção do diagnóstico de autismo nas comunidades da rede de relacionamento do Orkut no Brasil

O processo de construção de diagnósticos na contemporaneidade vem sofrendo modificações, constituindo novo foco de trabalho no campo da sociologia médica. O surgimento de grupos de reivindicação de direitos de pacientes e familiares, no final do século XX, determina um novo elemento na criação de categorias diagnósticas. Ao divulgar conhecimento sobre a experiência do doente, e reivindicar tratamentos, esses grupos desafiam a noção de exclusividade do conhecimento médico sobre os diagnósticos. Nesse sentido, a Internet se mostra um terreno fértil de propagação de conhecimento e de mobilização social, tanto de contestação quanto de afirmação do saber médico. Este trabalho faz uma análise do conteúdo de seis comunidades brasileiras de autismo da rede de relacionamentos do Orkut. Alguns resultados são apresentados em relação à divulgação de modelos teóricos, conhecimento baseado no cotidiano de pacientes e formas de ativismo em saúde nessas comunidades virtuais.

Uma proposta metodológica de integração de técnicas de análise espectral e de inteligência computacional, baseadas em conhecimento, para o reconhecimento de padrões em imagens multiespectrais

Somente no ano de 2011 foram adquiridos mais de 1.000TB de novos registros digitais de imagem advindos de Sensoriamento Remoto orbital. Tal gama de registros, que possui uma progressão geométrica crescente, é adicionada, anualmente, a incrível e extraordinária massa de dados de imagens orbitais já existentes da superfície da Terra (adquiridos desde a década de 70 do século passado). Esta quantidade maciça de registros, onde a grande maioria sequer foi processada, requer ferramentas computacionais que permitam o reconhecimento automático de padrões de imagem desejados, de modo a permitir a extração dos objetos geográficos e de alvos de interesse, de forma mais rápida e concisa. A proposta de tal reconhecimento ser realizado automaticamente por meio da integração de técnicas de Análise Espectral e de Inteligência Computacional com base no Conhecimento adquirido por especialista em imagem foi implementada na forma de um integrador com base nas técnicas de Redes Neurais Computacionais (ou Artificiais) (através do Mapa de Características Auto- Organizáveis de Kohonen SOFM) e de Lógica Difusa ou Fuzzy (através de Mamdani). Estas foram aplicadas às assinaturas espectrais de cada padrão de interesse, formadas pelos níveis de quantização ou níveis de cinza do respectivo padrão em cada uma das bandas espectrais, de forma que a classificação dos padrões irá depender, de forma indissociável, da correlação das assinaturas espectrais nas seis bandas do sensor, tal qual o trabalho dos especialistas em imagens. Foram utilizadas as bandas 1 a 5 e 7 do satélite LANDSAT-5 para a determinação de cinco classes/alvos de interesse da cobertura e ocupação terrestre em três recortes da área-teste, situados no Estado do Rio de Janeiro (Guaratiba, Mangaratiba e Magé) nesta integração, com confrontação dos resultados obtidos com aqueles derivados da interpretação da especialista em imagens, a qual foi corroborada através de verificação da verdade terrestre. Houve também a comparação dos resultados obtidos no integrador com dois sistemas computacionais comerciais (IDRISI Taiga e ENVI 4.8), no que tange a qualidade da classificação (índice Kappa) e tempo de resposta. O integrador, com classificações híbridas (supervisionadas e não supervisionadas) em sua implementação, provou ser eficaz no reconhecimento automático (não supervisionado) de padrões multiespectrais e no aprendizado destes padrões, pois para cada uma das entradas dos recortes da área-teste, menor foi o aprendizado necessário para sua classificação alcançar um acerto médio final de 87%, frente às classificações da especialista em imagem. A sua eficácia também foi comprovada frente aos sistemas computacionais testados, com índice Kappa médio de 0,86.

Ebaluatoia: crowd evaluation of English-Basque machine translation

[EU]Lan honetan Ebaluatoia aurkezten da, eskala handiko ingelesa-euskara itzulpen automatikoko ebaluazio kanpaina, komunitate-elkarlanean oinarritua. Bost sistemaren itzulpen kalitatea konparatzea izan da kanpainaren helburua, zehazki, bi sistema estatistiko, erregeletan oinarritutako bat eta sistema hibrido bat (IXA taldean garatuak) eta Google Translate. Emaitzetan oinarrituta, sistemen sailkapen bat egin dugu, baita etorkizuneko ikerkuntza bideratuko duten zenbait analisi kualitatibo ere, hain zuzen, ebaluazio-bildumako azpi-multzoen analisia, iturburuko esaldien analisi estrukturala eta itzulpenen errore-analisia. Lanak analisi hauen hastapenak aurkezten ditu, etorkizunean zein motatako analisietan sakondu erakutsiko digutenak.

Transforming aquatic agricultural systems towards gender equality: a five country review

Aquatic agricultural systems (AAS) are systems in which the annual production dynamics of freshwater and/or coastal ecosystems contribute significantly to total household income. Improving the livelihood security and wellbeing of the estimated 250 million poor people dependent on AAS in Bangladesh, Cambodia, the Philippines, the Solomon Islands and Zambia is the goal of the Worldfish Center-led Consortium Research Program (CRP), “Harnessing the development potential of aquatic agricultural systems for development.” One component expected to contribute to sustainably achieving this goal is enhancing the gender and wider social equity of the social, economic and political systems within which the AAS function. The CRP’s focus on social equity, and particularly gender equity, responds to the limited progress to date in enhancing the inclusiveness of development outcomes through interventions that offer improved availability of resources and technologies without addressing the wider social constraints that marginalized populations face in making use of them. The CRP aims to both offer improved availability and address the wider social constraints in order to determine whether a multi-level approach that engages with individuals, households and communities, as well as the wider social, economic and political contexts in which they function, is more successful in extending development’s benefits to women and other excluded groups. Designing the research in development initiatives to test this hypothesis requires a solid understanding of each CRP country’s social, cultural and economic contexts and of the variations across them. This paper provides an initial input into developing this knowledge, based on a review of literature on agriculture, aquaculture and gender relations within the five focal countries. Before delving into the findings of the literature review, the paper first justifies the expectation that successfully achieving lasting wellbeing improvements for poor women and men dependent on AAS rests in part on advances in gender equity, and in light of this justification, presents the AAS CRP’s conceptual framew

Gunnislake Fish Counter. Annual Report 1999

This is the Gunnislake Fish Counter, Annual Report 1999 produced by the Environment Agency South West Region on March 2000. The report presents the daily upstream counts of migratory salmonids recorded at Gunnislake Weir fish counting station (SX 435 713) situated on the River Tamar in 1999. The counter data contained within this report covers the period of the commercial migratory salmonid net buy-back scheme and the implementation of the National Spring Salmon Byelaws. The fish counter at Gunnislake is a resistivity based system (Logie 2100A – Aquantic limited) and is installed in the fish pass on the Cornish bank of the River Tamar at the head of the tide. The minimum salmon count for 1999 was 2691. The run pattern observed for salmon and sea trout in 1999 was generally consistent with that of previous years. However, the total combined annual count of salmon and sea trout migrating upstream on the River Tamar in 1999 was 25% higher than the 5 year average (1994 - 1998).

Restormel Fish Counter Annual Report 1999

This is the Restormel Fish Counter, Annual Report 1999 produced by the Environment Agency South West Region on March 2000. The report presents the daily upstream counts of migratory salmonids recorded at Restormel Weir counting station (SX 107 613) River Fowey in 1999. The counter data covers the period of the commercial migratory salmonid net buy-back scheme, which was in operation between March and June 1999. The fish counter is a resistivity based system (Logie 2100 A - Aquantic limited) and operates over all three channels of the weir at Restormel. The minimum salmon count estimate was 497, and the 1999 upstream count for sea trout was 6590. The run pattern observed for salmon and sea trout in 1999 was generally consistent with that of previous years. Flows on average were half those of 1998 during September, October, and November.

Gunnislake Fish Counter Annual Report 2000

This is the Gunnislake Fish Counter, Annual Report 2000 produced by the Environment Agency South West Region on March 2001. The report presents the daily upstream counts of migratory salmonids recorded on the River Tamar at Gunnislake Weir fish counting station (SX 435 713) situated in 2000. Data contained within this report covers the period of the commercial migratory salmonid net buy-back scheme and the National Spring Salmon Byelaws. The fish counter at Gunnislake is a resistivity based system (Logie 2100A – Aquantic limited) and is installed in the fish pass on the Cornish bank of the River Tamar at the head of the tide. The minimum salmon count for 2000 was 2654. The 2000 upstream count for sea trout was 6417. The run pattern observed for salmon and sea trout in 2000 was generally consistent with that of previous years.

Gunnislake Annual Report 2001

This is the Gunnislake Fish Counter, Annual Report 2001 produced by the Environment Agency South West Region on March 2002. The report presents the daily upstream counts of migratory salmonids recorded on the River Tamar at Gunnislake Weir fish counting station (SX 435 713) situated in 2001. Data contained within this report covers the period of the commercial migratory salmonid net buy-back scheme and the National Spring Salmon Byelaws. The fish counter at Gunnislake is a resistivity based system (Logie 2100A – Aquantic limited) and is installed in the fish pass on the Cornish bank of the River Tamar at the head of the tide. The minimum salmon count for 2001 was 3138. The 2001 upstream count for sea trout was 7503. The run pattern observed for salmon and sea trout in 2001 was generally consistent with that of previous years.

Restormel Annual Report 2001

This is the Restormel Fish Counter, Annual Report 2001 produced by the Environment Agency South West Region on March 2002. The report presents the daily upstream counts of migratory salmonids on the River Fowey at Restormel Weir fish counting station (SX 107 613) in 2001. The counter data covers the period of the commercial salmonid net buy back scheme and the national spring salmon byelaws. These reduce the commercial netting season for salmon and sea trout to between 16 June and 31 August. The fish counter at Restormel is installed on a crump sectioned weir on the River Fowey. The fish counter is a resistivity based system and operates over all three channels of the weir. 2001 was a good year for large sea trout. The number of returning large sea trout was above average in April, May, June and July and equal to or higher than the previous recorded maximum in those months. The main run of small sea trout occurred at a similar time to previous years with the highest numbers of fish entering the Fowey during June and July.

Restormel Fish Counter Annual Report 2002

This is the Restormel Fish Counter, Annual Report 2002 produced by the Environment Agency South West Region on March 2003. The report presents the daily upstream counts of migratory salmonids recorded on the River Fowey at Restormel Weir fish counting station (SX 107 613) in 2002. Data contained within this report covers the period of the commercial migratory salmonid net buy-back scheme and the National Spring Salmon Bylaws. The fish counter at Restormel is a resistivity based system (Logie 2100A - Aquantic limited) and is installed on the weir at Restormel approximately 2 km upstream of the tidal limit. The run pattern observed for salmon and sea trout in 2002 was generally consistent with that of previous years. The upstream salmon / large sea trout count for 2002 was 1804.