Complex Dynamics of defective interfering baculoviruses during serial passage in insect cells

Defective interfering (DI) viruses are thought to cause oscillations in virus levels, known as the ‘Von Magnus effect’. Interference by DI viruses has been proposed to underlie these dynamics, although experimental tests of this idea have not been forthcoming. For the baculoviruses, insect viruses commonly used for the expression of heterologous proteins in insect cells, the molecular mechanisms underlying DI generation have been investigated. However, the dynamics of baculovirus populations harboring DIs have not been studied in detail. In order to address this issue, we used quantitative real-time PCR to determine the levels of helper and DI viruses during 50 serial passages of Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) in Sf21 cells. Unexpectedly, the helper and DI viruses changed levels largely in phase, and oscillations were highly irregular, suggesting the presence of chaos. We therefore developed a simple mathematical model of baculovirus-DI dynamics. This theoretical model reproduced patterns qualitatively similar to the experimental data. Although we cannot exclude that experimental variation (noise) plays an important role in generating the observed patterns, the presence of chaos in the model dynamics was confirmed with the computation of the maximal Lyapunov exponent, and a Ruelle-Takens-Newhouse route to chaos was identified at decreasing production of DI viruses, using mutation as a control parameter. Our results contribute to a better understanding of the dynamics of DI baculoviruses, and suggest that changes in virus levels over passages may exhibit chaos.

Análise técnica aplicada aos mercados cambiais estudo comparativo das cotações EUR/USD, GBP/USD E JPY/USD

Mestrado em Contabilidade e Análise Financeira

Vision based obstacle detection for all-terrain robots

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Development of procedures for the simulation of atmospheric flows over complex terrain, using OpenFOAM

The main purpose of this work was the development of procedures for the simulation of atmospheric ows over complex terrain, using OpenFOAM. For this aim, tools and procedures were developed apart from this code for the preprocessing and data extraction, which were thereafter applied in the simulation of a real case. For the generation of the computational domain, a systematic method able to translate the terrain elevation model to a native OpenFOAM format (blockMeshDict) was developed. The outcome was a structured mesh, in which the user has the ability to de ne the number of control volumes and its dimensions. With this procedure, the di culties of case set up and the high computation computational e ort reported in literature associated to the use of snappyHexMesh, the OpenFOAM resource explored until then for the accomplishment of this task, were considered to be overwhelmed. Developed procedures for the generation of boundary conditions allowed for the automatic creation of idealized inlet vertical pro les, de nition of wall functions boundary conditions and the calculation of internal eld rst guesses for the iterative solution process, having as input experimental data supplied by the user. The applicability of the generated boundary conditions was limited to the simulation of turbulent, steady-state, incompressible and neutrally strati ed atmospheric ows, always recurring to RaNS (Reynolds-averaged Navier-Stokes) models. For the modelling of terrain roughness, the developed procedure allowed to the user the de nition of idealized conditions, like an uniform aerodynamic roughness length or making its value variable as a function of topography characteristic values, or the using of real site data, and it was complemented by the development of techniques for the visual inspection of generated roughness maps. The absence and the non inclusion of a forest canopy model limited the applicability of this procedure to low aerodynamic roughness lengths. The developed tools and procedures were then applied in the simulation of a neutrally strati ed atmospheric ow over the Askervein hill. In the performed simulations was evaluated the solution sensibility to di erent convection schemes, mesh dimensions, ground roughness and formulations of the k - ε and k - ω models. When compared to experimental data, calculated values showed a good agreement of speed-up in hill top and lee side, with a relative error of less than 10% at a height of 10 m above ground level. Turbulent kinetic energy was considered to be well simulated in the hill windward and hill top, and grossly predicted in the lee side, where a zone of ow separation was also identi ed. Despite the need of more work to evaluate the importance of the downstream recirculation zone in the quality of gathered results, the agreement between the calculated and experimental values and the OpenFOAM sensibility to the tested parameters were considered to be generally in line with the simulations presented in the reviewed bibliographic sources.

Estudo da produção e aplicação de cola animal

Com as crescentes exigências do mercado e fortes restrições a nível ambiental, as indústrias modernas tendem a progredir no sentido da eficiência, sustentabilidade e rentabilidade dos seus processos produtivos. Sendo a indústria dos curtumes uma forte geradora de resíduos sólidos, é indispensável criar alternativas à valorização desses mesmos resíduos de forma a cumprir todos os requisitos ambientais. Este trabalho remete à reutilização dos resíduos, provenientes da divisão da pele em tripa após operação de descarna, com o intuito de se desenvolver um novo bio-produto apto para ser utilizado noutros sectores industriais. Os resíduos em causa consistem maioritariamente em colagéneo, que apresenta um enorme potencial para se produzir cola animal. Desta forma, este trabalho tem como objectivo principal avaliar a utilização deste tipo de resíduo na produção de um novo bio-produto, cola animal, e testar a sua aplicabilidade técnica e funcional. Com a realização deste trabalho, mostrou-se ser possível produzir um produto, a partir de retalhos da indústria de curtumes, com um perfil de carácter positivo no que diz respeito à viabilidade técnica e funcional da utilização da cola animal como eventual alternativa a um ligante, para formulações de colas de base aquosa para a indústria gráfica e do papel.

Utilização de redes neuronais artificiais na gestão de processos de digestão anaeróbia

Numa Estação de Tratamento de Águas Residuais (ETAR), a otimização do processo de Digestão Anaeróbia (DA) é fundamental para o aumento da produção de biogás, que por sua vez é convertido em energia, essencial para a rentabilidade de exploração de ETAR. No entanto, a complexidade do processo de Digestão Anaeróbia das lamas constitui um obstáculo à sua otimização. Com este trabalho pretende-se efetuar a análise e tratamento de dados de Digestão Anaeróbia, com recurso a Redes Neuronais Artificiais (RNA), contribuindo, desta forma, para a compreensão do processo e do impacto de algumas variáveis na produção de biogás. As Redes Neuronais Artificiais são modelos matemáticos computacionais inspirados no funcionamento do cérebro humano, com capacidade para entender relações complexas num determinado conjunto de dados, motivo por que se optou pela sua utilização na procura de soluções que permitem predizer o comportamento de uma DA. Para o desenvolvimento das RNA utilizou-se o programa NeuralToolsTM da PalisadeTM. Como caso de estudo, a metodologia foi aplicada ao Digestor A da ETAR Sul da SIMRIA, empresa onde teve lugar o estágio curricular que originou o presente trabalho. Nesse contexto, utilizaram-se dados com informação referente aos últimos dois anos de funcionamento do digestor, disponíveis na empresa. Apesar de se terem verificado certas limitações, na predição em alguns casos particulares, de um modo geral, considera-se que os resultados obtidos permitiram concluir que as redes neuronais modeladas apresentam boa capacidade de generalização na imitação do processo anaeróbio. Conclui-se, portanto, que o estudo realizado pode constituir um contributo com interesse para a otimização da produção do biogás na DA de ETAR Sul da SIMRIA e que a utilização de RNA poderá ser uma ferramenta a explorar, quer nessa área, quer noutras áreas de gestão de sistemas de saneamento básico.

Um olhar sobre a música produzida na ESML para clarinete solo e clarinete e eletrónica

O presente Projeto Artístico propõe como principal objetivo a divulgação de obras para clarinete solo e para clarinete e eletrónica produzidas no seio das classes de clarinete e composição da Escola Superior de Música de Lisboa. A preparação e montagem da obra de Edward Luiz Ayres d’Abreu, aqui realizada em estreia absoluta, pretende manter viva a continuidade de produção artística desta instituição a todos os níveis, neste caso, entre dois estudantes. Neste relatório estão registados os benefícios alcançados com o trabalho de pesquisa relacionado com os aspectos biográficos dos compositores, o contexto da criação das obras, assim como a análise e apuramento de questões interpretativas pouco utilizadas na música convencional como por exemplo, as técnicas clarinetísticas contemporâneas (glissando, frulato, vibrato, som e voz, multifónicos, micro-tons), a prática de música com eletrónica, ou a experiência inovadora da recriação musical em palco de uma partitura gráfica.

Brownian bridge and other path-dependent Gaussian processes vectorial simulation

The iterative simulation of the Brownian bridge is well known. In this article, we present a vectorial simulation alternative based on Gaussian processes for machine learning regression that is suitable for interpreted programming languages implementations. We extend the vectorial simulation of path-dependent trajectories to other Gaussian processes, namely, sequences of Brownian bridges, geometric Brownian motion, fractional Brownian motion, and Ornstein-Ulenbeck mean reversion process.

Enhanced PCA-based localization using depth maps with missing data

In this paper a new method for self-localization of mobile robots, based on a PCA positioning sensor to operate in unstructured environments, is proposed and experimentally validated. The proposed PCA extension is able to perform the eigenvectors computation from a set of signals corrupted by missing data. The sensor package considered in this work contains a 2D depth sensor pointed upwards to the ceiling, providing depth images with missing data. The positioning sensor obtained is then integrated in a Linear Parameter Varying mobile robot model to obtain a self-localization system, based on linear Kalman filters, with globally stable position error estimates. A study consisting in adding synthetic random corrupted data to the captured depth images revealed that this extended PCA technique is able to reconstruct the signals, with improved accuracy. The self-localization system obtained is assessed in unstructured environments and the methodologies are validated even in the case of varying illumination conditions.

New findings on the dynamics of HIV and TB coinfection models

In this paper we study a model for HIV and TB coinfection. We consider the integer order and the fractional order versions of the model. Let α∈[0.78,1.0] be the order of the fractional derivative, then the integer order model is obtained for α=1.0. The model includes vertical transmission for HIV and treatment for both diseases. We compute the reproduction number of the integer order model and HIV and TB submodels, and the stability of the disease free equilibrium. We sketch the bifurcation diagrams of the integer order model, for variation of the average number of sexual partners per person and per unit time, and the tuberculosis transmission rate. We analyze numerical results of the fractional order model for different values of α, including α=1. The results show distinct types of transients, for variation of α. Moreover, we speculate, from observation of the numerical results, that the order of the fractional derivative may behave as a bifurcation parameter for the model. We conclude that the dynamics of the integer and the fractional order versions of the model are very rich and that together these versions may provide a better understanding of the dynamics of HIV and TB coinfection.

Lisboa, cidade cenográfica: memorando do projecto

Lisboa, cidade cenográfica é uma instalação que resulta dum processo de sucessivos registos de momentos, experiências e vivências da cidade de Lisboa, com diferentes narrativas. Através do método de assemblage de elementos retirados à rua e reconstruindo composições de blocos volumétricas que incluem desde imagens gráficas, à presença de fontes de luz e de som, e texturas várias, produzi uma instalação destinada a ser ocupada, como se do próprio processo de deambulação por uma cidade se tratasse – neste caso Lisboa. A instalação final, – Lisboa, cidade cenográfica -, constitui em si uma maqueta, como ponto de partida para um outro processo, quase interminável, que conduzisse a uma outra instalação que nos engolisse e se apoderasse da nossa presença. Manipulando diferentes escalas, composições e morfologias de espaço obter-se-ia uma instalação quase infindável, como a própria cidade. A actual instalação é como a síntese dum Fóssil Urbano. Na observação e captação de imagens da cidade houve a preocupação de efectuar a diferentes horas do dia. Os sons utilizados na instalação, foram gravados nas ruas de Lisboa e incluem desde sinos de igreja, ao chilrear de pássaros, aos aviões que sobrevoam, ao trânsito e respectivas buzinas e sirenes de ambulâncias, entre outros. No âmbito do desenvolvimento do projecto e desta Memória Descritiva, tive a preocupação de pedir a algumas pessoas – Cartas de Lisboa -, testemunhando o modo como habitam ou habitaram a cidade. Nos headphones presentes na instalação, ouve-se o poema Lisbon Revisited (1923), de Álvaro de Campos, completando assim o som ambiente de Lisboa, cidade cenográfica. Aquele poema só audível daquele modo, acaba por se sobrepor assim, dum modo subtil, aos outros sons ambiente (exteriores aos headphones).

Additive adaptive thinking in 1st and 2nd grades pupils

This paper is part of the Project “Adaptive thinking and flexible computation: Critical issues”. It discusses what is meant by adaptive thinking and presents the results of individual interviews with four pupils. The main goal of the study is to understand pupils’ reasoning when solving numerical tasks involving additive situations, and identify features associated with adaptive thinking. The results show that, in the case of first grade pupils, the semantic aspects of the problem are involved in its resolution and the pupils’ performance appears to be related to the development of number sense. The 2nd grade pupils seem to see the quantitative difference as an invariant numerical relationship.

Estratégias informativas de um jornal híbrido: o caso do “I” nos media portugueses

Dissertação apresentada à Escola Superior de Comunicação Social como parte dos requisitos para obtenção de grau de mestre em Audiovisual e Multimédia.

Activation of effector immune cells promotes tumor stochastic extinction: A homotopy analysis approach

In this article we provide homotopy solutions of a cancer nonlinear model describing the dynamics of tumor cells in interaction with healthy and effector immune cells. We apply a semi-analytic technique for solving strongly nonlinear systems – the Step Homotopy Analysis Method (SHAM). This algorithm, based on a modification of the standard homotopy analysis method (HAM), allows to obtain a one-parameter family of explicit series solutions. By using the homotopy solutions, we first investigate the dynamical effect of the activation of the effector immune cells in the deterministic dynamics, showing that an increased activation makes the system to enter into chaotic dynamics via a period-doubling bifurcation scenario. Then, by adding demographic stochasticity into the homotopy solutions, we show, as a difference from the deterministic dynamics, that an increased activation of the immune cells facilitates cancer clearance involving tumor cells extinction and healthy cells persistence. Our results highlight the importance of therapies activating the effector immune cells at early stages of cancer progression.

Desenvolvimento de um Controlador de Boundary Scan (Ieee 1149.1)

Mestrado em Engenharia Electrotécnica e de Computadores - Área de Especialização em Automação e Sistemas