Taking advantage of an old concept, "illegitimate transcription", for a proposed novel method of genetic diagnosis of McArdle disease

McArdle disease is a metabolic disorder caused by pathogenic mutations in the PYGM gene. Timely diagnosis can sometimes be difficult with direct genomic analysis, which requires additional studies of cDNA from muscle transcripts. Although the "nonsense-mediated mRNA decay" (NMD) eliminates tissue-specific aberrant transcripts, there is some residual transcription of tissue-specific genes in virtually all cells, such as peripheral blood mononuclear cells (PBMCs).We studied a subset of the main types of PYGM mutations (deletions, missense, nonsense, silent, or splicing mutations) in cDNA from easily accessible cells (PBMCs) in 12 McArdle patients.Analysis of cDNA from PBMCs allowed detection of all mutations. Importantly, the effects of mutations with unknown pathogenicity (silent and splicing mutations) were characterized in PBMCs. Because the NMD mechanism does not seem to operate in nonspecific cells, PBMCs were more suitable than muscle biopsies for detecting the pathogenicity of some PYGM mutations, notably the silent mutation c.645G>A (p.K215=), whose effect in the splicing of intron 6 was unnoticed in previous muscle transcriptomic studies.We propose considering the use of PBMCs for detecting mutations that are thought to cause McArdle disease, particularly for studying their actual pathogenicity.

Muscle signaling in exercise intolerance: Insights from the McArdle mouse model

We recently generated a knock-in mouse model (PYGM p.R50X/p.R50X) of McArdle disease (myophosphorylase deficiency). One mechanistic approach to unveil the molecular alterations caused by myophosphorylase deficiency, which is arguably the paradigm of 'exercise intolerance', is to compare the skeletal-muscle tissue of McArdle, heterozygous, and healthy (wild type (wt)) mice. We analyzed in quadriceps muscle of p.R50X/p.R50X (n=4), p.R50X/wt (n=6) and wt/wt mice (n=5) (all male, 8 wk-old) molecular markers of energy-sensing pathways, oxidative phosphorylation (OXPHOS) and autophagy/proteasome systems, oxidative damage and sarcoplamic reticulum (SR) Ca handling. We found a significant group effect for total AMPK (tAMPK) and ratio of phosphorylated (pAMPK)/tAMPK (P=0.012 and 0.033), with higher mean values in p.R50X/p.R50X mice vs. the other two groups. The absence of massive accumulation of ubiquitinated proteins, autophagosomes or lysosomes in p.R50X/p.R50X mice suggested no major alterations in autophagy/proteasome systems. Citrate synthase activity was lower in p.R50X/p.R50X mice vs. the other two groups (P=0.036) but no statistical effect existed for respiratory chain complexes. We found higher levels of 4-hydroxy-2-nonenal-modified proteins in p.R50X/p.R50X and p.R50X/wt mice compared with the wt/wt group (P=0.011). Sarco(endo)plasmic reticulum ATPase 1 (SERCA1) levels detected at 110kDa tended to be higher in p.R50X/p.R50X and p.R50X/wt mice compared with wt/wt animals (P=0.076), but their enzyme activity was normal. We also found an accumulation of phosphorylated SERCA1 in p.R50X/p.R50X animals. Myophosphorylase deficiency causes alterations in sensory energetic pathways together with some evidence of oxidative damage and alterations in Ca handling but with no major alterations in OXPHOS capacity or autophagy/ubiquitination pathways, which suggests that the muscle tissue of patients is likely to adapt overall favorably to exercise training interventions.

Hierarchal Characterization and Generation of Blogosphere Workloads

We present a thorough characterization of the access patterns in blogspace, which comprises a rich interconnected web of blog postings and comments by an increasingly prominent user community that collectively define what has become known as the blogosphere. Our characterization of over 35 million read, write, and management requests spanning a 28-day period is done at three different levels. The user view characterizes how individual users interact with blogosphere objects (blogs); the object view characterizes how individual blogs are accessed; the server view characterizes the aggregate access patterns of all users to all blogs. The more-interactive nature of the blogosphere leads to interesting traffic and communication patterns, which are different from those observed for traditional web content. We identify and characterize novel features of the blogosphere workload, and we show the similarities and differences between typical web server workloads and blogosphere server workloads. Finally, based on our main characterization results, we build a new synthetic blogosphere workload generator called GBLOT, which aims at mimicking closely a stream of requests originating from a population of blog users. Given the increasing share of blogspace traffic, realistic workload models and tools are important for capacity planning and traffic engineering purposes.

Traffic Characteristics and Communication Patterns in Blogosphere

We present a thorough characterization of the access patterns in blogspace -- a fast-growing constituent of the content available through the Internet -- which comprises a rich interconnected web of blog postings and comments by an increasingly prominent user community that collectively define what has become known as the blogosphere. Our characterization of over 35 million read, write, and administrative requests spanning a 28-day period is done from three different blogosphere perspectives. The server view characterizes the aggregate access patterns of all users to all blogs; the user view characterizes how individual users interact with blogosphere objects (blogs); the object view characterizes how individual blogs are accessed. Our findings support two important conclusions. First, we show that the nature of interactions between users and objects is fundamentally different in blogspace than that observed in traditional web content. Access to objects in blogspace could be conceived as part of an interaction between an author and its readership. As we show in our work, such interactions range from one-to-many "broadcast-type" and many-to-one "registration-type" communication between an author and its readers, to multi-way, iterative "parlor-type" dialogues among members of an interest group. This more-interactive nature of the blogosphere leads to interesting traffic and communication patterns, which are different from those observed in traditional web content. Second, we identify and characterize novel features of the blogosphere workload, and we investigate the similarities and differences between typical web server workloads and blogosphere server workloads. Given the increasing share of blogspace traffic, understanding such differences is important for capacity planning and traffic engineering purposes, for example.

Monasticism and its limits: rematerialising monastic space in early medieval Ireland

This thesis creates a multi-faceted archaeological context for early Irish monasticism, so as to ‘rematerialise’ a phenomenon that has been neglected by recent archaeological scholarship. Following revision of earlier models of the early Irish Church, archaeologists are now faced with redefining monasticism and distinguishing it from other diverse forms of Christian lifestyle. This research addresses this challenge, exploring the ways in which material limits can be set on the monastic phenomenon. The evidence for early Irish monasticism does not always conform to modern expectations of its character, and monastic space must be examined as culturally unique in its own right - though this thesis demonstrates that early Irish monasticism was by no means as unorthodox in its contemporary European setting as has previously been suggested. The research is informed by theories of the body, habitus and space, drawing on a wide body of archaeological, religious, sociological and anthropological thought. The data-set comprises evidences gathered through field-survey, reassessment of archaeological scholarship, historical research and cartographic research, enabling consideration of the ways in which early Irish monastics engaged with their environments. A sample of thirty-one early Irish ecclesiastical sites plus Iona forms the basis for discussion of the location and layout of monastic space, the ways in which monastics used buildings and space in their daily lives, the relationship of monasticism and material culture, the setting of mental and physical limits on monastic space and monastic bodies, and the variety of monastic lifestyles that pertained in early medieval Ireland. The study then examines the Christian landscapes of two case-studies in mid-Western Ireland in order to illustrate how monasticism functioned on the ground in these areas. As this research shows, the material complexities of early Irish monastic life are capable of archaeological definition in terms of both communal and personal lived experience.

A social history of sport in Cork, Tipperary and Waterford, c. 1880-1930

This thesis seeks to explore the development of sport in Munster in the late nineteenth and early twentieth centuries by comparing developments in three counties: Cork, Tipperary and Waterford. In particular this thesis considers the development of rugby and soccer in comparative perspective across these three counties, asking what local factors impacted on their uneven development in the region and considering the extent to which the traditional model of diffusion applies to the reception of these sports in the three counties. By giving consideration to these two particular non-indigenous sports, the thesis will, through answering that question, explore ideas of cultural reception, national identity and class as expressed at local level. These themes will be explored by placing the comparative analysis of these two sports into a wider context of sporting development regionally and nationally in the period, in particular the emerging commercialisation of sport, and also the diverse sporting culture of which these two sports were a part. Utilising a wide range of archival sources from local, national and sporting newspapers, to club records, official publications and ephemera this thesis builds a picture of sport in Munster that is deeply rooted in the community, and that forms an important facet of the social world of Cork, Tipperary and Waterford from 1880-1930.

Theme and variations: Christianity and regional landscapes in early medieval Ireland

This thesis explores the impact of Christianity on the landscape in Ireland from the conversion period to the coming of the Anglo-Normans. The premise is that ecclesiastical and secular settlement formed a cohesive whole which characterised the societal organisation of early medieval Ireland. The matter of the thesis is to isolate some of the agents of cohesion to see was this homogenous or did it vary in different areas. One of these agents was the ownership of land and the thesis undertakes to identify ecclesiastical landholding and examine the manner of settlement on it. A corollary is to explore the contribution of the genealogical link between kin-group, founding saint and territory to the construction of local identities. This necessitated a narrow focus; thus small study areas were chosen, which approximated to early medieval kingdoms in North Louth, Rathdown, Co Dublin and Ross, Co Cork. A multidisciplinary approach was taken using both archaeological and documentary evidence. The thesis found ecclesiastical sites were at the same density through the study areas, but there were considerable regional variations in related secular settlement. Ecclesiastical estates were identified in the three study areas and common settlement patterns were found in two of them. Settlement in all areas indicated the foundation of minor churches by local groups. Ecclesiastical sites were found to be integral to kin-group identity and status, but the manner in which each group negotiated this, was very different. Finally the thesis examined material evidence for a change from diffused to concentrated power in the political organisation of Irish society, a process entwined with developments of the Viking Age. This centralisation of power and associated re-formation of identity was still often mediated through the ecclesiastical sphere but the thesis demonstrates diversity in the materialising of the mediation.

Energy storage: battery materials and architectures at the nanoscale

Enterprise Ireland (Project CFTD07325). European Commission (EU Framework 7 project Nanofunction, (Beyond CMOS Nanodevices for Adding Functionalities to CMOS) www.Nanofunction.eu EU ICT Network of Excellence, Grant No.257375)

Landscapes of kingship in early medieval Ireland, AD 400–1150

This thesis explores the evolution of kingship in early medieval Ireland (AD 400–1150) through a kingdom based and multi-scalar approach to royal landscapes. Through exploring the role of place and landscape in the construction of early medieval Irish kingship, this study will assess the relationship between the social, economic and ideological roles of the king in Irish society. Kingship in Ireland was vested in places, such that royal landscapes were the pre-eminent symbol of regality and authority. As such, an interdisciplinary study of kingship grounded in archaeological methodologies has a unique potential to contribute to our knowledge of the practice of kingship. Consequently, this research considers the material apparatus of different scales of kingships and explores the role of landscape in the construction of kingship and the evolution of kingdoms. It takes two major case studies; (i) Cashel, Munster and the Éoganachta federation; and (ii) the Uí Néill, Tara and the Síl nÁedo Sláine kingdom of Brega. Through interdisciplinary methodologies it charts the genesis and development of political federations, focusing specifically on the role that royal landscapes’ played in their evolution. Similarly, this thesis engages critically with the nature of assembly places and practices in Ireland, and focuses specifically on issues pertaining to the nature of assembly and the archaeological manifestation of such practices. It includes a list of 115 landscapes identified as assembly places, and through the analysis of this material, this thesis examines the ways in which different types of royal sites articulated together to create royal landscapes implicated in the exercise of kingship, and the construction and maintenance of authority. Moreover, through the analysis of assembly places within the context of the development of kingdoms, and structures of jurisdiction and administration, it also investigates the evolution of supra-regional scales of identity and community associated with the emergence of major political federations in early medieval Ireland.

Na marbhnaí do Shéamas Óg Mac Coitir (1689-1720)

Go príomha, is tráchtas é seo a dhéanann staidéar ar ghné de litríocht iar-chlasaiceach na Gaeilge. Baineann sé go háirithe leis an sraith chaointe nó marbhnaí i bhfoirm véarsaíochta a cumadh do Shéamas Óg Mac Coitir (1689-1720), duine uasal Caitliceach ó Charraig Tuathail, Co. Chorcaí, nuair a ciontaíodh é in éigniú Elizabeth Squibb, bean de Chumann na gCarad; nuair a cuireadh pionós an bháis air; agus nuair a crochadh é i gCathair Chorcaí an 7 Bealtaine, 1720. Ó thaobh na staire de, scrúdaítear Clann Choitir mar shampla de theaghlach nár cheil a ndílseacht do chúis pholaitiúil na Stíobhartach agus a sheas an fód go cróga faoi mar a bhí a ngreim polaitiúil á dhaingniú ag an gCinsealacht Phrotastúnach ó dheireadh an 17ú haois amach. Tagraítear do sheicteachas na sochaí comhaimseartha agus don teannas idir an pobal Caitliceach agus an pobal Protastúnach ag an am. Déantar scagadh ar an véarsaíocht mar fhoinse luachmhar do dhearcadh míshásta an mhóraimh Chaitlicigh ar struchtúr polaitiúil chontae Chorcaí (agus na hÉireann) i dtosach an 18ú haois. Is feiniméan liteartha an dlús véarsaíochta seo a bhaineann go háirithe le traidisiún liteartha Chorcaí. Tá na dánta curtha in eagar agus aistriúchán go Béarla curtha ar fáil: is é seo croí an tráchtais. Tá an t-eagrán bunaithe ar scrúdú cuimsitheach ar thraidisiún na lsí; pléitear modheolaíocht na heagarthóireachta. Déantar iarracht ar na dánta a shuíomh sa traidisiún casta liteartha sa tráchtaireacht tosaigh; sa chuid eile den bhfearas scoláiriúil, scrúdaítear ceisteanna a bhaineann le cúrsaí teanga, foclóra, meadarachta agus stíle. Tá innéacsanna agus liosta foinsí le fáil i ndeireadh an tráchtais.

Establecimiento de sistemas silvopastoriles : efecto de la edad del material de multiplicación y manejo del pastoreo con bovinos

El establecimiento de un sistema silvopastoril (SSP) en plantaciones de álamo (Populus deltoides `Australiano 106/60´) requiere de nuevas estrategias de manejo. En este contexto, la combinación del tipo de material de multiplicación utilizado y su palatabilidad pueden resultar determinantes del éxito de la instalación del sistema. El objetivo general del estudio fue generar una nueva tecnología para la instalación de un SSP con álamos orientado a la producción de madera para múltiples destinos. El primer objetivo consistió en evaluar los cambios que se producen en diferentes distancias de plantación sobre la dimensión y características morfológicas de las guías de álamo, materiales de multiplicación potencialmente aptos para instalar un SSP, y el segundo, determinar el efecto del tamaño y/o edad de las guías sobre el crecimiento del componente arbóreo y la sensibilidad al daño de las mismas frente al pastoreo de ganado bovino en un SSP de álamo. Los resultados indican que los mayores distanciamientos ensayados produjeron las mejores guías de uno, dos y tres años de edad, con mayor DAP, altura total, biomasa aérea, rectitud, conicidad y estabilidad del fuste. Se determinó además que es posible acelerar el ingreso del ganado de cría al SSP utilizando guías con un DAP igual ó mayor a los 6 cm, con una respuesta positiva durante los primeros años de plantación. Las hojas y ramitas tiernas de álamo, productos de una poda de primavera, constituyeron por su buena disponibilidad de PB, P y K y su DE un buen complemento de la dieta animal. Se concluye finalmente que, utilizando guías de álamo como material de multiplicación, es posible producir anticipadamente madera de álamo para usos múltiples, pasturas naturales espontáneas y carne vacuna en los SSP del bajo Delta del Río Paraná.

Respuestas morfológico-fisiológicas ante distintos tipos e intensidades de estrés en dos especies patagónicas del genéro Nothofagus con aptitud comercial

Algunas especies nativas andino - patagónica poseen alto valor maderero. La utilización de las mismas en cultivo requiere del conocimiento de su respuesta fisiológica y morfológica frente a factores ambientales generadores de estrés (hídrico, lumínico y térmico) en zonas potenciales de plantación. El presente trabajo, tuvo como objetivo generar conocimiento acerca de los mecanismos ecofisiológicos en respuesta a dichos factores de estrés en plantines de dos especies nativas: Nothofagus nervosa y N. obliqua. Los experimentos de estrés hídrico mostraron que ambas especies poseen, a bajos niveles de contenido hídrico, mecanismos anisohídricos de regulación del potencial mínimo, pero con un estricto cierre estomático ante aumentos del déficit de presión de vapor atmosférico. Los mayores valores de conductividad hidráulica máxima y menor vulnerabilidad a la cavitación del tallo sugieren que, ante condiciones de escaso déficit hídrico en suelo pero alta demanda evaporativa, N. obliqua poseería una ventaja comparativa frente a N. nervosa. En respuesta a la radiación, ambas especies respondieron mejor a condiciones intermedias de sombra. Se observó una alta incidencia de muerte apical ante condiciones de alta irradiancia. El principal mecanismo de aclimatación ante estas condiciones se relacionaría con la producción de hojas preformadas y neoformadas, presentando estas últimas una ventaja funcional en relación al grado de aclimatación. En relación a la temperatura, N. obliqua mostró un mayor rango de temperaturas óptimas para la fotosíntesis, sugiriendo una mayor adaptación a condiciones climáticas variables. El óptimo fotosintético se encuentra por encima de las actuales temperaturas medias, por lo que, las dos especies se verían beneficiadas ante escenarios climáticos con aumento de la misma, siempre que no haya déficit hídrico. Los resultados de esta tesis contribuyen a entender la distribución restringida de ambas especies en el NO de la Patagonia argentina donde la variación ambiental es grande en cortas distancias. Si bien existe aún incertidumbre, con el estado actual del conocimiento, N. obliqua parecería poseer una mayor potencialidad de crecimiento que N. nervosa en respuesta a los distintos factores de estrés considerados.

Efecto interactivo de la defoliación del estrato herbáceo y la cobertura del estrato arbóreo sobre el crecimiento del estrato herbáceo en sistemas silvopastoriles

El crecimiento demográfico y las actuales y futuras consecuencias del cambio climático hacen necesario maximizar la eficiencia productiva y ambiental de los sistemas de producción agrícola. Los sistemas silvopastoriles forman parte de las prácticas agroecológicas que permiten cumplir con este objetivo a partir de la sinergia lograda al complementar la actividad ganadera con la forestal a nivel de predio. La diversificación productiva provee al sistema alta estabilidad y resiliencia económica y ambiental. En el N.O. de Patagonia, lugar donde se desarrolló la presente tesis, los sistemas silvopastoriles basados en forestaciones de Pinus ponderosa implantadas sobre pastizales naturales de Festuca pallescens permitirían conjugar la tradicional ganadería extensiva con la incipiente actividad forestal. El desarrollo de sistemas silvopastoriles en base a estas especies será factible si el balance neto de las interacciones biológicas de competencia y facilitación entre ambos componentes es neutro o positivo. El aprovechamiento forrajero del pastizal, objetivo primario de la producción herbácea en los sistemas silvopastoriles, implica considerar el efecto de la defoliación. La defoliación, al disminuir la biomasa aérea, provoca cambios en la disponibilidad de luz y en las señales lumínicas que la planta percibe, disminuye la transpiración y puede atenuar el estrés hídrico. La presencia del estrato arbóreo en los sistemas silvopastoriles también actúa sobre la disponibilidad de luz y el estado hídrico de las plantas del estrato herbáceo. Dependiendo del tamaño de los árboles y el manejo silvícola aplicado, la cantidad y calidad de luz que alcanza el sotobosque disminuyen. Asimismo, los árboles pueden competir por el agua disponible en suelo o disminuir la demanda atmosférica que experimentan los pastos por efecto del sombreo. El resultado neto de ambos efectos determinará el estado hídrico de las plantas del estrato herbáceo (...)

Efecto de las forestaciones sobre el uso de hábitat y la disponibilidad de recursos de mamíferos carnívoros nativos en el NO patagónico

La plantación de pino en Patagonia ha aumentado en las últimas décadas, y es escaso el conocimiento de su impacto sobre la biodiversidad, particularmente sobre especies de altos requerimientos de hábitat. Mediante trampas cámara se estudiaron cambios en el uso de hábitat de carnívoros en vegetación de ecotono estepa-bosque respecto a plantaciones, y a otras estructuras del paisaje forestado, como cortafuegos, remanentes de vegetación nativa, y plantaciones ralas. Para explorar las diferencias en el uso del hábitat, se caracterizó el mismo a distintas escalas espaciales y se determinó la abundancia recursos tróficos. Se registraron cuatro especies: 1) Gato montés (Leopardus geoffroyi), fue registrado en vegetación nativa, cortafuegos y remanentes de vegetación nativa, pero no en plantaciones; estuvo correlacionado negativamente con la cobertura y densidad arbórea y positivamente con la abundancia de liebre. 2) Zorro colorado (Lycalopex culpaeus) y 3) zorrino (Conepatus chinga), fueron más abundantes en vegetación nativa que en plantaciones, y dentro del paisaje forestado prefirieron plantaciones ralas y cortafuegos. Ambas se asociaron positivamente a la cobertura de vegetación nativa, y el zorro también se asoció positivamente a la abundancia de liebre y riqueza herbácea. 4) Puma (Puma concolor) utilizó en similar medida todos los tipos de hábitat; y se asoció positivamente con la abundancia de jabalí y cobertura de plantación a escala de paisaje. En conclusión, las plantaciones desencadenan cambios en los distintos niveles tróficos de la comunidad, afectando a las presas nativas y favoreciendo a las exóticas, lo cual repercute de distinta manera sobre los carnívoros. A pesar de que gran parte de las especies se ven afectadas en alguna medida, los resultados indican que mediante prácticas de manejo y diseños de paisaje es posible mejorar significativamente la calidad del hábitat, de modo de hacer compatible la actividad forestal con la conservación de la fauna

Los contratistas de cosecha de plantaciones forestales : análisis de las funciones de producción y de la influencia de la innovación tecnológica como factor en las mismas

La cosecha de plantaciones forestales ha crecido sostenidamente en Sudamérica en los últimos años. Esta se desarrolla mayoritariamente con empresas contratistas, que abastecen plantas industriales. Esta Tesis tiene por objetivos analizar por medio de funciones de producción y de la innovación, las empresas contratistas de cosecha en Misiones y Corrientes (Argentina), Paraná, Santa Catarina y Rio Grande do Sul (Brasil), y Uruguay. Los datos fueron obtenidos por encuestas personalizadas: 22 en Argentina, 35 en Brasil, y 10 en Uruguay, entre 2008 y 2012. Se evaluaron modelos de costos y producción. El crecimiento de las empresas fue analizado con modelos lineales mixtos. La producción relevada fue de 17,7 millones de metros cúbicos, (58,3 por ciento del total regional). Los modelos de producción del tipo Cobb-Douglas, mostraron muy alta necesidad de capital al inicio, con un cambio a partir de las 50.000 t/mes, y fueron asintóticos desde las 100.000 t/mes. Los contratistas en Argentina produjeron en promedio 13.636 t/mes, con 30,7 empleados por empresa. En Brasil, produjeron 25.649t/mes, con 65,12 empleados. Los modelos de costo por tonelada resultaron en 5,82 US$/t para 18.000 t/mes para Argentina. En Brasil el costo mínimo fue de 11,23 US$/t para 25.000 t/mes. En Uruguay fue de 18,43 US$/t para 15.000 t/mes. En los tres países existió preponderancia de contratos con celulósicas. No se encontró ninguna contratista que desarrolle los indicadores de producción o de costo por tonelada que obtuvieron estas empresas mutualistas. En los análisis de producción de los últimos 10 años, fueron significativos el número de empleados, y la mecanización. Cuando se consideraron la capacidad de hacer negocios y la innovación, fue solo significativa esta última. La inclusión de las variables aleatorias, país y edad de la empresa, produjo mejores AIC (Akaike Information Criterion). En el análisis del crecimiento de las empresas en los últimos 10 años, resultaron significativos el capital y el número de empleados. En los últimos 5 años, ocurrió lo contrario, fueron significativas la innovación y la capacidad de hacer negocios. Se puede concluir que el capital es el principal factor para predecir la capacidad productiva de una contratista. Existen diferencias de escala entre las empresas de los tres países, así como en los sectores de cada país. A los largo de los últimos 10 años, las empresas han ido creciendo basándose en diferentes estrategias, al principio en capital y empleados, y últimamente en la capacidad de hacer negocios y en la innovación. Sudamérica, Cosecha forestal.