Two component systems: physiological effect of a third component

Signal transduction systems mediate the response and adaptation of organisms to environmental changes. In prokaryotes, this signal transduction is often done through Two Component Systems (TCS). These TCS are phosphotransfer protein cascades, and in their prototypical form they are composed by a kinase that senses the environmental signals (SK) and by a response regulator (RR) that regulates the cellular response. This basic motif can be modified by the addition of a third protein that interacts either with the SK or the RR in a way that could change the dynamic response of the TCS module. In this work we aim at understanding the effect of such an additional protein (which we call ‘‘third component’’) on the functional properties of a prototypical TCS. To do so we build mathematical models of TCS with alternative designs for their interaction with that third component. These mathematical models are analyzed in order to identify the differences in dynamic behavior inherent to each design, with respect to functionally relevant properties such as sensitivity to changes in either the parameter values or the molecular concentrations, temporal responsiveness, possibility of multiple steady states, or stochastic fluctuations in the system. The differences are then correlated to the physiological requirements that impinge on the functioning of the TCS. This analysis sheds light on both, the dynamic behavior of synthetically designed TCS, and the conditions under which natural selection might favor each of the designs. We find that a third component that modulates SK activity increases the parameter space where a bistable response of the TCS module to signals is possible, if SK is monofunctional, but decreases it when the SK is bifunctional. The presence of a third component that modulates RR activity decreases the parameter space where a bistable response of the TCS module to signals is possible.

The anticancer drug metabolites endoxifen and 4-hydroxy-tamoxifen induce toxic effects on Daphnia pulex in a two-generation study.

Although pharmaceutical metabolites are found in the aquatic environment, their toxicity on living organisms is poorly studied in general. Endoxifen and 4-hydroxy-tamoxifen (4OHTam) are two metabolites of the widely used anticancer drug tamoxifen for the prevention and treatment of breast cancers. Both metabolites have a high pharmacological potency in vertebrates, attributing prodrug characteristics to tamoxifen. Tamoxifen and its metabolites are body-excreted by patients, and the parent compound is found in sewage treatment plan effluents and natural waters. The toxicity of these potent metabolites on non-target aquatic species is unknown, which forces environmental risk assessors to predict their toxicity on aquatic species using knowledge on the parent compounds. Therefore, the aim of this study was to assess the sensitivity of two generations of the freshwater microcrustacean Daphnia pulex towards 4OHTam and endoxifen. Two chronic tests of 4OHTam and endoxifen were run in parallel and several endpoints were assessed. The results show that the metabolites 4OHTam and endoxifen induced reproductive and survival effects. For both metabolites, the sensitivity of D. pulex increased in the second generation. The intrinsic rate of natural increase (r) decreased with increasing 4OHTam and endoxifen concentrations. The No-Observed Effect Concentrations (NOECs) calculated for the reproduction of the second generation exposed to 4OHTam and endoxifen were <1.8 and 4.3μg/L, respectively, whereas the NOECs that were calculated for the intrinsic rate of natural increase were <1.8 and 0.4μg/L, respectively. Our study raises questions about prodrug and active metabolites in environmental toxicology assessments of pharmaceuticals. Our findings also emphasize the importance of performing long-term experiments and considering multi-endpoints instead of the standard reproduction outcome.

Mobility Management in Packet Switched Mobile Networks

Nykyisin matkaviestinverkot ovat osa jokapäiväistä elämää. Merkittävimpiä eroja kiinteiden ja matkaviestinverkkojen välillä on käyttäjän liikkuvuus, joka voidaan määritellä mahdollisuudeksi soittaa ja vastaanottaa puheluita missä ja milloin tahansa. Työ selittää termin liikkuvuus ja määrittää ongelmat, jotka täytyy ratkaista liikkuvuuden aikaansaamiseksi sekä tavat, joilla nämä ongelmat on ratkaistu matkaviestinverkoissa. Työ luo yleiskatsauksen liikkuvuuden aikaansaamisessa käytettäviin menetelmiin, joita ovat haku, sijainnin päivitys, sijainnin seuranta ja kanavan vaihto. Työ keskittyy liikkuvuuteen kolmannen sukupolven matkaviestinverkkojen paketti-kytkentäisessä osassa, esimerkkinä liikkuvuuden hallinta UMTS:ssa (Universal Mobile Telecommunications System). Erot paketti- ja piirikytkentäisen osan välillä tuodaan esille ja selitetään. Jotta käyttäjät ja heidän päätteensä voisivat liikkua, tiedon täytyy kulkea verkon eri osien välillä. Merkinanto verkkoelementtien välillä ja liikkuvuuden mahdollistavien toimenpiteiden suoritus tehdään yhteyskäytännön avulla. Työ kuvaa yhteyskäytännöt, jotka ovat osallisena liikkuvuuden tarjontaan. Painopiste on GPRS:n liikkuvuuden-hallintayhteyskäytännössä, GMM:ssä. GMM protokollan prototyypin toteutus on esitetty työn käytännön osassa.

Managing Packet Data (Sessions) in 3G Mobile Networks

Tällä hetkellä kolmannen sukupolven matkapuhelinjärjestelmät ovat siirtyneet kaupalliseen vaiheeseen. Universal Mobile Telecommunication System (UMTS) on eräs kolmannen sukupolven matkapuhelinjärjestelmä, jota tullaan käyttämään Euroopassa. Diplomityön päämääränä on tutkia, kuinka pakettivälitteistä tiedonsiirtoa hallitaan UMTS - verkoissa. Diplomityö antaa yleiskuvan toisen sukupolven matkapuhelinjärjestelmien datapalveluiden kehityksestä kolmannen sukupolven nopeisiin matkapuhelinjärjestelmiin. Pakettivälitteisen verkon verkkoarkkitehtuuri on esitetty sekä sen, diplomityön kannalta, tärkeimpien osien toiminnallisuus on selvitetty. Myös pakettipohjaisten datayhteyksien eli istuntojen muodostaminen ja vapauttaminen sekä aktiivisen yhteyden ominaisuuksien muokkaaminen on esitetty tässä diplomityössä. Yhteydenhallintaprotokolla, Session Management (SM), on yksi protokolla, joka osallistuu pakettidatayhteyden hallintaan. SM -protokolla on käsitelty työssä yksityiskohtaisesti. SM -protokollan SDL toteutus on esitetty diplomityön käytännönosassa

Uusien rajapintojen vaikutus Nokia TETRA –rajapintapalvelimen arkkitehtuuriin

Nokia TETRA –järjestelmä on digitaaliseen tekniikkaan pohjautuva radiopuhelinjärjestelmä, joka on tarkoitettu erityisvaatimuksia omaavien organisaatioiden ammattikäyttöön. Sen tyypillisiä käyttäjiä ovat erilaiset viranomaiset, kuten poliisi, palo- ja pelastuslaitos sekä rajavartiolaitos. Se perustuu avoimeen TETRA-standardiin, joka määrittelee tärkeimmät palvelut ja rajapinnat tiettyjen verkkoelementtien välillä. TETRA-järjestelmän käyttöpaikkatyöasemat ja palvelimet perustuvat kaikki samaan Nokia TETRA –rajapintapalvelimen arkkitehtuuriin. Käyttöpaikat tarjoavat tehokkaat toiminnot verkon operatiiviseen käyttöön ja hallintaan. Palvelimet puolestaan tarjoavat ohjelmointirajapintansa kautta kolmansille osapuolille mahdollisuuden luoda TETRA-järjestelmän palveluita käyttäviä sovelluksia. Työn tavoitteena oli tutkia uusien rajapintojen soveltuvuutta sekä selvittää niiden vaikutusta Nokia TETRA –rajapintapalvelimen arkkitehtuuriin. Ensin kartoitettiin nykyisen arkkitehtuurin ongelmat ja puutteet äänikommunikaatioon käytetyssä tiedonsiirrossa, ja äänikommunikaatiossa käyttäjään päin. Näiden ratkaisemiseksi tutkittiin uusia rajapinta-vaihtoehtoja. Parhaiten soveltuvista vaihtoehdoista muodostettiin ratkaisu, jonka vaikutus uuden sukupolven arkkitehtuuriin selvitettiin.

Evaluation of the indication for surgical extraction of third molars according to the oral surgeon and the primary care dentist. Experience in the Master of Oral Surgery and Implantology at Barcelona University Dental School

Introduction: Third molar extraction is the most frequent procedure in oral surgery. The present study evaluates the indication of third molar extraction as established by the primary care dentist (PCD) and the oral surgeon, and compares the justification for extraction with the principal reason for patient consultation. Patients and method: A descriptive study was made of 319 patients subjected to surgical removal of a third molar in the context of the Master of Oral Surgery and Implantology (Barcelona University Dental School, Barcelona, Spain) between July 2004 and March 2005. The following parameters were evaluated: sex, age, molar, type of impaction, position according to the classifications of Pell and Gregory and of Winter, and the reasons justifying extraction. Results: The lower third molars were the most commonly extracted molars (73.7%). A total of 69.6% of the teeth were covered by soft tissues only. Fifty-six percent of the lower molars corresponded to Pell and Gregory Class IIB, while 42.1% were in the vertical position. The most common reason for patient reference to our Service of Oral Surgery on the part of the PCD was prophylactic removal (51.0% versus 46.1% in the case of the oral surgeon). Discussion and conclusions. Our results show prophylaxis to be the principal indication of third molar extraction, followed by orthodontic reasons. Regarding third molars with associated clinical symptoms or signs, infectious disease-including pericoronitis- was the pathology most often observed by the oral surgeon, followed by caries. This order of frequency was seen to invert in the case of third molars referred for extraction by the PCD. A vertical position predominated among the third molars with associated pathology

Transport Resource Management within UMTS Radio Network Subsystem

Tällä hetkellä haastavin telekommunikaatioteollisuuden tutkimus – ja kehitystoiminta on keskittynyt kolmannen sukupolven matkapuhelinjärjestelmien ympärille. Järjestelmien standardointityössä on saatu aikaiseksi ensimmäiset vakaat spesifikaatioversiot ja kaupallista toimintaa ollaan parhaillaan aloittelemassa Japanissa ja Euroopassa. Eräs kolmannen sukupolven järjestelmistä on UMTS (Universal Mobile Telecommunications System). Tämä diplomityö antaa yleiskuvan UMTS järjestelmästä ja sen eri verkkoelementtien toiminnallisuuksista. Päähuomio on kiinnitetty radioverkkojärjestelmään (UMTS Terrestrial Radio Access Network) ja erityisesti sen radioaliverkkojärjestelmään (Radio Network Subsystem), joka koostuu radioverkonohjaimesta (Radio Network Controller) ja joukosta siihen kuuluvia tukiasemia (Node B). Radioverkonohjain ja tukiasemat on yhdistetty avoimen rajapinnan kautta jota kutsutaan Iub -rajapinnaksi. Rajapinta tarjoaa radioverkonohjaimelle mahdollisuuden kontrolloida tukiasemia signalointiviestien avulla ja mahdollistaa tehokkaan ja luotettavan käyttäjätiedon siirron radioaliverkkojärjestelmän sisällä. Tämän diplomityön pääasiallinen sisältö on siirtoresurssien hallinta Iub -rajapinnan ylitse. Työssä esitellään ja selitetään siirtoverkon arkkitehtuuri. Myös kaikki Iub:ssä sijaitsevat protokollat ja toiminnalliset yksiköt jotka vaikuttavat siirtoresurssien hallintaan esitellään ja kuvataan yksityiskohtaisesti. Päähuomio on kiinnitetty sovellusprotokolliin sekä rajapinnan siirtoverkko- että radioverkkokerroksella sekä näiden protokollien väliseen vuorovaikutukseen. Kyseiset protokollat ovat Node B Application Part (NBAP) ja Access Link Control Application Part (ALCAP). Työn toteutusosassa käydään lävitse NBAP –protokollan prototyypin ja Node B Manager –toiminnallisen yksikön prototyypin implementaatio.

Beyond the net generation debate: A comparison of digital learners in face-to-face and virtual universities

In the last decade, an important debate has arisen about the characteristics of today"s students due to their intensive experience as users of ICT. The main belief is that frequent use of technologies in everyday life implies that competent users are able to transfer their digital skills to learning activities. However, empirical studies developed in different countries reveal similar results suggesting that the"digital native" label does not provide evidence of a better use of technology to support learning. The debate has to go beyond the characteristics of the new generation and focus on the implications of being a learner in a digitalised world. This paper is based on the hypothesis that the use of technology to support learning is not related to whether a student belongs to the Net Generation, but that it is mainly influenced by the teaching model. The study compares behaviour and preferences towards ICT use in two groups of university students: face-to-face students and online students. A questionnaire was applied to a sample of students from five universities with different characteristics (one offers online education and four offer face-to-face education with LMS teaching support). Findings suggest that although access to and use of ICT is widespread, the influence of teaching methodology is very decisive. For academic purposes, students seem to respond to the requirements of their courses, programmes, and universities. There is a clear relationship between students" perception of usefulness regarding certain ICT resources and their teachers" suggested uses of technologies. The most highly rated technologies correspond with those proposed by teachers. The study shows that the educational model (face-to-face or online) has a stronger influence on students" perception of usefulness regarding ICT support for learning than the fact of being a digital native.

Investigation of interface between Multimedia IP Network and Call Processing Server in 3G IP Telephony Core Network

The thesis presents an overview of third generation of IP telephony. The architecture of 3G IP Telephony and its components are described. The main goal of the thesis is to investigate the interface between the Call Processing Server and Multimedia IP Networks. The interface functionality, proposed protocol stack and a general description are presented in the thesis. To provide useful services, 3G IP Telephony requires a set of control protocols for connection establishment, capabilities exchange and conference control. The Session Initiation Protocol (SIP) and the H.323 are two protocols that meet these needs. In the thesis these two protocols are investigated and compared in terms of Complexity, Extensibility, Scalability, Services, Resource Utilization and Management.

Local Services in a Fourth Generation Mobile Network

Neljännen sukupolven mobiiliverkot kokoaa kaikki tietoliikenneverkot ja palvelut Internetin ympärille. Tämä mullistus muuttaa vanhat vertikaaliset tietoliikenneverkot joissa yhden tietoliikenneverkon palvelut ovat saatavissa vain kyseisen verkon päätelaitteille horisontaaliseksi malliksi jossa päätelaitteet käyttävät omaa verkkoansa pääsynä Internetin palveluihin. Tämä diplomityö esittelee idean paikallisista palveluista neljännen sukupolven mobiiliverkossa. Neljännen sukupolven mobiiliverkko yhdistää perinteiset televerkkojen palvelut ja Internet palvelut sekä mahdollistaa uuden tyyppisten palveluiden luonnin. TCP/IP protokollien ja Internetin evoluutio on esitelty. Laajakaistaiset, lyhyen kantaman radiotekniikat joita käytetään langattomana yhteytenä Internetiin on käsitelty. Evoluutio kohti neljännen sukupolven mobiiliverkkoja on kuvattu esittelemällä vanhat, nykyiset ja tulevat mobiiliverkot sekä niiden palvelut. Ennustukset palveluiden ja markkinoiden tulevaisuuden kehityksestä on käsitelty. Neljännen sukupolven mobiiliverkon arkkitehtuuri mahdollistaa paikalliset palvelut jotka ovat saatavilla vain yhdessä paikallisessa 4G verkossa. Paikalliset palvelut voidaan muunnella jokaiselle käyttäjälle erikseen käyttäen profiili-informaatiota ja paikkatietoa. Työssä on pohdittu paikallisten palveluiden käyttökelpoisuutta ja mahdollisuuksia käyttäen Lappeenrannan teknillisen korkeakoulun 4G projektin palvelupilotin tuloksia.

The univalent Bloch-Landau constant, harmonic symmetry and conformal glueing

By modifying a domain first suggested by Ruth Goodman in 1935 and by exploiting the explicit solution by Fedorov of the Polyá-Chebotarev problem in the case of four symmetrically placed points, an improved upper bound for the univalent Bloch-Landau constant is obtained. The domain that leads to this improved bound takes the form of a disk from which some arcs are removed in such a way that the resulting simply connected domain is harmonically symmetric in each arc with respect to the origin. The existence of domains of this type is established, using techniques from conformal welding, and some general properties of harmonically symmetric arcs in this setting are established.

Packet Switched UMTS Pilot System

Universal Mobile Telecommunication System (UMTS) on Third Generation Partnership Project (3GPP) –organisaation määrittelemä matkaviestinjärjestelmä. UMTS tukee sekä piiri- että pakettikytkentäistä tiedonsiirtoa ja mahdollistaa langattoman, suurinopeuksisen Internet-yhteyden. Diplomityön tarkoituksena on kuvata Nokia Research Center:n toteuttama kolmannen sukupolven 3GPP yhteensopiva pakettikytkentäinen koejärjestelmä. Työssä on käytetty uutta lähestymistapaa protokollakehitykseen, yhdistämällä eri työkaluilla tuotettuja protokollia yhdeksi kokonaisuudeksi. Liikenteen vaihtuessa lähitulevaisuudessa suurelta osin pakettikytkentäiseksi on mietittävä keinoja palvelunlaadun takaamiseksi. Näitä keinoja tutkittiin käyttämällä työssä toteutettua koejärjestelmää testialustana. Koejärjestelmää esiteltiin useissa konferensseissa ja se toimitettiin monille teleoperaattoreille.