Genomic Signatures Predict Poor Outcome in Undifferentiated Pleomorphic Sarcomas and Leiomyosarcomas

Undifferentiated high-grade pleomorphic sarcomas (UPSs) display aggressive clinical behavior and frequently develop local recurrence and distant metastasis. Because these sarcomas often share similar morphological patterns with other tumors, particularly leiomyosarcomas (LMSs), classification by exclusion is frequently used. In this study, array-based comparative genomic hybridization (array CGH) was used to analyze 20 UPS and 17 LMS samples from untreated patients. The LMS samples presented a lower frequency of genomic alterations compared with the UPS samples. The most frequently altered UPS regions involved gains at 20q13.33 and 7q22.1 and losses at 3p26.3. Gains at 8q24.3 and 19q13.12 and losses at 9p21.3 were frequently detected in the LMS samples. Of these regions, gains at 1q21.3, 11q12.2-q12.3, 16p11.2, and 19q13.12 were significantly associated with reduced overall survival times in LMS patients. A multivariate analysis revealed that gains at 1q21.3 were an independent prognostic marker of shorter survival times in LMS patients (HR = 13.76; P = 0.019). Although the copy number profiles of the UPS and LMS samples could not be distinguished using unsupervised hierarchical clustering analysis, one of the three clusters presented cases associated with poor prognostic outcome (P = 0.022). A relative copy number analysis for the ARNT, SLC27A3, and PBXIP1 genes was performed using quantitative real-time PCR in 11 LMS and 16 UPS samples. Gains at 1q21-q22 were observed in both tumor types, particularly in the UPS samples. These findings provide strong evidence for the existence of a genomic signature to predict poor outcome in a subset of UPS and LMS patients. © 2013 Silveira et al.

Analysis of artisanal fisheries in two reservoirs of the upper Paraná River basin (Southeastern Brazil)

We compared the artisanal fisheries, in terms of catch strategies, productivity, and gross per capita income, at two reservoirs: The Barra Bonita (an eutrophic reservoir with some introduced species), and the Jurumirim (an oligotrophic reservoir, with no introduced species). Published data and structured interviews with fishers were used to evaluate fishing activity, fish biomass, and the financial performance of the fisheries. In the Barra Bonita Reservoir we analysed data from 745 fishing trips, from which 86,691.9 kg of fish were landed, with a mean CPUE of 62.4 kg/fisher-1 day-1. The main type of fish caught was tilapia (71,513.5 kg; CPUE of 51.5 kg/fisher-1 day-1), which constituted 82.5% of the biomass caught. In the Jurumirim Reservoir, we analysed data from 2,401 fishing trips, from which 25,093.6 kg of fish were landed, with a mean CPUE of 10.4 kg/fisher-1 day-1. The main type of fish caught was traíra (6,158.6 kg; CPUE of 2.6 kg/fisher-1 day-1), which constituted 24.5% of the biomass caught. Ordination analysis (PCA) indicated that there was a difference in composition between the fishing reservoirs and ANCOVA showed that there was a significant difference in fish production between the reservoirs. A Student's t-test showed that fishers in the Barra Bonita Reservoir had a significantly higher gross per capita income than those from the Jurumirim Reservoir. Although the Barra Bonita Reservoir has a higher fish production and the fishers earn a higher gross per capita income, we recommend the Jurumirim Reservoir as a model for artisanal fishery management because fishing activity in this reservoir is viable in the long term and such a model would promote conservation and sustainability. This contrasts with the Barra Bonita Reservoir, in which the fishery is not viable in the long term, due to environmental problems caused by artificial eutrophication and the introduction of alien species. It is also noted that in many countries, management of fisheries based on exotic species has not been viable in the long term. © 2013 Sociedade Brasileira de Ictiologia.

Encalhes de tubarões anequins e de raias-pretas no litoral do estado de São Paulo, sudeste do Brasil: Relato de casos

Stranding of oceanic-pelagic elasmo branchs in the southeastern Brazil are reported. Data comes from animals observed in the coast of São Paulo state, between 1999 and 2012. Nine individuals of two species were recorded: Pteroplatytrygon violacea (n = 5; mostly during the winter) and Isurus oxyrinchus (n = 4; two in the winter and two in the summer). For P. violacea the strandings restricted to the austral winter suggest that the species follows the intrusion of high temperatures water masses recorded in southeastern Brazil during this season, bringing some individuals to shallow waters. For I. oxyrinchus is possible that individuals escaped from hooks of the commercial pelagic long line fishery and suffered injuries in the esophagus and in the gastric wall, stranding due to difficulties in locomotion and feeding. As these stranded sharks were not necropsied and only two animals were observed during the austral summer, we cannot exclude other causes of beaching such diseases or the intrusion of cold water masses in the continental shelf during this season.

Biologia populacional e reprodutiva do camarão sete-barbas na Baía de Santos, São Paulo

We investigated the sexual maturity, reproductive period and juvenile recruitment (both associated with salinity and temperature of bottom water) and sex-ratio of Xiphopenaeus kroyeri in Santos Bay, São Paulo. Monthly samples were obtained from June 2008 through May 2009 along four transects. Individuals were measured, sexed and the developmental stage of the reproductive system was macroscopically determined. The mean carapace length of females was larger than that of males. Females attained physiological maturity with 25.5 mm and males with 16.8 mm. The reproductive period was continuous with higher proportions of reproductive females in autumn. Although not significant, in February occurs a peak of reproductive females similar to March. An intermediate peak of these females occurs between August and October and it contributed to the recruitment in summer. The smallest amount of juveniles after the main peak of spawning (February, March and April) can be explained by migration or consequences of open access for fishery that occurs on June. The overall sex-ratio was approximately 1:1. However, when considering the spatial distribution, we observed a greater amount of reproductive females in shallow waters in the bay. The differential distribution between the sexes could be associated with appropriated areas to spawn. The current legal off-season occurs between March and May, and, according to our results of the frequency of reproductive females, we suggest the inclusion of February in the off-season.

Interference of cage fish farm on diet, condition factor and numeric abundance on wild fish in a Neotropical reservoir

Historically, the ichthyofauna of large Brazilian rivers has been subject to anthropogenic interference, such as impoundments. Currently, cage fish farming systems are a new source of impact on aquatic ecosystems. The objective of this study was to characterise the impact of freshwater fish farms on the feeding of five species of Neotropical freshwater fish. Specimens of Astyanax altiparanae, Galeocharax knerii, Iheringicthys labrosus, Pimelodus maculatus and Plagioscion squamosissimus were sampled in areas around two systems of cage fish farming (CF), and two control areas (CT) that were not influenced by this activity. Results show that there were significant changes in the diet of trophic generalist species (A. altiparanae, P. maculatus and I. labrosus) accompanied by a related increase in the condition factor values of these species in cage areas. Trophic specialist species, such as the carnivorous fish species G. knerii and P. squamosissimus, presented small differences between the CF and CT areas with regard to diet and showed no differences in other analyses performed. In conclusion, cage fish farms can affect the natural diet of trophic generalist fish species, directly affecting the nutritional status (condition factor), where food wastes was found to be one of the principal items consumed by this trophic guild. Results indicate that these species are responsible for recycling a great quantity of organic matter transferred by this type of activity, which, along with local fishery activities, contribute to mitigation of associated processes of eutrophication. © 2013 Elsevier B.V.

Análise do período de defeso do camarão marinho Artemesia longinaris através da maturidade ovariana anual

Pós-graduação em Aquicultura - FCAV

Perfil de alterações genômicas em angiofibromas nasofaringeos juvenis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Genética de populações de Prochilodus argenteus e P. costatus do médio São Francisco

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Desenvolvimento de marcadores genéticos para identificação de espécies de tubarões comercializados no Brasil

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Zoologia) - IBB

Distribuição espaço-temporal e estrutura populacional do camarão Artemesia longinaris Bate, 1988 (Crustacea: Decapoda: Penaeidae) no litoral de Macaé, RJ

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Zoologia) - IBB

Variação espaço-temporal na composição da comunidade de peixes do rio Passa Cinco (SP)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Biologia alimentar e reprodutiva na comunidade de peixes do rio Passa Cinco (SP)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Caracterização morfológica e bioquímica do sistema digestório e identificação por isótopos estáveis de robalo peva e flexa selvagens e de cativeiro

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Desenvolvimento inicial de jatuarana, Brycon amazonicus (Teleostei, Characidae)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

A pesca artesanal da frota de Mosqueiro (Belém - Pará) e o uso do ambiente pela dourada (Brachyplatystoma rousseauxii-Castelnau, 1855)

Dentre os entrepostos pesqueiros artesanais do estuário Amazônico, a ilha de Mosqueiro, localizada ao sul da Baía do Marajó, tem importância na atividade pesqueira do Estado e por estar próximo de um terminal de cargas (Terminal de Miramar), a iminência de um desastre ambiental é constante. Entretanto, não existem informações detalhadas sobre a produção pesqueira nesta área e nem tão pouco do uso que espécies com importância comercial desembarcadas na ilha, como a dourada (Brachyplatystoma rousseauxii), utilizam este ambiente. Com o objetivo de descrever a atividade pesqueira e o uso do ambiente pela dourada, foram acompanhados os desembarques na ponte do Cajueiro (Mosqueiro) no período de dezembro de 2005 a novembro de 2006. Adicionalmente foram realizados cadastros das embarcações pesqueiras utilizando-se fichas especializadas e coletores treinados da própria comunidade. O índice de abundância relativa CPUE kg/viagem) foi utilizado para identificação da concentração das espécies mais importantes e seu período de safra, dinâmica da frota, principais pesqueiros e renda. Quanto à dourada, 30 exemplares foram coletados junto à pesca comercial de Mosqueiro no período de dezembro de 2005 a agosto de 2006. Os exemplares foram pesados e medidos e as gônadas foram retiradas com o objetivo de se avaliar o uso do ambiente para reprodução. Foram cadastradas 128 embarcações pesqueiros sendo os barcos de pequeno porte os mais representativos seguidos das canoas motorizadas. Observaram-se diferenças tecnológicas entre as categorias de embarcações, exceto quanto ao comprimento do barco, produção média mensal e a capacidade da urna. As embarcações de médio porte apresentaram maior número de tripulantes e dias pescando, contudo realizam menor número de viagens por mês em relação às outras categorias. As redes de emalhar são as artes de pesca mais utilizadas na área, sendo as malhas de maior ocorrência as de 50, 60 e 70 mm (entre nós opostos). Os barcos de médio porte possuem os maiores comprimentos de rede em relação às outras categorias. As principais espécies capturadas foram a pescada branca (Plagioscion squamosissimus), a pescada curuca (Plagioscion urinamensis), a dourada (Brachyplatystoma rousseauxii) e a sarda (Pellona spp.). Durante o período de estudo, as embarcações da ponte do Cajueiro atuaram principalmente em pesqueiros próximos a ilha de Mosqueiro durante o período de safra das principais espécies (de maio a dezembro) e se deslocando para a região de Marudá durante a entresafra (janeiro a abril) seguindo, principalmente, os cardumes de dourada. Os períodos de maior abundância relativa foram o primeiro e quarto trimestre para as canoas motorizadas e os barcos de pequeno porte respectivamente. Os pesqueiros de Ponta Fina e Areia do Cotijuba apresentaram as maiores abundâncias relativas anuais com a captura principal de dourada e pescada curuca, respectivamente. A dourada foi regular durante todo o ano com maior abundância em Ponta Fina e em dezembro. A pescada curuca apresentou maior abundância em Areia do Cotijuba e pico ocorrendo no mês de setembro enquanto que a pescada branca apresentou maior abundância em Marudá (98kg/viagem) com pico ocorrendo em setembro. A sarda ocorreu com abundância em Enseada e pico em junho. Na ilha de Mosqueiro foi estimada uma produção de aproximadamente 1.000 toneladas de peixes capturados, gerando uma renda aproximada de R$ 3 milhões para o distrito. Os barcos de pequeno porte contribuíram com 42% da produção total e com 61% da renda. A pescada branca contribuiu com 26% da produção total e a dourada contribuiu com 35% da renda, sendo considerada o recurso mais rentável na ilha. Quanto à dourada, os indivíduos amostrados mediam de 27 a 100 cm de comprimento total, sendo a maior ocorrência de indivíduos ocorrendo na classe de 50 a 60 cm. A proporção sexual foi favorável as fêmeas (1:2,2 macho:fêmea) que foram mais numerosas na maioria das classes de comprimento e em todos os meses, exceto em fevereiro. Á área de mosqueiro não se configura como uma área de reprodução para a espécie, mas caracteriza-se como uma área de berçário e alimentação. No caso de um possível desastre ambiental acarretaria uma perda de aproximadamente 1.000 toneladas de pescado e de uma renda de R$ 3 milhões no setor pesqueiro da ilha de Mosqueiro. Adicionalmente, um impacto ambiental nesta área poderia afetar principalmente a população jovem de dourada causando assim efeitos danosos à longo prazo no que se diz respeito à captura e rentabilidade da área.