Genetic variability in spotted seatrout (Cynoscion nebulosus), determined with microsatellite DNA markers

Variation in the allele frequencies of five microsatellite loci was surveyed in 1256 individual spotted seatrout (Cynoscion nebulosus) obtained from 12 bays and estuaries from Laguna Madre, Texas, to Charlotte Harbor, Florida, to St. John’s River on the Florida Atlantic Coast. Texas and Louisiana collection sites were resampled each year for two to four years (1998−2001). Genetic differentiation was observed. Spotted seatrout from Florida waters were strongly differentiated from spotted seatrout collected in Louisiana and Texas. The greatest genetic discontinuity was observed between Tampa Bay and Charlotte Harbor, and Charlotte Harbor seatrout were most similar to Atlantic Coast spotted seatrout. Texas and Louisiana samples were not strongly structured within the northwestern Gulf of Mexico and there was little evidence of temporal differentiation within bays. These findings are contrary to those of earlier analyses with allozymes and mitochondrial DNA (mtDNA) where evidence of spatial differentiation was found for spotted seatrout resident on the Texas coast. The differences in genetic structure observed among these markers may reflect differences in response to selective pressure, or may be due to differences in underlying genetic processes.

Yellow (Perca flavescens) and Eurasian (P. fluviatilis) perch distinguished in fried fish samples by DNA analysis

DNA techniques are increasingly used as diagnostic tools in many fields and venues. In particular, a relatively new application is its use as a check for proper advertisement in markets and on restaurant menus. The identification of fish from markets and restaurants is a growing problem because economic practices often render it cost-effective to substitute one species for another. DNA sequences that are diagnostic for many commercially important fishes are now documented on public databases, such as the National Center for Biotechnology Information’s (NCBI) GenBank.1 It is now possible for most genetics laboratories to identify the species from which a tissue sample was taken without sequencing all the possible taxa it might represent.

Ancient DNA from South-East Europe Reveals Different Events during Early and Middle Neolithic Influencing the European Genetic Heritage

The importance of the process of Neolithization for the genetic make-up of European populations has been hotly debated, with shifting hypotheses from a demic diffusion (DD) to a cultural diffusion (CD) model. In this regard, ancient DNA data from the Balkan Peninsula, which is an important source of information to assess the process of Neolithization in Europe, is however missing. In the present study we show genetic information on ancient populations of the South-East of Europe. We assessed mtDNA from ten sites from the current territory of Romania, spanning a time-period from the Early Neolithic to the Late Bronze Age. mtDNA data from Early Neolithic farmers of the Starcevo Cris culture in Romania (Carcea, Gura Baciului and Negrilesti sites), confirm their genetic relationship with those of the LBK culture (Linienbandkeramik Kultur) in Central Europe, and they show little genetic continuity with modern European populations. On the other hand, populations of the Middle-Late Neolithic (Boian, Zau and Gumelnita cultures), supposedly a second wave of Neolithic migration from Anatolia, had a much stronger effect on the genetic heritage of the European populations. In contrast, we find a smaller contribution of Late Bronze Age migrations to the genetic composition of Europeans. Based on these findings, we propose that permeation of mtDNA lineages from a second wave of Middle-Late Neolithic migration from North-West Anatolia into the Balkan Peninsula and Central Europe represent an important contribution to the genetic shift between Early and Late Neolithic populations in Europe, and consequently to the genetic make-up of modern European populations.

A key to selected rockfishes (Sebastes spp.) based on mitochondrial DNA restriction fragment analysis

Larval and juvenile rockfishes (Sebastes spp.) are difficult to identify using morphological characters. We developed a key based on sizes of restriction endonuclease fragments of the NADH dehydrogenase-3 and -4 (ND3/ND4) and 12S and 16S ribosomal RNA (12S/16S) mitochondrial regions. The key makes use of variation in the ND3/ND4 region. Restriction endonuclease Dde I variation can corroborate identifications, as can 12S/16S variation. The key, based on 71 species, includes most North American taxa, several Asian species, and Sebastolobus alascanus and Helicolenus hilgendorfi that are closely related to rockfishes. Fifty-eight of 71 rockfish species in our database can be distinguished unequivocally, using one to five restriction enzymes; identities of the remaining species are narrowed to small groups: 1) S. polyspinis, S. crameri, and S. ciliatus or variabilis (the two species could not be distinguished and were considered as a single species) ; 2) S. chlorostictus, S. eos, and S. rosenblatti; 3) S. entomelas and S. mystinus; 4)S. emphaeus, S. variegatus, and S. wilsoni; and 5) S. carnatus and S. chrysomelas.

Nuevos criterios diagnósticos de la enfermedad celiaca: valoración de los marcadores genéticos e inmunológicos

166 p.

Efeito da p53 sobre a expressão e atividade da enzima de reparo de DNA Timina-DNA Glicosilase

O câncer de esôfago é uma malignidade altamente freqüente e letal. Uma característica específica das áreas de alta incidência de câncer de esôfago é a grande proporção de duplas mutações no gene TP53, sendo, ao menos uma delas, uma transição G para A em sítios CpG. Essas transições resultam de malpareamentos GT causados pela desaminação espontânea da 5-metilcitosina em ilhotas CpG. A enzima de reparo de DNA Timina-DNA Glicosilase (TDG) é responsável pelo primeiro passo na remoção da timina de malpareamentos GT em CpG. A alta proporção de mutações em sítios CpG em câncer de esôfago das áreas de alta incidência sugere que a via de reparo de DNA iniciada pela TDG pode estar prejudicada. A presença de duplas mutações, sendo ao menos uma delas em CpG, levantou a hipótese de que a primeira mutação no TP53 reduz a atividade da via de reparo iniciada pela TDG, que acarretaria a segunda mutação em sítios CpG. Dessa forma, o objetivo desse trabalho foi analisar o efeito da p53 sobre a expressão e atividade da TDG. Os resultados obtidos mostram que a expressão de TDG é regulada transcricionalmente pela p53 numa gama de linhagens celulares e é induzida pelo dano ao DNA, de forma p53-dependente. Além disto, os resultados apontam um possível papel da proteína p53 ativa na migração nuclear e atividade da TDG. Estes resultados ainda nos levam à conclusão de que o silenciamento de TDG aumenta a sensibilidade à morte celular induzida por MMS quando a p53 é encontrada na forma selvagem, mas não quando esta proteína é mutada, e de que o status mutacional de TP53 parece afetar a expressão de TDG em CEE primários. Juntos esses resultados sugerem que a p53 regula o reparo de DNA mediado pela TDG e que a inativação de p53 em células tumorais pode contribuir para a aquisição de um mutator phenotype.

Efeito antimutagênico, antigenotóxico, antiobesidade e antioxidante da Ilex paraguariensis (erva-mate)

O extrato aquoso de erva-mate, obtido a partir de folhas secas de Ilex paraguariensis, é uma bebida amplamente consumida na América do Sul. Inicialmente, nosso objetivo foi caracterizar os compostos presentes nas amostras de erva-mate disponíveis no mercado brasileiro (CH: chimarrão; T: chá mate torrado; G: chá mate torrado, comercialmente acondicionado em garrafas ou C: em copos; TS: chá mate torrado solúvel A mutagenicidade, citotoxicidade e antimutagenicidade de todas as amostras também foram avaliadas atavés do Teste de Ames na presença e na ausência de ativação metabólica. Em seguida, analisamos a amostra TS (2,5, 5,0 e 10 mg/mL) quanto a sua atividade antioxidante e antigenotóxica. Além disso, avaliamos também os efeitos da amostra TS sobre a sinalização da leptina e da insulina no hipotálamo e o estresse oxidativo hepático de ratos adultos obesos programados pela superalimentação neonatal (S). Para induzir S, o tamanho da ninhada foi reduzido a três filhotes por lactante e as ninhadas com número padrão de filhotes (dez/lactante) foram utilizadas como controle. Aos 150 dias de vida, as proles S foram subdivididas em: TS - tratados com extrato aquoso de erva-mate (1g/kg de peso corporal/dia, por gavagem) e S - recebendo água por gavagem durante 30 dias. A prole controle (C) também recebeu água nas mesmas condições do grupo S. Em nossos resultados, verificamos a presença de ácido clorogênico, cafeína e teobromina em todas as amostras analisadas. O conteúdo de compostos fenólicos nas infusões estudadas foram CH: 5,140,23; T: 4,330,01; G: 0,930,25; C: 0,800,3 e TS: 8,350,5 mg/ml. Não observamos efeito mutagênico ou citotóxico nas amostras analisadas. Um efeito antimutagênico significativo foi observado para a cepa TA97 (pré-, co- e pós-tratamento), na presença de ativação metabólica, em todas as amostras testadas. A amostra TS também apresentou um efeito antimutagênico significativo para a TA102 (pré-, co-e e pós-tratamento), na presença de ativação metabólica. Na análise exclusiva da amostra TS, observamos uma atividade antioxidante quando utilizado o ensaio de DPPH, apresentando IC50 69,3+3,1 μg/ml. Além disso, a amostra TS apresentou um efeito protetor sobre a quebra do DNA plasmidial induzida por radicais superóxido e hidroxila, de maneira dose dependente. No teste do cometa, detectamos um efeito antigenotóxico induzido pelo TS em cultura primária de células epiteliais de esôfago. Em nossos testes in vivo observamos que os animais TS não desenvolveram sobrepeso, obesidade visceral e hiperfagia. A resistência hipotalâmica à leptina não foi significativamente revertida, porém a resistência à insulina foi minimizada pelo tratamento com TS no grupo programado pela S. No fígado, TS normalizou as atividades das enzimas antioxidantes (SOD, GPx e CAT) e diminuiu os marcadores de estresse oxidativo, MDA e 4-HNE. O tratamento com TS também reduziu o conteúdo de glicogênio e triglicerídios hepáticos. Nossos resultados sugerem que a erva-mate foi capaz de proteger o DNA contra danos oxidativos, aumentou as defesas antioxidantes, melhorou a função hepática em ratos superalimentados na lactação, talvez através da modulação da sinalização hipotalâmica da insulina podendo ser, portanto, uma importante ferramenta para prevenção e tratamento de doenças relacionadas ao estresse oxidativo.