Towards in situ Single Cell Systems Biology

Systems-level studies of biological systems rely on observations taken at a resolution lower than the essential unit of biology, the cell. Recent technical advances in DNA sequencing have enabled measurements of the transcriptomes in single cells excised from their environment, but it remains a daunting technical problem to reconstruct in situ gene expression patterns from sequencing data. In this thesis I develop methods for the routine, quantitative in situ measurement of gene expression using fluorescence microscopy.

The number of molecular species that can be measured simultaneously by fluorescence microscopy is limited by the pallet of spectrally distinct fluorophores. Thus, fluorescence microscopy is traditionally limited to the simultaneous measurement of only five labeled biomolecules at a time. The two methods described in this thesis, super-resolution barcoding and temporal barcoding, represent strategies for overcoming this limitation to monitor expression of many genes in a single cell. Super-resolution barcoding employs optical super-resolution microscopy (SRM) and combinatorial labeling via-smFISH (single molecule fluorescence in situ hybridization) to uniquely label individual mRNA species with distinct barcodes resolvable at nanometer resolution. This method dramatically increases the optical space in a cell, allowing a large numbers of barcodes to be visualized simultaneously. As a proof of principle this technology was used to study the S. cerevisiae calcium stress response. The second method, sequential barcoding, reads out a temporal barcode through multiple rounds of oligonucleotide hybridization to the same mRNA. The multiplexing capacity of sequential barcoding increases exponentially with the number of rounds of hybridization, allowing over a hundred genes to be profiled in only a few rounds of hybridization.

The utility of sequential barcoding was further demonstrated by adapting this method to study gene expression in mammalian tissues. Mammalian tissues suffer both from a large amount of auto-fluorescence and light scattering, making detection of smFISH probes on mRNA difficult. An amplified single molecule detection technology, smHCR (single molecule hairpin chain reaction), was developed to allow for the quantification of mRNA in tissue. This technology is demonstrated in combination with light sheet microscopy and background reducing tissue clearing technology, enabling whole-organ sequential barcoding to monitor in situ gene expression directly in intact mammalian tissue.

The methods presented in this thesis, specifically sequential barcoding and smHCR, enable multiplexed transcriptional observations in any tissue of interest. These technologies will serve as a general platform for future transcriptomic studies of complex tissues.

"Mamíferos de médio e grande porte na Floresta Nacional de Carajás, Pará: riqueza, abundância e efeitos da fitofisionomia e do impacto da mineração"

A Floresta Nacional de Carajás é uma unidade de conservação federal localizada no sudeste da Amazônia, região Norte do Brasil. Juntamente com outras cinco áreas formam o Mosaico de Carajás com um contínuo de 1.307.000 hectares de área protegida. As principais fitofisionomias presentes no interior da unidade são a Floresta Ombrófila Densa e a Savana Metalófila. A unidade abriga a maior província mineral do mundo. A atividade de mineração promove diferentes impactos sobre a fauna principalmente através da modificação de paisagem originada pela supressão vegetal. O objetivo desse trabalho foi estudar a composição da comunidade de mamíferos de médio e grande porte através do levantamento de informações sobre a riqueza, a abundância e as diferenças entre a composição da mastofauna nas fitofisionomias de Savana Metalófila e Floresta Ombrófila Densa e suas alterações ocasionadas pelo impacto da mineração. Foram realizadas quatro campanhas em 19 trilhas que se distribuíram em áreas de Savana Metalófila e Floresta Ombrófila Densa impactadas e controle. A metodologia utilizada foi de transecção linear e armadilhamento fotográfico com um esforço total empregado de 432 km e 85.920 horas, para cada um dos métodos, respectivamente. A comunidade de mastofauna de médio e grande porte apresentou 43 espécies distribuídas em oito ordens, com um aumento de 41% de novos registros para a região. A composição da comunidade de mastofauna apresentou diferenças quanto a riqueza e a abundância das espécies nas duas fitofisionomias e quanto ao efeito do impacto da mineração. O presente trabalho trouxe avanços em relação à lista de espécies de mamíferos de médio e grande porte e aumentou o conhecimento a respeito da composição desta fauna em ambientes de floresta e de savana na Floresta Nacional de Carajás. Trouxe informações acerca dos impactos sobre a mastofauna e identificou importantes sensibilidades de algumas espécies frente à mineração, contribuindo para a busca do equilíbrio entre a mineração e a conservação.

Efeitos do controle da jaqueira, Artocarpus heterophyllus L., sobre a comunidade de pequenos mamíferos e a rede de dispersão de sementes na Ilha Grande, RJ

Atualmente observa-se uma expressiva perda de biodiversidade global resultante de atividades antrópicas, sendo a introdução de espécies exóticas uma das mais impactantes. A jaqueira Artocarpus heterophyllus é uma espécie exótica introduzida no Brasil durante o período colonial, sendo considerada invasora em diversas localidades. Na Mata Atlântica invade áreas de mata aberta e de borda, habitualmente associadas a ambientes antrópicos. Na Ilha Grande é encontrada em grande abundância em decorrência do histórico de ocupação humana. Para compreender como a mastofauna responde a presença da jaqueira, o Laboratório de Ecologia de Mamíferos da Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ) vem desenvolvendo um estudo ao longo de seis anos nos arredores da Vila Dois Rios, localizada na face oceânica da Ilha Grande. A partir dos resultados prévios iniciou-se uma segunda etapa do estudo no mesmo local que buscou avaliar diferentes métodos de controle das jaqueiras. O presente estudo é uma continuação direta desses dois trabalhos anteriores e teve como objetivo acompanhar as respostas da comunidade de pequenos mamíferos no período imediatamente posterior ao controle. Durante 18 meses foram amostradas bimestralmente 18 grades, 10 aonde foi efetuado o controle das jaqueiras e 8 aonde não foi constatada a presença desta árvore. Em cada grade foram colocadas 11 armadilhas de captura viva sendo banana a isca utilizada. Os mamíferos capturados foram medidos e suas fezes coletadas. A quantidade de jacas em cada área também foi anotada bimensalmente. As fezes foram analisadas em laboratório e as sementes encontradas identificadas. Os resultados obtidos indicam que a influência de A. heterophyllus sobre a estrutura da comunidade de pequenos mamíferos foi menor após o tratamento de controle. A única espécie que parece ainda responder a abundância de jaqueiras é o roedor Trinomys dimidiatus, que apresentou densidades mais elevadas nas áreas em tratamento, porém mais próximas a resultados obtidos para espécies congêneres em áreas pouco antropizadas. Utilizando uma abordagem de redes complexas observamos que, embora T. dimidiatus seja a espécie mais abundante em termos de número de indivíduos, o gambá Didelphis aurita parece ser a espécie de mamífero mais importante para dispersão de sementes nativas, aparecendo como espécie com maior número de conexões com espécies de sementes nas redes contruídas para as áreas sem jaqueiras e com jaqueiras antes e após o tratamento. Finalmente, a partir dos dados obtidos criamos um modelo matemático para a população de T. dimidiatus dos arredores da Vila Dois Rios, baseado em um crescimento logístico. Os resultados do modelo proposto se mostraram correlacionados com os dados de abundância reais, de modo que ele parece ser um simulador adequado da população local.

The E2F2 Transcription Factor Sustains Hepatic Glycerophospholipid Homeostasis in Mice

Increasing evidence links metabolic signals to cell proliferation, but the molecular wiring that connects the two core machineries remains largely unknown. E2Fs are master regulators of cellular proliferation. We have recently shown that E2F2 activity facilitates the completion of liver regeneration after partial hepatectomy (PH) by regulating the expression of genes required for S-phase entry. Our study also revealed that E2F2 determines the duration of hepatectomy-induced hepatic steatosis. A transcriptomic analysis of normal adult liver identified "lipid metabolism regulation" as a major E2F2 functional target, suggesting that E2F2 has a role in lipid homeostasis. Here we use wild-type (E2F2(+/+)) and E2F2 deficient (E2F2(-/-)) mice to investigate the in vivo role of E2F2 in the composition of liver lipids and fatty acids in two metabolically different contexts: quiescence and 48-h post-PH, when cellular proliferation and anabolic demands are maximal. We show that liver regeneration is accompanied by large triglyceride and protein increases without changes in total phospholipids both in E2F2(+/+) and E2F2(-/-) mice. Remarkably, we found that the phenotype of quiescent liver tissue from E2F2(-/-) mice resembles the phenotype of proliferating E2F2(+/+) liver tissue, characterized by a decreased phosphatidylcholine to phosphatidylethanolamine ratio and a reprogramming of genes involved in generation of choline and ethanolamine derivatives. The diversity of fatty acids in total lipid, triglycerides and phospholipids was essentially preserved on E2F2 loss both in proliferating and non-proliferating liver tissue, although notable exceptions in inflammation-related fatty acids of defined phospholipid classes were detected. Overall, our results indicate that E2F2 activity sustains the hepatic homeostasis of major membrane glycerolipid components while it is dispensable for storage glycerolipid balance.

Diversidade, diferenciação e biogeografia de pequenos mamíferos não-voadores na Mata Atlântica ao norte do rio São Francisco Centro de Endemismo Pernambuco

As florestas tropicais brasileiras (Amazônia e a Mata Atlântica) possuem alta diversidade de espécies e atualmente estão separadas por um cinturão de vegetação aberta. Parte deste cinturão é ocupada pela Caatinga, onde se encontram os Brejos de Altitude, testemunhos das conexões históricas entre a Mata Atlântica e a Amazônia. O Centro de Endemismos Pernambuco (CEPE) é a unidade biogeográfica que compõe a Mata Atlântica ao norte do rio São Francisco e contém diversos táxons endêmicos. Esta região apresenta uma mastofauna compartilhada com a Amazônia, devido às conexões existentes durante o Cenozóico. A presença do rio São Francisco em seu limite sul pode atuar como barreira ao fluxo gênico e explicar os endemismos encontrados no CEPE. Contrastando com sua situação peculiar, a mastofauna do CEPE ainda carece de estudos aprofundados sobre a identificação de suas espécies, padrões geográficos e relações filogenéticas. Revisões recentes têm identificado espécies diferentes ao norte e ao sul do rio São Francisco, mas poucos trabalhos têm proposto hipóteses biogeográficas para o CEPE. Para ampliar o conhecimento sobre a identidade e distribuição geográfica dos pequenos mamíferos do CEPE e sua estrutura filogeográfica, foram realizados levantamentos de espécies e análises de diversidade genética e morfométrica para algumas espécies. Os levantamentos consistiram de visitas às coleções científicas a fim de identificar as espécies ocorrentes no CEPE e excursões de coleta com 5 a 17 noites consecutivas em 12 localidades ao longo do CEPE, que totalizaram 64691 armadilhas noites e resultaram na coleta de 476 exemplares de 31 espécies. As espécies foram identificadas com base na morfologia externa e craniana e por análises citogenéticas. Para investigar a biogeografia do CEPE, análises de genética de populações, filogeográficas e morfométricas foram realizadas para os marsupiais Caluromys philander, Didelphis aurita, Marmosa murina, Metachirus nudicaudatus e os roedores Akodon cursor, Oecomys catherinae e Rhipidomys mastacalis para avaliar a existência de diferenciação nas populações do CEPE e suas relações com as linhagens Amazônicas e Atlânticas. Estes resultados mostraram que a diversificação dos pequenos mamíferos do CEPE ocorreu tanto no Terciário quanto no Quaternário. Algumas populações, como em Caluromys philander e Oecomys catherinae, mostraram afinidades com linhagens amazônicas, enquanto outras, como em Metachirus nudicaudatus e Rhipidomys mastacalis, apresentaram afinidades com linhagens atlânticas. Os pequenos mamíferos do CEPE apresentaram diferenciação em relação às suas linhagens irmãs, com algumas linhagens podendo tratar-se de espécies ainda não descritas (e.g. Didelphis aff. aurita e Rhipidomys aff. mastacalis). Esta diferenciação provavelmente foi causada pelos eventos cíclicos de flutuações climáticas que provocaram elevações no nível do mar e retração das florestas tropicais, isolando as populações do CEPE. Por fim, para auxiliar na identificação das espécies em novas coletas, de suas distribuições geográficas e de suas características citogenéticas e ecológicas, foi elaborado um guia reunindo todas as informações disponíveis sobre as espécies de pequenos mamíferos do CEPE.

Specific Interaction with Cardiolipin Triggers Functional Activation of Dynamin-Related Protein 1

Dynamin-Related Protein 1 (Drp1), a large GTPase of the dynamin superfamily, is required for mitochondrial fission in healthy and apoptotic cells. Drp1 activation is a complex process that involves translocation from the cytosol to the mitochondrial outer membrane (MOM) and assembly into rings/spirals at the MOM, leading to membrane constriction/division. Similar to dynamins, Drp1 contains GTPase (G), bundle signaling element (BSE) and stalk domains. However, instead of the lipid-interacting Pleckstrin Homology (PH) domain present in the dynamins, Drp1 contains the so-called B insert or variable domain that has been suggested to play an important role in Drp1 regulation. Different proteins have been implicated in Drp1 recruitment to the MOM, although how MOM-localized Drp1 acquires its fully functional status remains poorly understood. We found that Drp1 can interact with pure lipid bilayers enriched in the mitochondrion-specific phospholipid cardiolipin (CL). Building on our previous study, we now explore the specificity and functional consequences of this interaction. We show that a four lysine module located within the B insert of Drp1 interacts preferentially with CL over other anionic lipids. This interaction dramatically enhances Drp1 oligomerization and assembly-stimulated GTP hydrolysis. Our results add significantly to a growing body of evidence indicating that CL is an important regulator of many essential mitochondrial functions.

Adenylate Cyclase Toxin promotes bacterial internalisation into non phagocytic cells

Bordetella pertussis causes whooping cough, a respiratory infectious disease that is the fifth largest cause of vaccine-preventable death in infants. Though historically considered an extracellular pathogen, this bacterium has been detected both in vitro and in vivo inside phagocytic and non-phagocytic cells. However the precise mechanism used by B. pertussis for cell entry, or the putative bacterial factors involved, are not fully elucidated. Here we find that adenylate cyclase toxin (ACT), one of the important toxins of B. pertussis, is sufficient to promote bacterial internalisation into non-phagocytic cells. After characterization of the entry route we show that uptake of "toxin-coated bacteria" proceeds via a clathrin-independent, caveolae-dependent entry pathway, allowing the internalised bacteria to survive within the cells. Intracellular bacteria were found inside non-acidic endosomes with high sphingomyelin and cholesterol content, or "free" in the cytosol of the invaded cells, suggesting that the ACT-induced bacterial uptake may not proceed through formation of late endolysosomes. Activation of Tyr kinases and toxin-induced Ca2+-influx are essential for the entry process. We hypothesize that B. pertussis might use ACT to activate the endocytic machinery of non-phagocytic cells and gain entry into these cells, in this way evading the host immune system.

Estudo da atividade anti-inflamatória e toxicológica em extratos de corais do gênero Tubastraea

O ambiente marinho é um dos ecossistemas mais diversos e complexos em termos de biodiversidade. As condições químicas, físicas e biológicas desse ambiente favorecem a produção de uma variedade de substâncias pela biota, transformando os produtos naturais marinhos em um dos recursos promissores na pesquisa por novos compostos bioativos. O gênero Tubastraea (Scleractinia, Dendrophylliidae) inclui corais ahermatípicos que produzem compostos secundários bioativos em situações de competição. No estado do Rio de Janeiro são encontradas duas espécies invasoras desse gênero, Tubastraea coccinea e Tubastraea tagusensis. A primeira é amplamente distribuída nas águas tropicais do Atlântico e do Pacífico, e a segunda é nativa do leste do pacífico, ambas invasoras no Atlântico Sul. Este trabalho objetiva avaliar as atividades anti-inflamatória, antioxidante e toxicológica de extratos metanólicos de T. coccinea e T. tagusensis. As colônias de Tubastraea foram coletadas na Baía de Ilha Grande, Rio de Janeiro - Brasil e extraídas com metanol. A caracterização química foi realizada através da espectroscopia ultravioleta, visível e de infravermelho. Ação anti-inflamatória foi avaliada pelo modelo in vivo de edema em pata de camundongo induzido por carragenina. Atividade sequestrante de radicais livres foi avaliada pelo método do DPPH. Na avaliação toxicológica utilizamos o ensaio Salmonella/microssoma, na presença e ausência de ativação metabólica exógena, o teste in vitro de micronúcleo com células de macrófagos de rato e o teste de mortalidade com o microcrustáceo Artemia salina. Foi possível a distinção dos grupos químicos presentes nos extratos, com os resultados encontrados sendo corroborados com os presentes na literatura. Os extratos de ambas as espécies apresentaram inibição significativa no edema da pata nas doses testadas, em relação ao veículo. Ambos os extratos demonstraram capacidade pela captura do radical DPPH. Atividades citotóxica e mutagênica na ausência de metabolização exógena não foram observadas para as linhagens TA97, TA98 e TA102 nas duas espécies; para a TA100 o extrato de T. coccinea induziu citotoxidade na concentração de 50 g/placa. Os dois extratos induziram citotoxicidade na presença de metabolização exógena para a cepa TA98, tendo sido detectada também indução de mutagenicidade nesta linhagem para T. coccinea. Os extratos não foram capazes de induzir a formação de micronúcleos e não foram tóxicos para o microcrustáceo A. salina. A resposta inibitória do edema após 2 h da indução indica que os compostos presentes nos extratos atuam na segunda fase da inflamação, possivelmente pela inibição da produção de prostaglandinas. Os resultados sugerem que os extratos das espécies T. coccinea e T. tagusensis apresentam substâncias com potencial uso farmacológico, como agente anti-inflamatório e antioxidante.

Preliminary report on bottlenose dolphin (Tursiops truncatus) uterine samples for parity analysis

There have been numerous studies on various mammalian species regarding vascular changes in uterine arteries elucidating the effects of parity. In equids, vascular changes of uterine arteries have been demonstrated to occur in uniparous and multiparous mares. The severity of these arteriole changes suggests a link to previous pregnancies. Differences in the number or range of pregnancies can be ascertained through microscopic evaluation of elastin deposition in the arterioles, perivascular fibrosis, and stromal cellularity. There has been little, if any, work performed on parity in the bottlenose dolphin (Tursiops truncatus). The objective of this preliminary study was to determine the feasibility of detecting similar vascular changes in the endometrium of known-aged female bottlenose dolphins to assess parity. Archived formalin fixed samples of uterus were obtained from nine bottlenose dolphins with known age and parity. Four slides were made from each sample and individually stained with four different techniques. From our small sample pool, it appears that uteri from nulliparous animals do not develop perivascular fibrosis. Parous uteri developed perivascular fibrosis and arteriolar elastosis. These changes agree with our expectations that some degeneration (elastosis) and compensation (fibrosis) occurs as a result of uterine expansion of pregnancy. The assessment of this technique for use in bottlenose dolphins would provide an important tool in the determination of the reproductive success of dolphin populations, identify individuals who are sexually mature but nulliparous, which could indicate reproductive dysfunction or increased calving intervals, and increase our knowledge on the role contaminants play in reproductive dysfunction.

Immunomodulatory effects of domoic acid differ between In vivo and In vitro exposure in mice

The immunotoxic potential of domoic acid (DA), a well-characterized neurotoxin, has not been fully investigated. Phagocytosis and lymphocyte proliferation were evaluated following in vitro and in vivo exposure to assay direct vs indirect effects. Mice were injected intraperitoneally with a single dose of DA (2.5 µg/g b.w.) and sampled after 12, 24, or 48 hr. In a separate experiment, leukocytes and splenocytes were exposed in vitro to 0, 1, 10, or 100 µM DA. In vivo exposure resulted in a significant increase in monocyte phagocytosis (12-hr), a significant decrease in neutrophil phagocytosis (24-hr), a significant decrease in monocyte phagocytosis (48-hr), and a significant reduction in T-cell mitogen-induced lymphocyte proliferation (24-hr). In vitro exposure significantly reduced neutrophil and monocyte phagocytosis at 1 µM. B- and T-cell mitogen-induced lymphocyte proliferation were both significantly increased at 1 and 10 µM, and significantly decreased at 100 µM. Differences between in vitro and in vivo results suggest that DA may exert its immunotoxic effects both directly and indirectly. Modulation of cytosolic calcium suggests that DA exerts its effects through ionotropic glutamate subtype surface receptors at least on monocytes. This study is the first to identify DA as an immunotoxic chemical in a mammalian species.

Histological techniques for marine bivalve mollusks and crustaceans, 2nd edition

Investigators at the Cooperative Oxford Laboratory (COL) diagnose and study crustaceans, mollusks, finfish, and a variety of other marine and estuarine invertebrates to assess animal health. This edition updates the Histological Techniques for Marine Bivalve Mollusks manual by Howard and Smith (1983) with additional chapters on molluscan and crustacean techniques. The new edition is intended to serve as a guide for histological processing of shellfish, principally bivalve mollusks and crustaceans. Basically, the techniques included are applicable for histopathological preparation of all marine animals, recognizing however that initial necropsy is unique to each species. Photographs and illustrations are provided for instruction on necropsy of different species to simplify the processing of tissues. Several of the procedures described are adaptations developed by the COL staff. They represent techniques based on principles established for the histopathologic study of mammalian and other vertebrate tissues, but modified for marine and aquatic invertebrates. Although the manual attempts to provide adequate information on techniques, it is also intended to serve as a useful reference source to those interested in the pathology of marine animals. General references and recommended reading listed in the back of the manual will provide histological information on species not addressed in the text.

Reciprocal chromosome painting illuminates the history of genome evolution of the domestic cat, dog and human

Domestic cats and dogs are important companion animals and model animals in biomedical research. The cat has a highly conserved karyotype, closely resembling the ancestral karyotype of mammals, while the dog has one of the most extensively rearranged mammalian karyotypes investigated so far. We have constructed the first detailed comparative chromosome map of the domestic dog and cat by reciprocal chromosome painting. Dog paints specific for the 38 autosomes and the X chromosomes delineated 68 conserved chromosomal segments in the cat, while reverse painting of cat probes onto red fox and dog chromosomes revealed 65 conserved segments. Most conserved segments on cat chromosomes also show a high degree of conservation in G-banding patterns compared with their canine counterparts. At least 47 chromosomal fissions (breaks), 25 fusions and one inversion are needed to convert the cat karyotype to that of the dog, confirming that extensive chromosome rearrangements differentiate the karyotypes of the cat and dog. Comparative analysis of the distribution patterns of conserved segments defined by dog paints on cat and human chromosomes has refined the human/cat comparative genome map and, most importantly, has revealed 15 cryptic inversions in seven large chromosomal regions of conserved synteny between humans and cats.

Reciprocal chromosome painting among human, aardvark, and elephant (superorder Afrotheria) reveals the likely eutherian ancestral karyotype

The Afrotheria, a supraordinal grouping of mammals whose radiation is rooted in Africa, is strongly supported by DNA sequence data but not by their disparate anatomical features. We have used flow-sorted human, aardvark, and African elephant chromosome painting probes and applied reciprocal painting schemes to representatives of two of the Afrotherian orders, the Tubulidentata (aardvark) and Proboscidea (elephants), in an attempt to shed additional light on the evolutionary affinities of this enigmatic group of mammals. Although we have not yet found any unique cytogenetic signatures that support the monophyly of the Afrotheria, embedded within the aardvark genome we find the strongest evidence yet of a mammalian ancestral karyotype comprising 2n = 44. This karyotype includes nine chromosomes that show complete conserved synteny to those of man, six that show conservation as single chromosome arms or blocks in the human karyotype but that occur on two different chromosomes in the ancestor, and seven neighbor-joining combinations (i.e., the synteny is maintained in the majority of species of the orders studied so far, but which corresponds to two chromosomes in humans). The comparative chromosome maps presented between human and these Afrotherian species provide further insight into mammalian genome organization and comparative genomic data for the Afrotheria, one of the four major evolutionary clades postulated for the Eutheria.

Comparative map between the domestic pig and dog

Cross-species chromosome painting with probes derived from flow-sorted dog and human chromosomes was used to construct a high-resolution comparative map for the pig. In total 98 conserved autosomal segments between pig and dog were detected by probes specific for the 38 autosomes and X Chromosome of the dog. Further integration of our results with the published human-dog and cat-dog comparative maps, and with data from comparative gene mapping, increases the resolution of the current pig-human comparative map. It allows for the conserved syntenies detected in the pig, human, and cat to be aligned against the putative ancestral karyotype of eutherian mammals and for the history of karyotype evolution of the pig lineage to be reconstructed. Fifteen fusions, 17 fissions, and 23 inversions are required to convert the ancestral mammalian karyotype into the extant karyotype of the pig.

High-density comparative BAC mapping in the black muntjac (Muntiacus crinifrons): Molecular cytogenetic dissection of the origin of MCR 1p+4 in the X1X2Y1Y2Y3 sex chromosome system

The black muntjac (Muntiacus crinifrons, 2n = 8 female/9 male) is a critically endangered mammalian species that is confined to a narrow region of southeastern China. Male black muntjacs have an astonishing X1X2Y1Y2Y3 sex chromosome system, unparalleled i