Machine Learning applicato al Web Semantico: Statistical Relational Learning vs Tensor Factorization

Obiettivo della tesi è analizzare e testare i principali approcci di Machine Learning applicabili in contesti semantici, partendo da algoritmi di Statistical Relational Learning, quali Relational Probability Trees, Relational Bayesian Classifiers e Relational Dependency Networks, per poi passare ad approcci basati su fattorizzazione tensori, in particolare CANDECOMP/PARAFAC, Tucker e RESCAL.

Progettazione e realizzazione di una soluzione ORM Multi Database con NHIbernate

Esplicazione documentata del processo di progettazione e sviluppo di una libreria in grado di comunicare in maniera standard con 8 diversi database, sia a livello di query SQL che a livello di ORM transazionale, con opportuni richiami di ingegneria del software

Medicalgenomics.org : an open source database and retrieval system for biomedical analysis

Die Molekularbiologie von Menschen ist ein hochkomplexes und vielfältiges Themengebiet, in dem in vielen Bereichen geforscht wird. Der Fokus liegt hier insbesondere auf den Bereichen der Genomik, Proteomik, Transkriptomik und Metabolomik, und Jahre der Forschung haben große Mengen an wertvollen Daten zusammengetragen. Diese Ansammlung wächst stetig und auch für die Zukunft ist keine Stagnation absehbar. Mittlerweile aber hat diese permanente Informationsflut wertvolles Wissen in unüberschaubaren, digitalen Datenbergen begraben und das Sammeln von forschungsspezifischen und zuverlässigen Informationen zu einer großen Herausforderung werden lassen. Die in dieser Dissertation präsentierte Arbeit hat ein umfassendes Kompendium von humanen Geweben für biomedizinische Analysen generiert. Es trägt den Namen medicalgenomics.org und hat diverse biomedizinische Probleme auf der Suche nach spezifischem Wissen in zahlreichen Datenbanken gelöst. Das Kompendium ist das erste seiner Art und sein gewonnenes Wissen wird Wissenschaftlern helfen, einen besseren systematischen Überblick über spezifische Gene oder funktionaler Profile, mit Sicht auf Regulation sowie pathologische und physiologische Bedingungen, zu bekommen. Darüber hinaus ermöglichen verschiedene Abfragemethoden eine effiziente Analyse von signalgebenden Ereignissen, metabolischen Stoffwechselwegen sowie das Studieren der Gene auf der Expressionsebene. Die gesamte Vielfalt dieser Abfrageoptionen ermöglicht den Wissenschaftlern hoch spezialisierte, genetische Straßenkarten zu erstellen, mit deren Hilfe zukünftige Experimente genauer geplant werden können. Infolgedessen können wertvolle Ressourcen und Zeit eingespart werden, bei steigenden Erfolgsaussichten. Des Weiteren kann das umfassende Wissen des Kompendiums genutzt werden, um biomedizinische Hypothesen zu generieren und zu überprüfen.

Mongodb tra i database non relazionali - focus su Map-Reduce e gestione della memoria

Panoramica delle caratteristiche dei database NoSQL, con dettaglio su MongoDB: filosofia di progettazione, modello dei dati, indicizzazione, algoritmo Map-Reduce e gestione della memoria.

Progettazione di database con Mysql e MongoDB: analisi di prestazioni su un caso di studio

Analisi di prestazioni di un database costruito con MongoDB e uno con Mysql residenti su due macchine virtuali uguali configurate appositamente per i test di inserimento, interrogazione e eliminazione.

Terminologia accademico-istituzionale in inglese lingua franca: Revisione del database terminologico dell'università di Bologna.

Il presente lavoro rientra nella cornice dei progetti volti ad agevolare la traduzione e produzione da parte delle Università italiane di contenuti online e documentazione ufficiale anche in ELF, in modo da renderli più facilmente accessibili a livello internazionale. Uno strumento utile a questo scopo, di cui molte università si stanno dotando, è un supporto terminologico relativo al dominio accademico-istituzionale. Questo elaborato si suddivide in sei capitoli. Il primo capitolo, di introduzione, è seguito dal capitolo 2, che presenta la terminologia come disciplina, offre una descrizione dei concetti della terminologia classica rilevanti per il lavoro, seguita da una panoramica degli strumenti di sistematizzazione della conoscenza utilizzati. Il capitolo 3 introduce il processo europeo di riforma dei sistemi di istruzione superiore, che ha motivato la creazione da parte di diverse università europee di strumenti di gestione della terminologia accademico-istituzionale. Vengono anche illustrate alcune Banche Dati terminologiche reperite presso altre università europee. Segue l’analisi dei progetti avviati dall’Università di Bologna, in particolare della Banca Dati di terminologia riferita alla Didattica e all’Organizzazione dell’Ateneo creata dall’Ufficio Relazioni Internazionali. All’interno del capitolo 4 viene descritto il lavoro di analisi delle fonti utilizzate durante la creazione della Banca Dati. Il capitolo 5 introduce le fonti aggiuntive utilizzate nel processo di revisione e compilazione, ovvero i corpora specialistici di dominio accademico-istituzionale, e descrive il processo di analisi metodologica e le modifiche strutturali implementate sulla Banca Dati originale, per poi illustrare le modalità di ricerca e di compilazione dei campi della Banca Dati. L’ultimo capitolo descrive la Banca Dati finale, riassumendo brevemente i risultati del lavoro svolto e presentando la proposta del metodo di assegnazione della tipologia di scheda terminologica a ciascun termine in base alle sue caratteristiche funzionali come punto di riferimento per la successiva compilazione delle restanti sezioni della Banca Dati.

Progettazione ed implementazione di un database per la gestione della mappa della connettivita urbana utilizzando tecnologie nosql

Nella tesi, inizialmente, viene introdotto il concetto di Big Data, descrivendo le caratteristiche principali, il loro utilizzo, la provenienza e le opportunità che possono apportare. Successivamente, si sono spiegati i motivi che hanno portato alla nascita del movimento NoSQL, come la necessità di dover gestire i Big Data pur mantenendo una struttura flessibile nel tempo. Inoltre, dopo un confronto con i sistemi tradizionali, si è passati al classificare questi DBMS in diverse famiglie, accennando ai concetti strutturali sulle quali si basano, per poi spiegare il funzionamento. In seguito è stato descritto il database MongoDB orientato ai documenti. Sono stati approfonditi i dettagli strutturali, i concetti sui quali si basa e gli obbiettivi che si pone, per poi andare ad analizzare nello specifico importanti funzioni, come le operazioni di inserimento e cancellazione, ma anche il modo di interrogare il database. Grazie alla sue caratteristiche che lo rendono molto performante, MonogDB, è stato utilizzato come supporto di base di dati per la realizzazione di un applicazione web che permette di mostrare la mappa della connettività urbana.

Time Series Database: progettazione di un’applicazione sw basata su piattaforma InfluxDB

La tesi tratta una panoramica generale sui Time Series database e relativi gestori. Successivamente l'attenzione è focalizzata sul DBMS InfluxDB. Infine viene mostrato un progetto che implementa InfluxDB

Identification of selective norbornane-type aspartate analogue inhibitors of the glutamate transporter 1 (GLT-1) from the chemical universe generated database (GDB)

A variety of conformationally constrained aspartate and glutamate analogues inhibit the glutamate transporter 1 (GLT-1, also known as EAAT2). To expand the search for such analogues, a virtual library of aliphatic aspartate and glutamate analogues was generated starting from the chemical universe database GDB-11, which contains 26.4 million possible molecules up to 11 atoms of C, N, O, F, resulting in 101026 aspartate analogues and 151285 glutamate analogues. Virtual screening was realized by high-throughput docking to the glutamate binding site of the glutamate transporter homologue from Pyrococcus horikoshii (PDB code: 1XFH ) using Autodock. Norbornane-type aspartate analogues were selected from the top-scoring virtual hits and synthesized. Testing and optimization led to the identification of (1R*,2R*,3S*,4R*,6R*)-2-amino-6-phenethyl-bicyclo[2.2.1]heptane-2,3-dicarboxylic acid as a new inhibitor of GLT-1 with IC(50) = 1.4 ?M against GLT-1 and no inhibition of the related transporter EAAC1. The systematic diversification of known ligands by enumeration with help of GDB followed by virtual screening, synthesis, and testing as exemplified here provides a general strategy for drug discovery.

The multiscenario multienvironment BioSecure Multimodal Database (BMDB)

A new multimodal biometric database designed and acquired within the framework of the European BioSecure Network of Excellence is presented. It is comprised of more than 600 individuals acquired simultaneously in three scenarios: 1) over the Internet, 2) in an office environment with desktop PC, and 3) in indoor/outdoor environments with mobile portable hardware. The three scenarios include a common part of audio/video data. Also, signature and fingerprint data have been acquired both with desktop PC and mobile portable hardware. Additionally, hand and iris data were acquired in the second scenario using desktop PC. Acquisition has been conducted by 11 European institutions. Additional features of the BioSecure Multimodal Database (BMDB) are: two acquisition sessions, several sensors in certain modalities, balanced gender and age distributions, multimodal realistic scenarios with simple and quick tasks per modality, cross-European diversity, availability of demographic data, and compatibility with other multimodal databases. The novel acquisition conditions of the BMDB allow us to perform new challenging research and evaluation of either monomodal or multimodal biometric systems, as in the recent BioSecure Multimodal Evaluation campaign. A description of this campaign including baseline results of individual modalities from the new database is also given. The database is expected to be available for research purposes through the BioSecure Association during 2008.