``On-the-fly'' kinetics of enzymatic racemization using deuterium NMR in DNA-based chiral oriented media

We report the in situ and real-time monitoring of the interconversion of L- and D-alanine-d(3) by alanine racemase from Bacillus stearothermophilus directly observed by H-2 NMR spectroscopy in anisotropic phase. The enantiomers are distinguished by the difference of their H-2 quadrupolar splittings in a chiral liquid crystal containing short DNA fragments. The proof-of-principle, the reliability, and the robustness of this new method is demonstrated by the determination of the turnover rates of the enzyme using the Michaelis Menten model.

Quantification of the Particle Size and Stability of Graphene Oxide in a Variety of Solvents

The exceptional solution processing potential of graphene oxide (GO) is always one of its main advantages over graphene in terms of its industrial relevance in coatings, electronics, and energy storage. However, the presence of a variety of functional groups on the basal plane and edges of GO makes understanding suspension behavior in aqueous and organic solvents, a major challenge. Acoustic spectroscopy can also measure zeta potential to provide unique insight into flocculating, meta-stable, and stable suspensions of GO in deionized water and a variety of organic solvents (including ethanol, ethylene glycol, and mineral oil). As expected, a match between solvent polarity and the polar functional groups on the GO surface favors stable colloidal suspensions accompanied by a smaller aggregate size tending toward disperse individual flakes of GO. This work is significant since it describes the characteristics of GO in solution and its ability to act as a precursor for graphene-based materials.

Key challenges for the creation and maintenance of specialist protein resources

As the volume of data relating to proteins increases, researchers rely more and more on the analysis of published data, thus increasing the importance of good access to these data that vary from the supplemental material of individual articles, all the way to major reference databases with professional staff and long-term funding. Specialist protein resources fill an important middle ground, providing interactive web interfaces to their databases for a focused topic or family of proteins, using specialized approaches that are not feasible in the major reference databases. Many are labors of love, run by a single lab with little or no dedicated funding and there are many challenges to building and maintaining them. This perspective arose from a meeting of several specialist protein resources and major reference databases held at the Wellcome Trust Genome Campus (Cambridge, UK) on August 11 and 12, 2014. During this meeting some common key challenges involved in creating and maintaining such resources were discussed, along with various approaches to address them. In laying out these challenges, we aim to inform users about how these issues impact our resources and illustrate ways in which our working together could enhance their accuracy, currency, and overall value. Proteins 2015; 83:1005-1013. (c) 2015 The Authors. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics Published by Wiley Periodicals, Inc.

An estimate of the number of tropical tree species

The high species richness of tropical forests has long been recognized, yet there remains substantial uncertainty regarding the actual number of tropical tree species. Using a pantropical tree inventory database from closed canopy forests, consisting of 657,630 trees belonging to 11,371 species, we use a fitted value of Fisher's alpha and an approximate pantropical stem total to estimate the minimum number of tropical forest tree species to fall between similar to 40,000 and similar to 53,000, i.e., at the high end of previous estimates. Contrary to common assumption, the Indo-Pacific region was found to be as species-rich as the Neotropics, with both regions having a minimum of similar to 19,000-25,000 tree species. Continental Africa is relatively depauperate with a minimum of similar to 4,500-6,000 tree species. Very few species are shared among the African, American, and the Indo-Pacific regions. We provide a methodological framework for estimating species richness in trees that may help refine species richness estimates of tree-dependent taxa.

Creating a specialist protein resource network: a meeting report for the protein bioinformatics and community resources retreat

During 11-12 August 2014, a Protein Bioinformatics and Community Resources Retreat was held at the Wellcome Trust Genome Campus in Hinxton, UK. This meeting brought together the principal investigators of several specialized protein resources (such as CAZy, TCDB and MEROPS) as well as those from protein databases from the large Bioinformatics centres (including UniProt and RefSeq). The retreat was divided into five sessions: (1) key challenges, (2) the databases represented, (3) best practices for maintenance and curation, (4) information flow to and from large data centers and (5) communication and funding. An important outcome of this meeting was the creation of a Specialist Protein Resource Network that we believe will improve coordination of the activities of its member resources. We invite further protein database resources to join the network and continue the dialogue.

Emergent photophenomena in three dimensional van der Waals heterostructures

We report on the fabrication and observation of emergent opto-electronic phenomena in three dimensional, micron-sized van der Waals heterostructures self-assembled from atomic layers of graphene and hexagonal boron nitride in varying ratios.

Efecto de la inclusión de saccharina sobre el comportamiento productivo de cerdos de engorde

El presente trabajo experimental se realizó con el objetivo de evaluar el efecto de inclusión de dos niveles de Saccharina sobre los rendimientos productivos: Ganancia Media Diaria (GMD.); Consumo de Alimento Promedio (CAP); Conversión Alimenticia (CA) en cerdos de engorde, evaluándose la utilidad económica de los tratamientos. Se utilizaron tres tratamientos. T1: testigo; T2: 7.38 % de Saccharina y T3 : 14.76 % de Saccharina, los que estaban conformados por grupos de siete cerdos cada uno, con edades y pesos promedios de 120 días y 34.55 Kg. El análisis estadístico empleado fué un Diseño Completamente Aleatorio (DCA), para las variables GMD/Tratamiento y C.A/Tratamiento. Se obtuvieron ganancias medias diarias de T1: 750.48; T2 : 893.34; T3 : 774.29 gr/días/cerdos respectivamente. Resultando no significativa al Pr≤ O.05 para los tres tratamientos. Con la realización del análisis de costo de alimento por Kg de ganancia de peso se obtuvieron los valores de C$ 5.13 (T1); C$ 4.62 (T2); C$ 4.48 (T3) respectivamente. Al realizarse el presupuesto parcial se determinó que el tratamiento que obtuvo la mayor utilidad fue el tratamiento dos (T2) resultando de C$ 57.77 siendo para el tratamiento tres (T3 ) la utilidad de C$ 12.27 ambos tratamientos con respecto al tratamiento uno (T1). Por tanto, el tratamiento T2 es el que genera las beneficios económicos.

Efectos del hombre grande (Quassia amara), tabaco (Nicotiana tabacum) y neem (Azadirachta indica) en el control de garrapatas del ganado bovino en la Finca Puerto Rico, municipio de Matiguás, departamento de Matagalpa

Con la finalidad de buscar alternativas con productos de origen natural para el control de garrapatas en bovinos, se realizó un experimento en la finca "Puerto Rico" localizada en las coordenadas 12" 48'18" latitud norte y 85" 23' 39" longitud oeste, en la comarca las Limas a llKms del municipio de Matiguás, departamento de Matagalpa, Nicaragua, donde se usaron extractos de las plantas: hombre grande (Quassia amara), tabaco (Nicotiana tabacum) y neem (Azadirachta indica), al 0.15% para evaluar su efecto acaricida. Se utilizó un diseño completamente aleatorio (DCA), para lo cual se tomaron 60 novillos que se dividieron en 4 grupos conformados por 15 animales cada uno, a los que se les aplicó los tratamientos con las plantas antes mencionadas y un grupo que no recibió ningún tratamiento y que fue considerado como testigo, la aplicación de los tratamientos se hizo por medio de baños por aspersión con mochila de fumigar a los 1 y 21 días. Se realizó recuento de garrapatas antes de realizar el primer baño a los animales y a los 7, 21 y 30 días post tratamiento. El análisis estadístico se hizo utilizando el programa SAS (Stadistic Analisis System), con el cual se realizó análisis de varianza (ANDEVA). Cuando se determinó que existían diferencias significativas en las fechas de recuento, áreas de recuento y tratamientos aplicados, se procedió a realizar separaciones de medias con la prueba de Duncan. De los 3 productos utilizados en el experimento, por el comportamiento demostrado entre cada periodo aplicado, el extracto acuoso de tabaco demostró ser el más efectivo, siguiéndolo en orden de importancia el extracto acuoso de hombre grande y por último el extracto acuoso de aceite de neem al 0.15%.

Evaluacion de la efectividad de dos metodos terapeuticos para el tratamiento del tumor de Sticker en caninos (Canis familiaris) durante el periodo de mayo a noviembre 2010

Con el objetivo de evaluar comparativamente los resultados de dos métodos de tratamiento (químico y quirúrgico), para eliminar el tumor de Sticker y conocer cual de los dos tratamientos es mas efectivo, se comparo la evolución post-tratamiento de los pacientes, estableciendo ventajas y desventajas de cada uno, además valorando los efectos colaterales de la aplicación de sulfato de vincristina, como compuesto químico, a través del seguimiento evolutivo del paciente y realización de exámenes complementarios (BHC), además de determinar los costos de aplicación y relacionarlos con la efectividad de los mismos, el estudio se llevó a cabo de Mayo a Noviembre del 2010, para ello se utilizaron 12 canes elegidos al azar, de diferentes edades, razas y sexo, previamente diagnosticados con el Tumor Venéreo Transmisible, estos se dividieron en 2 grupos de 6 pacientes cada uno; al primer grupo se le practicó cirugía para extirpar el tumor en el complejo universitario Tania Beteta y el segundo grupo se trato con quimioterapia, realizado en la Clínica Veterinaria Lupita en Granada, aplicando una dosis semanal para cada paciente en dependencia del peso, los datos se analizaron en el programa estadístico SAS, mediante análisis de varianza y separaciones de medias según Duncan, las variables evaluadas fueron recuperación, frecuencia respiratoria (FR), frecuencia cardiaca (FC), examen clínico y evolución del tumor, encontrándose diferencia altamente significativa entre tratamientos, siendo el mejor método el químico, se encontró también diferencia significativa en la FR, donde el método químico fue mejor, en cuanto a la FC no se encontró variación alguna, el tratamiento quirúrgico requirió más examen clínico, se encontró diferencia significativa en la evolución del tumor resultando más efectivo el método químico, se determinó que la evolución de los tratamientos estaban relacionados con el peso vivo de los animales, el costo total para el tratamiento químico fue de $75.58 y para el tratamiento quirúrgico de $ 69.11 con una diferencia de $ 6.48 en contra del tratamiento químico.

Influencia de rotación de cultivos y métodos de control sobre la dinámica de las malezas y el crecimiento, desarrollo y rendimiento de los cultivos maíz (Zea mays L.), sorgo (Sorghum bicolor L.) y pepino (Cucumis sativus L.)

En el presente estudio se analizó la influencia que tienen los cultivos antecesores y diferentes métodos de control sobre lo cenosis de malezas y su influencia en el crecimiento, desarrollo y rendimiento en los cultivos de sorgo, maíz y pepino. Dicho trabajo se estableció en la época de primera (1990) en la hacienda “Las mercedes”, en un diseño de parcelas divididas en bloques completos el azar con cuatro repeticiones. Las rotaciones en estudio fueron sorgo – sorgo, sorgo - maíz, soya -maíz, soya - pepino y sorgo - pepino; los métodos de control químico, control por período crítico y limpia periódica. La especie Rottboellia cochichinesis, se presentó como maleza de mayor abundancia en todas las rotaciones a excepción de la rotación soya - repino, que la mayor abundancia la reflejó Cyperus rotundus al momento de la cosecha. Los diferentes controles mostraron un comportamiento similar para los cultivos sorgo y maíz en el número de Individuos para R. Cochichinesis. La rotación soya – pepino presentó) la mayor cobertura a la cosecha y el control químico, atribuyéndose a que no hubo una competencia interespecífica con el cultivo. R. Cochichinesis, se encontró con mayor biomasa, en todas las rotaciones. El cultivo de pepino acumuló la mayor biomasa en el químico para la especie R. Cochininesis, demostrándose un cambio en la asociación de especies donde las poáceas reflejaron la mayor biomasa. La menor diversidad total a la cosecha se presentó en la rotación sorgo – sorgo y la mayor en soya –maíz. En sorgo, los controles período crítico y limpia periódica demostraron la menor diversidad a la cosecha. En maíz la menor diversidad se obtuvo en el control por limpia periódica, ese mismo efecto se observó para el control químico en el cultivo de pepino a la cosecha. En el cultivo del sorgo no reflejó diferencias estadísticas significativas para las variables del crecimiento, desarrollo y rendimiento, al igual en el cultivo de maíz excepto en los diferentes controles, para la variable peso de la mazorca. En el cultivo de pepino existe significancia estadística para la variable longitud de guía, con respecto a los controles a los 54 dds, y en las rotaciones soya –pepino, sorgo – pepino para el diámetro, longitud del fruto y número de frutos.

Caracterización preliminar de diez accesiones de ayote Cucurbita moschata duch

El presente trabajo se realizó en época de primera de Junio a Septiembre de 1990; en el Programa de Recursos Genéticos Nicaraguenses (REGEN) de la UNA localizado en el Km 12.5 Carretera Norte, Managua el cual trata sobre la caracterización de 10 accesiones de cucurbita moschata Duch, ex, Lam. persiguiendo como objetivo: generar información basica del germoplasma de ayote de diversas zonas del pais (Carazo, Hasaya, Chinandega y León), describir la variabilidad de los caracteres estudiados y clasificar según rasgos morfológicos variables, previo la elaboración de una guia de descriptores (caracteres) que permitio la toma de datos para la caracterización en el momento oportuno y forma correcta. Se evaluaron 59 descriptores mediante los cuales se describen las poblaciones. Se presenta un catalogo conteniendo la información de las accesiones en estudio, el valor maximo, medio y mínimo, desviación estandar y coeficiente de variación para caracteres cuantitativos y la moda para caracteres cualitativos. En las condiciones economicas en que se realizo el estudio las accesiones presentaron heterogenicas para los caracteres observados mostrando diversos ramos de variación entre y dentro de las accesiones desde caracteres que no presentaron variación hasta otros con un rango amplio de variación. Las accesiones 220, 223, 224 y 233 resultaron con el menor porcentaje de severidad para virosis.

Efecto del cultivo intercalado del frijol comun (Phaseolus vulgaris L.) sobre las comunidades de malezas, nematodos, crecimiento y rendimiento del café (Coffea arábica)

El trabajo fue realizado en el centro experimental del café del pacifico (C.E.C.P.), Jardín Botánico, Masatepe, durante las dos épocas de siembra para el frijol común (Phaseolus vulgaris L) y la cosecha anual del cate (Coffea arábica L) Enero . Diciembre 1993. Este ensayo se realizó con las variedades Dor- 364 para el frijol y Catuaí arnarillo para el café, éste con una edad de 6 años se estableció bajo un bloque completamente al azar (B.C.A) con Cuatro repeticiones. El trabajo se llevó a cabo con el objetivo de determinar el efecto del asocio del frijol sobre el comportamiento de las poblaciones de malezas, el comportamiento poblacional de los nematodos y sobre el rendimiento del café. La abundancia y dominancia de malezas. Se redujo en los tratamientos donde se sembró frijol. En ambas épocas se encontró Cynodon dactylon L; Cyperus rotundus L; Digitaria Sanguinalis L. :Melampodium diviracatum L y Pamcum Sp; Las poblaciones de los nematodos fueron variables en su comportamiento. En cuanto al crecimiento, el diámetro demostró diferencia. significativa, el mayor diámetro correspondió al tratamiento donde se sembró frijol en ambas épocas con 3.66 y al tratamiento de frijol en primera con 3.17. El rendimiento del café no presentó diferencias significativas los resultados obtenidos en grano uva ( grano maduro de café), fue mayor en el tratamiento de frijol en ambas épocas con 6 624.25 kg/ha. en grano oro el mayor rendimiento fue en los tratamientos donde siempre hubo frijol con 1 124.25 kg/ha, lo cual demuestra que el frijol no ejerce influencia negativa sobre el rendimiento del café.

Comportamiento epidemiológico de la roya del café (Hemileia vastatrix B. y Br.) bajo diferentes alternativas de manejo

En la hacienda Santa Rosa, localizada en el municipio de San Marcos, departamento de Carazo, a una altura de 475 metros sobre el nivel del mar se estudió el comportamiento epidemiológico de la roya del Café (Hemileia vastatrix B. & Br.) en el ciclo 1994- 1995, bajo la influencia de diferentes alternativas de manejO, así como el efecto de dichas opciones sobre la mancha de hierro (CeiCOspora caffeicola B. & Ck.) y antracnosis (Colletotrichum sp), además se realizó un análisis de presupuesto parcial para la evaluación de las alternativas de manejo de roya. Se evaluaron 8 tratamientos cada uno con tres repeticiones, en cada tratamiento se llevó a cabo un muestreo aleatorizado dirigido que duro 10 meses (muetreos cada 2 semanas), cada tratamiento contó con 10 surcos de 27 plantas, de los cuales se tomaron al azar 5 surcos, con 5 conglomerados de 3 plantas cada uno. En las plantas seleccionadas (al azar), se tomaron 4 bandolas, dos en el estrato superior y dos en el estrato inferior en donde se midieron las siguientes variables: número de hojas totales, incidencia foliar de roya, mancha de hierro y antracnosis. Se realizó también un muestreo de nemátodos y se registraron las labores agronómicas ocurridas durante el ciclo. Los datos recabados fueron usados para observar el comportamiento de la roya bajo diferentes opciones de manejo y efectuar diversas evaluaciones y comparaciones entre los tratamientos, además se estudiaron los niveles de productividad de los tratamientos. De manera general los porcentajes de afectación de la epidemia fueron elevados. La epidemia inició su desarrollo a fines de agosto, sus puntos máximos se dieron en diciembre. El alto nivel de afectación y el precoz desarrollo de la roya estuvo directamente relacionado con el clima, de un ciclo a otro los niveles de afectación varían por ende su importancia y su control. Por medio de las lecturas de incidencia se puede determinar el momento oportuno para realizar aplicaciones. Para hacer de un producto o práctica un arma útil para el control de una enfermedad el momento de aplicación es fundamental. Las aplicaciones de cobre resultaron ser las más efectivas y económicas para el control de la roya, siempre y cuando se tome en cuenta el momento de aplicación.

Efecto de formulaciones comerciales de bacillus thuringiensis sobre el desarrollo de la roya del cafeto causada por hemileia vastatrix Berk y Br

Con el fin de buscar alternativas no químicas para el manejo ecológico de la enfermedad roya de café causada por el hongo Hemileia vastatrix, Berk. & Br. Se evaluó el efecto de Bacillus thuringiensis como inhibidor del desarrollo el hongo H. vastatrix. El estudio se realizó en el invernadero del Centro Experimental del Café el Norte- UNICAFE, Matagalpa. Las plantas de café fueron asperjadas con dos productos comerciales a base de B. thuringiensis ( Dipel y Javelin) en 3 dosis: 5,10, y 20 g/lt de agua. Las aplicaciones de B. thurigiensis se realizaron 72 horas antes de la inoculación de la suspensión de uredosporas de H. vastatrix. Los registros de la incidencia y severidad de la roya se llevaron en tres pares de hojas en cada planta previamente marcadas. La lectura de datos se realizó cada dos días hasta los 15 días después de la inoculación (DDI) del patógeno, posteriormente las lecturas fueron distanciadas cada cinco días hasta los 60 DDI. Se evaluaron las siguientes variables: número de pústulas, severidad, periodo de incubación, periodo de latencia, porcentaje de protección e índice de esporulación. Las aplicaciones del B. thuringiensis disminuyeron significativamente el número de Pústulas de roya y el área foliar afectada en comparación con el testigo. El periodo de incubación y latencia fue mayor con las aplicaciones B. thuringiensis, el efecto dependió de los productos y las dosis aplicadas. Mayor dosis provocó el mayor grado de protección. En las plantas no tratadas un mayor número de lesiones lograron producir esporas, especialmente en las hojas más jóvenes, mientras que las aplicaciones de B. thuringiensis disminuyeron la cantidad de lesiones que logran esporularse. Las aplicaciones de B. thuringiensis disminuyeron el índice de infección por la reducción del inoculo inicial, provocando un retraso significativo en la enfermedad de la roya de café. Sin embargo, una vez iniciado la enfermedad no afectó el desarrollo de ésta