Identifying affinity classes of inorganic materials binding sequences via a graph-based model

Rapid advances in bionanotechnology have recently generated growing interest in identifying peptides that bind to inorganic materials and classifying them based on their inorganic material affinities. However, there are some distinct characteristics of inorganic materials binding sequence data that limit the performance of many widely-used classification methods when applied to this problem. In this paper, we propose a novel framework to predict the affinity classes of peptide sequences with respect to an associated inorganic material. We first generate a large set of simulated peptide sequences based on an amino acid transition matrix tailored for the specific inorganic material. Then the probability of test sequences belonging to a specific affinity class is calculated by minimizing an objective function. In addition, the objective function is minimized through iterative propagation of probability estimates among sequences and sequence clusters. Results of computational experiments on two real inorganic material binding sequence data sets show that the proposed framework is highly effective for identifying the affinity classes of inorganic material binding sequences. Moreover, the experiments on the structural classification of proteins (SCOP) data set shows that the proposed framework is general and can be applied to traditional protein sequences.

Streaming variational inference for dirichlet process mixtures

Bayesian nonparametric models are theoretically suitable to learn streaming data due to their complexity relaxation to the volume of observed data. However, most of the existing variational inference algorithms are not applicable to streaming applications since they re-quire truncation on variational distributions. In this paper, we present two truncation-free variational algorithms, one for mix-membership inference called TFVB (truncation-free variational Bayes), and the other for hard clustering inference called TFME (truncation-free maximization expectation). With these algorithms, we further developed a streaming learning framework for the popular Dirichlet process mixture (DPM) models. Our ex-periments demonstrate the usefulness of our framework in both synthetic and real-world data.

Hierarchical dirichlet process for tracking complex topical structure evolution and its application to autism research literature

In this paper we describe a novel framework for the discovery of the topical content of a data corpus, and the tracking of its complex structural changes across the temporal dimension. In contrast to previous work our model does not impose a prior on the rate at which documents are added to the corpus nor does it adopt the Markovian assumption which overly restricts the type of changes that the model can capture. Our key technical contribution is a framework based on (i) discretization of time into epochs, (ii) epoch-wise topic discovery using a hierarchical Dirichlet process-based model, and (iii) a temporal similarity graph which allows for the modelling of complex topic changes: emergence and disappearance, evolution, splitting and merging. The power of the proposed framework is demonstrated on the medical literature corpus concerned with the autism spectrum disorder (ASD) - an increasingly important research subject of significant social and healthcare importance. In addition to the collected ASD literature corpus which we made freely available, our contributions also include two free online tools we built as aids to ASD researchers. These can be used for semantically meaningful navigation and searching, as well as knowledge discovery from this large and rapidly growing corpus of literature.

Os discursos preventivos sobre o uso de drogas e as potencialidades dos educadores na prevenção primária: relato de uma experiência

Este estudo objetiva definir as potencialidades dos educadores na prevenção primária do uso e do abuso de drogas, llcitas e ilicitas. Na primeira parte deste texto, foram analisados alguns manuais destinados a prevençao nas Escolas do nosso pais, selecionados e classificados de acordo com os diferentes discursos, neles contidos, quanto ao uso de drogas e quanto ã atuação dos educadores na prevenção primária. Na segunda parte, procedeu-se ao relato de uma experiência particular de prevençao primária, desenvolvida num municlpio do estado do Rio de Janeiro, durante o ano de 1988, realizada com educadores da região. Durante esta experiência, procurou-se construir uma visão critica sobre o uso de drogas, sobre os diferentes nlveis de consumo e sobre o momento sóciocultural no qual se dá esta prática. Do ponto de vista metodológico, bu~ cou-se apoio na pedagogia psicanalitica, resgatando experiências quotidianas na construção de um saber coletivo, definido como a prevenção que aqueles educadores desejavam desenvolver. Utilizou-se, tambem, tecnicas de mo bilização e de integração, atraves das quais, processos de projeção e introjeção puderam resultar numa elaboração interna das questões relativas ao uso e abuso de drogas. A análise dos manuais e da experiência particular de prevenção primária relatada, apontou alguns caminhos: propostas preventivas autoritárias devem ser definitivamente superadas; propostas preventivas que privilegiem a escuta da demanda de orientação e de ajuda, por parte dos alunos usuários de drogas, que admitam a discussão sobre a estrutura geradora do consumo de drogas, que incorporem a necessidade de prazer e se liberem das imposições do poder constituido, têm possibilidades de contribuir para a diminuição dos problemas decorrentes do abuso de drogas; as práticas dos educadores na prevenção primária do uso e do abuso de drogas terão mais chances na medida em que houver um processo de "desintoxicação" da própria sociedade.

O sistema educacional e uma prática viabilizada em escolas de 1. grau

O presente trabalho resulta de questionamentos sucessivos que, durante o desempenho da função de professora, foram-se avolumando. Entre os problemas destacam-se o da evasão e da repetência, responsáveis pela exclusão de um contingente elevado de alunos do sistema escolar. Esta problemática converteu-se em ob jeto de estudo desta dissertação. O estudo realizado baseou-se na reflexão sobre a posição teórica dos seguintes autores: Gramsci, Bourdieu, Passeron, Baudelot e Establet. A razão da escolha destes teóricos prende-se ao fato de que, apesar de diferirem em muitos aspectos, aproximam-se em outros. Assim, entre os pontos que convergem, está o fato de remeterem seus estudos a um tipo de sociedade, cujas relações entre as classes sociais existentes, são relações de oposição. Foi utilizada a metodologia dialética para tratar os acontecimentos sociais, buscando explicitá-los não como se apresentam aos homens à primeira vista, em seu aparente, mas através de uma movimentação profunda que se oculta sob a movimentação superficial, onde as partes se relacionam internamente, estando em conexão entre si e com o todo. A pesquisa realizou-se em duas etapas: a primeira constou de leitura critica de vários documentos elaborados pela Secretaria de Educação com vistas a estudar a normatividade que deles decorre e como norteiam as práticas educativas; a segunda etapa desenvolveu-se em duas escolas públicas da rede estadual na cidade de são Luís, com vistas a analisar como essas práticas são viabilizadas nas escolas. Para tanto, foram utilizadas técnicas de observação participante e entrevistas, a fim de se estudar o problema numa abordagem qualitativa. Foram aplicados questionários aos seguintes profissionai s: ao corpo docente, com o objetivo de verificar como as práticas educativas se desenvolvem na sala de aula; às diretoras, com vistas a detectar como as escolas se relacionam com a instância superior à qual estão ligadas; às supervisoras, com o objetivo de verificar como desenvolvem seu trabalho junto às escolas e aos pais dos alunos, com o intuito de inferir suas espectativas, ou seja, o que eles esperam que a escola propicie a seus filhos. Conclui-se que o processo educacional desenvolvido nessas escolas nao se realiza no vazio, e nem isoladamente. Sua ação é um reflexo da realidade social mais ampla, razão por que é determinada pelo contexto sócio-político do qual faz parte. A inexistência de uma proposta de currículo pleno , de uma avaliação em nível de realidade regional e de uma reflexão crítica sobre a pedagogia aplicada, faz da lnstituição escolar uma estrutura de poder que está a serviço, sobretudo , de determinados interesses. Nesse contexto, as igualdades de na legislação entrechocam-se com as oportunidades desigualdades sócio-econômicas e culturais da maioria desses alunos , resultando num ensino anti-democrático. As sugestões propostas visam minorar a situação de precariedade com que se desenvolve o processo educacional nas escolas públicas da cidade de são Luís , ligadas a Secretaria de Educação do Estado do Maranhão.

As dimensões políticas das reformas administrativas no sistema educacional: análise do caso mineiro de 1930 a 1974

A partir do estudo do sistema de administração do ensino de 1º grau de Minas Gerais, o trabalho constata hipóteses anteriormente formuladas: 1) a administração pública da Educação é comandada por interesses dos setores dirigentes da classe dominante; 2) a dominação que se realiza através dos órgãos administrativos da Educação é sobretudo ideológica. Para melhor fundamentar as questões levantadas, a introdução explicita o pensamento do Guillermo O’Donnell sobre o Estado como o “terceiro neutro” que se apresenta com uma certa exterioridade junto às duas classes antagônicas, mascarando, assim, a dominação; e o de Gramsci, que, a partir da concepção ampliada de Estado, vislumbra a possibilidade de uma contra-ideologia, destacando-se aí o papel dos intelectuais. O capítulo 1, elaborado com apoio em pesquisa bibliográfica, legislação pertinente e entrevistas, aborda a história da administração do ensino de 1º grau no estado de Minas Gerais no período 1930-74, com breve referência à fase antecedente, situando cada etapa em seu contexto político, econômico e social. Procurou-se com isso demonstrar como a administração educacional é comandada basicamente por critérios políticos que refletem os interesses da classe dirigente. Discutem-se principalmente as questões da modernização e da descentralização administrativas no setor educacional, motivadoras das grandes reformas que, apesar de aparentemente transformadoras, mantiveram seu caráter conservador. Constituindo as Delegacias Regionais de Ensino expressão fiel dessa “modernização” e “descentralização”, foi dada ênfase à criação desses órgãos. No capítulo 2, após delimitar o universo da pesquisa de campo realizada em Caratinga MG – foram entrevistados 27 técnicos e 34 usuários – e situar histórica, política e economicamente este município, deixa-se espaço para depoimentos de técnicos e de usuários para depois analisa-los de modo a detectar a submissão de ambos à ideologia dominante, bem como os indícios de recusa/superação dessa ideologia, resultantes da participação desses agentes sociais em outras instâncias organizativas da sociedade civil. Tal reflexão é abordada a partir de quatro temas recorrentes: eficiência, participação da comunidade, descentralização administrativa e interferência político-partidária na administração do ensino de 1º grau. Em conclusão, primeiramente ressaltam-se algumas questões básicas, a saber: a irrelevância da Educação como geradora de uma consciência crítica e via de acesso universal ao saber; o fato de o sistema de administração educacional garantir um espaço para a participação dos setores políticos tradicionais, e ainda como a quase-totalidade dos entrevistados acredita na neutralidade e racionalidade do sistema de administração. A seguir salienta-se a importância do I Congresso Mineiro de Educação (1983) como elemento questionador, com uma breve apresentação e análise desse evento – restrita aos temas centrais desta dissertação – enfocando os colegiados, que parecem indicar uma mudança real de postura na nova política educacional, embora sua dinâmica ainda apresente sérias limitações. Objetivando a superação dessas limitações, o presente trabalho faz algumas recomendações voltadas para os técnicos e os mecanismos do sistema de administração, tendo em vista o fortalecimento de organizações da sociedade civil e maior articulação destas com o sistema.

L'objetif du millénaire de réduire la pauvreté en Amérique latine et dans les Caraïbes

Inclut la bibliographie

Linguagens e aprendizagem da matemática na EJA: desafios, preconceito lingüístico e exclusão

Esta dissertação teve o objetivo de verificar se os alunos da EJA consideram que o uso de uma variedade linguística pouco valorizada tem efeito sobre a aprendizagem da matemática e refletir sobre a importância do respeito à variedade linguística do aluno da EJA, que pode servir de meio para se chegar à variedade estabelecida no espaço escolar, assim como para a aquisição da linguagem matemática. A discriminação linguística que se tem dentro do contexto escolar pode distanciar ou até mesmo negar o acesso aos conhecimentos escolares pelo fato de se retirar as referências de mundo que o aluno possui. O aprendizado da matemática no meio escolar está distante das variedades existentes e principalmente daquelas oriundas dos meios mais carentes economicamente. Analisa-se a possibilidade de uma ponte entre os conhecimentos matemáticos populares e os escolares, a partir do respeito à variedade usada pelos educandos. A pesquisa foi realizada em uma escola pública com uma turma da terceira etapa da EJA. A análise permitiu constatar que muitos dos problemas encontrados no aprendizado da matemática estão relacionados com aspectos referentes à discriminação da variedade linguística e dos conhecimentos matemáticos das classes populares no meio escolar. Como se vive numa sociedade altamente tecnológica, que é formatada por modelos prescritos pela classe dominante, a partir da linguagem matemática, então esse conhecimento é imprescindível para a compreensão e para uma possível transformação social. Contudo, a escola segue comportamentos determinados, com o objetivo de reproduzir e manter tal mentalidade dominante ao negar o acesso à linguagem matemática. A pesquisa aponta para um caminho que prevê um ensino/aprendizagem da matemática que se emancipe desse ideal de sociedade, pois assim poderá contribuir para uma melhor educação aos alunos da EJA e para uma possível transformação social.

Caracterização da escrita no ciberespaço: convergências e divergências em salas de bate-papo brasileiras

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)