De novo assembly and characterization of the invasive Northern Pacific Seastar transcriptome

Invasive species are a major threat to global biodiversity but can also serve as valuable model systems to examine important evolutionary processes. While the ecological aspects of invasions have been well documented, the genetic basis of adaptive change during the invasion process has been hampered by a lack of genomic resources for the majority of invasive species. Here we report the first larval transcriptomic resource for the Northern Pacific Seastar, Asterias amurensis, an invasive marine predator in Australia. Approximately 117.5 million 100 base-pair (bp) paired-end reads were sequenced from a single RNA-Seq library from a pooled set of full-sibling A. amurensis bipinnaria larvae. We evaluated the efficacy of a pre-assembly error correction pipeline on subsequent de novo assembly. Error correction resulted in small but important improvements to the final assembly in terms of mapping statistics and core eukaryotic genes representation. The error-corrected de novo assembly resulted in 115,654 contigs after redundancy clustering. 41,667 assembled contigs were homologous to sequences from NCBI's non-redundant protein and UniProt databases. We assigned Gene Ontology, KEGG Orthology, Pfam protein domain terms and predicted protein-coding sequences to > 36,000 contigs. The final transcriptome dataset generated here provides functional information for 18,319 unique proteins, comprising at least 11,355 expressed genes. Furthermore, we identified 9,739 orthologs to P. miniata proteins, evaluated our annotation pipeline and generated a list of 150 candidate genes for responses to several environmental stressors that may be important for adaptation of A. amurensis in the invasive range. Our study has produced a large set of A. amurensis RNA contigs with functional annotations that can serve as a resource for future comparisons to other echinoderm transcriptomes and gene expression studies. Our data can be used to study the genetic basis of adaptive change and other important evolutionary processes during a successful invasion.

A Harmonized Vocabulary For Water Quality

Interoperability of water quality data depends on the use of common models, schemas and vocabularies. However, terms are usually collected during different activities and projects in isolation of one another, resulting in vocabularies that have the same scope being represented with different terms, using different formats and formalisms, and published in various access methods. Significantly, most water quality vocabularies conflate multiple concepts in a single term, e.g. quantity kind, units of measure, substance or taxon, medium and procedure. This bundles information associated with separate elements from the OGC Observations and Measurements (O&M) model into a single slot. We have developed a water quality vocabulary, formalized using RDF, and published as Linked Data. The terms were extracted from existing water quality vocabularies. The observable property model is inspired by O&M but aligned with existing ontologies. The core is an OWL ontology that extends the QUDT ontology for Unit and QuantityKind definitions. We add classes to generalize the QuantityKind model, and properties for explicit description of the conflated concepts. The key elements are defined to be sub-classes or sub-properties of SKOS elements, which enables a SKOS view to be published through standard vocabulary APIs, alongside the full view. QUDT terms are re-used where possible, supplemented with additional Unit and QuantityKind entries required for water quality. Along with items from separate vocabularies developed for objects, media, and procedures, these are linked into definitions in the actual observable property vocabulary. Definitions of objects related to chemical substances are linked to items from the Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) ontology. Mappings to other vocabularies, such as DBPedia, are in separately maintained files. By formalizing the model for observable properties, and clearly labelling the separate concerns, water quality observations from different sources may be more easily merged and also transformed to O&M for cross-domain applications.

Harmonization Of Vocabularies For Water Data

Observational data encodes values of properties associated with a feature of interest, estimated by a specified procedure. For water the properties are physical parameters like level, volume, flow and pressure, and concentrations and counts of chemicals, substances and organisms. Water property vocabularies have been assembled at project, agency and jurisdictional level. Organizations such as EPA, USGS, CEH, GA and BoM maintain vocabularies for internal use, and may make them available externally as text files. BODC and MMI have harvested many water vocabularies alongside others of interest in their domain, formalized the content using SKOS, and published them through web interfaces. Scope is highly variable both within and between vocabularies. Individual items may conflate multiple concerns (e.g. property, instrument, statistical procedure, units). There is significant duplication between vocabularies. Semantic web technologies provide the opportunity both to publish vocabularies more effectively, and achieve harmonization to support greater interoperability between datasets. - Models for vocabulary items (property, substance/taxon, process, unit-of-measure, etc) may be formalized OWL ontologies, supporting semantic relations between items in related vocabularies; - By specializing the ontology elements from SKOS concepts and properties, diverse vocabularies may be published through a common interface; - Properties from standard vocabularies (e.g. OWL, SKOS, PROV-O and VAEM) support mappings between vocabularies having a similar scope - Existing items from various sources may be assembled into new virtual vocabularies However, there are a number of challenges: - use of standard properties such as sameAs/exactMatch/equivalentClass require reasoning support; - items have been conceptualised as both classes and individuals, complicating the mapping mechanics; - re-use of items across vocabularies may conflict with expectations concerning URI patterns; - versioning complicates cross-references and re-use. This presentation will discuss ways to harness semantic web technologies to publish harmonized vocabularies, and will summarise how many of the challenges may be addressed.

Ontologia para moelos de negócios de redes sociais na internet: um ensaio teórico-exploratório

Atualmente, uma profusão de soluções chamadas de Web 2.0 e redes sociais está causando um grande impacto no desenvolvimento da Internet, comparando-se à era “ponto-com” em termos de crescimento, investimentos e empolgação. Estas iniciativas possuem em comum um elevado grau de formação de comunidades, e de criação e compartilhamento de conteúdo por parte do usuário, dentre outras características. Acredita-se que as redes sociais possuam um grande potencial inovador e disruptivo tanto para a sociedade quanto para o mundo empresarial. Entretanto, como transformar as redes sociais e aplicações Web 2.0 em modelos de negócios auto-sustentáveis ainda é um desafio para o mercado. Esta dissertação objetiva auxiliar a compreensão e abordagem deste tema propondo uma ontologia específica para modelos de negócios de redes sociais na internet. Isto se realiza por meio do desenvolvimento de um ensaio teórico de viés exploratório, baseado em extensa, porém não exaustiva, revisão de literatura abordando modelos de negócios, redes sociais e demais temas relacionados. A ontologia criada é então aplicada na representação de modelos de negócio de redes sociais na internet. Este trabalho também fornece uma visão geral do fenômeno Web 2.0, abordando algumas de suas principais características tecnológicas e socioeconômicas.

O sindicalismo e a administração publica

A dissertação aqui apresentada versa sobre uma temática nova, quer vista sob a ótica do nascimento do fato sociológico analisado - O Sindicalismo e a Administração Pública quer se considere a quase inexistência de fontes nas quais se possa abeberar, para que fosse possível estabelecer o fio condutor no desenvolvimento do tema. A temática foi analisada em dois planos: primeiro, fêz-se uma apreciação crítica da história do associativismo no Brasil, em sua simbiose com o aspecto social, com o lado econômico e com o lastro jurídico, ao ser analisado o caminho percorrido desde o primeiro clarão do Brasil até os dias presentes. Em segundo estágio, perquiriu-se a questão sindical, no que diz respeito à sua etiologia, o seu despertar mais consciente na década de 80 do nosso século, perpassando pela criação das Centrais Sindicais, ao serem detectados os desvios ideológicos, as contradições, a sua fisiologia em função de sua organização, ideário e ação na direção do que se propõem em nome de seus afiliados. Com efeito, o núcleo do trabalho se cinge à arregimentação do corpo de funcionários públicos com vistas a um eficaz - hoje, ainda muito incipiente - congraçamento, ao se deparar com uma forte resistência institucional, de vez que só a partir da Constituição de 1988, é que se abriu caminho para o direito de associação sindical a esse estamento dos agentes públicos. As disfunções são, aí, analisadas em relação ao despreparo dos Recursos Humanos no exercício de liderança e em confronto com a estrutura institucional anacrônica e de feitio autoritário, para fazer valer, de forma eficaz e efetiva, um bom desempenho da ação sindical, que se deseja genuína, autônoma e autógena, em função dos interesses de classe e a ter em vista a excelência dos serviços públicos; o fenômeno estudado, inversamente, mostra o processamento de uma luta sindical radicada em estrutura antidemocrática, em que o Estado financia os sindicatos e todo o aparelhamento sindical vertical, via contribuição sindical e a considerar que esse lastro sustentador da luta sindical é decalque de uma época de predominância de valores chauvinistas, exaltados no Brasil - e em outros países -, nas décadas de 30 e 40. Ainda foi feito um estudo comparativo com três modelos de sindicalismo, quais sejam: o francês, o alemão e o português. Os dois primeiros por razões de se constituirem em paradigmas de países centrais, tendo em vista que: (1) a França é modelo inspirador das instituições ocidentais, em sede político-jurídico-social, haja vista a sua História prenhe de fatos solapadores do statu quo ante; e (2) a Alemanha, por ter uma classe eficazmente institucionalizada de agentes públicos, tendo tradição araigada desde a burocracia prussiana, o que dá o toque de elevado profissionalismo a esses agentes públicos, os quais contam com uma agremiação sindical que guarda independência com relação ao movimento sindical do trabalhador privado, este, também consolidado em poderosa organização sindical naquele país. Portugal aparece no trabalho como o ascendente cultural do Brasil, o que implica em ser mostrado o nascedouro sindical desse país, dentro do clima cultural em que viveu e vive a península lusitana, e com isso se tenta elucidar o estágio de seu sindicalismo, as suas disfunções e auto funções , as suas semelhanças com o modelo brasileiro, as suas inclinações e natureza. As conclusões aferidas registram alguns aspectos relevantes: 1º) o Brasil nasceu de uma Administração centralizadora, marcada por uma máquina administrativa ineficaz, ineficiente, com a marca do Estato-império e sem a presença da construção concomitante de uma nação que é retardatária no assentar a viga da cidadania, o que levou a delongar a formação dos anseios e do espírito genuinamente autóctones. A repressão ao desenvolvimento das letras foi um entrave à criação de um espírito de povo, com a variante de ser uma maioria inculta, massacrantemente iletrada, em meio a uma pirâmide social em que se registrava apenas uma base desmesurada e um vértice acanhado, sem ter de permeio outras classes sociais que pudessem ser ou vir a ser estratificadas. Na esteira desses elementos, concluiu-se que: 2º) o movimento associativo é uma realidade incipiente e adormecido durante séculos, o que desbordou em uma apatia que só hoje começa a ser sacudida, através dos movimentos associativistas e sindical, este último nascido no meio das fábricas e estendido a algumas capitais de maior relevância política ou de maior peso econômico. o aspecto de maior magnitude para o trabalho foi a sinalização aberta aos servidores públicos para que se sindicalizassem, do que decorreu a conclusão de que essa ação precisa ser tangenciada e carreada a ser um movimento mais autenticamente ligado aos interesses da classe, pois por desvirtuamento contingencial em face da iniciante pouca expressão e inexperiência desse estamento, a ação sindical desses servidores sempre esteve à ilharga do movimento sindical do trabalhador privado, o qual tem outra linha de ação direcionada a interesses mais ligados ao conflito trabalho vs. capital, interesses esses que não se coadunam e nem se identificam com as aspirações e necessidades do funcionalismo público, mesmo que, muitas vezes, a questão do conflito desses agentes tenha uma interface no conjunto da pauta de reivindicação dos trabalhadores privados, ou seja, a questão salarial. O imperativo maior - e esta é a base da recomendação mais substancial - é conduzir a ação dos agentes públicos de forma heterodoxa na direção de se independentizar o movimento sindical desses agentes, a ser impulsionado pelas suas peculiaridades e por sua essencialidade ditada pela sua ontologia de servidores da coisa pública e tendo o público como sua clientela. Este é, em síntese, o caminho aqui trilhado.

OpenWordNet-PT: an open brazilian wordnet for reasoning

Brazilian Portuguese needs a Wordnet that is open access, downloadable and changeable, so that it can be improved by the community interested in using it for knowledge representation and automated deduction. This kind of resource is also very valuable to linguists and computer scientists interested in extracting and representing knowledge obtained from texts. We discuss briefly the reasons for a Brazilian Portuguese Wordnet and the process we used to get a preliminary version of such a resource. Then we discuss possible steps to improving our preliminary version.

Supply chain turbulence: the impact of a mid-range event in multi-tier, multi-dimension supply chains

Nota: A autora agradece à Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) pela concessão de bolsa de estudos para o desenvolvimento deste projeto de pesquisa.