Evaluating methods for estimating rare events with zero-heavy data: a simulation model estimating sea turtle bycatch in the pelagic longline fishery

Estimating rare events from zero-heavy data (data with many zero values) is a common challenge in fisheries science and ecology. For example, loggerhead sea turtles (Caretta caretta) and leatherback sea turtles (Dermochelys coriacea) account for less than 1% of total catch in the U.S. Atlantic pelagic longline fishery. Nevertheless, the Southeast Fisheries Science Center (SEFSC) of the National Marine Fisheries Service (NMFS) is charged with assessing the effect of this fishery on these federally protected species. Annual estimates of loggerhead and leatherback bycatch in a fishery can affect fishery management and species conservation decisions. However, current estimates have wide confidence intervals, and their accuracy is unknown. We evaluate 3 estimation methods, each at 2 spatiotemporal scales, in simulations of 5 spatial scenarios representing incidental capture of sea turtles by the U.S. Atlantic pelagic longline fishery. The delta-log normal method of estimating bycatch for calendar quarter and fishing area strata was the least biased estimation method in the spatial scenarios believed to be most realistic. This result supports the current estimation procedure used by the SEFSC.

Área de vida do lagarto saxícola Tropidurus semitaeniatus (Squamata: Tropiduridae) em área de Caatinga, Nordeste do Brasil

A área de vida pode ser definida como o espaço físico necessário para um animal desempenhar as atividades essenciais para sua sobrevivência, desenvolvimento e reprodução. O conhecimento sobre área de vida é essencial para a compreensão dos processos que regem o uso do espaço e a organização social em populações animais. Neste estudo, investigamos aspectos das áreas de vida do lagarto saxícola, endêmico da Caatinga, Tropidurus semitaeniatus, avaliando possíveis variações intersexuais, ontogenéticas e sazonais nos tamanhos das áreas de vida, bem como elementos da organização social da espécie. A área de estudo consistiu em uma área típica de Caatinga stricto sensu, localizada no município de Pentecoste - Ceará. Realizamos coletas em dois afloramentos rochosos, nos quais demarcamos pontos de referência a cada cinco metros. Coletamos os lagartos residentes nestes afloramentos, registrando, para cada indivíduo, o sexo e o tamanho rostro-cloacal (mm), e posteriormente, identificando-o com marcação única. Vistoriamos cada afloramento durante 20 dias em cada estação (chuvosa e seca), respectivamente em junho e dezembro de 2011, realizando recapturas visuais e coletando registros de posições espaciais de cada indivíduo. Estimamos as áreas de vida pelo método do Polígono Convexo Mínimo, para os indivíduos recapturados pelo menos seis vezes. Obtivemos 56 áreas de vida, das quais 10 foram de machos, 20 de fêmeas e 26 de jovens. Não existiu relação entre os tamanhos das áreas de vida e os comprimentos rostro-cloacais dos indivíduos. Não houve diferenças sexuais, ontogenéticas ou sazonais nos tamanhos das áreas de vida. Contudo, o espaçamento entre as áreas de vida foi menor durante a estação chuvosa e a maioria das sobreposições entre áreas de vida também ocorreu neste período. Ao todo, registramos 81 sobreposições de áreas de vida, sendo estas mais frequentes entre fêmeas e jovens e menos frequentes entre pares de machos. A proporção da área de vida total sobreposta com outro indivíduo foi maior entre pares de fêmeas e menor entre pares de machos. Os machos estiveram associados em média com 1,5 fêmeas, possuindo de zero a sete áreas de vida de fêmeas sobrepostas com suas áreas de vida. O número de áreas de vida de fêmeas sobrepostas às áreas de vida de machos esteve positivamente associado ao tamanho dos machos. Por outro lado, não houve associação entre o número de áreas de vida de fêmeas sobrepostas às áreas de vida de machos e os tamanhos das áreas de vida dos machos correspondentes. Em suma, à luz do conhecimento acumulado sobre a história natural do organismo de estudo, acreditamos que sua extrema especificidade por ambientes rochosos e a disponibilidade limitada de habitats adequados à ocupação constituem fatores preponderantes na determinação dos padrões singulares de uso do espaço e organização social em T. semitaeniatus.

Prevalência da síndrome metabólica em adolescentes de 06 Escolas na Cidade de São Luís/MA Brasil

Na população pediátrica tem aumentado a prevalência da Síndrome Metabólica. No Brasil, poucos estudos foram realizados em relação a sua prevalência, critérios de diagnósticos, principalmente no Norte/Nordeste. Apesar de não termos uma definição oficial para a Síndrome Metabólica em adolescentes, utilizamos critérios da NCEP ATP III modificados que consistiram em: Obesidade Abdominal >= 90 percentil, HDL-colesterol <= 40 mg/dl, Triglicerídeo > = 110 mg/dl, Glicemia em Jejum >= 100 mg/dl, Pressão Arterial >= 90 percentil ajustável para idade e gênero. Participaram deste estudo 468 adolescentes sendo 168 (40,2%) do gênero masculino e 280 (59,8%) do gênero feminino de 06 (seis) escolas públicas e particulares, da cidade de São Luís/MA, durante o ano de 2012. A prevalência da Síndrome Metabólica foi de 12,2% sendo 30 pacientes do gênero masculino e 27 do gênero feminino. Houve uma predominância no gênero masculino e a faixa etária mais acometida foi 16-17 anos, seguido da faixa de 13-14 anos. Em relação aos componentes da Síndrome Metabólica, a Hipertensão Arterial foi o componente dominante (100% dos casos), seguida do HDL-colesterol diminuída (94,7%), obesidade (79%), triglicerídeos (71,9%), proteína C reativa média e alto risco em 28,1% dos casos, e glicemia em jejum alterada não foi encontrada em nenhum caso, porém, evidenciamos HOMA-IR alterado em 75,4% dos casos. Apesar de termos apena 01 referência na literatura brasileira na padronização sobre a medida da circunferência abdominal, foi realizado a sua medida na população estudada e a sua relação com a altura. Utilizamos como ponto de corte >= 0,5 para avaliar a adiposidade visceral nos pacientes estudados com Síndrome Metabólica encontramos relação Circunferência Abdominal e Altura aumentada em 66,7% dos casos. Em relação aos antecedentes mórbidos familiares dos adolescentes portadores de Síndrome Metabólica, a prevalência de obesidade foi de 22,8%, seguido de diabetes e hipertensão arterial em 17,5%, diabetes, hipertensão arterial e obesidade foi de 15,8%.

Energy retrofits in social housing. Analysis of its thermal behaviour.

468 p.

HPV infection, a described cause for human cancer: HPV detection and molecular mechanisms of HPV carcinogenesis (Review).

[en]Human papillomavirus (HPV) belongs to the Papillomaviridae virus family and it is one of the most common sexual transmission infections. HPV genome is composed of eight genes, including two early genes and six late genes. Among these late genes, E6 and E7 code for proteins that trigger cell-cycle re-entry in infected cells, which can lead to cervical cancer development. The IARC (International Agency for Research Cancer) proposed a guideline based on Hill’s criteria to determine whether the relation between HPV infection and cervical cancer is causal or not. Epidemiological studies have demonstrated that HPV infection is a necessary but non-sufficient cause for cervical cancer. Furthermore, HPV infection is considered the first necessary cause described of a human cancer, being HPV16 and 18 carcinogenic to humans and the most studied types. Cervical cancer is the second leading cause of cancer death among women worldwide. Different screening programs are carried out with the aim of preventing cervical cancer; such as cytologies and HPV tests. There are two main methods which are equally usable to detect HPV: the real-time PCR assays and the array assays. Regarding the molecular mechanisms of HPV mediated malignancies, E2, E6 and E7 proteins of HPV16 lead to immune response evasion, inducing IL-10 and TGF-β1 gene expression. Besides, E6 and E7 proteins allow cell-cycle reentry, phosphorylating RB and ubiquitinating p53 respectively. HPV genome integration in host genome leads to the alteration of host and viral genes expression, including oncogenes and tumor suppressor genes. However, the differences of E6 and E7 oncoproteins in different HPV types is poorly known due to the fact that almost the most studied HPV type has been HPV16.

Evaluating mortality using length-frequency data when growth parameters are poorly known

A method is presented through which the total mortality undergone by several fish stocks of the same species can be compared when growth parameters are poorly known or unknown. Whereas the estimate of Z obtained via the length-converted catch curve is highly sensitive to the input parameters K and L sub( infinity ), the ratio of Z estimates obtained for different stocks with the same combination of parameters is almost independent of these inputs, at least when the fit of the linear regression is good. The method is tested on simulated data and an application is presented using real data from the Lesser Antilles. It provides the possibility of qualitatively comparing several stocks in situations of scarce biological knowledge.

Efeitos da ingestão materna de sorbitol na lactação sobre o perfil nutricional, bioquímico e toxicológico das proles amamentadas

Sorbitol é um poliol encontrado em produtos para fins especiais, como diet e light, Dentro deste contexto, incluem-se as lactantes como grandes consumidoras, almejando o retorno mais rápido ao peso pré-gestacional. Devido à grande carência em dados referentes às consequências metabólicas do consumo excessivo destes tipos de produtos, o objetivo deste trabalho foi avaliar os possíveis efeitos da ingestão materna de sorbitol na lactação sobre os perfis nutricional, bioquímico e toxicológico nas proles amamentadas. O teste da Salmonella/microssoma foi utilizado, inicialmente, na avaliação mutagênica e citotóxica com linhagens de S. enterica sorovar Typhimurium (TA97, TA98, TA100, TA102, TA104 e TA1535). Verificamos a capacidade de reversão da mutação (I.M.) e sobrevivência (%), em diferentes concentrações (0,4; 4; 40; 400; 4000 e 5000 μg/placa). Os resultados foram considerados positivos para valores de I.M. ≥ 2,0. Ratas wistar lactantes (6 por grupo experimental), cada uma com 6 filhotes, receberam sorbitol (0,00015 mg/g/dia; 0,0015 mg/g/dia e 0,15 mg/g/dia), nos primeiros 14 dias da lactação. Neste período, avaliamos a biometria das mães e proles, consumo de ração e ingestão hídrica das mães. Após a lactação, as ratas mães foram ordenhadas, e, junto com as proles, sacrificadas por punção cardíaca, para coleta de sangue total. Os fígados das proles foram submetidos ao método de perfusão, para obtenção de hepatócitos em cultura primária, ao final dos 14 dias de lactação. Os fêmures das proles foram retirados, para obtenção da medula óssea. A bioquímica de sangue das proles (glicose, triglicerídeo, colesterol total, LDL, proteínas totais, albumina, ALT, AST, cálcio total e ionizado) foi analisada, assim como a bioquímica do leite ordenhado (triglicerídeos). Os testes do micronúcleo em medual óssea e hepatócitos, assim como o teste Cometa em sangue total, foram utilizados para avaliação genotóxica e citotóxica, de acordo com as diretrizes da OECD. Os resultados mostraram que, em concentrações mais baixas (0,00015 e 0,0015 mg/g), o sorbitol induziu o ganho de peso, principalmente na menor concentração (0,00015 mg/g), e alterações no perfil lipídico do sangue em todas as concentrações. As quantidades de triglicerídeo no leite variaram em função da dose ingerida, reduzida na maior concentração (0,15 mg/g) e aumentada na menor (0,00015 mg/g). A maior concentração (0,15 mg/g) resultou em perda de peso das mães e proles, diminuição de proteínas viscerais totais, albumina e aumento de enzimas hepáticas (ALT e AST) nas proles. Os resultados do teste da Salmonella/microssoma não indicaram mutagenicidade, entretanto, uma relação de dependência entre dose e Índice de Mutagenicidade (I.M.). Ambos os testes, micronúcleos de medula óssea e hepatócitos, apresentaram uma citotoxicidade dose dependente, estatisticamente significativa em relação ao grupo controle, corroborando com a genotoxicidade do teste Cometa e dependência de dose encontrada no teste da Salmonella/microssoma. Em concentrações mais baixas, parece existir modulação das vias lipogênicas, em contrapartida, nas mais altas a toxicidade parece dificultar tais alterações, induzindo o efeito contrário. Concluimos que o consumo excessivo de sorbitol resulta em alterações metabólicas e toxicológicas em lactentes, mesmo sendo considerado seguro pelo FDA e ANVISA.

Análise de marcadores moleculares do DNA mitocondrial em anuros da Mata Atlântica

A Mata Atlântica brasileira concentra uma das maiores diversidades biológicas da Terra com cerca de 7% das espécies animais e vegetais do planeta. Esse bioma abriga atualmente mais de 50% das espécies de anuros do Brasil (c.a. 500 espécies), mas sofre intensa perda e fragmentação de habitat. Um dos principais fragmentos da Mata Atlântica, a Reserva Ecológica de Guapiaçu (REGUA) abriga vasta anurofauna, com cerca de 71 espécies já descritas. Acredita-se, porém, que muitas ainda precisam ser identificadas e estudadas. A identificação de espécies baseada em caracteres moleculares vem se mostrando uma alternativa para dar suporte à identificação morfológica, e dentro deste contexto os genes de DNA mitocondrial, como o 16S, são utilizados para a realização de barcode. O objetivo deste estudo foi testar a metodologia de identificação molecular de espécies (DNA barcode) na comunidade de anfíbios anuros da REGUA utilizando o gene mitocondrial 16S. Para isso, foram coletados tecidos de 99 indivíduos, entre adultos e girinos de 23 espécies, agrupados em seis famílias distintas. Desses 99 indivíduos, 88 foram amplificados corretamente para o gene em referência e foram realizadas, com sucesso, a determinação de espécies de 84 anuros (95,45%) da REGUA. As espécies de Scinax albicans, Scinax flavoguttatus e Hylodes charadranaetes, cujas identificações haviam sido determinadas com base em critérios morfológicos, agruparam em clados de mesmo gênero, porém de espécies diferentes quando analisadas pelas metodologias neighbor-joining e maximum-likelihood. Além de altos valores de distância intraespecífica (2,18%, 3,49% e 3,77%, respectivamente) e distâncias interespecíficas nulas (0%) temos a indicação de possíveis equívocos em determinações de espécies feitas exclusivamente por critérios morfológicos. Nesse caso, as discordâncias morfológica e molecular são exclusivamente de girinos, demonstrando a dificuldade na identificação morfológica e a escassez de chaves de identificação dessas espécies em estágio larval. Os resultados mostram que o gene mitocondrial 16S teve seu uso na identificação de anuros da REGUA confirmada e apontam que, em casos de estudos com indivíduos em estágios larvais, como em girinos, a metodologia de barcode, quando complementada a identificação morfológica, suporta a correta identificação das espécies de anfíbios anuros.

Tenets, Principles, and Criteria for Management: The Basis for Systemic Management

This paper presents nine tenets for management as formulated in the literature in recent decades. These tenets, and the principles behind them, form the foundation for systemic management. All tenets are interrelated and far from mutually exclusive or discrete. When we consider them seriously and simultaneously, these tenets expose serious flaws of conventional resource management and define systemic management. Systemic management requires that we manage inclusively and avoid restricting management to any particular interaction between humans and other elements of nature. The management tenets presented here are considered with particular attention to the interrelationships among both the tenets and principles upon which they are based. The case is made that the tenets are inseparable and should be applied collectively. Combined consideration of the tenets clarifies the role of science, contributes to progress in defining management, and leads to the development of ways we can avoid mistakes of past management. Systemic management emerges as at least one form of management that will consistently account for and apply to the complexities of nature.

A originalidade como requisito para concessão de registro de desenho industrial: subsídios para uma melhor compreensão no direito brasileiro

Esta dissertação visa a discutir a noção e os limites da originalidade como requisito material para obtenção de registros de desenhos industriais. Começando com a originalidade no texto da Lei n. 9.279/96 e fazendo algumas distinções adotadas pela doutrina e jurisprudência, passa-se para a fundamentação da originalidade no texto constitucional. Aborda-se em seguida os diversos aspectos relativos direta e indiretamente à originalidade no exame de mérito e validade dos registros de desenho industrial, bem como nas ações de infração. Por fim, são identificados os critérios fundamentais para averiguação da distinguibilidade dos desenhos e busca-se aplicar algumas das conclusões parciais a casos práticos.

The Great Whales: History and Status of Six Species Listed as Endangered Under the U.S. Endangered Species Act of 1973

In the history of whaling from prehistoric to modern times, the large whales, sometimes called the “great whales,” were hunted most heavily owing in part to their corresponding value in oil, meat, and baleen. Regional populations of North Atlantic right whales, Eubalaena glacialis glacialis, were already decimated by 1700, and the North Atlantic gray whale, Eschrichtius robustus, was hunted to extinction by the early 1700’s (Mitchell and Mead1).