Les stratégies d’exploitation de l’archipel côtier du Labrador : une étude de cas du 18e siècle au site d’Ikkeghasarsuk

La fin du 18e siècle était une période dynamique au Labrador. À cette époque, le phénomène climatique nommé le Petit Âge glaciaire affectait grandement l’étendue de la banquise côtière. L’arrivée des missionnaires et des objets européens enclencha une réorganisation des rôles sociaux chez les Inuits. L’établissement hivernal d’Ikkeghasarsuk, connu sous le code Borden HdCg-23 et le nom de site officiel Koliktalik-6, est composé principalement de deux maisons semi-souterraines construites avant 1776 sur un site dorsétien. La présente étude explore les stratégies d’occupation du territoire par l’analyse des restes fauniques de ces deux maisons. Les espèces de phoques chassées et leurs niches écologiques indiquent que les occupants du site exploitaient surtout les phoques présents dans les eaux libres de glace à l’automne, les phoques annelés au sina l’hiver et les phoques annelés sur la banquise côtière au printemps. Le site d’Ikkeghasarsuk, placé sur une île dénudée et balayée par le vent, aurait permis d’avoir un accès privilégié aux ressources marines diverses, peu importe les conditions climatiques.

Apport d'un programme de génétique à une filière de production aquacole : l'exemple de l'ostréiculture

Two oyster species are currently present along the French coasts : the indigenous European flat oyster (Ostrea edulis), and the Pacific cupped oyster (Crassostrea gigas), that has been introduced from Japan since the beginning of the 70ies. The flat oyster successively suffered from two protozoan diseases during the 60ies and its production decreased from 20 000 tons/year by that time to 1 500 tons/year nowadays. Consequently, the oyster production is principally (99%) based upon the Pacific oyster species with approximately 150 000 tons/year among which 90% are grown from the natural spat. However, the hatchery production of this species is developing and was estimated to 400 to 800 millions spat in 2002. Moreover, strengthened relationships between IFREMER and the 5 commercial hatcheries, that all joined the SYSAAF (Union of the French poultry, shellfish and fish farming selectors), allow to plan for new genetic breeding programs. At the end of the 80ies, IFREMER initiated a genetic breeding program for the resistance of the European flat oyster to the bonamiosis, and obtained strains more tolerant to this disease. After two generations of massal selection, molecular markers had identified a reduced genetic basis in this program. It was then reoriented to an intra-familial selection. However, we were confronted to a zootechnic problem to manage such a scheme and we compromised by an intra-cohorts of families selection scheme managed using molecular markers. The program has now reached the transfer level with experimentation at a professional scale. Concerning the Pacific cupped oyster, and in parallel with the obtaining and the study of polyploids, performance of different Asian cupped oyster strains were compared to the one introduced in France thirty years ago and currently suffering from summer mortalities. The local strain exhibited better performance, certainly based upon a good local adaptation. In other respects, although early growth is a relevant criteria for selection for growth to commercial stage, it is not to be privileged in the context of an oyster producing region with a limited food availability. Contrary, the spat summer mortality became a priority for numerous teams (genetic, physiology, pathology, ecology,...) joined in the MOREST program. The first results showed important survival differences between fullsib and halsib families. They indicate a genetic determinism to this character "survival" and promote for its selection.

Impact du terminal méthanier de montoir sur l'ichtyofaune estuarienne - Rapport final 1984 - 1986

De janvier 1984 à mai 1986 des observations ont été réalisées au niveau du système de pompage et de filtration du terminal méthanier de Montoir (Loire-Atlantique) afin d'estimer l'impact de ces installations sur les juvéniles et adultes de poissons estuariens transitant dans le circuit. Il apparaît qu'une adaptation du système de nettoyage des tambours filtrants au calendrier des principales espèces concernées est souhaitable et que les larves et alevins de certaines espèces sensiblec (sprat, éperlan) ne résistent pas à ce traitement.

Typologie de la flottille chalutière du port de Sète par une méthode de segmentation

This work aims to define a typology of trawler f1eet in Sète, the main fishing harbour along the French Mediterranean coast, using several multivariate analysis methods. The fishing ships taken to account are represented by annual profiles of landing specific compositions. Five fishing strategies have been identified. A segmentation method using symbolic objects allows a formaI characterisation of the different strategies. These strategies are studied according to several general characteristics usually used for management rules elaboration (power, length, ship age). The typological analysis allows to characterise two main exploitation ways, one directed to the catch of a few species (Engraulis encrasicolus, Sardina pilchardus), the other characterised by the exploitation of a great diversity of species. By this way, it is possible to estimate how the catch of low represented species can significantly contribute to the exploitation of a resource.

Biodiversité des pollinisateurs dans les cannebergières : effets des pratiques culturales, du type de sol et de l'habitat naturel

Les pollinisateurs indigènes sont importants pour la production de canneberges. Ils sont pourtant menacés par les pratiques agricoles qui s’intensifient. Pour établir un plan de conservation efficace, une meilleure connaissance des facteurs intrinsèques aux exploitations est essentielle. L’objectif principal de cette étude était de déterminer la diversité et abondance des abeilles et syrphes retrouvées en cannebergières. Quinze fermes ont été échantillonnées selon la régie de culture, le type de sol et le type d’habitat naturel retrouvé près des cannebergières. Des pièges-bols disposés en transect ainsi que l’utilisation de filet entomologique ont été utilisés pour échantillonner les pollinisateurs. Au total, 135 espèces de pollinisateurs indigènes ont été capturées en 2013 et 2014. Le type de sol ainsi que l’habitat naturel influençaient les communautés de pollinisateurs, alors que la régie de culture ne les affectait pas. L’abeille Melitta americana, spécialiste du pollen de canneberge, a été capturée plus souvent dans les tourbières.

Étude de la migration potentielle des niches écologiques liée aux changements climatiques dans la région des parcs nationaux de Frontenac et du Mont-Mégantic

Les changements climatiques observés depuis les dernières années semblent avoir un impact sur la distribution et l’abondance des espèces dans plusieurs régions du monde. Cette évolution du climat peut représenter un risque pour la survie de certaines espèces car elle peut impliquer leur migration vers une niche écologique leur étant plus favorable. Ce déplacement est possible si l’espèce possède une forte capacité de dispersion et si le territoire sur lequel elle se déplace n’est pas fragmenté. La modélisation de la distribution d’espèces et de niches écologiques, prenant en compte l’évolution des variables environnementales, permet de connaître la distribution potentielle des espèces à la période actuelle et à des périodes futures selon différents scénarios. Au Québec, ces modélisations de distributions de niches écologiques potentielles constituent une source d’information très utile pour les gestionnaires du territoire, en particulier des aires protégées. Ces données permettent notamment d’anticiper la migration des espèces, influencée par les changements climatiques, afin d’identifier les défis de conservation à venir et de poser une réflexion sur le rôle des aires protégées dans ce contexte. L’objectif général de cet essai vise à étudier la migration potentielle des niches écologiques liée aux changements climatiques sur le territoire des parcs nationaux de Frontenac, du Mont-Mégantic et de leur périphérie. Les changements de répartition et de richesse spécifique de plus de 600 niches écologiques dans ce secteur ont été étudiés ainsi que leur implication en lien avec la fragmentation du territoire. Deux échelles de travail (locale et régionale) ont été considérées et des indices spatiaux de changement de répartition et de diversité des niches écologiques ont été calculés pour ces deux échelles de travail, selon deux modes de dispersion (absence de dispersion et dispersion illimitée) et deux horizons futurs (2050 et 2080). Ces indices ont révélé majoritairement une augmentation des niches écologiques apparaissant sur le territoire et une hausse de la diversité de niches écologiques sur l’ensemble du territoire en cas de dispersion illimitée, phénomène accentué à l’horizon 2080. Par contre, en cas d’absence de dispersion, une disparition importante de niches écologiques ainsi qu’une perte de diversité sont à anticiper sur le territoire, phénomène également accentué à l’horizon 2080. L’étude de la fragmentation révèle un territoire relativement fragmenté par les routes, mais présentant majoritairement une faible résistance au déplacement des espèces, malgré la présence de quelques pôles urbains de moyenne importance. Cette étude se base sur des résultats de modélisation de niches écologiques déjà effectués pour l’ensemble du Québec et pourrait ainsi être appliquée à d’autres territoires. Les résultats montrent d’importants changements à venir et les gestionnaires et scientifiques travaillant sur ce territoire pourront utiliser les résultats obtenus pour réfléchir à la mise en place de mesures adaptées aux déplacements potentiels.

Exploration d’un modèle d’étude simplifié de la spermiogenèse par l’utilisation de la levure à fission

Résumé: Les cellules germinales mâles remodèlent leur chromatine pour compacter leur noyau afin de protéger leur matériel génétique et assurer un transit optimal vers le gamète femelle. Il a été démontré que tous les spermatides de plusieurs mammifères, incluant l’homme et la souris, présentaient ce mécanisme de remodelage de la chromatine. Celui-ci est caractérisé par une augmentation transitoire de cassures d’ADN dont une quantité importante sont bicaténaires. Ce remodelage chromatinien a été étudié et semble être conservé chez plusieurs espèces, allant de l’algue à l’humain. Dans le contexte de la recherche fondamentale sur le phénomène de la spermiogenèse, il devient parfois très difficile d’investiguer certains aspects importants en vertu de l’impossibilité de réaliser des manipulations génétiques simples. Il est donc impératif de développer un nouveau modèle d’étude plus permissif afin de palier à ces difficultés encourues. Comme le processus de maturation des spores chez la levure à fission présente de grandes similitudes avec la spermiogenèse des mammifères, l’utilisation d’un modèle d’étude basé sur la sporulation de la levure à fission Schizosaccharomyces pombe a été proposée comme modèle comparatif de la spermatogenèse murine. À la suite de la synchronisation de la méiose de la souche S. pombe pat1-114, des analyses d’électrophorèse en champ pulsé (PFGE) et de qTUNEL ont permis de déterminer la présence de cassures bicaténaires transitoires de l’ADN lors de la maturation post-méiotique des ascospores nouvellement formés (t>7h). Des analyses par immunobuvardages dirigés contre le variant d’histones H2AS129p suggère la présence d’un remodelage chromatinien postméiotique dix heures suivant l’induction de la méiose, corroborant le modèle murin. Enfin, des analyses protéomiques couplées à l’analyse par spectrométrie de masse ont permis de proposer l’endonucléase Pnu1 comme candidat potentiellement responsable des cassures bicaténaires transitoires dans l’ADN des ascospores en maturation. En somme, bien que le processus de maturation des spores soit encore bien méconnu, quelques parallèles peuvent être tracés entre la maturation des ascospores de la levure à fission et la spermiogenèse des eucaryotes supérieurs. En identifiant un modèle simple du remodelage chromatinien au niveau de la spermiogenèse animale, on s’assurerait ainsi d’un outil beaucoup plus malléable et versatile pour l’étude fondamentale des événements survenant lors de la spermiogenèse humaine.

Recommandations pour l'adaptation de l'évaluation du risque écotoxicologique pour le Nord québécois

Pour assurer une gestion adéquate des écosystèmes nordiques à l’approche du développement de nouvelles activités économiques, le Centre d’expertise en analyse environnementale du Québec a pris l’initiative d’adapter certains de ses outils, plus particulièrement sa Procédure d’évaluation du risque écotoxicologique. En effet, bien que l’outil soit applicable au Québec méridional, des recommandations pour adapter la méthodologie au Nord en permettraient une utilisation plus judicieuse pour les divers intervenants utilisant cet outil de gestion de l’environnement. L’objectif de cet essai est d’identifier les aspects de l’outil devant être adaptés pour son application dans le Nord québécois et de proposer des recommandations pour y arriver. Ainsi, une première analyse des activités économiques en essor sur le territoire a permis d’identifier les substances qui pourraient être problématiques et pour lesquelles aucun critère de gestion ou de valeur toxicologique de référence n’est disponible au Québec, comme les métaux des terres rares, l’uranium et les fractions des hydrocarbures pétroliers. Une recherche approfondie sur les particularités du territoire à l’étude a permis, pour sa part, d’identifier des espèces écologiques représentatives et qui pourraient être utilisées comme récepteurs potentiels. À la suite de l’analyse de l’outil de gestion d’évaluation du risque écotoxicologique, trois recommandations principales ont pu être émises dans le but de l’adapter à ce territoire unique : 1) établir des critères de sols pour les contaminants susceptibles d’être émis dans le Nord québécois, 2) développer des valeurs toxicologiques de références pour le plus haut niveau de sensibilités pour ces mêmes substances et 3) recueillir les informations nécessaires sur des récepteurs nordiques clés pour pouvoir évaluer le risque écotoxicologique qu’ils courent. Finalement, un exemple d’application des recommandations, notamment l’utilisation de nouveaux récepteurs, tels que le caribou migrateur et le lièvre arctique, ainsi que l’utilisation de critères génériques et de valeurs toxicologiques de référence d’autres juridictions, a permis d’évaluer le risque pour un cas fictif en milieu nordique. Bien que le besoin d’investir des efforts de recherches pour pallier certaines lacunes ait été identifié, les recommandations proposées permettront de cibler ces efforts sur les éléments les plus problématiques pour permettre, finalement, d’adapter l’outil aux réalités des écosystèmes fragiles et uniques de ce territoire particulier.

Effets du climat et des conditions météorologiques locales sur les changements de masse saisonniers du mouflon d'Amérique (Ovis Canadensis)

Comprendre de quelle façon les populations animales répondent aux conditions qui prévalent dans leur environnement revêt une grande importance. Les conditions climatiques et météorologiques sont une source importante de variabilité dans l'environnement et celles-ci ont des répercussions sur les espèces sauvages, en affectant leur physiologie, leur comportement et leurs ressources. Les ongulés alpins et nordiques font face à une succession annuelle de conditions environnementales favorables et défavorables, entraînant chez ceux-ci d'importants changements de masse saisonniers. Chez ces grands herbivores, la masse est importante puisqu'elle est positivement corrélée à la survie et à la reproduction. C'est pourquoi il est essentiel d'investiguer les paramètres affectant les changements de masse saisonniers. L'objectif principal de ma maîtrise était donc d'identifier et de mieux comprendre l'effet des conditions climatiques et météorologiques sur les changements de masse estivaux et hivernaux d'un ongulé alpin: le mouflon d'Amérique (Ovis canadensis). Pour atteindre cet objectif, j'ai utilisé les données du suivi à long terme de la population de mouflons de Ram Mountain, Alberta. Les mesures de masse répétées prises lors des captures permettent d'estimer la masse printanière et automnale des individus, ainsi que leur gain de masse estival et leur changement de masse hivernal. En affectant les coûts énergétiques de la thermorégulation et des déplacements et en influençant la végétation, les conditions climatiques et météorologiques peuvent avoir d'importantes conséquences sur les changements de masse des ongulés alpins. La température, les précipitations et un indice de climat global (le «Pacific Decadal Oscillation»; PDO) ont donc été utilisés afin de caractériser les conditions environnementales et d'investiguer les effets de ces variables sur les changements de masse saisonniers des individus de différentes classes d'âge et de sexe. Des températures froides au printemps ont engendré de plus grands gains de masse estivaux. Des printemps froids peuvent ralentir la maturation des plantes, engendrant une plus grande période où il est possible de s'alimenter de jeunes plantes nutritives, ce qui explique probablement cet effet positif des printemps froids. Cet effet doit toutefois être nuancé puisque les changements de masse hivernaux étaient également influencés par la température printanière, avec des printemps chauds menant à de plus faibles pertes de masse. Il semble que cet effet était dû à une apparition hâtive de la végétation, menant à une prise de masse des mouflons avant qu'ils ne soient capturés au printemps. Cela suggère qu'en affectant la disponibilité et la qualité de la végétation, les conditions printanières ont des répercussions à la fois sur le gain de masse estival, mais également sur les changements de masse hivernaux des mouflons. Le PDO au printemps a un effet positif important sur le gain de masse des adultes mâles lorsque la densité est faible. Des températures chaudes à l'automne engendrent de plus grands gains de masse pendant l'hiver chez les agneaux mâles (la plupart des agneaux gagnent de la masse l'hiver), potentiellement en augmentant la période possible de prise de masse pour ces jeunes individus. Les femelles de deux ans et les mâles adultes ont perdu plus de masse lors d'hivers avec beaucoup de précipitations et des températures froides, respectivement. Finalement, ce projet de recherche a permis d'identifier les variables climatiques et météorologiques clés affectant les changements de masse saisonniers d'un ongulé alpin. Cette étude a également mis en évidence des effets du PDO sur les changements de masse saisonniers, soulignant que de tels indices peuvent s'avérer utiles afin de les mettre en lien avec la variation phénotypique chez les espèces sauvages, et ce sans qu'il n'y ait nécessairement de fortes corrélations entre ces indices et les variables météorologiques locales.

Sous projet 4. Gestion des ressources des Pêches de Poitou- Charentes

L'enjeu du sous-projet 4 «Gestion des Ressources des Pêches de Poitou-Charentes» est de fournir une information pertinente pour une gestion responsable des ressources des pêches de Poitou-Charentes garante de la durabilité de leur exploitation. Le sous-projet se focalise sur quatre espèces phares de la production halieutique régionale ainsi que sur certaines interactions estimées critiques entre les pêches régionales et d'autres activités. La coquille Saint-Jacques et le pétoncle noir constituent deux ressources majeures pour la pêche dans les pertuis Charentais. Leur importance devrait encore croître avec la limitation la pêche de la civelle envisagée dans le cadre du plan de gestion de l'anguille. Les travaux ont pour objectif le maintien de la pêche des pectinidés pour d'une part, l'adaptation de l'effort de pêche à l'état de ces ressources et d'autre part en progressant dans les capacités de contrôle de l'abondance et de la qualité de ces ressources. La sole et l'anguille sont en valeur les deux premières espèces exploitées du golfe de Gascogne. Elles ont en commun un état préoccupant justifiant des mesures européennes de gestion de leur pêche. Cette partie vise à mieux connaître la contribution des pertuis charentais à la dynamique de ces deux stocks, l'impact sur ceux-ci des diverses activités humaines régionales et aussi d'apprécier l'impact sur les pêches charentaises des mesures de conservation prises pour ces deux ressources majeures au niveau national mais aussi régional.

Bilan 2015 du dispositif national de surveillance de la santé des mollusques marins

Depuis 1992, la surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français est assurée par le réseau de Pathologie des Mollusques (Repamo). Ses activités s’inscrivent dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Depuis son évaluation par la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale en 2012, l’objectif de surveillance est la détection précoce des infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’année 2015 est la première année de transition pour laquelle un début d’évolution des modalités de surveillance de la santé des mollusques marins animées par l’Ifremer a été amorcé. Un dispositif hybride de surveillance a été mis en place, s’appuyant sur l’existant et intégrant des débuts d’évolution. La surveillance événementielle a constitué l’activité principale du dispositif en 2015 et s’est appuyée sur des réseaux existants : (1) la surveillance des mortalités observées sur des animaux sentinelles déployés sur les sites ateliers des réseaux Ifremer RESCO 2 (12 sites) pour l’huître creuse Crassostrea gigas et MYTILOBS 2 (8 sites) pour la moule bleue Mytilus edulis. Pour l’huître creuse Crassostrea gigas, la mortalité cumulée moyenne était de 50,3% (écart-type 10,9%) pour le naissain standardisé Ifremer (NSI), de 11,0% (écart-type 9,1%) pour les huîtres de 18 mois et de 7,3% (écart-type 5,6%) pour les huîtres de 30 mois. Les mortalités ont été observées principalement entre le début du mois de mai et la mi-juillet. Lors de ces épisodes de mortalité, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : 7 prélèvements pour le NSI, 2 pour les huîtres de 18 mois et 1 pour les huîtres de 30 mois. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons d’huîtres creuses prélevés et analysés. Le virus OsHV-1 a été détecté dans les 7 échantillons analysés de NSI, dans 2 échantillons analysés d’huîtres de 18 mois et dans 1 échantillon analysé d’huîtres de 30 mois. La bactérie Vibrio aestuarianus a été détectée dans 5 échantillons analysés de NSI, dans 1 échantillon d’huîtres de 18 mois et dans 1’échantillon d’huîtres de 30 mois. Pour la moule bleue Mytilus edulis, des mortalités cumulées variant de 9% sur le site du Vivier à 51% sur le site des filières du Pertuis Breton ont été estimées. Les mortalités ont été observées au printemps sur des moules âgées d’une année et en automne sur des moules plus jeunes. Lors de ces épisodes de mortalités, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : 2 prélèvements pour les moules d’une année et 1 pour les jeunes moules. Ces prélèvements ont eu lieu dans le Pertuis Breton. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons de moules prélevés et analysés. Des bactéries du groupe Splendidus ont été détectées dans les 3 échantillons de moules analysés. (2) la surveillance s’appuyant sur les déclarations de mortalités de mollusques par les conchyliculteurs et pêcheurs à pied professionnels auprès des Directions départementales des territoires et de la mer (DDTM). Cette modalité s’applique aux huîtres creuses et aux moules bleues lorsqu’il n’existe pas de site atelier RESCO 2 ou MYTILOBS 2 dans la zone où des mortalités sont déclarées par les conchyliculteurs ou pêcheurs à pied. Le réseau REPAMO 2 a réalisé 22 interventions, dont 15 pour les moules Mytilus edulis, 4 pour les coques Cerastoderma edule, 2 pour les palourdes Ruditapes sp. et 1pour les coquilles saint Jacques Pecten maximus. La recherche d’agents infectieux dans ces espèces de mollusques prélevés lors de hausse de mortalité a permis de mettre en évidence les parasites réglementés Perkinsus olseni dans 1 lot de palourdes, et Marteilia refringens dans 4 lots de moules, ainsi que le virus OsHV-1 dans 1 lot de palourdes et 1 lot de coques, la bactérie Vibrio aestuarianus dans 3 lots de coques, et des bactéries du groupe Splendidus dans 3 lots de coques et dans 13 lots de moules. L’année 2015 a également permis la démonstration sur un site atelier d’un exercice de surveillance programmée, ciblée et fondée sur les risques d’introduction et d’installation d’un organisme pathogène exotique. Elle a concerné le parasite Mikrocytos mackini de l’huître creuse Crassostrea gigas, sur un site atelier de la Charente-Maritime, suivi par le réseau RESCO 2. Le parasite Mikrocytos mackini n’a pas été détecté. En revanche, le parasite Marteilia refringens a été détecté dans ¾ des prélèvements d’huîtres réalisés. Dans le cadre du soutien scientifique et technique de l’évolution de la surveillance événementielle, l’année 2015 a également permis de poursuivre la démarche relative aux développements méthodologiques en lien avec la surveillance événementielle des mortalités de mollusques marins. Une étude de faisabilité de la recherche prospective de regroupements spatio-temporels d’événements de mortalités d’huîtres creuses a été préparée en collaboration avec tous les acteurs de la santé des mollusques marins en Normandie. Un outil de collecte et d’analyse des données de signalements des mortalités, automatisé, simple d’utilisation et flexible, a été élaboré.

Mortalités de moules bleues dans les Pertuis Charentais: description et facteurs liés – MORBLEU

Depuis 2014, des surmortalités anormales affectent les cheptels mytilicoles tant adultes que juvéniles avec des mortalités massives pouvant atteindre 100% (Béchemin et al. 2015). Les objectifs généraux de ce projet sont d’identifier des facteurs potentiellement corrélés avec les mortalités de moules observées dans les Pertuis Charentais: facteurs environnementaux biotiques, abiotiques et hydrodynamiques) et facteurs intrinsèques aux animaux (traits d'histoire de vie, qualité cytogénétique et physiologie). Après une introduction bibliographique complète, différentes questions sont ici abordées. 1. Historique des mortalités 2014-2015 ? Grâce { différentes sources d’information nous avons pu retracer les évènements de mortalités de 2014 et 2015 et valider l’échantillonnage réalisé en 2015 dans Morbleu (au niveau temporel et spatial). 2. Les mortalités 2014 et 2015 sont-elles exceptionnelles ? Existe-t-il un lien avec les fluctuations environnementales ? Pour cela, nous avons porté un regard rétrospectif sur 15 années de données acquises dans les réseaux portés par Ifremer afin de définir un niveau de mortalité « anormale » et d’explorer de potentiels liens avec les fluctuations environnementales. Nous avons pu observer que (1) les épisodes de mortalités de 2014 et 2015 peuvent être qualifiés d’exceptionnels, (2) ils sont survenus dans des conditions climatiques plutôt chaudes et pluvieuses associées à des indices de diversité phytoplanctoniques bas (nombre de taxons et équilibre quantitatif entre ces taxons). 3. Dans quelles conditions les mortalités de moules sont-elles survenues en 2015 ? Nous présentons ici dispositif mis en place sur nos 4 sites ateliers (Filière, Boyard, Eperon et Loix) et l’ensemble des échantillons et mesures collectées (environnement abiotique ou biotique, ou connectivité hydrodynamique des masses d’eaux). Cette action de recherche a nécessité 16 campagnes et aboutit à la bancarisation de 805 échantillons, certains prévelés au cours des mortalités observées sur les animaux déployés. Les mortalités observées en 2015 sont survenues dans un contexte environnemental abiotique différent de celui observé en 2014 (absence de dessalure comparable à celles observées en 2014, différence dans la contribution relative des fleuves aux masses d’eau). Néanmoins, les conditions hydrodynamiques et la connectivité entre les sites du Pertuis Breton et les côtes vendéennes sont quant à elle comparables entre ces 2 années. 4. Quelle(s) ont été la(les) espèce(s) ou population(s) de moules affectée(s) ? Différentes espèces et populations étant présentes sur les côtes française, nous avons cherché à préciser les ascendances génétiques sur des animaux moribonds et vivants prélevés (MORBLEU et mortalité déclarées MYTILOBS-2). Pour 99% d’entre eux, les animaux analysés ont pu être affiliés au fond génétique M. edulis européen du Golf de Gascogne. Toutefois la présence d’ascendance trossulus sur certains individus est à considérer. Avec les marqueurs utilisés, aucune différence génétique entre les animaux moribonds et survivants n’a pas être observée, les mortalités touchant certains hybrides edulis/galloprovincialis en proportion identique à celle de M. edulis. 5. Quelle était la qualité cytogénétique des animaux en 2015 ? Pourrait-il exister un lien avec les mortalités observées ? Nous avons échantillonné des animaux prélevés sur 7 sites mytilicoles avant et après la mortalité de l’année 2015. Les analyses de la qualité cytogénétique de ces animaux est toujours en cours. 6. Ces animaux étaient-ils dans des conditions physiologiques particulières ? des échantillons de moules vivantes, collectés avant, après et au cours des mortalités, sur des sites impactés et peu/pas impactés ont été analysés par une approche transcriptomique à haut débit (RNA-seq). L’échantillonnage 2015 ayant été tardif dans l’année (prélèvements jusqu’en juillet 2015), la réalisation de l’approche transcriptomique a été retardée. Le traitement des données de séquençage est encore en cours d’analyse. Ainsi cette année nous a permis (1) de confronter les données environnementales à 15 années de mesures, (2) de mettre en place un dispositif et d’échantillonner au cours d’un épisode de mortalité, (3) de préciser le fond génétique des animaux affectés. Cependant les prélèvements ayant été tardifs, de nombreuses analyses sont encore en cours de traitement.

Effect of ambient levels of ozone on photosynthetic components and radical scavenging system in leaves of African cowpea varieties

Tropospheric ozone (O3), a main component of photochemical oxidants, adversely affects not only human health but also vegetation. To clarify the long-term effects of ambient levels of tropospheric ozone (O3) on photosynthetic components and radical scavenging system in the leaves of cowpea ( Vigna unguiculata L.), two African varieties, Blackeye and Asontem, were grown in open-top chambers and exposed to filtered air (FA), non-filtered air (NF) or non-filtered air with additional O3 of approximately 50 nl l-1. Ambient levels of O3 significantly reduced chlorophyll concentration, quantum yield and activity of ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco), thus contributing to the reduction in net photosynthetic rate at the reproductive growth stage of both varieties; with no significant variety difference in the sensitivity to O3. The O3-induced significant reduction in catalase activity was observed in Blackeye at vegetative and reproductive growth stages; and in Asontem at reproductive growth stage. On the other hand, exposure to O3 significantly increased ascorbate peroxidase activity in Blackeye at reproductive stage and did not significantly affect that in Blackeye at vegetative growth stage and that in Asontem at both growth stages. At reproductive growth stage, activities of monodehydroascorbate reductase and glutathione reductase were significantly increased by the exposure to O3 in both varieties. The results obtained in this study suggest that, although ascorbate peroxidase, monodehydroascorbate reductase and glutathione reductase played important roles in scavenging O3-induced reactive oxygen species in the leaves, radical scavenging ability of these enzymes is not sufficient to avoid detrimental effects of ambient levels of O3 on photosynthesis in both African cowpea varieties.

EFFECT OF FARMING PRACTICES AND FARM HISTORY ON INCIDENCE OF COCONUT LETHAL YELLOWING IN MOZAMBIQUE

Management of coconut ( Cocos nucifera ) lethal yellowing disease (CLYD), which has killed about eight million coconut trees in Mozambique, has proved challenging. The objective of this study was to investigate the impact of farming practices and related history, on the CLYD incidence in Mozambique. The methodology included a socioeconomic questionnaire to the households and direct observations on the palm farms. The collected data were analysed using logistic regression. Five out of 11 explanatory variables tested, namely farm age, availability of other palm species on the coconut farm, type of coconut varieties grown, root cut practices, and intercropping had a significant (P< 0.05) effect on CLYD incidence. Coconut farms <10 years had higher odds of higher disease incidence compared to the farms between 10 to 40 years old. The presence of other palm species in the coconut farms had two times higher odds of having higher disease incidence levels compared to farms without other palm species. Tall coconut varieties were likely to be more tolerant to CLYD compared to dwarf varieties. Coconut farms with some kind of intercropping had two times higher odds of having higher disease incidence levels compared to pure stands. The practice of cutting coconut roots had three times higher odds of having high disease incidence levels compared to non-practicing farms. Farm age, availability of other palm species on the coconut farm, type of coconut varieties grown, root cut practices and intercropping need to be considered for integrated CLYD management.

Systématique évolutive et biogéographie de Angraecum (Orchidaceae, Angraecinae) à Madagascar

Le genre Angraecum est un groupe d’orchidées tropicales qui compte environ 221 espèces réparties en Afrique subsaharienne, dans l’ouest de l’Océan Indien, et au Sri Lanka. Plus de la moitié des espèces se trouvent à Madagascar, dont au moins 90% sont endémiques à l’île. L’étude systématique et taxonomique du genre Angraecum a toujours été problématique à cause de sa grande diversité morphologique. Pour faciliter la classification, des sections ont été établies dont la plus connue est celle de Garay (1973), qui regroupe les espèces sous 19 sections. Plusieurs analyses phylogénétiques avaient montré que le genre Angraecum et les sections de Garay ne sont pas monophylétiques. Cependant, aucune révision systématique n’a été apportée à cause du faible échantillonnage dans ces analyses. En incorporant un plus grand nombre d'espèces et en ajoutant d’autres caractères morphologiques dans l’analyse, nous avons apporté une plus grande résolution à la reconstruction phylogénétique du groupe. Cette résolution concerne surtout les nœuds plus profonds qui représentent les différents clades à l’intérieur d'Angraecum, qui correspondent à des sections naturelles. A partir de ces clades, nous avons redéfini 14 sections monophylétiques toute en reconnaissant cinq nouvelles. Grâce à cette nouvelle phylogénie d'Angraecum, nous avons pu étudier la diversification du genre et de la sous-tribu Angraecinae en utilisant des méthodes macroévolutives, notamment les roles joués par les traits floraux dans la spéciation, tout en l'interprétant grâce aux histoires géologique et paléoclimatique. Le modèle de diversification chez les Angraecinae semble avoir été celui communément rencontré dans les forêts tropicales humides, c’est-à-dire une diversification par accumulation graduelle d’espèces à travers le temps et non pas une radiation adaptative rapide, comme souvent observée chez des lignées animales malgaches. Plusieurs caractères morphologiques jouent un rôle important dans la diversification des espèces d'Angraecum. Le début de la diversification d'Angraecum à Madagascar coïncide avec le mouvement progressif de l’île vers le nord, l’établissement de la mousson dans la partie nord de l’île durant le Miocène, et l’expansion de la forêt tropicale malgache pendant cette période. Notre étude de l’histoire biogéographique des Angraecinae suggère une origine malgache de la sous-tribu et du genre Angraecum. On observe de la dispersion à longue distance à partir de Madagascar vers le reste du monde dans le genre Angraecum. La forêt tropicale humide du Nord Est de Madagascar est le point de départ de la diversification des espèces d'Angraecum. Le premier événement de dispersion a débuté à l’intérieur de l’île vers la fin du Miocène. Cet évènement est marqué par une migration du Nord Est vers le centre de Madagascar. Par ailleurs, la majorité des événements de dispersion à longue distance se sont produits durant le Pliocène-Pléistocène à partir soit du centre, soit du Nord Est de l'île. On assiste à des migrations indépendantes vers l’Afrique de l’est et les Comores d’une part, et vers les Mascareignes d’autre part. Un seul événement fondateur ayant conduit à l’apparition de la section Hadrangis est observé dans les Mascareignes. La saison cyclonique joue un rôle significatif dans la dispersion à longue distance des graines d’orchidées, comparée aux vents dominants qui soufflent dans la région ouest de l’Océan Indien, notamment l’alizé et la mousson. La similarité des niches écologiques a facilité l’expansion des espèces d'Angraecum dans les Comores et les Mascareignes.