Individual and social determinants of multiple chronic disease behavioural risk factors in Canadian children and adolescents

Contexte: Les facteurs de risque comportementaux, notamment l’inactivité physique, le comportement sédentaire, le tabagisme, la consommation d’alcool et le surpoids sont les principales causes modifiables de maladies chroniques telles que le cancer, les maladies cardiovasculaires et le diabète. Ces facteurs de risque se manifestent également de façon concomitante chez l’individu et entraînent des risques accrus de morbidité et de mortalité. Bien que les facteurs de risque comportementaux aient été largement étudiés, la distribution, les patrons d’agrégation et les déterminants de multiples facteurs de risque comportementaux sont peu connus, surtout chez les enfants et les adolescents. Objectifs: Cette thèse vise 1) à décrire la prévalence et les patrons d’agrégation de multiples facteurs de risque comportementaux des maladies chroniques chez les enfants et adolescents canadiens; 2) à explorer les corrélats individuels, sociaux et scolaires de multiples facteurs de risque comportementaux chez les enfants et adolescents canadiens; et 3) à évaluer, selon le modèle conceptuel de l’étude, l’influence longitudinale d’un ensemble de variables distales (c’est-à-dire des variables situées à une distance intermédiaire des comportements à risque) de type individuel (estime de soi, sentiment de réussite), social (relations sociales, comportements des parents/pairs) et scolaire (engagement collectif à la réussite, compréhension des règles), ainsi que de variables ultimes (c’est-à-dire des variables situées à une distance éloignée des comportements à risque) de type individuel (traits de personnalité, caractéristiques démographiques), social (caractéristiques socio-économiques des parents) et scolaire (type d’école, environnement favorable, climat disciplinaire) sur le taux d’occurrence de multiples facteurs de risque comportementaux chez les enfants et adolescents canadiens. Méthodes: Des données transversales (n = 4724) à partir du cycle 4 (2000-2001) de l’Enquête longitudinale nationale sur les enfants et les jeunes (ELNEJ) ont été utilisées pour décrire la prévalence et les patrons d’agrégation de multiples facteurs de risque comportementaux chez les jeunes canadiens âgés de 10-17 ans. L’agrégation des facteurs de risque a été examinée en utilisant une méthode du ratio de cas observés sur les cas attendus. La régression logistique ordinale a été utilisée pour explorer les corrélats de multiples facteurs de risque comportementaux dans un échantillon transversal (n = 1747) de jeunes canadiens âgés de 10-15 ans du cycle 4 (2000-2001) de l’ELNEJ. Des données prospectives (n = 1135) à partir des cycle 4 (2000-2001), cycle 5 (2002-2003) et cycle 6 (2004-2005) de l’ELNEJ ont été utilisées pour évaluer l’influence longitudinale des variables distales et ultimes (tel que décrit ci-haut dans les objectifs) sur le taux d’occurrence de multiples facteurs de risque comportementaux chez les jeunes canadiens âgés de 10-15 ans; cette analyse a été effectuée à l’aide des modèles de Poisson longitudinaux. Résultats: Soixante-cinq pour cent des jeunes canadiens ont rapporté avoir deux ou plus de facteurs de risque comportementaux, comparativement à seulement 10% des jeunes avec aucun facteur de risque. Les facteurs de risque comportementaux se sont agrégés en de multiples combinaisons. Plus précisément, l’occurrence simultanée des cinq facteurs de risque était 120% plus élevée chez les garçons (ratio observé/attendu (O/E) = 2.20, intervalle de confiance (IC) 95%: 1.31-3.09) et 94% plus élevée chez les filles (ratio O/E = 1.94, IC 95%: 1.24-2.64) qu’attendu. L’âge (rapport de cotes (RC) = 1.95, IC 95%: 1.21-3.13), ayant un parent fumeur (RC = 1.49, IC 95%: 1.09-2.03), ayant rapporté que la majorité/tous de ses pairs consommaient du tabac (RC = 7.31, IC 95%: 4.00-13.35) ou buvaient de l’alcool (RC = 3.77, IC 95%: 2.18-6.53), et vivant dans une famille monoparentale (RC = 1.94, IC 95%: 1.31-2.88) ont été positivement associés aux multiples comportements à risque. Les jeunes ayant une forte estime de soi (RC = 0.92, IC 95%: 0.85-0.99) ainsi que les jeunes dont un des parents avait un niveau d’éducation postsecondaire (RC = 0.58, IC 95%: 0.41-0.82) étaient moins susceptibles d’avoir de multiples facteurs de risque comportementaux. Enfin, les variables de type social distal (tabagisme des parents et des pairs, consommation d’alcool par les pairs) (Log du rapport de vraisemblance (LLR) = 187.86, degrés de liberté = 8, P < 0,001) et individuel distal (estime de soi) (LLR = 76.94, degrés de liberté = 4, P < 0,001) ont significativement influencé le taux d’occurrence de multiples facteurs de risque comportementaux. Les variables de type individuel ultime (âge, sexe, anxiété) et social ultime (niveau d’éducation du parent, revenu du ménage, structure de la famille) ont eu une influence moins prononcée sur le taux de cooccurrence des facteurs de risque comportementaux chez les jeunes. Conclusion: Les résultats suggèrent que les interventions de santé publique devraient principalement cibler les déterminants de type individuel distal (tel que l’estime de soi) ainsi que social distal (tels que le tabagisme des parents et des pairs et la consommation d’alcool par les pairs) pour prévenir et/ou réduire l’occurrence de multiples facteurs de risque comportementaux chez les enfants et les adolescents. Cependant, puisque les variables de type distal (telles que les caractéristiques psychosociales des jeunes et comportements des parents/pairs) peuvent être influencées par des variables de type ultime (telles que les caractéristiques démographiques et socioéconomiques), les programmes et politiques de prévention devraient également viser à améliorer les conditions socioéconomiques des jeunes, particulièrement celles des enfants et des adolescents des familles les plus démunies.

Mass spectrometry as a tool to dissect the role of chromatin assembly factors in regulating nucleosome assembly

L'assemblage des nucléosomes est étroitement couplée à la synthèse des histones ainsi qu’à la réplication et la réparation de l’ADN durant la phase S. Ce processus implique un mécanisme de contrôle qui contribue soigneusement et de manière régulée à l’assemblage de l’ADN en chromatine. L'assemblage des nucléosomes durant la synthèse de l’ADN est crucial et contribue ainsi au maintien de la stabilité génomique. Cette thèse décrit la caractérisation par spectrométrie de masse(SM) des protéines jouant un rôle critique dans l’assemblage et le maintien de la structure chromatinienne. Plus précisément, la phosphorylation de deux facteurs d’assemblage des nucléosome, le facteur CAF-1, une chaperone d’histone qui participe à l'assemblage de la chromatine spécifiquement couplée à la réplication de l'ADN, ainsi que le complexe protéique Hir, jouant de plus un rôle important dans la régulation transcriptionelle des gènes d’histones lors de la progression normale du cycle cellulaire et en réponse aux dommages de l'ADN, a été examiné. La caractérisation des sites de phosphorylation par SM nécéssite la séparation des protéines par éléctrophorèse suivi d’une coloration a l’argent. Dans le chapitre 2, nous demontrons que la coloration à l’argent induit un artéfact de sulfatation. Plus précisément, cet artéfact est causé par un réactif spécifiquement utilisé lors de la coloration. La sulfatation présente de fortes similitudes avec la phosphorylation. Ainsi, l’incrément de masse observé sur les peptides sulfatés et phosphorylés (+80 Da) nécéssite des instruments offrant une haute résolution et haute précision de masse pour différencier ces deux modifications. Dans les chapitres 3 et 4, nous avons d’abord démontré par SM que Cac1, la plus grande sous-unité du facteur CAF-1, est cible de plusieurs sites de phosphorylation. Fait intéréssant, certains de ces sites contiennent des séquences consensus pour les kinases Cdc7-Dbf4 et CDKs. Ainsi, ces résultats fournissent les premières évidences que CAF-1 est potentiellement régulé par ces deux kinases in vivo. La fonction de tous les sites de phosphorylation identifiés a ensuite été évaluée. Nous avons démontré que la phosphorylation de la Ser-503, un site consensus de la DDK, est essentielle à la répréssion transcriptionelle des gènes au niveau des télomères. Cependant, cette phosphorylation ne semble pas être nécéssaire pour d’autres fonctions connues de CAF-1, indiquant que le blocage de la phsophorylation de Cac1 Ser-503 affecte spécifiquement la fonction de CAF-1 aux structures hétérochromatiques des télomères. Ensuite, nous avons identifiés une intéraction physique entre CAF-1 et Cdc7-Dbf4. Des études in vitro ont également demontré que cette kinase phosphoryle spécifiquement Cac1 Ser-503, suggérant un rôle potential pour la kinase Cdc7-Dbf4 dans l’assemblage et la stabilité de la structure hétérochromatique aux télomères. Finalement, les analyses par SM nous ont également permi de montrer que la sous-unité Hpc2 du complexe Hir est phosphorylée sur plusieurs sites consensus des CDKs et de Cdc7-Dbf4. De plus, la quantification par SM d’un site spécifique de phosphorylation de Hpc2, la Ser-330, s’est révélée être fortement induite suite à l’activation du point de contrôle de réplication (le “checkpoint”) suite au dommage a l’ADN. Nous montrons que la Ser-330 de Hpc2 est phopshorylée par les kinases de point de contrôle de manière Mec1/Tel1- et Rad53-dépendante. Nos données préliminaires suggèrent ainsi que la capacité du complex Hir de réguler la répréssion transcriptionelle des gènes d'histones lors de la progression du cycle cellulaire normal et en réponse au dommage de l'ADN est médiée par la phosphorylation de Hpc2 par ces deux kinases. Enfin, ces deux études mettent en évidence l'importance de la spectrométrie de masse dans la caractérisation des sites de phosphorylation des protéines, nous permettant ainsi de comprendre plus précisement les mécanismes de régulation de l'assemblage de la chromatine et de la synthèse des histones.

Kindergarten classroom engagement skills : the road to academic success in elementary school

Les caractéristiques de l’enfant à la maternelle prédisent le succès des transitions à travers les premières années scolaires ainsi que la poursuite académique à l’âge de 22 ans. Les habiletés en mathématiques et langagières à la maternelle sont étroitement liées au rendement scolaire. Cependant, il est également important de tenir compte du rôle de l’autocontrôle et de la maîtrise de soi dans la réussite académique. Spécifiquement, la capacité de suivre des instructions et travailler de manière autonome pourrait faciliter l’adaptation des enfants en milieu scolaire. La présente thèse examine la valeur potentielle de cibler l’engagement scolaire à la maternelle, sous forme d’orientation vers la tâche, pour améliorer l’ajustement académique des enfants au cours du primaire. Une première étude, a examiné si l’engagement scolaire à la maternelle est associé à un meilleur niveau de réussite scolaire et d’ajustement psychosocial à la quatrième année du primaire. Les résultats suggèrent que les habitudes de travail dès l’entrée à l’école représentent des prédicteurs robustes du rendement académique quatre ans plus tard. Un plus haut niveau d’engagement prédit également moins de comportements externalisés et de victimisation par les pairs en quatrième année. Ces résultats sont demeurés significatifs suite au contrôle statistique des habilités en mathématique, langagières et socio-émotionnelles des enfants ainsi que de facteurs de risques familiaux. Une deuxième étude a examiné l’origine de l’engagement scolaire au primaire. Cette étude a permis d’observer que le niveau de contrôle cognitif des enfants d’âge préscolaire représente un prédicteur significatif de l’engagement scolaire à la maternelle. Ces résultats suggèrent l’existence d’une continuité développementale du contrôle cognitif de la petite enfance à la maternelle, et que celle-ci pourrait servir de base pour le développement de bonnes habitudes de travail au primaire. Finalement dans une troisième étude, des analyses centrées sur la personne ont été effectués. Trois sous-groupes d’enfants ont été identifiés dans notre échantillon. Les résultats obtenus indiquent des trajectoires d’engagement bas, moyen et élevé respectivement, au primaire. Le faible contrôle cognitif et les facteurs de risques familiaux ont prédit l’appartenance à la trajectoire d’engagement faible. Dans l’ensemble, les résultats de ces trois études soulignent l’importance de tenir compte de l’engagement dans les évaluations de la maturité scolaire à la maternelle. Cette recherche pourrait également informer le développement de programmes d’interventions préscolaires visant à augmenter la préparation scolaire ainsi que la réduction des écarts au niveau de la réussite académique des enfants.

Factors that impact the sustainability of wait time management strategies for total joint replacement surgeries in canadian provinces

Pour répondre aux exigences du gouvernement fédéral quant aux temps d’attente pour les chirurgies de remplacement du genou et de la hanche, les établissements canadiens ont adopté des stratégies de gestion des listes d’attentes avec des niveaux de succès variables. Notre question de recherche visait à comprendre Quels facteurs ont permis de maintenir dans le temps un temps d’attente répondant aux exigences du gouvernement fédéral pendant au moins 6-12 mois? Nous avons développé un modèle possédant quatre facteurs, inspiré du modèle de Parsons (1977), afin d’analyser les facteurs comprenant la gouvernance, la culture, les ressources, et les outils. Trois études de cas ont été menées. En somme, le 1er cas a été capable d’obtenir les exigences pendant six mois mais incapable de les maintenir, le 2e cas a été capable de maintenir les exigences > 18 mois et le 3e cas a été incapable d’atteindre les objectifs. Des documents furent recueillis et des entrevues furent réalisées auprès des personnes impliquées dans la stratégie. Les résultats indiquent que l’hôpital qui a été en mesure de maintenir le temps d’attente possède certaines caractéristiques: réalisation exclusive de chirurgie de remplacement de la hanche et du genou, présence d’un personnel motivé, non distrait par d’autres préoccupations et un esprit d’équipe fort. Les deux autres cas ont eu à faire face à une culture médicale moins homogène et moins axés sur l’atteinte des cibles; des ressources dispersées et une politique intra-établissement imprécise. Le modèle d’hôpital factory est intéressant dans le cadre d’une chirurgie surspécialisée. Toutefois, les patients sont sélectionnés pour des chirurgies simples et dont le risque de complication est faible. Il ne peut donc pas être retenu comme le modèle durable par excellence.

Étude de faisabilité du modèle de fournisseur de services de dépôt électronique

"Le présent rapport a pour objet de fournir un commentaire détaillé sur la faisabilité globale d'un portail unique de dépôt électronique hébergé par le secteur privé (modèle transactionnel central de dépôt électronique) fondé sur la norme LegalXML. Le résultat attendu principal est une opinion concernant la faisabilité du modèle à guichet unique (portail électronique). D'autres résultats attendus comprennent : une connaissance accrue chez les intéressés du modèle de fournisseur de services et une évaluation préliminaire de l'appui que le modèle reçoit. Nous avons utilisé deux véhicules d'analyse principaux pour réaliser les objectifs de l'étude susmentionnés : des analyses documentaires et des entretiens auprès d'intéressés. Les analyses visent explicitement à : examiner des approches différentes au dépôt électronique, notamment un système de dépôt électronique comme extension de chaque instance, et l'hébergement par le secteur privé par opposition au secteur public d'un guichet unique; recenser les questions et les facteurs de risque critiques se rapportant à la mise en place de services de dépôt électronique dans les cours, notamment la protection des renseignements personnels, la propriété intellectuelle et la sécurité, et en discuter; opposer chacun de ces points au modèle de FSA; faire des recommandations sur la stratégie permettant de régler les questions et les facteurs de risque critiques. L'étude a révélé que : de nombreux intéressés appuient le dépôt électronique; de nombreux intéressés (p. ex. les avocats) ne font aucune distinction entre les formes différentes de dépôt électronique, tandis que d'autres s'en soucient beaucoup (p. ex. administrateurs de certaines cours); un modèle de fournisseur de services de dépôt électronique (FSDE) à guichet unique offre quelques avantages importants par rapport à une approche de dépôt électronique individuelle, surtout pour ce qui concerne les coûts et la plate-forme de l'avenir; un modèle de FSDE du secteur privé offre des avantages considérables par rapport à un modèle de FSDE du secteur privé, surtout en matière de succès et de coût de la mise en œuvre."

Caractérisation du rôle et des mécanismes d’action des gènes Hoxa dans l’hématopoïèse adulte

Chez les humains, un large pourcentage de leucémies myéloïdes et lymphoïdes exprime des gènes Homéobox (Hox) de façon aberrante, principalement ceux du groupe des gènes Hoxa. Cette dérégulation de l’expression des gènes Hox peut provenir directement des translocations impliquant des gènes Hox ou indirectement par d’autres protéines ayant un potentiel oncogénique. De plus, plusieurs études indiquent que les gènes Hox jouent un rôle essentiel dans l'initiation de diverses leucémies. Comprendre le fonctionnement des gènes Hox dans l'hématopoïèse normale est donc une condition préalable pour élucider leurs fonctions dans les leucémies, ce qui pourrait éventuellement conduire à l’élaboration de nouveaux traitements contre cette maladie. Plusieurs études ont tenté d’élucider les rôles exacts des gènes Hox dans l'hématopoïèse via l’utilisation de souris mutantes pour un seul gène Hox. Or, en raison du phénomène de redondance fonctionnelle chez cette famille de gènes, ces études ont été peu concluantes. Il a été précédemment démontré que dans une population de cellules enrichies en cellules souches hématopoïétiques (CSH), les gènes du cluster Hoxa sont plus exprimés que les gènes Hox des autres clusters. Aussi, il a été établi que les gènes du cluster Hoxb sont non essentiels à l’hématopoïèse définitive puisque les CSH mutantes pour les gènes Hoxb1-9 conservent leur potentiel de reconstitution à long terme. En nous basant sur ces données, nous avons émis l'hypothèse suivante : les gènes Hoxa sont essentiels pour l'hématopoïèse normale adulte. Pour tester notre hypothèse, nous avons choisi d’utiliser un modèle de souris comportant une délétion pour l’ensemble des gènes Hoxa. Dans le cadre de cette recherche, nous avons démontré que les CSH, les progéniteurs primitifs et les progéniteurs des cellules B sont particulièrement sensibles au niveau d'expression des gènes Hoxa. Plus particulièrement, une baisse de la survie et une différenciation prématurée semblent être à l’origine de la perte des CSH Hoxa-/- dans la moelle osseuse. L’analyse du profil transcriptionnel des CSH par séquençage de l'ARN a révélé que les gènes Hoxa sont capables de réguler un vaste réseau de gènes impliqués dans divers processus biologiques. En effet, les gènes Hoxa régulent l’expression de plusieurs gènes codant pour des récepteurs de cytokine. De plus, les gènes Hoxa influencent l’expression de gènes jouant une fonction dans l’architecture de la niche hématopoïétique. L’expression de plusieurs molécules d’adhésion est aussi modulée par les gènes Hoxa, ce qui peut affecter la relation des CSH avec la niche hématopoïétique. L’ensemble de ces résultats démontre que les gènes Hoxa sont d'importants régulateurs de l'hématopoïèse adulte puisqu’ils sont nécessaires au maintien des CSH et des progéniteurs grâce à leurs effets sur plusieurs processus biologiques comme l'apoptose, le cycle cellulaire et les interactions avec la niche.

A longitudinal study of overweight during childhood : etiology, mental health outcomes and mediating factors

Au cours des 30 dernières années, l’embonpoint et l’obésité infantile sont devenus de véritables défis pour la santé publique. Bien que l’obésité soit, à la base, un problème physiologique (i.e. balance calorique positive) une série de facteurs psychosociaux sont reliés à son développement. Dans cette thèse, nous avons étudié le rôle des facteurs périnataux et de la petite enfance dans le développement du surpoids, ainsi que la relation entre le surpoids et les troubles internalisés au cours de l’enfance et au début de l’adolescence. Nous avions trois objectifs généraux: 1) Modéliser le développement de l’indice de masse corporelle (IMC) ou du statut pondéral (le fait d’être en surpoids ou non) durant l’enfance, ainsi qu’estimer l’hétérogénéité dans la population au cours du temps (i.e. identification de trajectoires développementales de l’IMC). 2) Identifier les facteurs périnataux et de la petite enfance pouvant accroitre le risque qu’un enfant suive une trajectoire menant au surpoids adolescente. 3) Tester la possibilité que le surpoids durant l’enfance soit associé avec des problèmes de santé mentale internalisés à l’adolescence, et vérifier la possibilité qu’une telle association soit médiatisée par l’expérience de victimisation par les pairs et l’insatisfaction corporelle. Ce travail est mené dans une perspective de développement au cours de la vie (life span perspective), considérant l’accumulation des facteurs de risques au cours du temps ainsi que les facteurs qui se manifestent durant certaines périodes critiques de développement.1,2 Nous avons utilisé les données provenant de l’Étude Longitudinale du Développement des Enfants du Québec (ELDEQ), une cohorte de naissances de la province de Québec, Canada. L’échantillon initial était composé de 2120 familles avec un bébé de 5 mois nés au Québec en 1997. Ces familles ont été suivies annuellement ou à tous les deux ans jusqu’à ce que les enfants atteignent l’âge de 13 ans. En ce qui concerne le premier objectif de recherche, nous avons utilisé la méthode des trajectoires développementales fondée sur des groupes pour modéliser l’IMC en continu et en catégories (surpoids vs poids normal). Pour notre deuxième objectif, nous avons effectué des modèles de régression multinomiale afin d’identifier les facteurs périnataux et de la petite enfance associés aux différents groupes développementaux du statut pondéral. Les facteurs de risques putatifs ont été choisis parmi les facteurs identifiés dans la littérature et représentent l’environnement périnatal, les caractéristiques de l’enfant, ainsi que l’environnement familial. Ces facteurs ont été analysés longitudinalement dans la mesure du possible, et les facteurs pouvant servir de levier potentiel d’intervention, tels que l’usage de tabac chez la mère durant la grossesse, le sommeil de l’enfant ou le temps d’écoute de télévision, ont été sélectionnés pour l’analyse. Pour notre troisième objectif, nous avons examiné les associations longitudinales (de 6 à 12 ans) entre les scores-z d’IMC (selon la référence CDC 2000) et les problèmes internalisés avec les modèles d’équations structurales de type « cross-lagged ». Nous avons ensuite examiné comment la victimisation par les pairs et l’insatisfaction corporelle durant l’enfance peuvent médiatiser un lien potentiel entre le surpoids et les troubles internalisés au début de l’adolescence. Les contributions scientifiques de la présente thèse incluent l’identification de trajectoires distinctes du statut pondérale durant l’enfance (précoce, tardive, jamais en surpoids), ainsi que les facteurs de risques précoces et les profils de santé mentale pouvant différer selon la trajectoire d’un enfant. De plus, nous avons identifié des mécanismes importants qui expliquent une partie de l’association entre les trajectoires de surpoids et les troubles internalisés: la victimisation par les pairs et l’insatisfaction corporelle.

New insights into small molecules inhibitors and protein-protein interactions of VirB8 : a critical conserved component of the type IV secretion system.

Les systèmes bactériens de sécrétion de type IV (T4SS) sont constitués d’un ensemble de 8 à 12 protéines conservées. Ces dernières sont utilisées lors de la translocation de protéines, la translocation de complexes ADN-protéines mais aussi pour le transport de ces derniers au travers de la membrane cellulaire. Les T4SS, en tant que facteurs de virulence pour beaucoup de pathogènes comme Brucella suis, sont donc d’excellents modèles cibles pour le développement de médicaments d’antivirulence. Ces médicaments, en privant le pathogène de son facteur essentiel de virulence : le T4SS, constituent une alternative ou encore une amélioration des traitements antibiotiques utilisés actuellement. VirB8, un facteur d’assemblage conservé dans le T4SS, forme des dimères qui sont importants pour la fonction des T4SS dans ces pathogènes. De par ses interactions multiples, VirB8 est un excellent modèle pour l’analyse des facteurs d’assemblage mais aussi en tant que cible de médicaments qui empêcheraient son interaction avec d’autres protéines et qui, in fine, désarmeraient les bactéries en les privant de leur fonctions essentielles de virulence. À ce jour, nous savons qu’il existe un équilibre monomère-dimère et un processus d’homodimerization de VirB8 dont l’importance est vitale pour la fonctionnement biologique des T4SSs. En se basant sur des essais quantitatifs d’interaction, nous avons identifié (i) des sites potentiels d’interaction avec d’autres protéines VirB du T4SS mais aussi (ii) isolé des petites molécules inhibitrices afin de tester la fonction protéique de VirB8. Afin de déterminer les acides aminés importants pour l’hétérodimérization de VirB8 avec VirB10, nous avons effectué des expériences de mutagenèse aléatoire, de phage display et d’arrimage moléculaire in silico. Ces expériences ont démontré l’importance de trois acides aminés localisés sur le feuillet β : R160, S162, T164 et I165. Ces derniers seraient importants pour l’association de VirB8 avec VirB10 étant donné que leur mutagenèse entraine une diminution de la formation du complexe VirB8-VirB10. L’objectif actuel de notre projet de recherche est de pouvoir mieux comprendre mais aussi d’évaluer le rôle de VirB8 dans l’assemblage du T4SS. Grace à un méthode de criblage adaptée à partir de la structure de VirB8, nous avons pu identifié une petite molécule inhibitrice BAR-068, qui aurait un rôle prometteur dans l’inhibition du T4SS. Nous avons utilisé la spectroscopie par fluorescence, l’essai à deux hybrides, le cross-linking et la cristallographie afin de déterminer le mécanisme d'interaction existant entre VirB8 et BAR-068. Ces travaux pourraient permettre de nombreuses avancées, notamment en termes de compréhension des mécanismes d’inhibition du T4SS. Notre objectif ultime est de pouvoir caractériser la séquence d’évènements essentiels à l’assemblage et au fonctionnement du T4SS. De manière globale, notre projet de recherche permettrait de révéler les grands principes d’assemblage des protéines membranaires, les processus de sécrétion de protéines chez les bactéries mais aussi de proposer une nouvelle stratégie lors du développement de drogues antimicrobiennes.

Farm Programmes of Electronic Media: A Comparative Study of Audience Perception in Kerala

Farm communication and extension programs are vital part of the farm development attempts. Electronic media plays a major role in farm extension activities. Kerala, the consumer state, which was a complete agricultural state in pre-independence period, is the sprouting land of agricultural extension and publication activities in print media. Later AIR (All India Radio) farm programs and farm broadcasting of Doordarshan enriched the role of electronic media in farm extension activities. The media saturated southern state of India received this new electronic media farm communication revolution whole heartedly. However, after 1990, Kerala witnessed a flood of private T V channels and currently there are 24 channels in this regional language, named Malayalam. All major news and entertainment channels are broadcasting farm programs. Farm programs of AIR and Doordarshan, broadcasted in Malayalam language, have been well accepted to the farmers‘ in Kerala. However, post-independence period, witnessed the formation of Kerala state in Indian Union and the first ballot-elected communist Government started its administration. After the land reform bills, the state witnessed a gradual decrease in agricultural production. Even if it is not reflected much in the attitude and practices of farm community and farm broadcast of traditional electronic broadcasting, a change is observable after the post-liberalization era of India. Private Television channels, which were focused on entertainment value of programs, started broadcasting farm programs and the parameters of program production went through certain changes. In this situation, there is ample relevance for a study about the farm programs of electronic media in terms of a comparative study of audience perception. The study is limited in the state of Kerala as it is the most media saturated state in India. The study analyzes the rate, nature and scope of adoption of farming methods transmitted through electronic media (T.V. and Radio) in Malayalam language.All kinds of Farm programs including comprehensive program serials, success stories, seasonal cropping methods, experts opinion, been analyzed on the basis of the following objectives.  To find whether propagating new farm methods through farm programs in electronic media or the availability of adequate infrastructure and economic factors make a farmer to adopt a new farming method.  To find which electronic media has more influence on farmers to adopt agricultural programs.  To find which form of electronic media gets better feedback from farmers  To find out whether the programs of T.V. or Radio is more acceptable to farmers than the print media.  To find whether farmers gets the message through their preferred medium for the message. The researcher recorded opinions from a panel of agricultural officers, farm Information officers, agro extension researchers and experts. According to their opinions and guidelines, a pilot study is designed and conducted in Kanjikuzhy Panchayath, in Alappuzha district, Kerala. The Panchayath is selected by considering its ideal nature of being the sample for a social Science research. Besides, the nature of farming in the Panchayath, which devoid of the cultivation of cash crops also supported its sample value. As per the observations from the pilot study, researcher confirmed the Triangulation method as the methodology of research. The questionnaire survey, being the primary part contained 42 Questions with 6 independent and 32 dependent variables. The survey is conducted among 400 respondents in Idukki, Alappuzha and Pathanamthitta districts considering geographical differences and distribution of different types of crops. The response from a total of 360 respondents, 120 from each district, finally selected for tabulation and data analysis.The data analysis, based on percentage analysis, along with the results from focus group discussion among a selected group of 20 farmers, together produced the results as follows. Farmers, who are the audience of farm programs, have a very serious approach towards the medium. They are maintaining a critical point of view towards the content of the programs. Farmers are reasonably aware about the financial side of the programs and the monitory aspirations of both private and Government owned Television channels. Even though, the farmers are not aware on the technical terminology and jargons, they have ideas about success stories, program serials and they are even informed about channels are not maintaining an audience research section like AIR. Though the farmers accept Doordarshan as the credential source of farm information and methods, they are inclined to the entertainment value of programs too. They prefer to have more entertainment value for the programs of Doordarshan. Surprisingly, they have very solid suggestions on even about the shots which add entertainment value to the farm broadcasting methods of Doordarshan. Farmers are very much aware about the fact that media is just an instrument for inspiration and persuasion. They strongly believe that the source of information and new methods is agricultural research and an effective change happens only when there are adequate infrastructure and marketing facilities, along with the proper support from Government agricultural guideline and support systems like Krishi Bhavans. They strongly believe that media alone cannot create any magic in increasing agricultural production. Farmers are pointing out the lack of response to the feedback and queries of farmers on farming methods, as an evidence for the difference in levels of commitment of Government and private owned Television channels.Farmers are still perceiving AIR farm programs are far more committed to farmers and farming than any other electronic medium. However, they are seriously lacking Radio receivers with medium wave reception facility. Farmers perceive that the farming methods on new crops are more adoptable than the farming methods of traditional crops in both private and Government owned Television channels. There are multiple factors behind this observation from farmers. Farmers changed in terms of viewing habits and they prefer success stories, which are totally irrelevant and they even think that such stories encourage people to go for farming and they opined that such stories are good sources of inspiration. However, they are all very much sure about the importance and particular about the presence of entertainment factor even in farm programs. Farmers expect direct interaction of any expert of the new farming method to implement the method in their agriculture practices. Though introduction of a new idea in the T.V. is acceptable, farmers need the direct instruction of expert on field to start implementing the new farming practices Farmers still have an affinity towards print media reports and agricultural pages and they have complaints to print media on the removal of agricultural information pages from news papers. They prefer the reports in print media as it facilitates them to collect and refer articles when they need it. Farmers are having an eye of doubt about the credibility of farm programs by private T.V. channels. Even if they prefer private Television channels for listening and adopting new farming methods and other farm information, they scrutinize programs to know whether they are sponsored programs by agrochemical or agro-fertilizer manufacturer.

A critical study of major construction projects in kerala vis-a-vis effectiveness in project implementation

Chapter 1 presents a brief note on the state at which the construction industry stands at present, bringing into focus the significance of the critical study. Relevance of the study, area of investigation and objectives of the study are outlined in this chapter. The 2nd chapter presents a review of the literature on the relevant areas. In the third chapter an analysis on time and cost overrun in construction highlighting the major factors responsible for it has been done. A couple of case studies to estimate loss to the nation on account of delay in construction have been presented in the chapter. The need for an appropriate estimate and a competent contractor has been emphasised for improving effectiveness in the project implementation. Certain useful equations and thoughts have been formulated on this area in this chapter that can be followed in State PWD and other Govt. organisations. Case studies on project implementation of major projects undertaken by Government sponsored/supported organizations in Kerala have been dealt with in Chapter 4. A detailed description of the project of Kerala Legislature Complex with a critical analysis has been given in this chapter. A detailed account of the investigations carried out on the construction of International Stadium, a sports project of Greater Cochin Development Authority is included here. The project details of Cochin International Airport at Nedumbassery, its promoters and contractors are also discussed in Chapter 4. Various aspects of implementation which led the above projects successful have been discussed in chapter 5. The data collected were analysed through discussion and perceptions to arrive at certain conclusions. The emergence of front-loaded contract and its impact on economics of the project execution are dealt with in this chapter. Analysis of delays in respect of the various project narrated in chapter 3 has been done here. The root causes of the project time and overrun and its remedial measures are also enlisted in this chapter. Study of cost and time overrun of any construction project IS a part of construction management. Under the present environment of heavy investment on construction activities in India, the consequences of mismanagement many a time lead to excessive expenditure which are not be avoidable. Cost consciousness, therefore has to be keener than ever before. Optimization in investment can be achieved by improved dynamism in construction management. The successful completion of coristruction projects within the specified programme, optimizing three major attributes of the process - quality, schedule and costs - has become the most valuable and challenging task for the engineer - managers to perform. So, the various aspects of construction management such as cost control, schedule control, quality assurance, management techniques etc. have also been discussed in this fifth chapter. Chapter 6 summarises the conclusions drawn from the above criticalr1 of rhajor construction projects in Kerala.

Differential induction, isolation, physicochemical and molecular characterization of temperate phages of environmental Vibrio cholerae as evidence of phage mediated Horizontal Gene Transfer

The resurgence of the enteric pathogen Vibrio cholerae, the causative organism of epidemic cholera, remains a major health problem in many developing countries like India. The southern Indian state of Kerala is endemic to cholera. The outbreaks of cholera follow a seasonal pattern in regions of endemicity. Marine aquaculture settings and mangrove environments of Kerala serve as reservoirs for V. cholerae. The non-O1/non-O139 environmental isolates of V. cholerae with incomplete ‘virulence casette’ are to be dealt with caution as they constitute a major reservoir of diverse virulence genes in the marine environment and play a crucial role in pathogenicity and horizontal gene transfer. The genes coding cholera toxin are borne on, and can be infectiously transmitted by CTXΦ, a filamentous lysogenic vibriophages. Temperate phages can provide crucial virulence and fitness factors affecting cell metabolism, bacterial adhesion, colonization, immunity, antibiotic resistance and serum resistance. The present study was an attempt to screen the marine environments like aquafarms and mangroves of coastal areas of Alappuzha and Cochin, Kerala for the presence of lysogenic V. cholerae, to study their pathogenicity and also gene transfer potential. Phenotypic and molecular methods were used for identification of isolates as V. cholerae. The thirty one isolates which were Gram negative, oxidase positive, fermentative, with or without gas production on MOF media and which showed yellow coloured colonies on TCBS (Thiosulfate Citrate Bile salt Sucrose) agar were segregated as vibrios. Twenty two environmental V. cholerae strains of both O1 and non- O1/non-O139 serogroups on induction with mitomycin C showed the presence of lysogenic phages. They produced characteristic turbid plaques in double agar overlay assay using the indicator strain V. cholerae El Tor MAK 757. PCR based molecular typing with primers targeting specific conserved sequences in the bacterial genome, demonstrated genetic diversity among these lysogen containing non-O1 V. cholerae . Polymerase chain reaction was also employed as a rapid screening method to verify the presence of 9 virulence genes namely, ctxA, ctxB, ace, hlyA, toxR, zot,tcpA, ninT and nanH, using gene specific primers. The presence of tcpA gene in ALPVC3 was alarming, as it indicates the possibility of an epidemic by accepting the cholera. Differential induction studies used ΦALPVC3, ΦALPVC11, ΦALPVC12 and ΦEKM14, underlining the possibility of prophage induction in natural ecosystems, due to abiotic factors like antibiotics, pollutants, temperature and UV. The efficiency of induction of prophages varied considerably in response to the different induction agents. The growth curve of lysogenic V. cholerae used in the study drastically varied in the presence of strong prophage inducers like antibiotics and UV. Bacterial cell lysis was directly proportional to increase in phage number due to induction. Morphological characterization of vibriophages by Transmission Electron Microscopy revealed hexagonal heads for all the four phages. Vibriophage ΦALPVC3 exhibited isometric and contractile tails characteristic of family Myoviridae, while phages ΦALPVC11 and ΦALPVC12 demonstrated the typical hexagonal head and non-contractile tail of family Siphoviridae. ΦEKM14, the podophage was distinguished by short non-contractile tail and icosahedral head. This work demonstrated that environmental parameters can influence the viability and cell adsorption rates of V. cholerae phages. Adsorption studies showed 100% adsorption of ΦALPVC3 ΦALPVC11, ΦALPVC12 and ΦEKM14 after 25, 30, 40 and 35 minutes respectively. Exposure to high temperatures ranging from 50ºC to 100ºC drastically reduced phage viability. The optimum concentration of NaCl required for survival of vibriophages except ΦEKM14 was 0.5 M and that for ΦEKM14 was 1M NaCl. Survival of phage particles was maximum at pH 7-8. V. cholerae is assumed to have existed long before their human host and so the pathogenic clones may have evolved from aquatic forms which later colonized the human intestine by progressive acquisition of genes. This is supported by the fact that the vast majority of V. cholerae strains are still part of the natural aquatic environment. CTXΦ has played a critical role in the evolution of the pathogenicity of V. cholerae as it can transmit the ctxAB gene. The unusual transformation of V. cholerae strains associated with epidemics and the emergence of V. cholera O139 demonstrates the evolutionary success of the organism in attaining greater fitness. Genetic changes in pathogenic V. cholerae constitute a natural process for developing immunity within an endemically infected population. The alternative hosts and lysogenic environmental V. cholerae strains may potentially act as cofactors in promoting cholera phage ‘‘blooms’’ within aquatic environments, thereby influencing transmission of phage sensitive, pathogenic V. cholerae strains by aquatic vehicles. Differential induction of the phages is a clear indication of the impact of environmental pollution and global changes on phage induction. The development of molecular biology techniques offered an accessible gateway for investigating the molecular events leading to genetic diversity in the marine environment. Using nucleic acids as targets, the methods of fingerprinting like ERIC PCR and BOX PCR, revealed that the marine environment harbours potentially pathogenic group of bacteria with genetic diversity. The distribution of virulence associated genes in the environmental isolates of V. cholerae provides tangible material for further investigation. Nucleotide and protein sequence analysis alongwith protein structure prediction aids in better understanding of the variation inalleles of same gene in different ecological niche and its impact on the protein structure for attaining greater fitness of pathogens. The evidences of the co-evolution of virulence genes in toxigenic V. cholerae O1 from different lineages of environmental non-O1 strains is alarming. Transduction studies would indicate that the phenomenon of acquisition of these virulence genes by lateral gene transfer, although rare, is not quite uncommon amongst non-O1/non-O139 V. cholerae and it has a key role in diversification. All these considerations justify the need for an integrated approach towards the development of an effective surveillance system to monitor evolution of V. cholerae strains with epidemic potential. Results presented in this study, if considered together with the mechanism proposed as above, would strongly suggest that the bacteriophage also intervenes as a variable in shaping the cholera bacterium, which cannot be ignored and hinting at imminent future epidemics.

An Inquiry of Changes in Environmental Governance by Community-driven Process

Urban environmental depletion has been a critical problem among industrialized-transformed societies, especially at the local level where administrative authorities’ capacity lags behind changes. Derived from governance concept, the idea of civil society inclusion is highlighted. Focusing on an agglomerated case study, Bang Plee Community in Thailand, this research investigates on a non-state sector, 201-Community organization, as an agent for changes to improve urban environments on solid waste collection. Two roles are contested: as an agent for neighborhood internal change and as an intermediary toward governance changes in state-civil society interaction. By employing longitudinal analysis via a project intervention as research experiment, the outcomes of both roles are detected portrayed in three spheres: state, state-civil society interaction, and civil society sphere. It discovers in the research regarding agglomerated context that as an internal changes for environmental betterment, 201-Community organization operation brings on waste reduction at the minimal level. Community-based organization as an agent for changes – despite capacity input it still limited in efficiency and effectiveness – can mobilize fruitfully only at the individual and network level of civil society sectors, while fails managing at the organizational level. The positive outcomes result by economic waste incentive associated with a limited-bonded group rather than the rise of awareness at large. As an intermediary agent for shared governance, the community-based organization cannot bring on mutual dialogue with state as much as cannot change the state’s operation arena of solid waste management. The findings confine the shared governance concept that it does not applicable in agglomerated locality as an effective outcome, both in terms of being instrumental toward civil society inclusion and being provocative of internal change. Shared environmental governance as summarized in this research can last merely a community development action. It distances significantly from civil society inclusion and empowerment. However, the research proposes that community-based environmental management and shared governance toward civil society inclusion in urban environmental improvement are still an expectable option and reachable if their factors and conditions of key success and failure are intersected with a particular context. Further studies demand more precise on scale, scope, and theses factors of environmental management operation operated by civil society sectors.

Knowledge Building in Landscape Architecture

The objective of this study was to develop an internet-based seminar framework applicable for landscape architecture education. This process was accompanied by various aims. The basic expectation was to keep the main characteristics of landscape architecture education also in the online format. On top of that, four further objectives were anticipated: (1) training of competences for virtual team work, (2) fostering intercultural competence, (3) creation of equal opportunities for education through internet-based open access and (4) synergy effects and learning processes across institutional boundaries. This work started with the hypothesis that these four expected advantages would compensate for additional organisational efforts caused by the online delivery of the seminars and thus lead to a sustainable integration of this new learning mode into landscape architecture curricula. This rationale was followed by a presentation of four areas of knowledge to which the seminar development was directly related (1) landscape architecture as a subject and its pedagogy, (2) general learning theories, (3) developments in the ICT sector and (4) wider societal driving forces such as global citizenship and the increase of open educational resources. The research design took the shape of a pedagogical action research cycle. This approach was constructive: The author herself is teaching international landscape architecture students so that the model could directly be applied in practice. Seven online seminars were implemented in the period from 2008 to 2013 and this experience represents the core of this study. The seminars were conducted with varying themes while its pedagogy, organisation and the technological tools remained widely identical. The research design is further based on three levels of observation: (1) the seminar design on the basis of theory and methods from the learning sciences, in particular educational constructivism, (2) the seminar evaluation and (3) the evaluation of the seminars’ long term impact. The seminar model itself basically consists of four elements: (1) the taxonomy of learning objectives, (2) ICT tools and their application and pedagogy, (3) process models and (4) the case study framework. The seminar framework was followed by the presentation of the evaluation findings. The major findings of this study can be summed up as follows: Implementing online seminars across educational and national boundaries was possible both in term of organisation and technology. In particular, a high level of cultural diversity among the seminar participants has definitively been achieved. However, there were also obvious obstacles. These were primarily competing study commitments and incompatible schedules among the students attending from different academic programmes, partly even in different time zones. Both factors had negative impact on the individual and working group performances. With respect to the technical framework it can be concluded that the majority of the participants were able to use the tools either directly without any problem or after overcoming some smaller problems. Also the seminar wiki was intensively used for completing the seminar assignments. However, too less truly collaborative text production was observed which could be improved by changing the requirements for the collaborative task. Two different process models have been applied for guiding the collaboration of the small groups and both were in general successful. However, it needs to be said that even if the students were able to follow the collaborative task and to co-construct and compare case studies, most of them were not able to synthesize the knowledge they had compiled. This means that the area of consideration often remained on the level of the case and further reflections, generalisations and critique were largely missing. This shows that the seminar model needs to find better ways for triggering knowledge building and critical reflection. It was also suggested to have a more differentiated group building strategy in future seminars. A comparison of pre- and post seminar concept maps showed that an increase of factual and conceptual knowledge on the individual level was widely recognizable. Also the evaluation of the case studies (the major seminar output) revealed that the students have undergone developments of both the factual and the conceptual knowledge domain. Also their self-assessment with respect to individual learning development showed that the highest consensus was achieved in the field of subject-specific knowledge. The participants were much more doubtful with regard to the progress of generic competences such as analysis, communication and organisation. However, 50% of the participants confirmed that they perceived individual development on all competence areas the survey had asked for. Have the additional four targets been met? Concerning the competences for working in a virtual team it can be concluded that the vast majority was able to use the internet-based tools and to work with them in a target-oriented way. However, there were obvious differences regarding the intensity and activity of participation, both because of external and personal factors. A very positive aspect is the achievement of a high cultural diversity supporting the participants’ intercultural competence. Learning from group members was obviously a success factor for the working groups. Regarding the possibilities for better accessibility of educational opportunities it became clear that a significant number of participants were not able to go abroad during their studies because of financial or personal reasons. They confirmed that the online seminar was to some extent a compensation for not having been abroad for studying. Inter-institutional learning and synergy was achieved in so far that many teachers from different countries contributed with individual lectures. However, those teachers hardly ever followed more than one session. Therefore, the learning effect remained largely within the seminar learning group. Looking back at the research design it can be said that the pedagogical action research cycle was an appropriate and valuable approach allowing for strong interaction between theory and practice. However, some more external evaluation from peers in particular regarding the participants’ products would have been valuable.

Optimising contributions of goat farming to household economic success and food security in three production systems in Ethiopia

The study aims to analyse factors affecting contributions of goat farming to household economic success and food security in three goat production systems of Ethiopia. A study was conducted in three districts of Ethiopia representing arid agro-pastoral (AAP), semi-arid agro-pastoral (SAAP) and highland mixed crop-livestock (HMCL) systems involving 180 goat keeping households. Gross margin (GM) and net benefit (NB1 and NB2) were used as indicators of economic success of goat keeping. NB1 includes in-kind benefits of goats (consumption and manure), while NB2 additionally constitutes intangible benefits (insurance and finance). Household dietary diversity score (HDDS) was used as a proxy indicator of food security. GM was significantly affected by an off-take rate and flock size interaction (P<0.001). The increment of GM due to increased off-take rate was more prominent for farmers with bigger flocks. Interaction between flock size and production system significantly (P<0.001) affected both NB1 and NB2. The increment of NB1 and NB2 by keeping larger flocks was higher in AAP system, due to higher in-kind and intangible benefits of goats in this system. Effect of goat flock size as a predictor of household dietary diversity was not significant (P>0.05). Nevertheless, a significant positive correlation (P<0.05) was observed between GM from goats and HDDS in AAP system, indicating the indirect role of goat production for food security. The study indicated that extent of utilising tangible and intangible benefits of goats varied among production systems and these differences should be given adequate attention in designing genetic improvement programs.

Time-series regression models to study the short-term effects of environmental factors on health

Time series regression models are especially suitable in epidemiology for evaluating short-term effects of time-varying exposures on health. The problem is that potential for confounding in time series regression is very high. Thus, it is important that trend and seasonality are properly accounted for. Our paper reviews the statistical models commonly used in time-series regression methods, specially allowing for serial correlation, make them potentially useful for selected epidemiological purposes. In particular, we discuss the use of time-series regression for counts using a wide range Generalised Linear Models as well as Generalised Additive Models. In addition, recently critical points in using statistical software for GAM were stressed, and reanalyses of time series data on air pollution and health were performed in order to update already published. Applications are offered through an example on the relationship between asthma emergency admissions and photochemical air pollutants