Whole transcriptome analysis of the coral Acropora millepora reveals complex responses to CO2-driven acidification during the initiation of calcification

The impact of ocean acidification (OA) on coral calcification, a subject of intense current interest, is poorly understood in part because of the presence of symbionts in adult corals. Early life history stages of Acropora spp. provide an opportunity to study the effects of elevated CO(2) on coral calcification without the complication of symbiont metabolism. Therefore, we used the Illumina RNAseq approach to study the effects of acute exposure to elevated CO(2) on gene expression in primary polyps of Acropora millepora, using as reference a novel comprehensive transcriptome assembly developed for this study. Gene ontology analysis of this whole transcriptome data set indicated that CO(2) -driven acidification strongly suppressed metabolism but enhanced extracellular organic matrix synthesis, whereas targeted analyses revealed complex effects on genes implicated in calcification. Unexpectedly, expression of most ion transport proteins was unaffected, while many membrane-associated or secreted carbonic anhydrases were expressed at lower levels. The most dramatic effect of CO(2) -driven acidification, however, was on genes encoding candidate and known components of the skeletal organic matrix that controls CaCO(3) deposition. The skeletal organic matrix effects included elevated expression of adult-type galaxins and some secreted acidic proteins, but down-regulation of other galaxins, secreted acidic proteins, SCRiPs and other coral-specific genes, suggesting specialized roles for the members of these protein families and complex impacts of OA on mineral deposition. This study is the first exhaustive exploration of the transcriptomic response of a scleractinian coral to acidification and provides an unbiased perspective on its effects during the early stages of calcification.

Contribution To Signalling Of 3d Video Streams In Communication Systems Using The Session Initiation Protocol

Las tecnologías de vídeo en 3D han estado al alza en los últimos años, con abundantes avances en investigación unidos a una adopción generalizada por parte de la industria del cine, y una importancia creciente en la electrónica de consumo. Relacionado con esto, está el concepto de vídeo multivista, que abarca el vídeo 3D, y puede definirse como un flujo de vídeo compuesto de dos o más vistas. El vídeo multivista permite prestaciones avanzadas de vídeo, como el vídeo estereoscópico, el “free viewpoint video”, contacto visual mejorado mediante vistas virtuales, o entornos virtuales compartidos. El propósito de esta tesis es salvar un obstáculo considerable de cara al uso de vídeo multivista en sistemas de comunicación: la falta de soporte para esta tecnología por parte de los protocolos de señalización existentes, que hace imposible configurar una sesión con vídeo multivista mediante mecanismos estándar. Así pues, nuestro principal objetivo es la extensión del Protocolo de Inicio de Sesión (SIP) para soportar la negociación de sesiones multimedia con flujos de vídeo multivista. Nuestro trabajo se puede resumir en tres contribuciones principales. En primer lugar, hemos definido una extensión de señalización para configurar sesiones SIP con vídeo 3D. Esta extensión modifica el Protocolo de Descripción de Sesión (SDP) para introducir un nuevo atributo de nivel de medios, y un nuevo tipo de dependencia de descodificación, que contribuyen a describir los formatos de vídeo 3D que pueden emplearse en una sesión, así como la relación entre los flujos de vídeo que componen un flujo de vídeo 3D. La segunda contribución consiste en una extensión a SIP para manejar la señalización de videoconferencias con flujos de vídeo multivista. Se definen dos nuevos paquetes de eventos SIP para describir las capacidades y topología de los terminales de conferencia, por un lado, y la configuración espacial y mapeo de flujos de una conferencia, por el otro. También se describe un mecanismo para integrar el intercambio de esta información en el proceso de inicio de una conferencia SIP. Como tercera y última contribución, introducimos el concepto de espacio virtual de una conferencia, o un sistema de coordenadas que incluye todos los objetos relevantes de la conferencia (como dispositivos de captura, pantallas, y usuarios). Explicamos cómo el espacio virtual se relaciona con prestaciones de conferencia como el contacto visual, la escala de vídeo y la fidelidad espacial, y proporcionamos reglas para determinar las prestaciones de una conferencia a partir del análisis de su espacio virtual, y para generar espacios virtuales durante la configuración de conferencias.