Novel Application of 2D and 3D-Similarity Searches To Identify Substrates among Cytochrome P450 2C9, 2D6, and 3A4

Cytochrome P450 (CYP450) is a class of enzymes where the substrate identification is particularly important to know. It would help medicinal chemists to design drugs with lower side effects due to drug-drug interactions and to extensive genetic polymorphism. Herein, we discuss the application of the 2D and 3D-similarity searches in identifying reference Structures with higher capacity to retrieve Substrates of three important CYP enzymes (CYP2C9, CYP2D6, and CYP3A4). On the basis of the complementarities of multiple reference structures selected by different similarity search methods, we proposed the fusion of their individual Tanimoto scores into a consensus Tanimoto score (T(consensus)). Using this new score, true positive rates of 63% (CYP2C9) and 81% (CYP2D6) were achieved with false positive rates of 4% for the CYP2C9-CYP2D6 data Set. Extended similarity searches were carried out oil a validation data set, and the results showed that by using the T(consensus) score, not only the area of a ROC graph increased, but also more substrates were recovered at the beginning of a ranked list.

Docking and molecular dynamics simulation of quinone compounds with trypanocidal activity

In this work, two different docking programs were used, AutoDock and FlexX, which use different types of scoring functions and searching methods. The docking poses of all quinone compounds studied stayed in the same region in the trypanothione reductase. This region is a hydrophobic pocket near to Phe396, Pro398 and Leu399 amino acid residues. The compounds studied displays a higher affinity in trypanothione reductase (TR) than glutathione reductase (GR), since only two out of 28 quinone compounds presented more favorable docking energy in the site of human enzyme. The interaction of quinone compounds with the TR enzyme is in agreement with other studies, which showed different binding sites from the ones formed by cysteines 52 and 58. To verify the results obtained by docking, we carried out a molecular dynamics simulation with the compounds that presented the highest and lowest docking energies. The results showed that the root mean square deviation (RMSD) between the initial and final pose were very small. In addition, the hydrogen bond pattern was conserved along the simulation. In the parasite enzyme, the amino acid residues Leu399, Met400 and Lys402 are replaced in the human enzyme by Met406, Tyr407 and Ala409, respectively. In view of the fact that Leu399 is an amino acid of the Z site, this difference could be explored to design selective inhibitors of TR.

Microwave-assisted digestion procedures for biological samples with diluted nitric acid: Identification of reaction products

Microwave-assisted sample preparation using diluted nitric acid solutions is an alternative procedure for digesting organic samples. The efficiency of this procedure depends on the chemical properties of the samples and in this work it was evaluated by the determination of crude protein amount. fat and original carbon. Soybeans grains, bovine blood. bovine muscle and bovine viscera were digested in a cavity-microwave oven using oxidant mixtures in different acid concentrations. The digestion efficiency was evaluated based on the determination of residual carbon content and element recoveries using inductively coupled plasma optical emission spectrometry (ICP OES). In order to determine the main residual organic compounds, the digests were characterized by nuclear magnetic resonance (1 H NMR). Subsequently, studies concerning separation of nitrobenzoic acid isomers were performed by ion pair reversed phase liquid chromatography using a C18 stationary phase, water:acetonitrile:methanol (75:20:5, v/v/v) +0.05% (v/v) TFA as mobile phase and ultraviolet detection at 254 nm. Sample preparation based on diluted acids proved to be feasible and a recommendable alternative for organic sample digestion, reducing both the reagent volumes and the variability of the residues as a result of the process of decomposition. It was shown that biological matt-ices containing amino acids, proteins and lipids in their composition produced nitrobenzoic acid isomers and other organic compounds after cleavage of chemical bonds. (C) 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.

O lúdico e o brinquedo como prática na assistência de enfermagem: uma revisão bibliográfica

Esta revisão integrativa da literatura tem como objetivo descrever a utilização do lúdico/brinquedo na assistência de enfermagem de acordo com as publicações feitas nos últimos dez (10) anos. O levantamento de dados foi realizado no LILACS apresentou um total de quatorze (14) artigos publicados em revistas especificas de enfermagem compreendendo o período de 2001 a 2010. Este estudo mostrou na literatura vigente, que o uso do lúdico/brinquedo proporciona à criança e a seus familiares uma assistência humanizada, permeada com embasamento técnico – cientifico, visando a tender às necessidades biopsicossociais da criança. Porém é importante salientar que há necessidade de desenvolver a prática de brincar nos cursos de graduação e em nível técnico, para possibilitar aos estudantes a capitação necessária para o reconhecimento dessa prática na assistência.

Marcadores textuais do artigo científico em comparação português e inglês : um estudo sob a perspectiva da tradução

Nesta dissertação, faz-se um estudo do gênero artigo científico, em especial de expressões típicas de seu desenvolvimento e organização. Essas expressões foram denominadas marcadores textuais, e os objetivos deste trabalho foram identificá-las e verificar seus padrões de uso em textos em português e inglês, em um estudo permeado pelos interesses e pelas perspectivas da tradução e apoiado pelos pressupostos da Retórica Contrastiva. Para esse fim, foram utilizados dois corpora: um em português, composto de 333 artigos, e outro em inglês, composto de 111 artigos. Os mesmos foram analisados utilizandose a ferramenta WordSmith Tools, empregada pelos estudos em Lingüística de Corpus. Os marcadores selecionados a partir dos corpora foram classificados com base nas metafunções da linguagem propostas por Halliday. Após essa classificação, comparamos as ocorrências das unidades em inglês e português, observando padrões de uso, freqüência e colocação.

A comunicação não-verbal na sala de aula

O objetivo deste trabalho situa-se a partir dos acréscimos do pensamento cientifico moderno, que em função dos estudos do processo verbal da comunicação humana, visa, agora, um pouco mais adiante, o estudo de seu processo não verbal, onde se sanam velhas dúvidas e propõem-se novos questionamentos acerca da figura Homem. O trabalho analisará as duas dimensões existenciais que o homem estabelece com o mundo: a dimensão verbal, quando da sua apreensão da "imagem de mundo", dentro de suas características psico-linguísticas e a dimensão não-verbal que sobredetermina esta "imagem de mundo", dentro do aspecto psico-biológico do ser. A postulação de uma existência verbal e de uma existência não-verbal, não poderia ser entendida como duas ordens diferentes e antagônicas, mas como duas modalidades de manifestação da existencialidade: o indivíduo participa simultaneamente das duas, como identidade e diferença. E é sob este aspecto que, a sala de aula se revelaria como um micro-universo, cujas coordenadas básicas, informação/formação, articulariam, de fato, as coordenadas existenciais identidade/diferença. Acrescentaria-se, finalmente, que a partir da sala de aula, o indivíduo modelaria a sua realidade conceitual, sendo ao mesmo tempo, por ela modelado. Tal processo se desenvolveria à medida em que o indivíduo reelaborasse a realidade objetiva como sujeito do discurso e seria modelado, à medida em que se deixasse objetivar e impessoalizar-se no discurso cultural. A partir então deste jogo maior do homem, onde se ajustariam as duas dimensões existenciais, que o equilíbrio psico-social do individuo se tentaria, garantindo a sua sobrevivência. Seria desta forma, o espaço sala de aula, franquia maior da individualidade, um campo aberto a educadores e psicologos, fazendo uso mais profilatico que terapêutico ao ajuste do homem a seu grupo e/ou um pouco mais, ao seu próprio sentido humano.

O saber das classes populares e a prática da educação popular

Entre as questões de fundo que a reflexão da prática de educação popular - e de outras desenvolvidas junto as classes populares - hoje se coloca, destaca-se a do Saber Popular. Inerente as diversas práticas de dominado e a experiência de vida das classes populares, há um saber. Práticas e saber que se desenvolvem no interior de dadas relações sociais que, na atual sociedade, são relações de classe. Saber que só pode ser real e especificamente conhecido, na medida em que se explicitar quais são as práticas sociais em cujo interior ele está se dando, quem são os grupos que o detêm enquanto agentes dessas práticas e quais as relações que nestas os agentes entre si estabelecem. Saber que, enquanto inerente às práticas de dominado das referidas classes, revela um nucleo comum e até certas caracteristicas também comuns. Sabem que como quaisquer outros, entranha contradições, erros e ambiguidades. Admitida sua presença, é preciso re-equacionar a relação com outros saberes como o acadêmico/cientifico ou com a chamada filosofia cientifica/pensamento superior. Admitida sua presença, reformula-se não so a discussao da educação popular mas também de outras práticas como a sindical e até, a partidária. A questão politica dessas práticas passa a ser repensada e colocada em outros termos, porque as referências são outras e porque o próprio saber popular se constitui em questão politica, em certo modo, determinante. Esse saber diz respeito à busca de espaços por parte das classes populares. Espaços que se constituem em reais oportunidades para essas classes explicitarem e elaborarem seu saber. Espaços que são uma experiência de vida qualitativamente nova, porque novas são as relações que superam a dominação e expropriação hoje vigentes na nossa sociedade caracterizada estruturalmente pelas relações de classe. Espaço então, substancialmente político.

Livros didáticos: obstáculos ao aprendizado da ciência química

Objetivando analisar, do ponto de vista epistemológico e histórico, o ensino de Química no Brasil, selecionamos 107 de livros didáticos adotados nas três séries do segundo grau, de 1931 a 1990. Como referencial teórico utilizamos a epistemologia de Gaston Bachelard, havendo destaque para a categoria obstáculo epistemológico, compreendido como os entraves, inerentes ao próprio conhecimento científico, que bloqueiam a compreensão e o desenvolvimento da ciência. Dentre os diferentes tipos de obstáculos destacamos o animismo, o realismo, o substancialismo e o verbalismo. Procuramos não apenas identificar exemplos desses obstáculos, e dos equívocos que provocam nos mais diferentes assuntos, como discutir o porquê do surgimento dos mesmos. Concluímos haver inverso de objetivos entre o período até meados da década de 60 - marcada pela inovação educacional - e o período posterior. No primeiro período há evidências de obstáculos epistemológicos oriundos da própria concepção de ciência vigente, ainda marcada por referenciais pré-cientificistas. No período posterior, especialmente apÓs 68, há proliferação ainda maior das metáforas realistas e animistas, devido ao fato de serem utilizadas enquanto estratégia pedagógica frente aos assuntos de maior abstraçao. Na ansia de tornar fácil a inerente dificuldade da ciência, construindo a ponte entre o conhecimento comum e o conhecimento cientifico, tao criticada por Bachelard, procede-se a divulgação da não-ciência e do irracional, obstaculizando o aprendizado da química.

Programa PNAD: uma construção científica

Estudo sobre o processo de revisão dos parâmetros conceituais e metodológicos norteadores da Pesquisa Nacional por Amostra de Domicilios - PNAD, da Fundação Instituto Brasileiro de Geografia e Estatistica IBGE, abrangendo o periodo de 1989 a 1992. Objetiva-se mostrar o processo de produção estatistica, bem como compreender as relações entre objeto, teoria e método em investigações voltadas para a mensuração do real. A luz de reflexões sobre a construção do conhecimento cientifico e o papel do método no processo de pesquisa, discute-se a especificidade do método estatistico. Os resultados indicam que o processo de construção da PNAD se afirma como um fazer cientifico.

O que e o método científico: uma reflexão crítica sobre o método científico como subsídio para o ensino das ciências naturais

Ensinar ciência e, acima de tudo, ensinar o método científico e desenvolver a atitude crítica do estudante. Isto significa substituir a visão da ciência como uma coleção de fatos e teorias definitivamente estabelecidos, pela visão da ciência como um conhecimento racional - Porque crítico -, conjectural, provisório, sempre capaz de ser questionado e corrigido. Significa também opor à visão da ciência como uma representação completa e perfeita de fenômenos diretamente observáveis, a visão da ciência como uma reconstrução idealizada e parcial da realidade, que explica o visível pelo invisível. Nessa linha de raciocínio, devemos opor à idéia de uma observação pura e imparcial dos fatos, a ideia da observação guiada por hipóteses e teorias. Ensinar o meto do cientifico é questionar a ideia de que descobrimos e verificamos hipóteses através de procedimentos indutivos, substituindo-a pela ideia de que inventamos conjecturas ousadas, surgidas de nossa imaginação. Essas conjecturas, contudo, deverão ser testadas o mais severamente possível, através de tentativas de refutação que façam uso de experimentos controlados. No lugar da ilusória busca de teorias verificáveis, verdadeiras -ou pelo menos cada vez mais prováveis devemos buscar teorias de maior refutabilidade, cada vez mais amplas, precisas, profundas, de maior grau de corroboração e, talvez, mais próximas da verdade. Finalmente, ensinar o método científico significa também criticar cada uma das visões alternativas de ciência, propondo novos critérios para avaliar hipóteses e teorias científicas. É desnecessário dizer que estes critérios, por sua vez, devem também ser criticados, visto que a ausência de discussão crítica e a aceitação passiva e dogmática de um conjunto de ideias ou teorias e a não ciência, a pseudociência, enfim, a negação do espírito crítico e da racionalidade do homem.

A uni-pluri dimensionalidade da explicação em psicologia

A presente tese propõe-se a efetuar uma análise, crítica em termos epistemológicos, metateóricos e metodológicos dos processos de Explicação propriamente dita e Compreensão em psicologia, com destaque especial, dado aos respectivos níveis de construção do objeto cientifico. Através desta análise, visa-se alcançar a univocidade da conduta humana, cujas bases se alicerçariam na Inter correlação dos diferentes níveis de explicação e compreensão, suprimindo, assim, a dicotomia existente em psicologia entre as teorias mecanicistas, baseadas em sistema de leis bioorgânicas -Modelo S-R e S-O-R e as teorias da significação -Modelo S-S". o principio essencial desta abordagem estaria, por tanto, nas interconexões que se poderiam estabelecer entre Os diferentes nexos causais da conduta humana, quer sejam estes, de natureza explicativa, quer sejam de teor descritivo ou significativo. Tais interconexões, desde a significação-objeto ou, "qualidade do objeto", atribuível ao comportamento observável em termos mecanicistas e associacionistas, até a significação atribuível ao próprio autor da conduta, mediante a "qualidade do vivido", como fator de sua determinação, engendrar-se-iam em uma uni-pluridimensionalidade da explicação do objeto, em psicologia.

Uma análise metodológica da teoria das organizações

Duas questões metodológicas frequentemente debatidas, a saber, a questão da intromissão dos valores no trabalho cientifico e das possibilidades da ciência dotada de uma neutralidade axiológica, e a questão da congruência doa achados da pesquisa cientifica irão perdendo sua importância ao longo do trabalho, deixando lugar para os problemas metodológicos mais complexos e mais técnicos preocupados em dar conta da articulação das proposições teóricas. Subjacente aparente incongruência dos resultados das pesquisas empíricas e mesmo das hipóteses em teoria organizacional - procuraremos identificar a existência de profundas articulações ao nível de complementaridade dos trabalhos científicos desenvolvidos neste campo de conhecimento. Além disto, o contato com alguns dos mais cruciais problemas da filosofia da ciência, desde logo desmistificar a questão dos valores, ou as posturas que de modo simplista ou ingênuo pretendem constituir a ciência em mais uma ideologia.

Produção de imagens de recursos terrestres no Instituto de Pesquisas Espaciais

No item dedicado às Atividades Espaciais, o III Plano Básico de Desenvolvimento Cientifico e Tecnológico 1980/1985 menciona, como um dos objetivos, o "desenvolvimento de metodologias de utilização das imagens obtidas pelos satélites de sensoriamento remoto, no levantamento e monitoramento de recursos naturais e flagelos, análise do meio ambiente, uso da terra e cartografia ". O estudo é centrado no programa de produção de imagens implementado pelo INPE descrevendo-o e comentando-o e, ao final, permitindo-nos fazer algumas sugestões para o seu aprimoramento.

Relatório de estágio do mestrado em ensino de educação física nos ensinos Básico e Secundário: Escola Básica dos 2ºs e 3ºs Ciclos de São Roque

O estágio pedagógico (EP) surge como um espaço de aprendizagem fundamental na formação e desenvolvimento do professor. É igualmente, um momento de cumplicidade e partilha pedagógica. O objectivo do presente relatório foi: relatar e reflectir sobre as actividades desenvolvidas no âmbito do EP desenvolvido na Escola Básica dos 2º e 3º ciclos de São Roque. O núcleo de estágio composto por 4 estagiários, foi dirigido por 3 orientadores e cobriu 4 áreas de intervenção: (1) prática lectiva, (2) actividades de integração no meio, (3) actividade intervenção da comunidade educativa, e (4) actividades de natureza cientifico-pedagógica. A prática lectiva é uma das componentes mais importantes do EP. A planificação, realização e avaliação da intervenção, assim como a promoção de debates a partir das assistências às aulas, tornam esta componente fundamental na melhoria do ensino. A intervenção do professor na escola, vai muito mais além da prática lectiva. As actividades de integração no meio, a caracterização da turma e o estudo de caso, são um bom exemplo. Com o objectivo de envolver as turmas, a comunidade escolar e os encarregados de educação das respectivas, desenvolvemos ainda as actividades de extensão curricular “O Galeão Abre Portas à Saúde” e de intervenção na comunidade escolar “O Galeão em Acção”. Uma vez que o professor também é um investigador activo, que partilha as suas preocupações e conhecimentos, foram desenvolvidas as actividades cientifico-pedagógicas. A acção individual tratou da “Ginástica Aeróbica: uma nova disciplina gímnica” com o objectivo de fomentar a prática desta modalidade na escola. A acção colectiva explanou a problemática do excesso de peso e obesidade. O EP é um processo de extrema importância ao nível da nossa formação, pois é orientado em contexto escolar e proporciona uma aprendizagem do que é ser professor.

Relatório de estágio pedagógico em educação física realizado na Escola Secundária Jaime Moniz

O presente relatório de estágio de educação física, realizado na Escola Secundaria Jaime Moniz no ano letivo 2011/2012, visa através do conhecimento científico, devidamente fundamentado, refletir todo o percurso formativo realizado ao longo do estágio pedagógico. Este trabalho tem por objetivo expressar as principais vivências e competências adquiridas durante este processo tal como as estratégias utilizadas para colmatar as dificuldades sentidas. Este relatório irá refletir o trabalho que desenvolvemos ao longo do presente ano letivo, tentando ao máximo espelhar as nossas emoções, sensações, frustrações, experiências, aptidões e habilidades. No decorrer do estágio, desenvolvemos várias atividades com diferentes intencionalidades, nomeadamente de carácter e complemento curricular e ainda atividades de natureza cientifico-pedagógica, no entanto, apesar da variedade de atividades, estas só fazem sentindo quando analisadas na sua globalidade. Numa primeira fase, de cariz introdutório, estarão veiculadas questões como o conceito e importância do estágio pedagógico, as expetativas e objetivos do mesmo, tal como a caracterização da instituição que nos acolheu e as atividades, nela desenvolvidas ao longo do processo formativo. Nos capítulos seguintes iremos relatar, explicar e analisar a intencionalidade, origem, objetivos, processos utilizados, vantagens e desvantagens de cada uma das atividades desenvolvidas no estágio pedagógico. Atividades essas, que provocaram em nós várias transformações a nível pessoal, mas principalmente a nível profissional. Os últimos capítulos, dizem respeito à conclusão do presente trabalho, onde iremos apresentar algumas sugestões e conclusões sobre o estágio, terminando com todas as referências bibliográficas que tornaram possível a construção e suporte científico deste relatório.