Changes in a benthic megafaunal community due to disturbance from bottom fishing and the establishment of a fishery closure

Trawling and dredging on Georges Bank (northwest Atlantic Ocean) have altered the cover of colonial epifauna, as surveyed through in situ photography. A total of 454 photographs were analyzed from areas with gravel substrate between 1994 and 2000 at depths of 40–50 m and 80–90 m. The cover of hydroids, bushy bryozoans, sponges, and tubeworms was generally higher at sites undisturbed by fishing than at sites classified as disturbed. The magnitude and significance of this effect depended on depth and year. Encrusting bryozoans were the only type of colonial epifauna positively affected by bottom fishing. Species richness of noncolonial epifauna declined with increased bottom fishing, but Simpson’s index of diversity typically peaked at intermediate levels of habitat disturbance. Species that were more abundant at undisturbed sites possessed characteristics that made them vulnerable to bottom fishing. These characteristics include emergent growth forms, soft body parts, low motility, use of complex microhabitats, long life spans, slow growth, and larval dispersal over short distances. After the prohibition of bottom fishing at one site, both colonial and noncolonial species increased in abundance. Populations of most taxa took two years or more to increase after the fishing closure. This finding indicates that bottom fishing needs to be reduced to infrequent intervals to sustain the benthic species composition of Georges Bank at a high level of biodiversity and abundance.

Importance of shoreface sand ridges as habitat for fishes off the northeast coast of the United States

To determine if shoreface sand ridges provide unique habitats for fish on the inner continental shelf, two cross-shelf trawl surveys (23 km in length) were conducted in southern New Jersey (July and September 1991−95 with a beam trawl and July and September 1997−06 with an otter trawl) to assess whether species abundance, richness, and assemblages differed on and away from the ridge. The dominant species collected with both gears were from the families Paralichthyidae, Triglidae, Gobiidae, Serranidae, Engraulidae, Stromateidae, and Sciaenidae. Overall abundance (n=41,451 individuals) and species richness (n=61 species) were distributed bimodally across the nearshore to offshore transect, and the highest values were found on either side of the sand ridge regardless of gear type. Canonical correspondence analysis revealed three species assemblages: inshore (<5 meters depth), near-ridge (9−14 meters depth), and offshore (>14 meters depth), and variation in species composition between gear types. Environmental factors that corresponded with the assemblage changes included depth, temperature, distance from the top of the ridge, and habitat complexity. The most abundant near-ridge assemblages were distinct and included economically important species. Sand ridges of the inner continental shelf appear to be important habitat for a number of fish species and therefore may not be a suitable area for sand and gravel mining.

Distribuição e deslocamento altitudinais de aves na Mata Atlântica, com ênfase em beija-flores.

A distribuição da biodiversidade está associada aos fatores espaciais, ambientais e biológicos. Esses fatores influenciam a dinâmica das comunidades biológicas, gerando diferenças na distribuição e na abundância de espécies em escalas local e regional, além de criarem variações nos processos populacionais e nos deslocamentos dos animais. Um exemplo é a variação na distribuição e estrutura das comunidades de aves em gradientes altitudinais. Entretanto, não há um consenso sobre o padrão de distribuição da biodiversidade nesses gradientes, sendo reconhecidos quatro padrões de distribuição altitudinal de aves. Nesse contexto, a presente tese teve como objetivo geral estudar algumas das respostas ecológicas das aves à altitude. No primeiro capítulo, avaliamos o conhecimento sobre as migrações altitudinais de aves por meio por meio de uma revisão da literatura científica. Encontramos 84 estudos, a maioria na região Neotropical. Nesses estudos, constatamos 380 espécies de aves que realizam essas migrações, sendo insetívoros e nectarívoros os principais grupos tróficos envolvidos. Esses estudos também mostram que fatores bióticos e abióticos podem interagir para explicar as migrações altitudinais. Os deslocamentos para altitudes mais elevadas podem ser explicados principalmente pela disponibilidade de recursos e o menor risco de predação. Enquanto que os deslocamentos para baixas altitudes podem se relacionar, principalmente, às limitadas oportunidades de forrageamento e à competição. No segundo capítulo analisamos a distribuição regional de beija-flores na Mata Atlântica, por meio do uso de mapas de distribuição de mapas distribuição e informações disponíveis na literatura. de mapas distribuição e informações disponíveis na literatura. de mapas distribuição e informações disponíveis na literatura. de mapas distribuição e informações disponíveis na literatura. de mapas distribuição e informações disponíveis na literatura. de mapas distribuição e informações disponíveis na literatura. de mapas distribuição e informações disponíveis na literatura. de mapas distribuição e informações disponíveis na literatura. de mapas distribuição e informações disponíveis na literatura. de mapas distribuição e informações disponíveis na literatura. de mapas distribuição e informações disponíveis na literatura. de mapas distribuição e informações disponíveis na literatura. de mapas distribuição e informações disponíveis na literatura. de mapas distribuição e informações disponíveis na literatura. de mapas distribuição e informações disponíveis na literatura. de mapas distribuição e informações disponíveis na literatura. Encontramos variações na composição das espécies de beija-flores em relação à altitude, mas, um conjunto de fatores pode explicar essas variações na composição. Nossos resultados mostraram que além da variaçãovariação altitudinal, variação altitudinal, variação altitudinal, variação altitudinal, o efeito do componente espacial (latitude e longitude) e das variáveis ambientais correlacionadas a ele foram importantes na distribuição das aves nas áreas nas áreas estudadas. No terceiro capítulo, estudamos, estudamos a distribuição altitudinal das aves (e de beija-flores) de sub-bosque em cinco altitudes na Reserva Ecológica de Guapiaçu (170 e 370 m) contígua ao Parque Estadual dos Três Picos (570, 770 e 1.000 m), no estado do Rio de Janeiro. Coletamos dados bimestralmente (julho/2010 a junho/2011) e mensalmente (agosto/2011 a julho/2012). Utilizamos o método de captura-marcação-recaptura com dez redes de neblina (12 x 2,5 m, malha de 32 mm) expostas no sub-bosque por sete horas/dia em cada ponto amostral por campanha. Observamos também os beija-flores no sub-bosque, mensalmente, em transecções lineares (400 m de extensão). Capturamos 95 espécies de aves (53% endêmicas de Mata Atlântica), incluindo 10 espécies de beija-flores (oito endêmicos). Detectamos a maior riqueza em 770 m e a menor em 170 m de altitude. Não encontramos relação entre a riqueza das aves e a altitude. Entretanto, encontramos diferenças na composição, riqueza, abundância e na organização trófica das aves nas cinco altitudes amostradas, sendo 170 m, frequentemente, diferente das demais altitudes. Para os beija-flores amostrados com as duas metodologias (captura e observação; 13 espécies), não encontramos diferenças na composição e riqueza nas cinco altitudes. A diversidade e os elevados endemismos registrados na área ressaltam a importância da região para as aves da Mata Atlântica e para preservação dessas no estado do Rio de Janeiro.

Biodiversity of estuarine fish faunas in West Africa

In West Africa (between Ivory Coast and Sénégal), estuarine environments vary from lagoons to high discharge rivers to inverse hypersaline estuaries. This results in a high diversity of estuarine fish species, with an important turnover and a core of ubiquitous species. The species richness of a given estuary depends on the combination of hydrological factors (marine or freshwater dominance) and biogeography (continental biogeographic regions). The catch rate is higher in lagoons and inverse estuaries than in normal estuaries, which can be explained by the predominance of small juveniles in the latter. Clupeids are the most abundant fishes all over the region, but different systems have different dominant species. Assessing the functioning of West-African estuaries provides useful comparisons to Asian estuarine systems.

Ecological modeling for all

A brief review of the status of the ECOPATH modeling approach and software is presented, with emphasis on the recent release of a Windows version (ECOPATH 3.0), which enables consideration of uncertainties, and sets the stage for simulation modeling using ECOSIM. Modeling of coral reefs is emphasized.

Fisheries of the Farasan Islands (Red Sea)

The fisheries of the Farasan Islands (Saudi Arabia, Red Sea) are described. The fishery resources are exploited by artisanal, investor and industrial sectors. The artisanal fishery consists mostly of line fishing around coral reefs and about half the fishing effort occurs within the proposed marine protected area (MPA). Activities by investor and industrial fisheries sector include line fishing, gill netting, fish trapping and demersal fish trawling. The relevant resource management issues that need to be addressed as part of a planning study for the establishment of a MPA are also presented. The major issues are: (1) the decline in the catch of the artisanal fishery; (2) by catch and habitat degradation; (3) sustainability in the collection of giant clams and pearl shells; and (4) the lack of information such as the importance of MPA to fisheries, stock assessment and catch and effort data. A significant role in the future management of the fisheries has been identified for the traditional representatives of the artisanal sector.

Corals, fishermen and tourists

Two major anthropogenic activities that disturb coral reefs are fishing and tourism, even though coral reefs are important for both fishing and tourism. Already more than 60 per cent of all reefs worldwide are endangered. The use of explosives and poison by small-scale fishers, to supply the market for live fish for aquariums and for human consumption, cause irreversible damages to reefs. Similarly, rapid and unmanaged coastal development for marine tourism negatively affects coral reefs in many ways. Though marine parks and marine protected areas are being promoted all over the world, developing countries need assistance in establishing and assessing such reserves and for taking appropriate actions for rehabilitation of reefs. These can be accomplished through partnership projects.

A post-tsunami assessment of coastal living resources of Langkawi Archipelago, Peninsular Malaysia

Rapid and detailed post-tsunami surveys carried out in the Langkawi archipelago in January 2005 showed that the coral reefs dOld_ID not suffer any significant structural damage. Nevertheless, there were signs of recent sediment resuspension at the sites studied. The diversity and abundance of coral reef fishes and invertebrates were low. However, this was not attributed to the tsunami effect but rather to the present environmental conditions. The extent of damage at the villages of Kubang Badak and Kuala Teriang may indicate that intact coastal ecosystems such as mangroves have the potential to protect lives and property during natural disasters.

Mafia marine resources in peril

The rich marine resource of the Mafia District, Tanzania, especially its coral reefs and mangroves, are in danger of collapse. The proposed marine park faces chronic problems of dynamite fishing and coral mining. The Mafia fisheries resources and the importance of coral reefs are presented together with proposed measures to rescue the Mafia marine environment.

The cost of action: CRM investment in the Philippines

Knowing the cost of investment in coastal resources management (CRM) is important especially in understanding the cost of undertaking one and ascertaining whether the outcomes are worth the money spent. In the Philippines, various CRM projects have already been initiated and no studies have tried to account for the total level of investment. This paper provides an estimate of money spent or invested on CRM in the Philippines and examines the investment per km2 of coral reefs.

Assembleia de aves consumidoras de frutos de sub-bosque em diferentes altitudes em uma área de Mata Atlântica no estado do Rio de Janeiro

Neste estudo, investigamos a distribuição altitudinal da composição, riqueza, abundância das espécies de aves consumidoras de frutos em cinco altitudes e avaliamosa influência da estrutura da vegetação nas diversidades de aves. O estudo foi realizado na Reserva Ecológica de Guapiaçu (REGUA) contígua ao Parque Estadual dos Três Picos (PEPT), no município de Cachoeiras de Macacu, RJ. Coletamos os dados das aves em 24 excursões a campo, incluindo seis bimensais (jul./2010 a maio/2011) e 18 mensais (jul./2011 a dez./2012). Para amostragem das aves, utilizamos o método de captura-marcação-recaptura com redes de neblina, expostas durante sete h/dia em cinco altitudesao longo de uma variação altitudinal de 1000 m. O esforço amostral foi de 8400 h-rede. Para amostragem da estrutura da vegetação, sorteamos três parcelas de 100 m2 adjacentes às linhas das redes em cada altitude, nas quais foram analisadas as densidades de diferentes hábitos de vida. Das árvores, arvoretas e arbustos coletamos as medidas de altura total e diâmetro da altura (no caso dos arbustos, o diâmetro foi coletado a 50 cm do solo). Capturamos 448 indivíduos correspondentes a 35 espécies de aves, distribuídas em 16 famílias. Destas, 26% são endêmicas de Mata Atlântica, incluindo quatro espécies categorizadas com algum grau de vulnerabilidade. Dezesseis espécies foram classificadas como frugívoras enquanto 19 como insetívoras-frugívoras. Leptopogon amaurocephalus, Mionectes rufiventris, Lanio melanops, Chiroxiphia caudata foram capturadas nas cinco altitudes, sendo as últimas duas espécies as mais abundantes. Registramos maior riqueza e abundância de aves nas altitudes de 370 e 770 m. A composição de aves diferiu entre as altitudes, sendo 170 e 1000 m as mais dissimilares. As espécies de aves insetívoras-frugívoras predominaram nos sub-bosques das cinco altitudes. Registramos deslocamento altitudinal de cinco espécies de aves, sendo o maior deslocamento realizado por um indivíduo de Attilarufus, capturado a 770 m e, recapturado a 370 m. Encontramos maior densidade de plantas no sub-bosque nas altitudes 170, 370 e 1000 m. Bambus foram registrados apenas a 1000 m, enquanto que as ervas foram limitadas às altitudes de 170 e 370 m. A estrutura da vegetação apresentou baixa similaridade entre as altitudes, principalmente devido a diferentes densidades das formas de vida e altura das plantas. Três altitudes, 170, 370 e 1000 m, apresentaram alta densidade de indivíduos no sub-bosque, sendo que esta última evidenciou uma estrutura da vegetação relativamente mais simples devido ao alto número de árvores de baixa altura, ao maior número de arvoretas e à presença de bambus. A diversidade de aves foi sensível à estrutura da vegetação, em especial à altura das árvores que apresentou um decréscimo da altura com o aumento da altitude. Esta relação entre a diversidade de aves e a estruturada da vegetação destaca a importância da preservação da estrutura da vegetação para a manutenção da diversidade de aves consumidoras de frutos da REGUA e do PETP

Preliminary evidence of increased spawning aggregations of mutton snapper (Lutjanus analis) at Riley’s Hump two years after establishment of the Tortugas South Ecological Reserve

In this note we describe the re-formation of a spawning aggregation of mutton snapper (Lutjanus analis). A review of four consecutive years of survey data indicates that the aggregation may be increasing in size. Mutton snapper are distributed in the temperate and tropical waters of the western Atlantic Ocean from Florida to southeastern Brazil (Burton, 2002). Juveniles and subadults are found in a variety of habitats such as vegetated sand bottoms, bays, and mangrove estuaries (Allen, 1985). Adults are found offshore on coral reefs and other complex hardbottom habitat. They are solitary and wary fish, rarely found in groups or schools except during spawning aggregations (Domeier et al., 1996). Spawning occurs from May through July at Riley’s Hump (Domeier et al., 1996) and peaks in June, as indicated by gonadosomatic indices (M. Burton, unpubl. data). Mutton snapper are highly prized by Florida fishermen for their size and fighting ability, and the majority of landings occur from Cape Canaveral, through the Florida Keys, including the Dry Tortugas (Burton, 2002).

Distribuição das assembleias de girinos associadas a riachos da Reserva Ecológica de Guapiaçu, Cachoeiras de Macacú, Rio de Janeiro, Brasil

Os girinos são organismos diversos e abundantes nos pequenos riachos de cabeceira de florestas tropicais e constituem importantes componentes da diversidade biológica, da trófica e funcional dos sistemas aquáticos. Diferentes características estruturais e limnológicas dos ambientes aquáticos influenciam a organização das assembleias de girinos. Embora o estágio larvar dos anuros seja o mais vulnerável de seu ciclo de vida, sujeito a elevadas taxas de mortalidade, as pesquisas sobre girinos na região neotropical ainda são pouco representativas diante da elevada diversidade de anfíbios desta região e ferramentas que permitam a sua identificação ainda são escassas. Nesta tese, dividida em três capítulos, apresento uma compilação das informações relacionadas aos principais fatores que afetam as assembleias de girinos na região tropical (Capítulo 1), a caracterização morfológica dos girinos encontrados nos riachos durante o estudo e uma proposta de chave dicotômica de identificação (Capítulo 2) e avalio a importância relativa da posição geográfica e da variação temporal de fatores ambientais locais sobre as assembleias de girinos, assim como a correlação entre as espécies de girinos e as variáveis ambientais de 10 riachos, ao longo de 15 meses, nas florestas da REGUA (Capítulo 3). Há pelo menos oito tendências relacionadas à distribuição das assembleias de girinos: (1) o tamanho dos riachos e a diversidade de microhabitats são importantes características abióticas influenciando a riqueza e a composição de espécies; (2) em poças, o gradiente de permanência (e.g., hidroperíodo) e a heterogeneidade do habitat são os principais fatores moldando as assembleias de girinos; (3) a composição de espécies parece ser um parâmetro das assembleias mais relevante do que a riqueza de espécies e deve ser primeiramente considerado durante o planejamento de ações conservacionistas de anuros associados a poças e riachos; (4) a predação parece ser a interação biótica mais importante na estruturação das assembleias de girinos, com predadores vertebrados (e.g. peixes) sendo mais vorazes em habitats permanentes e predadores invertebrados (e.g. larvas de odonata) sendo mais vorazes em ambientes temporários; (5) os girinos podem exercer um efeito regulatório, predando ovos e girinos recém eclodidos; (6) o uso do microhabitat varia em função da escolha do habitat reprodutivo pelos adultos, presença de predadores, filogenia, estágio de desenvolvimento e heterogeneidade do habitat; (7) os fatores históricos restringem os habitats reprodutivos que uma espécie utiliza, impondo restrições comportamentais e fisiológicas; (8) a variação temporal nos fatores bióticos (e.g., fatores de risco), abióticos (e.g., distribuição de chuvas), e no padrão de reprodução das espécies pode interferir na estrutura das assembleias de girinos tropicais. A variação temporal na heterogeneidade ambiental dos riachos da REGUA resultou na previsibilidade das assembleias locais de girinos, sendo que os parâmetros ambientais explicaram 23% da variação na sua composição. Os parâmetros espaciais explicaram uma porção menor da variação nas assembleias (16%), enquanto uma porção relativamente elevada da variação temporal da heterogeneidade ambiental foi espacialmente estruturada (18%). As variáveis abióticas que apresentaram as maiores correlação com a composição das assembleias de girinos foram a proporção de folhiço e de rochas no fundo do riacho, e secundariamente a profundidade, a condutividade e a temperatura. O gradiente gerado pela proporção de folhiço e de rochas representou a transição entre riachos permanentes e intermitentes. Este gradiente proporcionou o turnover de espécies, o qual também seguiu um gradiente de condutividade, temperatura, profundidade, e em menor extensão, de hidroperíodo e largura, que estiveram fortemente associado ao grau de permanência dos riachos. Estes resultados corroboram tanto a hipótese do controle ambiental, como do controle biótico de comunidades e indicam que a variação temporal da heterogeneidade ambiental e a variação na posição geográfica são importantes para a estruturação local de assembleias de girinos da REGUA. Os resultados também permitiram distinguir entre assembleias de girinos exclusivas de riachos permanentes, exclusivas de riachos intermitentes e aquelas registradas nos dois tipos de riachos. Os resultados deste capítulo são relevantes para compreender em que extensão os efeitos da variação temporal na heterogeneidade ambiental e de processos espaciais afetam localmente a estruturação de assembleias de girinos.

A riqueza e diversidade de anfíbios anuros da Serra do Mendanha, Estado do Rio de Janeiro, RJ: grau de conservação da floresta, variação altitudinal e uso de recursos hídricos

Os anfíbios anuros que habitam o bioma Mata Atlântica, especialmente em sua floresta ombrófila densa, são pouco conhecidos sob diversos aspectos de sua ecologia, existindo poucas informações disponíveis na literatura científica. Estes dados estão limitados a poucas localidades, geralmente estudos realizados em fragmentos remanescentes do sudeste brasileiro. A mata bem conservada que recobre os 3300 ha da Serra do Mendanha, apesar de localizada na região metropolitana do Estado do Rio de Janeiro, ainda não tinha sua anurofauna conhecida. No presente estudo, recolhemos informações ecológicas sobre as espécies que habitam a região, especialmente da assembléia encontrada no folhiço que recobre o solo, com o uso de diferentes metodologias: armadilhas de queda; parcelas cercadas; procura visual e auditiva em transecções e encontros ocasionais; assim como dados abióticos do ambiente regional (profundidade do folhiço; níveis de pH; taxa de oxigênio dissolvido; temperaturas do ar e da água; umidade do ar). Exemplares-testemunho foram fixados e depositados na coleção de anfíbios do Museu Nacional, Rio de Janeiro. A anurofauna da Serra do Mendanha é composta por pelo menos 44 espécies que estão distribuídas em 12 famílias, sendo a família Hylidae com o maior número de espécies (50%, n = 22), enquanto que Physalaemus signifer foi a espécie mais abundante (18%, n = 272), sendo habitante do folhiço. A espécie Rhinella ornata contribuiu com a maior biomassa (m = 548 g). Identificamos uma nova espécie de anuro (Brachycephalidae), que também habita o folhiço das cotas altimétricas acima de 700 m. Biogeograficamente a comunidade de anuros da área estudada indicou ser mais similar (68%) com a comunidade da região da Serra da Tiririca e arredores. Comparando-se os três tipo de fisionomias, ou mesohábitats, existentes na Serra do Mendanha, em termos de riqueza e diversidade, a floresta secundária indicou ter os mais elevados índices, seguido pela floresta pouco perturbada e pela monocultura de bananeiras. A assembléia de anuros que habita o folhiço da Serra do Mendanha é composta por nove espécies, que pouco diferiu ao longo de um gradiente altitudinal (0 a 900 m), com o registro das espécies Euparkerella brasiliensis, H. binotatus, Leptodactylus marmoratus e Zachaenus parvulus na maioria das cotas altimétricas. A altitude, a declividade e profundidade do folhiço foram as variáveis abióticas que mais influenciaram na distribuição de abundância e de riqueza de espécies do folhiço. Na estação úmida (setembro a março) a densidade de anuros no folhiço foi de 10,4 ind./100m2, enquanto que na estação seca (abril a agosto) houve uma redução de 34,6% (6,8 ind./100m2). As assembléias de anuros utilizam os recursos hídricos disponíveis na Serra do Mendanha (água da chuva, córregos, fitotelmas, rios e umidade do ar), de diferentes formas, associadas diretamente ao modo reprodutivo de cada espécie. A altitude, a temperatura da água e o pH afetaram a distribuição de espécies de girinos nos diferentes sítios reprodutivos. O modo reprodutivo 1 foi o mais freqüente (n = 18) entre os 14 modos identificados. O estudo de 12 poças (lênticas e lóticas) indicou que estas diferiram consistentemente entre si, seja nas suas dimensões, na composição de suas assembléias de girinos e nos seus componentes abióticos. Diversos predadores de girinos foram encontrados em algumas poças. A assembléia de girinos de cada poça indicou ser moldada pela interação de diferentes fatores ambientais, ecológicos e filogenéticos de cada espécie

Desenvolvimento de interfaces gráficas para estatística Bayesiana aplicada à comparação mista de tratamentos

A partir dos avanços obtidos pela industria farmacêutica surgiram diversos medicamentos para o combate de enfermidades. Esses medicamentos possuem efeito tópico similar porém com suaves modificações em sua estrutura bioquímica, com isso a concorrência entre as industrias farmacêuticas se torna cada vez mais acirrada. Como forma de comparar a efetividade desses medicamentos, surgem diversas metodologias, com o objetivo de encontrar qual seria o melhor medicamento para uma dada situação. Uma das metodologias estudadas é a comparação mista de tratamentos, cujo objetivo é encontrar a efetividade de determinadas drogas em estudos e/ou ensaios clínicos que abordem, mesmo que de maneira indireta, os medicamentos estudados. A utilização dessa metodologia é demasiadamente complexa pois requer conhecimento de linguagens de programação em ambientes estatísticos além do domínio sobre as metodologias aplicadas a essa técnica. O objetivo principal desse estudo é a criação de uma interface gráfica que facilite a utilização do MTC para usuários que não possuam conhecimento em linguagens de programação, que seja de código aberto e multiplataforma. A expectativa é que, com essa interface, a utilização de técnicas mais abrangentes e avançadas seja facilitada, além disso, venha tornar o ensinamento sobre o tema mais facilitado para pessoas que ainda não conhecem o método