Novos métodos determinísticos para gerar centros iniciais dos grupos no algoritmo fuzzy C-Means e variantes

Data clustering is applied to various fields such as data mining, image processing and pattern recognition technique. Clustering algorithms splits a data set into clusters such that elements within the same cluster have a high degree of similarity, while elements belonging to different clusters have a high degree of dissimilarity. The Fuzzy C-Means Algorithm (FCM) is a fuzzy clustering algorithm most used and discussed in the literature. The performance of the FCM is strongly affected by the selection of the initial centers of the clusters. Therefore, the choice of a good set of initial cluster centers is very important for the performance of the algorithm. However, in FCM, the choice of initial centers is made randomly, making it difficult to find a good set. This paper proposes three new methods to obtain initial cluster centers, deterministically, the FCM algorithm, and can also be used in variants of the FCM. In this work these initialization methods were applied in variant ckMeans.With the proposed methods, we intend to obtain a set of initial centers which are close to the real cluster centers. With these new approaches startup if you want to reduce the number of iterations to converge these algorithms and processing time without affecting the quality of the cluster or even improve the quality in some cases. Accordingly, cluster validation indices were used to measure the quality of the clusters obtained by the modified FCM and ckMeans algorithms with the proposed initialization methods when applied to various data sets

Algoritmo treansgenético na solução do problema do Caixeiro Viajante

The Traveling Purchaser Problem is a variant of the Traveling Salesman Problem, where there is a set of markets and a set of products. Each product is available on a subset of markets and its unit cost depends on the market where it is available. The objective is to buy all the products, departing and returning to a domicile, at the least possible cost defined as the summation of the weights of the edges in the tour and the cost paid to acquire the products. A Transgenetic Algorithm, an evolutionary algorithm with basis on endosymbiosis, is applied to the Capacited and Uncapacited versions of this problem. Evolution in Transgenetic Algorithms is simulated with the interaction and information sharing between populations of individuals from distinct species. The computational results show that this is a very effective approach for the TPP regarding solution quality and runtime. Seventeen and nine new best results are presented for instances of the capacited and uncapacited versions, respectively

Características clínicas e histopatológicas da placa aural em eqüinos das raças Mangalarga e Quarto de Milha

Placa aural é uma variante da papilomatose eqüina. Foram examinados 306 eqüinos da raça Mangalarga e 275 da raça Quarto de Milha, com o objetivo de comparar a ocorrência da placa aural entre os animais destas raças, e caracterizar os achados clínicos e histopatológicos desta enfermidade. A ocorrência da placa aural foi 57% nos eqüinos da raça Mangalarga e 35% nos eqüinos da raça Quarto de Milha. Clinicamente as lesões consistiram de placas aplainadas, descamativas e hipocrômicas, formadas com freqüência pela coalescência de pequenas pápulas. Os principais achados histopatológicos foram hiperplasia epidérmica e hipomelanose levando à alteração abrupta entre o epitélio normal e o epitélio acometido pela placa aural.

A first case of protease codon 35 amino acid insertion in a HIV-1 subtype B sequence detected in the Bauru region, state of São Paulo, Brazil: case report

Inserções de aminoácidos na protease têm sido raramente descritas em pacientes infectados pelo HIV. Uma destas inserções foi, recentemente, descrita no codon 35, embora seu impacto na resistência mantém-se pouco conhecido. Este trabalho apresenta um caso de uma variante viral com inserção no codon 35 da protease, descrita pela primeira vez em Bauru, São Paulo, Brasil, circulante em um homem, caucasiano, com 38 anos, o qual apresenta infecção assintomática pelo HIV desde 1997. A variante isolada mostrou uma inserção no codon 35 da protease de dois aminoácidos: uma treonina e um ácido aspártico, resultando na sequência de aminoácidos E35E_TD.

Transporte eletrônico e propriedades termodinâmicas de nanobiomoléculas

We use a tight-binding formulation to investigate the transmissivity and the currentvoltage (I_V) characteristics of sequences of double-strand DNA molecules. In order to reveal the relevance of the underlying correlations in the nucleotides distribution, we compare theresults for the genomic DNA sequence with those of arti_cial sequences (the long-range correlated Fibonacci and RudinShapiro one) and a random sequence, which is a kind of prototype of a short-range correlated system. The random sequence is presented here with the same _rst neighbors pair correlations of the human DNA sequence. We found that the long-range character of the correlations is important to the transmissivity spectra, although the I_V curves seem to be mostly inuenced by the short-range correlations. We also analyze in this work the electronic and thermal properties along an _-helix sequence obtained from an _3 peptide which has the uni-dimensional sequence (Leu-Glu-Thr- Leu-Ala-Lys-Ala)3. An ab initio quantum chemical calculation procedure is used to obtain the highest occupied molecular orbital (HOMO) as well as their charge transfer integrals, when the _-helix sequence forms two di_erent variants with (the so-called 5Q variant) and without (the 7Q variant) _brous assemblies that can be observed by transmission electron microscopy. The di_erence between the two structures is that the 5Q (7Q) structure have Ala ! Gln substitution at the 5th (7th) position, respectively. We estimate theoretically the density of states as well as the electronic transmission spectra for the peptides using a tight-binding Hamiltonian model together with the Dyson's equation. Besides, we solve the time dependent Schrodinger equation to compute the spread of an initially localized wave-packet. We also compute the localization length in the _nite _-helix segment and the quantum especi_c heat. Keeping in mind that _brous protein can be associated with diseases, the important di_erences observed in the present vi electronic transport studies encourage us to suggest this method as a molecular diagnostic tool

O problema do caixeiro alugador com coleta de bonus: um estudo algoritmico

This paper introduces a new variant of the Traveling Car Renter Problem, named Prizecollecting Traveling Car Renter Problem. In this problem, a set of vertices, each associated with a bonus, and a set of vehicles are given. The objective is to determine a cycle that visits some vertices collecting, at least, a pre-defined bonus, and minimizing the cost of the tour that can be traveled with different vehicles. A mathematical formulation is presented and implemented in a solver to produce results for sixty-two instances. The proposed problem is also subject of an experimental study based on the algorithmic application of four metaheuristics representing the best adaptations of the state of the art of the heuristic programming.We also provide new local search operators which exploit the neighborhoods of the problem, construction procedures and adjustments, created specifically for the addressed problem. Comparative computational experiments and performance tests are performed on a sample of 80 instances, aiming to offer a competitive algorithm to the problem. We conclude that memetic algorithms, computational transgenetic and a hybrid evolutive algorithm are competitive in tests performed

As estratégias de negação variantes no inglês falado: uma comparação com o português

The general aim of this work is to verify the occurence of variant forms of negation in spoken English with the purpose of making a comparative study between the English and the Portuguese languages. As for Portuguese, we used as a matter of reference a study already made on negation. As for English, we analized a corpus of the North American English variant organized by a university in the United States. This study is based on the North American Functional Linguistics theoretical perspective, which considers relevant the study of language used in real situations of communicative interaction. The data analisys proved that there is at least one form of negative variant in spoken English which is not allowed by prescriptive grammar. This phenomenon turns out to be similar to Portuguese, which includes three variant strategies. According to the data obtained, it was possible to verify that the variant strategy used in English, from a contrastive point of view, corresponds to a negative strategy ruled by Portuguese prescriptive grammar. Finally, we discussed about the different conceptions of language, grammar and teaching, giving suggestions to colaborate to a productive and reflexive teaching of first or second language

HB D Los Angeles in a Brazilian family

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Avaliação eletroforética, cromatográfica e molecular da Hb D Los Angeles no Brasil

A variante de hemoglobina (Hb) D mais comum, Hb D Los Angeles ou D Punjab, é originada de uma transversão GAA->CAA no códon 121 da globina beta; essa mutação resulta na substituição do ácido glutâmico por glutamina na proteína. É a terceira variante de hemoglobina mais freqüente da população brasileira. Como as hemoglobinas D apresentam migração similar à hemoglobina S em pH alcalino, e com a hemoglobina A em pH ácido, são necessários vários testes para o correto diagnóstico. No presente estudo objetivou-se relacionar os diferentes procedimentos laboratoriais de rotina diagnóstica, além da análise molecular, para estabelecer o perfil de Hb D Los Angeles no Brasil. Foram analisados 47 indivíduos da população brasileira com provável Hb D Los Angeles, por vários procedimentos eletroforéticos em diferentes condições de pH, além da cromatografia líquida de alta pressão, e testes moleculares para confirmação da mutação. Foram encontrados quatro tipos de combinações de hemoglobinas: 42 indivíduos portadores de hemoglobina AD Los Angeles, dois indivíduos com doença de Hb S/D Los Angeles, dois indivíduos com Hb D Los Angeles e talassemia beta e um indivíduo com Hb D Los Angeles e Hb Lepore. Os indivíduos heterozigotos para D Los Angeles são assintomáticos, entretanto, em associação com outras variantes e talassemias podem apresentar graus variáveis de manifestações clínicas. Os resultados apresentados enfatizaram a necessidade da associação de várias metodologias para a identificação da Hb D Los Angeles, além de auxiliar na elucidação de combinações raras.

Hemoglobina Köln diagnosticada em programa de triagem neonatal em São José do Rio Preto, SP

Alterações genéticas em que a mutação de aminoácidos nas globinas afeta a estrutura da molécula tornando-a instável são classificadas como hemoglobinas instáveis. Devido à grande diversidade dos pontos de mutações por substituições e deleções de aminoácidos, as formas de instabilização se apresentam muito variadas. A hemoglobina Köln é a variante instável descrita com maior freqüência na literatura e a terceira descoberta no Brasil, as outras são Hb Niterói e Hb Hasharon. Anemia moderada, icterícia e presença de urina escura caracterizam as manifestações clínicas da Hb Köln. em programa de triagem neonatal identificamos uma criança com suspeita de heterozigose para hemoglobina Köln, confirmada por procedimentos eletroforéticos e HPLC. Avaliações por diferentes metodologias laboratoriais e estudo familiar auxiliam no diagnóstico precoce, possibilitando minimizar os sintomas decorrentes da hemoglobina anormal e a realização do aconselhamento genético e educacional destas alterações hereditárias.

Análise quantitativa e molecular de hemoglobina fetal em indivíduos da população brasileira

A hemoglobina fetal - Hb F, formada por duas cadeias gama e duas cadeias alfa, é característica do período fetal do desenvolvimento, tendo sua síntese diminuída no período pós-natal. em algumas alterações hereditárias, a Hb F permanece aumentada, como nas delta-beta talassemia, beta talassemia e persistência hereditária de Hb F (PHHF). A síntese da globina gama também pode ser estimulada por fatores externos como leucemias, transplantes de medula óssea, induções químicas, dentre outros. Através da observação de Hb F aumentada em doadores de sangue por procedimentos eletroforéticos objetivou-se avaliar a quantidade de Hb F em amostras de sangue de candidatos à doação, visando estabelecer seus limites de normalidade na população de São José do Rio Preto e região, por meio de desnaturação alcalina e cromatografia líquida de alta pressão (HPLC), comparar as metodologias aplicadas e, nos indivíduos com Hb F aumentada, realizar estudos moleculares para identificar as mutações que alteram a expressão dos genes gama. Foram analisadas 208 amostras de sangue, sendo 119 de candidatos à doação e 89 de indivíduos sem sintomas de anemia ou achados hematológicos e com Hb F aumentada como grupo comparativo. Das 119 amostras de candidatos à doação, 110 foram utilizadas para traçar o perfil de normalidade de Hb F, comparando-se as metodologias de desnaturação alcalina e HPLC, onde se obteve a média de 1,48% e de 0,6%, respectivamente. A análise estatística por regressão linear mostrou diferença significativa na comparação entre as duas metodologias aplicadas, sendo a HPLC mais precisa para a quantificação de Hb F. Foram observados nos testes de rastreamento de hemoglobinas anormais nestas 110 amostras de sangue: 16,4% de alfa talassemia, 0,9% com Hb F aumentada, 0,9% com beta talassemia e 0,9% com hemoglobina variante de cadeia delta. Os outros nove doadores de sangue apresentaram Hb F acima de 10% em eletroforese e observou-se média de 32,28% para desnaturação alcalina e de 26,4% para HPLC. As análises moleculares por PCR-ASO foram realizadas na tentativa de se identificar um defeito genético que pudesse explicar o aumento de Hb F, pelo rastreamento de 16 mutações que originam talassemias do tipo beta. Encontraram-se 5,3% de heterozigotos para mutação CD6-A e 1,75% para as mutações CD 39, IVS1:6, -87 e IVS2:654, todas em heterozigose. Os resultados encontrados neste estudo evidenciam a necessidade de melhor caracterização dos perfis de hemoglobina obtidos pelos métodos clássicos e a importância de sua caracterização molecular.

Caracterização de hemoglobina N-Baltimore em doador de sangue de São José do Rio Preto, SP

As alterações que envolvem as globinas devem-se a modificações em genes responsáveis pela seqüência e estrutura das cadeias polipeptídicas, bem como aos genes reguladores da síntese destas cadeias. Hemoglobinas variantes apresentam estrutura química diferente da hemoglobina normal correspondente, resultante de mutações em uma ou mais bases nitrogenadas, ocasionando a troca de aminoácidos nas globinas alfa, beta, delta ou gama. A hemoglobina N-Baltimore é uma variante de globina beta, com substituição da lisina, na posição 95, por ácido glutâmico, apresentando mobilidade eletroforética mais rápida que a hemoglobina A em pH alcalino. Nas análises eletroforéticas em pH alcalino realizadas em doadores de sangue do Hemocentro de São José do Rio Preto (SP) identificamos a presença de portador de hemoglobina rápida em heterozigose, posteriormente confirmada por focalização isoelétrica e cromatografia líquida de alta pressão (HPLC). Os estudos de hemoglobinas anormais em doadores de sangue permitem a identificação de variantes raras e possibilitam o aconselhamento genético adequado a cada caso com estudo familial.

Antigenic typing of brazilian rabies virus samples isolated from animals and humans, 1989-2000

Amostras de vírus rábico isoladas de animais e humanos no período de 1989 a 2000 foram tipificadas antigenicamente com a utilização de um painel de anticorpos monoclonais contra a nucleoproteína viral, pré-estabelecido para o estudo da epidemiologia molecular do vírus rábico isolado nas Américas. As amostras testadas foram isoladas no laboratório de diagnóstico do Instituto Pasteur e outros centros de diagnóstico de raiva no Brasil. Além das cepas de vírus rábico fixo CVS-31/96-IP, mantida em cérebro de camundongos e a PV-BHK/97, mantida em cultura de células, cepas de vírus rábico isoladas de cães, gatos, bovinos, eqüinos, morcegos, ovinos, caprino, suínos, raposa, sagüí, coatí, guaxinim e humanos, totalizaram 330 amostras. Seis variantes antigênicas foram definidas, compatíveis com perfís observados no painel de anticorpos monoclonais pré-estabelecido utilizado, as de número 2 (cão), 3 (Desmodus rotundus), 4 (Tadarida brasiliensis), 5 (Vampiro da Venezuela), 6 (Lasiurus cinereus) e Lab (reagente a todos os anticorpos utilizados), além de outros seis perfís desconhecidos, não compatíveis com aqueles observados no painel utilizado. A maior variabilidade foi observada entre as amostras isoladas de morcegos insetívoros e a variante mais comum isolada entre as espécies foi a variante 3 (Desmodus rotundus). Estes fatos podem representar a existência de múltiplos ciclos de transmissão independentes, envolvendo diferentes espécies de morcegos.

Relación de dependencia del trabajo formal y brechas de protección social en América Latina y el Caribe

Incluye Bibliografía

Tablas completas de mortalidad

Incluye Bibliografía