Developmental constraints on vertebrate genome evolution.

Constraints in embryonic development are thought to bias the direction of evolution by making some changes less likely, and others more likely, depending on their consequences on ontogeny. Here, we characterize the constraints acting on genome evolution in vertebrates. We used gene expression data from two vertebrates: zebrafish, using a microarray experiment spanning 14 stages of development, and mouse, using EST counts for 26 stages of development. We show that, in both species, genes expressed early in development (1) have a more dramatic effect of knock-out or mutation and (2) are more likely to revert to single copy after whole genome duplication, relative to genes expressed late. This supports high constraints on early stages of vertebrate development, making them less open to innovations (gene gain or gene loss). Results are robust to different sources of data -- gene expression from microarrays, ESTs, or in situ hybridizations; and mutants from directed KO, transgenic insertions, point mutations, or morpholinos. We determine the pattern of these constraints, which differs from the model used to describe vertebrate morphological conservation ("hourglass" model). While morphological constraints reach a maximum at mid-development (the "phylotypic" stage), genomic constraints appear to decrease in a monotonous manner over developmental time.

The short-rooted phenotype of the brevis radix mutant partly reflects root abscisic acid hypersensitivity.

To gain further insight into abscisic acid (ABA) signaling and its role in growth regulation, we have screened for Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) mutants hypersensitive to ABA-mediated root growth inhibition. As a result, we have identified a loss-of-function allele of BREVIS RADIX (BRX) in the Columbia background, named brx-2, which shows enhanced response to ABA-mediated inhibition of root growth. BRX encodes a key regulator of cell proliferation and elongation in the root, which has been implicated in the brassinosteroid (BR) pathway as well as in the regulation of auxin-responsive gene expression. Mutants affected in BR signaling that are not impaired in root growth, such as bes1-D, bzr1-D, and bsu1-D, also showed enhanced sensitivity to ABA-mediated inhibition of root growth. Triple loss-of-function mutants affected in PP2Cs, which act as negative regulators of ABA signaling, showed impaired root growth in the absence of exogenous ABA, indicating that disturbed regulation of ABA sensitivity impairs root growth. In agreement with this result, diminishing ABA sensitivity of brx-2 by crossing it with a 35S:HAB1 ABA-insensitive line allowed significantly higher recovery of root growth after brassinolide treatment. Finally, transcriptomic analysis revealed that ABA treatment negatively affects auxin signaling in wild-type and brx-2 roots and that ABA response is globally altered in brx-2. Taken together, our results reveal an interaction between BRs, auxin, and ABA in the control of root growth and indicate that altered sensitivity to ABA is partly responsible for the brx short-root phenotype.

Positive time-frequency distributions based on joint marginal constraints

This correspondence studies the formulation of members ofthe Cohen-Posch class of positive time-frequency energy distributions.Minimization of cross-entropy measures with respect to different priorsand the case of no prior or maximum entropy were considered. It isconcluded that, in general, the information provided by the classicalmarginal constraints is very limited, and thus, the final distributionheavily depends on the prior distribution. To overcome this limitation,joint time and frequency marginals are derived based on a "directioninvariance" criterion on the time-frequency plane that are directly relatedto the fractional Fourier transform.

Inheritance of late flowering in natural variants of soybean cultivars under short-day conditions

The objective of this work was to determine the inheritance of the long juvenile period trait in natural variants of the Doko, BR 9 (Savana), Davis, Embrapa 1 (IAS 5RC), and BR 16 soybean cultivars. Complete diallel crosses were made between the Doko and BR 16 cultivars and their variants. A 3:1 segregation ratio was observed in the F2 populations of the 'Doko' x Doko-18T, 'Doko' x Doko-Milionária, 'Davis' x São Carlos, and 'BR 9 (Savana)' x MABR92-836 (Savanão) crosses, indicating that the long juvenile period trait is controlled by a pair of recessive genes. The difference in late flowering between the Doko cultivar and both of its variants was caused by a recessive spontaneous mutation at the same genetic locus. However, the variants Doko-18T and Doko-Milionária are identical mutants that share a pair of genes that control the long juvenile period under short-day conditions. These mutants can be used in breeding programs to develop cultivars adapted to low-latitude tropical regions.

The Besançon Galaxy Model renewed. I. Constraints on the Galactic thin disc evolution from Tycho data

Context. The understanding of Galaxy evolution can be facilitated by the use of population synthesis models, which allow to test hypotheses on the star formation history, star evolution, as well as chemical and dynamical evolution of the Galaxy. Aims. The new version of the Besanc¸on Galaxy Model (hereafter BGM) aims to provide a more flexible and powerful tool to investigate the Initial Mass Function (IMF) and Star Formation Rate (SFR) of the Galactic disc. Methods. We present a new strategy for the generation of thin disc stars which assumes the IMF, SFR and evolutionary tracks as free parameters. We have updated most of the ingredients for the star count production and, for the first time, binary stars are generated in a consistent way. We keep in this new scheme the local dynamical self-consistency as in Bienayme et al (1987). We then compare simulations from the new model with Tycho-2 data and the local luminosity function, as a first test to verify and constrain the new ingredients. The effects of changing thirteen different ingredients of the model are systematically studied. Results. For the first time, a full sky comparison is performed between BGM and data. This strategy allows to constrain the IMF slope at high masses which is found to be close to 3.0, excluding a shallower slope such as Salpeter"s one. The SFR is found decreasing whatever IMF is assumed. The model is compatible with a local dark matter density of 0.011 M pc−3 implying that there is no compelling evidence for significant amount of dark matter in the disc. While the model is fitted to Tycho2 data, a magnitude limited sample with V<11, we check that it is still consistent with fainter stars. Conclusions. The new model constitutes a new basis for further comparisons with large scale surveys and is being prepared to become a powerful tool for the analysis of the Gaia mission data.

Short-term Hydropower Planning System

The Thesis gives a decision support framework that has significant impact on the economic performance and viability of a hydropower company. The studyaddresses the short-term hydropower planning problem in the Nordic deregulated electricity market. The basics of the Nordic electricity market, trading mechanisms, hydropower system characteristics and production planning are presented in the Thesis. The related modelling theory and optimization methods are covered aswell. The Thesis provides a mixed integer linear programming model applied in asuccessive linearization method for optimal bidding and scheduling decisions inthe hydropower system operation within short-term horizon. A scenario based deterministic approach is exploited for modelling uncertainty in market price and inflow. The Thesis proposes a calibration framework to examine the physical accuracy and economic optimality of the decisions suggested by the model. A calibration example is provided with data from a real hydropower system using a commercial modelling application with the mixed integer linear programming solver CPLEX.

Short-term increase in particulate matter blunts nocturnal blood pressure dipping and daytime urinary sodium excretion

Short-term exposure to ambient particulate matter with aerodynamic diameters<10 µm were found to be positively associated with blood pressure. Yet, little information exists regarding the association between particles and circadian rhythm of blood pressure. Hence, we analyzed the association of exposure to particulate matter with aerodynamic diameters<10 µm on the day of examination and ≤7 days before with ambulatory blood pressure and with sodium excretion in 359 adults from the general population using multiple linear regression. After controlling for potential confounders, a 10-µg/m3 increase in particulate matter with aerodynamic diameters<10 µm levels was associated with nighttime systolic blood pressure (β=1.32 mm Hg 95% CI, 0.06-2.58 mm Hg at lag 0; P=0.04), nighttime diastolic blood pressure (0.72 mm Hg 95% CI, 0.03-1.42 mm Hg at lag 2; P=0.04), nocturnal systolic blood pressure dipping (-0.96 mm Hg 95% CI, -1.89 to -0.03 mm Hg at lag 0; P=0.044), and daytime urinary sodium excretion (-0.05 log-mmol/min 95% CI, -0.10 to -0.01 log-mmol/min at lag 0; P=0.027) but not with nighttime sodium excretion. The associations with blood pressure rapidly diminished with increasing lag days, and the associations with daytime sodium excretion were maximal with particulate matter with aerodynamic diameters<10 µm in exposures 2 to 5 days before. The associations of short-term increases in particulate matter with aerodynamic diameters<10 µm with higher nighttime blood pressure and blunted systolic blood pressure dipping were preceded by associations with reduced ability of the kidney to excrete sodium during daytime. The underlying mechanism linking air pollution to increased cardiovascular risk may include disturbed circadian rhythms of renal sodium handling and blood pressure.

Kokoonpanon kehittäminen tuulivoimalakoneikkojen valmistuksessa

Tämä diplomityö on tehty Hollming Works Oy:n Loviisan yksikölle. Työn tekovaiheessa yrityksessä oltiin aloittamassa tuulivoimalakoneikkojen sarjatyönä tapahtuvaa kokoonpanoa. Työn tavoitteena oli kehittää koneikkojen kokoonpanoverstaan toimintaa. Ennen työn alkua yritykseen oli perustettu tuulivoimalakoneikkojen kokoonpanoon tuoteverstas. Verstaalla kootaan raskaita osakokoonpanoja, jotka lopulta yhdistetään koneikoksi, jota kutsutaan myös naselliksi. Tämän jälkeen varusteluvaiheessa koneikkoon asennetaan mm. erilaisia sähköisiä ja hydraulisia järjestelmiä. Varusteluvaiheen päätteeksi koneikon toiminta testataan. Viimeisenä vaiheenakoneikon päälle asennetaan lasikuitukuori. Työn alkuosassa on käyty läpi tuotannon- ja materiaalinohjauksen perusteita, kokoonpanon kehittämistä ja layout-suunnittelua, jonka pohjalta tuulivoimalaverstaalle tehtiin kokoonpanosoluihin perustuva layoutsuunnitelma. Tuotannonohjaus suunnitelmassa perustuu kapeikko-ohjaukseen. Tuotannon kapeikon muodostava varusteluvaihe imee aiemmista vaiheista osakokoonpanot. Varusteluvaiheen ja testauksen jälkeen koneikko siirtyytyöntöohjatusti lasikuitukuoren asennukseen. Järjestelmässä pyritään tehokkaaseen tilankäyttöön, lyhyeen läpäisyaikaan ja vähäiseen keskeneräisen tuotannon määrään.

Gold investments and short- and long-run price determinants of the price of gold

Tämän tutkielman tavoitteena on tutkia tekijöitä jotkavaikuttavat lyhyellä ja pitkällä aikavälillä kullan hintaan. Toiseksi tutkielmassa selvitetään mitä eri sijoitusmahdollisuuksia löytyy kultaan sijoitettaessa. Aineistona käytetään kuukausitasoista dataa Yhdysvaltain ja maailman hintaindekseistä, Yhdysvaltain ja maailman inflaatiosta ja inflaation volatiliteetista, kullan beetasta, kullan lainahinnasta, luottoriskistä ja Yhdysvaltojen ja maailman valuuttakurssi indeksistä joulukuulta 1972 elokuulle 2006. Yhteisintegraatio regressiotekniikoita käytettiin muodostamaan malli jonka avullatutkittiin päätekijöitä jotka vaikuttavat kullan hintaan. Kirjallisuutta tutkimalla selvitettiin miten kultaan voidaan sijoittaa. Empiirisettulokset ovat yhteneväisiä edellisten tutkimusten kanssa. Tukea löytyi sille, että kulta on pitkän ajan suoja inflaatiota vastaan ja kulta ja Yhdysvaltojen inflaatio liikkuvat pitkällä aikavälillä yhdessä. Kullan hintaan vaikuttavat kuitenkin lyhyen ajan tekijät pitkän ajan tekijöitä enemmän. Kulta on myös sijoittajalle helppo sijoituskohde, koska se on hyvin saatavilla markkinoilla ja eri instrumentteja on lukuisia.

Vastuu toimitusvahingoista polttonesteen toimituksissa, case oy Shell ab

Tutkimustyön tavoitteena oli selvittää polttonesteiden toimituksiin osallistuvien tahojen, eli myyjän, itsenäisen rahdinkuljettajan ja ostajan vastuun jakautuminen.. Lähtökohtaisesti myyjällä on viivästystilanteissa sekä kuluttaja-, että yritysasiakkaita kohtaan kontrollivastuu välittömistä ja tuottamusperusteinen vastuu välillisistä vahingoista, mutta korvausvelvollisuudesta voidaan vapautua tietyt tunnusmerkit täyttävän esteen perusteella. Virhevastuukin perustuu samanlaiselle kaksinkertaiselle vahinkolajikohtaiselle vastuuperuste-erottelulle, mutta myyjän on aina korvattava kuluttajalle aiheutuneet välittömät vahingot aiheuttamisvastuun perusteella. Lisäksi hän voi joutua hyvittämään kaikki mahdolliset menetyksen annetun erityisen sitoumuksen nojalla. Maksuviivästystilanteissa ostajan molempia vahinkolajeja koskeva vastuuperuste sijoittuu puhtaan aiheuttamis- ja kontrollivastuun väliin. Lainmukaisen myötävaikutusvelvollisuuden laiminlyönnin aiheuttamat vahingot korvataan noudattamalla myyjän viivästysvastuusäännöksiä, mutta tavaran vastaanottamisen tai noutamisen osalta vastuun toteutuminen edellytetään vielä sitä, että kaupankohteen pois toimittamisella on ollut myyjäpuolelle erityistä merkitystä. Kuluttaja-asiakkaalla ei kuitenkaan ole edellä mainittua vastuuta. Rahdinkuljettajalla on tavara- ja viivästysvahingoista ankara vastuu tietyn force majeure poikkeuksin. Tavallisesti korvausvelvollisuus rajoittuu tavaravahinkojen osalta 20 euroon painokiloa kohti ja viivästysvahingot on korvattava rahtia vastaavaan rahamäärään saakka. Kyseinen taho voi myös vapautua vastuusta kokonaan laissa mainittujen vastuuvapausperusteiden nojalla, mutta tahallinen tai törkeän huolimaton toiminta aiheuttaa täyden vahingonkorvausvastuun.