Expression of MYC, IgM, As Well As Non-Germinal Centre B-Cell Like Immunophenotype and Positive Immunofish Index Predict a Worse Progression Free Survival and Overall Survival in a Series of 670 De Novo Diffuse Large B-Cell Lymphomas Included in Clinical Trials: A GELA Study of the 2003 Program

Introduction: Diffuse large B-cell lymphomas (DLBCL) represent a heterogeneous disease with variable clinical outcome. Identifying phenotypic biomarkers of tumor cells on paraffin sections that predict different clinical outcome remain an important goal that may also help to better understand the biology of this lymphoma. Differentiating non-germinal centre B-cell-like (non-GCB) from Germinal Centre B-cell-like (GCB) DLBCL according to Hans algorithm has been considered as an important immunohistochemical biomarker with prognostic value among patients treated with R-CHOP although not reproducibly found by all groups. Gene expression studies have also shown that IgM expression might be used as a surrogate for the GCB and ABC subtypes with a strong preferential expression of IgM in ABC DLBCL subtype. ImmunoFISH index based on the differential expression of MUM-1, FOXP1 by immunohistochemistry and on the BCL6 rearrangement by FISH has been previously reported (C Copie-Bergman, J Clin Oncol. 2009;27:5573-9) as prognostic in an homogeneous series of DLBCL treated with R-CHOP. In addition, oncogenic MYC protein overexpression by immunohistochemistry may represent an easy tool to identify the consequences of MYC deregulation in DLBCL. Our aim was to analyse by immunohistochemistry the prognostic relevance of MYC, IgM, GCB/nonGCB subtype and ImmunoFISH index in a large series of de novo DLBCL treated with Rituximab (R)-chemotherapy (anthracyclin based) included in the 2003 program of the Groupe d'Etude des Lymphomes de l'Adulte (GELA) trials. Methods: The 2003 program included patients with de novo CD20+ DLBCL enrolled in 6 different LNH-03 GELA trials (LNH-03-1B, -B, -3B, 39B, -6B, 7B) stratifying patients according to age and age-adjusted IPI. Tumor samples were analyzed by immunohistochemistry using CD10, BCL6, MUM1, FOXP1 (according to Barrans threshold), MYC, IgM antibodies on tissue microarrays and by FISH using BCL6 split signal DNA probes. Considering evaluable Hans score, 670 patients were included in the study with 237 (35.4%) receiving intensive R-ACVBP regimen and 433 (64.6%) R-CHOP/R-mini-CHOP. Results: 304 (45.4%) DLBCL were classified as GCB and 366 (54.6%) as non-GCB according to Hans algorithm. 337/567 cases (59.4%) were positive for the ImmunoFISH index (i.e. two out of the three markers positive: MUM1 protein positive, FOXP1 protein Variable or Strong, BCL6 rearrangement). Immunofish index was preferentially positive in the non-GCB subtype (81.3%) compared to the GCB subtype (31.2%), (p<0.001). IgM was recorded as positive in tumor cells in 351/637 (52.4%) DLBCL cases with a preferential expression in non-GCB 195 (53.3%) vs GCB subtype 100(32.9%), p<0.001). MYC was positive in 170/577 (29.5%) cases with a 40% cut-off and in 44/577 (14.2%) cases with a cut-off of 70%. There was no preferential expression of MYC among GCB or non-GCB subtype (p>0.4) for both cut-offs. Progression-free Survival (PFS) was significantly worse among patients with high IPI score (p<0.0001), IgM positive tumor (p<0.0001), MYC positive tumor with a 40% threshold (p<0.001), ImmunoFISH positive index (p<0.002), non-GCB DLBCL subtype (p<0.0001). Overall Survival (OS) was also significantly worse among patients with high IPI score (p<0.0001), IgM positive tumor (p=0.02), MYC positive tumor with a 40% threshold (p<0.01), ImmunoFISH positive index (p=0.02), non-GCB DLBCL subtype (p<0.0001). All significant parameters were included in a multivariate analysis using Cox Model and in addition to IPI, only the GCB/non-GCB subtype according to Hans algorithm predicted significantly a worse PFS among non-GCB subgroup (HR 1.9 [1.3-2.8] p=0.002) as well as a worse OS (HR 2.0 [1.3-3.2], p=0.003). This strong prognostic value of non-GCB subtyping was confirmed considering only patients treated with R- CHOP for PFS (HR 2.1 [1.4-3.3], p=0.001) and for OS (HR 2.3 [1.3-3.8], p=0.002). Conclusion: Our study on a large series of patients included in trials confirmed the relevance of immunohistochemistry as a useful tool to identify significant prognostic biomarkers for clinical use. We show here that IgM and MYC might be useful prognostic biomarkers. In addition, we confirmed in this series the prognostic value of the ImmunoFISH index. Above all, we fully validated the strong and independent prognostic value of the Hans algorithm, daily used by the pathologists to subtype DLBCL.

Informação científica: proposta de um novo modelo para o Brasil

O acesso à informação científica tem sido um grande desafio para países em desenvolvimento como o Brasil. Com a crise dos periódicos, surgida em função dos altos custos na manutenção das assinaturas das revistas científicas, o acesso à informação científica ficou bastante limitado. Embora essa crise tenha começado em meados dos anos 80, ainda hoje não existe nenhuma solução definitiva. Com as tecnologias da informação e da comunicação, surge a iniciativa de arquivos abertos (Open Archvies Initiative), a qual define um modelo de interoperabilidade entre bibliotecas e repositórios digitais, possibilitando alternativas para a comunicação científica. Ao mesmo tempo, consolida-se o movimento em favor do acesso livre à informação científica em todo o mundo, pelos grandes editores ou publishers, por meio de propostas de ações que possam viabilizar essa iniciativa. Essas são as bases da proposta de um novo modelo para intensificar e consolidar o registro e a disseminação da produção científica brasileira, assim como do acesso à informação científica. Com as experiências obtidas na implantação da Biblioteca Digital Brasileira de Teses e Dissertações (BDTD), o Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia (Ibict) detém, hoje, a competência técnica para consolidar e implantar essa proposta.

Marketing da informação: abordagem inovadora para entender o mercado e o negócio da informação

Mostra o marketing da informação como abordagem inovadora da gestão da informação e do conhecimento em unidades de informação, a partir do entendimento do mercado e do negócio da informação na área em que atuam suas organizações mantenedoras, estejam elas inseridas no setor com fins de lucro ou não. Destaca que, diante dos novos temas e da mudança de paradigmas, o marketing da informação reflete tanto a natureza mutável dos serviços de informação como as perspectivas teóricas e práticas do marketing, principalmente após o surgimento da Internet e da Web. Conclui que é importante estudar, pesquisar e desenvolver estudos sobre marketing na ciência da informação para evidenciar os benefícios da apropriação conceitual do marketing nesta área do conhecimento e dar visibilidade ao papel desempenhado pelas unidades e profissionais da informação como agentes sociais capazes de contribuir para o desenvolvimento da sociedade.

Novo isolado de Bacillus thuringiensis efetivo contra a lagarta-do-cartucho

Com o objetivo de encontrar princípios ativos que possam ser usados no controle da lagarta-do-cartucho, Spodoptera frugiperda (Smith, 1797), foram testados 205 isolados de Bacillus, provenientes de diferentes regiões brasileiras, contra larvas deste inseto. Apenas um isolado de B. thuringiensis subsp. kurstaki, denominado S93, causou 100% de mortalidade. A CL50 da mistura esporos-cristais do isolado S93 para larvas de 3º estádio de S. frugiperda foi de 37,0 ng/mL, enquanto a da estirpe HD-1 de B. thuringiensis subsp. kurstaki isolada do produto Dipel foi de 177,73 mg/mL, demonstrando ser o novo isolado muito mais tóxico contra a lagarta-do-cartucho do que HD-1-Dipel.

Glycogen storage capacity and de novo lipogenesis during massive carbohydrate overfeeding in man.

The metabolic balance method was performed on three men to investigate the fate of large excesses of carbohydrate. Glycogen stores, which were first depleted by diet (3 d, 8.35 +/- 0.27 MJ [1994 +/- 65 kcal] decreasing to 5.70 +/- 1.03 MJ [1361 +/- 247 kcal], 15% protein, 75% fat, 10% carbohydrate) and exercise, were repleted during 7 d carbohydrate overfeeding (11% protein, 3% fat, and 86% carbohydrate) providing 15.25 +/- 1.10 MJ (3642 +/- 263 kcal) on the first day, increasing progressively to 20.64 +/- 1.30 MJ (4930 +/- 311 kcal) on the last day of overfeeding. Glycogen depletion was again accomplished with 2 d of carbohydrate restriction (2.52 MJ/d [602 kcal/d], 85% protein, and 15% fat). Glycogen storage capacity in man is approximately 15 g/kg body weight and can accommodate a gain of approximately 500 g before net lipid synthesis contributes to increasing body fat mass. When the glycogen stores are saturated, massive intakes of carbohydrate are disposed of by high carbohydrate-oxidation rates and substantial de novo lipid synthesis (150 g lipid/d using approximately 475 g CHO/d) without postabsorptive hyperglycemia.

Novo método de classificação de coeficientes de variação para a cultura do arroz de terras altas

A avaliação de coeficientes de variação (CV) como medida de precisão em experimentos tem sido realizada em diversas culturas, com alguns trabalhos propondo métodos para obtenção de faixas de classificação de CV, e outros trabalhos definindo as faixas de classificação, sempre com base na média e no desvio-padrão dos CVs, e pressupondo que os mesmos têm distribuição normal, o que nem sempre é verdadeiro. Este trabalho teve por objetivo propor um método para definir faixas de classificação de CV, independentemente da distribuição que possam apresentar; o método é baseado no uso da mediana (Md) e do pseudo-sigma (PS). Utilizaramse, para este estudo, dados de 110 experimentos com arroz de terras altas, delineados em blocos completos casualizados, blocos incompletos generalizados, e reticulados quadrados, selecionandose os caracteres relacionados às doenças, ao acamamento, ao rendimento de grãos e a alguns componentes da produção. Foram construídas faixas de classificação de CV de cada caráter estudado, de forma geral e considerando o delineamento experimental empregado em experimentos com 30 a 100 tratamentos. O método proposto é eficiente para a definição de faixas dos CVs, independentemente de sua distribuição, e a variação nos valores do CV evidencia a importância de se considerar não só a variável em estudo, mas também o delineamento experimental utilizado. Experimentos que apresentaram menores CVs foram aqueles em que se empregaram os Delineamentos de Blocos Incompletos. As variáveis relacionadas às doenças e ao acamamento apresentam maiores coeficientes de variação.

Sistema integrado de avaliação de impacto ambiental aplicado a atividades do Novo Rural

O objetivo deste trabalho foi apresentar o sistema de Avaliação Ponderada de Impacto Ambiental de Atividades do Novo Rural (APOIA-NovoRural), que consiste de um conjunto de planilhas eletrônicas (plataforma MS-Excel) que integram 62 indicadores da performance ambiental de uma atividade econômica em um estabelecimento rural. Cinco dimensões de avaliação foram consideradas: ecologia da paisagem, qualidade ambiental (atmosfera, água e solo), valores socioculturais, valores econômicos e gestão e administração. Os indicadores foram construídos em matrizes de ponderação, nas quais dados quantitativos, obtidos em campo e laboratório, foram automaticamente transformados em índices de impacto, expressos graficamente. O índice de impacto de cada indicador foi traduzido a um valor de utilidade, empregando-se funções e coeficientes especificamente derivados para cada indicador. Os valores de utilidade foram agregados para compor o Índice de Impacto Ambiental da atividade avaliada. Os resultados da avaliação permitem ao produtor/administrador averiguar quais atributos da atividade podem estar desconformes com seus objetivos de sustentabilidade e ao tomador de decisões a indicação de medidas de fomento ou controle das atividades, segundo planos de desenvolvimento local; proporcionam, ainda, uma unidade de medida objetiva de impacto para auxiliar na qualificação e certificação de atividades agropecuárias.

Adaptação de Thyrinteina arnobia em novo hospedeiro e defesa induzida por herbívoros em eucalipto

O sistema de defesa induzido de plantas é ativado quando herbívoros se alimentam das mesmas. Alternativamente, herbívoros podem se adaptar a espécies de plantas filogeneticamente próximas ao seu hospedeiro de origem. O objetivo deste trabalho foi comparar o desenvolvimento de Thyrinteina arnobia em plantas de goiaba (hospedeiro de origem) e de eucalipto (hospedeiro novo) em campo. Adicionalmente, estudou-se a biologia deste inseto em laboratório fornecendo folhas de eucalipto previamente danificadas por lagartas de T. arnobia e folhas sem danos. A sobrevivência larval em eucalipto, 78,00%, foi superior à de goiaba, 29,33%. O ciclo larval foi de 27,90 dias em goiaba e de 30,30 dias em eucalipto. Em testes de laboratório, o ciclo larval em eucalipto limpo, 36,39 dias, foi maior do que em eucalipto danificado, 32,89 dias. A mortalidade larval em eucalipto danificado foi de 30,00% e de 10,00% em eucalipto limpo. Os resultados indicam que a goiaba não é um bom hospedeiro para T. arnobia possivelmente por apresentar um sistema mais efetivo de defesa. Embora o eucalipto possa ser um hospedeiro mais favorável ao desenvolvimento e estabelecimento do inseto, pode também reduzir populações do herbívoro ativando o seu sistema de defesa induzido.

Does Influenza Vaccination Induce De Novo HLA Alloantibody Formation in Transplant Recipients?

Introduction: Infl uenza vaccination is recommended for all solid organ transplant recipients. However, some centers are reluctant to give annual vaccination due to concerns about precipitating rejection. A proposed mechanism of this is vaccineinduced development of cellular and humoral responses to donor HLA antigens. We studied the induction of HLA Ab in a cohort of lung transplant recipients receiving infl uenza vaccination. Methods: Adult lung transplant recipients were immunized with 0.5 mL intramuscular seasonal infl uenza vaccine followed by 0.1 mL intradermal booster at 4 weeks as part of a previous study. Sera were collected pre-vaccination and at 4, 8 weeks post-vaccination. Post-vaccination sera were analyzed for HLA Ab using fl owPRA specifi c beads (One Lambda Inc). A positive result was defi ned as 5%. Positive samples were further analyzed for antibody specifi city by single antigen bead testing. Pre-vaccination sera were tested only only if post-vaccination sample screen was positive for HLA Ab. The presence of HLA Ab was correlated to vaccine seroresponse and rejection episodes. Results: Sixty patients were included with equal numbers of men and women. Mean age of patients was 47.3 years (range 20.7-72.4). Median time post-transplant was 1.3 years (range 85 days - 17 years). One patient was excluded due to an uninterpretable baseline screen result. 16/59 (27.1%) patients were positive for HLA Ab both in both pre- and post-vaccination samples. Of these, 12/16 (75%) had antibody against HLA Class I (majority A30,A31,B27,B44), 2/16 (12.5%) had antibody against HLA class II (majority DQ4, DQ7), and 2/16 (12.5%) had antibody against both Class I & II. There was no signifi cant increase in existing HLA Ab post-vaccination. Of the 16 patients, only one (6.3%) patient had de novo HLA Ab and this was determined to be non donor specifi c. Factors such as gender, time from transplant, immunosuppression, and acute rejection episodes did not correlate with presence of HLA Ab. HLA Ab was not associated with seroconversion to to vaccine antigens. Conclusions: Our data support that receiving the annual infl uenza vaccine does not lead to the generation of de novo donor specifi c antibodies in lung transplant recipients or upregulation of existing HLA Ab.

Identifying the parent-of-origin of de novo SNVs in schizophrenia

Several studies over the last few years have shown that newly arising (de novo) mutations contribute to the genetics of schizophrenia (SZ), autism (ASD) and other developmental disorders. The strongest evidence comes from studies of de novo Copy Number Variation (CNV), where the rate of new mutations is shown to be increased in cases when compared to controls [23, 24]. Research on de novo point mutations and small insertion-deletions (indels) has been more limited, but with the development of next-generation sequencing (NGS) technology, such studies are beginning to provide preliminary evidence that de novo single-nucleotide mutations (SNVs) might also increase risk of SZ and ASD [25, 26] Advanced paternal age is a major source of new mutations in human beings [27] and could thus be associated with increased risk for developing SZ, ASD or other developmental disorders. Indeed, advanced paternal age is found to be a risk factor for developing SZ and ASD in the offspring [28, 29] and new mutations related to advanced paternal age have been implicated as a cause of sporadic cases in several autosomal dominant diseases, some neurodevelopmental diseases, including SZ and ASD, and social functioning. New single-base substitutions occur at higher rates at males compared to females and this difference increases with paternal age. This is due to the fact that sperm cells go through a much higher number of cell divisions (~840 by the age of 50), which increases the risk for DNA copy errors in the male germ line [30] . By contrast, the female eggs (oocytes) undergo only 24 cell divisions and all but the last occur during foetal life. The aim of my project is to determine the parent-of-origin of de novo SNVs, using large samples of parent-offspring trios affected with schizophrenia (SZ). From whole exome sequencing of 618 Bulgarian proband-offspring trios affected, nearly 1000 de novo (SNVs or small indels) have been identified and from these, the parent-of-origin of at least 60% of the mutations (N=600) can be established. This project is contained in a main one that consists on the determination of the parental origin of different types of de novo mutations (SNVs, small indels and large CNVs).