Model-based clustering in gene expression microarrays: An application to breast cancer data

In microarray studies, the application of clustering techniques is often used to derive meaningful insights into the data. In the past, hierarchical methods have been the primary clustering tool employed to perform this task. The hierarchical algorithms have been mainly applied heuristically to these cluster analysis problems. Further, a major limitation of these methods is their inability to determine the number of clusters. Thus there is a need for a model-based approach to these. clustering problems. To this end, McLachlan et al. [7] developed a mixture model-based algorithm (EMMIX-GENE) for the clustering of tissue samples. To further investigate the EMMIX-GENE procedure as a model-based -approach, we present a case study involving the application of EMMIX-GENE to the breast cancer data as studied recently in van 't Veer et al. [10]. Our analysis considers the problem of clustering the tissue samples on the basis of the genes which is a non-standard problem because the number of genes greatly exceed the number of tissue samples. We demonstrate how EMMIX-GENE can be useful in reducing the initial set of genes down to a more computationally manageable size. The results from this analysis also emphasise the difficulty associated with the task of separating two tissue groups on the basis of a particular subset of genes. These results also shed light on why supervised methods have such a high misallocation error rate for the breast cancer data.

Special twin environments, genetic influences and their effects on the handedness of twins and their siblings

It has been suggested that twinning may influence handedness through the effects of birth order, intra-uterine crowding and mirror imaging. The influence of these effects on handedness (for writing and throwing) was examined in 3657 Monozygotic (MZ) and 3762 Dizygotic (DZ) twin pairs (born 1893-1992). Maximum likelihood analyses revealed no effects of birth order on the incidence of left-handedness. Twins were no more likely to be left-handed than their singleton siblings (n = 1757), and there were no differences between the DZ co-twin and sibling-twin covariances, suggesting that neither intra-uterine crowding nor the experience of being a twin affects handedness. There was no evidence of mirror imaging; the co-twin correlations of monochorionic and dichorionic MZ twins did not differ. Univariate genetic analyses revealed common environmental factors to be the most parsimonious explanation of familial aggregation for the writing-hand measure, while additive genetic influences provided a better interpretation of the throwing hand data.

Zygosity Diagnosis in the Absence of Genotypic Data: An Approach Using Latent Class Analysis

For zygosity diagnosis in the absence of genotypic data, or in the recruitment phase of a twin study where only single twins from same-sex pairs are being screened, or to provide a test for sample duplication leading to the false identification of a dizygotic pair as monozygotic, the appropriate analysis of respondents' answers to questions about zygosity is critical. Using data from a young adult Australian twin cohort (N = 2094 complete pairs and 519 singleton twins from same-sex pairs with complete responses to all zygosity items), we show that application of latent class analysis (LCA), fitting a 2-class model, yields results that show good concordance with traditional methods of zygosity diagnosis, but with certain important advantages. These include the ability, in many cases, to assign zygosity with specified probability on the basis of responses of a single informant (advantageous when one zygosity type is being oversampled); and the ability to quantify the probability of misassignment of zygosity, allowing prioritization of cases for genotyping as well as identification of cases of probable laboratory error. Out of 242 twins (from 121 like-sex pairs) where genotypic data were available for zygosity confirmation, only a single case was identified of incorrect zygosity assignment by the latent class algorithm. Zygosity assignment for that single case was identified by the LCA as uncertain (probability of being a monozygotic twin only 76%), and the co-twin's responses clearly identified the pair as dizygotic (probability of being dizygotic 100%). In the absence of genotypic data, or as a safeguard against sample duplication, application of LCA for zygosity assignment or confirmation is strongly recommended.

Estimates of global and regional potential health gains from reducing multiple major risk factors

Background Estimates of the disease burden due to multiple risk factors can show the potential gain from combined preventive measures. But few such investigations have been attempted, and none on a global scale. Our aim was to estimate the potential health benefits from removal of multiple major risk factors. Methods We assessed the burden of disease and injury attributable to the joint effects of 20 selected leading risk factors in 14 epidemiological subregions of the world. We estimated population attributable fractions, defined as the proportional reduction in disease or mortality that would occur if exposure to a risk factor were reduced to an alternative level, from data for risk factor prevalence and hazard size. For every disease, we estimated joint population attributable fractions, for multiple risk factors, by age and sex, from the direct contributions of individual risk factors. To obtain the direct hazards, we reviewed publications and re-analysed cohort data to account for that part of hazard that is mediated through other risks. Results Globally, an estimated 47% of premature deaths and 39% of total disease burden in 2000 resulted from the joint effects of the risk factors considered. These risks caused a substantial proportion of important diseases, including diarrhoea (92%-94%), lower respiratory infections (55-62%), lung cancer (72%), chronic obstructive pulmonary disease (60%), ischaemic heart disease (83-89%), and stroke (70-76%). Removal of these risks would have increased global healthy life expectancy by 9.3 years (17%) ranging from 4.4 years (6%) in the developed countries of the western Pacific to 16.1 years (43%) in parts of sub-Saharan Africa. Interpretation Removal of major risk factors would not only increase healthy life expectancy in every region, but also reduce some of the differences between regions, The potential for disease prevention and health gain from tackling major known risks simultaneously would be substantial.

Classical approach to interpretation of the charge-dependence of peptide mobilities obtained by capillary zone electrophoresis

Published mobility measurements obtained by capillary zone electrophoresis of human growth hormone peptides are described reasonably well by the classical theoretical relationships for electrophoretic migration. This conformity between theory and experiment has rendered possible a more critical assessment of a commonly employed empirical relationship between mobility (u), net charge (z) and molecular mass (M) of peptides in capillary electrophoresis. The assumed linear dependence between u and z/M-2/3 is shown to be an approximate description of a shallow curvilinear dependence convex to the abscissa. An improved procedure for the calculation of peptide charge (valence) is also described. (C) 2003 Elsevier B.V. All rights reserved.

Making distance learning E.R.O.T.I.C.: Applying interpretation principles to distance learning

Distance learners are self-directed learners traditionally taught via study books, collections of readings, and exercises to test understanding of learning packages. Despite advances in e-Learning environments and computer-based teaching interfaces, distance learners still lack opportunities to participate in exercises and debates available to classroom learners, particularly through non-text based learning techniques. Effective distance teaching requires flexible learning opportunities. Using arguments developed in interpretation literature, we argue that effective distance learning must also be Entertaining, Relevant, Organised, Thematic, Involving and Creative—E.R.O.T.I.C. (after Ham, 1992). We discuss an experiment undertaken with distance learners at The University of Queensland Gatton Campus, where we initiated an E.R.O.T.I.C. external teaching package aimed at engaging distance learners but using multimedia, including but not limited to text-based learning tools. Student responses to non-text media were positive.

Model-based analysis of anaerobic acetate uptake by a mixed culture of polyphosphate-accumulating and glycogen-accumulating organisms

An increasing number of studies shows that the glycogen-accumulating organisms (GAOs) can survive and may indeed proliferate under the alternating anaerobic/aerobic conditions found in EBPR systems, thus forming a strong competitor of the polyphosphate-accumulating organisms (PAOs). Understanding their behaviors in a mixed PAO and GAO culture under various operational conditions is essential for developing operating strategies that disadvantage the growth of this group of unwanted organisms. A model-based data analysis method is developed in this paper for the study of the anaerobic PAO and GAO activities in a mixed PAO and GAO culture. The method primarily makes use of the hydrogen ion production rate and the carbon dioxide transfer rate resulting from the acetate uptake processes by PAOs and GAOs, measured with a recently developed titration and off-gas analysis (TOGA) sensor. The method is demonstrated using the data from a laboratory-scale sequencing batch reactor (SBR) operated under alternating anaerobic and aerobic conditions. The data analysis using the proposed method strongly indicates a coexistence of PAOs and GAOs in the system, which was independently confirmed by fluorescent in situ hybridization (FISH) measurement. The model-based analysis also allowed the identification of the respective acetate uptake rates by PAOs and GAOs, along with a number of kinetic and stoichiometric parameters involved in the PAO and GAO models. The excellent fit between the model predictions and the experimental data not involved in parameter identification shows that the parameter values found are reliable and accurate. It also demonstrates that the current anaerobic PAO and GAO models are able to accurately characterize the PAO/GAO mixed culture obtained in this study. This is of major importance as no pure culture of either PAOs or GAOs has been reported to date, and hence the current PAO and GAO models were developed for the interpretation of experimental results of mixed cultures. The proposed method is readily applicable for detailed investigations of the competition between PAOs and GAOs in enriched cultures. However, the fermentation of organic substrates carried out by ordinary heterotrophs needs to be accounted for when the method is applied to the study of PAO and GAO competition in full-scale sludges. (C) 2003 Wiley Periodicals, Inc.

Data Mart para apoio ?? capacita????o em gest??o de pol??ticas p??blicas voltado para uma Escola de Administra????o P??blica

Este trabalho consiste num estudo de caso que se destina ao desenvolvimento de um Data Mart que possibilite a Escola Nacional de Administra????o P??blica ??? ENAP conhecer o perfil e o panorama geral da situa????o funcional dos servidores p??blicos federais que se capacitaram na Escola nos ??ltimos 7 anos. O aplicativo foi desenvolvido cruzando o banco de dados do sistema gerenciador dos cursos ministrados pela ENAP, onde est??o armazenadas informa????es sobre os alunos capacitados, os cursos realizados, os resultados alcan??ados, o perfil dos docentes e demais informa????es relativas ??s atividades da Escola, com os dados gerados pelo Sistema Integrado de Administra????o de Recursos Humanos ??? SIAPE, cuja extra????o de dados foi direcionada para os registros sobre a situa????o funcional, cargos, carreiras, fun????es, ??rg??os e alguns dados pessoais dos alunos, servidores p??blicos federais que se encontram registrados no SIAPE

New species of Bakeriella (Hymenoptera, Bethylidae) from the New World and new data on geographic distribution

Bakeriella lata sp. nov. (Brazil, Rondônia), Bakeriella aurata sp. nov. (Brazil, Amazonas) and Bakeriella sulcaticeps sp. nov. (Brazil, Amazonas) are described and illustrated. New geographic records and variation data for B. cristata Evans, 1964, B. floridana Evans, 1964, B. flavicornis Kieffer, 1910, B. incompleta Azevedo, 1994, B. mira Evans, 1997, B. montivaga (Kieffer, 1910), B. olmeca Evans, 1964 and B. subcarinata Evans, 1965 are provided. The male of B. incompleta is described for the first time.

Para além do arco-íris : a construção social da mulher e as experiências da transexualidade

O objetivo central desta pesquisa é propor uma abordagem socioantropológica do fenômeno da transexualidade, na sociedade ocidental contemporânea, a partir da análise das “trajetórias de vida” de quatro mulheres que vivenciam a transexualidade, residentes na Grande Vitória - ES, com o intuito de compreendermos as suas visões de mundo e projetos de vida, constituídos em meio a uma heteronormatividade pungente. A metodologia utilizada foi a História de Vida, tendo como objetivo primeiro a percepção dos elementos que são recorrentes na construção social dessa mulher. Os meus contatos com essas mulheres se deram a partir de 2012 até os primeiros meses de 2014. Além das histórias de vida, utilizei algumas entrevistas e dados jornalísticos de mulheres na transexualidade, que ganharam notoriedade na sociedade brasileira nos últimos anos. Inicialmente, foi realizada uma revisão bibliográfica sobre as noções de gênero e seus impactos na sociedade ocidental, assim como o do fenômeno da transexualidade. A partir das histórias de vida e dos dados jornalísticos busquei interpretar os elementos que são invocados para a construção social da mulher nas experiências da transexualidade, analisando os eventos que são recorrentes em suas vidas, tendo como pressuposto a noção de que essa experiência, em nossa sociedade, é entendida como “comportamento desviante”.As análises das histórias de vida tiveram como referência primeira o conceito de projeto proposto por Alfred Schutz e revistado por Gilberto Velho.Outro foco de análise dessa pesquisa é a produção da “feminilidade”, a partir do corpo, levando em consideração que essa é uma dimensão muito importante nesse processo de tornar-se mulher,buscando a compreensão das representações de corpo e gênero na produção dessa identidade. De forma geral, pretende-se desvelar o processo de construção social da pessoa pelo qual essas mulheres passam e o modo como se percebem nas relações sociais que estabelecem em sua vida cotidiana, como também o lugar social que elas tendem a ocupar na sociedade ocidental, principalmente na brasileira.

Perfil dos servidores da Universidade Federal do Espírito Santo com empréstimo consignado

O crédito consignado é uma modalidade de empréstimo cujo valor da parcela incide sobre o salário do devedor. Com alto índice de adesão nos últimos anos, é o meio de acesso ao crédito mais comum entre os servidores públicos, pelas baixas taxas de juros, entre outros atrativos, o que contribui para expor a risco seus vencimentos com dívidas. Buscando atender ao objetivo principal de identificar se características do perfil demográfico dos servidores ativos da Universidade Federal do Espírito Santo (UFES) estão relacionadas ao comprometimento de seus rendimentos com empréstimos consignados, foi realizada uma pesquisa de abordagem quantitativa, utilizando dados cadastrais e financeiros do ano de 2013 destes servidores, obtidos no banco de dados institucional e através da aplicação de questionários, dos quais totalizaram 210 tidos como válidos. Todas as informações foram tratadas por meio de recursos estatísticos, como análise descritiva dos dados, tabelas de contingências com interpretação do valor do qui-quadrado e regressão logística. Os resultados indicam que as variáveis escolaridade, renda, número de dependentes e gênero estão associadas ao comprometimento da renda com empréstimos consignados e que os homens, apesar de aparecerem em maior número entre os que aderem a esse tipo de empréstimo, comprometem menos seus rendimentos com ele, quando comparados às mulheres. Indivíduos do gênero feminino, com menor nível de escolaridade e renda mais baixa foram os mais propensos a adquirirem empréstimos descontados em folha. Por fim, apesar das análises apontarem que apenas a ausência de educação financeira não explica o alto comprometimento da renda com consignado, muitos dos entrevistados afirmaram não dominar o tema e se sentirem despreparados para administrarem suas finanças pessoais. Nesse sentido, o plano de intervenção proposto no objetivo e descrito ao final da pesquisa, sugere que a instituição invista na educação financeira dos servidores; preste apoio psicológico aos sobreendividados e proíba o estímulo ao consumo no ambiente de trabalho.

O discurso e a ação : análise do processo de mudança no sistema de controle gerencial em uma organização industrial brasileira sob a ótica da teoria institucional

O objetivo desse estudo foi investigar o processo de mudança no sistema de controle gerencial (SCG), analisando a alteração das práticas de controle gerencial na estrutura desse sistema, sob a ótica da teoria institucional. A questão de pesquisa é: como ocorre o processo de mudança no SCG em uma organização industrial brasileira? Para tanto, optou-se por uma abordagem qualitativa do tipo descritiva, num estudo de caso único, utilizando como métodos de coleta de dados entrevistas individuais não estruturadas e semiestruturadas com 11 gestores e usuários do SCG, observação não participante e levantamento documental. A coleta dos dados ocorreu entre agosto/2014 e março/2015. Como método de análise e interpretação de dados foram utilizados elementos da análise do discurso (AD). Os principais referenciais teóricos foram os trabalhos de Meyer e Rowan (1977), Dimaggio e Powel (1983, 1991, 2007), Scott (1995, 2008a, 2008b) e Machado-da- Silva e Vizeu (2007) sobre a teoria institucional; Huy (2001), Beekman, Chenhall e Euske (2007) e Machado-da-Silva, Fonseca e Crubellate (2010) referente ao processo de mudança; e Malmi e Brown (2008) e Simons (1995) referente ao SCG; destacando a aplicação empírica dos modelos teóricos de Malmi e Brown (2008), Simons (1995) e Huy (2001). Na análise dos dados, foi identificado o desenho e o uso do SCG, relatando como está transcorrendo a alteração de suas práticas de controle gerencial, identificando os fatores de estímulo e resistência à institucionalização dessas práticas e quais os atores organizacionais que estão atuando como agentes da mudança. Por fim, foram identificados os aspectos discursivos recorrentes que permeiam o discurso da empresa pesquisada, alinhados ao processo de mudança no SCG. Como contribuições, foi demonstrada a influência dos fatores isomórficos na escolha das práticas de controle gerencial, a evidência de que o SCG é socialmente construído, as implicações da centralização do poder e da ausência de estratégias para o SCG, evidências de que o processo de mudança no SCG não é meramente mecânico ou automatizado e ainda, que o discurso da mudança pode permear a organização sem que a ação seja concretizada, revelando um descompasso entre o discurso e a ação