Treatment of rats with a self-selected hyperlipidic diet, increases the lipid content of the main adipose tissue sites in a proportion similar to that of the lipids in the rest of organs and tissues

Adipose tissue (AT) is distributed as large differentiated masses, and smaller depots covering vessels, and organs, as well as interspersed within them. The differences between types and size of cells makes AT one of the most disperse and complex organs. Lipid storage is partly shared by other tissues such as muscle and liver. We intended to obtain an approximate estimation of the size of lipid reserves stored outside the main fat depots. Both male and female rats were made overweight by 4-weeks feeding of a cafeteria diet. Total lipid content was analyzed in brain, liver, gastrocnemius muscle, four white AT sites: subcutaneous, perigonadal, retroperitoneal and mesenteric, two brown AT sites (interscapular and perirenal) and in a pool of the rest of organs and tissues (after discarding gut contents). Organ lipid content was estimated and tabulated for each individual rat. Food intake was measured daily. There was a surprisingly high proportion of lipid not accounted for by the main macroscopic AT sites, even when brain, liver and BAT main sites were discounted. Muscle contained about 8% of body lipids, liver 1-1.4%, four white AT sites lipid 28-63% of body lipid, and the rest of the body (including muscle) 38-44%. There was a good correlation between AT lipid and body lipid, but lipid in"other organs" was highly correlated too with body lipid. Brain lipid was not. Irrespective of dietary intake, accumulation of body fat was uniform both for the main lipid storage and handling organs: large masses of AT (but also liver, muscle), as well as in the"rest" of tissues. These storage sites, in specialized (adipose) or not-specialized (liver, muscle) tissues reacted in parallel against a hyperlipidic diet challenge. We postulate that body lipid stores are handled and regulated coordinately, with a more centralized and overall mechanisms than usually assumed.

Anatomy, chlorophyll content and photosynthetic potential in grapevine leaves under plastic cover

The present study evaluated the anatomy, chlorophyll content and photosynthetic potential of grapevine leaves grown under plastic cover. The experiment was carried out in vineyards of Moscato Giallo cultivar covered and uncovered with plastic. A block design with 10 selected plants was used for each area (covered and uncovered). Twelve leaves (six of them fully exposed to solar radiation and six grown under shaded conditions) were collected from each area and were fixed and analyzed microscopically (thickness of the adaxial and abaxial epidermis and of the palisade and spongy parenchymas). Chlorophyll content and photosynthetic potential were determined in the vineyard at veraison and after harvest. Plastic covering increased the thickness of the palisade parenchyma in exposed and shaded leaves due to solar radiation restriction. However, the leaves from the covered vineyard did not have the same response to the restriction of solar radiation, as observed in the uncovered vineyard. The thickness of the adaxial and abaxial epidermis and of the spongy parenchyma did not vary due to solar radiation restriction. Chlorophyll content increased in the leaves of covered plants. The photosynthetic potential of the vines is not affected by solar radiation restriction imposed by plastic cover due to anatomical modification in leaves.

Nuclear DNA content variation in life history phases of the Bonnemaisoniaceae (Rhodophyta)

Nuclear DNA content in gametophytes and sporophytes or the prostrate phases of the following species of Bonnemaisoniaceae (Asparagopsis armata, Asparagopsis taxiformis, Bonnemaisonia asparagoides, Bonnemaisonia clavata and Bonnemaisonia hamifera) were estimated by image analysis and static microspectrophotometry using the DNA-localizing fluorochrome DAPI (4′, 6-diamidino-2-phenylindole, dilactate) and the chicken erythrocytes standard. These estimates expand on the Kew database of DNA nuclear content. DNA content values for 1C nuclei in the gametophytes (spermatia and vegetative cells) range from 0.5 pg to 0.8 pg, and for 2C nuclei in the sporophytes or the prostrate phases range from 1.15-1.7 pg. Although only the 2C and 4C values were observed in the sporophyte or the prostrate phase, in the vegetative cells of the gametophyte the values oscillated from 1C to 4C, showing the possible start of endopolyploidy. The results confirm the alternation of nuclear phases in these Bonnemaisoniaceae species, in those that have tetrasporogenesis, as well as those that have somatic meiosis. The availability of a consensus phylogenetic tree for Bonnemaisoniaceae has opened the way to determine evolutionary trends in DNA contents. Both the estimated genome sizes and the published chromosome numbers for Bonnemaisoniaceae suggest a narrow range of values consistent with the conservation of an ancestral genome.

Managing R&D Content with Web-based KM Software

Työssä tutkittiin tehokasta tietojohtamista globaalin metsäteollisuusyrityksen tutkimus ja kehitys verkostossa. Työn tavoitteena oli rakentaa kuvaus tutkimus ja kehitys sisällön hallintaan kohdeyrityksen käyttämän tietojohtamisohjelmiston avulla. Ensin selvitettiin käsitteitä tietämys ja tietojohtaminen kirjallisuuden avulla. Selvityksen perusteella esitettiin prosessimalli, jolla tietämystä voidaan tehokkaasti hallita yrityksessä. Seuraavaksi analysoitiin tietojohtamisen asettamia vaatimuksia informaatioteknologialle ja informaatioteknologian roolia prosessimallissa. Verkoston vaatimukset tietojohtamista kohtaan selvitettiin haastattelemalla yrityksen avainhenkilöitä. Haastatteluiden perusteella järjestelmän tuli tehokkaasti tukea virtuaalisten projektiryhmien työskentelyä, mahdollistaa tehtaiden välinen tietämyksen jakaminen ja tukea järjestelmään syötetyn sisällön hallintaa. Ensiksi järjestelmän käyttöliittymän rakenne ja salaukset muokattiin vastaamaan verkoston tarpeita. Rakenne tarjoaa työalueen työryhmille ja alueet tehtaiden väliseen tietämyksen jakamiseen. Sisällönhallintaa varten järjestelmään kehitettiin kategoria, profiloitu portaali ja valmiiksi määriteltyjä hakuja. Kehitetty malli tehostaa projektiryhmien työskentelyä, mahdollistaa olemassa olevan tietämyksen hyväksikäytön tehdastasolla sekä helpottaa tutkimus ja kehitys aktiviteettien seurantaa. Toimenpide-ehdotuksina esitetään järjestelmän integrointia tehtaiden operatiivisiin ohjausjärjestelmiin ja ohjelmiston käyttöönottoa tehdastason projektinhallinta työkaluksi.Ehdotusten tavoitteena on varmistaa sekä tehokas tietämyksen jakaminen tehtaiden välillä että tehokas tietojohtaminen tehdastasolla.

Presenting HTML Content Using Mobile Devices

Tämä diplomityö käsittelee HTML-sivujen näyttämistä käytettävästi mobiililla päätelaitteella. Tutkimuskohteena on sivujen käytettävyyden parantaminen mobiilissa internetselaimessa. Diplomityössä esitetään havaittuja käytettävyysongelmia ja pohditaan ratkaisuja näihin selaimessa. Teoriataustaa tarkastellaan useista käytettävyyden näkökulmista, käyttäen apuna tutkimuksia ja teorioita. Tutkimuksiin ja teorioihin perustuen suunnitellaan selaimessa tapahtuvat muutokset, jotka mahdollistaisivat sivujen hyvän käytettävyyden. Tutkimusainestoa kerättiin aikaisimmista käytettävyystutkimuksista, suosituksista sekä tieteellisistä analyyseistä. Tarkastelun kohteena olivat myös nykyisten mobiilien internetselainten käyttämät ratkaisut havaittuihin käytettävyysongelmiin. Työn tuloksena esitetään mobiiliin selaimeen toteutettavat sääntöjoukot, jotka muovaisivat HTML-sivut käytettäväksi päätelaitteelle. Ratkaisuna annetaan ehdotuksia sisällön esittämistavalle ja pohditaan näissä syntyneitä ongelmia. Tulevaisuudessa kun sääntöjoukko on toteutettu selaimeen sillä suoritetaan käytettävyystestaukset.

Evolutionary computing in search-based software engineering

This master’s thesis aims to study and represent from literature how evolutionary algorithms are used to solve different search and optimisation problems in the area of software engineering. Evolutionary algorithms are methods, which imitate the natural evolution process. An artificial evolution process evaluates fitness of each individual, which are solution candidates. The next population of candidate solutions is formed by using the good properties of the current population by applying different mutation and crossover operations. Different kinds of evolutionary algorithm applications related to software engineering were searched in the literature. Applications were classified and represented. Also the necessary basics about evolutionary algorithms were presented. It was concluded, that majority of evolutionary algorithm applications related to software engineering were about software design or testing. For example, there were applications about classifying software production data, project scheduling, static task scheduling related to parallel computing, allocating modules to subsystems, N-version programming, test data generation and generating an integration test order. Many applications were experimental testing rather than ready for real production use. There were also some Computer Aided Software Engineering tools based on evolutionary algorithms.

Quest for Orthologs Entails Quest for Tree of Life: In Search of the Gene Stream.

Quest for Orthologs (QfO) is a community effort with the goal to improve and benchmark orthology predictions. As quality assessment assumes prior knowledge on species phylogenies, we investigated the congruency between existing species trees by comparing the relationships of 147 QfO reference organisms from six Tree of Life (ToL)/species tree projects: The National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy, Opentree of Life, the sequenced species/species ToL, the 16S ribosomal RNA (rRNA) database, and trees published by Ciccarelli et al. (Ciccarelli FD, et al. 2006. Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. Science 311:1283-1287) and by Huerta-Cepas et al. (Huerta-Cepas J, Marcet-Houben M, Gabaldon T. 2014. A nested phylogenetic reconstruction approach provides scalable resolution in the eukaryotic Tree Of Life. PeerJ PrePrints 2:223) Our study reveals that each species tree suggests a different phylogeny: 87 of the 146 (60%) possible splits of a dichotomous and rooted tree are congruent, while all other splits are incongruent in at least one of the species trees. Topological differences are observed not only at deep speciation events, but also within younger clades, such as Hominidae, Rodentia, Laurasiatheria, or rosids. The evolutionary relationships of 27 archaea and bacteria are highly inconsistent. By assessing 458,108 gene trees from 65 genomes, we show that consistent species topologies are more often supported by gene phylogenies than contradicting ones. The largest concordant species tree includes 77 of the QfO reference organisms at the most. Results are summarized in the form of a consensus ToL (http://swisstree.vital-it.ch/species_tree) that can serve different benchmarking purposes.

Työn tietotukijärjestelmän kehitys hienopaperikoneelle

Tämän projektin tarkoituksena oli kehittää paperinvalmistuslinjan multimediapohjaista tietotukijärjestelmää. Kirjallisuusosassa on todettu, että nykyisessä työympäristössä tarvitaan entistä enemmän tietotaitoa työkyvyn ylläpitämiseksi. Työntekijöiden osaaminen on avainasemassa kilpailukyvyn säilyttämisessä. Esille nousee myös suurten ikäluokkien eläköityminen ja osaavan työvoiman riittäminen. Näistä syistä erilaiset koulutukset ovat tällä hetkellä erityisen tärkeitä. Verkko-opetusvälineet ovat taloudellisesti kannattavia erityisesti suurille kohderyhmille ja sopivat hyvin paperiteollisuuden käyttöön. Parhaimmillaan ne ovat myös hyvin tehokkaita opetusvälineitä. Kokeellisessa osan alussa nähtiin tärkeäksi järjestelmän käytettävyyden ja kiinnostavuuden parantaminen ja siksi siihen päätettiin tehdä kokonaan uusi käyttöliittymä ja selkeämpi rakenne. Järjestelmän sisältö rakennettiin uudelleen hyväksikäyttäen vanhaa materiaalia soveltuvin osin. Järjestelmään laadittiin perussisältösivujen lisäksi useita johdantoja, joista saa nopeasti käsityksen tietystä prosessin osasta. Järjestelmään lisättiin myös useita multimediaelementtejä, kuten uusia kuvia, animaatioita ja videoita. Järjestelmään lisättiin myös hakutoiminto, sanasto ja käyttöohje. Näillä uudistuksilla pyrittiin parantamaan järjestelmän käytettävyyttä erityisesti prosessityöntekijöiden perehdytyksen ja työnopastuksen apuvälineenä.

Multimedian elementit aikuiskoulutuksen kehittämisessä

Tämän työn teoreettisen sisällön tavoitteena on esitellä multimedian eri elementit ja Moving Picture Experts Groupin kehittämä MPEG-formaattiperhe, joka yhdistää kattavimmin eri elementit multimediaesityksiksi. Työssä esitellään videon ja audion pakkausformaatit MPEG-1 ja MPEG-2, interaktiivisen median jakelun verkoissa mahdollistava MPEG-4, multimediasisällön kuvausstandardi MPEG-7 sekä multimedian toimitusketjun hallinnan verkoissa määrittävä MPEG-21. Edellisten lisäksi teoreettisessa osassa esitellään multimediaohjelmistoista SMIL-teknologia ja selostetaan yksityiskohtaisesti, kuinka sillä luodaan multimediaesityksiä. Empiirisessä osassa laaditaan Helsingin yliopiston Maaseudun tutkimus- ja koulutuskeskukselle kehittämissuunnitelma, jossa multimedian elementtejä käytetään mahdollisimman monipuolisesti kehittämään aikuiskoulutusta. Suunnitelman perustaksi tehtiin koulutushenkilökunnalle osaamiskartoitus ja kartoitettiin yksikön tekninen valmius hyödyntää multimediaa. Suunnitelman mielekästä jäsentämistä varten yksikön aikuiskoulutus jaettiin neljään osaan: varsinaiseen koulutukseen, sitä tukevaan tutkimus- ja kehittämistoimintaan, opetusmateriaaleja tuottavaan julkaisu- ja tietopalvelutoimintaan sekä edellisiä avustaviin tukitoimintoihin.

Business Benefits of Content Management

Hyvällä sisällönhallinnalla on mahdollista vaikuttaa myönteisesti liiketoiminnalliseen tulokseen, jos sisällönhallinnan eri vaikutusmahdollisuudet tunnistetaan. Kun organisaatiossa syntyvä tieto on vapaasti saatavilla, ja sitä voidaan tulkita ja hyödyntää erilaisiin tarpeisiin, tietojärjestelmän avulla voidaan vauhdittaa kehitystä ja uuden tiedon löytämistä. Tiedon keskeisin tehtävä on kehittää ja parantaa organisaation osaamista, jolloin pitää olla tietoa siitä, mitä, miksi ja kuinka tietoa on käytetty organisaatiossa. Kaiken liiketoimintaprosesseissa tuotetun tiedon kohdalla pitäisi miettiä kolmea tiedonhallinnan osa-aluetta: tiedon luontia, hallintaa ja hyödyntämistä. Tavoitteena on saavuttaa yrityksen määrämuotoisen tietopääoman paras mahdollinen hallinta.Työssä kuvataan sitä, mitä sisällönhallinta on, sen eri tasoja, sen käsitteellistä sijoittumista tietämyksenhallintaan, sisällönhallinnan järjestelmiä ja niiden merkitystä liiketoimintaprosesseissa. Lisäksi tarkastellaan niitä syitä, joiden vuoksi yritykset kiinnostuvat organisaatiossa olevan määrämuotoisen tiedon sisällönhallinnasta. Lopuksi analysoidaan, millaisia voivat olla liiketoiminnalliset, kilpailulliset tai rahalliset tavoitteet, joita asetetaan sisällönhallinnan tietojärjestelmäprojektille. Työn tueksi on haastateltu neljän suomalaisen suuryrityksen sisällönhallinnan tietojärjestelmäprojektin asiantuntijoita. Heidän kommenttejaan on analysoitu ja niiden perusteella on tehty johtopäätöksiä niistä syistä, joiden vuoksi yritykset yleensä sijoittavat resurssejaan sisällönhallintaan.

Changes in the phenolic content of low density lipoprotein after olive oil consumption in men. A randomized crossover controlled trial

Olive oil decreases the risk of CVD. This effect may be due to the fatty acid profile of the oil, but it may also be due to its antioxidant content which differs depending on the type of olive oil. In this study, the concentrations of oleic acid and antioxidants (phenolic compounds and vitamin E) in plasma and LDL were compared after consumption of three similar olive oils, but with differences in their phenolic content. Thirty healthy volunteers participated in a placebo-controlled, double-blind, crossover, randomized supplementation trial. Virgin, common, and refined olive oils were administered during three periods of 3 weeks separated by a 2-week washout period. Participants were requested to ingest a daily dose of 25 ml raw olive oil, distributed over the three meals of the day, during intervention periods. All three olive oils caused an increase in plasma and LDL oleic acid (P,0·05) content. Olive oils rich in phenolic compounds led to an increase in phenolic compounds in LDL (P,0·005). The concentration of phenolic compounds in LDL was directly correlated with the phenolic concentration in the olive oils. The increase in the phenolic content of LDL could account for the increase of the resistance of LDL to oxidation, and the decrease of the in vivo oxidized LDL, observed in the frame of this trial. Our results support the hypothesis that a daily intake of virgin olive oil promotes protective LDL changes ahead of its oxidation.

DIETARY FIBRE CONTENT, PHENOLIC COMPOUNDS AND ANTIOXIDANT ACTIVITY IN SOURSOPS (Annona muricata L.)

ABSTRACT Healthy eating is associated with the consumption of fruits, which are notable for their beneficial effects on human health. The aim of this study was to evaluate the proximate composition, composition of fibers and components with antioxidant activity in soursops varieties Crioula, Lisa and Morada of physiological maturity (PM) and mature (M). The protein, lipid and moisture contents did not differ between soursop varieties, but the ash contents were higher in the Morada-PM (0.56%±0.03) and the Morada-M (0.82%±0.10) varieties. The Crioula-M variety showed higher levels of total dietary fibre (5.76%±0.12). The Lisa-M variety showed higher levels of insoluble dietary fibre (4.46%±0.00). The Lisa-M variety also showed a higher level of phenolic compounds (284.25 mg gallic acid/100 g of soursop pulp), differing significantly (p <0.05) from the Crioula-PM soursop (154.40 mg of gallic acid/100 g of soursop pulp). Under the DPPH&#8226; system, the soursops that showed highest antioxidant activity were the Crioula-M (EC50 of 156.40 g.g DPPH-1) and the Crioula-PM (EC50 of 162.41 g.g DPPH-1), which differed significantly from the Morada soursops. The results suggest that the consumption of soursops is useful for increasing concentrations of bioactive compounds and dietary fibre.

Effects of exercise on mitochondrial DNA content in skeletal muscle of patients with COPD

Background Exhausting exercise reduces the mitochondrial DNA (mtDNA) content in the skeletal muscle of healthy subjects due to oxidative damage. Since patients with chronic obstructive pulmonary disease (COPD) suffer enhanced oxidative stress during exercise, it was hypothesised that the mtDNA content will be further reduced. Objective To investigate the effects of exercise above and below the lactate threshold (LT) on the mtDNA content of skeletal muscle of patients with COPD. Methods Eleven patients with COPD (676 8 years; forced expiratory volume in 1s (FEV1)456 8%ref) and 10 healthy controls (666 4 years; FEV1 906 7% ref) cycled 45 min above LT (65% peak oxygen uptake (V9O2 peak)and another 7 patients (656 6 years; FEV1 506 4%ref)and 7 controls (566 9 years;FEV1 926 6%ref) cycled 45 min below their LT (50% V9O2 peak). Biopsies from the vastus lateralis muscle were obtained before exercise, immediately after and 1 h, 1 day and 1 week later to determine by PCR the mtDNA/nuclear DNA (nDNA) ratio (a marker of mtDNA content) and the expression of the peroxisome proliferator-activated receptor- g coactivator-1 a (PGC-1a)mRNA and the amount of reactive oxygen species produced during exercise was estimated from total V9O2. Results Skeletal muscle mtDNA/nDNA fell significantly after exercise above the LT both in controls and in patients with COPD, but the changes were greater in those with COPD. These changes correlated with production of reactive oxygen species, increases in manganese superoxide dismutase and PGC-1 a mRNA and returned to baseline values 1 week later. This pattern of response wa was also observed, albeit minimised, in patients exercising below the LT. Conclusions In patients with COPD, exercise enhances the decrease in mtDNA content of skeletal muscle and the expression of PGC-1 a mRNA seen in healthy subjects probably due to oxidative stress.

Inter-rater Reliability of Criteria-Based Content Analysis of Children's Statements of Abuse.

The evaluation of children's statements of sexual abuse cases in forensic cases is critically important and must and reliable. Criteria-based content analysis (CBCA) is the main component of the statement validity assessment (SVA), which is the most frequently used approach in this setting. This study investigated the inter-rater reliability (IRR) of CBCA in a forensic context. Three independent raters evaluated the transcripts of 95 statements of sexual abuse. IRR was calculated for each criterion, total score, and overall evaluation. The IRR was variable for the criteria, with several being unsatisfactory. But high IRR was found for the total CBCA scores (Kendall's W = 0.84) and for overall evaluation (Kendall's W = 0.65). Despite some shortcomings, SVA remains a robust method to be used in the comprehensive evaluation of children's statements of sexual abuse in the forensic setting. However, the low IRR of some CBCA criteria could justify some technical improvements.

Web Content Customization

Tavoitteena on tutkia sisällön räätälöintiä Internetissä. Yritysten tarjoama sisällön määrä WWW-sivuillaan on kasvanut räjähdysmäisesti. Räätälöinnin avulla asiakkaat saavat juuri haluamaansa ja tarvitsemaansa sisältöä. Räätälöinti edellyttää asiakkaiden profilointia. Asiakastietojen kerääminen aiheuttaa huolta yksityisyyden menettämisestä. Tutkimus toteutetaan case-tutkimuksena. Tutkimuksen kohteena on viisi yritystä, jotka toimivat sisällön tarjoajina. Tutkimus pohjautuu valmiiseen aineistoon sekä osallistuvaan havainnointiin kohde yrityksistä. Sisällön räätälöinnistä voidaan havaita neljä eri perus lähestymistapaa. Profilointi toteutetaan pääsääntöisesti joko asiakkaan itse antamien tietojen pohjalta tai havainnoimalla hänen käyttäytymistään WWW-sivulla. Tulevaisuudessa tarvitaan selkeät pelisäännöt asiakastietojen keräämiseen ja käyttämiseen. Asiakkaat haluavat räätälöityä sisältöä, mutta sisällön tarjoajien on saavutettava heidän luottamuksensa yksityisyyden suojasta. Luottamuksen merkitys kasvaa entisestään, kun räätälöintiä kehitetään pidemmälle.