Real-time PCR in the microbiology laboratory

Use of PCR in the field of molecular diagnostics has increased to the point where it is now accepted as the standard method for detecting nucleic acids from a number of sample and microbial types. However, conventional PCR was already an essential tool in the research laboratory. Real-time PCR has catalysed wider acceptance of PCR because it is more rapid, sensitive and reproducible, while the risk of carryover contamination is minimised. There is an increasing number of chemistries which are used to detect PCR products as they accumulate within a closed reaction vessel during real-time PCR. These include the non-specific DNA-binding fluorophores and the specific, fluorophore-labelled oligonucleotide probes, some of which will be discussed in detail. It is not only the technology that has changed with the introduction of real-time PCR. Accompanying changes have occurred in the traditional terminology of PCR, and these changes will be highlighted as they occur. Factors that have restricted the development of multiplex real-time PCR, as well as the role of real-time PCR in the quantitation and genotyping of the microbial causes of infectious disease, will also be discussed. Because the amplification hardware and the fluorogenic detection chemistries have evolved rapidly, this review aims to update the scientist on the current state of the art. Additionally, the advantages, limitations and general background of real-time PCR technology will be reviewed in the context of the microbiology laboratory.

Trinity, polyphony and pastoral relationships

The author explores the Christian doctrine of the Trinity to shed light on the nature of the pastoral ministry. Using the trinitarian term, "polyphony" (David Cunningham) for this purpose, he explicates unity and difference as key polyphonic categories in the doctrine of the Trinity. The author suggests that the polyphonic notes sounded by pastoral caregivers are toughness and tenderness, woundedness and health, wisdom and folly, and communion, nearness and distance.

Wading through the quagmire: Making sense of dietary supplement utilization

Since the 1980s, numerous studies conducted in the United States have attempted to estimate the prevalence of supplement use among the population (e.g., the National Health and Nutrition Survey and the National Health Interview Surveys). Despite these efforts, the true extent of supplement use is unclear. The literature pertaining to the prevalence of supplement use refers to a confusing array of ambiguous terms. Forming accurate conclusions about supplement use is confounded by differences in terminology and methodology between studies. Direct comparisons between studies are therefore inherently problematic. The emphasis in future investigations should be on standardizing the study design; recording data on daily, weekly, or even monthly use in order to establish the safety and efficacy of supplement use; and adopting a consistent, uniform definition of the term supplement.

The correspondence framework for 3D surface matching algorithms

Beyond the inherent technical challenges, current research into the three dimensional surface correspondence problem is hampered by a lack of uniform terminology, an abundance of application specific algorithms, and the absence of a consistent model for comparing existing approaches and developing new ones. This paper addresses these challenges by presenting a framework for analysing, comparing, developing, and implementing surface correspondence algorithms. The framework uses five distinct stages to establish correspondence between surfaces. It is general, encompassing a wide variety of existing techniques, and flexible, facilitating the synthesis of new correspondence algorithms. This paper presents a review of existing surface correspondence algorithms, and shows how they fit into the correspondence framework. It also shows how the framework can be used to analyse and compare existing algorithms and develop new algorithms using the framework's modular structure. Six algorithms, four existing and two new, are implemented using the framework. Each implemented algorithm is used to match a number of surface pairs. Results demonstrate that the correspondence framework implementations are faithful implementations of existing algorithms, and that powerful new surface correspondence algorithms can be created. (C) 2004 Elsevier Inc. All rights reserved.

Media, 'Madness' and Ethical Journalism

This article analyses the way newspapers and journalists sometimes fail to acknowledge and resolve some of the contentious ethical dilemmas associated with reporting news. Its focus is on not exploiting and vilifying the vulnerable, especially people with mental illness, through sensationalism and inaccurate and imprecise use of medical terminology such as "psycho ". "schizo" or "lunatic ". Because ethics is central to our understanding of professionalism, this article uses professions and professionalism as benchmarks aginst which to analyse and critique how journalists and newspapers define and report news.Sometimes journalists fail the test of good ethical practice in terms of negative. outdated and inaccurate expressions they use in the news stories they report. Likewise, regulators of news industry standards appear not to recognize and sanction such reporting. The apparent inability to resolve these ethical dilemmas creates a context conducive to tolerance for, not acceptance of. unethical news reporting.

Behavioral determinants of healthy aging

With global trends in population aging, many nations are developing and implementing healthy aging policies to promote quality as well as years of healthy life. To broaden the evidence base for such policy development, a review of the literature was conducted to summarize the existing evidence regarding the behavioral determinants of health), aging. Such research is needed so that the efficacy of modes of intervention can be better understood. The Outcome of: healthy or successful aging was selected for this review since this nomenclature dominates the literature describing a global measure of multidimensional functioning at the positive end of the health continuum in older age. Studies published between 1985 and 2003 that reported statistical associations between baseline determinants and healthy aging Outcome were identified from a systematic search of medical, psychological, sociological, and gerontological databases. Eight studies satisfied the search criteria. Modifiable risk factors among the behavioral determinants included smoking status, physical activity level, body mass index, diet, alcohol use, and health practices. On the basis of these findings, effective healthy aging policies need to enhance opportunities across the life span for modification of lifestyle risk factors. Efforts to standardize concepts and terminology will facilitate further research activity in this important area. (Am J Prev Med 2005;28(3):298-304) (c) 2005 American Journal of Preventive Medicine.

Variation talk: Articulating meaning in statistics

Little is known about the way that teachers articulate notions of variation in their own words. The study reported here was conducted with 17 prospective secondary math and science teachers enrolled in a preservice teacher education course which engaged them in statistical inquiry of testing data. This qualitative study examines how these preservice teachers articulated notions of variation as they compared two distributions. Although the teachers made use of tandard statistical language, they also expressed rich views of variation through nonstandard terminology. This paper details the statistical language used by the rospective teachers, categorizing both standard and nonstandard expressions. Their nonstandard language revealed strong relationships between expressions of variation and expressions of distribution. Implications and the benefits of nonstandard language in statistics are outlined.

Lipid droplets: a unified view of a dynamic organelle

Lipid droplets form the main lipid store in eukaryotic cells. Although all cells seem to be able to generate lipid droplets, their biogenesis, regulatory mechanisms and interactions with other organelles remain largely elusive. In this article, we outline some of the recent developments in lipid droplet cell biology. We show the mobile and dynamic nature of this organelle, and advocate the adoption of a unified nomenclature to consolidate terminology in this emerging field.

Microbial Fuel Cells: Methodology and Technology

Microbial fuel cell (MFC) research is a rapidly evolving field that lacks established terminology and methods for the analysis of system performance. This makes it difficult for researchers to compare devices on an equivalent basis. The construction and analysis of MFCs requires knowledge of different scientific and engineering fields, ranging from microbiology and electrochemistry to materials and environmental engineering. DescribingMFCsystems therefore involves an understanding of these different scientific and engineering principles. In this paper, we provide a review of the different materials and methods used to construct MFCs, techniques used to analyze system performance, and recommendations on what information to include in MFC studies and the most useful ways to present results.

Summer dormancy in perennial temperate grasses

Background and Aims Dormancy has been extensively studied in plants which experience severe winter conditions but much less so in perennial herbaceous plants that must survive summer drought. This paper reviews the current knowledge on summer dormancy in both native and cultivated perennial temperate grasses originating from the Mediterranean Basin, and presents a unified terminology to describe this trait. Scope Under severe drought, it is difficult to separate the responses by which plants avoid and tolerate dehydration from those associated with the expression of summer dormancy. Consequently, this type of endogenous (endo-) dormancy can be tested only in plants that are not subjected to moisture deficit. Summer dormancy can be defined by four criteria, one of which is considered optional: (1) reduction or cessation of leaf production and expansion; (2) senescence of mature foliage; (3) dehydration of surviving organs; and (4, optional) formation of resting organs. The proposed terminology recognizes two levels of summer dormancy: (a) complete dormancy, when cessation of growth is associated with full senescence of foliage and induced dehydration of leaf bases; and (b) incomplete dormancy, when leaf growth is partially inhibited and is associated with moderate levels of foliage senescence. Summer dormancy is expressed under increasing photoperiod and temperature. It is under hormonal control and usually associated with flowering and a reduction in metabolic activity in meristematic tissues. Dehydration tolerance and dormancy are independent phenomena and differ from the adaptations of resurrection plants. Conclusions Summer dormancy has been correlated with superior survival after severe and repeated summer drought in a large range of perennial grasses. In the face of increasing aridity, this trait could be used in the development of cultivars that are able to meet agronomic and environmental goals. It is therefore important to have a better understanding of the genetic and environmental control of summer dormancy.

The real-time refinement calculus: A foundation for machine-independent real-time programming

The real-time refinement calculus is an extension of the standard refinement calculus in which programs are developed from a precondition plus post-condition style of specification. In addition to adapting standard refinement rules to be valid in the real-time context, specific rules are required for the timing constructs such as delays and deadlines. Because many real-time programs may be nonterminating, a further extension is to allow nonterminating repetitions. A real-time specification constrains not only what values should be output, but when they should be output. Hence for a program to implement such a specification, it must guarantee to output values by the specified times. With standard programming languages such guarantees cannot be made without taking into account the timing characteristics of the implementation of the program on a particular machine. To avoid having to consider such details during the refinement process, we have extended our real-time programming language with a deadline command. The deadline command takes no time to execute and always guarantees to meet the specified time; if the deadline has already passed the deadline command is infeasible (miraculous in Dijkstra's terminology). When such a realtime program is compiled for a particular machine, one needs to ensure that all execution paths leading to a deadline are guaranteed to reach it by the specified time. We consider this checking as part of an extended compilation phase. The addition of the deadline command restores for the real-time language the advantage of machine independence enjoyed by non-real-time programming languages.

A SUPREMA GLORIFICAÇÃO: UM ESTUDO SOBRE A APOTEOSE DE JESUS A PARTIR DE JOÃO 5.19-30

Diante da pluralidade encontrada nas primeiras comunidades cristãs, a questão da divindade de Jesus é objeto de polêmicas. Os evangelhos sinóticos tratam a questão com certa discrição. Porém, o chamado Quarto Evangelho, traz uma revelação mais incisiva a respeito deste questionamento. Qual seria a razão para que a comunidade Joanina enfatizasse a divindade de Jesus? Há de se atentar para o fato de que conflitos com correntes diversas estivessem se fazendo presente na realidade de algumas comunidades, entre elas a de João, o que provavelmente levou a uma defesa mais contundente a respeito da questão. Pesquisas nos conduzem ao fato de que o Quarto Evangelho assinala a diversidade do cristianismo no I século e a realidade de um movimento que já estava se institucionalizando e se tornando fonte de poder não apenas religioso. A pericope de João 5. 19-30 revela uma evolução, por vezes confusa, no conceito da divindade de Jesus onde a terminologia filho se confunde com tradições judaicas e a figura dos filhos dos deuses presente no mundo antigo.

EM FAVOR DOS POBRES: CONCEPÇÕES DE OPRESSÃO-LIBERTAÇÃO NA PEDAGOGIA FREIRIANA EM ARTICULAÇÃO COM O CRISTIANISMO DE LIBERTAÇÃO

O cristianismo de libertação pode ser considerado uma terminologia para designar como as ações de libertação surgem na religião de matriz cristã-católica. Nele, está implícito o conceito de que Deus encontra-se no meio do povo para proporcionar experiências de libertação do sujeito consigo e do sujeito na sociedade. Libertação processual que desencadeie ações libertadoras. Aqui, interessa mais a ação do que a fé. Pensar o cristianismo traduz-se por pensar em ações salvíficas em situações opressoras. A fé que salva a alma, mas aprisiona o corpo não salvou. As experiências espirituais devocionais, deslocadas das atitudes de justiça e de amor em favor dos pobres, passaram por um difícil crivo de senso e valor social, em período histórico concomitante ao surgimento da Teologia da Libertação na América Latina. A igreja, por sua vez, condenou seus melhores pensadores acusando-os de profanos, pois estes preocupavam-se demais com a questão social dos sujeitos-fiéis. Entretanto, o próprio Cristo priorizou salvar as condições sociais dos seus seguidores. Cristo, assim, deu destaque ao corpo do sujeito. Seu contato pessoal com os seus seguidores materializam a verdade de suas palavras libertadores. Nesse sentido, pode-se dizer que Paulo Freire promoveu uma educação cristã. Uma espécie de libertação dos pobres mediada pelo recurso da palavra.

O MISTICISMO JUDAICO E APOCALÍPTICO NO APOCALIPSE DE JOÃO CAPÍTULOS 4 E 5 ASCENSÃO E VIAGEM CELESTIAL NO CRISTIANISMO PRIMITIVO

Esta dissertação tem por objeto analisar os textos do livro do Apocalipse capítulos 4 e 5. As fontes de pesquisa pertencem às tradições do Misticismo Judaico. Esta linha, hoje ecoa em estudos do misticismo apocalíptico e do êxtase visionário relativo ao contexto do judaísmo e cristianismo primitivos, em autores tais como: Christopher Rowland, Alan Segal, C. R. A. Morray-Jones e John Ashton, John Collins, Adella Collins, Jonas Machado, Paulo A. S. Nogueira, Carol Newsom, David E. Aune, Philip Alexander, Crispin H.T. Fletcher-Louis, Florentino García Martínez dentre outros; sendo que, estes autores se alinham aos resultados das pesquisas iniciais de Gershom Scholem sobre o Misticismo Judaico, e aos desenvolvimentos mais recentes neste âmbito. Nogueira1 menciona que foi Scholem quem realmente usou este misticismo para produzir a chave das histórias de ascensão celestial presentes nos apocalipses dos últimos dois séculos a.C. e dos primeiros dois séculos d.C. Foi Scholem, na verdade, quem iniciou a discussão acadêmica dos místicos judaicos em seu livro Major Trends in Jewish Myticism - Principais Tendências no Misticismo Judaico em 1941. Corroborando com a tradição destes estudos se encontram as descobertas dos manuscritos de Qumran, como a dos Cânticos do Sacrifício Sabático, uma composição de treze cânticos, também chamada de liturgia angélica, e que tem contribuído para o desenvolvimento das pesquisas, bem como sustentado os argumentos de Scholem. Dentre os manuscritos de Qumran há um fragmento de hinos denominado 4Q405, que trouxe ao conhecimento a terminologia Merkaváh, em que anjos louvam a imagem do Trono da Carruagem citado no primeiro capítulo do livro de Ezequiel. Identificou-se nestes o sincretismo da comunidade de Qumran acerca do canto dos anjos com outras ideias sobre os deveres dos mesmos, sendo uma característica comum às tradições da Ma asseh Merkaváh - (Trabalhos do Divino Trono/Carruagem). 1 NOGUEIRA, Sebastiana M. Silva. 2 Coríntios 12 e o Misticismo Judaico (Os Quatro que Entraram no Pardes). Oracula, 2012 p.04. Assim, a pesquisa segue os pressupostos de Rowland2, de que os textos do Apocalipse 4 e 5 possuem em sua narrativa uma semelhança básica com a liturgia descrita nas tradições do misticismo apocalíptico do judaísmo no I século, bem como em textos de Qumran, principalmente no fragmento 4Q405. Conforme Nogueira3 Ezequiel capítulo 1 é considerado chave desta tradição mística do judaísmo, sendo, também um elemento central do Apocalipse de João, o principal visionário do cristianismo. Assim, a pesquisa inclui a aproximação dos textos considerados fundantes, sendo: (Isaías 6; Ezequiel 1; Daniel 7; I Enoque 14), junto aos textos de Qumran, como o complexo dos 13 Cânticos Sábaticos relacionados ao culto no santuário celestial. A apocalíptica pode ser assim compreendida como um tipo de literatura mística, cujas imagens se conjecturam nos escritos que, por meio da ascensão do visionário aos céus e a contemplação do trono de Deus, descortinam uma determinada tradição do judaísmo antigo. Desta forma podemos também interpretar os capítulos 4 e 5 do Apocalipse como texto místico, de conteúdos similares aos dos textos apocalípticos judaicos, e talvez até com um tipo de experiência religiosa análoga.

O Misticismo Judaico e Apocalíptico no Apocalipse de João Capítulos 4 e 5 Ascenção e Viagem Celestial no Cristianismo Primitivo

Esta dissertação tem por objeto analisar os textos do livro do Apocalipse capítulos 4 e 5. As fontes de pesquisa pertencem às tradições do Misticismo Judaico. Esta linha, hoje ecoa em estudos do misticismo apocalíptico e do êxtase visionário relativo ao contexto do judaísmo e cristianismo primitivos, em autores tais como: Christopher Rowland, Alan Segal, C. R. A. Morray-Jones e John Ashton, John Collins, Adella Collins, Jonas Machado, Paulo A. S. Nogueira, Carol Newsom, David E. Aune, Philip Alexander, Crispin H.T. Fletcher-Louis, Florentino García Martínez dentre outros; sendo que, estes autores se alinham aos resultados das pesquisas iniciais de Gershom Scholem sobre o Misticismo Judaico, e aos desenvolvimentos mais recentes neste âmbito. Nogueira1 menciona que foi Scholem quem realmente usou este misticismo para produzir a chave das histórias de ascensão celestial presentes nos apocalipses dos últimos dois séculos a.C. e dos primeiros dois séculos d.C. Foi Scholem, na verdade, quem iniciou a discussão acadêmica dos místicos judaicos em seu livro Major Trends in Jewish Myticism - Principais Tendências no Misticismo Judaico em 1941. Corroborando com a tradição destes estudos se encontram as descobertas dos manuscritos de Qumran, como a dos Cânticos do Sacrifício Sabático, uma composição de treze cânticos, também chamada de liturgia angélica, e que tem contribuído para o desenvolvimento das pesquisas, bem como sustentado os argumentos de Scholem. Dentre os manuscritos de Qumran há um fragmento de hinos denominado 4Q405, que trouxe ao conhecimento a terminologia Merkaváh, em que anjos louvam a imagem do Trono da Carruagem citado no primeiro capítulo do livro de Ezequiel. Identificou-se nestes o sincretismo da comunidade de Qumran acerca do canto dos anjos com outras ideias sobre os deveres dos mesmos, sendo uma característica comum às tradições da Maasseh Merkaváh Trabalhos do Divino Trono/CarruagemAssim, a pesquisa segue os pressupostos de Rowland2, de que os textos do Apocalipse 4 e 5 possuem em sua narrativa uma semelhança básica com a liturgia descrita nas tradições do misticismo apocalíptico do judaísmo no I século, bem como em textos de Qumran, principalmente no fragmento 4Q405. Conforme Nogueira3 Ezequiel capítulo 1 é considerado chave desta tradição mística do judaísmo, sendo, também um elemento central do Apocalipse de João, o principal visionário do cristianismo. Assim, a pesquisa inclui a aproximação dos textos considerados fundantes, sendo: (Isaías 6; Ezequiel 1; Daniel 7; I Enoque 14), junto aos textos de Qumran, como o complexo dos 13 Cânticos Sábaticos relacionados ao culto no santuário celestial. A apocalíptica pode ser assim compreendida como um tipo de literatura mística, cujas imagens se conjecturam nos escritos que, por meio da ascensão do visionário aos céus e a contemplação do trono de Deus, descortinam uma determinada tradição do judaísmo antigo. Desta forma podemos também interpretar os capítulos 4 e 5 do Apocalipse como texto místico, de conteúdos similares aos dos textos apocalípticos judaicos, e talvez até com um tipo de experiência religiosa análoga.