CD14 expression on monocytes and TNF alpha production in patients with septic shock, cardiogenic shock or bacterial pneumonia.

OBJECTIVES: In patients with septic shock, circulating monocytes become refractory to stimulation with microbial products. Whether this hyporesponsive state is induced by infection or is related to shock is unknown. To address this question, we measured TNF alpha production by monocytes or by whole blood obtained from healthy volunteers (controls), from patients with septic shock, from patients with severe infection (bacterial pneumonia) without shock, and from patients with cardiogenic shock without infection. MEASUREMENTS: The numbers of circulating monocytes, of CD14+ monocytes, and the expression of monocyte CD14 and the LPS receptor, were assessed by flow cytometry. Monocytes or whole blood were stimulated with lipopolysaccharide endotoxin (LPS), heat-killed Escherichia coli or Staphylococcus aureus, and TNF alpha production was measured by bioassay. RESULTS: The number of circulating monocytes, of CD14+ monocytes, and the monocyte CD14 expression were significantly lower in patients with septic shock than in controls, in patients with bacterial pneumonia or in those with cardiogenic shock (p < 0.001). Monocytes or whole blood of patients with septic shock exhibited a profound deficiency of TNF alpha production in response to all stimuli (p < 0.05 compared to controls). Whole blood of patients with cardiogenic shock also exhibited this defect (p < 0.05 compared to controls), although to a lesser extent, despite normal monocyte counts and normal CD14 expression. CONCLUSIONS: Unlike patients with bacterial pneumonia, patients with septic or cardiogenic shock display profoundly defective TNF alpha production in response to a broad range of infectious stimuli. Thus, down-regulation of cytokine production appears to occur in patients with systemic, but not localised, albeit severe, infections and also in patients with non-infectious circulatory failure. Whilst depletion of monocytes and reduced monocyte CD14 expression are likely to be critical components of the hyporesponsiveness observed in patients with septic shock, other as yet unidentified factors are at work in this group and in patients with cardiogenic shock.

Clinical presentation, etiology, and outcome of infective endocarditis in the 21st century: the International Collaboration on Endocarditis-Prospective Cohort Study.

We sought to provide a contemporary picture of the presentation, etiology, and outcome of infective endocarditis (IE) in a large patient cohort from multiple locations worldwide. Prospective cohort study of 2781 adults with definite IE who were admitted to 58 hospitals in 25 countries from June 1, 2000, through September 1, 2005. The median age of the cohort was 57.9 (interquartile range, 43.2-71.8) years, and 72.1% had native valve IE. Most patients (77.0%) presented early in the disease (<30 days) with few of the classic clinical hallmarks of IE. Recent health care exposure was found in one-quarter of patients. Staphylococcus aureus was the most common pathogen (31.2%). The mitral (41.1%) and aortic (37.6%) valves were infected most commonly. The following complications were common: stroke (16.9%), embolization other than stroke (22.6%), heart failure (32.3%), and intracardiac abscess (14.4%). Surgical therapy was common (48.2%), and in-hospital mortality remained high (17.7%). Prosthetic valve involvement (odds ratio, 1.47; 95% confidence interval, 1.13-1.90), increasing age (1.30; 1.17-1.46 per 10-year interval), pulmonary edema (1.79; 1.39-2.30), S aureus infection (1.54; 1.14-2.08), coagulase-negative staphylococcal infection (1.50; 1.07-2.10), mitral valve vegetation (1.34; 1.06-1.68), and paravalvular complications (2.25; 1.64-3.09) were associated with an increased risk of in-hospital death, whereas viridans streptococcal infection (0.52; 0.33-0.81) and surgery (0.61; 0.44-0.83) were associated with a decreased risk. In the early 21st century, IE is more often an acute disease, characterized by a high rate of S aureus infection. Mortality remains relatively high.

Mandatory infectious diseases consultation for MRSA bacteremia is associated with reduced mortality.

OBJECTIVES: Although infectious disease (ID) consultation has been associated with lower mortality in Staphylococcus aureus bloodstream infections, it is still not mandatory in many centers. This study aimed at assessing the impact of ID consultation on diagnostic and therapeutic management of methicillin-resistant S. aureus (MRSA) bacteremia. METHODS: Retrospective cohort study of all patients with MRSA bacteremia from 2001 to 2010. ID consultations were obtained on request between 2001 and 2006 and became mandatory since 2007. RESULTS: 156 episodes of MRSA bacteremia were included, mostly from central venous catheter (32%) and skin and soft tissue (19%) infections. ID consultation coverage was 58% between 2001 and 2006 and 91% between 2007 and 2010. ID consultation was associated with more echocardiography (59% vs. 26%, p < 0.01), vancomycin trough level measurements (99% vs. 77%, p < 0.01), follow-up blood cultures (71% vs. 50%, p = 0.05), deep-seated infections (43% vs. 16%, p < 0.01), more frequent infection source control (83% vs. 57%, p = 0.03), a longer duration of MRSA-active therapy (median and IQR: 17 days, 13-30, vs. 12, 3-14, p < 0.01) and a 20% reduction in 7-day, 30-day and in-hospital mortality. CONCLUSIONS: ID consultation was associated with a better management of patients with MRSA bacteremia and a reduced mortality.

Adult native septic arthritis: a review of 10 years of experience and lessons for empirical antibiotic therapy.

Objectives To review the epidemiology of native septic arthritis to establish local guidelines for empirical antibiotic therapy as part of an antibiotic stewardship programme. Methods We conducted a 10 year retrospective study based on positive synovial fluid cultures and discharge diagnosis of septic arthritis in adult patients. Microbiology results and medical records were reviewed. Results Between 1999 and 2008, we identified 233 episodes of septic arthritis. The predominant causative pathogens were methicillin-susceptible Staphylococcus aureus (MSSA) and streptococci (respectively, 44.6% and 14.2% of cases). Only 11 cases (4.7%) of methicillin-resistant S. aureus (MRSA) arthritis were diagnosed, among which 5 (45.5%) occurred in known carriers. For large-joint infections, amoxicillin/clavulanate or cefuroxime would have been appropriate in 84.5% of cases. MRSA and Mycobacterium tuberculosis would have been the most frequent pathogens that would not have been covered. In contrast, amoxicillin/clavulanate would have been appropriate for only 75.3% of small-joint infections (82.6% if diabetics are excluded). MRSA and Pseudomonas aeruginosa would have been the main pathogens not covered. Piperacillin/tazobactam would have been appropriate in 93.8% of cases (P < 0.01 versus amoxicillin/clavulanate). This statistically significant advantage is lost after exclusion of diabetics (P = 0.19). Conclusions Amoxicillin/clavulanate or cefuroxime would be adequate for empirical coverage of large-joint septic arthritis in our area. A broad-spectrum antibiotic would be significantly superior for small-joint infections in diabetics. Systematic coverage of MRSA is not justified, but should be considered for known carriers. These recommendations are applicable to our local setting. They might also apply to hospitals sharing the same epidemiology.

Toxicity assessment of refill liquids for electronic cigarettes.

We analyzed 42 models from 14 brands of refill liquids for e-cigarettes for the presence of micro-organisms, diethylene glycol, ethylene glycol, hydrocarbons, ethanol, aldehydes, tobacco-specific nitrosamines, and solvents. All the liquids under scrutiny complied with norms for the absence of yeast, mold, aerobic microbes, Staphylococcus aureus, and Pseudomonas aeruginosa. Diethylene glycol, ethylene glycol and ethanol were detected, but remained within limits authorized for food and pharmaceutical products. Terpenic compounds and aldehydes were found in the products, in particular formaldehyde and acrolein. No sample contained nitrosamines at levels above the limit of detection (1 μg/g). Residual solvents such as 1,3-butadiene, cyclohexane and acetone, to name a few, were found in some products. None of the products under scrutiny were totally exempt of potentially toxic compounds. However, for products other than nicotine, the oral acute toxicity of the e-liquids tested seems to be of minor concern. However, a minority of liquids, especially those with flavorings, showed particularly high ranges of chemicals, causing concerns about their potential toxicity in case of chronic oral exposure.

Development and evaluation of double locus sequence typing for molecular epidemiological investigations of Clostridium difficile.

Despite the development of novel typing methods based on whole genome sequencing, most laboratories still rely on classical molecular methods for outbreak investigation or surveillance. Reference methods for Clostridium difficile include ribotyping and pulsed-field gel electrophoresis, which are band-comparing methods often difficult to establish and which require reference strain collections. Here, we present the double locus sequence typing (DLST) scheme as a tool to analyse C. difficile isolates. Using a collection of clinical C. difficile isolates recovered during a 1-year period, we evaluated the performance of DLST and compared the results to multilocus sequence typing (MLST), a sequence-based method that has been used to study the structure of bacterial populations and highlight major clones. DLST had a higher discriminatory power compared to MLST (Simpson's index of diversity of 0.979 versus 0.965) and successfully identified all isolates of the study (100 % typeability). Previous studies showed that the discriminatory power of ribotyping was comparable to that of MLST; thus, DLST might be more discriminatory than ribotyping. DLST is easy to establish and provides several advantages, including absence of DNA extraction [polymerase chain reaction (PCR) is performed on colonies], no specific instrumentation, low cost and unambiguous definition of types. Moreover, the implementation of a DLST typing scheme on an Internet database, such as that previously done for Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa ( http://www.dlst.org ), will allow users to easily obtain the DLST type by submitting directly sequencing files and will avoid problems associated with multiple databases.

Recueil d'extraits rassemblés par Philippe Harduin de S. Jacques.

Contient : 1 Sept vers latins exprimant par un mot la caractéristique de chaque mois dans l'année ; « Pocula Janus amat et Februus algeo clamat... » ; 2 Catéchisme en flamand. Extrait ; 3 Copie faite en 1570, par « Philippe Harduyn de S. Jaques », d'un traité imprimé à Louvain en 1550, traité composé « par frere ADRIEN DE MALINES, de l'ordre de S. François », sur la manière de se préparer à recevoir la communion. En flamand ; 4 Extrait concernant la médecine des sauvages de la Floride, tiré de « LESCARBOT, en son Histoire » de la Nouvelle-France, imprimée en 1609, « livre VI, chapitre XV » ; 5 Traduction par « PH. HARD[UIN] de S. JA[CQUES] » du traité dont nous avons la copie plus haut, sous le n° 3 ; 6 Extraits tirés de l'« Histoire de la mission de quelques capucins en l'isle de Maragnan, livre Ier, chap. III, VIII, XXXV, XXXVIII, XLII, XLIV », sous les rubriques « maladies contagieuses... poissons estranges... oyseaux... arbres... la saison des vents au pays du Bresil... fruicts qui se trouvent en l'isle de Maragnan... papillons... admirable longueur de vie » ; 7 Les serments « de l'espée... de la dague... du baston à deux bouz... de la roue » ; 8 « Basse dance commune » ; 9 Citation : « Quid enim bonum ejus est... » ; 10 Date de la naissance de Philippe Coifin ; 11 Copie de la « requeste presentée par ceux d'Anvers, qui communement se faisoyent nommer gueux, au roy catholique, leur souverain seigneur » ; 12 « A monseigneur Mr le comte de Hoocstraede, gouverneur pour S. M. en la ville d'Anvers, et messigneurs les bourgmeesters et eschevins et conseil aud. Anvers », requête ; 13 « De la noblesse », discours ; 14 « Exemple memorable d'un serment frauduleusement fait », tiré de « PAUL EMILE, lib. Ier des Gestes des François » ; 15 « De nomine Ernesto, ex WOLFGANGO LAZIO », dans l'ouvrage de cet auteur qui a pour titre : « De gentium aliquot migrationibus ». En latin ; 16 « Ex sancta BRIGIDA », citation, en latin ; 17 Quatre vers latins prophétiques ; 18 Huit vers latins prophétiques ; 19 Deux vers latins sous le titre : « Volumen anni 1588 » ; 20 « Aliud distichon chronicon » ; 21 « Denombrement des archeveschez, eveschez, duchez, baronnies et comtez, villes et villages, feux et arpens de terre du roiaume de France » ; 22 « Longueur de vie, fécondité des femmes », extrait de l' « Histoire de la mission de quelques capucins en l'Isle de Maragnan, chap. XLIV » ; 23 Lettre de BODIN : « Mr, j'ay envoyé à Mr le procureur general les procez verbaux, comme il m'estoit enjoint, de l'execution de l'arrest de la cour, l'ayant receu dimenche dernier XIXe de mars... » ; 24 Lettre de BODIN : « Mr, ce petit mot servira de messager pour vous prier de me faire sçavoir comment Mr d'Ogier et sa famille se portent... » ; 25 Lettre de BODIN : « Mr, j'ay eu peur que vostre ville ne fut contrainte, par faute de vivres, de capituler à dures conditions, ayant sceu que la livre de beurre s'estoit vendue quinze solz... Ce 15e jour » d' « aoust 1589 » ; 26 Lettre de BODIN : « Mr, je desyre sçavoir de voz nouvelles et de vostre famille et qui soyent bonnes, combien qu'il est impossible, en une calamité si generale... De Laon, ce 7e jour de novembre 1591 » ; 27 Lettre de BODIN : « Mr, contre tant de calamitez si faut il chercher tous les moyens de se consoler, quand l'occasion s'y presente... Ce ... 12e janvier 1593 » ; 28 Lettre d' « ALEXANDRE FANCESCHI,... à l'illustrissime et reverendissime ! Monseigneur, cela que j'ay dit et exposé à vostre seigneurie illme aprez luy avoir presenté le bref de creance de la part de N. S. Pere... » ; 29 « Lettre de Mr BODIN, imprimée à Paris par Guillaume Chaudiere. Mr, depuis trois jours un de mes amiz vous ayant visité m'a rescrit que vous estiez demeuré fort estonné de ce que j'estoy ligueur... De Laon, ce 20 janvier 1590 » ; 30 Relation sommaire des actes de la conference tenue à Suresnes en 1593 ; 31 « Le procez, par PIERRE DE RONSARD, Vandosmois », pièce de 272 vers adressée « à tres illustre prince Charles, cardinal de Lorraine » ; 32 Deux vers latins relatifs audit procès ; 33 Deux vers latins répondant aux deux qui précèdent ; 34 « Animaux terrestres qui se touvent à Maragnan... animaux rampans » ; 35 « De l'imprimerie » ; 36 « Sententiae selectae ex diversis authoribus ». En latin ; 37 « Praecepta quaedam » ; 38 « Recueil des choses advenues en France » ès années 1559, 1560, 1574 et 1575 ; Mariage d'Élisabeth de France, fille de Henri II, avec Philippe II, roi d'Espagne ; Supplice d'Anne Du Bourg, conseiller au parlement, convaincu d'hérésie ; Mort de Henri II, roi de France, blessé dans un tournoi par le comte de Montgomery ; Tumulte d'Amboise ; Siège de Domfront par le Sr de Matignon, en 1574 ; Mort de Charles IX ; Arrivée de Henri III à Lyon ; « Lances et brandons de feu », vus dans le ciel en 1574 et en 1575 ; 39 Deux vers ; 40 « Marque du vray François » ; 41 Deux vers ; 42 « Marque du vray catholique françois » ; 43 « Discours de ce que le general PORTAL expedia au voyage qu'il fit au camp du prince de Condé » ; 44 « Fragment de la remonstrance et requeste faite à Leurs Majestez par le general PORTAL » ; 45 « Discours merveilleux de Malchus » ; 46 « Stances de la Chasse aux dames » ; 47 « Dictons vulgaires » (fol. 49) ; 48 « Feux merveilleux advenuz à Rouen », en « 1118... 1100... 1126... 1073... 1193... 1203... 1220... 1228... 1243... 1514... 1513... 1515... 1569... 1330... 1472... 1415... 1480... 1519... 1453... 1315... 1483... 1513... 1550... 1523... 1347... 1477... 1479 » ; 49 « L'orloge de la passion de nôtre sauveur et redempteur Jesu-Chrit » ; 50 Maximes de droit féodal : « Le prince ou signeur qui fait felonnie à son vassal... » ; 51 « Les sept archeveschez du royaume de France » ; 52 « De corona imperatoria. Imperator romanus tribus coronis debet coronari... » ; 53 « Versus (5) vulgares de septem electoribus imperii » ; 54 « De la cité de Venise. La cité de Venise ne reconnoit aucun supérieur en temporalité... » ; 55 Note ; 56 Note sur les ressources que l'on peut tirer d'un impôt de 20 livres par clocher en France ; 57 « Le pris des monnoyes d'or et d'argent, publié en France, l'an 1532, au mois de mars, et l'an 1533, au moys d'avril », note ; 58 « Aetates hominis », tableau ; 59 « Cur Beda venerabilis titulo decoretur », note, en latin ; 60 Comment St Jérôme ordonna le service liturgique de l'église, note ; 61 Note sur trois baptêmes de cloches à Fleury-sur-Andelle, l'an 1529 ; 62 Baptêmes de cloches à « Noion-sur-Andelle, à present dit Charleval... l'an 1574 » ; 63 « La suscription des cloches de Charleval » mentionnées ci-dessus. En latin ; 64 « Epitaphium Georgii Fereyi Carlovalli, in divi Dyonisii aede sepulti, a patre Joanne Fereyo compositum ». En latin ; 65 « Outiz d'un cordouannier : un tranchet, une allenne. Il y en a de propres à besongner en liege... » ; 66 « Motz de gaudisserie », note ; 67 « Declaration des benefices estans à la donnaison et presentation de l'archevesque de Rouen, au diocese dud. Rouen ». En latin ; 68 « Lettre du roy CHARLES IX au Sr de Carrouges, gouverneur de Rouen » ; 69 « Epigramma de morte Molaei, propter conspiratam regis mortem capite truncati anno 1574 » ; 70 « De musices tonis. Primus tonus, qui dorius alio nomine dicitur... ». En latin ; 71 « De sainte Maxellende, vierge et martyre » du Cambrésis. « Au tems du roy de France, nommé Thierry,... laquelle celebre sa feste le XIIIe de novembre » ; 72 Note sur Hardouin, doyen du Mans, qui l'an 1161 fut fait archevêque de Bordeaux ; 73 « Recueil d'un dialogue auquel est introduite Alythie, c'est-à-dire Verité, laquelle est logée en ces quartiers de la Hongrie, qui est souz la puissance du Turc, par l'autheur, qui est inconnu, si ce n'est qu'aucuns l'attribuent au Sr Du Plessis, de la maison de Bouy, huguenot » ; 74 « Capitulation faite par le Sr de Mattignon avec ceux de Carenten, l'an 1574 » ; 75 « Lettre de la royne, mere du roy, regente en France, au bailly de Gisors... Nous avons entendu que plusieurs personnes, tant nobles que roturieres, qui estoyent en la guerre de Normendie... Donné à Paris, le 17 juillet 1574. Signé : CATHERINE » ; 76 « Lettre de M. DE LA MAILLERAYE, gouverneur en Normendie, en l'absence du duc de Bouillon, au bailly de Gisors. Mr le bailly, je ne vous sçauroy mieux instruire de l'intention de la royne... De La Mailleraye, le XXIIIIe de juillet 1574. DE MOY » ; 77 « Quibus planetis unumquodque musices intervallum tribuatur. Jupiter habet gratiam vocis octavae simul et quintae... Musicae genera elementis simul atque quatuor humoribus convenire dicebant veteres... coelo stellato contribuerunt ». En latin ; 78 « ERASMUS, in epistola ad Joannem et Stanislaum Bonneros, fratres polonos, Terentii comoediis praefixa : Nihil homini melius pietate... ». En latin ; 79 « Anticlaudianus. De peculiari multorum artificum dote » ; 80 « PIERRE RONSARD » ; 81 « ANTHOINE BAÏF » ; 82 Sentences en latin ; « Quemadmodum bona prudentiae pars... » ; « Ad parandam eruditionem... » ; « Ea demum in omnem vitam... » ; 83 « Stadium spatium est quod centum et viginti quinque nostros efficit passus... », définition du stade d'après Pline, livre II, chap. XXIII. En latin ; 84 Sentences et réflexions, en latin ; « Difficile est, ut divus Hieronymus ait, senum mutare linguam... ». En marge on lit : « FUCHSIUS, in epistola nuncupatoria medicinae paradoxis affixa » ; « Nullum imperium, imo ne religio quidem ipsa sine literarum praesidio conservari potest... » ; « Si linguas literasque bonas rebus humanis princeps exemerit... » ; « Principum nostrae aetatis... » ; « Neque melius, neque honestius... » ; « Adulatores unum hoc conantur... » ; « Illa in studiis dissensio ac conflictatio Hesiodo, atque adeo Galeno, utque mortalibus longe utilissima sit prohatur... » ; « Arabes medici in universum omnes nihil aliud conati sunt, nisi quod ex aliorum... » ; « Convenit ut princeps imperii sui ac rerum agendarum initia a gloriae Dei propagatione capiat... » ; « Anno M. D. XXXIV scripsit Leonarthus Fuchsius libros Paradoxorum medicinae... » ; « Nihil indecorum est docere, quod didicisse sit utile et honestum » ; 85 « La riviere du Nil sourd du lac appellé Zaïre... » ; 86 « Quatrain sur les estatz tenus à Blois au mois de decembre 1576 » ; 87 « Autre » quatrain sur les états de Blois en 1576 ; 88 Pensées, sentences et réflexions, en latin ; « Ut poesis suam a musica άρμονίαν, geometria proportiones ab arithmetica mutuatur... ». En marge on lit : « Ex JACOBI OMPHALII jureconsulti nomologia » ; « Quemadmodum Apelles et Parrhasius suam imaginibus addiderunt symmetriam... » ; « Ut apud Platonem Socrates,... » ; « Clysteris usus ibi Aegiptiae avi... » ; « Absolvitur reus... » ; « Absens in criminibus damnari non debet, ut divus Adrianus,... » ; « Cicero Asiaticorum levitatem... » ; « Mentitur in carcere, qui dolorem pati potest... » ; « Sicut frons parva modestiae... » ; « Certus et constans usus plenam in re omni parit perfectionem » ; « Quo quenque naturae έ'ξις ferat... » ; « Quemadmodum medici leviter aegrotantes leviter curant... » ; « Ut tempestates saepe certo aliquo coeli signo commoventur... ». En marge on lit : « EX CICERONIS oratione pro Murena,... » ; « Argumentationes viscera ac veluti nervi sunt orationis... » ; « Diversum argumentandi morem rhetor a dialectico sectatur... » ; « Argumentatio syllogismorum figuras ac modos complectitur... » ; « Nasica disoit qu'il estoit bon que Romme eust toujours un ennemy à qui faire la guerre... ». D'après « FLORUS » ; « Nullae laudes tam firmae... ». A la marge on lit : « JOAN. PICARDUS JONKERIANUS, de prisca celtopaedia lib. I » ; « Ut ex medicina nihil oportet putare proficisci... ». En marge on lit : CICERO, lib. de Inventione » ; « Sicut medico diligenti, priusquam conetur aegro adhibere medicinam... ». En marge on lit : « Idem [CICERO] lib. II de Oratore » ; « JUSTINIANUS de lege Aquilia, tit. III. Institutionum imperialium : Si medicus qui servum tuum secuit... » ; « Qui moritur minis sepelitur crepitibus asininis » ; « Vinum et musica laetificant cor... » ; « Tibiae et psalterium... » ; 89 Distique accompagnant un cadeau envoyé, le 23 novembre 1594, à-Philippe Harduyn de St-Jacques, le lendemain de son mariage avec Geneviève Drouet ; Aureus est annus, sunt aurea munera, dulces... » ; 90 « Le soleil dechasse les tenebres... » ; 91-92 « Sur les figures nouvellement erigées à l'Horloge du Palais, à Paris. Quadrains » ; 93 « 1587. De quinque Henricis : Valesio, Guisio, Navarraeo, Condaeo, Montmorencio » ; 94 Six vers composés par « le president FAUCHET », après avoir « veu son effigie representée à S. Germain en Laye souz le nom de Neptune » ; 95 Proverbes ; « El fuer de Aragon... ». En espagnol ; « Noyer en vigne... » ; 96 Examen de la question suivante : « A sçavoir si les femmes doivent estre rejettées de l'heritage du royaume, comme aussy de son gouvernement, par le droict francogallique. Chap. XIX » ; 97 « La vraye origine de ces mos Guelphes et Gibelins. Les divisions et partialitez qui avindrent en Italie... » ; 98 « Pourquoy les Normans ont esté ainsy appellez. BELLEFOREST, au IIIe livre de son Histoire universelle, chap. XL, rejette l'opinion commune de ce mot Norman... » ; 99 Pensées diverses, en latin. « Levior majori succedens labor ipso magis otio recreat... » ; 100 GESNERUS, « in epistola nuncupatoria bibliothecae, sive catalogi universalis omnium scriptorum : De theriaco remedio tres Galeni (ut creditur) libros habemus... ». Extrait, en latin ; 101 « Bussii epitaphium, magistro nostro HANGAR, doctore theologo parisiensi authore » ; 102 « Jacobi de Levi, herois Queslaei, epitaphium in [aede] divi Pauli (ubi honorificentissime, jussu Henrici III, regis christianiss., cui έταϊρος chariss. et in deliciis summopere fuit, idem Queslaeus sepultus jacet, ibique monimentum marmoreum valde superbum ab eodem rege erectum est in ejusdem Queslaei memoriam) literis aureis marmori insculptum » ; 103 « Ad idem epitaphium velut responsum in laudem victoris Entragaei, ab eodem theologo » ; 104 « Hoc sequens prognosticon inventum fuit in libro quodam manuscripto apud Carthusienses parisinos, fol. LXXV, circa annum Domini [1422], dum regnaret in sede lilii Carolus nomine Sextus, circiter quadragesimum tertium seu postremum annum regni ejusdem : « Cum rex Henricus regnabit origine Francus... » ; En latin ; 105 « Epistola domini PII, papae, transmissa Ludovico, christianiss. Francorum regi, ad quassationem... Sanctionis Pragmaticae. Charissime in Christo fili, salutem et apostolicam benedictionem. Accepimus ex literis venerabilis fratris nostri Johannis, episcopi Atrebatensis... Datum Romae, die XXVI octobris, anno Domini 1461, pontificatus nostri anno quarto ». En latin ; 106 « Ex epistola nuncupatoria quarti libri ARNOLDI FERRONII de Gestis Gallorum. Tres causae quibus homines ad historiam scribendam maxime stimulantur... ». En latin ; 107 « Industria, honore et liberalitate alitur... ». En latin ; 108 Six lignes, en latin, concernant Maximilien Ier, empereur d'Allemagne ; 109 « Breve instruction de musique » ; 110 « Des cometes » ; 111 « Extrait d'un livre intitulé : la Fontaine de toutes sciences, fait par le philosophe SIRACH, et imprimé à Paris, l'an 1486, le 20e de fevrier, auquel le roy Boetus demande et led. Sirach respond » ; 112 Notes à l'usage de celui qui veut faire bâtir ; 113 « Quando et quis primum in Hispania rex catholicus sit dictus ». En latin ; 114 « Discours ... tiré d'un livre intitulé : Response des vrays catholiques françois à l'avertissement des catholiques anglois, pour l'exclusion du roy de Navarre, nommé Henry de Bourbon, de la couronne de France, imprimé l'an 1588, sans exprimer autrement le nom de l'autheur et de l'imprimeur, combien que l'on se doubte que l'autheur soit un nommé D'ORLEANS, advocat, lequel on estime aussy avoir composé luy-mesme l'advertissement des catholiques anglois aux catholiques françois » ; 115 Sentence tirée du même livre, « laquelle l'autheur attribue à Pacianus, evesque de Barcelonne » ; 116 Mesures de capacité dans leurs applications au vin, au blé, au sel, à l'avoine. Mesures pour le bois, le foin et la paille ; 117 Noms latins de plusieurs parties de la tête ; 118 Sentences latines accompagnées de la traduction en français ; 119 HENRICUS LORITUS GLAREANUS, in praefatione operum Boethii : Philosophia mutas vocat meretriculas... ». En latin ; 120 « Voyage ou navigation de JEAN VAN HUYGHEN DE LINSCHOT, imprimé à Amstelredam, 1596. Commencé l'an 1579, le 6e de decembre, depuis l'isle de Texel jusques en Seville, dans un navire qui alloit à S. Lucas de Barrameda... » ; 121 « Thema latinum ad charissimum patremmeum ». En latin ; 122 Lettre, en français, dudit écolier « JOANNES SANJACOBAEUS », adressée à son père. Il y parle de son précepteur, « Mr Greslet » ; 123 Récit de l'entrée de Marie de Médicis, reine de France, en Avignon, en novembre 1600 ; 124 Épitaphe de « Jehan Fourcade, dit Portet, natif de Paris », décédé à Blois, le 18 janvier 1602, apres avoir « servi S. M. et les defuncts rois ses predecesseurs, de pere en fils, l'espace de cent vingt ans » ; 125 Notes concernant don Juan d'Autriche, 1571 : ; 126 Mémoire sur la maison de Joyeuse, par « MARCEL VILTERS » ; 127 Notes ; « Medecins du Japon » ; « Croyance des sauvages, apprise du grand Sagamo des Algoulmequins, appellé Besouat, par le Sr Champlein, nonmé Samuel, tirée de l'Histoire de la Nouvelle France, livre III, chap. 2, page 294 » ; « Maladie estrange [jambes enflées, guéries par l'annedda], chap. 24 du livre III de l'Histoire de la Nouvelle France » ; « Maladies estranges » : scrofule, goître, scorbut. Histoire de la Nouvelle France, livre IV, chap. 6, page 468 ; « Marsoins, poissons » ; « Des devins. L'ESCARBOT, dans son Histoire de la Nouvelle France, livre VI, chap. 5, page 725 » ; 128 « Enfantement merveilleux. Marguerite, fille et heritiere de Florent, comte de Hollande, et de Mathilde,... de Brabant, accoucha, tout d'une ventrée, de 364 enfants, tant masles que femelles, l'an... 1276, le jour du jeudi absolut, à neuf heures du matin, estant âgée de 42 ans.... » ; Le même fait a été raconté en latin, par ERASME et par JEAN LOUIS VIVES, que notre ms. cite ; Le compilateur blâme Erasme d'avoir mis la vérité de ce fait en doute ; 129 « Fragment de quelques demandes catholiques aux prelats presens à la mort de M. de Guise, à Blois, faite par le commandement de Henri III, roi de France. 1588. Si ce sanglant homicide fut advenu par un premier et soudain mouvement de courroux... » ; 130 « Memoires propheticques. Si le plain de la lune est rouge à coulleur d'or, signifie vents... » ; 131 « Les quattre mariages de Philippe d'Austriche, roi des Espaignes » ; 132 Inscriptions, en latin, rappelant la prise de Calais sur les Anglais, en 1558, par le duc de Guise, François de Lorraine, et la libéralité de Henri II, accordant audit duc de Guise et à sa postérité une maison dans Calais, en mémoire de ce haut fait ; 133 Résumé de « la capitulation de la citadelle et chasteau de Montmelian » ; 134 « Genealogie et succession des rois à la couronne de France, et le nombre des ans qu'ils ont regné », depuis Pharamond jusqu'à Henri III inclusivement ; 135 Quatre vers latins composés par « M. PETRUS L'AFFILEUS » sur le symbole et la dévise adoptés par Henri III, roi de France ; 136 Note de trois lignes sur la reine Élisabeth d'Angleterre ; 137 « Des medecins et chirurgiens sauvages » ; 138 « Du mot de Saga » ; 139 Note tirée de « L'ESCARBOT, en son Histoire » de la Nouvelle France, « livre VI, chap. 6, pages 736 et 737 », touchant plusieurs « mots françois derivez du grec » ; 140 Note sur la mort de « Jacobus Picolominus,... cardinalis papiensis », décédé en septembre 1479. En latin ; 141 Note sur « le prieur de Mondidier » qui, en 1613, avala, pour se guérir d'une pituite, quatre balles de plomb ; 142 La valeur de l'écu à Paris en 1465, d'après un passage du IVe livre de « la Mer des histoires et chroniques de France, imprimez à Paris » en « 1518 » ; 143 « De nobilitate collectanea ». En latin ; 144 Récit concernant l'histoire de la Ligue à Paris, du 15 novembre au 8 décembre 1591 ; 145 Noms de « ceux qui ont escrit qu'il faloit tuer les tyrans » ; 146 Passage tiré de « L'ESCARBOT, en son Histoire, livre VI, chap. 7, page 787 », concernant les « philosophes et theologiens appellez Sarronides et beaucoup plus anciens que les Druides » ; 147 Autre passage tiré de « L'ESCARBOT, en son Histoire, livre VI, chap. 11, page 840 », concernant le « breuvage des Floridiens, casiné », et celui des Brésiliens, « caouin » ; 148 Récit des cérémonies observées pour l'abjuration et l'absolution du roi Henri IV à St-Denis, le 25 juillet 1593 ; 149 « Lettres closes envoyées par ledict HENRY [IV] à ses cours de parlement, touchant sa conversion... Escrit à S. Denis en France, ce dimenche 25 juillet 1593 » ; 150 Resumé de la sentence prononcée contre Pierre Barriere, accusé d'être venu de Lyon à Melun pour tuer le roi Henri IV. 1593 ; 151 « Escrit... affiché aux carrefours des rues de la ville de Paris, le 28e d'octobre 1593 », et adressé « au peuple de Paris », en faveur du roi Henri IV ; 152 « Sommaire du traité fait entre l'empereur Charles Ve et le roy de Tunes, nommé Muleassem, le VIe d'août mil VC; XXXV, etans en leurs personnes pres La Goullette dud. Tunes » ; 153 « Sommaire des lettres de l'empereur [Charles V], du 16 d'out [1535], écrites en la galere, au goulfe de La Goulette » ; 154 « Requete presentée par la noblesse » des « Pays-Bas à Mme de Parme, lors gouvernante e dis Pays Bas, pour le roy catholique, son frere, le IIIe d'avril 1566 » ; 155 « Les articles avec lad. requete presentés » ; 156 « Apostille de S. A., rendue le VIe d'avril, au Sr de Brederode, contes de Culenbourg, Ludovic de Nassau et Van den Berghe, accompagnés de la noblesse » ; 157 « Promesse faite aus gentishommes assemblés en la ville de Bruxelles, par les chevaliers de l'ordre, le VIe d'avril » 1566 ; 158 « Discours sur le fait de la religion ès Pays-Bas » ; 159 « Lettre envoyée à Mme de Parme par JAN DE LIGNE,... De Harlingen, ce 6e de may 1567 » ; 160 Note sur les personnages nommés dans la lettre indiquée ci-dessus ; 161 « Extrait de la lettre du lieutenant de Grueninge, escritte au comte d'Arenberghe, au lieu de Schermer, en date du 4 de may » ; 162 « Lettre d'ANNE DE LORRAINE à Mme de Parme,... De Nancy, ce premier d'aoust » ; 163 « Sentences » ; 164 « Rondeau fait par Mme D'ENTRAGUES » ; 165 « Enseignement d'auteur incertain » ; 166 Explication de quelques termes employés par « l'auteur des Eschets » ; 167 « Echo » ; 168 « Noms des vieux poëtes françois » ; 169 Anecdote sur « le roy Demetrius » ; 170 « Echo » sur les Gueux ; 171 « Epitaphium Joannis Hanard, baronis de Likerke » ; 172 Extraits de S. Bernard, S. Mathieu, S. Augustin, S. Grégoire, S. Jérome, Isidore de Séville, l'Ecclésiaste, S. J. Chrysostome, S. Paul, S. Ambroise, le livre des Proverbes. En latin ; 173 « Bona que proveniunt ex sumptione Eucharistiae ». En latin ; 174 « Septem peccata criminalia » et « virtutes contrariae ». En latin ; 175 « Douse degrés d'humilité » ; 176 « L'effet des cometes en leur signe », note ; 177 « Lettre de PONCE PILATE, envoyée à l'empereur Tybere, prise des ecris d'EGESIPPE et mise en françois par FRANÇOIS BOURGOING » ; 178 Notes sur « Hérodiade » et « Hérode,... Octavian Cesar Auguste,... Pilate » ; 179 Lettre de « PONCE PILATE à Claude Tybere » ; 180 Note sur « Theodoze,... prince des Juifs... au temps de Justinian, empereur, bon chrestien » ; 181 Notes sur S. Mathieu, S. Jacques, S. Justin, une erreur du pape Jean XXII, concernant la vision de Dieu, « Here, pamphilien », les opinions contraires de Protagore et d'Anaxagore sur l'existence de Dieu, Crésus, roi de Lydie, Cambyse et Otanès, fils de Sisanès, Heliogabale, Maximin, Socrate, déclaré vicieux par un « jongleur... Zeleuque, roi des Locres », qui se fit crever un oeil pour se punir de la fante commise par son fils ; 182 Six vers sur le bonheur qui attend apres la mort celui qui a bien vécu ; 183 « Nihil est in rebus humanis magnum, nisi animus magna despiciens » ; 184 Maximes et sentences ; 185 Anecdote concernant Alphonse, roi de Naples, lequel fut guéri par la lecture de Quinte-Curce d'une maladie qui avait résisté aux remèdes des médecins ; 186 Concordance chronologique de Philon et de Métasthène avec l'Ecriture, touchant les événements principaux de l'histoire des Babyloniens et de celle des Perses ; 187 « De militia ». Extraits tirés de « Frontinus,... Helinandus,... Valerius,... Aristoteles ». En latin ; 188 « De religione ». Extraits tirés de « Macrobius,... Tullius ». En latin ; 189 « Sententiae ex diversis authoribus ». En latin ; 190 « Quae sequuntur ex JOANNE COCHLAEO in Paraclisi ad semper victricem Germaniam decerpta sunt ». En latin ; 191 Anecdote concernant « Abrincus,... Guysoïnus,... Wapingo », princes de Neustrie, « au tems de Jule Cesar » ; 192 Maxime tirée d'« EPICTETE, philosophe stoïque grec, traduit par Rivaudeau, Poitevin. Tais-toy, la pluspart du tems... » ; 193 Organisation religieuse, judiciaire et militaire des Romains ; a ; « Des estas establiz à Rome pour le fait de la religion... Du grand pontife et ses collegiaux » ; « Des duumvires, decemvires et quindecimvires etabliz au fet de la religion » ; « Des augures » ; « Du roy des sacrifices » ; « Du flamine dial et autres » ; « Des confreres que les Latins appeloét sodales » ; « Des vierges vestales » ; « Des septemvires epulons » ; « Des feciales et victimaires » ; b ; « Des magistratz civilz ordinaires... Des consuls » ; « Des proconsuls » ; « Des lieutenans consulaires ; « Des preteurs » ; « Des tribuns du peuple » ; « Des censeurs » ; « Des questeurs » ; « Des ediles » ; c ; « Principaus... magistraz civilz... extraordinaires... Des dictateurs et mètre des chevaliers » ; « Du tribun des gendarmes » ; d « Maniere de fere mout notable, qu'observoet les Rommeins aus obseques de leurs mors, et memement come iz bruloét les cors des empereurs, et come les canonizoét » ; 194 « Certeines monnoyes des anciens reduites à la monnoye de France » ; 195 « Explication d'aucuns moz et passages contenuz en Suetone Tranquille » ; 196 « Sonnet sur la paix de l'an 1570 » ; 197 Sonnet adressé « à Mr Du Tronchet,... par DEMONGISON » ; 198 « Autre sonnet » du même ; 199 « Huitain » ; 200 Requete, en vers, adressée au « duc d'Albe » par son « musicien Theodore Ristel » ; 201 « Coq à l'ane d'un Parisien » ; 202 Recette « pour bien choisir un cheval » ; 203 « Propos cruel de Charles, duc de Bourgongne », après le massacre des habitants de Nesle, en Picardie ; 204 « Histoire du laurier » ; 205 Quatre lignes sur le Danube ; 206 « De la proportion de l'homme » ; 207 Érection du duché de Bohême en royaume ; 208 « Histoire merveilleuse d'un roy de Gracchovie... Popiel,... qui fut mangé des raz » ; 209 D' « un evesque de Mayence, nommé Hatto », qui fut mangé par les rats vers « l'an 914 » ; 210 Noms des inventeurs de l'imprimerie et de l'artillerie et dates de ces découvertes ; 211 « Petit discours de la vie de Martin Luther », jusqu'en 1520 ; 212 Vie et miracles des saintes « Maure et Brigide, vierges et martyres » ; 213 Lettre relative à la convocation des états en 1576 ; 214 Note datée du 9 mai 1571, concernant la valeur de plusieurs chapes ? En latin ; 215 Note du « 3e janvier 1611 », qui est le résumé, semble-t-il, d'un procès-verbal d'autopsie

Isolement et caractérisation de bactériophages comme moyen de lutte naturel contre les infections nosocomiales

Les infections nosocomiales sont causées par des germes opportunistes souvent résistants aux antibiotiques et persistants sur les surfaces, représentant une source constante de risque d’infection en milieu hospitalier. Dans ce contexte, l’isolement et la caractérisation de bactériophages s’attaquant spécifiquement aux bactéries nosocomiales telles que Staphylococcus aureus résistant (SARM), Enterococcus résistant (ERV), Pseudomonas aeruginosa et Acinetobacter baumanii, pourraient fournir une alternative bactéricide naturelle contre la transmission de ces infections. Des phages isolés des eaux usées, ont été sélectionnés selon leur capacité d’amplification, leur profil génomique et leur potentiel lytique envers différentes souches bactériennes cliniques. Les meilleurs ont été caractérisés en détail pour s’assurer de leur spécificité, sécurité, stabilité et efficacité préalablement à leur utilisation in vivo. Sept phages contre SARM et trois contre Acinetobacter baumanii ont été caractérisés. Quatre phages SARM s’avèrent être de bons candidats potentiels et pourraient être testés en milieu hospitalier comme agents désinfectants dans le but de lutter contre les infections nosocomiales.

Semisynthetic aminoglycoside antibiotics : toward biomimetic synthesis, evasion of bacterial resistance and reduced toxicity

Les antibiotiques aminoglycosidiques sont des agents bactéricides de grande valeur et d’efficacité à large spectre contre les pathogènes Gram-positifs et Gram-négatifs, dont plusieurs membres naturels et semisynthétiques sont importants dans l’histoire clinique depuis 1950. Des travaux crystallographiques sur le ribosome, récompensés par le prix Nobel, ont démontré comment leurs diverses structures polyaminées sont adaptées pour cibler une hélice d’ARN dans le centre de codage de la sous-unité 30S du ribosome bactérien. Leur interférence avec l’affinité et la cinétique des étapes de sélection et vérification des tARN induit la synthèse de protéines à basse fidélité, et l’inhibition de la translocation, établissant un cercle vicieux d’accumulation d’antibiotique et de stress sur la membrane. En réponse à ces pressions, les pathogènes bactériens ont évolué et disséminé une panoplie de mécanismes de résistance enzymatiques et d’expulsion : tels que les N acétyltransférases, les O phosphotransférases et les O nucleotidyltransférases qui ciblent les groupements hydroxyle et amino sur le coeur des aminoglycosides; des méthyl-transférases, qui ciblent le site de liaison ribosomale; et des pompes d’expulsion actives pour l’élimination sélective des aminoglycosides, qui sont utilisés par les souches Gram-négatives. Les pathogènes les plus problématiques, qui présentent aujourd’hui une forte résilience envers la majorité des classes d’antibiotiques sur le bord de la pan-résistance ont été nommés des bactéries ESKAPE, une mnémonique pour Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa et Enterobacteriaceae. La distribution globale des souches avec des mécanismes de résistance envers les standards cliniques aminoglycosides, tels que la tobramycine, l’amikacine et la gentamicine, est comprise entre 20 et 60% des isolées cliniques. Ainsi, les aminoglycosides du type 4,6-disubstitués-2-deoxystreptamine sont inadéquats comme thérapies anti-infectieuses à large spectre. Cependant, la famille des aminoglycosides 4,5-disubstitués, incluant la butirosine, la neomycine et la paromomycine, dont la structure plus complexe, pourrait constituter une alternative. Des collègues dans le groupe Hanessian et collaborateurs d’Achaogen Inc. ont démontré que certains analogues de la paraomomycine et neomycine, modifiés par désoxygénation sur les positions 3’ et 4’, et par substitution avec la chaîne N1-α-hydroxy-γ-aminobutyramide (HABA) provenant de la butirosine, pourrait produire des antibiotiques très prometteurs. Le Chapitre 4 de cette dissertation présente la conception et le développement d’une stratégie semi-synthétique pour produire des nouveaux aminoglycosides améliorés du type 4,5 disubstitués, inspiré par des modifications biosynthétiques de la sisomicine, qui frustrent les mécanismes de résistance bactérienne distribuées globalement. Cette voie de synthèse dépend d’une réaction d’hydrogénolyse de type Tsuji catalysée par palladium, d’abord développée sur des modèles monosaccharides puis subséquemment appliquée pour générer un ensemble d’aminoglycosides hybrides entre la neomycine et la sisomicine. Les études structure-activité des divers analogues de cette nouvelle classe ont été évaluées sur une gamme de 26 souches bactériennes exprimant des mécanismes de résistance enzymatique et d’expulsion qui englobe l’ensemble des pathogènes ESKAPE. Deux des antibiotiques hybrides ont une couverture antibacterienne excellente, et cette étude a mis en évidence des candidats prometteurs pour le développement préclinique. La thérapie avec les antibiotiques aminoglycosidiques est toujours associée à une probabilité de complications néphrotoxiques. Le potentiel de toxicité de chaque aminoglycoside peut être largement corrélé avec le nombre de groupements amino et de désoxygénations. Une hypothèse de longue date dans le domaine indique que les interactions principales sont effectuées par des sels des groupements ammonium, donc l’ajustement des paramètres de pKa pourrait provoquer une dissociation plus rapide avec leurs cibles, une clairance plus efficace et globalement des analogues moins néphrotoxiques. Le Chapitre 5 de cette dissertation présente la conception et la synthèse asymétrique de chaînes N1 HABA β substitutées par mono- et bis-fluoration. Des chaînes qui possèdent des γ-N pKa dans l’intervalle entre 10 et 7.5 ont été appliquées sur une neomycine tétra-désoxygénée pour produire des antibiotiques avancés. Malgré la réduction considérable du γ N pKa, le large spectre bactéricide n’a pas été significativement affecté pour les analogues fluorés isosteriques. De plus, des études structure-toxicité évaluées avec une analyse d’apoptose propriétaire d’Achaogen ont démontré que la nouvelle chaîne β,β difluoro-N1-HABA est moins nocive sur un modèle de cellules de rein humain HK2 et elle est prometteuse pour le développement d’antibiotiques du type neomycine avec des propriétés thérapeutiques améliorées. Le chapitre final de cette dissertation présente la proposition et validation d’une synthèse biomimétique par assemblage spontané du aminoglycoside 66-40C, un dimère C2 symétrique bis-imine macrocyclique à 16 membres. La structure proposée du macrocycle a été affinée par spectroscopie nucléaire à un système trans,trans-bis-azadiène anti-parallèle. Des calculs indiquent que l’effet anomérique de la liaison α glycosidique entre les anneaux A et B fournit la pré-organisation pour le monomère 6’ aldéhydo sisomicine et favorise le produit macrocyclique observé. L’assemblage spontané dans l’eau a été étudié par la dimérisation de trois divers analogues et par des expériences d’entre croisement qui ont démontré la généralité et la stabilité du motif macrocyclique de l'aminoglycoside 66-40C.

Efficacité d’un traitement intra-­mammaire prolongé à base de ceftiofur (Spectramast®) pour les mammites cliniques chez les vaches laitières

Peu d’études ont exploré l’utilisation du traitement prolongé pour les mammites cliniques et aucune ne portait sur l’utilisation du traitement prolongé à base de ceftiofur pour le traitement des mammites cliniques légères à modérées. L’objectif de cette étude était d’évaluer l’efficacité du traitement intra-mammaire prolongé à base de ceftiofur pour les mammites cliniques légères à modérées, en considérant toutes les bactéries responsables ou seulement Staphylococcus aureus (S. aureus) et les streptocoques. Des vaches laitières (n = 241) de 22 élevages du Québec et de l’Ontario ont été inclues. L’étude a été conçue comme un essai clinique à allocation aléatoire. Pour chaque cas de mammite clinique légère à modérée, 125 mg d’hydrochloride de ceftiofur (Spectramast® LC) a été administré par voie intra-mammaire une fois par jour pour 2 ou 8 jours. Le pourcentage de guérison clinique 21 jours après la fin du traitement était de 89% (n = 98/110 pour chaque groupe, p = 0,95). Les pourcentages de guérison bactériologique 21 jours après la fin du traitement pour les groupes 2 jours et 8 jours étaient 32% (n = 15/47) et 61% (n = 25/41) respectivement pour toutes les bactéries (p < 0,01); 64% (n = 9/14) et 82% (n = 9/11) respectivement pour les streptocoques (p = 0,50); et 0% (n = 0/20) et 47% (n = 9/19) pour S. aureus (p < 0,01). Il n'y avait pas de différence entre les 2 groupes pour les nouvelles infections intra-mammaires (p = 0,30). Le traitement prolongé à base de ceftiofur est un choix raisonnable pour le traitement des mammites cliniques légères à modérées, en particulier causées par S. aureus.

Facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, l’élimination et la prévalence d’infections intra-mammaires chez la vache laitière en lactation

La mammite subclinique est un problème de santé fréquent et coûteux. Les infections intra-mammaires (IIM) sont souvent détectées à l’aide de mesures du comptage des cellules somatiques (CCS). La culture bactériologique du lait est cependant requise afin d’identifier le pathogène en cause. À cause de cette difficulté, pratiquement toutes les recherches sur la mammite subclinique ont été centrées sur la prévalence d’IIM et les facteurs de risque pour l’incidence ou l’élimination des IIM sont peu connus. L’objectif principal de cette thèse était d’identifier les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, l’élimination et la prévalence d’IIM d’importance dans les troupeaux laitiers Canadiens. En premier lieu, une revue systématique de la littérature sur les associations entre pratiques utilisées à la ferme et CCS a été réalisée. Les pratiques de gestion constamment associées au CCS ont été identifiées et différentiées de celles faisant l’objet de rapports anecdotiques. Par la suite, un questionnaire bilingue a été développé, validé, et utilisé afin de mesurer les pratiques de gestion d’un échantillon de 90 troupeaux laitiers canadiens. Afin de valider l’outil, des mesures de répétabilité et de validité des items composant le questionnaire ont été analysées et une évaluation de l’équivalence des versions anglaise et française a été réalisée. Ces analyses ont permis d’identifier des items problématiques qui ont du être recatégorisés, lorsque possible, ou exclus des analyses subséquentes pour assurer une certaine qualité des données. La plupart des troupeaux étudiés utilisaient déjà la désinfection post-traite des trayons et le traitement universel des vaches au tarissement, mais beaucoup des pratiques recommandées n’étaient que peu utilisées. Ensuite, les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, à l’élimination et à la prévalence d’IIM à Staphylococcus aureus ont été investigués de manière longitudinale sur les 90 troupeaux sélectionnés. L’incidence d’IIM semblait être un déterminant plus important de la prévalence d’IIM du troupeau comparativement à l’élimination des IIM. Le port de gants durant la traite, la désinfection pré-traite des trayons, de même qu’une condition adéquate des bouts de trayons démontraient des associations désirables avec les différentes mesures d’IIM. Ces résultats viennent souligner l’importance des procédures de traite pour l’obtention d’une réduction à long-terme de la prévalence d’IIM. Finalement, les facteurs de risque modifiables associés à l’incidence, à l’élimination et à la prévalence d’IIM à staphylocoques coagulase-négatif (SCN) ont été étudiés de manière similaire. Cependant, afin de prendre en considération les limitations de la culture bactériologique du lait pour l’identification des IIM causées par ce groupe de pathogènes, une approche semi-Bayesienne à l’aide de modèles de variable à classe latente a été utilisée. Les estimés non-ajusté de l’incidence, de l’élimination, de la prévalence et des associations avec les expositions apparaissaient tous considérablement biaisés par les imperfections de la procédure diagnostique. Ce biais était en général vers la valeur nulle. Encore une fois, l’incidence d’IIM était le principal déterminant de la prévalence d’IIM des troupeaux. Les litières de sable et de produits du bois, de même que l’accès au pâturage étaient associés à une incidence et une prévalence plus basse de SCN.

Zinc as an agent for the prevention of biofilm formation by pathogenic bacteria

Les biofilms sont des communautés structurées de micro-organismes enrobées dans une matrice extracellulaire. Les biofilms sont impliqués dans la persistance de plusieurs maladies infectieuses et la matrice extracellulaire du biofilm protège les bactéries contre les cellules du système immunitaire de l'hôte, les antibiotiques et les désinfectants. Récemment notre laboratoire a démontré que le zinc inhibe la formation de biofilm chez Actinobacillus pleuropneumoniae, une bactérie pathogène du porc. Le but de cette étude est d'évaluer l'effet du zinc sur la croissance et la formation du biofilm chez différentes bactéries pathogènes du porc, telles que Bordetella bronchiseptica, Escherichia coli, Haemophilus parasuis, Salmonella, Staphylococcus aureus et Streptococcus suis. Les bactéries ont été cultivées dans des plaques de 96 puits sous condition optimale de formation de biofilm et les biofilms ont été colorés au cristal violet. La présence du biofilm a été confirmée par microscopie confocale à balayage laser à l’aide du marqueur fluorescent FilmTracerTM FM ® 1-43. À des concentrations micromolaires, le zinc inhibe faiblement la croissance bactérienne et bloque d'une manière dose-dépendante la formation de biofilm d’A. pleuropneumoniae, Salmonella Typhimurium et H. parasuis. De plus, la formation de biofilm de E. coli, S. aureus et S. suis a été faiblement inhibée par le zinc. Nos résultats indiquent que le zinc a un effet inhibiteur sur la formation de biofilm de la plupart des pathogènes bactériens d'origine porcine. Cependant, le mécanisme sous-jacent de l'activité anti-biofilm du zinc reste à être caractérisé.

Étude sur le biofilm et les mécanismes de résistance à la bacitracine chez Clostridium perfringens

Clostridium perfringens est ubiquitaire dans l’environnement. Ce microorganisme peut être retrouvé dans la flore normale du tractus gastro-intestinal des mammifères et peut également causer une variété d’infections intestinales. Le phénotype de résistance à la bacitracine a déjà été rapporté chez C. perfringens mais les gènes associés n’ont pas été caractérisés. Dans cette étude, 24 des 99 isolats de C. perfringens aviaires testés ont démontré une résistance à la bacitracine. Les analyses ont révélé la présence d’un transporteur ABC ainsi que d’une undécaprénol kinase surproduite. Ces deux mécanismes semblent être codés par l’opéron bcrABDR. En amont et en aval des gènes bcr, un élément IS1216-like a été identifié, celui-ci pouvant jouer un rôle dans la dissémination de la résistance à la bacitracine. Des analyses d’hybridation sur ADN ont révélé que les gènes bcrABDR étaient localisés sur le chromosome. De plus, il a été démontré que les gènes bcr étaient exprimés en présence de bacitracine. Plusieurs études ont associé la tolérance aux antibiotiques et aux désinfectants à la formation de biofilm. Dans la littérature, peu d’informations sont disponibles sur le biofilm de C. perfringens. La majorité des isolats testés dans cette étude ont démontré la formation d’un biofilm. L’analyse de la matrice a démontré que celle-ci contenait des protéines, de l’ADN extracellulaire ainsi que des polysaccharides liés en bêta-1,4. Une meilleure survie des cellules en biofilm a été observée suite à une exposition à de fortes concentrations d’antibiotiques. Une exposition à de faibles doses de certains antibiotiques semblait diminuer le biofilm formé alors que pour d’autres, le biofilm semblait augmenter. Dans la présente étude, la susceptibilité des biofilms de C. perfringens à la désinfection a été également analysée. Les résultats ont démontré que la formation de biofilm protégeait les cellules de l’action du monopersulfate de potassium, des ammoniums quaternaires, du peroxyde d’hydrogène et du glutéraldéhyde. Toutefois, l’hypochlorite de sodium a été démontré comme étant efficace contre le biofilm de C. perfringens. Il a été démontré que les biofilms mixtes de C. perfringens cultivés en présence de Staphylococcus aureus ou d’Escherichia coli étaient plus résistants à la désinfection en comparaison aux biofilms simples de S. aureus ou d’E. coli. Toutefois, le biofilm simple de C. perfringens était plus résistant à la désinfection que les biofilms mixtes. Finalement, les profils de transcription entre les populations planctoniques et en biofilm ont été analysés par séquençage d’ARN. L’analyse transcriptomique du biofilm a identifié 238 gènes différentiellement exprimés entre les deux conditions. Les gènes négativement régulés sont impliqués dans la virulence, la production d’énergie, le métabolisme des sucres ainsi que dans la biosynthèse des acides gras et des acides aminés alors que les gènes induits sont impliqués dans la réponse au stress et au stress oxydatif, dans la biosynthèse d’acides gras et de phospholipides ainsi que dans la virulence. Cette étude décrit pour la première fois la découverte des gènes associés à la résistance à la bacitracine chez C. perfringens. Elle rapporte également de nouvelles données sur la matrice du biofilm, la tolérance aux antibiotiques et aux désinfectants ainsi que sur le transcriptome du biofilm de C. perfringens.

Rôle de l'autophagie dans la dissémination du VIH-1 par les cellules dendritiques dérivées des monocytes circulants

Les cellules myéloïdes incluant les monocytes, les macrophages et les cellules dendritiques (DCs, dendritic cells) contribuent à la pathogénèse de l’infection à VIH-1 en participant à la dissémination du virus, mais également en représentant des réservoirs viraux potentiels. Leurs fonctions sont exploitées par le VIH-1 afin d’assurer sa propagation à travers l’organisme. Notamment, une infection à VIH-1 est associée à une altération de la présentation antigénique et la perte de lymphocytes T CD4+ spécifiques à des antigènes. L’autophagie est un processus catabolique universel impliqué dans la régulation de la présentation antigénique subséquente à la neutralisation/destruction du pathogène. Des études récentes suggèrent que le VIH-1 altère le mécanisme d’autophagie afin d’assurer sa survie. Le premier volet de ce projet de maîtrise a visé la caractérisation des effets du VIH-1 sur l’autophagie dans les DCs dérivées de monocytes circulants (MDDC, monocyte-derived dendritic cells) et l’identification des stratégies thérapeutiques pour contrecarrer ces effets. Les objectifs spécifiques ont été de : (i) caractériser l’expression de marqueurs de maturation sur des MDDC exposées au VIH-1 in vitro, (ii) quantifier l’expression des protéines liées à la régulation positive (i.e., ATG5, LC3, p62) et négative (i.e., mTOR) de l’autophagie dans les MDDC exposées au VIH, (iii) déterminer le rôle de l’autophagie dans la trans infection du VIH-1 aux lymphocytes T CD4+ et (iv) explorer l’impact de l’autophagie sur la présentation antigénique par les MDDC infectées à VIH-1 in vitro. Nos résultats démontrent qu’une exposition des MDDC au VIH-1 in vitro altère dramatiquement leur maturation et leur habileté à induire la prolifération des cellules T autologues en réponse à Staphylococcus aureus et Cytomegalovirus (CMV) mais pas la réponse induite par Staphylococcal enterotoxin B (SEB). Nous démontrons que l’exposition des MDDC au VIH s’associe à une augmentation de l’expression de la protéine mTOR totale et de sa forme phosphorylée (phospho-mTOR) et de la protéine p62. Le traitement des MDDC à la rapamycine diminue l’expression de mTOR et réduit la capacité de trans infection du VIH-1 par les MDDC, sans toutefois restaurer leur potentiel immunogène. En effet, nous observons que la rapamycine réduit l’expression de CD83 par les MDDC et augmente l’expression de CCR7, indiquant ainsi que l’effet immunosuppresseur documenté de la rapamycine est associé à une défaillance de maturation des MDDC. Le second volet de ce projet de recherche s’est intéressé à la contribution des cellules myéloïdes à la persistance virale chez les sujets infectés par le VIH-1 sous thérapie antirétrovirale. Les objectifs spécifiques ont été : (i) d’évaluer la présence de différentes formes d’ADN viral dans les monocytes circulants de patients infectés par le VIH-1 et (ii) de mesurer l’intégration et la réplication virale dans des macrophages dérivés de monocytes (MDM) de patients infectés sous ART. Nos résultats indiquent que les monocytes portent des formes précoces de transcription virale inverse (ADN du VIH RU5) et que, malgré une charge virale plasmatique indétectable sous ART, les MDM supportent la réplication virale. Ces données très préliminaires apportent des évidences en faveur de la contribution des cellules myéloïdes à la persistance virale sous ART et représentent une ouverture pour un projet de recherche plus complexe dans le futur. En somme, nos résultats démontrent que le VIH-1 altère le potentiel immunogène des MDDC et que la rapamycine peut être employée pour limiter la trans infection des lymphocytes T CD4+ par les MDDC. Néanmoins, l’incapacité de la rapamycine à rétablir le potentiel immunogène des MDDC incite à identifier de nouvelles stratégies manipulant l’autophagie pour une restauration optimale de la compétence immunitaire chez les sujets infectés à VIH-1. Les cellules myéloïdes jouent un rôle primordial dans la dissémination et la persistance virale et doivent donc être ciblées par les stratégies actuelles d’éradication des réservoirs du VIH sous ART.

Activité antimicrobienne de peptides provenant d’hydrolysats de protéines de babeurre, de lactoferrine et de pois

Les antibiotiques sont fréquemment utilisés dans l’alimentation de la volaille afin de prévenir certaines maladies, dont l’entérite nécrotique, ce qui occasionne l’émergence de souches bactériennes résistantes aux antibiotiques. Une alternative prometteuse est l’utilisation de peptides antimicrobiens (AMPs) comme suppléments alimentaires, tels les AMPs provenant des produits laitiers. L’objectif du projet était de développer une méthode de production d’extraits peptidiques à partir de coproduits de la transformation alimentaire (babeurre, lactoferrine, isolat de protéines de pois), afin de tester si ces extraits peptidiques possédaient une activité antimicrobienne sur les pathogènes spécifiques aviaires suivants : Salmonella Enteritidis, Salmonella Typhimurium, Escherichia coli et Staphylococcus aureus. Les protéines ont été mises en suspension dans l’eau (5% p/p) et hydrolysées par la pepsine, 6 heures, pH de 2.5. Les peptides furent récupérés par ultrafiltration (< 10 kDa), puis fractionnés selon leur charge nette : totaux, cationiques, anioniques et non liés. L’effet antimicrobien a été évalué surmicroplaques, par la survie bactérienne en présence de concentrations croissantes d’extraits peptidiques. Les extraits cationiques de babeurre ont démontré une efficacité à une concentration inférieure ou égale à 5 mg/mL; perte de 3 log pour Escherichia coli O78 :H80. En comparaison, la lactoferrine cationique a été efficace à une concentration inférieure ou égale à 0.6 mg/mL; perte de 6 log pour E. coli O78 :H80. Les extraits peptidiques du pois ont démontré une efficacité faible. Cette méthode s’avère prometteuse pour le développement d’une alternative ou d’un complément pour la réduction de l’utilisation des antibiotiques dans l’alimentation de la volaille.