Marine protist diversity in European coastal waters and sediments as revealed by high-throughput sequencing

Although protists are critical components of marine ecosystems, they are still poorly characterized. Here we analysed the taxonomic diversity of planktonic and benthic protist communities collected in six distant European coastal sites. Environmental deoxyribonucleic acid (DNA) and ribonucleic acid (RNA) from three size fractions (pico-, nano- and micro/mesoplankton), as well as from dissolved DNA and surface sediments were used as templates for tag pyrosequencing of the V4 region of the 18S ribosomal DNA. Beta-diversity analyses split the protist community structure into three main clusters: picoplankton-nanoplankton-dissolved DNA, micro/mesoplankton and sediments. Within each cluster, protist communities from the same site and time clustered together, while communities from the same site but different seasons were unrelated. Both DNA and RNA-based surveys provided similar relative abundances for most class-level taxonomic groups. Yet, particular groups were overrepresented in one of the two templates, such as marine alveolates (MALV)-I and MALV-II that were much more abundant in DNA surveys. Overall, the groups displaying the highest relative contribution were Dinophyceae, Diatomea, Ciliophora and Acantharia. Also, well represented were Mamiellophyceae, Cryptomonadales, marine alveolates and marine stramenopiles in the picoplankton, and Monadofilosa and basal Fungi in sediments. Our extensive and systematic sequencing of geographically separated sites provides the most comprehensive molecular description of coastal marine protist diversity to date.

EXPLORING VIENNESE TUNING AND ITS BENEFITS FOR THE MODERN DOUBLE BASSIST

The role of the double bass in Vienna during the eighteenth century evolved significantly between 1760 and 1812. During these years, Viennese composers began to view the double bass less as an accompanimental instrument and more as a solo voice. Despite the abundance of music written for the double bass during this time, few of these compositions are regularly performed today. This dissertation serves three purposes. I explore how learning eighteenth-century Viennese compositions in the original tuning can influence modern performances of these works. Secondly, I document the arrangement of a lesser-know work for the modern tuned bass using the manuscript as the source material. Finally, by performing a variety of eighteenth-century bass works, I bring this music to the public's attention. The research for this dissertation has been presented in two forms. The recitals present both solo and chamber works from eighteenth-century Vienna. The repertoire for the three recitals was chosen so that each recital addresses one of the three purposes mentioned above. The research paper presents performance practices of the eighteenth century, challenges the modern double bassist faces when playing this literature, as well as a look into how to arrange one of these works for the modern tuned double bass. The three recitals were performed on the campus of the University of Maryland in the Leah M. Smith Hall, Gildenhorn Recital Hall and the Ulrich Recital Hall, respectively. Recordings of all three recitals can be found in the Digital Repository at the University of Maryland (DRUM).

Synthèses et propriétés thermiques et photophysiques de nouveaux polymères de coordination à base de CuX (X = Cl, Br, I) et de ligands mono- ou dithioéthers

La recherche sur la conception de nouveaux matériaux, dits intelligents, est en constant progrès depuis plus de 30 ans. Historiquement, les premiers matériaux utilisés et transformés par l’homme étaient le bois, les minéraux et ses dérivés (pierre, métaux, etc.). C’est à la fin du 19e siècle que la synthèse des polymères organiques et inorganiques ainsi que leurs utilisations se développèrent. Ce progrès continue de nos jours. Ainsi, c’est dans cette direction que cette thèse fut rédigée, l’étude de polymères de coordination basés sur le cuivre(I). Elle s’orchestra en six principales sections de recherche. La première section, i.e. le chapitre 2 traite de la coordination de différents ligands monothioéthers sur du CuX (X = I, Br) pour former plusieurs types de polymères de coordination (CPs). Ainsi, le CP 1D [(Me[indice inférieur 2]S)[indice inférieur 3]{Cu[indice inférieur 2]([mu]-I)[indice inférieur 2}][indice inférieur n] est obtenu quand CuI et Sme[indice inférieur 2] réagissent ensemble dans le n-heptane, alors qu’ils entrainent la formation du CP 2D [(Me[indice inférieur 2]S) [indice inférieur 3] {Cu[indice inférieur 4]([mu]-I) [indice inférieur 4]}] [indice inférieur n] dans le MeCN. Ce dernier contient des unités de construction secondaire (SBU ; Secondary Building Units en anglais) en forme de cluster Cu[indice inférieur 4]I[indice inférieur 4] « cubane partiellement ouvert ». En faisant réagir le MeSEt avec du CuI, le CP 2D [(MeSEt) [indice inférieur 2]{Cu[indice inférieur 4] ([mu][indice inférieur 3]-I) [indice inférieur 2] ([mu][indice inférieur 2]-I) [indice inférieur 2]}(MeCN) [indice inférieur 2]] [indice inférieur n] contenant des SBUs de type Cu[indice inférieur 4]I[indice inférieur 4] « cubanes en escalier » a été isolé dans MeCN, alors qu’ils entrainent l’obtention du polymère 1D [(MeSEt) [indice inférieur 3]{Cu[indice inférieur 4] ([mu][indice inférieur 3]-I) [indice inférieur 4]}] [indice inférieur n] dans le n-heptane contenant quant à lui des clusters de types Cu[indice inférieur 4]I[indice inférieur 4] « cubanes fermés ». Alors que le traitement de MeSPr avec du CuI forme le CP 1D [(MeSPr) [indice inférieur 3]{Cu[indice inférieur 4] ([mu][indice inférieur 3]-I) [indice inférieur 4]}] [indice inférieur n], les composés [(L) [indice inférieur 4]{Cu[indice inférieur 4] ([mu][indice inférieur 3]-I) [indice inférieur 4]}] (L = EtSPr, Pr[indice inférieur 2]S) sont respectivement obtenus avec le EtSPr et le Pr[indice inférieur 2]S. À partir du [indice supérieur i]Pr[indice inférieur 2]S et de CuI, le cluster [([indice supérieur i]Pr[indice inférieur 2]S) [indice inférieur 6]{Cu[indice inférieur 8] ([mu][indice inférieur 3]-I) [indice inférieur 3]}([mu][indice inférieur 4]-I) [indice inférieur 2]}] est obtenu alors que l’on forme un CP 2D [(Cu[indice inférieur 3]Br[indice inférieur 3])(MeSEt) [indice inférieur 3]] [indice inférieur n] à partir de CuBr et MeSEt dans l’heptane. Ce dernier incorpore à la fois des Cu([mu][indice inférieur 2]-Br) [indice inférieur 2]Cu rhomboédriques et des SBUs de type Cu[indice inférieur 4]Br[indice inférieur 4] « cubanes ouverts ». Le MeSPr forme, quant à lui avec le CuBr dans l’heptane, le CP 1D [(Cu[indice inférieur 3]Br[indice inférieur 3])(MeSPr) [indice inférieur 3]] [indice inférieur n] qui, après recristallisation dans le MeCN, est converti en un CP 2D [(Cu[indice inférieur 5]Br[indice inférieur 5])([mu][indice inférieur 2]-MeSPr) [indice inférieur 3]] [indice inférieur n] incorporant des SBUs [(Cu[indice inférieur 5] ([mu][indice inférieur 4]-Br)([mu][indice inférieur 2]-Br)]. Les propriétés de stabilités thermiques et photophysiques de ces matériaux ont aussi été reportées.   Dans la section 2, i.e. au chapitre 3, les réactions entre des ligands dithioétherbutanes (1,4-bis(phénylthio)butane et 1,4-bis(cyclohexylthio)butane) avec CuX (X = Br, I) ont été étudiées. En faisant réagir les CuX avec le 1,4-bis(cyclohexylthio)butane, dans le ratio (1:1), les CPs 1D, peu luminescents, isostructuraux [(Cu[indice inférieur 2]X[indice inférieur 2])([mu]-CyS(CH[indice inférieur 2]) [indice inférieur 4])SCy) [indice inférieur 2]] [indice inférieur n] (X = Br, I) sont obtenus. Inversement, quand CuI réagit avec 1,4-bis(phénylthio)butane, dans le ratio (2:1), il se forme le préalablement reporté CP 2D [(Cu[indice inférieur 4]I[indice inférieur 4])([mu]- PhS(CH[indice inférieur 2]) [indice inférieur 4])SPh) [indice inférieur 2]] [indice inférieur n], alors qu’avec le CyS(CH[indice inférieur 2]) [indice inférieur 4])SCy, un nouveau composé luminescent est obtenu, mais sa structure n’a pas pu être résolue.(1) Les caractérisations habituelles en photophysique et en stabilité thermique ont été menées sur ces matériaux. Dans la troisième section, i.e. dans le chapitre 4, les réactions de coordination de CuX (Br, I) sur les ligands dithioétherbutènes E- et Z-PhS(CH[indice inférieur 2]CH=CHCH[indice inférieur 2])SPh, E- et Z-pTolS(CH[indice inférieur 2]CH=CHCH[indice inférieur 2])S-pTol ont été comparées. Quand les sels CuX réagissent avec E-PhS(CH[indice inférieur 2]CH=CHCH[indice inférieur 2])SPh les CP 2D [Cu[indice inférieur 2]X[indice inférieur 2]{[mu]-E-PhS(CH[indice inférieur 2]CH=CHCH[indice inférieur 2])SPh}[indice inférieur 2]] [indice inférieur n] (X = I, Br), composés isostructuraux, sont obtenus. Incorporant une structure sans-précédente, ces réseaux sont formés à partir de couches 2D en alternance ABAB, contenants des SBUs Cu[indice inférieur 2] ([mu][indice inférieur 2]-X) [indice inférieur 2] rhomboédriques. Inversement, quand l’isomère Z-PhS(CH[indice inférieur 2]CH=CHCH[indice inférieur 2])SPh réagit avec des sels de CuX, deux structures différentes sont obtenues : le CP 2D [Cu[indice inférieur 4] ([mu][indice inférieur 3]-I) [indice inférieur 4] ([mu]-Z-PhS(CH[indice inférieur 2]CH=CHCH[indice inférieur 2])SPh}[indice inférieur 2]] [indice inférieur n] contenant des SBUs de type « cubane fermé » et le complexe 0D [Cu[indice inférieur 2]Br[indice inférieur 2]{[mu]-Z-PhS(CH[indice inférieur 2]CH=CHCH[indice inférieur 2])SPh}[indice inférieur 2]]. De par la réaction de E-pTolS(CH[indice inférieur 2]CH=CHCH[indice inférieur 2])S-pTol avec CuI, le CP 2D [{Cu([mu][indice inférieur 3]-I)} [indice inférieur 2] ([mu]-E-pTolS(CH[indice inférieur 2]CH=CHCH[indice inférieur 2])S-pTol)]n contenant des rubans parallèles en escalier est obtenu, alors que la structure issue de CuBr n’a pas pu être résolue. Finalement, quand CuX réagit avec Z-pTolS(CH[indice inférieur 2]CH=CHCH[indice inférieur 2])S-pTol, les CPs 2D iso-structuraux [Cu[indice inférieur 2]X[indice inférieur 2]{[mu]-Z-pTolS(CH[indice inférieur 2]CH=CHCH[indice inférieur 2])S-pTol}[indice inférieur 2]] (X = I, Br) sont formés. Dans ce cas, contrairement, aux premières structures obtenues, les couches de ces CPs sont composées de grilles incorporant des SBUs rhomboédriques Cu[indice inférieur 2] ([mu][indice inférieur 2]-X) [indice inférieur 2] dont les distances Cu···Cu sont identiques d’une couche à l’autre. Les caractérisations habituelles en photophysique et en stabilités thermiques ont été menées sur ces matériaux. De plus, des calculs théoriques ont été réalisés afin de mieux comprendre les propriétés photophysiques de ces composés. La quatrième section, i.e. le chapitre 5, traite des réactions de CuX (Br, I, Cl) sur des ligands dithioétherbutynes (1,4-bis(pTolthio)but-2-yne et 1,4-bis(benzylthio)but-2-yne. Quand CuBr réagit avec 1,4-bis(pTolthio)but-2-yne, le CP 1D [{Cu([mu][indice inférieur 2]-Br) [indice inférieur 2]Cu}([mu]-pTolSCH[indice inférieur 2]C≡CCH[indice inférieur 2]S-pTol) [indice inférieur 2]] [indice inférieur n] est obtenu, alors que le CP 2D [{Cu[indice inférieur 4] ([mu][indice inférieur 3]-I) [indice inférieur 4]}([mu]-pTolSCH[indice inférieur 2]C≡CCH[indice inférieur 2]S-pTol) [indice inférieur 2]] [indice inférieur n], préalablement reporté, est formé.(2) La réaction des sels CuI et CuCl avec 1,4-bis(benzylthio)but-2-yne engendre la formation de complexes isomorphes 0D [{Cu([mu][indice inférieur 2]-X) [indice inférieur 2]Cu}([mu]-PhCH[indice inférieur 2]SCH[indice inférieur 2]C≡CCH[indice inférieur 2]SCH[indice inférieur 2]Ph) [indice inférieur 2]] (X = I, Br). Contrairement à l’utilisation de CuCl, qui avec PhCH[indice inférieur 2]SCH[indice inférieur 2]C≡CCH[indice inférieur 2]SCH[indice inférieur 2]Ph forme le CP 2D [{Cu[indice inférieur 2] ([mu][indice inférieur 2]-Cl)([mu] [indice inférieur 3]-Cl)}([mu]-PhCH[indice inférieur 2]SCH[indice inférieur 2]C≡CCH[indice inférieur 2]SCH[indice inférieur 2]Ph)] [indice inférieur n]. Notons que ce CP présente des propriétés de photophysique peu communes pour un dérivé chloré, car il émet de la lumière autour de 600 nm. La cinquième section, i.e. le chapitre 6, traite des réactions de CuI avec PhS(CH[indice inférieur 2]) [indice inférieur 8]SPh et pTolS(CH[indice inférieur 2]) [indice inférieur 8]S-pTol qui génèrent respectivement les CPs luminescents 1D [Cu[indice inférieur 4]I[indice inférieur 4]{[mu][indice inférieur 2]-PhS(CH[indice inférieur 2]) [indice inférieur 8]SPh}[indice inférieur 2]] [indice inférieur n] et 2D [Cu8I8{[mu]2-pTolS(CH2)8S-pTol}3(MeCN)2]n. Le CP 2D [Cu8I8{[mu]2-pTolS(CH2)8S-pTol}3 (MeCN)2]n présente un réseau qui n’avait jamais été rencontré dans la littérature auparavant, c.-à-d., des couches de polymère construites à partir de deux cubanes fermés pontés ensemble par un rhomboèdre comme SBUs. Leurs propriétés physiques et de stabilités thermiques ont été étudiées et présentent quelques différences notables. La sixième section, i.e. le chapitre 7, traite des réactions entre CuI avec le ligand flexible pTolS(CH[indice inférieur 2]) [indice inférieur 8]S-pTol dans le MeCN ou EtCN et p-[indice supérieur t]BuC[indice inférieur 6]H[indice inférieur 4]S(CH[indice inférieur 2]) [indice inférieur 8]SC[indice inférieur 6]H[indice inférieur 4]-p-[indice supérieur t]Bu L2 dans EtCN. Les synthèses issues de pTolS(CH[indice inférieur 2]) [indice inférieur 8]S-pTol permettent l’obtention de CPs 2D [Cu[indice inférieur 8]I[indice inférieur 8]{pTolS(CH[indice inférieur 2]) [indice inférieur 8]S-pTol}[indice inférieur 3] (solvant) [indice inférieur 2]] [indice inférieur n] (1•MeCN et 1•EtCN) contenant des nœuds de connexion de type Cu[indice inférieur 8]I[indice inférieur 8]. Par opposition, l’utilisation du ligand p-[indice supérieur t]BuC[indice inférieur 6]H[indice inférieur 4]S(CH[indice inférieur 2]) [indice inférieur 8]SC[indice inférieur 6]H[indice inférieur 4]-p-[indice supérieur t]Bu dans EtCN entraine la formation d’un CP 1D [Cu[indice inférieur 4]I[indice inférieur 4]{p-[indice supérieur t]BuC[indice inférieur 6]H[indice inférieur 4]S(CH[indice inférieur 2]) [indice inférieur 8]SC[indice inférieur 6]H[indice inférieur 4]-p-[indice supérieur t]Bu}[indice inférieur 2] (EtCN) [indice inférieur 2]] [indice inférieur n] incorporant les SBUs de type cubane fermé. Les CPs 2D 1•MeCN et 1•EtCN, contrairement à 2•EtCN, présentent l’habilité de pouvoir perdre le solvant initialement incorporé dans leur structure sous vide et de le readsorber ou d’adsorber un autre solvant, chose qui peut être suivie à l’aide de la variation de la luminescence, la stabilité thermique, ou encore par diffraction des rayons X sur poudre. La septième section, i.e. le chapitre 8 traite des réactions, une fois encore, entre un ligand dithioéther, contenant un pont flexible butane (EtS(CH[indice inférieur 2]) [indice inférieur 4]SEt) et les sels CuX (X = I, Br). Dans ce cas, il se forme avec le CuI un CP luminescent 2D [Cu[indice inférieur 4]I[indice inférieur 4]{[mu]-EtS(CH[indice inférieur 2]) [indice inférieur 4]SEt}[indice inférieur 2]] [indice inférieur n], alors qu’il génère avec CuBr, le CP 3D [(Cu[indice inférieur 2]Br[indice inférieur 2]){[mu]-EtS(CH[indice inférieur 2]) [indice inférieur 4]SEt}][indice inférieur n] faiblement luminescent, construit sur des couches en parallèle pontées par les soufres doublement n-donneurs. Il est intéressant de remarquer qu’une migration de l’énergie d’excitation se produit dans le CP 3D (dérivé bromé) contrairement au CP 2D (dérivé iodé) sous excitation de haute intensité. Très peu d’exemples présentent ce type de processus parmi tous les CPs ( < 10). Pour conclure, les réactions entre les sels CuX (X = Cl, Br, I) avec des ligands thioéthers de types différents (mono-, di-thio, rigide ou flexible) peuvent offrir des matériaux de structures variables (CP 0D, 1D, 2D, 3D avec et sans cavités) présentant leurs propres spécificités (luminescence, stabilité thermique, adsorption de gaz, solvatochromisme, etc.). Le résultat le plus important à noter, en comparaison avec la littérature est, qu’il est très difficile, voire impossible, de pouvoir prédire la dimensionnalité, la structure et les propriétés dont résultera la coordination des ligands thioéthers sur des sels de CuX (X = Cl, Br, I). Par conséquent, de nombreuses combinaisons et études restent encore à être menées pour mieux comprendre ces matériaux et trouver la, ou les meilleures combinaisons possibles pour concevoir des MOFs luminescents à partir de CuX.

W.A. Mozart's Die Zauberflöte An Arrangement and Performance Edition for Wind Instruments and Vocal Soloists

The purpose of this dissertation is to produce a new Harmonie arrangement of Mozart’s Die Zauberflöte suitable for modern performance, bringing Joseph Heidenreich’s 1782 arrangement—one of the great treasures of the wind repertoire—to life for future performers and audiences. I took advantage of the capabilities of modern wind instruments and performance techniques, and employed other instruments normally found in the modern wind ensemble to create a work in the tradition of Heidenreich’s that restored as much of Mozart’s original thinking as possible. I expanded the Harmonie band to include flute and string bass. Other instruments provide special effects, a traditional role for wind instruments in the Classical opera orchestra. This arrangement is conceived to be performed with the original vocal soloists, making it a viable option for concert performance or for smaller staged productions. It is also intended to allow the wind players to be onstage with the singers, becoming part of the dramatic action while simultaneously serving as the “opera orchestra.” This allows creative staging possibilities, and offers the wind players an opportunity to explore new aspects of performing. My arrangement also restores Mozart’s music to its original keys and retains much of his original wind scoring. This arrangement expands the possibilities for collaboration between opera studios, voice departments or community opera companies and wind ensembles. A suite for winds without voices (currently in production) will allow conductors to program this major work from the Classical era without dedicating a concert program to the complete opera. Excerpted arias and duets from this arrangement provide vocalists the option of using chamber wind accompaniment on recitals. The door is now open to arrangements of other operas by composers such as Mozart, Rossini and Weber, adding new repertoire for chamber winds and bringing great music to life in a new way.

Gibraltar at a Distance

This image shows Gibraltar Island on the horizon. This seven-acres island was owned for many years by Jay Cooke, who spent weeks each summer and fall fishing. It lies just across the bay from South Bass Island.

Put-in-Bay Harbor

This photograph shows Put-in-Bay Harbor with Gibraltar Island across the bay in the background. This image was made from a stereoview card created by A. C. Platt in the 1880s. South Bass Island was a popular destination in the 1880s for residents of Toledo, Cleveland, and Detroit.

Wine Cask Cottages

Builders competed with each other in constructing cottages with visual appeal. Vacation rentals designed to look like wine casks, seen here in the 1930s and 1940s were available on the shoreline between Vermilion and Huron, Ohio and on South Bass Island in Lake Erie.

Beebe House

The Beebe House was one of the first hotels built on South Bass Island. Constructed in the 1860s, it was expanded by Henry Beebe in 1869. Situated on Main Street in Put-in-Bay, the hotel accommodated 400 guests. It housed a billiard room, bowling alley, and dance hall. Rates were $14,00 per week and $2.50 per day. Servants and children were half price.

The Round House

The Round House has been a prominent landmark at Put-in-Bay for more tthan a century. The building was built as a residence in Toledo, Ohio. It was dismantled and brought to South Bass Island and rebuilt at the corner of Delaware and Lorain Avenues, where it began operations in 1873 at the Columbia Restaurant. It remains one of the most popular bars on the island. At right is the Park Hotel.

Foot of Columbus Avenue, Sandusky, Ohio

The foot of Columbus Avenue in Sandusky, Ohio was the location of Lake Erie steamer service during the years from 1870 to 1930. As this picture shows hundreds of men and women have arrived and parked their automobiles and are preparing to board steamers for Lakeside, Kelleys Island, Cedar Point, and South Bass Island.

The Steamer Pearl

This image, taken around 1880 shows the steamer "Pearl" readying to dock at the Put-in-Bay House on South Bass Island. Sandy beaches, warm waters, natural harbors, and wineries began attracting visitors to the Erie Islands in the 1860s. This picture shows the harbor at Put-in-Bay taken from Gibraltar Island.

Évolution de la métacognition de trois étudiants du niveau collégial présentant un trouble du spectre de l’autisme

Cette recherche s’intéresse à l’évolution de la conception des stratégies d’apprentissage d’étudiants ou d’étudiantes de niveau collégial présentant un trouble du spectre de l’autisme (TSA). Nous souhaitons analyser la perception que ces étudiants ont de ces stratégies avant notre intervention proprement dite et à la suite de celle-ci, c’est-à-dire de suivre son évolution. Si notre hypothèse de travail se vérifie, l’étudiant ou l’étudiante aux prises avec cette condition devrait se responsabiliser et modifier ses stratégies en fonction des informations que nous lui fournirons. C’est dans le cadre d’interventions éducatives formelles avec l’étudiante ou l’étudiant que nous agirons sur la prise de conscience d’abord, puis sur la modification de ses habitudes et de ses croyances en matière d’apprentissage. Nos interventions prendront la forme d’ateliers individualisés basés sur certains concepts béhavioraux et des théories du courant constructiviste qui tiendront compte, bien entendu, des caractéristiques de la personne ayant un TSA. Dans la présente étude, nous explorerons les stratégies que les étudiants ou les étudiantes présentant un TSA utilisent lors des rédactions dans leurs cours de français, langue d’enseignement et littérature. Nous avons recensé des auteurs pour qui les stratégies d’apprentissage prennent la forme d’actions que l’étudiant ou l’étudiante autiste sera capable de reconnaitre. Nous aimerions savoir si une intervention sur la métacognition auprès d’étudiants ou d’étudiantes ayant un TSA favoriserait chez eux la mise en place de stratégies d’apprentissage efficaces pour la rédaction de l’analyse littéraire, la compétence demandée au terme du premier cours de la séquence des cours de français, langue d’enseignement et littérature. Afin de répondre à cette interrogation, notre recherche vise les objectifs suivants: 1) inventorier les stratégies d’apprentissage utilisées lors de la phase du travail individuel; 2) informer l’étudiant ou l’étudiante du profil d’apprentissage élaboré pour lui ou pour elle par le logiciel Étudiant Plus et ainsi l’aider à prendre conscience de ses stratégies; 3) selon les stratégies identifiées par le questionnaire Étudiant Plus, élaborer deux ou trois ateliers qui tiennent compte des pratiques à modifier lors du travail individuel; 4) appliquer le processus d’encadrement auprès de tous lors de la phase du travail individuel; 5) évaluer les effets de l’expérimentation du processus d’encadrement sur les stratégies d’apprentissage en fonction des changements apportés. Cette recherche est réalisée auprès de trois étudiants. Elle propose une approche méthodologique qui réunit le rôle de la chercheuse et des participants ou des participantes à la recherche. L’analyse des données met en valeur les stratégies d’apprentissage communes utilisées par les étudiants et les étudiantes présentant un TSA. Cette recherche soutient l'adoption d’un processus d’encadrement auprès des étudiants ou des étudiantes ayant un TSA. Notre étude ne vise pas à généraliser les résultats, mais elle favorise une approche éducative centrée sur les besoins d’apprentissage des étudiants ou des étudiantes présentant un TSA.

Dynamic Programming Approaches for Estimating and Applying Large-scale Discrete Choice Models

People go through their life making all kinds of decisions, and some of these decisions affect their demand for transportation, for example, their choices of where to live and where to work, how and when to travel and which route to take. Transport related choices are typically time dependent and characterized by large number of alternatives that can be spatially correlated. This thesis deals with models that can be used to analyze and predict discrete choices in large-scale networks. The proposed models and methods are highly relevant for, but not limited to, transport applications. We model decisions as sequences of choices within the dynamic discrete choice framework, also known as parametric Markov decision processes. Such models are known to be difficult to estimate and to apply to make predictions because dynamic programming problems need to be solved in order to compute choice probabilities. In this thesis we show that it is possible to explore the network structure and the flexibility of dynamic programming so that the dynamic discrete choice modeling approach is not only useful to model time dependent choices, but also makes it easier to model large-scale static choices. The thesis consists of seven articles containing a number of models and methods for estimating, applying and testing large-scale discrete choice models. In the following we group the contributions under three themes: route choice modeling, large-scale multivariate extreme value (MEV) model estimation and nonlinear optimization algorithms. Five articles are related to route choice modeling. We propose different dynamic discrete choice models that allow paths to be correlated based on the MEV and mixed logit models. The resulting route choice models become expensive to estimate and we deal with this challenge by proposing innovative methods that allow to reduce the estimation cost. For example, we propose a decomposition method that not only opens up for possibility of mixing, but also speeds up the estimation for simple logit models, which has implications also for traffic simulation. Moreover, we compare the utility maximization and regret minimization decision rules, and we propose a misspecification test for logit-based route choice models. The second theme is related to the estimation of static discrete choice models with large choice sets. We establish that a class of MEV models can be reformulated as dynamic discrete choice models on the networks of correlation structures. These dynamic models can then be estimated quickly using dynamic programming techniques and an efficient nonlinear optimization algorithm. Finally, the third theme focuses on structured quasi-Newton techniques for estimating discrete choice models by maximum likelihood. We examine and adapt switching methods that can be easily integrated into usual optimization algorithms (line search and trust region) to accelerate the estimation process. The proposed dynamic discrete choice models and estimation methods can be used in various discrete choice applications. In the area of big data analytics, models that can deal with large choice sets and sequential choices are important. Our research can therefore be of interest in various demand analysis applications (predictive analytics) or can be integrated with optimization models (prescriptive analytics). Furthermore, our studies indicate the potential of dynamic programming techniques in this context, even for static models, which opens up a variety of future research directions.

Fish nodavirus lytic cycle and semipermissive expression in mammalian and fish cell cultures

In this study, Dicentrarchus labrax encephalitis virus (DIEV), which causes sea bass encephalitis, was propagated in cell culture, thus allowing study of its lytic cycle, DIEV infection of mammalian and fish cells induced different patterns of expression of capsid proteins, which were assembled as virus-like particles, accumulating in the cytoplasm either as diffuse masses or in vesicles, as shown by electron microscopy, These particles correspond to virions, as shown by their ability to induce Secondary infection, Fish cells proved to be more permissive for DIEV than mammalian cells, although virus yield remained low, RNA analysis of infected sea bass cells revealed DIEV RNA3, in addition to genomic RNA1 and RNA2, and the presence of the RNA;! minus strand, thus demonstrating the replication of the DIEV genome, In addition, DIEV RNA-dependent RNA polymerase was associated with mature virions even after purification by a CsCl gradient, but it was dissociated when capsids were destabilized, In addition to providing more information about the relatedness of DIEV to the members of the family Nodaviridae, this study shows that fish nodaviruses may not be able to infect as wide a variety of cells as insect nodaviruses can.

Evaluation des estimations indirectes de mortalité dans trois observatoires de population au Sénégal

En Afrique sub-saharienne, les recensements constituent une source de données fondamentale pour estimer la mortalité, en raison de l’incomplétude de l’enregistrement des décès à l'état civil. Afin d’évaluer la fiabilité des niveaux de mortalité qui peuvent en être déduits, nous appliquons différentes méthodes d’estimation à des extraits des recensements sénégalais de 2002 et 2013, couvrant trois observatoires de population situés à Bandafassi, Mlomp et Niakhar. Les taux de mortalité des moins de cinq ans tirés du nombre d’enfants nés vivants et survivants s’avèrent plus bas que les niveaux attendus au vu des données du suivi démographique. Les estimations déduites des déclarations sur la survie des parents sont largement inférieures aux niveaux de mortalité adulte réellement observés selon le suivi. Par contre, les taux de mortalité par âge basés sur les décès récents déclarés dans les ménages sont conformes aux données du suivi, sauf pour la mortalité infantile qui est sensiblement sous-déclarée en 2002. Cette évaluation confirme que les méthodes indirectes procurent des estimations qui ne peuvent être considérées isolément mais doivent plutôt être systématiquement comparées les unes aux autres. Des études d’évaluation directes menées au niveau individuel à l’aide d’appariements sont nécessaires pour mieux identifier les différentes sources de biais.