Specific Sequence of a Beta Turn in Human La Protein May Contribute to Species Specificity of Hepatitis C Virus

Human La protein is known to be an essential host factor for translation and replication of hepatitis C virus (HCV) RNA. Previously, we have demonstrated that residues responsible for interaction of human La protein with the HCV internal ribosomal entry site (IRES) around the initiator AUG within stem-loop IV form a beta-turn in the RNA recognition motif (RRM) structure. In this study, sequence alignment and mutagenesis suggest that the HCV RNA-interacting beta-turn is conserved only in humans and chimpanzees, the species primarily known to be infected by HCV. A 7-mer peptide corresponding to the HCV RNA-interacting region of human La inhibits HCV translation, whereas another peptide corresponding to the mouse La sequence was unable to do so. Furthermore, IRES-mediated translation was found to be significantly high in the presence of recombinant human La protein in vitro in rabbit reticulocyte lysate. We observed enhanced replication with HCV subgenomic and full-length replicons upon overexpression of either human La protein or a chimeric mouse La protein harboring a human La beta-turn sequence in mouse cells. Taken together, our results raise the possibility of creating an immunocompetent HCV mouse model using human-specific cell entry factors and a humanized form of La protein.

Emergent properties of the interferon-signalling network may underlie the success of hepatitis C treatment

Current interferon alpha-based treatment of hepatitis C virus (HCV) infection fails to cure a sizeable fraction of patients treated. The cause of this treatment failure remains unknown. Here using mathematical modelling, we predict treatment failure to be a consequence of the emergent properties of the interferon-signalling network. HCV induces bistability in the network, creating a new steady state where it can persist. Cells that admit the new steady state alone are refractory to interferon. Using a model of viral kinetics, we show that when the fraction of cells refractory to interferon in a patient exceeds a critical value, treatment fails. Direct-acting antivirals that suppress HCV replication can eliminate the new steady state, restoring interferon sensitivity and improving treatment response. Our study thus presents a new conceptual basis of HCV persistence and treatment response, elucidates the origin of the synergy between interferon and direct-acting antivirals, and facilitates rational treatment optimization.

Histone H3K9 acetylation level modulates gene expression and may affect parasite growth in human malaria parasite Plasmodium falciparum

Three-dimensional positioning of the nuclear genome plays an important role in the epigenetic regulation of genes. Although nucleographic domain compartmentalization in the regulation of epigenetic state and gene expression is well established in higher organisms, it remains poorly understood in the pathogenic parasite Plasmodium falciparum. In the present study, we report that two histone tail modifications, H3K9Ac and H3K14Ac, are differentially distributed in the parasite nucleus. We find colocalization of active gene promoters such as Tu1 (tubulin-1 expressed in the asexual stages) with H3K9Ac marks at the nuclear periphery. By contrast, asexual stage inactive gene promoters such as Pfg27 (gametocyte marker) and Pfs28 (ookinete marker) occupy H3K9Ac devoid zones at the nuclear periphery. The histone H3K9 is predominantly acetylated by the PCAF/GCN5 class of lysine acetyltransferases, which is well characterized in the parasite. Interestingly, embelin, a specific inhibitor of PCAF/GCN5 family histone acetyltransferase, selectively decreases total H3K9Ac acetylation levels (but not H3K14Ac levels) around the var gene promoters, leading to the downregulation of var gene expression, suggesting interplay among histone acetylation status, as well as subnuclear compartmentalization of different genes and their activation in the parasites. Finally, we found that embelin inhibited parasitic growth at the low micromolar range, raising the possibility of using histone acetyltransferases as a target for antimalarial therapy.

Seismotectonics of the April-May 2015 Nepal earthquakes: An assessment based on the aftershock patterns, surface effects and deformational characteristics

Occurrence of the April 25, 2015 (Mw 7.8) earthquake near Gorkha, central Nepal, and another one that followed on May 12 (Mw 7.3), located similar to 140 km to its east, provides an exceptional opportunity to understand some new facets of Himalayan earthquakes. Here we attempt to assess the seismotectonics of these earthquakes based on the deformational field generated by these events, along with the spatial and temporal characteristics of their aftershocks. When integrated with some of the post-earthquake field observations, including the localization of damage and surface deformation, it became obvious that although the mainshock slip was mostly limited to the Main Himalayan Thrust (MHT), the rupture did not propagate to the Main Frontal Thrust (MFT). Field evidence, supported by the available InSAR imagery of the deformation field, suggests that a component of slip could have emerged through a previously identified out-of-sequence thrust/active thrust in the region that parallels the Main Central Thrust (MCT), known in the literature as a co-linear physiographic transitional zone called PT2. Termination of the first rupture, triggering of the second large earthquake, and distribution of aftershocks are also spatially constrained by the eastern extremity of PT2. Mechanism of the 2015 sequence demonstrates that the out-of-sequence thrusts may accommodate part of the slip, an aspect that needs to be considered in the current understanding of the mechanism of earthquakes originating on the MHT. (c) 2015 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Increasing Critical Sensitivity of the Load/Unload Response Ratio before Large Earthquakes with Identified Stress Acclumulation Pattern

The Load/Unload Response Ratio (LURR) method is proposed for short-to-intermediate-term earthquake prediction [Yin, X.C., Chen, X.Z., Song, Z.P., Yin, C., 1995. A New Approach to Earthquake Prediction — The Load/Unload Response Ratio (LURR) Theory, Pure Appl. Geophys., 145, 701–715]. This method is based on measuring the ratio between Benioff strains released during the time periods of loading and unloading, corresponding to the Coulomb Failure Stress change induced by Earth tides on optimally oriented faults. According to the method, the LURR time series usually climb to an anomalously high peak prior to occurrence of a large earthquake. Previous studies have indicated that the size of critical seismogenic region selected for LURR measurements has great influence on the evaluation of LURR. In this study, we replace the circular region usually adopted in LURR practice with an area within which the tectonic stress change would mostly affect the Coulomb stress on a potential seismogenic fault of a future event. The Coulomb stress change before a hypothetical earthquake is calculated based on a simple back-slip dislocation model of the event. This new algorithm, by combining the LURR method with our choice of identified area with increased Coulomb stress, is devised to improve the sensitivity of LURR to measure criticality of stress accumulation before a large earthquake. Retrospective tests of this algorithm on four large earthquakes occurred in California over the last two decades show remarkable enhancement of the LURR precursory anomalies. For some strong events of lesser magnitudes occurred in the same neighborhoods and during the same time periods, significant anomalies are found if circular areas are used, and are not found if increased Coulomb stress areas are used for LURR data selection. The unique feature of this algorithm may provide stronger constraints on forecasts of the size and location of future large events.

Efecto de arreglos de siembra maiz (Zea mays L.) y frijol (Phaseolus vulgaris L.), en asocio y monocultivo sobre la dinámica de las malezas, el crecimiento y rendimiento de los cultivos y uso equivalente de la tierra. Primera 1995

En el presente estudio se presentan los resultados de un experimento realizado en época de primera 1995, en la finca San Diego, ubicada en el municipio de Nandaime, departamento de Granada, en un suelo de origen volcánico, franco arcilloso. El propósito fue determinar el efecto de arreglos de siembra de frijol común asociado con matiz y monocultivos sobre la cenosis de las maleas, crecimiento, rendimientos absolutos y relativos y aprovechabilidad de la tierra. Se utilizó un diseño de Bloques Completos al Azar, con cuatro repeticiones en el cual se evaluaron monocultivos de maíz y frijol y los asocios de plantas de frijol con maíz bajo 7 arreglos de siembra: dos surcos de frijol y tres de maíz (F2M3), un surco de frijol y uno de maíz (F1M1), cuatro surcos de frijol y tres de maíz (F4M3), dos surcos de frijol y uno de maíz (F2M1), tres surcos de frijol y uno de maíz (F3M1), cuatro surcos de frijol y uno de maíz (F4M1) y 14 surcos de frijol y uno de maíz (F6M1). Las resultados obtenidos indican que los arreglos en asocios resultaron ser más efectivos en el control de maíz, en lo que respecta a abundancia, dominancia y cobertura de malezas, al aprovechar éstos el efecto de cobertura que ejerce el frijol en las calles de maíz y el sombreo superior del follaje del maíz. Los mayores rendimientos de granos se obtuvieron en los monocultivos, resultado de una mayor cantidad de plantas ~echadas por unidad de área. En lo que se refiere al uso equivalente de la tierra resultaron ser los asocias F4M1, F4M3, F2M1 y P6M1 más eficientes que los monocultivos, los cuales presentaron valores de 50, 45, 43, 27 y 7 por ciento más de producción por unidad de área que los monocultivos Los asocios además resultaron ser la alternativa más económica para el pequeño y mediano productor siendo más viable los arreglos de siembra F2M1, F4M3, F4M1 en relación a los monocultivos con tasas de rentabilidad de 127.7, 127.6 y 109.4 por ciento respectivamente.

Diagnóstico agronómico y económico de la producción de frijol (Phaseolus vulgaris L.) en la zona de Nueva Guinea en época de apante (1994-1995)

El presente estudio se desarrolló durante la época de apante (1994-1995) en la zona de Nueva Guinea (Zelaya central) con los objetivos de conocer la problemática agronómica y económica que se presenta en la producción de frijol (Phaseolus vulgaris L.) en el área de estudio, y más específicamente con el propósito de investigar qué factores de la producción no necesariamente técnicos o económicos están limitando el potencial del rendimiento del cultivo. Como criterio principal se consideraron los niveles de tecnología utilizados por el productor en el caso del frijol de tecnología media y baja. Se tomaron como muestra quince productores. De igual forma se recolectó información sobre todos los aspectos involucrados en la producción de frijol, labores requeridas, mano de obra utilizada, costos de insumos y de mano de obra, y al foral se recolectó información sobre la problemática encontrada durante el ciclo de apante. 1994, la producción obtenida y el precio del producto final, a como lo vendió el productor. Los resultados relevantes del estudio muestran que existe poca atención de parte de las instituciones gubernamentales para potenciar el desarrollo agro técnico del cultivo del frijol. Referente a aspectos agronómicos existe gran variación en las densidades de población manejadas por los productores y no existen criterios objetivos para impulsar planes de fertilización. Los productores de frijol de tecnología media obtienen rendimientos aceptables en sus cultivos. A pesar de conocer la problemática del ataque de plagas y enfermedades en la plantación son pocos los productores que realizan un manejo adecuado de las mismas, los criterios de manejo de plagas y enfermedades no están completamente definidos, por lo que es común notar que son pocos los productores que realizan aplicaciones de insecticidas o fungicidas en sus áreas de producción. Hay una completa ausencia de prácticas de fitoprotección específicamente para el manejo de enfermedades ya que ninguno de los productores reportó ataque de estas. Con relación a las plagas se reporta que solo tres productores no realizan esta labor por reportar una baja o poca incidencia de daños provocados por éstos insectos, el resto de productores si realizan prácticas de control en sus plantíos. Casi todos los productores encuestados en sistema de frijol de tecnología baja, logran un margen bastante bajo de ganancia con respecto a los rendimientos obtenidos al levantar sus cosechas.

Preliminary Analysis on the May 1st Landslide at Wulong

分析了边坡工程地质条件和地质成因机制；根据现场调查数据建立了滑坡地质剖面,反演了滑坡发生时滑动面的抗剪强度参数；分析了原坡形及降雨所引起孔隙水压力对其稳定性的影响,并以反演获得的强度参数结合类似边坡岩体结构面强度试验统计结果,对原边坡进行了可靠度分析,获得了原边坡的潜在破坏概率,从而又在定量角度上获得了滑坡发生的原因。

Dinámica de la renovación y fomento cafetalero en el municipio de San Ramón, Matagalpa período 1990-1995

El presente trabajo fue realizado durante los meses de enero a agosto de 1996, en el municipio de San Ramón departamento de Matagalpa VI Región de Nicaragua, con el objetivo de conocer la dinámica de la renovación y fomento de café (Coffea arabíca L.) en el periodo 1990-1995, a nivel general y por tipo de productor, sus problemáticas y posibles alternativas. El diseno muestra! usado fue el probabilistico, donde todos los elementos tienen la misma posibilidad de ser seleccionados para el estudio, particularmente se utilizó el muestreo aleatorio estratificado no proporciona, se fijó el 10 por ciento de la muestra basado en criterio de Sequeira (1994) & Doorman (1991). Primero se realizó una encuesta a nivel de base y luego por medio razonado, estudios de casos. Los análisis realizados a los datos fueron por medios computarizados y de forma manual, obteniendo frecuencias porcentajes, medias, rango, encontrádose cuatro tipo de productores, campesinos cafetaleros, finqueros cafetaleros, empresarios cafetaleros y empresas asociativas. Según la muestra el 65.9 porciento de los productores están renovando y/o fomentando sus cafetales, el 31.5 porciento que no esta renovando, pertenecen a los tipos campesinos y finqueros, las variedades usadas son Caturra, Catimor y Bourbón, con densidades de 5 000, 5 000 y 3 333 plantas/mz respectivamente. Los costos de la renovación y fomento varían entre los tipos de productores, siendo los campesinos cafetaleros quienes tienen mas bajos costos, aumentando para los finqueros cafetaleros, empresarios cafetaleros y su máxima expresión en la empresa asociativa. Los principales problemas encontrados en la renovación son el poco e inadecuado crédito, débil asistencia técnica, seguridad jurídica y personal, en el orden técnico, fechas inadecuadas de establecimiento de vivero, semillero, terreno definitivo y uso de semilla no certificada.

Efecto de labranza del suelo y métodos de control de malezas sobre la dinámicas de las malezas, el crecimiento y rendimiento del frijol común (Phaseolus vulgaris) primera 1995

En el ciclo de primera mayo-septiembre 1995, en la estación experimental, La Compañía, ubicada en el municipio de San Marcos departamento de Carazo, se realizó el presente estudio con el objetivo de evaluar la efectividad y la influencia de tres sistemas de labranzas (cero, mínima y convencional) y tres métodos de control de malezas (pre-emergente más cobertura. pre-emergente más chapia y pre-emergente más post-emergente), sobre la dinámica de las malezas, el crecimiento y rendimiento del cultivo de frijol común (P haseolus vulgaris L.). Para este estudio se utilizó un diseño experimental de Parcelas Divididas en arreglos de Bloques Completos al Azar. estableciéndose en la parcela grande el factor labranza de suelo y en la pequeña los controles de maleza. Los datos recopilados de las variables en estudio fueron sometidos a un análisis de varianza y comparaciones de medias a través de DUNCAN al 5 % de significancia. Los resultados obtenidos muestran que labranza convencional y el control de malezas pre-emergente más cobertura obtuvieron los menores promedios en cuanto a abundancia y dominancia de malezas, no obstante labranza cero y el control pre-emergente más control mecánico obtuvieron las mayores abundancias de malezas. Referente a las variables de crecimiento en frijol, el tratamiento labranza mínima y el control de malezas pre-emergente más cobertura resultaron con mayores promedios de altura de planta. Mientras que labranza cero y el control pre­ emergente más post-emergente promediaron los menores valores. En cuanto a las variables de los componentes del rendimiento en el cultivo de frijol los tratamientos variaron en su comportamiento, sin embargo labranza mínima obtuvo los mayores rendimientos de grano con 981 kg/ha y el control de malezas pre-emergente más chapia con 1 O 12 kg/ha. Los menores rendimientos de grano fueron obtenidos en labranza cero y pre-emergente más cobertura. resultados de una mayor competencia con las malezas, menor número de plantas cosechadas, vainas por planta y peso de grano. Los resultados del análisis económico a través del presupuesto parcial y de dominancia muestra que labranza mínima y el control pre-emergente más chapia con mayores beneficios económicos, ya que sus costos son moderados y se obtienen ingresos netos rentables.

Diagnóstico fitosanitario de la producción de frijol común (Phaseolus vulgaris L.) en la zona de Nueva Guinea, época de apante 1994-1995

El presente trabajo es el resultado de un diagnóstico realizado en el municipio de Nueva Guinea, Zelaya Central, en la época de apante (1994-1995). El estudio fue dirigido a los factores biológicos que afectan la producción de frijol común (Phaseolus vulgaris L.) principalmente plagas, enfermedades y malezas. El estudio abarcó nueve colonias y 14 productores del municipio de Nueva Guinea. Los resultados muestran que el principal problema de plagas es la babosa Vaginulus plebeius Fisher. Las medias de control contra las plagas están enfocadas al manejo de la especie en mención. Referente a las malezas se observó predominancia de malezas de hoja fina tales como retumbo Rottboellia cochinchinenesís (Lour) Clayton, zacate guinea Panicum maximun Jacq., retana Ischaemun ciliari Salisb y el zacate gallina Cynodon dactylon (L.) Pers. Las malezas de hoja ancha se presentaron en menor proporción, sobresaliendo la especie batatilla o campanila lpomoea tilliaceae (Wild) Choisy. La diversidad de las malezas es mayor en labranza convencional. la menor cantidad de especies de malezas se encontró en la labranza mínima. Las enfermedades de mayor relevancia son la antracnosis Colletotríchum lindemutianum ( Sacc & Magnus ) BCMV (virus del mosaíco común del frijol) y bacteriosis común del frijol Xanthomonas campestris pv phaseoli ( Smith ) Dye. La escasa precipitación durante el período del estudio probablemente influyó en que las enfermedades fungosas no se manifestaran en los lotes muestreados. El análisis económico muestra que la producción de frijol común en Nueva Guinea no fue rentable en el ciclo estudiado.

Efectos de labranza y métodos de control de malezas sobre la dinámica de las malezas y el crecimiento y rendimiento del frijol común (Phaseolus vulgaris L.) postrera 1995

Durante la postrera de 1995, se estableció un experimento de campo en la finca experimental La Compañía, localizada en San Marcos Carazo, con el propósito de evaluar los Efectos de la Labranza y métodos de control de malezas sobre la dinámica de las malezas y el crecimiento y rendimiento del frijol común (Phaseolus vulgaris L.) Los tratamientos en estudio se evaluaron en un diseño bifactorial en parcelas divididas con cuatro repeticiones, los factores en estudio fueron A: Labranza cero, Labranza mínima y Labranza convencional. B: Controles de malezas Pre-emergente más pos emergente, pre-emergente más chapia, y pre-emergente más cobertura muerta de maíz (Zea mays L.). Los resultados indican que la especies de maleza más dominantes fueron las plantas de la familia Cyperaceae sobresaliendo Cyperus rotundus L. y de la familia Poaceae: Digitaria sanguinalis (L). Scop, lxophorus unisetus (Presl) Schlech. De la clase dicotiledonea se identificaron Melantera aspera (Jacquin) de la familia Asterceae, Argemone mexicana L. de la familia Papaveraceae; y Chamaesyce hirta (L.) Mili de la familia Euphorbiaceae. Las especies descritas anteriormente fueron las de mayor abundancia y dominancia de las malezas (en cuanto cobertura y peso seco) Los mejores resultados se presentaron en la labranza mínima y manejo pre emergente más post emergente. De manera general se puede afirmar que los rendimientos presentaron diferencias altamente significativas en los sistemas de labranza. En cuanto al número de vainas por planta los mejores resultados los presenta la labranza mínima. De acuerdo al número de plantas por hectárea el mayor número de plantas la presenta la labranza convencional. De acuerdo al peso de cien granos y al rendimiento, los mejores resultados lo presenta la labranza mínima. Con respecto a los controles evaluados en cuanto a la altura de planta en último recuento se presentaron diferencia altamente significativas, de acuerdo al número de vaina por planta el mayor número lo presenta el control pre-emergente más post emergente, en cuanto al rendimiento el que presentó mayor rendimiento fue el control pre-emergente más chapia en cuanto a las variables número de granos por vaina , peso de cien granos , peso de paja, el mejor comportamiento lo presento el control pre-emergente más chapia. El sistema de labranza con mejor rendimiento resultó ser el sistema de labranza mínima dado que este ofrece mayores beneficios netos con menores costos variables además se obtuvieron los mejores rendimientos.

Evaluación agronómica y económica de la producción de frijol común (Phaseolus vulgaris L.) bajo tres sistemas de labranza y tres métodos de control de malezas, postrera 1995

El ensayo se estableció en postrera de 1995 (octubre - diciembre), en la estación experimental La Compañía, ubicada en el municipio de San Marcos Carazo. Con el objetivo de evaluar la influencia de sistemas de labranza y métodos de control de malezas sobre la dinámica de las malezas, crecimiento, desarrollo, y rendimiento del frijol común. También se realizó una valoración económica para determinar qué sistema de labranza y método de control de malezas resulta mas rentable, para ser recomendado a los pequeños y medianos productores. Los tratamientos en estudio fueron arreglados en Bloques Completos al Azar, en un diseño de Parcela Dividida. Los factores en estudio fueron A: sistemas de labranza (cero, mínima y convencional), y B: métodos de control de maleza (cultural, mecánico y químico). Los datos obtenidos fueron sometidos al análisis de varianza y separación de medias a través de la prueba de rangos múltiples de Duncan, al 5 %. La diversidad de malezas en el área del experimento está representada por 10 especies de la clase dicotiledóneas y 10 especies de la clase monocotiledóneas. Los resultados obtenidos en síntesis son los siguientes: En la abundancia y dominancia de las malezas (cobertura y peso seco), el mejor resultado lo presentó labranza convencional, para el caso de los controles el tratamiento que redujo mejor la abundancia fue el control cultural y en la dominancia el control mecánico. Se presentaron diferencias significativas por efecto de labranza para las variables altura de planta, número de ramas por planta, nodulación por plantas, peso seco de plantas de frijol y el rendimiento de grano. En los controles se presentaron diferencias significativaS en las variables, altura de plantas, nodulación por planta, y peso de cien granos. Se presentó efecto de interacción (labranza por control de malezas), en las variables nodulación por planta y el rendimiento, presentando la mayor nodulación la interacción labranza cero y control cultural. Para el caso del rendimiento el mejor resultado fue la interacción labranza mínima y control mecánico. Labranza cero presentó mejores resultados para las variables. nódulos por planta, número de vainas por planta y número de granos por vaina. De acuerdo al número de plantas por hectáreas, peso de cien granos y el rendimiento, los mejores resultados se presentaron el labranza mínima. Para el caso de los controles el que presentó mejores resultados en cuanto al número de plantas por hectárea, peso de cien granos y el rendimiento fue el control mecánico. El tratamiento con mejor rentabilidad fue el sistema de labranza mínima ya que ofrece mayores beneficios netos con menores costos variables, al obtener mayores rendimientos. Para los controles la mayor rentabilidad se obtuvo en el control mecánico.

Diagnóstico fitosanitario de la producción de frijol común (Phaseolus vulgaris L.) en el Pacífico Sur de Nicaragua, época de postrera 1995-1996

Este trabajo consistió en un diagnóstico fitosanitario que se llevó a cabo durante la época de postrera (1995 1996), en la Región Pacífico sur de Nicaragua que comprende los departamentos de Rivas, Granada, Masaya y Carazo. El objetivo del trabajo fue conocer la problemática fitosanitaria del frijol en la zona. Para ello se seleccionaron productores de la zona, los cuales constituyeron la muestra de estudio. Los resultados indican que las principales plagas son Femitia tabaci (Gennadius) (Homóptera: Aleyrodidae) y Vaginutus plebema Fisher, (Gastropoda). Las medidas de control para el caso de la Femitia tabaci (Gennadius) fue básicamente cultural Mustia hilachosa Thanatephorus cucumeris (Frank) Donk pudo haber sido la principal causa de bajos rendimientos en la zona presentándose en los lotes de frijol común de forma virulenta. También se presentó la mancha angular (Isariopsis griseola (Sacc) Ferr), la antracnosis (Colletotribum Indemuthimun Sacc Magnus) y la virosis. Para el caso de las malezas, las de mayor presencia en la zona fueron: Claunmelins dittiusa, Burn, f. (siempre viva), Cyperus spp. (coyolillo), Baltumara recta L. (me caso no me caso), Cynadan dactylon (L.) Pers (zacate gallina), Sida acuta Burn F. (escoba lisa), Ixofhonus unisetus K. B. Presl. (zacate dulce) y Paspalum conjugatum (pasto horqueta). En análisis económico del estudio en la zona indica que la producción en el ciclo estudiado no fue rentable globalmente hablando, ya que el 62 por ciento de los productores no recuperaron lo invertido en el ciclo productivo. Se pudo conocer por medio del estudio el poco apoyo técnico y económico por parte de los organismos gubernamentales y la banca estatal que tienen los productores de la zona, pudiendo esto haber sido un factor que incidiera en aspectos tales como la reducción de las áreas establecidas y altos costos de producción.