Studies of MHC class I antigen presentation & the origins of the immunopeptidome

La présentation d'antigène par les molécules d'histocompatibilité majeure de classe I (CMHI) permet au système immunitaire adaptatif de détecter et éliminer les agents pathogènes intracellulaires et des cellules anormales. La surveillance immunitaire est effectuée par les lymphocytes T CD8 qui interagissent avec le répertoire de peptides associés au CMHI présentés à la surface de toutes cellules nucléées. Les principaux gènes humains de CMHI, HLA-A et HLA-B, sont très polymorphes et par conséquent montrent des différences dans la présentation des antigènes. Nous avons étudié les différences qualitatives et quantitatives dans l'expression et la liaison peptidique de plusieurs allotypes HLA. Utilisant la technique de cytométrie de flux quantitative nous avons établi une hiérarchie d'expression pour les quatre HLA-A, B allotypes enquête. Nos résultats sont compatibles avec une corrélation inverse entre l'expression allotypique et la diversité des peptides bien que d'autres études soient nécessaires pour consolider cette hypothèse. Les origines mondiales du répertoire de peptides associés au CMHI restent une question centrale à la fois fondamentalement et dans la recherche de cibles immunothérapeutiques. Utilisant des techniques protéogénomiques, nous avons identifié et analysé 25,172 peptides CMHI isolées à partir des lymphocytes B de 18 personnes qui exprime collectivement 27 allotypes HLA-A,B. Alors que 58% des gènes ont été la source de 1-64 peptides CMHI par gène, 42% des gènes ne sont pas représentés dans l'immunopeptidome. Dans l'ensemble, l’immunopeptidome présenté par 27 allotypes HLA-A,B ne couvrent que 17% des séquences exomiques exprimées dans les cellules des sujets. Nous avons identifié plusieurs caractéristiques des transcrits et des protéines qui améliorent la production des peptides CMHI. Avec ces données, nous avons construit un modèle de régression logistique qui prédit avec une grande précision si un gène de notre ensemble de données ou à partir d'ensembles de données indépendants génèrerait des peptides CMHI. Nos résultats montrent la sélection préférentielle des peptides CMHI à partir d'un répertoire limité de produits de gènes avec des caractéristiques distinctes. L'idée que le système immunitaire peut surveiller des peptides CMHI couvrant seulement une fraction du génome codant des protéines a des implications profondes dans l'auto-immunité et l'immunologie du cancer.

Programme d’exercice en douceur basé sur le yoga Bali chez les personnes atteintes d’insuffisance cardiaque : les premiers pas

L’insuffisance cardiaque (IC) est un problème d’importance grandissante lié à des perturbations des systèmes nerveux autonome, immunitaire, et cardiovasculaire. Ces perturbations contribuent à plusieurs symptômes physiques et psychologiques invalidants. La recherche faite jusqu’ici sur des programmes d’exercice basés sur le yoga a démontré des résultats préliminaires assez prometteurs en IC. Néanmoins, il reste des lacunes à combler dans la littérature face aux populations testées, à la combinaison des mesures physiques et psychologiques, au suivi du traitement à la maison et à la perception des symptômes au quotidien. Ce projet pilote a donc pour objectif de développer un programme d’exercice complémentaire basé sur le yoga adapté aux patients souffrant d’IC, d’en mesurer la faisabilité et l’acceptabilité en plus d’obtenir des données préliminaires quant à l’impact de cette intervention à réduire la symptomatologie physique et psychologique et d’améliorer la qualité de vie (QV) de ces patients. Les deux premiers participants recrutés dans le cadre de l’étude pilote font l’objet de ce mémoire. Ils ont pris part à huit séances hebdomadaires de yoga Bali, couplé de psychoéducation et méditation tous données à l’Institut de Cardiologie de Montréal par une instructrice certifiée dans la méthode BALI. L’élaboration des outils nécessaires au déroulement du programme, y compris le manuel d’enseignement et le DVD, la faisabilité d’une collaboration avec le personnel médical et évidement l’évaluation des effets du programme en soit sur les symptômes physiques et psychologique s sont parmi les sujets abordés. Les résultats, quoique préliminaires, semblent tendre vers une amélioration des corrélats physiologiques liés à l’insuffisance cardiaque, notamment l’activité du système nerveux autonome tel que témoigné par la variabilité de la fréquence cardiaque, et l’inflammation indiqué par le niveau de CRP sanguin.

Effet de Streptococcus Suis sur la capacité de présentation antigénique de cellules dendritiques

Streptococcus suis est un important pathogène porcin et humain, causant méningites et septicémies. Des études suggèrent que S. suis dispose de facteurs de virulence, notamment sa capsule polysaccharidique (CPS), qui lui permettent de moduler les fonctions des cellules dendritiques (DCs), situées à l’interface entre l’immunité innée et adaptative. Les difficultés à développer un vaccin efficace suggèrent aussi une altération de la voie T dépendante. L’objectif général du projet était d’évaluer l’effet de S. suis sur l’activation des cellules T CD4+ ainsi que sur la capacité de présentation antigénique des DCs. Nous avons étudié dans un modèle murin in vivo la réponse T CD4+ mémoire lors d’infections primaire et secondaire. Une faible réponse mémoire centrale a été obtenue, suggérant que la réponse adaptative générée contre S. suis est limitée. Étant donné l’importance du complexe majeur d’histocompatibilité (MHC) de classe II dans la présentation antigénique, nous avons évalué in vitro et in vivo l’expression de ces molécules chez les DCs. Une modulation de l’expression du MHC-II par S. suis a été observée. L’analyse de la transcription de gènes impliqués dans la régulation transcriptionnelle et post-transcriptionnelle du MHC-II nous permet de suggérer que S. suis régule à la baisse la synthèse de nouvelles molécules et favorise leur dégradation lysosomale. Cette stratégie, dans laquelle la CPS ne jouerait qu’un rôle partiel, permettrait à S. suis d’échapper à la réponse adaptative T dépendante. Les résultats de cette étude fourniront de nouvelles perspectives dans la compréhension de la réponse adaptative lors de l’infection par S. suis.

Impact of genetic polymorphisms determining leukocyte/neutrophil count on chemotherapy toxicity

Nous avons investigué la relation entre les polymorphismes de nucléotides simples (SNPs) chez trois gènes/loci candidats : DARC, CXCL2 et le loci ORMDL3-GSDMA-CSF3 situés sur le chromosome 17q21 et les complications neutropéniques et infectieuses qui en résultent durant la chimiothérapie chez les patients atteints de la leucémie lymphoblastique aigue. Ces loci codent pour certaines composantes du système immunitaire altérant la concentration de chémokines et leur distribution (DARC), stimulant le relâchement et la migration des neutophiles de la moelle épinière (CXCL2) et régulant la prolifération et la survie des granulocytes (G-CSF). Il est possible que des polymorphismes dans ces loci lorsqu’associés à de la chimiothérapie puissent mettre des individus suceptibles à un risque plus élevé de complication reliées à la chimiothérapie. Une sélection des marqueurs SNPs dans ces gènes ont été génotypés chez des enfants traités au CHU Ste-Justine pour une ALL entre 1989 et 2005. Après correction pour tests multiples, un polymorphisme DARC rs3027012 situé dans le 5’UTR a été associé à un compte phagocytaire peu élevé (APC<500 et <1000 cellules/µL, p=0.001 and p=0.0005, respectivement) ainsi qu’une hospitalisation due à une neutropénie (p=0.007) ou due à une infection et/ou neutropénie (p=0.007). Un effet protecteur a été identifié pour la mutation non sense Gly42Asp variant rs12075 (p=0.006). Des polymorphismes sur le chromosome 17q2 étaient associés à une hospitalisation due à une infection (rs3859192, p= 0.004) et à une neutropénie (rs17609240, p=0.006) L’infection était aussi modulée par CXCL2 (rs16850408, p=0.008) Cette étude identifie pour la première fois que les loci modulant le décompte des leucocytes et des neutrophiles pourraient jouer un rôle dans de déclenchement de complications dues à la chimiothérapie et pourraient ainsi servir de marqueurs pour un ajustement et un suivi du traitement.

Archéologie de la radio comme dimension constitutive de l’espace public et culturel québécois - une contribution à la critique de la radio de Radio-Canada

Dans ce mémoire, nous nous appuierons sur les concepts d’espace public et de culture pour penser le rôle de la radio publique d’expression francophone du Québec. D’abord, nous entendons faire ressortir la complémentarité entre les positions théoriques de Jürgen Habermas et Hannah Arendt au sujet de l’espace public et de la culture. L’objectif est de montrer que leur pensée respective permet de jeter un regard neuf sur l’objet radiophonique. Notre projet est donc d’approcher cette figure à travers le prisme de la pensée conceptuelle d’intellectuels intéressés par les médias et porteurs d’un projet d’émancipation politique et sociale fondée sur la délibération, le dialogue, l’apprentissage et la critique. Ceci, en plus d’une reconstitution historique des origines de la radio de Radio-Canada, nous permettra de suggérer un idéal radiophonique duquel nous pourrons évaluer les conséquences la disparition de la Chaîne culturelle de Radio-Canada, survenue en 2004. Finalement, notre travail va dans le sens d’une théorie critique de la radio publique québécoise, le rapport de l’institution à la culture ayant changé, comme en témoigne l’analyse des mutations de son rôle dans l’espace public. Mots clés : Jürgen Habermas, Hannah Arendt, Radio-Canada, espace public, culture

Caractérisation de différents mécanismes immunologiques conduisant au dommage glomérulaire chez le greffé rénal avec rejet humoral; les effets des anticorps anti-HLA sur l’expression endothéliale et les niveaux sériques de thrombomoduline chez les patients transplantés

La greffe rénale est le meilleur traitement de l’insuffisance rénale terminale. Par contre, la perte prématurée du greffon est un problème majeur chez les greffés qui est due majoritairement au rejet. La classification de Banff reconnait 2 catégories de rejets : une réaction médiée par les anticorps (ABMR) et/ou une réaction cellulaire (TCMR). L’ABMR est caractérisé par le développement de novo d’anticorps contre le donneur (DSA) en circulation et des dommages histologiques, comme la glomérulopathie du transplant. De novo, les DSA anti-HLA-II sont plus fréquemment associés à la glomérulopathie du transplant que les anti-HLA-I et sont associés à un moins bon pronostic clinique. Toutefois, le mécanisme par lequel les anti-HLA-II sont plus dommageables demeure mal connu. Mon hypothèse est que les anticorps anti-HLA sont suffisants pour perturber l’hémostase de l’endothélium glomérulaire. Plus particulièrement, nous croyons que les anticorps anti-HLA-II, diminuent l’expression de la thrombomoduline (TBM), ce qui pourrait mener aux lésions endothéliales glomérulaires associées à la glomérulopathie du transplant. Pour évaluer cette hypothèse, j’ai utilisé un modèle in vitro d’endothélium glomérulaire humain et du sérum de patients transplantés rénaux. Nous avons observé que l’expression membranaire de la TBM augmentait de manière dosedépendante en présence d‘anti-HLA-I, mais pas anti-HLA-II. Toutefois, lors de la mesure intracellulaire nous avons observé une accumulation cytosolique en réponse à une stimulation par les anti-HLA-II. De plus, nous avons observé une association significative entre la présence de DSA circulants anti-HLA-II dans les patients transplantés rénaux et un faible taux de TBM sérique. Ces résultats indiquent que la liaison des anticorps anti-HLA-I et II produit des effets différents sur l’expression endothéliale de la TBM. Les anticorps anti-HLA-II pourraient être associés à un état prothrombotique qui pourrait expliquer l’occurrence plus élevée de lésions microangiopathiques dans l’allogreffe et la moins bonne condition observée chez les patients ayant ces anticorps.

Evaluación del desempeño de pruebas diagnósticas de tuberculosis en pacientes VIH positivo en dos hospitales públicos de Bogotá

La tuberculosis TB es una de las principales causas de muerte en el mundo en individuos con infección por VIH. En Colombia esta coinfección soporta una carga importante en la población general convirtiéndose en un problema de salud pública. En estos pacientes las pruebas diagnósticas tienen sensibilidad inferior y la enfermedad evoluciona con mayor frecuencia hacia formas diseminadas y rápidamente progresivas y su diagnóstico oportuno representa un reto en Salud. El objetivo de este proyecto es evaluar el desempeño de las pruebas diagnósticas convencionales y moleculares, para la detección de TB latente y activa pacientes con VIH, en dos hospitales públicos de Bogotá. Para TB latente se evaluó la concordancia entre las pruebas QuantiFERON-TB (QTF) y Tuberculina (PPD), sugiriendo superioridad del QTF sobre la PPD. Se evaluaron tres pruebas diagnósticas por su sensibilidad y especificidad, baciloscopia (BK), GenoType®MTBDR plus (Genotype) y PCR IS6110 teniendo como estándar de oro el cultivo. Los resultados de sensibilidad (S) y especificidad (E) de cada prueba con una prevalencia del 19,4 % de TB pulmonar y extrapulmonar en los pacientes que participaron del estudio fue: BK S: 64% E: 99,1%; Genotype S: 77,8% E: 94,5%; PCRIS6110 S: 73% E: 95,5%, de la misma forma se determinaron los valores predictivos positivos y negativos (VPP y VPN) BK: 88,9% y 94,8%, Genotype S: 77,8% E: 94,5%; PCRIS6110 S: 90% y 95,7%. Se concluyó bajo análisis de curva ROC que las pruebas muestran un rendimiento diagnóstico similar por separado en el diagnóstico de TB en pacientes con VIH, aumentando su rendimiento diagnostico cuando se combinan

Reconstituição histórica virtual do retábulo-mor da Igreja do Espírito Santo de Évora: aplicação ao Património da infografia web-based

As a part of a multidisciplinary and integrated research, including conservation sciences and history, a proposal is presented for the historical reconstitution and the virtual restoration of the mannerist altarpiece of the main altar at the Espírito Santo Church, in Évora. The collected data is abundant and the scientific information, because of its technicality, is less prone to be easily understood by the general public, thus becoming less accessible. Web-based infographics are explored as privileged forms of disseminating results and raising awareness to Cultural Heritage. The project materializes as an Internet platform where data and a reconstitution proposal are shared in a visual and interactive way. In addition to the digital virtual reconstitution (2D), some tridimensional models (3D) are presented of various elements of the altarpiece, obtained using methods of computer graphics and digital photogrammetry

The book of Qohelet. A digital scholarly edition of the hebrew text

The objective of the present dissertation is a born-digital critical edition of the Hebrew Old Testament book of Qohelet. The edition is based on an extensive collation of variant readings from indirect sources – the Septuagint, the Peshitta, the works of St. Jerome (the Vulgate and the Commentary), and the Targum – as well as from direct sources such as the Qumran fragments and Hebrew medieval manuscripts. The ultimate goal of the edition is (a) to reproduce the earliest textual form, the Archetype, that can be reconstructed on the basis of the available evidence; and (b) to propose a rehabilitation of the Original of the Author by resorting, when necessary, to conjectural emendation. We date the Archetype to the II century BCE, corresponding to the date of Hebrew fragments from Qumran, while we place the Original between the V and III centuries BCE. Unlike previous critical editions of Qohelet, ours follows the so-called eclectic model, which involves the reconstitution of a critical text and the preparation of an apparatus of secondary variants. Our edition includes, moreover, new data, taken both from primary literature, such as the recently published Göttingen Septuagint, and from up-to-date studies and critical commentaries on the text of Qohelet. The work is made up of five main parts: an introduction, which sets forth the rationale of the edition and the methodology adopted; the collation, where the variants are listed in their original language; the commentary, where they are extensively discussed; the critical text accompanied by the apparatus, which presents a selection of authentic Hebrew variants taken from the collation; and finally, a translation of the critical text. The edition uses the mark-up language of the Text Encoding Initiative (TEI). It is realized in pdf, via LaTeX, and will be available in digital form, via the TEI-Publisher editor.