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Innate immune responses play a central role in neuroprotection and neurotoxicity during inflammatory processes that are triggered by pathogen-associated molecular pattern-exhibiting agents such as bacterial lipopolysaccharide (LPS) and that are modulated by inflammatory cytokines such as interferon γ (IFNγ). Recent findings describing the unexpected complexity of mammalian genomes and transcriptomes have stimulated further identification of novel transcripts involved in specific physiological and pathological processes, such as the neural innate immune response that alters the expression of many genes. We developed a system for efficient subtractive cloning that employs both sense and antisense cRNA drivers, and coupled it with in-house cDNA microarray analysis. This system enabled effective direct cloning of differentially expressed transcripts, from a small amount (0.5 µg) of total RNA. We applied this system to isolation of genes activated by LPS and IFNγ in primary-cultured cortical cells that were derived from newborn mice, to investigate the mechanisms involved in neuroprotection and neurotoxicity in maternal/perinatal infections that cause various brain injuries including periventricular leukomalacia. A number of genes involved in the immune and inflammatory response were identified, showing that neonatal neuronal/glial cells are highly responsive to LPS and IFNγ. Subsequent RNA blot analysis revealed that the identified genes were activated by LPS and IFNγ in a cooperative or distinctive manner, thereby supporting the notion that these bacterial and cellular inflammatory mediators can affect the brain through direct but complicated pathways. We also identified several novel clones of apparently non-coding RNAs that potentially harbor various regulatory functions. Characterization of the presently identified genes will give insights into mechanisms and interventions not only for perinatal infection-induced brain damage, but also for many other innate immunity-related brain disorders.

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BACKGROUND: The Nuclear Factor I (NFI) family of DNA binding proteins (also called CCAAT box transcription factors or CTF) is involved in both DNA replication and gene expression regulation. Using chromatin immuno-precipitation and high throughput sequencing (ChIP-Seq), we performed a genome-wide mapping of NFI DNA binding sites in primary mouse embryonic fibroblasts. RESULTS: We found that in vivo and in vitro NFI DNA binding specificities are indistinguishable, as in vivo ChIP-Seq NFI binding sites matched predictions based on previously established position weight matrix models of its in vitro binding specificity. Combining ChIP-Seq with mRNA profiling data, we found that NFI preferentially associates with highly expressed genes that it up-regulates, while binding sites were under-represented at expressed but unregulated genes. Genomic binding also correlated with markers of transcribed genes such as histone modifications H3K4me3 and H3K36me3, even outside of annotated transcribed loci, implying NFI in the control of the deposition of these modifications. Positional correlation between + and - strand ChIP-Seq tags revealed that, in contrast to other transcription factors, NFI associates with a nucleosomal length of cleavage-resistant DNA, suggesting an interaction with positioned nucleosomes. In addition, NFI binding prominently occurred at boundaries displaying discontinuities in histone modifications specific of expressed and silent chromatin, such as loci submitted to parental allele-specific imprinted expression. CONCLUSIONS: Our data thus suggest that NFI nucleosomal interaction may contribute to the partitioning of distinct chromatin domains and to epigenetic gene expression regulation.NFI ChIP-Seq and input control DNA data were deposited at Gene Expression Omnibus (GEO) repository under accession number GSE15844. Gene expression microarray data for mouse embryonic fibroblasts are on GEO accession number GSE15871.

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Loss of either hepatocyte growth factor activator inhibitor (HAI)-1 or -2 is associated with embryonic lethality in mice, which can be rescued by the simultaneous inactivation of the membrane-anchored serine protease, matriptase, thereby demonstrating that a matriptase-dependent proteolytic pathway is a critical developmental target for both protease inhibitors. Here, we performed a genetic epistasis analysis to identify additional components of this pathway by generating mice with combined deficiency in either HAI-1 or HAI-2, along with genes encoding developmentally co-expressed candidate matriptase targets, and screening for the rescue of embryonic development. Hypomorphic mutations in Prss8, encoding the GPI-anchored serine protease, prostasin (CAP1, PRSS8), restored placentation and normal development of HAI-1-deficient embryos and prevented early embryonic lethality, mid-gestation lethality due to placental labyrinth failure, and neural tube defects in HAI-2-deficient embryos. Inactivation of genes encoding c-Met, protease-activated receptor-2 (PAR-2), or the epithelial sodium channel (ENaC) alpha subunit all failed to rescue embryonic lethality, suggesting that deregulated matriptase-prostasin activity causes developmental failure independent of aberrant c-Met and PAR-2 signaling or impaired epithelial sodium transport. Furthermore, phenotypic analysis of PAR-1 and matriptase double-deficient embryos suggests that the protease may not be critical for focal proteolytic activation of PAR-2 during neural tube closure. Paradoxically, although matriptase auto-activates and is a well-established upstream epidermal activator of prostasin, biochemical analysis of matriptase- and prostasin-deficient placental tissues revealed a requirement of prostasin for conversion of the matriptase zymogen to active matriptase, whereas prostasin zymogen activation was matriptase-independent.

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MOTIVATION: Microarray results accumulated in public repositories are widely reused in meta-analytical studies and secondary databases. The quality of the data obtained with this technology varies from experiment to experiment, and an efficient method for quality assessment is necessary to ensure their reliability. RESULTS: The lack of a good benchmark has hampered evaluation of existing methods for quality control. In this study, we propose a new independent quality metric that is based on evolutionary conservation of expression profiles. We show, using 11 large organ-specific datasets, that IQRray, a new quality metrics developed by us, exhibits the highest correlation with this reference metric, among 14 metrics tested. IQRray outperforms other methods in identification of poor quality arrays in datasets composed of arrays from many independent experiments. In contrast, the performance of methods designed for detecting outliers in a single experiment like Normalized Unscaled Standard Error and Relative Log Expression was low because of the inability of these methods to detect datasets containing only low-quality arrays and because the scores cannot be directly compared between experiments. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: The R implementation of IQRray is available at: ftp://lausanne.isb-sib.ch/pub/databases/Bgee/general/IQRray.R. CONTACT: Marta.Rosikiewicz@unil.ch SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.

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Rapport de synthèse : Cette recherche s'intéresse (1) au port et à l'utilisation d'armes chez les adolescents ainsi que (2) aux rôles des facteurs environnementaux et individuels dans la violence juvénile. Les données étaient tirés de SMASH 2002 (Swiss multicenter adolescent survey on health 2002), étude dans laquelle un échantillon représentatif de 7548 étudiants et apprentis âgés entre 16 et 20 ans vivant en Suisse ont été interrogés Dans une première étude, les adolescents ayant porté une arme (couteau, masse, coup de poing américain, pistolet/autre arme à feu, spray) durant l'année précédant l'enquête étaient comparés avec ceux n'ayant pas porté d'arme. Ensuite, dans le sous-échantillon de porteurs d'armes, ceux ayant uniquement porté l'arme étaient comparés avec ceux ayant utilisé une arme dans une bagarre. Des facteurs individuels, familiaux, scolaires et sociaux ont été étudiés à l'aide d'analyses bivariées et multivariées. 13.7% des jeunes vivant en Suisse ont porté une arme dans l'année précédant l'enquête. 6.2% des filles porteuses d'armes et 19.9% des garçons porteurs d'armes ont fait usage de l'arme dans une bagarre. Chez les garçons et chez les filles, les porteurs d'armes étaient plus souvent délinquants et victimes de violence physique. Les garçons porteurs d'armes étaient plus souvent des apprentis, à la recherche de sensations fortes, porteurs de tatouages, avaient une mauvaise relation avec leurs parents, étaient dans des bagarres sous l'influence de substances, et avaient des relations sexuelles à risque. En comparaison avec les porteuses d'armes, les filles utilisatrices d'armes étaient plus souvent fumeuses quotidiennes. Les garçons ayant utilisé leur arme étaient plus souvent nés à l'étranger, vivaient dans un milieu urbain, étaient des apprentis, avaient un mauvais contexte scolaire, avaient des relations sexuelles à risque et étaient impliqués dans des bagarres sous l'influence de substances. Nos résultats montrent que porter une arme est un comportement relativement fréquent chez les adolescents vivant en Suisse et qu'une proportion non négligeable de ces porteurs d'armes ont utilisé l'arme dans une bagarre. De ce fait, une discussion sur le port d'arme devrait être incluse dans l'entretien clinique ainsi que dans les programmes de prévention visant les adolescents. Dans une deuxième étude, la violence juvénile était définie comme présente si l'adolescent avait commis au moins un des quatre délits suivants durant l'année précédant l'enquête: attaquer un adulte, arracher ou voler quelque chose, porter une arme ou utiliser une arme dans une bagarre. Des niveaux écologiques étaient testés et résultaient en un modèle à trois niveaux pour les garçons (niveau individuel, niveau classe et niveau école) et, à cause d'une faible prévalence de la violence chez les filles, en un modèle à un niveau (individuel) pour les filles. Des variables dépendantes étaient attribuées à chaque niveau, en se basant sur la littérature. Le modèle multiniveaux des garçons montrait que le niveau école (10%) et le niveau classe (24%) comptaient pour plus d'un tiers de la variance inter-individuelle dans le comportement violent. Les facteurs associés à ce comportement chez les filles étaient être victime de violence physique et la recherche de sensations fortes. Pour les garçons, les facteurs explicatifs de la violence étaient pratiquer des relations sexuelles à risque, être à la recherche de sensations fortes, être victime de violence physique, avoir une mauvaise relation avec les parents, être déprimé et vivre dans une famille monoparentale au niveau individuel, la violence et les actes antisociaux au niveau de la classe et être apprenti au niveau de l'école. Des interventions au niveau de la classe ainsi qu'un règlement explicit en ce qui concerne la violence et d'autres comportements à risque dans des écoles devraient être prioritaires pour la prévention de la violence chez les adolescents. En outre, la prévention devrait tenir compte des différences entre les sexes.

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Carotenoid-based yellowish to red plumage colors are widespread visual signals used in sexual and social communication. To understand their ultimate signaling functions, it is important to identify the proximate mechanism promoting variation in coloration. Carotenoid-based colors combine structural and pigmentary components, but the importance of the contribution of structural components to variation in pigment-based colors (i.e., carotenoid-based colors) has been undervalued. In a field experiment with great tits (Parus major), we combined a brood size manipulation with a simultaneous carotenoid supplementation in order to disentangle the effects of carotenoid availability and early growth condition on different components of the yellow breast feathers. By defining independent measures of feather carotenoid content (absolute carotenoid chroma) and background structure (background reflectance), we demonstrate that environmental factors experienced during the nestling period, namely, early growth conditions and carotenoid availability, contribute independently to variation in yellow plumage coloration. While early growth conditions affected the background reflectance of the plumage, the availability of carotenoids affected the absolute carotenoid chroma, the peak of maximum ultraviolet reflectance, and the overall shape, that is, chromatic information of the reflectance curves. These findings demonstrate that environment-induced variation in background structure contributes significantly to intraspecific variation in yellow carotenoid-based plumage coloration.

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D'une manière générale, la confiance est un « lubrifiant » (Arrow, 1974) facilitant les relations sociales (eg Luhmann, 1968, Giddens, 1984, Zucker, 1986). D'un point de vue économique, un environnement institutionnel bénéficiant d'une confiance élevée serait corrélé avec la performance de l'économie nationale (eg Dyer and Chu, 2003). La confiance, en tant que capital social, permettrait et engendrerait des comportements altruistes et coopératifs impactant et soutenant la prospérité économique d'une communauté (Fukuyama, 1995). Dans un cadre organisationnel, la confiance engendre une communication plus ouverte et facilite l'échange d'information (eg Smith and Barclay, 1997, Currall and Judge, 1995), facilite la gestion des conflits (eg Blomqvist, 2002), l'apprentissage commun (eg Bijlsma-Frankema, 2004) ou diminue les coûts d'intégration (eg Bidault and Jarillo, 1995), par exemple.

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Gout is the most common form of inflammatory arthritis in the elderly. In the last two decades, both hyperuricemia and gout have increased markedly and similar trends in the epidemiology of the metabolic syndrome have been observed. Recent studies provide new insights into the transporters that handle uric acid in the kidney as well as possible links between these transporters, hyperuricemia, and hypertension. The treatment of established hyperuricemia has also seen new developments. Febuxostat and PEG-uricase are two novel treatments that have been evaluated and shown to be highly effective in the management of hyperuricemia, thus enlarging the therapeutic options available to lower uric acid levels. Monosodium urate (MSU) crystals are potent inducers of inflammation. Within the joint, they trigger a local inflammatory reaction, neutrophil recruitment, and the production of pro-inflammatory cytokines as well as other inflammatory mediators. Experimentally, the uptake of MSU crystals by monocytes involves interactions with components of the innate immune system, namely Toll-like receptor (TLR)-2, TLR-4, and CD14. Intracellularly, MSU crystals activate multiple processes that lead to the formation of the NALP-3 (NACHT, LRR, and pyrin domain-containing-3) inflammasome complex that in turn processes pro-interleukin (IL)-1 to yield mature IL-1 beta, which is then secreted. The inflammatory effects of MSU are IL-1-dependent and can be blocked by IL-1 inhibitors. These advances in the understanding of hyperuricemia and gout provide new therapeutic targets for the future.

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En 1923, Ramón Plá i Armengol (1880-1958) fundó el Instituto Ravetllat-Pla para la comercialización y producción de dos productos antituberculosos (Hemo-Antitoxina y Suero Ravetllat-Pla) fundamentados en una teoría heterodoxa postulada por el veterinario Joaquim Ravetllat i Estech (1871-1923). A través del instituto creó una gran red internacional científico-comercial principalmente en Latinoamérica. Plá i Armengol fue doctor en medicina y participó activamente en la lucha antituberculosa en Cataluña sin dejar de lado su militancia socialista. A través de estos dos productos, logró crear un mercado que se sustentaba en una teoría heterodoxa que integraban sus principios e ideología.

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Introduction of potent antiretroviral combination therapy (ART) has reduced overall morbidity and mortality amongst HIV-infected adults. Some prophylactic regimes against opportunistic infections can be discontinued in patients under successful ART. (1) The influence of the availability of ART on incidence and mortality of disseminated M. avium Complex infection (MAC). (2) The safety of discontinuation of maintenance therapy against MAC in patients on ART. The Swiss HIV-Cohort Study, a prospective multicentre study of HIV-infected adults. Patients with a nadir CD4 count below 50 cells/mm3 were considered at risk for MAC and contributed to total follow-up time for calculating the incidence. Survival analysis was performed by using Kaplan Meier and Cox proportional hazards methods. Safety of discontinuation of maintenance therapy was evaluated by review of the medical notes. 398 patients were diagnosed with MAC from 1990 to 1999. 350 had a previous CD4 count below 50 cells/mm3. A total of 3208 patients had a nadir CD4 count of less than 50 cells/mm3 during the study period and contributed to a total follow-up of 6004 person-years. The incidence over the whole study period was 5.8 events per 100 person-years. In the time period of available ART the incidence of MAC was significantly reduced (1.4 versus 8.8 events per 100 person-years, p < 0.001). Being diagnosed after 1995 was the most powerful predictor of better survival (adjusted hazard ratio for death: 0.27; p < 0.001). None of 24 patients discontinuing maintenance therapy while on ART experienced recurrence of MAC during a total follow-up of 56.6 person-years (upper 95% confidence limit 5.3 per 100 person-years). Introducing ART has markedly reduced the risk of MAC for HIV-infected individuals with a history of very low CD4 counts. Survival after diagnosis of MAC has improved after ART became available. In patients responding to ART, discontinuation of maintenance therapy against M. avium may be safe.

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L'hétérotopie sous-corticale en bandes ou double-cortex est une malformation cérébrale causée par une interruption de la migration des neurones du néocortex pendant sa formation. La souris HeCo est un modèle murin de cette affection, caractérisée par un amas de neurones corticaux dans la substance blanche sous-corticale. Les signes cliniques de cette maladie sont le plus souvent une épilepsie réfractaire, un retard développemental et mental. Chez l'homme, l'hétérotopie se trouve en partie en profondeur du cortex somatotopique moteur et sensitif et semble participer à leurs fonctions. L'IRM fonctionnelle a montré lors d'une tâche motrice (taper des doigts), l'activation en plus du cortex moteur controlatéral du cortex hétérotopique sous-jacent. La pathogenèse des malformations corticales est toujours mal comprise, c'est pourquoi il est important d'avoir plusieurs modèles animaux. Jusqu'il a peu, il n'existait que le rat TISH, découvert en 1997, dont la génétique n'est pas connue à ce jour. La souris HeCo est un nouveau modèle animal de malformation corticale dont le gène muté impliquant une protéine associée aux microtubules a été découvert récemment. Elle partage avec les cas humains un seuil épileptique abaissé et un certain retard développemental. Objectif : Déterminer si le cortex hétérotopique de la souris HeCo est activé lors d'une tâche sensitive (exploration de l'environnement à l'aide des vibrisses du museau). Méthode : Chez la souris, les vibrisses sont des organes sensitifs essentiels dans l'exploration de l'environnement. Pour déterminer si le cortex hétérotopique est actif lors d'une tâche sensitive, on utilisera donc un exercice de découverte d'une cage enrichie en stimulus. Afin de visualiser les régions du cerveau actives, on utilisera plusieurs méthodes: l'autoradiographie ([14C]2- deoxyglucose, 2-DG) et l'immunohistochimie c-Fos. Le 2-DG est un analogue du glucose qui se fixe dans les régions cérébrales métaboliquement actives, ici impliquées dans la sensibilité. Il est injecté dans le péritoine de la souris à jeun avant l'exploration. Le contrôle négatif se fera en coupant les vibrisses d'un côté avant la tâche sensitive. A la fin de la tâche, on prélève des coupes du cerveau pour mesurer l'autoradioactivité. L'immunohistochimie c-Fos est réalisée sur les cerveaux de souris ayant effectué la même tâche sensitive et détecte une protéine d'activation neuronale. Afin de détecter une activation de l'hétérotopie à plus long terme, on utilisera la cytochrome oxydase, une enzyme qui met en évidence les régions contenant beaucoup de mitochondries, donc métaboliquement très actives. Résultats : La cytochrome oxydase a marqué de façon égale le cortex homotopique de la souris HeCo et le cortex des souris contrôle. Par ailleurs, chez le mutant, elle a montré un faible marquage dans la partie médiale de l'hétérotopie et des zones de marquage plus intenses dans sa partie latérale. L'autoradiographie 2-DG a montré un pattern classique d'activation du cortex homotopique du côté stimulé, avec une intensité plus marquée dans la couche IV. Du même côté, l'hétérotopie latérale montre une intensité similaire à celui de la couche IV. Du côté non stimulé, on note une intensité faible, tant dans le cortex homotopique que dans le cortex hétérotopique. L'immunohistochimie c-Fos a montré une nette différence entre l'hémisphère stimulé et l'hémisphère non stimulé dans la couche IV comme dans l'hétérotopie. Il existe, tant du côté stimulé que du côté non stimulé, un gradient dans l'hétérotopie, le marquage latéral étant du même ordre que dans la couche IV alors qu'il est moins intense médialement. Conclusion : l'hétérotopie corticale latérale, située en particulier sous le cortex somatosensoriel, semble traiter l'information périphérique controlatérale dans le même ordre que le cortex homotopique.

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L'auteur fait une synthèse des contributions, actuelles ou passées, décrivant la tendance chez un individu à exacerber ses sensations (hyperesthésie), agréables ou douloureuses, y compris les éprouvés émotionnels. Il met l'accent sur l'effet antagoniste ou inhibiteur que les sensations peuvent avoir les unes sur les autres. Puisque l'angoisse implique, elle aussi, une dimension sensorielle, il insiste sur le but paradoxal d'apaisement et donc défensif qui peut motiver la recherche de sensations, en se référant à la notion de « procédé autocalmant » développée par l'école psychosomatique de Paris.¦Ce travail se divise en deux parties consacrées respectivement à l'enfant et à l'adulte, elles-mêmes déclinées sur deux versants, l'un « normal » et l'autre pathologique. Il y est question :¦- des comportements de l'enfant susceptibles d'être produits pour les sensations apaisantes qu'ils procurent : succion, ingestion d'aliments, balancement, masturbation, etc.¦- des auto-agressions dans certains troubles du développement de l'enfant et de l'adolescent¦- de l'hypersensibilité ou émotivité dans les typologies du tempérament ou du caractère proposées dans l'histoire; de la passion également, envisagée comme un embrasement lui aussi potentiellement défensif¦- de deux parmi les troubles de l'adulte qui ont le plus été décrits en termes d'hyperesthésie, à savoir l'hystérie et la manie.¦Il s'agit d'un travail théorique, qui intègre des aspects historiques, et qui peut servir de base à des explorations cliniques ou des recherches plus spécifiques.¦The author presents a summary of past and recent publications describing the disposition in the individual to exacerbate sensations (hyperesthesia), whether pleasurable or painful, including emotional experiences. He emphasizes the possible opposing or inhibiting action these sensations can have between them.¦As anxiety also implies a sensory dimension, the author underlines the paradoxically alleviating, and hence defensive purpose driving the pursuit of sensations, by reference to the notion of self-soothing procedures (procédés auto-calmants), conceptualized by the Paris Psychosomatic School.¦This work is divided into two parts focusing on childhood and adulthood respectively, each in its turn concentrating on both the « normal » and pathological aspects. Topics covered include:¦- behaviours that children may engage in for the soothing effects they produce ; sucking, consumption of food, rocking, masturbation, etc.¦- self-harm in some cases of developmental disorders in children and adolescents¦- hypersensibility and emotivity as described in historical temperament and character types ; passion, also regarded as another defensive excitement.¦- two of the most commonly described disorders of hyperesthesia in adults, namely hysteria and mania.¦This thesis constitutes a research of a theoretical nature. It integrates historical aspects, which can be used as a basis for clinical exploration or further more specific research.

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Background: Sponsoring of physicians meetings by life science companies has led to reduced participation fees but might influence physician's prescription practices. A ban on such sponsoring may increase participation fees. We aimed to evaluate factors associated with physicians' willingness to pay for medical meetings, their position on the sponsoring of medical meetings and their opinion on alternative financing options. Methods: An anonymous web-based questionnaire was sent to 447 general practitioners in one state in Switzerland, identified through their affiliation to a medical association. The questionnaire evaluated physicians' willingness to pay for medical meetings, their perception of a bias in prescription practices induced by commercial support, their opinion on the introduction of a binding legislation and alternative financing options, their frequency of exchange with sales representatives and other relevant socioeconomic factors. We built a multivariate predictor logistic regression model to identify determinants of willingness to pay. Results: Of the 115 physicians who responded (response rate 26%), 48% were willing to pay more than what they currently pay for congresses, 79% disagreed that commercial support introduced a bias in their prescription practices and 61% disagreed that it introduced a bias in their colleagues' prescription practices. Based on the multivariate logistic regression, perception of a bias in peers prescription practices (OR=7.47, 95% CI 1.65-38.18) and group practice structure (OR=4.62, 95% CI 1.34-22.29) were significantly associated with an increase in willingness to pay. Two thirds (76%) of physicians did not support the introduction of a binding legislation and 53% were in favour of creating a general fund administered by an independent body. Conclusion: Our results suggest that almost half of physicians surveyed are willing to pay more than what they currently pay for congresses. Predictors of an increase in physicians' willingness to pay were perception of the influence of bias in peers prescription practices and group practice structure. Most responders did not agree that sponsoring introduced prescribing bias nor did they support the 2 introduction of a binding legislation prohibiting sponsoring but a majority did agree to an independent body that would centrally administer a general fund.