An analysis of Nigerian freshwater fishes: those under threat and conservation options

The study assessed qualitatively the threat status of all nigerian freshwater fishes using such criteria as rarity, size at maturity, mode of reproduction, human population density, habitat degradation, pollution and range of each species among others. The biology of 48% (129n) of nigerian freshwater species is not well known. Of the 266 known freshwater fishes, 47 species represented 17% are critically endangered, 15 (5%) are endangered , 8(3%), are vulnerable while 23(8%) are near threatened. The paper suggests increased basic knowledge of threatened species and conservation policy along three lines public awareness, legislation and creation of national parks, aquaria and reserves as measures needed to ensure the conservation of the fishes

Catechol 2,3-dioxygenase-assisted cleavage of aromatics by “anaerobic” termite gut spirochetes and genomic evidence of a complete meta-pathway

The termite hindgut microbial ecosystem functions like a miniature lignocellulose-metabolizing natural bioreactor, has significant implications to nutrient cycling in the terrestrial environment, and represents an array of microbial metabolic diversity. Deciphering the intricacies of this microbial community to obtain as complete a picture as possible of how it functions as a whole, requires a combination of various traditional and cutting-edge bioinformatic, molecular, physiological, and culturing approaches. Isolates from this ecosystem, including Treponema primitia str. ZAS-1 and ZAS-2 as well as T. azotonutricium str. ZAS-9, have been significant resources for better understanding the termite system. While not all functions predicted by the genomes of these three isolates are demonstrated in vitro, these isolates do have the capacity for several metabolisms unique to spirochetes and critical to the termite system’s reliance upon lignocellulose. In this thesis, work culturing, enriching for, and isolating diverse microorganisms from the termite hindgut is discussed. Additionally, strategies of members of the termite hindgut microbial community to defend against O₂-stress and to generate acetate, the “biofuel” of the termite system, are proposed. In particular, catechol 2,3-dioxygenase and other meta-cleavage catabolic pathway genes are described in the “anaerobic” termite hindgut spirochetes T. primitia str. ZAS-1 and ZAS-2, and the first evidence for aromatic ring cleavage in the phylum (division) Spirochetes is also presented. These results suggest that the potential for O₂-dependent, yet nonrespiratory, metabolisms of plant-derived aromatics should be re-evaluated in termite hindgut communities. Potential future work is also illustrated.

The combinatorics of transcriptional regulation

The ability to regulate gene expression is of central importance for the adaptability of living organisms to changes in their internal and external environment. At the transcriptional level, binding of transcription factors (TFs) in the vicinity of promoters can modulate the rate at which transcripts are produced, and as such play an important role in gene regulation. TFs with regulatory action at multiple promoters is the rule rather than the exception, with examples ranging from TFs like the cAMP receptor protein (CRP) in E. coli that regulates hundreds of different genes, to situations involving multiple copies of the same gene, such as on plasmids, or viral DNA. When the number of TFs heavily exceeds the number of binding sites, TF binding to each promoter can be regarded as independent. However, when the number of TF molecules is comparable to the number of binding sites, TF titration will result in coupling ("entanglement") between transcription of different genes. The last few decades have seen rapid advances in our ability to quantitatively measure such effects, which calls for biophysical models to explain these data. Here we develop a statistical mechanical model which takes the TF titration effect into account and use it to predict both the level of gene expression and the resulting correlation in transcription rates for a general set of promoters. To test these predictions experimentally, we create genetic constructs with known TF copy number, binding site affinities, and gene copy number; hence avoiding the need to use free fit parameters. Our results clearly prove the TF titration effect and that the statistical mechanical model can accurately predict the fold change in gene expression for the studied cases. We also generalize these experimental efforts to cover systems with multiple different genes, using the method of mRNA fluorescence in situ hybridization (FISH). Interestingly, we can use the TF titration affect as a tool to measure the plasmid copy number at different points in the cell cycle, as well as the plasmid copy number variance. Finally, we investigate the strategies of transcriptional regulation used in a real organism by analyzing the thousands of known regulatory interactions in E. coli. We introduce a "random promoter architecture model" to identify overrepresented regulatory strategies, such as TF pairs which coregulate the same genes more frequently than would be expected by chance, indicating a related biological function. Furthermore, we investigate whether promoter architecture has a systematic effect on gene expression by linking the regulatory data of E. coli to genome-wide expression censuses.

Applications of a Concise and General Strategy for the Syntheses of Transtaganolide and Basiliolide Natural Products

Herein are described the total syntheses of all members of the transtaganolide and basiliolide natural product family. Utilitzation of an Ireland–Claisen rearrangement/Diels–Alder cycloaddition cascade (ICR/DA) allowed for rapid assembly of the transtaganolide and basiliolide oxabicyclo[2.2.2]octane core. This methodology is general and was applicable to all members of the natural product family.

A brief introduction outlines all the synthetic progress previously disclosed by Lee, Dudley, and Johansson. This also includes the initial syntheses of transtaganolides C and D, as well as basiliolide B and epi-basiliolide B accomplished by Stoltz in 2011. Lastly, we discuss our racemic synthesis of basililide C and epi-basiliolide C, which utilized an ICR/DA cascade to constuct the oxabicyclo[2.2.2]octane core and formal [5+2] annulation to form the ketene-acetal containing 7-membered C-ring.

Next, we describe a strategy for an asymmetric ICR/DA cascade, by incorporation of a chiral silane directing group. This allowed for enantioselective construction of the C8 all-carbon quaternary center formed in the Ireland–Claisen rearrangement. Furthermore, a single hydride reduction and subsequent translactonization of a C4 methylester bearing oxabicyclo[2.2.2]octane core demonstrated a viable strategy for the desired skeletal rearrangement to obtain pentacyclic transtaganolides A and B. Application of the asymmetric strategy culminated in the total syntheses of (–)-transtaganolide A, (+)-transtaganolide B, (+)-transtaganolide C, and (–)-transtaganolide D. Comparison of the optical rotation data of the synthetically derived transtaganolides to that from the isolated counterparts has overarching biosynthetic implications which are discussed.

Lastly, improvement to the formal [5+2] annulation strategy is described. Negishi cross-coupling of methoxyethynyl zinc chloride using a palladium Xantphos catalyst is optimized for iodo-cyclohexene. Application of this technology to an iodo-pyrone geranyl ester allowed for formation and isolation of the eneyne product. Hydration of the enenye product forms natural metabolite basiliopyrone. Furthermore, the eneyne product can undergo an ICR/DA cascade and form transtaganolides C and D in a single step from an achiral monocyclic precursor.

Computational Predictions of G Protein-Coupled Receptor Structures and Binding Sites

G protein-coupled receptors (GPCRs) are the largest family of proteins within the human genome. They consist of seven transmembrane (TM) helices, with a N-terminal region of varying length and structure on the extracellular side, and a C-terminus on the intracellular side. GPCRs are involved in transmitting extracellular signals to cells, and as such are crucial drug targets. Designing pharmaceuticals to target GPCRs is greatly aided by full-atom structural information of the proteins. In particular, the TM region of GPCRs is where small molecule ligands (much more bioavailable than peptide ligands) typically bind to the receptors. In recent years nearly thirty distinct GPCR TM regions have been crystallized. However, there are more than 1,000 GPCRs, leaving the vast majority of GPCRs with limited structural information. Additionally, GPCRs are known to exist in a myriad of conformational states in the body, rendering the static x-ray crystal structures an incomplete reflection of GPCR structures. In order to obtain an ensemble of GPCR structures, we have developed the GEnSeMBLE procedure to rapidly sample a large number of variations of GPCR helix rotations and tilts. The lowest energy GEnSeMBLE structures are then docked to small molecule ligands and optimized. The GPCR family consists of five subfamilies with little to no sequence homology between them: class A, B1, B2, C, and Frizzled/Taste2. Almost all of the GPCR crystal structures have been of class A GPCRs, and much is known about their conserved interactions and binding sites. In this work we particularly focus on class B1 GPCRs, and aim to understand that family’s interactions and binding sites both to small molecules and their native peptide ligands. Specifically, we predict the full atom structure and peptide binding site of the glucagon-like peptide receptor and the TM region and small molecule binding sites for eight other class B1 GPCRs: CALRL, CRFR1, GIPR, GLR, PACR, PTH1R, VIPR1, and VIPR2. Our class B1 work reveals multiple conserved interactions across the B1 subfamily as well as a consistent small molecule binding site centrally located in the TM bundle. Both the interactions and the binding sites are distinct from those seen in the more well-characterized class A GPCRs, and as such our work provides a strong starting point for drug design targeting class B1 proteins. We also predict the full structure of CXCR4 bound to a small molecule, a class A GPCR that was not closely related to any of the class A GPCRs at the time of the work.

Tão perto, tão longe: a vivência do enfermeiro na construção/desenvolvimento da relação mãe/recém-nascido na Unidade Terapia Intensiva Neonatal

Não há duvidas sobre a grandeza e intensidade que pode existir no relacionamento entre mãe e filho, porém, quando esse recém nascido é um bebê prematuro e/ou necessita de hospitalização em uma Unidade de Terapia Intensivo Neonatal (UTIN) pode haver um pode haver um choque, uma grande decepção, pois essa mãe não poderá interagir de forma plena com seu filho, não poderá amamentar e nem cuidar dele da forma habitual que se espera. Neste sentido, esse estudo propõe uma reflexão sobre a atuação do enfermeiro quanto à relação mãe/recém-nascido na UTIN. Assim sendo, tem-se como objeto A vivência do enfermeiro na construção/desenvolvimento da relação mãe/recém-nascido na UTIN. E como objetivo Compreender o significado da ação do enfermeiro na aproximação mãe/recém-nascido. Para o embasamento teórico foi necessário pensar sobre a prática do enfermeiro na UTIN, no que diz respeito a sua assistência, o processo de humanização neste ambiente e na inserção da família nos cuidados. Outro conceito fundamental discutido foi a interação, destacando o pensamento fenomenológico de Alfred Schutz. Estudo do tipo descritivo, desenvolvido com abordagem qualitativa e o referencial teórico-metodológico da fenomenologia. O cenário para sua realização foi a UTIN de um grande hospital da rede pública, localizado no subúrbio da cidade do Rio de Janeiro e foram sujeitos 16 enfermeiros lotados nesta unidade. A entrevista fenomenológica foi a técnica utilizada para captar as vivências profissionais e em seguida realizou-se a análise compreensiva tendo em vista a categorização. Como resultado chegou-se a 3 categorias do vivido; (1) ambientar as mães na UTIN: o começo da relação,(2) aproximar através do toque: usando os sentidos para se relacionar e (3) melhorar a relação entre mãe/recém-nascido: pensando no futuro. Além dessas categorias foi possível a apreensão do contexto vivencial das experiências dos enfermeiros no relacionamento com as mães de recém-nascidos na UTIN. Conclui-se que os enfermeiros que trabalham em UTIN têm a percepção de quão fundamental é promover a aproximação entre mãe e filho nesse ambiente. Contudo, essa ação ainda acontece de forma intuitiva, sem nenhum embasamento, e ainda muitas vezes é desprestigiada em detrimento da grande carga de trabalho deste setor, ou a gravidade do recém-nascido. É preciso que haja um maior engajamento por parte dos enfermeiros, em aprimorar as estratégias de aproximação entre mãe e recém-nascido, visando sempre um relacionamento mais saudável e harmonioso no futuro. Deste modo, o estudo contribui para enriquecer esta temática e despertar nos enfermeiros neonatologistas um olhar que compreenda não só os aspectos biológicos, mas também os psicossocias e torne, assim, a assistência ao recém nascido e sua família mais plena.

Generation time and utilization of energy by aquatic bacteria. [Translation from: Trudy Instituta Biologii Vnutrennykh Vodnany 11(14), 198-202, 1966.]

Recent research has shown that the biomass of bacteria in lakes and other water-bodies can attain significant values. The huge production of bacteria is brought about by their great rate of reproduction. In a series of cases their biomass exceeds the biomass of phytoplankton. Therefore in a study of the biological productivity of water bodies it is necessary to calculate the biomass and production not only of the phyto- and zooplankton, but also of bacteria.The authors uses different methods and formulae to to compare the time of one generation of the bacteria.

Use of social networks and the Internet 2.0 in marketing management by SMEs

Nowadays, enterprises, and especially SMEs, are immersed in a very difficult economic situation. Therefore, they need new and innovative tools to compete in that environment. Integration of the internet 2.0 and social networks in marketing strategies of companies could be the key to success. If social networks are well managed, they can bring a lot to enterprise plans. Moreover, social networks are very attractive from an economic point of view as companies can find most of their customers on it.

Governança urbana no município de Niterói-RJ: a emergência de territorialidades e conflitos em Camboinhas

Este trabalho apresenta uma análise sobre as singularidades das políticas urbanas atuais e os reflexos dos novos modelos de planejamento urbano na manutenção e reprodução dos espaços de segregação da elite e da classe média alta na cidade de Niterói - RJ. Para isso, discutiremos a produção do espaço urbano em tempos de globalização, sobretudo no que tange ao advento de políticas públicas pautadas no modelo de empreendedorismo urbano e no consequente aprofundamento da fragmentação socioespacial. Demonstramos assim, o estabelecimento de uma multiplicidade de pólos de iniciativa e decisão nas cidades, envolvendo atores públicos, semi-públicos, não-governamentais e privados. Através do estudo de caso de Camboinhas no município de Niterói RJ e da associação que realiza a gestão deste espaço, a Sociedade Pró-Preservação Urbanística e Ecológica de Camboinhas SOPRECAM, buscamos compreender a formação de um território, e a territorialização dos agentes envolvidos como estratégia que reflete a nova dinâmica de produção do espaço urbano e dos enclaves territoriais denominados espaços de auto-segregação. A premissa apresentada é que, em tempos de globalização, com o advento da governança urbana, a cidade torna-se uma arena onde novos e diferentes atores exercem diferentes e divergentes apropriações/domínios, acentuando os conflitos/tensões no espaço urbano. Nesta perspectiva, os conceitos de território e territorialidade são fundamentais para compreensão das estratégias de apropriação dos espaços da cidade e defesa dos interesses privados desses novos atores, refletindo e ampliando a dualização/fragmentação urbana.

The production of freshwater fish for food

It has been estimated that in England and Wales fresh water covers some 340 square miles of which about one quarter is inhabited mainly by salmon and trout; in Scotland the lakes cover an area of 340 square miles. The principal object of this publication is to make available in handy form some of the methods, especially those involving the use of manures, by which crops of fish from water can be increased. The cultivation of water which this implies may be compared directly to the cultivation of farm land: the conditions for growth are made as favourable as possible, the seed is sown in the form of young fish, and after one or perhaps two growing seasons the crop is harvested. There are however many waters about the country where marketable fish are already available and can be removed without prejudice to, and indeed to the advantage of, sporting fisheries. In such cases it is necessary only to remove the fish and to rely on the natural processes of reproduction of those which are left to repopulate the water. Farming waters in the true sense is the concern of the greater part of this publication; the removal of crops of otherwise unwanted fish is considered in the last two sections on perch trapping and eel fisheries.

Aprendendo o uso das ervas: a trajetória de terapeutas populares

A utilização de ervas e plantas para finalidades terapêuticas é bastante antiga e registrada em várias sociedades. Esta pesquisa procura investigar como se dá o processo de construção e reprodução do conhecimento em medicina popular (particularmente o cuidado com ervas e plantas medicinais) através da história de vida de terapeutas populares pessoas que se tornaram referências em suas comunidades por adquirir, praticar e transmitir esse conhecimento. Tem como objetivos conhecer e compreender o processo de construção do conhecimento sobre plantas medicinais por terapeutas populares do município do Rio de Janeiro; compreender as formas de reprodução deste conhecimento; entender o contexto de relações destes terapeutas com o saber científico. Utilizou-se como opção metodológica a história oral com ênfase na história de vida. Foram entrevistados sete terapeutas populares de diferentes bairros do município. Observou-se que o conhecimento em relação às ervas medicinais não está restrito a um pequeno grupo e limitado a uma forma de transmissão oral. O conhecimento tem se reproduzido, mas também tem se modificado, mesclando-se com outras formas de conhecimento e entremeado por diversas fontes de informação que vão desde a transmissão oral até informações disponíveis na mídia. A principal forma de reprodução do conhecimento parece ser a perpetuação do negócio, que evoca o discurso do tradicional, a natureza das ervas e suas propriedades benéficas e se sustenta por uma rede de informação que se utiliza dos diversos meios de comunicação e uma rede de produção e comércio que garante o sustento econômico dos terapeutas populares. A transformação das práticas de utilização de ervas medicinais em patrimônio cultural ou negócio de família além de garantir a perpetuação do conhecimento, garante um espaço diferente dentro das práticas de cuidado em saúde. As relações dos terapeutas com a medicina oficial não são relações de tensões, embora haja criticas, mas de interposição de sistemas terapêuticos.

Análise da atenção prestada aos pacientes portadores de hipertensão arterial no município de Piraí com bases nos registros dos prontuários ambulatoriais e hospitalares

O controle da Hipertensão Arterial é central para que seja alcançada maior eficiência na redução de eventos adversos secundários ao descontrole crônico da pressão arterial. Os resultados de uma atenção integral aos portadores não se esgotam no acesso e disponibilização de fármacos eficazes no controle da pressão arterial. Ela envolve a rede integrada de serviços, orientada pela atenção primária, com serviços especializados e hospitalares na atenção das intercorrências. O cuidado aos portadores destes agravos crônicos exige dos serviços e profissionais da atenção primária a implantação de estratégias de acolhimento, efetivação de vínculos e projetos terapêuticos e uma intervenção que abrange a promoção, prevenção, assistência e reabilitação. Com esta questão em mente é que este projeto buscou analisar a atenção prestada aos portadores de Hipertensão Arterial no município de Piraí com base nos registros dos prontuários ambulatoriais e hospitalares. Foram computados e analisados os prontuários de pacientes internados por agravos que, direta ou indiretamente, estão relacionados ao descontrole da pressão arterial. Identificaram-se um total de 61 pacientes internados com diagnóstico de internação de Crise Hipertensiva e Acidente Vascular Encefálico no ano de 2010, no Hospital Flávio Leal. A partir dos registros hospitalares foram selecionados 35 pacientes. Estes eram moradores do município de Piraí, adscritos a equipes básicas no município e tiveram seus diagnósticos de internação confirmados na alta hospitalar. A segunda etapa do estudo analisou, na Unidade de Saúde da Família, os prontuários familiares dos casos de internação. Foi observado que não havia uniformidade na forma de registro e de arquivamento dos prontuários entre as unidades básicas. Nos prontuários clínicos não havia campos destinados aos registros de aspectos psicossociais, mudança de comportamento ou adesão. As anotações eram centradas na doença e nos tratamentos farmacológicos. A participação de profissionais não médicos nos registros clínicos era escassa. A Ficha B do SIAB (Ficha de Acompanhamento do Paciente Hipertenso) que contém os dados sobre comportamento e risco cardiovascular foi encontrada apenas em 3 das 8 unidades visitadas. Segundo os dados dos prontuários analisados a distribuição de consultas e visitas domiciliares foi muito irregular. Com um total de 10 prontuários sem registros de consultas no ano em que o pacientes foi internado. A gravidade dos pacientes internados pode ser identificada pelo elevado número de óbitos entre os casos analisados. Muitos dos casos apresentavam sequelas neurológicas e comorbidades que provavelmente dificultava suas idas às unidades de saúde da família. Aspectos psicossociais, familiares e da comunidade estavam, em sua maioria, ausente dos prontuários familiares analisados dos pacientes internados. Também não foram encontrados anotações sobre projetos terapêuticos multidisciplinares que individualizassem e hierarquizassem os agravos e os riscos físicos e psicossociais dos pacientes. A análise evidencia que os registros nos prontuários não traduzem a abrangência de uma atenção integral aos portadores de Hipertensão Arterial no âmbito da Atenção Primária.

Self-assembly of metallated TPP porphyrin by external dipyridyl ligands

Póster presentado en: XXII International Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography (UICr), 22–30 Agosto 2011. Madrid, España

Self-assembly of metalloporphyrins: first TPP-bipy coordination polymer with CoII (TPP=meso-tetraphenylporphyrin and bipy=4,4´-bipyridine)

Póster presentado en: 11th International Symposium on Applied Bioinorganic Chemistry. 2-5 Diciembre 2011. Barcelona, España (ISABC 2011)

Ecologia alimentar e estratégias de germinação de sementes consumidas por marsupiais (Didelphimorphia: Didelphidae) em uma área de Cerrado no sudeste do Brasil

No Brasil, a Família Didelphidae é composta por 54 espécies com ampla distribuição por diferentes habitats e um padrão de consumo alimentar que pode variar desde espécies mais frugívoras até as mais insetívoras/carnívoras. O objetivo deste estudo foi avaliar a relação entre a dieta de sete espécies de didelfídeos (Caluromys philander, Didelphis albiventris, Gracilinanus agilis, G. microtarsus, Marmosa (Micoureus) paraguayana, Marmosops incanus e Metachirus nudicaudatus) e a seleção de recursos alimentares (artrópodes e frutos) disponíveis. O estudo foi realizado entre novembro de 2009 e outubro de 2011, em uma área de mata ciliar de cerrado no Parque Estadual do Rio Preto, Minas Gerais, Brasil. Artrópodes, frutos, flores e vertebrados foram consumidos em diferentes proporções pelas espécies estudadas. Flores e vertebrados foram consumidos preferencialmente na estação seca e a diversidade da dieta de todas as espécies foi maior durante a estação chuvosa. Nem todos os recursos (artrópodes e frutos) foram consumidos de acordo com sua disponibilidade na área de estudo. Apesar de abundante, Hymenoptera (Formicidade) foi rejeitado por todas as espécies, sendo consumido abaixo de sua disponibilidade local. Os didelfídeos selecionaram frutos de Melastomataceae (Clidemia urceolata e Miconia spp.) e rejeitaram frutos de Rubiaceae, um recurso altamente abundante na área de estudo. Os resultados sugerem que o frequente consumo de um item alimentar pode estar associado tanto com a preferência (seleção) por parte do consumidor, bem como com a disponibilidade local do recurso. A maior parte das sementes, que permaneceram intactas após passagem pelo trato digestório dos animais, não apresentou diferenças significativas em suas taxas de germinação quando comparadas com as sementes do grupo controle e o tempo médio de dormência das sementes consumidas pelos marsupiais variou entre 30 (Cipocereus minensis) e 175 dias (Cordiera sessilis). Gracilinanus agilis e G. microtarsus, que ocorrem em simpatria na área de estudo, apesar de apresentarem uma alta sobreposição de nicho apresentaram diferenças no uso do habitat e na diversidade da dieta.