Microarray based real-time analysis of nucleic acid hybridization kinetics and thermodynamics

Ziel dieser Dissertation ist die experimentelle Charakterisierung und quantitative Beschreibung der Hybridisierung von komplementären Nukleinsäuresträngen mit oberflächengebundenen Fängermolekülen für die Entwicklung von integrierten Biosensoren. Im Gegensatz zu lösungsbasierten Verfahren ist mit Microarray Substraten die Untersuchung vieler Nukleinsäurekombinationen parallel möglich. Als biologisch relevantes Evaluierungssystem wurde das in Eukaryoten universell exprimierte Actin Gen aus unterschiedlichen Pflanzenspezies verwendet. Dieses Testsystem ermöglicht es, nahe verwandte Pflanzenarten auf Grund von geringen Unterschieden in der Gen-Sequenz (SNPs) zu charakterisieren. Aufbauend auf dieses gut studierte Modell eines House-Keeping Genes wurde ein umfassendes Microarray System, bestehend aus kurzen und langen Oligonukleotiden (mit eingebauten LNA-Molekülen), cDNAs sowie DNA und RNA Targets realisiert. Damit konnte ein für online Messung optimiertes Testsystem mit hohen Signalstärken entwickelt werden. Basierend auf den Ergebnissen wurde der gesamte Signalpfad von Nukleinsärekonzentration bis zum digitalen Wert modelliert. Die aus der Entwicklung und den Experimenten gewonnen Erkenntnisse über die Kinetik und Thermodynamik von Hybridisierung sind in drei Publikationen zusammengefasst die das Rückgrat dieser Dissertation bilden. Die erste Publikation beschreibt die Verbesserung der Reproduzierbarkeit und Spezifizität von Microarray Ergebnissen durch online Messung von Kinetik und Thermodynamik gegenüber endpunktbasierten Messungen mit Standard Microarrays. Für die Auswertung der riesigen Datenmengen wurden zwei Algorithmen entwickelt, eine reaktionskinetische Modellierung der Isothermen und ein auf der Fermi-Dirac Statistik beruhende Beschreibung des Schmelzüberganges. Diese Algorithmen werden in der zweiten Publikation beschrieben. Durch die Realisierung von gleichen Sequenzen in den chemisch unterschiedlichen Nukleinsäuren (DNA, RNA und LNA) ist es möglich, definierte Unterschiede in der Konformation des Riboserings und der C5-Methylgruppe der Pyrimidine zu untersuchen. Die kompetitive Wechselwirkung dieser unterschiedlichen Nukleinsäuren gleicher Sequenz und die Auswirkungen auf Kinetik und Thermodynamik ist das Thema der dritten Publikation. Neben der molekularbiologischen und technologischen Entwicklung im Bereich der Sensorik von Hybridisierungsreaktionen oberflächengebundener Nukleinsäuremolekülen, der automatisierten Auswertung und Modellierung der anfallenden Datenmengen und der damit verbundenen besseren quantitativen Beschreibung von Kinetik und Thermodynamik dieser Reaktionen tragen die Ergebnisse zum besseren Verständnis der physikalisch-chemischen Struktur des elementarsten biologischen Moleküls und seiner nach wie vor nicht vollständig verstandenen Spezifizität bei.

Immunmodulatorische Konsequenzen einer Eph-Rezeptorspaltung durch MMP-7

Tumore haben die Fähigkeit ihr Mikromilieu zu modulieren, um so ihre Entwicklung und ihre Ausbreitung zu fördern oder sich vor Angriffen des Immunsystems zu schützen. Die Expression der Matrix Metalloproteinasen 7 (MMP-7) wurde in vielen verschiedenen Tumoren analysiert. Neben prometastatischen und wachstumsfördernden Funktionen wurden auch antiapoptotische Wirkungen von MMP-7 auf die Tumorzellen belegt (Strand et al., 2004). Doch noch sind nicht alle immunmodulatorischen Eigenschaften von MMP-7 aufgeklärt worden. Ziel der vorliegenden Arbeit war es, die immunologischen Konsequenzen einer MMP-7 Expression durch Tumorzellen zu untersuchen.rnIm Rahmen dieser Arbeit konnte gezeigt werden, dass MMP-7 über die Spaltung der Rezeptortyrosinkinase EphB2 die Aktinpolymerisation und dadurch auch die Endozytose in Zellen verändern kann. EphB2 wurde als Target einer MMP-7 vermittelten Spaltung identifiziert. Die Untersuchungen mit MMP-7 überexprimierenden Hek 293 EcR Zellen und MMP-7 behandelten DCs zeigten unter dem Einfluss von MMP-7 eine wesentlich geringere EphB2 Expression auf deren Zelloberflächen. Zudem konnte durch in vitro Spaltversuche und anschließende Sequenzierung die Schnittstelle der MMP-7 induzierten Spaltung von EphB2 bestimmt werden. Anschließende Analysen belegten, dass durch die MMP-7 vermittelte Spaltung von EphB2 die Aktivierung der kleinen GTPasen Rac1 und Cdc42 stark reduziert wurden. Die Funktion von Cdc42 und Rac1 während der Aktinpolymerisation, als auch innerhalb der EphB2- Signalkaskade wurde bereits beschrieben (Irie and Yamaguchi, 2002). In der vorliegenden Arbeit wurde gezeigt, dass MMP-7 die Aktinpolymerisation in Zellen reduzierte, was warscheinlich eine direkte Auswirkung der EphB2 Spaltung war. rnWeitere Versuche ließen einen Zusammenhang zwischen der reduzierten Aktinpolymerisation und der verminderten Endozytose in MMP-7 behandelten Zellen erkennen. Unter dem Einfluss von MMP-7 konnte sowohl in Hek 293 EcR MMP7 Zellen als auch in unreifen DCs eine Reduktion der endozytotischen Aktivität ermittelt werden.rnUntersuchungen mit humanen T-Zellen zeigten auch hier einen verminderten Nachweis von EphB2 auf den Zellen, wenn diese vorher mit MMP-7 inkubiert wurden. Zudem führte die Anwesenheit von MMP-7 in T-Zellen ebenfalls zu einer verminderten Aktinpolymerisation. Die mit der Aktinpolymerisation verbundene Restrukturierung des Zytoskeletts gilt als essentieller Prozess für die T-Zellaktivität (Tskvitaria-Fuller et al., 2003; Krummel et al., 2000). Anschließende Versuche konnte daher nicht nur eine Beeinträchtigung von MMP-7 auf die zytotoxische Aktivität von T-Zellen belegen, sondern deuteten auch auf eine verminderten Proliferation nach Antigenstimulation unter dem Einfluss von MMP-7 hin.rnDie Rolle von MMP-7 aber auch die von EphB2 in der Tumorimmunologie wurde bereits untersucht. So konnte eine induzierte Überexpression von EphB2 das Krebszellwachstum, die Adhäsion und die Migration inhibieren, während der Verlust der EphB2 Expression zu einer verstärkten Invasion und Metastisierung von Tumorzellen führte (Guo et al., 2006). Zudem konnte gezeigt werde, dass Tumorzellen die Funktion von DCs beeinflussen können. DCs aus tumortragenden Mäusen zeigten im Vergleich zu Kontrollzellen eine reduzierte Aktivierung von Cdc42 und Rac1 und zudem eine verminderte Endozytoseaktivität (Tourkova et al., 2007). Die in der vorliegenden Arbeit gezeigten MMP-7 bedingten Veränderungen der Aktinpolymerisation stellen womöglich eine Verbindung zwischen den genannten Untersuchungen her und offenbaren weitere immunologische Konsequenzen einer MMP-7 Expression im Tumor. rnrn

Funktionelle Analyse der Polaritäts- und Tumorsuppressorgene hugl-1 und hugl-2 mittels siRNA-vermitteltem Gen-Silencing und konditionalem Gen-Knockout

Das menschliche Gen human giant larvae (hugl) ist ein Homolog des hochkonservierten Drosophila Gens lethal giant larvae (lgl), welches in Epithelzellen die Funktion eines neoplastischen Tumorsuppressors und Polaritätsregulators einnimmt. Ein Verlust oder eine verminderte Expression beider Homologe des Gens, hugl-1 und hugl-2, geht einher mit dem Auftreten und der Progression verschiedener epithelialer Tumorerkrankungen wie malignen Melanomen und Brust-, Kolon- oder Lungentumoren. Die exakte Funktion der Homologe Hugl-1 und Hugl-2 bezüglich der Regulation und Aufrechterhaltung der epithelialen Zellpolarität sowie ihre Rolle in der Genese humaner Tumore ist jedoch weitgehend unbekannt. Gänzlich unbekannt ist auch die Bedeutung von Hugl-1 und Hugl-2 als Polaritätsregulatoren für die Ausbildung und den Erhalt der T-Zellmorphologie und -funktion. Ziel der vorliegenden Arbeit war es daher, die Polaritäts- und Tumorsuppressorgene hugl-1 und hugl-2 in funktionellen Analysen mittels siRNA-vermitteltem Gen-Silencing in Epithelzellen und T-Lymphozyten zu charakterisieren. Darüber hinaus wurden die Funktionen und Eigenschaften von mgl-2, dem murinen Homologen von hugl-2, im Cre/loxP-vermittelten konditionalen Knockout Mausmodell in vivo analysiert.rnrnZur Charakterisierung der biologischen Effekte von Hugl-1 und Hugl-2 auf das Wachstumsverhalten, Migration und Invasion von Epithelzellen wurden in dieser Arbeit erfolgreich unterschiedliche shRNA-Expressionskonstrukte generiert sowie Hugl-supprimierte Zelllinien etabliert. In vitro Studien sowie in vivo Tumorigenizitätsanalysen lieferten übereinstimmend Hinweise darauf, dass verminderte Hugl-1- und Hugl-2-Expressionsspiegel eine signifikante Rolle in der Vermittlung invasiver und tumorigener Eigenschaften von Epithelzellen spielen. Dabei rief der Verlust beider Homologe deutlich stärkere Reaktionen hervor als die Suppression eines einzelnen Homologen. Zudem wiesen die Überexpression des Zellzyklusregulators Cyclin D1 sowie die Hyperproliferation von Hugl-1- und/oder Hugl-2-depletierten Epithelzellen auf eine wichtige Rolle der beiden Homologe in der Zellzyklusprogression und Zellproliferation hin. Ein geringer Expressionsstatus von Hugl-1 und -2 schien darüber hinaus mit einer verstärkten Resistenzbildung gegenüber Chemotherapeutika zu korrelieren. Im Rahmen dieser Arbeit konnte weiterhin gezeigt werden, dass die untersuchten T-Lymphozyten nur Hugl-1 exprimieren und dass letzteres notwendig für den F-Aktin-vermittelten Erhalt der T-Zellpolarität und -morphologie ist. Hugl-1-supprimierte, über voneinander unabhängige Signalwege (TCR- oder Chemokinrezeptor) stimulierte T-Lymphozyten wiesen eine bedeutende Störung der Lamellipodien- und Uropodausbildung auf und ließen eine Interaktion von Hugl-1 auf Ebene des F Aktins vermuten. Des Weiteren zeigte sich, dass der Polaritätsregulator Hugl-1 die CD3/TCR-induzierte Zelladhäsion positiv beeinflusst. Die Analyse der T-Zellmigration und -motilität offenbarte in Übereinstimmung dazu die Wichtigkeit von Hugl-1 für die Polarisierung und Migration der T-Zellen sowohl im Chemokingradienten als auch auf mDCs. rnrnFür die Aufklärung der funktionellen Rolle von mgl-2 in vivo wurde in dieser Arbeit eine Tamoxifen-induzierbare, Cre/loxP-vermittelte konditionale Mauslinie generiert und analysiert. Die mgl-2-deletierten Tiere wiesen weder signifikante phänotypische Unterschiede noch Abweichungen in der Organanatomie auf und ließen daher auf eine Kompensation durch das im Darmepithel koexprimierte und möglicherweise funktionell redundante mgl-1 Gen schließen.rn

Identificazione dei meccanismi molecolari responsabili del ruolo oncosoppressivo della molecola CD99 nell'osteosarcoma

CD99, glicoproteina di membrana codificata dal gene MIC2, è coinvolta in numerosi processi cellulari, inclusi adesione, migrazione, apoptosi, differenziamento e regolazione del trafficking intracellulare di proteine, in condizioni fisiologiche e patologiche. Nell’osteosarcoma risulta scarsamente espressa ed ha ruolo oncosoppressivo. L’isoforma completa (CD99wt) e l’isoforma tronca (CD99sh), deleta di una porzione del dominio intracellulare, influenzano in modo opposto la malignità tumorale. In questo studio, comparando cellule di osteosarcoma caratterizzate da differenti capacità metastatiche e diversa espressione di CD99, abbiamo valutato la modulazione dei contatti cellula-cellula, la riorganizzazione del citoscheletro di actina e la modulazione delle vie di segnalazione a valle del CD99, al fine di identificare i meccanismi molecolari regolati da questa molecola e responsabili del comportamento migratorio e invasivo delle cellule di osteosarcoma. L'espressione forzata di CD99wt induce il reclutamento di N-caderina e β-catenina a livello delle giunzioni aderenti ed inibisce l'espressione di molecole cruciali nel processo di rimodellamento del citoscheletro di actina, come ACTR2, ARPC1A, Rho-associated, coiled–coil-containing protein kinase 2 (ROCK2), nonché di ezrina, membro della famiglia ezrin/radixin/moesin e chiaramente associata con la progressione tumorale e la metastatizzazione dell’OS. Gli studi funzionali identificano ROCK2 come mediatore fondamentale nella regolazione della migrazione e della diffusione metastatica dell’osteosarcoma. Mantenendo cSRC in una conformazione inattiva, CD99wt inibisce la segnalazione mediata da ROCK2 inducendo una diminuzione dell’ezrina a livello della membrana accompagnata dalla traslocazione in membrana di N-caderina e β-catenina, principali ponti molecolari per il citoscheletro di actina. La ri-espressione di CD99wt, generalmente presente negli osteoblasti, ma perso nelle cellule di osteosarcoma, attraverso l'inibizione dell'attività di cSrc e ROCK2, aumenta la forza di contatto e riattiva i segnali anti-migratori ostacolando l’azione pro-migratoria, altrimenti dominante, dell’ezrina nell’osteosarcoma. Abbiamo infine valutato la funzione di ROCK2 nel sarcoma di Ewing: nonostante il ruolo oncogenico esercitato da CD99, ROCK2 guida la migrazione cellulare anche in questa neoplasia.

Die Rolle von Myosin 9b und LFA-1 in Dendritischen Zellen für die DC,T-Zellinteraktion und die Induktion einer Immunantwort

In dieser Arbeit wurde zum Einen, die Interaktionsphysiologie zwischen verschiedenen DC-Populationen und naiven sowie regulatorischen T-Zellen analysiert. Dabei wurde die Kontaktdauer und Häufigkeit bestimmt sowie die daraus folgende Aktivierung der T-Zellen in einer 3D-Kollagenmatrix. rnZum zweiten wurde die Rolle des Aktin-Motorproteins Myosin 9b, bei der Zellmigration sowie bei der DC-T-Zellinteraktion und der Ausbildung von Immunantworten untersucht. Myo9b KO DC weisen in vitro in einer Kollagenmatrix sowie in vivo einen gestörten Migrationsphänotyp auf. Auch die Interaktion mit T-Zellen ist verändert und sie induzieren eine reduzierte T-Zellaktivierung in einer 3D-Umgebung sowie eine geringere Immunreaktion in vivo. Die Zugabe pharmakologischer Inhibitoren der Rho-Signalkaskade konnte die Migration und das T-Zellstimulierungspotential wiederherstellen. rnZum Dritten wurde analysiert, welche Bedeutung die konstitutive Aktivierung des Adhäsionsmoleküls LFA-1 auf DC (LFA-1 d/d) hat. LFA-1 d/d DC zeigten verlängerte Interaktionszeiten mit T-Zellen, gefolgt von einer reduzierten T-Zellproliferation in einer Kollagenmatrix. Durch die Inhibition von aktivem LFA-1 auf den DC mittels blockierender Antikörper konnte eine Normalisierung der Interaktionsparameter und T-Zellproliferation auf Wildtyp-Niveau wiederhergestellt werden. Durch ein Ausschalten von CYTIP in WT DC und dem damit einhergehenden Verlust der Deaktivierbarkeit von LFA-1 über Cytohesin wurde ebenfalls eine erhöhte Interaktionszeit mit T-Zellen und eine reduzierte T-Zellproliferation beobachtet.rn

Ein räumliches Orientierungsgedächtnis im Zentralkomplex von Drosophila melanogaster und die spezifische Rolle von ellipsoid-body-open

In der vorliegenden Arbeit wurden zwei Strukturmutationslinien von Drosophila melanogaster, grf und ebo, hinsichtlich ihres Lauf- und Orientierungsverhaltens im Buridanschen sowie im Detour-Paradigma untersucht. Als Kernthema der Arbeit entwickelte sich rasch die molekulare Analyse von ebo in Bezug auf das räumliche Orientierungsgedächtnis, da ebo-mutante Fliegen Letzteres nicht zeigen. Durch Wiederherstellen der EBO-Funktion kann der Verhaltensphänotyp der ebo-Mutante in jeder Ringneuronengruppe des Ellipsoidkörpers gerettet werden, jedoch nicht der Strukturdefekt. Zudem wird zur Ausbildung des Orientierungsgedächtnisses EBO nicht während der Entwicklung, sondern akut benötigt. Aufgrund der Tatsache, dass ebo für das nukleäre Protein Exportin6 codiert, und selbiges für den Export von Aktin-Profilin-Komplexen aus dem Zellkern verantwortlich ist (STÜVEN ET AL., 2003), zeigen ebo-Tiere nukleäre Aktin-Akkumulationen sowohl während der Entwicklung in Speicheldrüsen als auch im adulten Gehirn, was mittels Expression eines Actin::GFP-Fusionsproteins gezeigt wurde. Die genetischen Interaktionsexperimente zeigen, dass der anatomische Defekt von ebo durch eine reduzierte Aktin-Polymerisation erfolgt, für den Verhaltensphänotyp jedoch die Aktin-Anreicherung in den Zellkernen von Ringneuronen des Ellipsoidkörpers ursächlich ist. Die erstaunliche Redundanz der Ringneurone in Bezug auf die Rettung des Verhaltensphänotyps legt nahe, dass diffusible Faktoren eine wichtige Rolle für die Ausbildung eines Orientierungsgedächtnisses spielen. Bezüglich dieser Hypothese konnte nachgeweisen werden, dass durch FMRFamid-RNAi in R2- und R4-Ringneuronen des Ellipsoidkörpers das Orientierungsgedächtnis zerstört wird. Eine daraufhin durchgeführte Antikörperfärbung gegen pro-FMRFa in wildtypischen und ebo-mutanten Gehirnen ergab jedoch keine Verschiedenheit die Menge oder Lokalisation betreffend. Die bei ebo vorhandene Anreicherung von Aktin im Zellkern bewirkt, dass die Aktin-Monomere im Nucleus an den Cofaktor dMRTF (Mrtf) binden und diesen somit inaktivieren. Dadurch kann der Transkriptionsfaktor dSRF (bs) nicht mehr durch dMRTF aktiviert werden, was den Orientierungsgedächtnis-Verlust bewirkt. Da es jedoch unwahrscheinlich ist, dass ein Gedächtnis, welches nur wenige Sekunden andauert, von Transkriptionsregulation abhängt, könnte dSRF auch die Genexpression von Molekülen, die schnelle Veränderungen synaptischer Transmission der Ringneurone vermitteln, modulieren. Für die Zukunft wäre es demnach von enormer Bedeutung, weitere Zielgene von dSRF aufzuklären und zu analysieren.

3D-ultrastructure, functions and stress responses of rhogocytes from the freshwater gastropods Biomphalaria glabrata and Lymnaea stagnalis

Rhogocytes, also termed ‘pore cells’, exist free in the hemolymph or embedded in the connective tissue of different body parts of molluscs, notably gastropods. These unique cells can be round, elongated or irregularly shaped, and up to 30 μm in diameter. Their hallmark is the so-called slit apparatus: i.e. pocket-like invaginations of the plasma membrane creating extracellular lacunae, bridged by cytoplasmic bars. These bars form distinctive slits of ca. 20 nm width. A slit diaphragm composed of proteins establishes a molecular sieve with holes of 20 x 20 nm. Different functions have been assigned to this special molluscan cell type, notably biosynthesis of the hemolymph respiratory protein hemocyanin. It has further been proposed, but not proven, that in the case of red-blooded snail species rhogocytes might synthesize the hemoglobin. However, the secretion pathway of these hemolymph proteins, and the functional role of the enigmatic slit apparatus remained unclear. Additionally proposed functions of rhogocytes, such as heavy metal detoxification or hemolymph protein degradation, are also not well studied. This work provides more detailed electron microscopical, histological and immunobiochemical information on the structure and function of rhogocytes of the freshwater snails Biomphalaria glabrata and Lymnaea stagnalis. By in situ hybridization on mantle tissues, it proves that B. glabrata rhogocytes synthesize hemoglobin and L. stagnalis rhogocytes synthesize hemocyanin. Hemocyanin is present, in endoplasmic reticulum lacunae and in vesicles, as individual molecules or pseudo-crystalline arrays. The first 3D reconstructions of rhogocytes are provided by means of electron tomography and show unprecedented details of the slit apparatus. A highly dense material in the cytoplasmic bars close to the diaphragmatic slits was shown, by immunogold labeling, to contain actin. By immunofluorescence microscopy, the protein nephrin was localized at the periphery of rhogocytes. The presence of both proteins in the slit apparatus supports the previous hypothesis, hitherto solely based on similarities of the ultrastructure, that the molluscan rhogocytes are phylogenetically related to mammalian podocytes and insect nephrocytes. A possible secretion pathway of respiratory proteins that includes a transfer mechanism of vesicles through the diaphragmatic slits is proposed and discussed. We also studied, by electron microscopy, the reaction of rhogocytes in situ to two forms of animal stress: deprivation of food and cadmium contamination of the tank water. Significant cellular reactions to both stressors were observed and documented. Notably, the slit apparatus surface and the number of electron-dense cytoplasmic vesicles increased in response to cadmium stress. Food deprivation led to an increase in hemocyanin production. These observations are also discussed in the framework of using such animals as potential environmental biomarkers.

BPAG1 isoform-b: Complex distribution pattern in striated and heart muscle and association with plectin and α-actinin

BPAG1-b is the major muscle-specific isoform encoded by the dystonin gene, which expresses various protein isoforms belonging to the plakin protein family with complex, tissue-specific expression profiles. Recent observations in mice with either engineered or spontaneous mutations in the dystonin gene indicate that BPAG1-b serves as a cytolinker important for the establishment and maintenance of the cytoarchitecture and integrity of striated muscle. Here, we studied in detail its distribution in skeletal and cardiac muscles and assessed potential binding partners. BPAG1-b was detectable in vitro and in vivo as a high molecular mass protein in striated and heart muscle cells, co-localizing with the sarcomeric Z-disc protein alpha-actinin-2 and partially with the cytolinker plectin as well as with the intermediate filament protein desmin. Ultrastructurally, like alpha-actinin-2, BPAG1-b was predominantly localized at the Z-discs, adjacent to desmin-containing structures. BPAG1-b was able to form complexes with both plectin and alpha-actinin-2, and its NH(2)-terminus, which contains an actin-binding domain, directly interacted with that of plectin and alpha-actinin. Moreover, the protein level of BPAG1-b was reduced in muscle tissues from plectin-null mutant mice versus wild-type mice. These studies provide new insights into the role of BPAG1-b in the cytoskeletal organization of striated muscle.

Rapid spontaneous malignant progression of supratentorial tanycytic ependymoma with sarcomatous features - "Ependymosarcoma"

By analogy to gliosarcoma, the term "ependymosarcoma" has recently been coined to thematize the rare phenomenon of a malignant mesenchymal component arising within an ependymoma. We report on an example of this paradigm, involving tanycytic ependymoma as the host tumor in a 40-year-old female who underwent two tumor extirpation procedures at one-year interval. She first presented with severe headaches, and was seen by imaging to harbor a moderately enhancing mass 2.5cm in diameter at the rostral septum pellucidum accompanied by occlusive hydrocephalus. Microscopically, the tumor consisted of solid, wavy fascicles of elongated cells that were occasionally interrupted by vague perivascular pseudorosettes. Mitotic activity was absent, and less than 1% of nuclei immunoreacted for MIB-1. A histological diagnosis of tanycytic ependymoma (WHO grade II) was rendered, and no adjuvant therapy given. At recurrence, the lesion was 3.5cm in diameter, intensely enhancing, and had already seeded into the subarachnoid space. Histology showed a biphasic glial-sarcomatous architecture with remnants of the original ependymoma now displaying hypercellularity and atypical - yet not frankly anaplastic - features. The sarcomatous moiety consisted of spindle and epithelioid cells densely interwoven with reticulin fibers. While the ependymal component was GFAP and S100 protein positive, and featured punctate staining for EMA, none of these markers was expressed in the adjacent sarcoma. Instead, the latter reacted for vimentin and smooth muscle actin. To the best of our knowledge, this is the first documentation of tanycytic ependymoma undergoing malignant transformation, one driven by a highly anaplastic mesenchymal component, corresponding to "ependymosarcoma".

WASP plays a novel role in regulating platelet responses dependent on alphaIIbbeta3 integrin outside-in signalling

The most consistent feature of Wiskott Aldrich syndrome (WAS) is profound thrombocytopenia with small platelets. The responsible gene encodes WAS protein (WASP), which functions in leucocytes as an actin filament nucleating agent -yet- actin filament nucleation proceeds normally in patient platelets regarding shape change, filopodia and lamellipodia generation. Because WASP localizes in the platelet membrane skeleton and is mobilized by alphaIIbbeta3 integrin outside-in signalling, we questioned whether its function might be linked to integrin. Agonist-induced alphaIIbbeta3 activation (PAC-1 binding) was normal for patient platelets, indicating normal integrin inside-out signalling. Inside-out signalling (fibrinogen, JON/A binding) was also normal for wasp-deficient murine platelets. However, adherence/spreading on immobilized fibrinogen was decreased for patient platelets and wasp-deficient murine platelets, indicating decreased integrin outside-in responses. Another integrin outside-in dependent response, fibrin clot retraction, involving contraction of the post-aggregation actin cytoskeleton, was also decreased for patient platelets and wasp-deficient murine platelets. Rebleeding from tail cuts was more frequent for wasp-deficient mice, suggesting decreased stabilisation of the primary platelet plug. In contrast, phosphatidylserine exposure, a pro-coagulant response, was enhanced for WASP-deficient patient and murine platelets. The collective results reveal a novel function for WASP in regulating pro-aggregatory and pro-coagulant responses downstream of integrin outside-in signalling.

Pericellular fibronectin is required for RhoA-dependent responses to cyclic strain in fibroblasts

To test the hypothesis that the pericellular fibronectin matrix is involved in mechanotransduction, we compared the response of normal and fibronectin-deficient mouse fibroblasts to cyclic substrate strain. Normal fibroblasts seeded on vitronectin in fibronectin-depleted medium deposited their own fibronectin matrix. In cultures exposed to cyclic strain, RhoA was activated, actin-stress fibers became more prominent, MAL/MKL1 shuttled to the nucleus, and mRNA encoding tenascin-C was induced. By contrast, these RhoA-dependent responses to cyclic strain were suppressed in fibronectin knockdown or knockout fibroblasts grown under identical conditions. On vitronectin substrate, fibronectin-deficient cells lacked fibrillar adhesions containing alpha5 integrin. However, when fibronectin-deficient fibroblasts were plated on exogenous fibronectin, their defects in adhesions and mechanotransduction were restored. Studies with fragments indicated that both the RGD-synergy site and the adjacent heparin-binding region of fibronectin were required for full activity in mechanotransduction, but not its ability to self-assemble. In contrast to RhoA-mediated responses, activation of Erk1/2 and PKB/Akt by cyclic strain was not affected in fibronectin-deficient cells. Our results indicate that pericellular fibronectin secreted by normal fibroblasts is a necessary component of the strain-sensing machinery. Supporting this hypothesis, induction of cellular tenascin-C by cyclic strain was suppressed by addition of exogenous tenascin-C, which interferes with fibronectin-mediated cell spreading.

Pi release from myosin: a simulation analysis of possible pathways

The release of phosphate (Pi) is an important element in actomyosin function and has been shown to be accelerated by the binding of myosin to actin. To provide information about the structural elements important for Pi release, possible escape pathways from various isolated myosin II structures have been determined by molecular dynamics simulations designed for studying such slow processes. The residues forming the pathways were identified and their role was evaluated by mutant simulations. Pi release is slow in the pre-powerstroke structure, an important element in preventing the powerstroke prior to actin binding, and is much more rapid for Pi modeled into the post-rigor and rigor-like structures. The previously proposed backdoor route is dominant in the pre-powerstroke and post-rigor states, whereas a different path is most important in the rigor-like state. This finding suggests a mechanism for the actin-activated acceleration of Pi release.

Neuronal polarity selection by topography-induced focal adhesion control

Interaction between differentiating neurons and the extracellular environment guides the establishment of cell polarity during nervous system development. Developing neurons read the physical properties of the local substrate in a contact-dependent manner and retrieve essential guidance cues. In previous works we demonstrated that PC12 cell interaction with nanogratings (alternating lines of ridges and grooves of submicron size) promotes bipolarity and alignment to the substrate topography. Here, we investigate the role of focal adhesions, cell contractility, and actin dynamics in this process. Exploiting nanoimprint lithography techniques and a cyclic olefin copolymer, we engineered biocompatible nanostructured substrates designed for high-resolution live-cell microscopy. Our results reveal that neuronal polarization and contact guidance are based on a geometrical constraint of focal adhesions resulting in an angular modulation of their maturation and persistence. We report on ROCK1/2-myosin-II pathway activity and demonstrate that ROCK-mediated contractility contributes to polarity selection during neuronal differentiation. Importantly, the selection process confined the generation of actin-supported membrane protrusions and the initiation of new neurites at the poles. Maintenance of the established polarity was independent from NGF stimulation. Altogether our results imply that focal adhesions and cell contractility stably link the topographical configuration of the extracellular environment to a corresponding neuronal polarity state.

Resveratrol reduces myofibroblast arrhythmogenicity

Background: Among grape skin polyphenols, trans-resveratrol (RES) has been reported to slow the development of cardiac fibrosis and to affect myofibroblast (MFB) differentiation. Because MFBs induce slow conduction and ectopic activity following heterocellular gap junctional coupling to cardiomyocytes, we investigated whether RES and its main metabolites affect arrhythmogenic cardiomyocyte-MFB interactions. Methods: Experiments were performed with patterned growth strands of neonatal rat ventricular cardiomyocytes coated with cardiac MFBs. Impulse propagation characteristics were measured optically using voltage-sensitive dyes. Long-term video recordings served to characterize drug-related effects on ectopic activity. Data are given as means ± S.D. (n = 4–20). Results: Exposure of pure cardiomyocyte strands to RES at concentrations up to 10 µmol/L had no significant effects on impulse conduction velocity (θ) and maximal action potential upstroke velocities (dV/dtmax). By contrast, in MFB-coated strands exhibiting slow conduction, RES enhanced θ with an EC50 of ~10 nmol/L from 226 ± 38 to 344 ± 24 mm/s and dV/dtmax from 48 ± 7 to 69 ± 2%APA/ms, i.e., to values of pure cardiomyocyte strands (347 ± 33 mm/s; 75 ± 4%APA/ms). Moreover, RES led to a reduction of ectopic activity over the course of several hours in heterocellular preparations. RES is metabolized quickly in the body; therefore, we tested the main known metabolites for functional effects and found them similarly effective in normalizing conduction with EC50s of ~10 nmol/L (3-OH-RES), ~20 nmol/L (RES-3-O-β-glucuronide) and ~10 nmol/L (RES-sulfate), respectively. At these concentrations, neither RES nor its metabolites had any effects on MFB morphology and α-smooth muscle actin expression. This suggests that the antiarrhythmic effects observed were based on mechanisms different from a change in MFB phenotype. Conclusions: The results demonstrate that RES counteracts MFB-dependent arrhythmogenic slow conduction and ectopic activity at physiologically relevant concentrations. Because RES is rapidly metabolized following intestinal absorption, the finding of equal antiarrhythmic effectiveness of the main RES metabolites warrants their inclusion in future studies of potentially beneficial effects of these substances on the heart.

Porcine circovirus type 2 DNA influences cytoskeleton rearrangements in plasmacytoid and monocyte-derived dendritic cells

Functional disruption of dendritic cells (DC) is an important strategy for viral pathogens to evade host defences. In this context, porcine circovirus type 2 (PCV2), a single-stranded DNA virus, impairs plasmacytoid DC (pDC) and conventional DC activation by certain viruses or Toll-like receptor (TLR) ligands. This inhibitory capacity is associated with the viral DNA, but the impairment does not affect all signalling cascades; TLR7 ligation by small chemical molecules will still induce interleukin-6 (IL-6) and tumour necrosis factor-α secretion, but not interferon-α or IL-12. In this study, the molecular mechanisms by which silencing occurs were investigated. PP2, a potent inhibitor of the Lyn and Hck kinases, produced a similar profile to the PCV2 DNA interference with cytokine secretion by pDC, efficiently inhibiting cell activation induced through TLR9, but not TLR7, ligation. Confocal microscopy and cytometry analysis strongly suggested that PCV2 DNA impairs actin polymerization and endocytosis in pDC and monocyte-derived DC, respectively. Altogether, this study delineates for the first time particular molecular mechanisms involved in PCV2 interference with DC danger recognition, which may be responsible for the virus-induced immunosuppression observed in infected pigs.