Codon usage bias and A+T content variation in human papillomavirus genomes

We analyzed the codon usage bias of eight open reading frames (ORFs) across up to 79 human papillomavirus (HPV) genotypes from three distinct phylogenetic groups. All eight ORFs across HPV genotypes show a strong codon usage bias, amongst degenerately encoded amino acids, toward 18 codons mainly with T at the 3rd position. For all 18 degenerately encoded amino acids, codon preferences amongst human and animal PV ORFs are significantly different from those averaged across mammalian genes. Across the HPV types, the L2 ORFs show the highest codon usage bias (73.2 +/- 1.6% and the E4 ORFs the lowest (51.1 +/- 0.5%), reflecting as similar bias in codon 3rd position A + T content (L2: 76.1 +/- 4.2%; E4: 58.6 +/- 4.5%). The E4 ORF, uniquely amongst the HPV ORFs, is G + C rich, while the other ORFs are A + T rich. Codon usage bias correlates positively with A + T content at the codon 3rd position in the E2, E6, L1 and L2 ORFs, but negatively in the E4 ORFs. A general conservation of preferred codon usage across human and non-human PV genotypes whether they originate from a same supergroup or not, together with observed difference between the preferred codon usage for HPV ORFs and for genes of the cells they infect, suggests that specific codon usage bias and A + T content variation may somehow increase the replicational fitness of HPVs in mammalian epithelial cells, and have practical implications for gene therapy of HPV infection. (C) 2003 Elsevier B.V. All rights reserved.

Transposition of first digital pad for reconstruction of a palmar antebrachial soft tissue defect in a cat

An 8-year-old female neutered Siamese cat was presented with a recent history of incomplete excision of an apocrine gland adenocarcinoma from the palmar aspect of the right antebrachium, just proximal to the carpal joint. There was no evidence of metastasis. Wide surgical excision of the previous surgery site was performed resulting in a soft tissue defect. Partial reconstruction was achieved using digital pad transposition of the first digit (dewclaw), forming a local axial pattern flap that was transposed into the adjacent defect. The remaining defect was closed by primary apposition. The skin flap healed successfully. Some breakdown of the skin closed by primary apposition necessitated open wound management. The cosmetic and functional result of the first digital pad transposition was considered excellent, rendering it a useful means to reconstruct soft tissue defects in the carpal region.

Characterization of Treponema phagedenis-like spirochetes isolated from papillomatous digital dermatitis lesions in dairy cattle

Four spirochete strains were isolated from papillomatous digital dermatitis (PDD) lesions in Iowa dairy cattle and compared with two previously described spirochete strains isolated from dairy cattle in California. These six strains shared an identical 16S ribosomal DNA sequence that was 98% similar to Treponema phagedenis and 99% similar to the uncultivated PDD spirochete sequence DDLK-4. The whole-cell protein profiles resolved by sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis of these six strains were similar. However, these strains showed differences in the antigenic diversity of lipopolysaccharide (LPS). Genetic diversity was also detected by pulsed-field gel electrophoresis of genomic DNA digests, revealing differences among five of the six strains. Serum immunoglobulin G antibodies from dairy cattle with active PDD lesions reacted with the LPS of all but one PDD spirochete strain. Likewise, peripheral blood mononuclear cells from cattle with active PDD lesions produced blastogenic responses to one of the two California isolates. Both antibody and lymphocyte blastogenic responses were reduced in convalescent dairy cattle, suggesting the immune response to these spirochetes has short duration. These results demonstrate genetic and antigenic diversity among T. phagedenis-like treponemes and provide further evidence for the involvement of these spirochetes in the pathogenesis of PDD.

e-Processo: Processo Administrativo Digital

A iniciativa visa ?? extin????o do uso de papel nos processos dentro do ??rg??o p??blico mediante a cria????o do Processo Administrativo Digital (e-Processo). A promo????o da transpar??ncia dos atos p??blicos, com gest??o do conhecimento, maior autonomia e descentraliza????o administrativa, fortalece a democracia,melhora o ambiente de neg??cio e a confian??a no governo. O sistema foi implantado em todas as ??reas de neg??cios de 700 unidades administrativas, com 33 mil servidores conectados nos tr??s ??rg??os p??blicos federais: Receita Federal do Brasil (RFB), Procuradoria da Fazenda Nacional (PFN) e Conselho Administrativo de Recursos Fiscais (Carf). A substitui????o de um documento papel por um documento imagem tem o cond??o de promover no Estado uma verdadeira reengenharia procedimental e administrativa

Comunicação interna em instituições públicas de educação : avaliação do informativo digital do Instituto Federal do Espírito Santo-IFES

O presente trabalho visa estudar a ferramenta de comunicação interna de uma instituição pública de educação- um informativo digital, por meio da avaliação dos atributos necessários para que uma notícia seja divulgada neste veículo. Dessa maneira, se busca criar um documento com um elenco de valores-notícia que norteiem a seleção, produção e divulgação de notícias no informativo digital e, assim, contribuir para a melhoria da comunicação interna na organização. A avaliação das matérias e a criação deste documento utilizarão como referencial os valores-notícia já utilizados no jornalismo para definir o que é notícia.

Tecnologias e metodologias na ensinagem de inglês no século XXI : elaboração e análise de webquests

Este trabalho tem como objetivo geral apresentar mecanismos de análise e validação de propostas de material didático na forma de Webquests e, com base nesses mecanismos, elaborar e validar três propostas de material didático em forma de WebQuests criticamente situados para a ensinagem de inglês como língua adicional. As WebQuests elaboradas visam priorizar o desenvolvimento do letramento digital crítico e da competência comunicativa em inglês como língua adicional do aprendiz. A WebQuest se insere na perspectiva de uma metodologia que tem esse mesmo nome e consiste na proposta de uma pesquisa orientada e organizada em etapas em que toda ou grande parte do conteúdo a ser acessado e necessário para a realização da(s) tarefa(s) encontra-se disponível online (DODGE, 1995). A metodologia deste estudo é de cunho qualitativo e também se insere na perspectiva da metodologia de desenvolvimento. O design metodológico dessa investigação foi organizado em três etapas, quais sejam, a análise de necessidades, a elaboração de três WebQuests e a análise das WebQuests elaboradas a partir de uma rubrica. A revisão de literatura, que constituiu parte da análise de necessidades, sugere que as demandas do século XXI exigem maior atenção e investimento para o desenvolvimento de letramentos múltiplos e críticos, de competências comunicativas e interacionais e de formação de cidadania. A análise de WebQuests disponíveis para ensinagem de inglês no principal sítio brasileiro de WebQuests, que compôs a segunda parte da análise de necessidades desse estudo, evidenciou a escassez de WebQuests que abordam de forma significativa tanto as questões do letramento digital crítico quanto os aspectos da competência comunicativa na língua adicional do indivíduo. A análise de necessidades como um todo forneceu subsídios relevantes para o processo de elaboração das WebQuests propostas neste estudo, que também se embasou nas diretrizes e princípios do modelo WebQuest e em grande parte do seu embasamento teórico. Como fase final deste estudo, as três WebQuests elaboradas foram submetidas à validação a partir de uma rubrica criada especialmente para esse propósito. Os resultados das análises de validação das três WebQuests elaboradas sugerem que a proposta desses materiais é válida sob o ponto de vista teórico, pois mostram que as ferramentas criadas vão ao encontro da proposta do modelo WebQuests de Dodge (1995, 2001) e das recomendações de qualidade sugeridas por Bottentuit Junior e Coutinho (2008a, 2012), bem como estão ancoradas na teoria sócio-construtivista e do ensino situado e nos princípios metodológicos da abordagem de ensino baseada em tarefas e da abordagem de ensino de conteúdos diversos por meio da língua (CLIL). Concluímos que as três WebQuests são materiais de ensinagem de inglês que fogem do enfoque tradicional conteudista historicamente voltado para o ensino de vocabulário e gramática na língua-alvo, extrapolando os objetivos linguísticos para alcançar também objetivos sociais e culturais da ensinagem de inglês como língua adicional, na medida em que se trabalha paralelamente (e intencionalmente, por entender que ambos se complementam) o desenvolvimento da competência comunicativa e do letramento digital crítico do indivíduo, contribuindo, assim, para a sua formação cidadã e colaborando para a “inclusão” do aprendiz no mundo social e digital.

Avaliação do grau de satisfação entre os usuários de amplificação de tecnologia analógica e digital

OBJETIVO: objetivo desta pesquisa foi investigar o grau de satisfação entre os usuários de Aparelho de Amplificação Sonora (AAS) de tecnologia analógica e digital. FORMA DE ESTUDO: clínico com coorte transversal. MATERIAL E MÉTODO: A amostra foi constituída de 40 usuários de AAS unilateral, sendo 20 de tecnologia analógica (Grupo I) e 20 de tecnologia digital (Grupo II). Os indivíduos são portadores de perda auditiva neurossensorial, de configuração plana, de grau leve a moderado, com idade entre 40 e 95 anos. O instrumento de avaliação utilizado foi o International Outcome Inventory for Hearing Aids (IOI-HA - Versão em Português) proposto por Cox et al. (2002). RESULTADOS: Os resultados mostraram que os usuários do Grupo II utilizam o AAS por mais tempo diariamente e também apresentam um grau de dificuldade menor em determinadas situações com o uso da amplificação, comparado aos usuários do Grupo I. Os usuários do Grupo II relatam que sua perda auditiva não afeta em nada sua relação com terceiros. CONCLUSÃO: Apesar de os resultados revelarem que os usuários do Grupo I apresentam um handicap auditivo mais acentuado comparado aos usuários do Grupo II, o grau de satisfação com relação à amplificação não apresenta diferença significativa entre os dois grupos.

SPAD-502 readings in response to photon fluence in leaves with different chlorophyll content

The chlorophyll meter (SPAD-502) is widely used to estimate chlorophyll content, but non-uniform chloroplast distribution can affect its accuracy. This study aimed to assess the effect of photon fluence (F, irradiance x time of illumination) in leaves with different chlorophyll content and determine the effect of chlorophyll a/b on SPAD values of four tropical tree species (Croton draconoides Müll. Arg., Hevea guianensis Aubl., Hymenaea courbaril L. and Matisia cordata H.B.K.). There were also determined calibration equations for the chlorophyll meter and assessed the effect of F on SPAD values between 07:00 h and 17:00 h. Calibration equations were obtained after determining leaf chlorophyll content in the laboratory. Increases in F with time caused a reduction in SPAD values in species with a high chlorophyll content, with reductions of 20% in M. cordata and 10% in H. guianensis. Leaves of C. draconoides and H. courbaril had lower chlorophyll content and showed no changes in SPAD values with increase in F. The chlorophyll a/b ratio increased with SPAD values and the SPAD/chlorophyll relationship was best described by an exponential equation. It seems that F may affect SPAD values in leaves with high chlorophyll content, probably due to non-uniform chloroplast distribution at high irradiance. This indicates that SPAD values tend to be more accurate if recorded early in morning when irradiance is low.

A Digital Game Development Education Project

The success of the digital game industry is spawning several undergraduate degrees aiming at the training of digital game developers. Building adequate new courses curricula is not a trivial task and demands a profound analysis of the scientific areas to introduce as well as the dependencies throughout the entire degree. Another important aspect of every academic educational plan are the satellite projects that promote entrepreneurship and provide practical professional experiences to students. This paper presents the main guidelines adopted in the creation of the first digital game development undergraduate degree created in Portugal.

Correlation between grain nutritional content and pasting properties of pre-gelatinized red rice flour

As with any variety of rice, red rice characteristics are subject to varietal differences, growing conditions, types of processing, and nutritional and rheological properties. This study determined the nutritional characteristics (centesimal composition and minerals) and paste viscosity properties of raw grains of four red rice genotypes (Tradicional MNAPB0405, MNACE0501 and MNACH0501) and the paste viscosity properties of pre-gelatinized flours obtained at different cooking times (20, 30 and 40 min). The main nutritional properties were correlated with the pasting properties of the pre-gelatinized flours. The samples showed differences in nutritional properties and paste viscosity. MNAPB0405 and MNACE0501 showed higher levels of fiber and fat and provided higher caloric energy than Tradicional and MNACH0501, which, in turn, showed higher levels of amylose. MNACH0501 showed higher peak viscosity (2402 cP), higher breakdown viscosity (696 cP) and a greater tendency to retrogradation (1510 cP), while Tradicional, MNAPB0405 and MNACE0501 had pasting profiles with peak viscosities varying between 855 and 1093 cP, breaking viscosity below 85 cP and retrogradation tendency between 376 and 1206 cP. The factors genotype and cooking time influenced the rheological behavior of pre-gelatinized flours, decreasing their pasting properties. The protein and amylose levels are correlated with the pasting properties and can be used as indicators of these properties in different genotypes of red rice, whether raw or processed into pre-gelatinized flours.

A digital game development education project

The success of the digital game industry is spawning several undergraduate degrees aiming at the training of digital game developers. Building adequate new courses curricula is not a trivial task and demands a profound analysis of the scientific areas to introduce as well as the dependencies throughout the entire degree. Another important aspect of every academic educational plan are the satellite projects that promote entrepreneurship and provide practical professional experiences to students. This paper presents the main guidelines adopted in the creation of the first digital game development undergraduate degree created in Portugal.

Carbon Nanofiber Type and Content Dependence of the Physical Properties of Carbon Nanofiber Reinforced Polypropylene Composites

The variation of the physical properties of four differ- ent carbon nanofibers (CNFs), based-polymer nano- composites incorporated in the same polypropylene (PP) matrix by twin-screw extrusion process was investigated. Nanocomposites fabricated with CNFs with highly graphitic outer layer revealed electrical isolation-to-conducting behaviors as function of CNF’s content. Nanocomposites fabricated with CNFs with an outer layer consisting on a disordered pyro- litically stripped layer, in contrast, revealed better mechanical performance and enhanced thermal sta- bility. Further, CNF’s incorporation into the polymer increased the thermal stability and the degree of crystallinity of the polymer, independently on the filler content and type. In addition, dispersion of the CNFs’ clusters in PP was analyzed by transmitted light opti- cal microscopy, and grayscale analysis (GSA). The results showed a correlation between the filler concentration and the variance, a parameter which measures quantitatively the dispersion, for all composites. This method indicated a value of 1.4 vol% above which large clusters of CNFs cannot be dispersed effectively and as a consequence only slight changes in mechanical performance are observed. Finally, this study establishes that for tailoring the physical properties of CNF based-polymer nanocomposites, both adequate CNFs structure and content have to be chosen.

PERFORMANCE CAPTURE: À PROCURA DAS MELHORES TÉCNICAS E ESTÉTICAS NO CONTEXTO DA ANIMAÇÃO DIGITAL

This paper investigates realism in character computer animation, which triggered the development of new techniques and aesthetic in spectacular cinema and contemporary culture. With the advent of motion or performing capture, animation has made possible that virtual characters or digital creatures reach higher levels in emotional acting, taking place in virtual cinematic worlds or even special effects movies. This technology, when placed at the service of imagination and fantasy can provide new dimensions in character motion and communication. In this context, projects like Peter Jackson’s (2001) The Lord of the Rings, James Cameron’s Avatar (2009) and more recently Steven Spielberg’s Tintin (2011) demonstrate that motion technology is constantly evolving, and it represents a credible option to explore new techniques and aesthetic in contemporary animation.

O livro ilustrado digital e o livro ilustrado impresso

O presente estudo tem como objecto central o livro ilustrado e tem como objectivo principal compreender as diferenças entre dois modelos: o livro impresso e o livro digital. Partindo de um objecto de estudo concreto, um livro tradicional em formato impresso desenvolvido na disciplina de Ilustração no contexto do Mestrado de Ilustração e Animação do Instituto Politécnico do Cávado e do Ave, é nosso objectivo perceber as principais diferenças que ocorrem na transição para um suporte digital, especificamente num formato iPad, assim como enunciar algumas das metodologias possíveis para que esta transição seja eficaz. Num momento de transição como o que vivemos actualmente, em que o ilustrador tem cada vez mais necessidade de se adaptar a novos meios, novas ferramentas de trabalho e novas formas de comunicação, importa reflectir sobre a natureza do livro e sobre as características que distinguem os dois suportes, o tradicional e o digital. Assim, é nossa intenção perceber essas diferenças e enunciar alguns dos procedimentos que o ilustrador deve ter em conta quando experimenta a transição de um objecto de ilustração para um meio digital táctil como é o iPad.

Mapping Culture and Compromised Art in the Era of Globalization

This work presents an analysis of the cultural and artistic field, positively compromised with social and political questions. The authors start with the categorization of the idea of culture and move to vindication art movements. These movements, which followed the first vanguards and worked from the compromise with “otherness”, are at the origin of the contemporary denomination of political art. In this context, the authors approach the origins of activist art, referring to issues of gender, multiculturalism, globalization, and poverty. The different forms of presenting content are also an object of analysis: from art tradition to the contamination of daily life, from local to global, from street contact to digital.