Analysis of the Genome and Transcriptome of Cryptococcus neoformans var. grubii Reveals Complex RNA Expression and Microevolution Leading to Virulence Attenuation

Cryptococcus neoformans is a pathogenic basidiomycetous yeast responsible for more than 600,000 deaths each year. It occurs as two serotypes (A and D) representing two varieties (i.e. grubii and neoformans, respectively). Here, we sequenced the genome and performed an RNA-Seq-based analysis of the C. neoformans var. grubii transcriptome structure. We determined the chromosomal locations, analyzed the sequence/structural features of the centromeres, and identified origins of replication. The genome was annotated based on automated and manual curation. More than 40,000 introns populating more than 99% of the expressed genes were identified. Although most of these introns are located in the coding DNA sequences (CDS), over 2,000 introns in the untranslated regions (UTRs) were also identified. Poly(A)-containing reads were employed to locate the polyadenylation sites of more than 80% of the genes. Examination of the sequences around these sites revealed a new poly(A)-site-associated motif (AUGHAH). In addition, 1,197 miscRNAs were identified. These miscRNAs can be spliced and/or polyadenylated, but do not appear to have obvious coding capacities. Finally, this genome sequence enabled a comparative analysis of strain H99 variants obtained after laboratory passage. The spectrum of mutations identified provides insights into the genetics underlying the micro-evolution of a laboratory strain, and identifies mutations involved in stress responses, mating efficiency, and virulence.

Synthetic image super resolution using FeatureMatch

In this paper, we propose a super resolution (SR) method for synthetic images using FeatureMatch. Existing state-of-the-art super resolution methods are learning based methods, where a pair of low-resolution and high-resolution dictionary pair are trained, and this trained pair is used to replace patches in low-resolution image with appropriate matching patches from the high-resolution dictionary. In this paper, we show that by using Approximate Nearest Neighbour Fields (ANNF), and a common source image, we can by-pass the learning phase, and use a single image for dictionary. Thus, reducing the dictionary from a collection obtained from hundreds of training images, to a single image. We show that by modifying the latest developments in ANNF computation, to suit super resolution, we can perform much faster and more accurate SR than existing techniques. To establish this claim we will compare our algorithm against various state-of-the-art algorithms, and show that we are able to achieve better and faster reconstruction without any training phase.

Numerical Simulation of Pulsed Liquid Fluidized Bed and Its Experimental Validation

The pulsed liquid fluidized bed was studied using numerical simulation and experimental methods, The area-averaged two-fluid model (TFM) was used to simulate the pulsed fluidization. The bed expansion and collapse processes were simulated first and the phenomena obtained from the calculation were consistent with our previous experiments and observations. In the pulsed fluidization, the variation of bed height, the variations of particle velocity and concentration distribution were obtained and analyzed. Experiments were carried out to validate the simulation results. The pressure variation with time at different locations was measured using pressure transducers and compared with the simulated results. The variations of bed height and particle concentration distribution were recorded using a digital video camera recorder. The results were consistent with the simulation results as a whole.

Letras, 1991-1992, nº 25-26 (número completo)

Contenido: Palabras del Señor Rector / Guillermo P. Blanco – Testimonio / Juan Roberto Courrèges – Historia de un fervor / Teresa Iris Giovacchini – Homenaje / Luis Martínez Cuitiño – Paul Claudel en una de sus “Odas” / Ángel J. Battistessa – Apertura de Nuevos Mundos: 1492-1969 (Documentos igualmente augurales) / Raúl H. Castagnino – Valor condicional de adjetivos con rasgos de predicativos / Hilda Albano de Vázquez – Buzzati, dos en uno / Daniel H. Capano – La estructura circular de “Adán Buenosayres” / Norma Carricaburo – Una constante poética en la producción dramática de Armando Discépolo: continuidad e innovación en el realismo / Jorge Adrián Dubatti – La Saya/Fuga de J. B. o la novela épico-lúdica de un juglar laborioso / Teresa Iris Giovacchini – Algunas notas sobre el didactismo del Libro de Buen Amor / Elsa C. González Bolia – La “Noche oscura”, de San Juan de la Cruz, poema en diálogo / Teresa Herraiz de Tresca – Bernal Díaz del Castillo y las comunicaciones hispano-aztecas / Ernesto Livacic Gazzano – Hacia una teoría borgeana de la recepción / Luis Martínez Cuitiño – El Árbol, el Bosque y John Fowles (A propósito de la reedición de “The tree”) / Rosa E. M. D. Penna – El orden primero recuperado: “Le livre de Christophe Colomb de Paul Claudel / Paulette Rachou – La Torre de Apolidón y el influjo del Libro de Marco Polo en el Amadís de Gaula / Aquilino Suárez Pallasá – Jorge Manrique en la tradición literaria del amor y de la muerte / Lía Noemí Uriarte Rebaudi – Reseñas bibliográficas

El lenguaje místico en Santa Catalina de Siena

Resumen: El lenguaje místico posee características propias, una de ellas es la inefabilidad. En este artículo la autora, basándose en los conceptos elaborados por M. De Certeau, analiza en primer lugar los rasgos que posee este lenguaje en la obra de Santa Catalina de Siena. En segundo lugar el artículo explora la matriz epistolar que posee Il Dialogo della Divina Provvidenza, la obra más importante de la santa. Aquí se observa de qué manera una gramática hablada conserva las entonaciones propias de la meditación que le da origen. Teniendo su origen en una carta Il Dialogo no sólo manifiesta el lenguaje oral usado en su época sino su estatuto privado y público a la vez.

Evaluación de trece lineas de arroz (Oryza sativa L.) con dos testigos comerciales en prueba avanzada de rendimiento en condiciones de secano en el Pacífico Sur de Nicaragua

El experimento se estableció en el Centro Experimental Campos Azules con el objetivo de seleccionar líneas mejoradas de arroz (Oryza sativa L.) que presenten buena adaptabilidad a condiciones de secano y alto rendimiento agrícola e industrial y sanidad, con características agronómicas acorde a las exigencias de los productores. Los testigos comerciales fueron INTA MALACATOYA e INTA N-1. El diseño utilizado fue de bloques completos al azar con cuatro repeticiones. Las variables estudiadas fueron: floración, macollamiento, altura de planta, longitud de panícula, número de granos por panícula, fertilidad de panícula, peso de mil granos, rendimiento agrícola, rendimiento industrial y arroz integral, las que fueron sometidas al análisis de varianza y prueba de rangos múltiples de Tukey al 5% de probabilidad de error. También se estudiaron las variables vigor, acame, senescencia, exerción de panícula, desgrane y Helminthosporiosis (Helminthosporium oryzae Breda de Haa), evaluadas según la escala de evaluación estándar de arroz del CIAT (1983). Los resultados indican diferencias altamente significativas para las variables rendimiento agrícola y rendimiento industrial, diferencias significativas para la variable fertilidad de panícula. Las Líneas TSY-1216 y FEDEARROZ-50 mostraron ser muy vigorosas. La línea AVE MARIA presentó el mayor número de hijos por metro lineal con 308.25 hijos. La Línea L-8 presentó menor altura de planta (89 cm) todos los cultivares se califican como plantas semi-enanas. La línea A-2759 tiene tendencia al acame, el resto de los genotipos son resistentes al acame. La Línea FEDEARROZ-50 obtuvo mayor longitud de panícula (27 cm). La línea A-2756 presentó mayor fertilidad de panícula (94). Las líneas ECIA-59, TSY-1216 e INTA MALACATOYA obtuvieron el mayor peso de mil granos, estadísticamente no hubo diferencia (28g). El 93% de los cultivares presentaron tolerancia a helminthosporiosis. Las Líneas que presentaron los mayores rendimientos agrícolas fueron L-64, AVEMARIA, A-2756 y A-2759, con 5800, 5614, 5524 y 5479 kg.ha-1 respectivamente, superiores a los testigos INTA MALACATOYA (4656 kg.ha-1) e INTA N-1 (4488 kg.ha-1). Los tratamientos que presentaron los menores rendimientos agrícolas fueron, L-59 y L-58 con 3748 y 3867 kg.ha-1 respectivamente. La línea que presento el mejor rendimiento industrial fue FEDEARROZ-50 con 93 granos enteros (75). No hubo incidencia por Piricularia.