SInCRe-structural interactome computational resource for Mycobacterium tuberculosis

We have developed an integrated database for Mycobacterium tuberculosis H37Rv (Mtb) that collates information on protein sequences, domain assignments, functional annotation and 3D structural information along with protein-protein and protein-small molecule interactions. SInCRe (Structural Interactome Computational Resource) is developed out of CamBan (Cambridge and Bangalore) collaboration. The motivation for development of this database is to provide an integrated platform to allow easily access and interpretation of data and results obtained by all the groups in CamBan in the field of Mtb informatics. In-house algorithms and databases developed independently by various academic groups in CamBan are used to generate Mtb-specific datasets and are integrated in this database to provide a structural dimension to studies on tuberculosis. The SInCRe database readily provides information on identification of functional domains, genome-scale modelling of structures of Mtb proteins and characterization of the small-molecule binding sites within Mtb. The resource also provides structure-based function annotation, information on small-molecule binders including FDA (Food and Drug Administration)-approved drugs, protein-protein interactions (PPIs) and natural compounds that bind to pathogen proteins potentially and result in weakening or elimination of host-pathogen protein-protein interactions. Together they provide prerequisites for identification of off-target binding.

Los dilemas de la acción colectiva global. Un estudio de caso : el movimiento sindical en el MERCOSUR (1991-2012)

Resumen: Este trabajo analiza la acción colectiva sindical postnacional en el MERCOSUR en un período histórico signado por profundas mutaciones políticas, económicas, y productivas sociales (1991-2012) a partir de los relatos y representaciones de sus protagonistas. El trabajo cualitativo intentará explicar la configuración del sindicalismo internacional en la globalización, y describir las estrategias del movimiento obrero mercosureño. La metodología cualitativa ilustra un trabajo de campo a partir de entrevistas en profundidad a 34 sindicalistas del Mercosur, y entrevistas adicionales a tres representantes de la Confederación Sindical de las Américas, dos empresarios del Mercosur, un especialista académico en la dimensión sociolaboral de la integración regional y un representante de la OIT en la región. La metodología de análisis e interpretación de dichas entrevistas ha sido la teoría fundamentada, entendida como la técnica más idónea de aprehender los procesos sociales a través de las voces de los líderes obreros, comprender su realidad, sus representaciones y sistema de valores, sus ideas y su acción colectiva. La literatura de los movimientos sociales en la globalización capitalista ha puesto el énfasis en la emergencia de nuevos colectivos cuyos reclamos se concentran en el reconocimiento (Fraser y Honneth, 2006) de sus identidades que el modelo fordista de producción pareció invisibilizar y soslayar ante la primacía de las prácticas económicas y demandas distributivas. Esta tesis conjuga una perspectiva dualista y demuestra que las estrategias de reconocimiento y las reivindicaciones de redistribución de tipo clasista se resignificaron en el escenario postnacional a través de la Coordinadora de Centrales Sindicales del Cono Sur –CCSCS- (subregional) y, con un desarrollo menor: los Sindicatos Globales (FSI, GUFs) en la acción sectorial [1991-2012]. Para arribar al núcleo configurativo de sus representaciones y su sistema de valores, la investigación transitó por los sentidos y significados del trabajo, las mutaciones productivas y de las condiciones del trabajo, las teorías del fin del trabajo, la precarización y la representación de los trabajadores más frágiles: mujeres, jóvenes y migrantes. En un segundo orden se interpeló sobre la gobernanza mundial, los organismos internacionales, el régimen normativo internacional, la civilización capitalista, para luego abordar el estudio específico del Mercosur y la acción obrera en dicho proceso. El núcleo determinó que para los representantes obreros la acción colectiva sindical debe ser postnacional y su objetivo es limitar la globalización capitalista neoliberal. La CCSCS conformó desde sus inicios un movimiento capaz de elevarse al rango supranacional para representar la voz de los trabajadores del MERCOSUR. La pluralidad configuró su mayor virtud durante sus primeros 20 años, reconociendo una experiencia de aprendizaje de tolerancia y respeto, que ellos definen como la unidad en la diversidad. Esta entidad constituye un patrimonio único como paradigma del sindicalismo postnacional. Los sindicatos del Cono Sur adoptaron diversas modalidades de acción colectiva: a) reactiva (con repertorios de insubordinación, de lucha y resistencia al modelo neoliberal), b) proactiva (con repertorios de incidencia normativa en el MERCOSUR) y c) participativa (con repertorios de producción propositiva de incidencia en la dimensión social del MERCOSUR). Su acción colectiva reactiva, normativa y propositiva fue eficaz a mediano plazo para participar e incidir en el MERCOSUR, crear una dimensión social del bloque y dotar de derechos normativos a los ciudadanos de la región. Su acción tuvo un sentido político de gran poder instituyente, con capacidad movilización y alta exposición pública. Sin embargo, en la segunda década su lógica de construcción quedó subordinada a los procesos nacionales y a los partidos gobernantes, dejó de ser performativa y de creación política, dirimiéndose en la esfera social junto a otros movimientos sociales emergentes, y provocó un ciclo de desmovilización. Simultáneamente, emergió con fuerza otra modalidad de sindicalismo postnacional con la fusión y refundación de los Sindicatos Globales. Su acción sectorial contribuye a restaurar las demandas de distribución que habían quedado soslayadas, pero esta tesis manifiesta que los protagonistas afirman que sus marcos de acción colectiva deberán ser conjuntos para ser exitosa. El sindicalismo postnacional en el MERCOSUR se define a sí mismos como agente de desarrollo, protagonista del modelo socioproductivo, pero también como vehículo partícipe de la democracia y de una matriz sustentable de desarrollo

La maternidad en el imaginario de las escritoras vascas

Ejemplar dedicado a: Salud pública desde la perspectiva de género: hitos e innovación / coord. por María Teresa Ruiz Cantero

La aventura de investigar. Una experiencia de investigación-acción participativa

[ES]El objetivo de este estudio consiste en desvelar las sensaciones, sentimientos y pensamientos que la aventura de implicarse en una investigación-acción participativa genera sobre los distintos grupos de personas implicadas en una experiencia de Deporte Escolar (DE)(docentes, escolares,coordinadores de DE, familias, monitores, equipos directivos,...). Al comienzo del trabajo se expone el marco teórico en el que se sustenta la investigación, que imbrica la perspectiva metodológica cualitativa y la orientación de pensamiento socio-crítica aplicada en el contexto del DE. A continuación, se describe el diseño de este estudio, que se desarrolló desde el curso escolar 2002/03 hasta el 2006/07, presentando a los participantes, los contextos de acción-formativa construidos, las técnicas de generación de datos utilizadas y, el procedimiento de análisis e interpretación de datos. Después, se pone especial interés en las voces de los participantes para ponerlas en discusión con lo que investigadores del campo han puesto de manifiesto con anterioridad sobre el poder formativo que ejerce la investigación-acción y, finalmente, se recogen las conclusiones principales obtenidas de este estudio.

Hydrology of western Collier County, Florida

The U.S. Geological Survey was requested in 1967 to locate areas that would most likely yield the greatest quantities of the best quality water to satisfy the projected municipal needs of western Collier County. The investigation included the following phases: (1) evaluation of existing data; (2) determination of the hydrologic and geologic characteristics of the subsurface materials; (3) collection of miscellaneous discharge data in the inland canal complex and interpretation of the data; and (4) determination of the quality of water. (PDF has 40 pages)

Fisheries management

These Guidelines have been produced to support the implementation of Article 7 of the Code of Conduct for Responsible Fisheries, with some reference to Article 12. They are addressed primarily to the decision-makers within fisheries management authorities and other interest groups, including fishing companies, fishers' organizations, concerned non-governmental organizations and others. The Guidelines provide a background to the need for fisheries management and an introduction to the activities encompassed by fisheries management. They introduce the major constraints experienced in fisheries and fisheries management and some of the fundamental concepts related to these. Biological, environmental, technological, socio-cultural and economic constraints and concepts are examined. Information is fundamental to responsible fisheries management and these Guidelines put emphasis on the range of data required for informed decisionmaking and examine aspects of the collection and interpretation of these data. Data are discussed in terms of three suggested scales in fisheries management: fisheries policy and development planning, formulation of management plans and implementation of management action. The range of possible management actions is outlined. This includes technical measures, such as gear restrictions, and more direct approaches in the form of direct catch limitation or effort limitation. The problems associated with open access fisheries are explained and comments made on the means to limit access and obstacles which may be encountered in this process. Finally, the Guidelines examine the management process. This section covers the process of agreeing on a management plan for a fishery, including the need for consultation and, where appropriate, cooperative decision-making. The need for periodic review of management plans is stressed. The importance of an effective legal framework, institutional and administrative structures and monitoring control and surveillance are described. (PDF contains 91 pages)

Internationales Otolithen-Symposium in Australien

The Third International Symposium on Fish Otolith Research and Application in Townsville, Australia, from 11 to 16 July 2004, gathered around 300 scientists from 30 nations (http://www.otolith2004.com). Mayor topics were: structure of otoliths and function; micro-Chemitry and composition; determination of age and growth and their validation; de-termination of age in fish from tropical habitats; influence of climate, ecology and population biology; statistik and modelling; stock assessment and fishery management; quality control in institutions carrying out age determinations, and data processing; and development of technologies. The symposium was preceeded by a workshop at the James Cook University, Townsville, to enhance the knowledge and skill of participants in theoretrical and practical aspects for prearation of otoliths and interpretation of annuli; difficulties in interpreting age in tropical fish; daily increments as well as shape and image analysis.

Technologies for Measuring Currents in Coastal Environments, Portland, Maine, October 26-28, 2005:workshop proceedings

The Alliance for Coastal Technologies (ACT) Workshop entitled "Technologies for Measuring Currents in Coastal Environments" was held in Portland, Maine, October 26-28, 2005, with sponsorship by the Gulf of Maine Ocean Observing System (GoMOOS), an ACT partner organization. The primary goals of the event were to summarize recent trends in nearshore research and management applications for current meter technologies, identify how current meters can assist coastal managers to fulfill their regulatory and management objectives, and to recommend actions to overcome barriers to use of the technologies. The workshop was attended by 25 participants representing state and federal environmental management agencies, manufacturers of current meter technologies, and researchers from academic institutions and private industry. Common themes that were discussed during the workshop included 1) advantages and limitations of existing current measuring equipment, 2) reliability and ease of use with each instrument type, 3) data decoding and interpretation procedures, and 4) mechanisms to facilitate better training and guidance to a broad user group. Seven key recommendations, which were ranked in order of importance during the last day of the workshop are listed below. 1. Forums should be developed to facilitate the exchange of information among users and industry: a) On-line forums that not only provide information on specific instruments and technologies, but also provide an avenue for the exchange of user experiences with various instruments (i.e. problems encountered, cautions, tips, advantages, etc). (see References for manufacturer websites with links to application and technical forums at end of report) b) Regional training/meetings for operational managers to exchange ideas on methods for measuring currents and evaluating data. c) Organize mini-meetings or tutorial sessions within larger conference venues. 2. A committee of major stakeholders should be convened to develop common standards (similar to the Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE) committee) that enable users to switch sensors without losing software or display capabilities. (pdf contains 28 pages)

Uso de la Realidad Aumentada para facilitar la lectura e interpretación de planos

[ES] Este proyecto genera productos adicionales de trabajos también disponibles en el repositori, en concreto:

Report of the Inter-American Tropical Tuna Commission for the year 1952

ENGLISH: The Inter-American Tropical Tuna Commission, established by a Convention between the United States and Costa Rica, has as its purpose the collection and interpretation of information which will facilitate maintaining, at levels of maximum sustained yield, the populations of tropical tunas in the Eastern Pacific and of the bait species used in their capture. To this end, the Commission is directed by the Convention to undertake investigations of the tunas and bait species, and to make recommendations for joint action by the member governments designed to attain the objectives of the Convention. The year 1952 is the second since the initiation of the investigations of the Commission. The Commission was organized in 1950. Its program of investigations ~as outlined and work commenced during 1951. The work during 1952 has been a continuation and logical development of the research commenced the previous year. SPANISH: La Comisión Interamericana del Atún Tropical, establecida por una Convención entra Costa Rica y los Estados Unidos de América, tiene como deberes recolectar e interpretar la información que facilite el mantenimiento, a niveles de una contínua producción máxima, de las poblaciones de las especies tropicales de atún en el Pacífico Oriental y de los peces de carnada que se emplean para su pesca. Con este propósito la Comisión se encarga, en conformidad con los términos de la antes expresada Convención de efectuar investigaciones sobre los atunes y mencionadas especies de carnada, y de hacer recomendaciones a los Gobiernos Miembros a fin de que pueden tomar una acción conjunta que les permita obtener los resultados que el citado Convenio persigue. El año 1952 es el segundo desde la iniciación de las investigaciones de la Comisión. Esta fué organizada en 1950. Durante 1951 se preparó el programa de estudios y se comenzaron los trabajos. La tarea realizada en el año 1952 ha sido una continuación y lógico desarrollo de las investigaciones empezadas en el año anterior. (PDF contains 61 pages.)

Enfrentando mudanças e valorizando a vida - uma referência para a enfermeira no cuidado à mulher submetida à cirurgia ginecológica

Diversos estudos que abordam as repercussões das cirurgias ginecológicas na vida da mulher apontam para uma relação existente com aspectos subjetivos, em virtude da construção social da identidade feminina, indicando que a perda de órgãos ginecológicos pode interferir na maneira da mulher se perceber e se relacionar com o mundo. O presente estudo tem como objeto o processo de interação da mulher no contexto das cirurgias ginecológicas. Para isso foram formulados os objetivos: Descrever os significados da cirurgia ginecológica para a mulher submetida a este procedimento e Analisar o processo de interação da mulher com ela mesma e com o seu núcleo social a partir dos significados por ela atribuídos à cirurgia ginecológica, considerando o fenômeno da mutilação. O estudo de natureza qualitativa, do tipo descritivo-exploratório, teve como referencial teórico-metodológico o Interacionismo Simbólico e a Grounded Theory, que subsidiaram uma interpretação da ação e das relações das mulheres no contexto da cirurgia ginecológica e da mutilação, baseados na definição e interpretação de significados por elas atribuídos. Dos resultados emergiram quatro categorias: Investigando a doença e decidindo aceitar a cirurgia, A passagem pela cirurgia: vivendo o processo de resolução do problema, Enfrentando as mudanças impostas pela cirurgia e Valorizando a vida. Evidenciou-se que ao receber o diagnóstico da doença, a mulher interage com dúvidas, medos, a busca por informação e pelos benefícios da cirurgia, e por fim decide aceitá-la. Ao passar pela cirurgia, vivencia incômodos, complicações, compreende que perdeu uma parte do corpo e procura conformar-se, tentando crer que foi o único caminho. As diversas mudanças que ocorrem fazem-na construir novos significados e mudar a percepção de si e do seu meio social, a partir da interação consigo mesma e com este meio, fazendo-a refletir sobre a sexualidade, seus relacionamentos, sua saúde, a diferença no corpo e em si mesma, nas funções que desempenha e sobre a mutilação provocada pela cirurgia. O desenvolvimento de mecanismos de enfrentamento, como comparar sua cirurgia e histórias com outras, identificar aprendizados com a experiência, buscar formas de superação e resignar-se resultaram na valorização da vida e na vontade de viver melhor. Percebe-se a importância da enfermeira estabelecer um cuidado multidimensional, que identifique as necessidades que vão além do corpo biológico, respeitando as particularidades e a individualidade no momento do cuidado e contribuindo para o bem-estar físico, psíquico, social e espiritual das mulheres.

A luta das enfermeiras por um espaço na FAB: a turma pioneira de oficiais (1981-1984)

Este estudo, de cunho histórico-social, tem como objeto a inserção de enfermeiras como oficiais da Força Aérea Brasileira (FAB) por meio do pioneiro Quadro Feminino de Oficiais (QFO). O marco inicial do estudo refere-se ao início do Estágio de Adaptação militar, em 02 de agosto de 1982 no Centro de Instrução Especializada da Aeronáutica (CIEAR), localizado na cidade do Rio de Janeiro. O marco final do estudo diz respeito ao término do período inicial obrigatório de dois anos de cumprimento de serviço ativo dessas enfermeiras, que culminou com a promoção das mesmas ao posto de 1Tenente (1984). Os objetivos do estudo são: descrever as circunstâncias de inserção das enfermeiras no processo seletivo do QFO, analisar o processo de incorporação do habitus militar durante o Estágio de Adaptação, e discutir as estratégias de luta das enfermeiras militares para ocuparem seus lugares devidos nos hospitais da FAB. A técnica de coleta de dados utilizada foi a entrevista e ocorreu no período de abril a maio de 2009 em hospitais da FAB da cidade do Rio de Janeiro. Foram entrevistadas cinco enfermeiras militares da primeira turma do QFO. O estudo foi cadastrado no SISNEP e aprovado pelo Comitê de Ética da FAB. Todos os sujeitos assinaram o Termo de consentimento livre e esclarecido e o Termo de doação de depoimento oral. O método utilizado foi o da História oral temática o referencial teórico do estudo foi baseado no pensamento do sociólogo francês Pierre Bourdieu, cujos conceitos de poder simbólico, habitus, campo, espaço social e violência simbólica sustentaram a construção desta dissertação. Para a análise e interpretação dos dados, seguimos os passos propostos por Maria Cecília Minayo de ordenação de dados, que compreendeu a transcrição na íntegra dos depoimentos; classificação cronológica e temática dos documentos escritos; classificação dos dados e a análise final. Evidenciou-se que diversos motivos incentivaram as enfermeiras a almejarem sua inserção na FAB como a boa remuneração, estabilidade financeira, progressão profissional, desbravamento de um novo campo de trabalho, clientela diferenciada, aposentadoria com salário integral e pioneirismo na FAB. O objetivo do Estágio de Adaptação militar foi inculcar do habitus militar nas candidatas a partir de ensinamentos baseados na hierarquia, disciplina, ética, dever e compromisso militar. Ao se inserirem nos hospitais da FAB, as enfermeiras receberam diversos cargos e funções, galgando um poder simbólico sobre a equipe de enfermagem. As inevitáveis lutas simbólicas dessas enfermeiras ocorreram com os médicos militares, com a equipe de enfermagem, com as enfermeiras civis e com a própria administração do hospital, e revelaram aspectos característicos de violência simbólica desencadeada por lutas de gênero e pela manutenção do poder, visto que as enfermeiras, dotadas de status de chefe e de militar, se inseriram num campo eminentemente masculino.

Konexio konikodun hortzetako inplanteak: ateratze indarraren zehaztapena. Eredu analitikoa eta saiakuntza esperimentalak

[EU]Txosten honetan konexio konikodun hortzetako inplante baten eraginkortasuna aztertzen da. Zehatzagoak izanik, inplante bat ahotik kanporatu ahal izateko beharrezkoa den indarra aztertu egiten da, kontuan hartuz aldagai horren balioa ezagutzea ezinbestekoa dela pazientearen osasuna eta konforta ziurtatzeko. Proiektu honek zein eremutan garrantzia edukiko duen ikusteko, lehenik eta behin testuingurua deskribatuko da. Horren ondoren helburu nagusiak eta onura zientifiko-tekniko zein ekonomikoak adieraziko dira. Helburuak lortzeko posibleak diren bide desberdinak aztertuko dira, eta bakoitzaren abantailak eta desabantailak kontuan hartuz kasu honi hobeto egokitzen zaion alternatiba aukeratuko da. Jarraian, metodo horri dagokion azalpenari ekingo zaio, proiektuaren garapenean egindako lanak pausoz pauso deskribatuz. Proiektuaren hasieratik amaierara arte egindako lanen planifikazioa era argi batean adierazteko Gantt diagrama erabiliko da. Bertan hiru etapa nagusi ezberdindu daitezke: saiakuntzen aurre-diseinua, kanpaina esperimentala eta emaitzen interpretazioa. Azkenik, egindako saiakuntzen eta analisien emaitzak laburbilduko dira, horiek dakartzaten ondorioak azalduz. Puntu honekin hasiera batean planteatutako helburuei erantzun bat emango zaie, eta proiektu honen ondoren jarraitu ahal izango diren hurrengo pausoak aipatuko dira.

Thermopower in Two-Dimensional Electron Systems

The subject of this thesis is the measurement and interpretation of thermopower in high-mobility two-dimensional electron systems (2DESs). These 2DESs are realized within state-of-the-art GaAs/AlGaAs heterostructures that are cooled to temperatures as low as T = 20 mK. Much of this work takes place within strong magnetic fields where the single-particle density of states quantizes into discrete Landau levels (LLs), a regime best known for the quantum Hall effect (QHE). In addition, we review a novel hot-electron technique for measuring thermopower of 2DESs that dramatically reduces the influence of phonon drag.

Early chapters concentrate on experimental materials and methods. A brief overview of GaAs/AlGaAs heterostructures and device fabrication is followed by details of our cryogenic setup. Next, we provide a primer on thermopower that focuses on 2DESs at low temperatures. We then review our experimental devices, temperature calibration methods, as well as measurement circuits and protocols.

Latter chapters focus on the physics and thermopower results in the QHE regime. After reviewing the basic phenomena associated with the QHE, we discuss thermopower in this regime. Emphasis is given to the relationship between diffusion thermopower and entropy. Experimental results demonstrate this relationship persists well into the fractional quantum Hall (FQH) regime.

Several experimental results are reviewed. Unprecedented observations of the diffusion thermopower of a high-mobility 2DES at temperatures as high as T = 2 K are achieved using our hot-electron technique. The composite fermion (CF) effective mass is extracted from measurements of thermopower at LL filling factor ν = 3/2. The thermopower versus magnetic field in the FQH regime is shown to be qualitatively consistent with a simple entropic model of CFs. The thermopower at ν = 5/2 is shown to be quantitatively consistent with the presence of non-Abelian anyons. An abrupt collapse of thermopower is observed at the onset of the reentrant integer quantum Hall effect (RIQHE). And the thermopower at temperatures just above the RIQHE transition suggests the existence of an unconventional conducting phase.

Quantum Electromechanics with Two Tone Drive

In the field of mechanics, it is a long standing goal to measure quantum behavior in ever larger and more massive objects. It may now seem like an obvious conclusion, but until recently it was not clear whether a macroscopic mechanical resonator -- built up from nearly 10¹³ atoms -- could be fully described as an ideal quantum harmonic oscillator. With recent advances in the fields of opto- and electro-mechanics, such systems offer a unique advantage in probing the quantum noise properties of macroscopic electrical and mechanical devices, properties that ultimately stem from Heisenberg's uncertainty relations. Given the rapid progress in device capabilities, landmark results of quantum optics are now being extended into the regime of macroscopic mechanics.

The purpose of this dissertation is to describe three experiments -- motional sideband asymmetry, back-action evasion (BAE) detection, and mechanical squeezing -- that are directly related to the topic of measuring quantum noise with mechanical detection. These measurements all share three pertinent features: they explore quantum noise properties in a macroscopic electromechanical device driven by a minimum of two microwave drive tones, hence the title of this work: "Quantum electromechanics with two tone drive".

In the following, we will first introduce a quantum input-output framework that we use to model the electromechanical interaction and capture subtleties related to interpreting different microwave noise detection techniques. Next, we will discuss the fabrication and measurement details that we use to cool and probe these devices with coherent and incoherent microwave drive signals. Having developed our tools for signal modeling and detection, we explore the three-wave mixing interaction between the microwave and mechanical modes, whereby mechanical motion generates motional sidebands corresponding to up-down frequency conversions of microwave photons. Because of quantum vacuum noise, the rates of these processes are expected to be unequal. We will discuss the measurement and interpretation of this asymmetric motional noise in a electromechanical device cooled near the ground state of motion.

Next, we consider an overlapped two tone pump configuration that produces a time-modulated electromechanical interaction. By careful control of this drive field, we report a quantum non-demolition (QND) measurement of a single motional quadrature. Incorporating a second pair of drive tones, we directly measure the measurement back-action associated with both classical and quantum noise of the microwave cavity. Lastly, we slightly modify our drive scheme to generate quantum squeezing in a macroscopic mechanical resonator. Here, we will focus on data analysis techniques that we use to estimate the quadrature occupations. We incorporate Bayesian spectrum fitting and parameter estimation that serve as powerful tools for incorporating many known sources of measurement and fit error that are unavoidable in such work.