Begomovírus de plantas de pimentão e tomate no Estado de São Paulo: ocorrência, variabilidade, identificação de biótipos de bemisia tabaci e de resistência em capsicum spp

Pós-graduação em Agronomia (Proteção de Plantas) - FCA

Variabilidade fenótipica e interação com polinizadores ao longo de um gradiente latitudinal em Zeyheria montana Mart. (Bignoniaceae)

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Botânica) - IBB

Marcadores moleculares na identificação de híbridos e introgressão genética em populações de Pseudoplatystoma corruscans e Pseudoplatystoma reticulatim

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Polimorfismo genético-molecular de diferentes populações de cateto (Mammalia – Dicotylidae – Tayassu tajacu), Brasil

O estudo de populações naturais é imprescindível para compreendermos melhor a sua dinâmica, importância no ecossistema, necessidade de recursos, nível de preservação das espécies, entre outras. O cateto (Tayassu tajacu), apesar de possuir ampla distribuição geográfica e ocupar diversos tipos de habitats, pode sofrer alterações no equilíbrio de suas populações devido às grandes pressões sofridas pela caça e alterações ambientais. Vale lembrar que o sucesso reprodutivo de muitas espécies vegetais está ligado à disseminação de frutos e sementes realizada pelo cateto. Considerando a necessidade de preservação das espécies silvestres, a aplicação de metodologias moleculares é uma das formas de sabermos como se encontra a diversidade genética dessas populações e, a partir daí, criarmos medidas para trabalhos conservacionistas. Nesse sentido, o objetivo deste trabalho foi identificar o nível de polimorfismo genético-molecular entre diferentes populações de Tayassu tajacu no Brasil, demonstrando como essas populações, sujeitas a tantas interferências, encontram-se na natureza. Foram analisadas amostras de 17 indivíduos referentes a oito localidades do Brasil (Cascavel - PR, Foz do Iguaçu - PR, Cuiabá - MT, Ariquemes - RO, Rio Branco - AC, Manaus - AM, Belém - PA, e Carajás - PR). O polimorfismo foi identificado com marcadores de RAPD. Foram testados 38 primers, sendo que desses apenas nove forneceram as 30 marcas polimórficas para o estudo. Foi possível notar que a maioria dos indivíduos da mesma população ou de populações próximas não são os mais semelhantes entre si. Indivíduos de localidade distantes, como os de Foz de Iguaçu (PR) e Manaus (AM) mostraram-se mais semelhantes entre si do que com os animais das suas próprias populações. A variabilidade entre os indivíduos...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Indicadores de sustentabilidade para conservação genética de Erythrina velutina Willd., em área de mata ciliar

One of the greatest challenges for the agricultural system is to establish agricultural production combined with the conservation of genetic resources, mainly aiming to protect the Permanent Preservation Areas. In this context, mulungu ( Erythrina velutina Willd), among other native species, has been suffering with anthropogenic pressures in various ecosystems, causing reductions in its genetic basis. This work aims to identify ecological and genetic population parameters as indicators of sustainability in two natural populations of mulungu, located in riparian forest, in the state of Sergipe, and to assess the tendency to their sustainability, aiming genetic conservation of the species. The matrix of Pressure-State-Impact/Effect-Response (PEI/ER) was used with the selection of 13 indicators, from the use of RAPDmolecular markers and biochemical (enzymes) markers in populations, in order to present them as relevant information to measure progress as for sustainability and conservation ofmulungu. The studied populations presented low tendency to sustainability, requiring strategies to change this status.

Caracterização morfológica e divergência genética em acessos de meloeiro

Pós-graduação em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas) - FCAV

Estudo da variabilidade da região codificadora e 3'não traduzida do gene HLA-F no Brasil

Pós-graduação em Patologia - FMB

Estudo da variabilidade da região codificadora e 3'não traduzida do gene HLA-F no Brasil

Pós-graduação em Patologia - FMB

Variabilidade na coordenação motora: uma abordagem centrada no delineamento gemelar

O propósito deste estudo foi estimar a contribuição dos fatores genéticos e ambientais na variabilidade do desempenho interindividual na coordenação motora. A amostra foi constituída por 64 pares de gêmeos portugueses, com idades entre cinco e 14 anos. Avaliou-se o desempenho da coordenação através das quatro provas da bateria KTK: equilíbrio à retaguarda (ER); saltos monopedais (SM); transposição lateral (TL); saltos laterais (SL). Calculou-se o coeficiente de correlação intraclasse (t), sendo estimada a contribuição dos fatores genéticos (a²), ambientais comuns (c²) e únicos (e²). Os resultados mostram valores de t mais elevados entre gêmeos monozigóticos, sugerindo presença de fatores genéticos. Entretanto, estimativas de a² foram baixas, variando entre 15% (TL) e 41% (SM), enquanto para c² situaram-se entre 46% (SL) e 58% (TL), e para e² entre 11% (SM) e 28% (TL). Conclui-se que fatores ambientais são responsáveis pela maior parcela de influência na variabilidade do desempenho na coordenação motora.

Estudio de la estabilidad genética asociada a los procesos de crioconservación de ápices de menta

La crioconservación se ha descrito como una técnica de conservación ex situ a largo plazo que ha sido aplicada con éxito a numerosas especies, y resulta especialmente importante en aquellas con propagación vegetativa, infértiles o amenazadas, en las que sistemas de conservación ex situ más sencillos, como los bancos de semillas, no son posibles. También presenta ventajas frente a la conservación in vitro, ya que logra disminuir o eliminar problemas como la excesiva manipulación del material, evitando los subcultivos periódicos y disminuyendo así el riesgo de contaminaciones y de aparición de variación somaclonal. Sin embargo, someter al material vegetal a los procedimientos que implica la crioconservación provoca distintos estreses. Entre ellos, el estrés oxidativo puede potencialmente producir daños en membranas, proteínas, carbohidratos y en el ADN. En este trabajo se han evaluado diversos sistemas de crioconservación en ápices de Mentha × piperita L., híbrido estéril entre Mentha aquatica L. y Mentha spicata L. Se han utilizado ápices de dos genotipos (‘MEN 186’y ‘MEN 198’) en los cuales se compararon dos técnicas de crioconservación, encapsulación-deshidratación y vitrificación-droplet. El análisis de la supervivencia y capacidad de regeneración del material sometido a los tratamientos de crioconservación, junto con el análisis de la estabilidad genética de dicho material mediante marcadores moleculares (RAPD y AFLP) han permitido comparar los distintos protocolos y tratamientos establecidos. El estudio sobre el tipo de protocolo empleado reveló una mayor variabilidad genética en la técnica de encapsulación-deshidratación, especialmente en el genotipo ‘MEN 186’, ya que ‘MEN 198’ resultó ser más estable en todos los análisis. La inestabilidad encontrada en esta técnica no fue exclusiva de aquellos explantos crioconservados, sino que los pasos previos a la inmersión en nitrógeno líquido (NL) también provocaron variaciones en el ADN. Según el tipo de muestra analizada se encontraron diferencias en la estabilidad: muestras provenientes de callos presentaron una mayor inestabilidad que aquellas de hojas (brotes). Se utilizaron tres medios para la recuperación de los ápices tras la crioconservación con el uso de diferentes combinaciones de reguladores de crecimiento: “Reed” (0,5 mgL-1 6-bencilaminopurina, BAP), “Senula” (0,5 mgL-1 6-dimetilalilamino-purina, 2-iP + 0,1 mgL-1 ácido α-naftalen-acético, ANA) y “Nudos” (0,5 mgL-1 BAP + 0,1 mgL-1ANA). El medio “Reed” produjo un aumento en la supervivencia y recuperación de los ápices en ambos genotipos y técnicas, y disminuyó la formación de callo. Sin embargo, no tuvo un efecto significativo en la estabilidad genética. El medio “Senula” provocó una mayor estabilidad genética en el genotipo más inestable, ‘MEN 186’. Para reducir el daño oxidativo producido durante la encapsulación-deshidratación, e incrementar la recuperación de los ápices manteniendo su estabilidad genética, se comparó el efecto de añadir sustancias antioxidantes en el precultivo de los ápices (ácido ascórbico, vitamina E y glutatión). No se obtuvo la respuesta esperada y estos tratamientos no presentaron efectos significativos tanto en la estabilidad como en la recuperación. Para entender mejor qué sucede durante todo el proceso de encapsulación-deshidratación, se evaluó cada paso del protocolo por separado y su efecto en la estabilidad y la recuperación. Además, se determinó el estado de oxidación en cada etapa mediante la cuantificación de malondialdehído y la detección de la formación de radicales libres (mediante el ensayo del ácido tiobarbitúrico, y sondas fluorescentes específicas, respectivamente). Se determinó que a partir de los primeros pasos se genera estrés oxidativo, el cual aumenta a medida que se avanza por el protocolo hasta la inmersión en nitrógeno líquido. Esto se ve reflejado en la disminución progresiva tanto de la recuperación como de la estabilidad genética. Con el uso de antioxidantes en el precultivo (ácido ascórbico y vitamina E) no se obtuvo un efecto positivo en el mantenimiento de la estabilidad genética, y tan sólo con el uso de vitamina E se observó una recuperación mayor en uno de los pasos estudiados (después de la desecación). Sin embargo, cuando se utilizó ácido ascórbico durante el precultivo o la deshidratación osmótica se consiguió disminuir de forma significativa la formación de MDA y la acumulación del radical superóxido (O2•-) en la mayoría los pasos analizados, aunque esta reducción no parece tener un efecto directo en la estabilidad genética del material recuperado. ABSTRACT Cryopreservation has been described as an effective technique for the long term of ex situ conservation that has been successfully applied to numerous species, and is of especial relevance for those with vegetative propagation, infertile or endangered, in which simpler systems of ex situ conservation, such as seed banking, are not feasible. It also has advantages over in vitro conservation, as it reduces or eliminates excessive material handling, avoids periodic subcultures and thus limits the risk of contamination and the appearance of somaclonal variation. However, plant material is subjected to different treatments involved in the cryopreservation procedures, which impose several stresses. Among them, oxidative stress can potentially cause damage to membranes, proteins, carbohydrates and DNA. In this work, two cryopreservation techniques have been evaluated in Mentha × piperita L. shoot tips, sterile hybrid between Mentha aquatica L. and Mentha spicata L. Two genotypes ('MEN 186' and 'MEN 198') were used to compare two techniques: encapsulation-dehydration and droplet-vitrification. The analysis of survival and recovery capacity of the material after the cryopreservation treatments, and the analysis of the genetic stability by molecular markers (RAPD and AFLP) have enabled the comparison between protocols and treatments. The study of the two cryopreservation procedures revealed a higher genetic variability in the encapsulation-dehydration technique, especially in genotype 'MEN 186', as 'MEN 198' was more stable in all analyses. The instability generated in this technique was not exclusive of cryopreserved explants, pretreatments prior to immersion in NL also caused DNA variations. The type of sampled plant material revealed also differences in the stability: callus samples showed greater instability than shoots. Three different culture media were used for the recovery of shoot tips after cryopreservation, using different combinations of growth regulators: "Reed" (0.5 mgL-1 6-benzylaminopurine, BAP), "Senula" (0.5 mgL-1 6-dimetilalilamino-purine, 2-iP + 0.1 mgL-1 α-naphthalene acetic acid, ANA) and "Nodes" (0.5 mgL-1 BAP + 0.1 mgL-1 ANA). "Reed" medium increased survival and recovery of shoot tips in both genotypes and techniques and decreased callus formation. However, it didn`t have a significant effect on genetic stability. "Senula" medium caused a higher genetic stability in the most unstable genotype, 'MEN 186'. To reduce oxidative damage during encapsulation-dehydration, and increase shoot tip recovery and maintain genetic stability, the effect of added antioxidants (ascorbic acid, vitamin E and glutathione) in the shoot tip preculture medium was studied. These treatments had no significant effect on both stability and recovery. To better understand the events during the encapsulation-dehydration process, the effect of each step of the protocol on stability and recovery was evaluated separately. Moreover, the oxidation level was determined by quantifying malondialdehyde (MDA) formation and detecting free radical accumulation (using the thiobarbituric acid assay, and specific fluorescent probes, respectively). The oxidative stress was detected from the first steps and increased throughout the protocol until the immersion in liquid nitrogen. This was also reflected in the gradual decline of recovery and genetic stability. The use of antioxidants (ascorbic acid and vitamin E) in the shoot tip preculture medium had no effect in maintaining genetic stability; only vitamin E increased recovery in one of the steps studied (after desiccation). However, when ascorbic acid was used during the preculture or during the osmotic dehydration, a significantly decrease was observed in MDA formation and superoxide radical accumulation in most of the steps analyzed, although this reduction did not seem to have a direct effect on the genetic stability of recovered material.

Variabilidade populacional em manguezais: análises moleculares e morfológicas em caranguejos Brachyura (Crustacea: Decapoda)

A análise da estruturação populacional de espécies codistribuídas permite a comparação de padrões de estruturação, fornecendo informações acerca dos fatores que influenciam a diferenciação em espécies pertencentes ao mesmo ecossistema. Este projeto teve como objetivo principal analisar a variabilidade intraespecífica em caranguejos habitantes de manguezais, codistribuídos ao longo do Oceano Atlântico Ocidental, por meio de ferramentas moleculares e morfológicas, visando testar a hipótese de elevada estruturação populacional em manguezais. Para este fim, cinco espécies foram utilizadas como modelo (Aratus pisonii, Goniopsis cruentata, Sesarma rectum, Uca thayeri e Ucides cordatus) e avaliadas por meio de marcadores mitocondriais COI e 16S e nuclear H3 e análises morfológicas comparativas e de morfometria. Os dados moleculares revelaram dois padrões, indicando elevada estruturação populacional para as espécies A. pisonii e U. thayeri e ausência de estruturação para G. cruentata, S. rectum e U. cordatus. Os dados morfológicos, no entanto, não acompanham esses padrões, já que não foram encontradas diferenças morfológicas ou morfométricas associadas aos grupos evidenciados pelas análises moleculares. A ausência de fluxo gênico entre regiões para algumas espécies deve-se, muito provavelmente, à existência de fatores que não se limitam ao isolamento por distância, mas também devido a diferenças na duração do estágio larval e a diferenças bruscas em alguns fatores abióticos, como a salinidade, por exemplo, que, associados às diferentes características do desenvolvimento larval de cada espécie, culminam na existência de estruturas populacionais diferentes. Além disso, os padrões de diferenciação genética observados concordam com os cenários biogeográficos propostos para o Atlântico Ocidental, no qual mudanças e flutuações geológicas, climáticas e oceanográficas, resultantes do fechamento do Istmo do Panamá e de ciclos glaciais na América do Norte, promoveram divergência genética.

Diversidade e estrutura genética de populações de batata da serra (Ipomoea serrana Sim.-Bianch. & L.V. Vasconcelos) da Chapada Diamantina, Bahia, utilizando marcadores ISSR

A batata-da-serra, Ipomoea serrana Sim.-Bianch. & L.V. Vasconcelos, é uma liana endêmica da Chapada Diamantina, Bahia, cuja raiz tuberosa e consumida por populações humanas ha muitos anos. Apesar da espécie, classificada como vulnerável pela IUCN (União Internacional para a Conservação da Natureza), estar submetida à pressão antrópica devido à exploração de raízes tuberosas, para uso na alimentação, são raros os estudos com a espécie, razão pela qual e de grande importância conhecer a diversidade e estrutura genética da espécie. Estudos sobre diversidade e estrutura genética a partir de marcadores moleculares são importantes por fornecerem dados sobre impactos da exploração antrópica sobre as populações, podendo oferecer subsídio para planos de manejo e conservação de espécie. Cinco populações da Chapada Diamantina, constituindo um total de 142 indivíduos, foram investigados com quatro iniciadores Inter Simple Sequence Repeats (ISSR), resultando em 34 bandas, das quais 25 foram polimórficas. A analise dos parâmetros genéticos mostrou que as populações apresentam variabilidade moderada, com 73,8% de bandas polimórficas, 0,264 de índice de diversidade de Nei e 0,389 de índice de Shannon (valores médios). A maior parte da variação ocorreu dentro das populações (77%), estimado pela analise de variância molecular (AMOVA), enquanto que a variação entre populações foi de 23%, o que corroborou os resultados de estruturação obtidos pelo programa Structure, analise de coordenadas principais (PCoA) e agrupamento estimado pelo método Neighbor-Joining, a partir do coeficiente de dissimilaridade de Jaccard. A analise Bayesiana separou os indivíduos em quatro grupos, sendo que as populações Andaraí e Capão foram alocadas em grupos distintos, enquanto as outras três populações compartilharam indivíduos distribuídos em outros dois grupos. Este estudo, por seu caráter pioneiro com relação aos marcadores moleculares, constituiu o primeiro passo para o conhecimento da diversidade genética da espécie. Estudos futuros poderão ampliar o conhecimento sobre a espécie podendo oferecer subsidio para a elaboração de um plano de manejo para esta espécie que tem sido explorada na região.

Variabilidade intratípica de HPV 16 em relação à origem étnica e HLA de uma população de alto risco para o câncer do colo do útero

A infecção por papilomavirus é a principal causa de desenvolvimento de neoplasias intraepiteliais cervicais (NIC) e câncer do colo do útero (CCU). Estudos epidemiológicos têm demonstrado que a persistência do genoma viral encontra-se associado a variantes moleculares específicas de papilomavirus humano (HPV) de alto risco. As moléculas HLA de classe II têm um importante papel na resposta imune. Associações entre HLA e CCU ou infecção por HPV tem sido demonstrado em diferentes populações. O nosso objetivo foi verificar se a variabilidade de HLA-DRB1 e DQB1 estavam associada ao CCU e NIC III em mulheres de Belém, uma população formada pelos 3 principais grupos étnicos humanos e uma área de alto risco para o CCU no Norte do Brasil. Foi investigada a existência de diferenças na distribuição de alelos HLA entre mulheres com CCU e NIC III portadoras de diferentes variantes de HPV-16 e mulheres citologicamente normais. Os genes HLA DQB1 e DRB1 foram tipados pelo método de PCR-SSO em 95 casos e 287 controles de mulheres com citologia normal atendidas em um centro de prevenção do colo do útero na mesma cidade. As variantes de HPV-16 foram tipadas por sequenciamento de um fragmento da região controladora do genoma viral (LCR). O polimorfismo na posição 350 do gene E6 foi tipado baseado em um protocolo de hibridização em pontos, para identificar a alteração na posição 350T→G. A magnitude das associações foi estimada por odds ratio (OR) e os respectivos intervalos de confiança (IC), ajustados para potenciais fatores de confusão. Uma associação positiva foi observada entre CCU e os haplótipos DRB1* 150 l-DQB1*0602, DRB1*04-DQB1*0301 e DRB1*1602-DQB1*0301. Ao contrário, DRB1*01-DQB1*0501 mostrou um efeito protetor. Os alelos DRB1*0804, DQB1*0402 apresentaram efeito protetor contra positividade por HPV. O alelo DQB1*0502 e o grupo DRB1*15 foram positivamente associados. Os nossos resultados mostram que as associações positivas de DRB1*1501 e DRB1*1602 podem ser atribuídas a variantes asiático-americanas quando comparado a variantes européias. O risco conferido a DRB1*1501 foi encontrado associado tanto a variantes E6350G quanto a variantes E6350T, entretanto, o maior efeito foi devido às variantes E6250T. A associação positiva de DRB1*1602 foi significativa somente no grupo de mulheres positivas para E6350G. Estes resultados estão de acordo com a composição étnica da população estudada bem como um maior potencial oncogênico de certas variantes. Nossos dados sugerem que a contribuição dos alelos HLA na susceptibilidade genética ao CCU difere de acordo com a distribuição das variantes de HPV em uma dada região geográfica ou grupo étnico.

Características de virulência, resistência e diversidade genética de sorovares de Salmonella com impacto na saúde pública, isolados de frangos de corte no Brasil /

Salmonella Enteritidis, S. Typhimurium and S. Infantis are often associated with cases of human infections worldwide and is transmitted through consumption of contaminated food, particularly those of animal origin, especially chicken meat. This thesis was fractionated into three chapters, the first one relating to general considerations about the topics discussed in the following chapters. The second chapter aimed to evaluate virulence characteristics, antimicrobial resistance and the genetic similarity of 51 strains of S. Infantis isolated in samples of poultry origin from an industry located in the state of São Paulo, Brazil, during the 2009 to 2010 period. The third chapter aimed to analyze 111 strains of S. Enteritidis, 45 of Salmonella Typhimurium and 31 of Salmonella Typhimurium monophasic variant I 4, [5], 12:i:- isolated from chicken carcasses in different brazilian slaughterhouses from 2009 to 2011, and to estimate the risk to human health, based on the presence of virulence genes and antimicrobial resistance, correlating to the pathogenicity profiles (antimicrobial resistance and presence of virulence and resistance genes) with the genetic profile (ribogroup) of the isolates. To evaluate the antimicrobial susceptibility was performed the disk diffusion test for all serotypes of Salmonella, and exclusively to S. Enteritidis and S. Typhimurium, was also verified the minimum inhibitory concentration for ciprofloxacin and ceftazidime antibiotics. The presence of virulence genes invA (invasion), lpfA (fimbriae-adhesion), agfA (fimbriae-biofilm) and sefA (fimbriae-adhesion) were evaluated by PCR. The strains that showed resistance to antibiotics of β-lactams class were evaluated for the presence of resistance genes blaTEM, blaSHV, blaCTX-M and blaAmpC. For resistant strains to quinolones and fluoroquinolones antibiotics classes were searched the qnrA and qnrS genes. The phylogenetic relationship among the isolates was determined by RAPD method for S. Infantis strains, and by ribotyping technique to S. Enteritidis and S. Typhimurium.

Caracterização de frutos, divergência genética e estrutura espacial de jaboticabeiras nativas de fragmento florestal em Clevelândia - PR

To design strategies for the conservation and use of genetic resources of tree species such as jaboticaba tree, it is essential to make the characterization. In southwestern Paraná region, there are several forest fragments containing native jaboticaba tree (Plinia cauliflora), whose materials have broad potential for commercial orchards or breeding programs. As is the potential genetic diversity of a population to produce different genotypes, it would be able to start in such a characterization one of these fragments. The aim was to characterize fruits of jaboticaba tree (P. caulifora) of forest fragment kept in Clevelândia - PR for the presence of phenotypic variability, seeking to identify those superiors named for future selection as farming or male parent, as well as estimate genetic divergence between them, as a complementary tool for this purpose. Also, verify the regeneration and spatial distribution of the species. For the study was defined portion of a hectare (10.000 m²), with all individuals identified, mapped, with local coordinate system, and measured height and diameter. Fruits were characterized by sensory and biochemical characteristics in two years, 70 genotypes at 2013 and 56 at 2014, and of these 33 genotypes in both years. As a pre-selection criteria was adopted the choice of 20% of the genotypes that showed the highest frequency of superiority in the evaluated characteristics of the fruit. Genetic divergence among 33 genotypes per year was analyzed. The distribution pattern and spatial association was evaluated by Ripley's K function. It was classified for the first time the following ontogenetic stages of jaboticaba tree, by plant height, seedling (from 0.01 to 0.99 m), juvenile (1.0 to 4.99 m), immature (> 5.0 m, non-reproductive), adult (reproductive). It was also have been describe for the first time the naturally occurring juxtaposed seedlings, indicating polyembryony. The number of regenerating identified in the population (seedlings: n = 2163; juveniles: n = 330; immature: n = 59) was much larger than the number of adults (n = 132). The species showed reverse J-shaped size structure standard, with high concentration of regenerating. The regeneration distribution occurs in aggregate pattern and there is seedling-adult dependence, due seed dispersal and seedling emergence closest to mothers. The jaboticaba tree regeneration is sufficient to maintain the species for long term in this population, which should serve as reference to regeneration success for other studies of this important fruiting species from Ombrofile Mixed Forests. Has been pre-selected the jaboticaba trees 7, 42, 43, 47, 54, 91, 97, 104, 105, 118, 134, 153, 154, 157, 163, 169, 177, 186, 212, J7-01 and J7- 02, and 16 and 194 the ones that can now be selected by the superior characteristics of both cycles. It was recommended to carry out hybridization between genotypes 79 and 119, and 96 to 148. The quality of fruit analyzed showed potential for use as a dual purpose serving both in natura market or processing.