Exploring the Diversity of Physiology for Applications in Wastewater Treatment and Biofuels Production

A recently established strain collection of freshwater microalgae native to Quebec was examined for physiological diversity. The 100 strains appeared very heterogeneous in terms of growth when they were cultured at 10±2 °C or 22±2 °C on the secondary effluent from a municipal wastewater treatment plant (WW) and defined BBM medium. Scatterplots were used to examine the diversity in physiology that might be present in the collection. These showed a number of interesting results. There was a fair amount of dispersion in growth rates by media type independent of temperature. Surprisingly considering that all the isolates had been initially enriched on BBM, the distribution was quite symmetrical around the iso-growth line, suggesting that enrichment on BBM did not seem to bias the cells for growth on this medium versus WW. As well, considering that all the isolates had been initially enriched at 22 °C, it is quite surprising that the distribution of specific growth rates was quite symmetrical around the iso-growth line with roughly equal numbers of isolates found on either side. Thus enrichment at 22 °C does not seem to bias the cells for growth at this temperature versus 10°C. The scatterplots obtained when the percentage lipid of cultures grown on BBM were compared with cultures grown on WW at either 10 °C or 22 °C made it apparent that lipid production was favored by growth on WW at either temperature and that lipid production does not seem to be particularly favored by one temperature over the other. When the collection was queried for differences with respect to sampling location, statistical analysis showed that roughly the same degree of physiological diversity was found with samples from the two different aggregate locations.

Characterization of microalgae native to Quebec for biofuel production.

La production de biodiésel par des microalgues est intéressante à plusieurs niveaux. Dans le premier chapitre, un éventail de pour et contres concernant l’utilisation de microalgues pour la production de biocarburant sont ici révisés. La culture d’algues peut s'effectuer en utilisant des terres non-arables, de l’eau non-potable et des nutriments de base. De plus, la biomasse produite par les algues est considérablement plus importante que celle de plantes vasculaires. Plusieurs espèces on le contenu lipidique en forme de triacylglycérols (TAGs), qui peut correspondre jusqu'à 30% - 40% du poids sec de la biomasse. Ces proportions sont considérablement plus élevées que celui des huiles contenues dans les graines actuellement utilisées pour le biodiésel de première génération. Par contre, une production pratique et peu couteuse de biocarburant par des microalgues requiert de surpasser plusieurs obstacles. Ceci inclut le développement de systèmes de culture efficace à faible coût, de techniques de récupération requérant peu d’énergie, et de méthodes d’extraction et de conversion de l’huile non-dommageables pour l’environnement et peu couteuses. Le deuxième chapitre explore l'une des questions importantes soulevées dans le premier chapitre: la sélection d'une souche pour la culture. Une collection de souches de microalgues d'eau douce indigène au Québec a été établi et examiné au niveau de la diversité physiologique. Cette collection est composée de cent souches, que apparaissaient très hétérogènes en terme de croissance lorsque mises en culture à 10±2 °C ou 22±2 °C sur un effluent secondaire d’une usine municipale de traitement des eaux usées (EU), défini comme milieu Bold's Basal Medium (BBM). Des diagrammes de dispersion ont été utilisés pour étudier la diversité physiologique au sein de la collection, montrant plusieurs résultats intéressants. Il y avait une dispersion appréciable dans les taux de croissance selon les différents types de milieux et indépendamment de la température. De manière intéressante, en considérant que tous les isolats avaient initialement été enrichis sur milieu BBM, la distribution était plutôt symétrique autour de la ligne d’iso-croissance, suggérant que l’enrichissement sur BBM n’a pas semblé biaiser la croissance des souches sur ce milieu par rapport aux EU. Également, considérant que les isolats avaient d’abord été enrichis à 22°C, il est assez surprenant que la distribution de taux de croissance spécifiques soit aussi symétrique autour de la ligne d’iso-croissance, avec grossièrement des nombres égaux d’isolats de part et d’autre. Ainsi, l’enrichissement à 22°C ne semble pas biaiser les cellules vers une croissance à cette température plutôt que vers 10°C. Les diagrammes de dispersion obtenus lorsque le pourcentage en lipides de cultures sur BBM ont été comparées à des cultures ayant poussé sur EU soit à 10°C ou 22°C rendent évident que la production de lipides est favorisée par la culture sur EU aux deux températures, et que la production lipidique ne semble pas particulièrement plus favorisée par l’une ou l’autre de ces températures. Lorsque la collection a été examinée pour y déceler des différences avec le site d’échantillonnage, une analyse statistique a montré grossièrement que le même degré de diversité physiologique était retrouvé dans les échantillons des deux différents sites. Le troisième chapitre a poursuivi l'évaluation de la culture d'algues au Québec. L’utilisation de déchets industriels riches en nutriments minéraux et en sources de carbone pour augmenter la biomasse finale en microalgues et le produit lipidique à faible coût est une stratégie importante pour rendre viable la technologie des biocarburants par les algues. Par l’utilisation de souches de la collection de microalgues de l’Université de Montréal, ce rapport montre pour la première fois que des souches de microalgues peuvent pousser en présence de xylose, la source de carbone majoritairement retrouvée dans les eaux usées provenant des usines de pâte et papier, avec une hausse du taux de croissance de 2,8 fois par rapport à la croissance photoautotrophe, atteignant jusqu’à µ=1,1/jour. En présence de glycérol, les taux de croissance atteignaient des valeurs aussi élevées que µ=1,52/jour. La production lipidique augmentait jusqu’à 370% en présence de glycérol et 180% avec le xylose pour la souche LB1H10, démontrant que cette souche est appropriée pour le développement ultérieur de biocarburants en culture mixotrophe. L'ajout de xylose en cultures d'algues a montré certains effets inattendus. Le quatrième chapitre de ce travail a porté à comprendre ces effets sur la croissance des microalgues et la production de lipides. Quatre souches sauvages indigènes ont été obersvées quotidiennement, avant et après l’ajout de xylose, par cytométrie en flux. Avec quelques souches de Chlorella, l’ajout de xylose induisait une hausse rapide de l’accumulation de lipide (jusqu’à 3,3 fois) pendant les premières six à douze heures. Aux temps subséquents, les cellules montraient une diminution du contenu en chlorophylle, de leur taille et de leur nombre. Par contre, l’unique membre de la famille des Scenedesmaceae avait la capacité de profiter de la présence de cette source de carbone sous culture mixotrophe ou hétérotrophe sans effet négatif apparent. Ces résultats suggèrent que le xylose puisse être utilisé avant la récolte afin de stimuler l’augmentation du contenu lipidique de la culture d’algues, soit en système de culture continu ou à deux étapes, permettant la biorestauration des eaux usées provenant de l’industrie des pâtes et papiers. Le cinquième chapitre aborde une autre déché industriel important: le dioxyde de carbone et les gaz à effet de serre. Plus de la moitié du dioxyde de carbone qui est émis dans l'atmosphère chaque jour est dégagé par un processus stationnaire, soit pour la production d’électricité ou pour la fabrication industrielle. La libération de CO2 par ces sources pourrait être atténuée grâce à la biorestauration avec microalgues, une matière première putative pour les biocarburants. Néanmoins, toutes les cheminées dégagent un gaz différent, et la sélection des souches d'algues est vitale. Ainsi, ce travail propose l'utilisation d’un état de site particulier pour la bioprospection de souches d'algues pour être utilisé dans le processus de biorestauration. Les résultats montrent que l'utilisation d'un processus d'enrichissement simple lors de l'étape d'isolement peut sélectionner des souches qui étaient en moyenne 43,2% mieux performantes dans la production de biomasse que les souches isolées par des méthodes traditionnelles. Les souches isolées dans ce travail étaient capables d'assimiler le dioxyde de carbone à un taux supérieur à la moyenne, comparées à des résultats récents de la littérature.

Écologie et implications trophiques de la cyanobactérie Lyngbya wollei dans le fleuve Saint-Laurent

Les proliférations nuisibles de la cyanobactérie filamenteuse benthique Lyngbya wollei qui forme des tapis déposés sur les sédiments ont augmenté en fréquence au cours des 30 dernières années dans les rivières, lacs et sources de l'Amérique du Nord. Lyngbya wollei produit des neurotoxines et des composés organiques volatils (géosmin, 2-méthylisobornéol) qui ont des répercussions sur la santé publique de même que des impacts d'ordre socioéconomiques. Cette cyanobactérie est considérée comme un habitat et une source de nourriture de piètre qualité pour les invertébrés en raison de sa gaine robuste et de sa production de toxines. Les proliférations de L. wollei ont été observées pour la première fois en 2005 dans le fleuve Saint-Laurent (SLR; Québec, Canada). Nous avons jugé important de déterminer sa distribution sur un tronçon de 250 km afin d'élaborer des modèles prédictifs de sa présence et biomasse en se basant sur les caractéristiques chimiques et physiques de l'eau. Lyngbya wollei était généralement observé en aval de la confluence de petits tributaires qui irriguent des terres agricoles. L’écoulement d’eaux enrichies à travers la végétation submergée se traduisait par une diminution de la concentration d’azote inorganique dissous (DIN), alors que les concentrations de carbone organique dissous (DOC) et de phosphore total dissous (TDP) demeuraient élevées, produisant un faible rapport DIN :TDP. Selon nos modèles, DOC (effet positif), TP (effet négatif) et DIN :TDP (effet négatif) sont les variables les plus importantes pour expliquer la répartition de cette cyanobactérie. La probabilité que L. wollei soit présent dans le SLR a été prédite avec exactitude dans 72 % à 92 % des cas pour un ensemble de données indépendantes. Nous avons ensuite examiné si les conditions hydrodynamiques, c'est-à-dire le courant généré par les vagues et l'écoulement du fleuve, contrôlent les variations spatiales et temporelles de biomasse de L. wollei dans un grand système fluvial. Nous avons mesuré la biomasse de L. wollei ainsi que les variables chimiques, physiques et météorologiques durant trois ans à 10 sites le long d'un gradient d'exposition au courant et au vent dans un grand (148 km2) lac fluvial du SLR. L'exposition aux vagues et la vitesse du courant contrôlaient les variations de biomasses spatiales et temporelles. La biomasse augmentait de mai à novembre et persistait durant l'hiver. Les variations interannuelles étaient contrôlées par l'écoulement de la rivière (niveau d'eau) avec la crue printanière qui délogeait les tapis de l'année précédente. Les baisses du niveau d'eau et l'augmentation de l'intensité des tempêtes anticipées par les scénarios de changements climatiques pourraient accroître la superficie colonisée par L. wollei de même que son accumulation sur les berges. Par la suite, nous avons évalué l'importance relative de L. wollei par rapport aux macrophytes et aux épiphytes. Nous avons examiné l'influence structurante de l'échelle spatiale sur les variables environnementales et la biomasse de ces producteurs primaires (PP) benthiques. Nous avons testé si leur biomasse reflétait la nature des agrégats d'habitat basées sur l'écogéomorphologie ou plutôt le continuum fluvial. Pour répondre à ces deux questions, nous avons utilisé un design à 3 échelles spatiales dans le SLR: 1) le long d'un tronçon de 250 km, 2) entre les lacs fluviaux localisés dans ce tronçon, 3) à l'intérieur de chaque lac fluvial. Les facteurs environnementaux (conductivité et TP) et la structure spatiale expliquent 59% de la variation de biomasse des trois PP benthiques. Spécifiquement, les variations de biomasses étaient le mieux expliquées par la conductivité (+) pour les macrophytes, par le ratio DIN:TDP (+) et le coefficient d'extinction lumineuse (+) pour les épiphytes et par le DOC (+) et le NH4+ (-) pour L. wollei. La structure spatiale à l'intérieur des lacs fluviaux était la plus importante composante spatiale pour tous les PP benthiques, suggérant que les effets locaux tels que l'enrichissement par les tributaire plutôt que les gradients amont-aval déterminent la biomasse de PP benthiques. Donc, la dynamique des agrégats d'habitat représente un cadre général adéquat pour expliquer les variations spatiales et la grande variété de conditions environnementales supportant des organismes aquatiques dans les grands fleuves. Enfin, nous avons étudié le rôle écologique des tapis de L. wollei dans les écosystèmes aquatiques, en particulier comme source de nourriture et refuge pour l'amphipode Gammarus fasciatus. Nous avons offert aux amphipodes un choix entre des tapis de L. wollei et soit des chlorophytes filamenteuses ou un tapis artificiel de laine acrylique lors d'expériences en laboratoire. Nous avons aussi reconstitué la diète in situ des amphipodes à l'aide du mixing model (d13C et δ15N). Gammarus fasciatus choisissait le substrat offrant le meilleur refuge face à la lumière (Acrylique>Lyngbya=Rhizoclonium>Spirogyra). La présence de saxitoxines, la composition élémentaire des tissus et l'abondance des épiphytes n'ont eu aucun effet sur le choix de substrat. Lyngbya wollei et ses épiphytes constituaient 36 et 24 % de l'alimentation in situ de G. fasciatus alors que les chlorophytes, les macrophytes et les épiphytes associées représentaient une fraction moins importante de son alimentation. Les tapis de cyanobactéries benthiques devraient être considérés comme un bon refuge et une source de nourriture pour les petits invertébrés omnivores tels que les amphipodes.

The nuclear pore complex and its transporters : from virus-host interactors to subverting the innate antiviral immunity

Les virus ont besoin d’interagir avec des facteurs cellulaires pour se répliquer et se propager dans les cellules d’hôtes. Une étude de l'interactome des protéines du virus d'hépatite C (VHC) par Germain et al. (2014) a permis d'élucider de nouvelles interactions virus-hôte. L'étude a également démontré que la majorité des facteurs de l'hôte n'avaient pas d'effet sur la réplication du virus. Ces travaux suggèrent que la majorité des protéines ont un rôle dans d'autres processus cellulaires tel que la réponse innée antivirale et ciblées pas le virus dans des mécanismes d'évasion immune. Pour tester cette hypothèse, 132 interactant virus-hôtes ont été sélectionnés et évalués par silençage génique dans un criblage d'ARNi sur la production interferon-beta (IFNB1). Nous avons ainsi observé que les réductions de l'expression de 53 interactants virus-hôte modulent la réponse antivirale innée. Une étude dans les termes de gène d'ontologie (GO) démontre un enrichissement de ces protéines au transport nucléocytoplasmique et au complexe du pore nucléaire. De plus, les gènes associés avec ces termes (CSE1L, KPNB1, RAN, TNPO1 et XPO1) ont été caractérisé comme des interactant de la protéine NS3/4A par Germain et al. (2014), et comme des régulateurs positives de la réponse innée antivirale. Comme le VHC se réplique dans le cytoplasme, nous proposons que ces interactions à des protéines associées avec le noyau confèrent un avantage de réplication et bénéficient au virus en interférant avec des processus cellulaire tel que la réponse innée. Cette réponse innée antivirale requiert la translocation nucléaire des facteurs transcriptionnelles IRF3 et NF-κB p65 pour la production des IFNs de type I. Un essai de microscopie a été développé afin d'évaluer l’effet du silençage de 60 gènes exprimant des protéines associés au complexe du pore nucléaire et au transport nucléocytoplasmique sur la translocation d’IRF3 et NF-κB p65 par un criblage ARNi lors d’une cinétique d'infection virale. En conclusion, l’étude démontre qu’il y a plusieurs protéines qui sont impliqués dans le transport de ces facteurs transcriptionnelles pendant une infection virale et peut affecter la production IFNB1 à différents niveaux de la réponse d'immunité antivirale. L'étude aussi suggère que l'effet de ces facteurs de transport sur la réponse innée est peut être un mécanisme d'évasion par des virus comme VHC.

Les Violettes rouges suivi de L'échec du système des genres dans La Maladie de la mort de Marguerite Duras

Le roman, Les Violettes rouges, met en scène une jeune femme cherchant vengeance à l'époque de la conquête de l'Ouest américain. Il joue sur les codes du western, tout en les transgressant, puisque le héros cow-boy et vengeur est une femme, Lou. Plus libre encore que les héros du western traditionnel, Lou s'approprie des éléments du « masculin » et du « féminin » pour incarner un corps puissant et sensuel qui sera vecteur de violence. Les systèmes hiérarchiques et injustes érigés par l'homme blanc se voient ébranlés par les actes de révolte de Lou. L'essai L'échec du système des genres dans La Maladie de la mort de Marguerite Duras explore, par le biais de la pensée de certains théoriciens féministes et par l'entremise de certaines questions sur les identités sexuées selon la catégorie d'analyse du gender, l'impossible rencontre entre l'homme et la femme du récit de Duras. L'échec du système double et duel entre le masculin et le féminin est exprimé, entre autres, par un système de voiles et de voilements, de regards aveugles, par un féminin fuyant et, ultimement, par un renversement des pouvoirs. Ici, la conception double des genres se voit remise en cause puisqu'elle rend stérile toute rencontre entre l'homme et la femme du récit et ultimement, entre le masculin et le féminin.

Fermentation of Prawn Shell Waste and Its Application of its Product as Dietary Ingredient for Penaeus Indicus (H. Milne Edwards)

This work envisages the fermentation of prawn shell waste into a more nutritious product with simpler components for application as a feed ingredient in aquaculture. This product would be a rich source of protein along with chitin, minerals, vitamins and N-acetyl glucosamine. A brief description of the various processing (chemical and bioprocess) methods employed for chitin, chitosan and single sell protein preparations from shell waste. It deals with the isolation of micro flora associated with prawn shell degradation. It describes the methods adopted for fermentation of prawn shell degradation and fermentation of prawn shell waste with the selected highly chitinoclastic strains. The comparison of SSF and SmF for each selected strain in terms of enrichment of protein, lipid and carbohydrate in the fermented product was done. Detailed analysis of product quality is discussed. The feed for mulation and feeding experiment explained in detail. Statistical analysis of various biogrowth parameters was done with Duncan’s multiple range test. Very briefly explains 28 days of feeding experiment. A method for the complete utilization of shell waste explains with the help of experiments.

OFFLINE AND ONLINE SOLID PHASE EXTRACTION/PRECONCENTRATION OF INORGANICS

Solid phase extraction (SPE) is a powerful technique for preconcentration/removal or separation of trace and ultra trace amounts of toxic and nutrient elements. SPE effectively simplifies the labour intensive sample preparation, increase its reliability and eliminate the clean up step by using more selective extraction procedures. The synthesis of sorbents with a simplified procedure and diminution of the risks of errors shows the interest in the areas of environmental monitoring, geochemical exploration, food, agricultural, pharmaceutical, biochemical industry and high purity metal designing, etc. There is no universal SPE method because the sample pretreatment depends strongly on the analytical demand. But there is always an increasing demand for more sensitive, selective, rapid and reliable analytical procedures. Among the various materials, chelate modified naphthalene, activated carbon and chelate functionalized highly cross linked polymers are most important. In the biological and environmental field, large numbers of samples are to be analysed within a short span of time. Hence, online flow injection methods are preferred as they allow extraction, separation, identification and quantification of many numbers of analytes. The flow injection online preconcentration flame AAS procedure developed allows the determination of as low as 0.1 µg/l of nickel in soil and cobalt in human hair samples. The developed procedure is precise and rapid and allows the analysis of 30 samples per hour with a loading time of 60 s. The online FI manifold used in the present study permits high sampling, loading rates and thus resulting in higher preconcentration/enrichment factors of -725 and 600 for cobalt and nickel respectively with a 1 min preconcentration time compared to conventional FAAS signal. These enrichment factors are far superior to hitherto developed on line preconcentration procedures for inorganics. The instrumentation adopted in the present study allows much simpler equipment and low maintenance costs compared to costlier ICP-AES or ICP-MS instruments.

Biogeochemistry of trace metals in the Indian EEZ of the Arabian Sea and Bay of Bengal

The present study has been initiated to unravel the distribution of trace metals and its geochemical behavior in the Indian EEZ of the Arabian Sea and Bay of Bengal. Trace metal accumulation in aquatic consumers is of interest to ecologists and environmentalists so as to understand the fate and effect of contaminants in the food web dynamics and the biogeochemical cycling of trace metals. It is well established that oceanic distribution of macronutrients such as nitrate, phosphate and silicate provide critical to biological growth and related geochemical processes. In this study it can be inferred, that there is a need for a better understanding of background informations on trace metal concentrations with respect to space and time and their fluctuations in the Arabian Sea and Bay of Bengal zooplankton. Without a sound knowledge on spatio-temporal fluctuations, it will be impossible to differentiate anthropogenic metal inputs from natural background concentrations with a routine biomonitoring programme. Fe, Cu, Zn, Cd & Pb showed a slight enrichment in zooplankton from the Arabian Sea during spring intermonsoon compared to intermonsoon fall. The relative enrichment of Fe, Cu & Zn in zooplankton from the Arabian Sea during intermonsoon spring than intermonsoon fall was due to favourable bioaccumulation factors of these elements during this season. Nevertheless this study can be looked upon as a starting point for further investigations on these biogeochemically important processes, which are vital in addressing the dynamics of productivity of waters.

Studies on the Bioactive Natural Antioxidants From Oilseeds

Antioxidants are substances that when present at low concentrations compared to that of an oxidisable substrate significantly delays or inhibits oxidation of that substrate in food products or in living systems. Antioxidants are either endogenous to the body or derived from the diet. Several types of synthetic antioxidants like BHT, BHA, TBHQ etc. are also used in the food industry. However, findings and subsequent publicity has fostered significant consumer resistance to the use of synthetic food additives as antioxidants, colourants etc. and therefore food industry is in search of potential natural antioxidants from edible sources.The major dietary sources of antioxidant phytochemicals are cereals, legumes, fruits, vegetables, oilseeds, beverages, spices and herbs. In the present study, we have focused on rice bran and its byproducts. Rice is one of the oldest of food crops and has been a staple food in India from very ancient times. It is also the staple food for about 60% of the world's population. Rice bran is a byproduct of the rice milling industry and is a potential commercial source of a healthy edible oil viz. rice bran oil and a variety of bio-active phytochemicals.Defatted rice bran (DRB), a byproduct of rice bran oil extraction, is also a good source of insoluble dietary fiber, protein, phytic acid, inosito I, vitamin B and a variety of other phytochemicals. Though the antioxidant potential of DRB has been demonstrated, it still remained a relatively unexplored source material, which demanded further investigation especially with regard to its detailed phytochemical profile leading to practical application. The focus of the present investigation therefore has been on DRB primarily to establish its phytochemical status and feasibility of using it as a source of bio-active phytochemicals and natural antioxidants leading to value addition of DRB otherwise used as cattle feed. To gain a better understanding of the value of rice bran as a source of phytochemicals, five popular rice varieties of the region viz. PTB 50, PTB 39, PTB 38, JA Y A, and MO 10 and a wild variety (oryza nivara) that is mainly used for medicinal applications in traditional ayurvedic system were characterized along with commercial samples of rice bran. The present study also explains the feasibility of a process for the extraction, enrichment, and isolation of antioxidant compounds from DRB. The antioxidant potential of the extracts were evaluated both in bulk oils and in food relevant model emulsions, using standard in vitro models. Radical scavenging effects, indicative of possible biological effects, were also evaluated.

Geochemistry of transition, non-transition and rare-earth elements in the surficial sediments of continental shelf of Kerala and an annex to the Cochin estuarine system

The metals present in the surface sediments have high demand on a global perspective, and the main reservoir of these elements is believed to be the ocean floor. A lot of studies on metals are going on throughout the world for its quantification and exploitation. Even though, some preliminary attempts have been made in selected areas for the quantitative study of metals in the western continental shelf of India, no comprehensive work has been reported so far. The importance of this study also lies on the fact that there has not been a proper evaluation of the impact of the Great Tsunami of 2004 on the coastal areas of the south India. In View of this, an attempt has been made to address the seasonal distribution, behavior and mechanisms which control the deposition of metals in the sediments of the western continental shelf and Cochin Estuary, an annex to this coastal marine region.Surface sediment samples were collected seasonally from two subenvironemnts of southwest coast of India, (continental shelf of Kerala and Cochin estuarine system), to estimate the seasonal distribution and geochemical behavior of non-transition, transition, rare-earth elements, Th and U. Bottom water samples were also taken from each station, and analysed for temperature, salinity and dissolved oxygen, hence the response of redox sensitive elements to oxygen minimum zone can be addressed. In addition, other sedimentary parameters such as sand, silt, clay fractions, CaCO3 and organic carbon content were also estimated to evaluate the control factors on level of metals present in the sediment. The study used different environmental data analysis techniques to evaluate the distribution and behavior of elements during different seasons. This includes environmental parameters such as elemental normalisation, enrichment factor, element excess, cerium and europium anomalies and authigenic uranium.

Physicochemical and molecular characterization of bacteriophages ΦSP-1 and ΦSP-3, specific for pathogenic Salmonella and evaluation of their potential as biocontrol agent

This thesis entitled Physicochemical and molecular characterization of bacteriophages ΦSP-1and ΦSP-3, specific for pathogenic Salmonella and evaluation of their potential as biocontrol agent . Salmonella were screened using standard methodologies from various environmental samples including chicken caecum. Salmonella strains, which were previously isolated and stocked in the lab, were also included in this study as host, for screening Salmonella specific lytic phages. The Salmonella strain in this study designated as S49 which helped in phage propagation by acting as host bacteria was identified as Salmonella enterica subsp. enterica by 16S rRNA gene analysis and serotyping . A total of three Salmonella specific phage named as ΦSP-1, ΦSP-2 and ΦSP-3 were isolated from chicken intestine samples via an enrichment protocol employing the double agar overlay method. ΦSP-1 and ΦSP-3 showing consistent lytic nature were selected for further study and were purified by repeated plating after picking of single isolated plaques from the lawns of Salmonella S49 plates. Both the phages produced small, clear plaques indicating their lytic nature. ΦSP-1 and ΦSP-3 were concentrated employing PEG-NaCl precipitation method before further characterization. The focus of present study was to isolate, characterize and verify the efficacy of lytic bacteriophages against the robust pathogen Salmonella, capable of surviving under various hostile conditions. Two phages, ΦSP-1 and ΦSP-3, belonging to two families, Podovoridae and Siphoviridae were isolated.

Studies on the macrobenthic community of Cochin backwaters with special reference to culture of Eriopisa chilkensis (Gammaridae-Amphipoda)

This thesis Entitled studies on the macrobenthic community of cochin backwaters with special reference to culture of eriopisa chilkensis (Gammaridae- amphipoda).Benthic organisms are usually studied for environmental impact assessment, pollution control and resource conservation. The benthic monitoring component has three major objectives: 1) characterize the benthic communities to assess the estuarine health, 2) determine seasonal and spatial variability in benthic communities, and 3) detect changes in the estuarine community through examination of changes in abundances of specific indicator taxa and other standard benthic indices.Cochin backwaters situated at the tip of the northern Vembanad lake is a tropical positive estuarine system. The backwaters of Kerala support as much biological productivity and diversity as tropical rain forest and are responsible for the rich fishery potential of Kerala. Backwaters also act as nursery grounds for commercially important prawns and fishes.The thesis has been subdivided into seven chapters. The first chapter gives a general introduction about the topic and also highlights the scope and purpose of the study. The second chapter covers the methodology adopted for the collection and analysis of water quality parameters, sediment and the macrobenthic fauna.Chapter 3 deals with hydrographic features, sediment characteristics and the spatial variation and abundance of macrobenthic fauna in the Cochin estuary.Chapter 4 explains the impact of organic enrichment on macrobenthic popUlation in the Cochin estuary and includes the comparison of the present data with the earlier work in this region.Chapter 5 deals with seasonal variability in abundance of macrobenthic species in the estuary. The study was conducted from 9 stations during three seasons (pre-monsoon, monsoon and post-monsoon) in 2003.Chapter 6 deals with Life history and Population Dynamics of Eriopisa chilkensis Chilton (Gammaridae-Amphipoda). The life cycle of the gammarid amphipod Eriopisa chilkensis from the Cochin estuary, south west coast of India was studied for the first time under laboratory conditions.

Studies on the ecology and productivity of saline lagoon

A perusal of the literature shows that most of the earlier works on the ecology and productivity from the Indian waters have been confined to the estuarine ecosystms and contiguous neritic and oceanic water bodies. Although some information is available on certain aspects of the envirornental parameters from the ‘coastal lagoon ecosystem‘, there is hardly any indepth study on the ecological and productivity problems from "derlict saline lagoonal environment" in India . In view of this, the researcher undertook a study on the subject "ecology and productivity“ of a typical “coastal saline lagoon"(Pilla;headan lagoon) situated along the southeast coast of India for a period of two years!-N11, 1982 to June, 1984) , and the results of the investigations are embodied in the present thesis entitled "studies on the ecology and productivity of saline lagoon‘.

Nutritional Requirements Of The Fry Of Gold-Spot Mullet Liza Parsa (Hamilton)

Most tropical aquatic environments are naturally fertile and their natural fertility is renewed very rapidly. Natural food for many cultivable organisms can be grown to the maximum by proper management. However, enrichment of the environment can be done through rational fertilization. Still further increase in stocking rates, can yield increased crop if adequate feeding is done. Thus fish and shellfish nutrition is an important aspect of the multidisciplinary subject of aquaculture. The oldest and most classical studies in physiology have investigated the nutritional needs of the species of interest to aquaculture. The alimentary requirements for proteins, lipids, mineral salts and vitamins have been established for some temperate species. But, the nutritional requirements of only few tropical species have been studied. Before formulating a diet, a thorough knowledge of the nutrient requirement of the species is essential. It is against this background that the present area of investigation has been identified. "Nutritional requirements of the fry of gold-spot mullet Liza parsia" is a comprehensive attempt to quantify the nutritional factors that are essential for producing healthy fingerlings for stocking the farms. Aspects such as the protein and lipid requirements of the fry, the vitamin essentiality, nutritive evaluation of protein and lipid sources suitable for compounding diets were covered in this research project. The ultimate aim has been to evolve practical diets which could be applied in the nursery phase for juvenile production.

Seoimentology And Geochemistiiy Of Some Selected Mangrove Ecosystems Of Kerala, Southwest Coast Of India

As a result of the issues of care and conservation and sustainable utilisation, the proper management of mangrove forests have become more pressing than ever. Much recent ecological and toxicological debate has been centered around the question of validity of making predictions about the future of mangrove ecosystemas a result of the newly evolved environmental policy. Though muchinformation exist on the biodiversity, floristic composition and characteristics, geographical distribution and uses of mangroves, systematic documentation of the various sedimentological and geochemical phenomena in relation to the mangrove flora are scarce. Hazardous, persistent, man-made chemicals and waste produces are entering the mangrove ecosystem at from the adjacent watersheds which strengthened alarming rates the indispensible need for further researches on the environmental behaviours, fate and the effect of such products. Studies on the effect of heavy metals, pesticides and the other toxic signals through bioassay and toxicity tests on mangrove species as well as in sediments definitely will furnish ample clues to establish the actual operative mechanisms of these environments. A thorough review of literature made in this angle reveals that some attempts have already been initiated the world over the record the physico-chemical characteristics of major abiotic components such as sediments and water of many mangrove ecosystem, however, adequate information is lacking in the Indian Environmental Science scenario. The present investigation is an attempt to record the sedimentological, mineralogical and geochemical characteristics of sediments as well as the heavy metal enrichment in the various species ofmangrove flora of three important mangrove ecosystems of Kerala, located at Veli (SouthKerala), Kochi (Central Kerala) and Kannur (North Kerala). The results of the above investigation have been analysed statistically, discussed based on the available literature and presented in this thesis under seven chapters