Aplicação da ressonância magnética de corpo inteiro para o estadiamento e acompanhamento de pacientes com linfoma de Hodgkin na faixa etária infanto-juvenil: comparação entre diferentes sequências

OBJETIVO: Comparar o desempenho das sequências T1, T2, STIR e DWIBS (difusão de corpo inteiro com supressão do sinal de fundo) na identificação de sítios caracterizados como acometidos pelo linfoma de Hodgkin nas cadeias linfonodais, órgãos parenquimatosos e medula óssea, e avaliar a concordância entre os examinadores. MATERIAIS E MÉTODOS: Foram estudados 12 pacientes com diagnóstico confirmado de linfoma de Hodgkin. Os pacientes foram encaminhados para o exame de ressonância magnética, sendo realizadas as sequências ponderadas em T1, T2, STIR e DWIBS. RESULTADOS: O número de sítios linfonodais caracterizados como acometidos nas sequências ponderadas em T1 e T2 apresentaram resultados semelhantes (8 sítios), mas inferiores às sequências STIR e DWIBS (11 e 12 sítios, respectivamente). Quanto ao acometimento da medula óssea, observaram-se os mesmos valores para as sequências T1, T2 e DWIBS (17 lesões), superiores ao valor encontrado na sequência STIR (13 lesões). Quando realizada a comparação entre os examinadores, nota-se que há alta concordância entre as quatro sequências. CONCLUSÃO: As sequências STIR e DWIBS detectaram maior número de linfonodos caracterizados como acometidos. Todas as sequências apresentaram resultados semelhantes na avaliação dos órgãos parenquimatosos e medula óssea. Em todas as sequências analisadas houve alta concordância entre os examinadores.

Sobrecarga de ferro transfusional em portadores de anemia falciforme: comparação entre ressonância magnética e ferritina sérica

OBJETIVO: Identificar variáveis preditoras de sobrecarga de ferro em portadores de anemia falciforme e correlacionar indicadores bioquímicos e imaginológicos. MATERIAiS E MÉTODOS: Foi realizado estudo transversal envolvendo 32 portadores de anemia falciforme, que foram submetidos a dosagem sérica de ferro, ferritina e a ressonância magnética do fígado. Foram realizadas cinco sequências gradiente-eco e uma spin-eco. A intensidade de sinal foi obtida em cada sequência pelas médias das regiões de interesse no fígado e musculatura paravertebral para obter a razão da intensidade de sinal (RIS) fígado/músculo. A partir da RIS foi obtida a concentração hepática estimada de ferro (CHEF) pela fórmula: e[5,808 - (0,877 × T2*) - (1,518 × PI)], onde T2* é a RIS na sequência com TE de 13 ms e PI é a RIS da sequência com ponderação intermediária. Os pacientes foram agrupados segundo o regime de transfusão de hemácias (regulares mensais versus esporádicas). RESULTADOS: Os grupos transfusionais foram comparados pelas variáveis clínico-laboratoriais, sendo significativas as diferenças entre RIS, CHEF e ferritina sérica: o grupo que recebeu transfusões regulares apresentou sobrecarga de ferro hepático mais intensa. CONCLUSÃO: A ressonância magnética foi ferramenta eficiente para avaliação de sobrecarga hepática de ferro em portadores de anemia falciforme.

Acoel flatworms are not Platyhelminthes: evidence from phylogenomics

Acoel flatworms are small marine worms traditionally considered to belong to the phylum Platyhelminthes. However, molecular phylogenetic analyses suggest that acoels are not members of Platyhelminthes, but are rather extant members of the earliest diverging Bilateria. This result has been called into question, under suspicions of a long branch attraction (LBA) artefact. Here we re-examine this problem through a phylogenomic approach using 68 different protein-coding genes from the acoel Convoluta pulchra and 51 metazoan species belonging to 15 different phyla. We employ a mixture model, named CAT, previously found to overcome LBA artefacts where classical models fail. Our results unequivocally show that acoels are not part of the classically defined Platyhelminthes, making the latter polyphyletic. Moreover, they indicate a deuterostome affinity for acoels, potentially as a sister group to all deuterostomes, to Xenoturbellida, to Ambulacraria, or even to chordates. However, the weak support found for most deuterostome nodes, together with the very fast evolutionary rate of the acoel Convoluta pulchra, call for more data from slowly evolving acoels (or from its sister-group, the Nemertodermatida) to solve this challenging phylogenetic problem.

Consequences of lineage-specific gene loss on functional evolution of surviving paralogs: ALDH1A and retinoic acid signaling in vertebrate genomes

Genome duplications increase genetic diversity and may facilitate the evolution of gene subfunctions. Little attention, however, has focused on the evolutionary impact of lineage-specific gene loss. Here, we show that identifying lineage-specific gene loss after genome duplication is important for understanding the evolution of gene subfunctions in surviving paralogs and for improving functional connectivity among human and model organism genomes. We examine the general principles of gene loss following duplication, coupled with expression analysis of the retinaldehyde dehydrogenase Aldh1a gene family during retinoic acid signaling in eye development as a case study. Humans have three ALDH1A genes, but teleosts have just one or two. We used comparative genomics and conserved syntenies to identify loss of ohnologs (paralogs derived from genome duplication) and to clarify uncertain phylogenies. Analysis showed that Aldh1a1 and Aldh1a2 form a clade that is sister to Aldh1a3-related genes. Genome comparisons showed secondarily loss of aldh1a1 in teleosts, revealing that Aldh1a1 is not a tetrapod innovation and that aldh1a3 was recently lost in medaka, making it the first known vertebrate with a single aldh1a gene. Interestingly, results revealed asymmetric distribution of surviving ohnologs between co-orthologous teleost chromosome segments, suggesting that local genome architecture can influence ohnolog survival. We propose a model that reconstructs the chromosomal history of the Aldh1a family in the ancestral vertebrate genome, coupled with the evolution of gene functions in surviving Aldh1a ohnologs after R1, R2, and R3 genome duplications. Results provide evidence for early subfunctionalization and late subfunction-partitioning and suggest a mechanistic model based on altered regulation leading to heterochronic gene expression to explain the acquisition or modification of subfunctions by surviving ohnologs that preserve unaltered ancestral developmental programs in the face of gene loss.

Copy number variations of colorectal cancer by whole exome sequencing data

Colorectal cancer (CRC) is the third most common cancer and the fourth leading cause of cancer death worldwide. About 85% of the cases of CRC are known to have chromosomal instability, an allelic imbalance at several chromosomal loci, and chromosome amplification and translocation. The aim of this study is to determine the recurrent copy number variant (CNV) regions present in stage II of CRC through whole exome sequencing, a rapidly developing targeted next-generation sequencing (NGS) technology that provides an accurate alternative approach for accessing genomic variations. 42 normal-tumor paired samples were sequenced by Illumina Genome Analyzer. Data was analyzed with Varscan2 and segmentation was performed with R package R-GADA. Summary of the segments across all samples was performed and the result was overlapped with DEG data of the same samples from a previous study in the group1. Major and more recurrent segments of CNV were: gain of chromosome 7pq(13%), 13q(31%) and 20q(75%) and loss of 8p(25%), 17p(23%), and 18pq(27%). This results are coincident with the known literature of CNV in CRC or other cancers, but our methodology should be validated by array comparative genomic hybridisation (aCGH) profiling, which is currently the gold standard for genetic diagnosis of CNV.

Genomic analysis of the blood attributed to Louis XVI (1754-1793), king of France.

A pyrographically decorated gourd, dated to the French Revolution period, has been alleged to contain a handkerchief dipped into the blood of the French king Louis XVI (1754-1793) after his beheading but recent analyses of living males from two Bourbon branches cast doubts on its authenticity. We sequenced the complete genome of the DNA contained in the gourd at low coverage (similar to 2.5x) with coding sequences enriched at a higher similar to 7.3x coverage. We found that the ancestry of the gourd's genome does not seem compatible with Louis XVI's known ancestry. From a functional perspective, we did not find an excess of alleles contributing to height despite being described as the tallest person in Court. In addition, the eye colour prediction supported brown eyes, while Louis XVI had blue eyes. This is the first draft genome generated from a person who lived in a recent historical period; however, our results suggest that this sample may not correspond to the alleged king.

Genome-wide analysis of adaptive molecular evolution in the carnivorous plant Utricularia gibba

The genome of the bladderwort Utricularia gibba provides an unparalleled opportunity to uncover the adaptive landscape of an aquatic carnivorous plant with unique phenotypic features such as absence of roots, development of water-filled suction bladders, and a highly ramified branching pattern. Despite its tiny size, the U. gibba genome accommodates approximately as many genes as other plant genomes. To examine the relationship between the compactness of its genome and gene turnover, we compared the U. gibba genome with that of four other eudicot species, defining a total of 17,324 gene families (orthogroups). These families were further classified as either 1) lineage-specific expanded/contracted or 2) stable in size. The U. gibba-expanded families are generically related to three main phenotypic features: 1) trap physiology, 2) key plant morphogenetic/developmental pathways, and 3) response to environmental stimuli, including adaptations to life in aquatic environments. Further scans for signatures of protein functional specialization permitted identification of seven candidate genes with amino acid changes putatively fixed by positive Darwinian selection in the U. gibba lineage. The Arabidopsis orthologs of these genes (AXR, UMAMIT41, IGS, TAR2, SOL1, DEG9, and DEG10) are involved in diverse plant biological functions potentially relevant for U. gibba phenotypic diversification, including 1) auxin metabolism and signal transduction, 2) flowering induction and floral meristem transition, 3) root development, and 4) peptidases. Taken together, our results suggest numerous candidate genes and gene families as interesting targets for further experimental confirmation of their functional and adaptive roles in the U. gibba's unique lifestyle and highly specialized body plan.

Genes y cosméticos: la nueva cosmetogenómica.

Es posible que haya a quien le pueda parecer poco ortodoxo que se relacionen, en un mismo artículo, genes y cosméticos. El objetivo de este artículo es abordar, a través de algunos ejemplos concretos, la relación que se establece precisamente entre ambos, y proponer que el futuro de la cosmética pasa, al menos en parte, por el conocimiento de la relación que se establece entre ellos y por la utilización de esta relación.

Prototypical Arthropod Gene Content and Genome Organisation in the Centipede Strigamia maritima

Myriapods (e.g., centipedes and millipedes) display a simple homonomous body plan relative to other arthropods. All members of the class are terrestrial, but they attained terrestriality independently of insects. Myriapoda is the only arthropod class not represented by a sequenced genome. We present an analysis of the genome of the centipede Strigamia maritima. It retains a compact genome that has undergone less gene loss and shuffling than previously sequenced arthropods, and many orthologues of genes conserved from the bilaterian ancestor that have been lost in insects. Our analysis locates many genes in conserved macro-synteny contexts, and many small-scale examples of gene clustering. We describe several examples where S. maritima shows different solutions from insects to similar problems. The insect olfactory receptor gene family is absent from S. maritima, and olfaction in air is likely effected by expansion of other receptor gene families. For some genes S. maritima has evolved paralogues to generate coding sequence diversity, where insects use alternate splicing. This is most striking for the Dscam gene, which in Drosophila generates more than 100,000 alternate splice forms, but in S. maritima is encoded by over 100 paralogues. We see an intriguing linkage between the absence of any known photosensory proteins in a blind organism and the additional absence of canonical circadian clock genes. The phylogenetic position of myriapods allows us to identify where in arthropod phylogeny several particular molecular mechanisms and traits emerged. For example, we conclude that juvenile hormone signalling evolved with the emergence of the exoskeleton in the arthropods and that RR-1 containing cuticle proteins evolved in the lineage leading to Mandibulata. We also identify when various gene expansions and losses occurred. The genome of S. maritima offers us a unique glimpse into the ancestral arthropod genome, while also displaying many adaptations to its specific life history.

Seqüenciamento e variabilidade do fragmento genômico de Xylella fastidiosa amplificado pelos iniciadores RST31/33

Xylella fastidiosa é agente causal de diversas doenças de importância econômica como a clorose variegada dos citros (Citrus spp.) (CVC), mal de Pierce da videira (Vitis vinifera), escaldadura da ameixeira (Prunus salicina) e requeima do cafeeiro (Coffea arabica). A seqüência nucleotídica do fragmento genômico, específico de X. fastidiosa, amplificado pelo par de iniciadores RST31/33 foi determinada para 38 isolados de citros e para isolados de videira, cafeeiro e ameixeira objetivando avaliar o nível de polimorfismo entre isolados e a identidade genômica do fragmento. Não foi observado polimorfismo de seqüência nucleotídica entre isolados de citros, mas foi detectado polimorfismo entre isolados de citros e de videira, cafeeiro e ameixeira. A presença do sítio de clivagem RsaI, que distingue isolados de citros e videira de isolados de ameixeira e outras espécies arbóreas, foi identificada em um isolado de ameixeira proveniente dos EUA mas não em outro proveniente do Brasil.

Estudo eletroquímico de Fe[Fe(CN)5NO] em eletrodo de pasta de grafite

Nitroprussiato de ferro (FeNP) foi sintetisado e caracterizado por Infravermelho e absorção atômica. FeNP foi incorporado em eletrodo de pasta de grafite empregando-se como técnica de estudo a voltametria cíclica. O comportamento eletroquímico do eletrodo de pasta de grafite contendo FeNP apresenta dois processos eletródicos com potencial médio (Em) de (Em)1 = 0,24 V e (Em)2 = 0,85 V ( KCl =1,0M; v = 20 mV.s-1 vs ECS) atribuídos aos pares redox ( FeII/FeIII ) e FeII(CN)5NO/ FeIII(CN)5NO, respectivamente. A intensidade de corrente dos pares redox aumenta, linearmente com a velocidade de varredura indicando um controle de adsorção. O eletrodo de pasta de grafite modificada com FeNP apresenta estabilidade por vários dias. O estudo eletroquímico do eletrodo de pasta de grafite modificada com FeNP foi examinado em várias soluções de eletrólitos suporte sendo que a natureza do cátion afetam a intensidade de corrente e os potenciais dos pares redox ,deslocando (Em)1 para potenciais mais positivos na sequência: K+ >Na+>Li+ enquanto que a natureza do anion (Cl-, NO3-,SO4=) não afeta os pares redox. Os voltamogramas obtidos em diferentes concentrações de KCl (0,05 - 2,5 M)exibem deslocamentos do (Em)1 para potencial de valores mais positivos. Este deslocamento é linear com a variação da concentração do eletrólito suporte. A inclinação da reta é de 66 mV por década de concentração indicando a ocorrência de um processo quase nernstiano. O potencial médio permanece praticamente constante em pH entre os valores de 3,0 e 8,0. Um outro processo eletródico com (Em)3 = 0,47 V ocorre em pH < 3, sendo este atribuído a formação de novas espécies intermediárias.

Desenvolvimento de metodologia analítica baseada em eletrodo de carbono vítreo modificado com filme de bismuto: aplicação em águas de chuva de regiões de Santa Catarina

Neste estudo foi desenvolvida uma metodologia analítica para determinação de 2,4-dinitrofenol (2,4-DNP) em amostras de águas de chuva de regiões de Santa Catarina utilizando a voltametria de onda quadrada (VOQ) e de forma ex situ. O estudo envolveu a aplicabilidade de utilizar o eletrodo de carbono vítreo modificado com filme de bismuto. A formação do filme de bismuto foi otimizada por voltametria cíclica e em seguida, estudos de pH e eletrólito de suporte foram investigados para a redução do 2,4-DNP. Os parâmetros analíticos que afetam a sensibilidade da VOQ foram otimizados. Na sequência, as figuras analíticas de mérito foram obtidas: faixa linear de trabalho de 3,2 x 10-7 - 4,6 x 10-6 mol L-1, coeficiente de correlação de 0,996, RSD% = 17,5 (1,3 x 10-6 mol L-1, n = 6), 11,7 (2,5 x 10-6 mol L-1, n = 6) e 6,4 ( 4,5 x 10-6 mol L-1, n = 6), limite de detecção de 1,2 x 10-7 mol L-1. E, finalmente estudos de recuperação foram realizados para avaliar a exatidão da metodologia. Valores obtidos ficaram entre 84-112% (2,5 x 10-6 mol L-1) e 89 - 113% (4,5 x 10-6 mol L-1).

Transmissão do Cowpea mild mottle virus pela mosca branca Bemisia tabaci biótipo B para plantas de feijão e soja

A necrose da haste da soja é causada por um vírus do gênero Carlavirus transmitido pela mosca branca Bemisia tabaci, também infectante de feijão e identificado como Cowpea mild mottle virus (CpMMV). Neste trabalho foram realizados testes para determinação do número de moscas-brancas B. tabaci biótipo B necessários para transmissão do vírus em feijoeiro e soja. Na sequência foram realizados dois outros testes, com 10 insetos por planta. Avaliaram-se períodos de acesso à aquisição (PAA) de 'Jalo' para 'Jalo', e o efeito de períodos de acesso à inoculação (PAI). Foram visualmente constatados sintomas típicos do carlavírus como mosaico, clareamento de nervuras, necrose sistêmica e redução de crescimento. Houve transmissão do vírus para 'BT-2' de feijão e 'BRS-132' de soja com apenas um inseto por planta, sendo mais eficaz nesta última espécie. A taxa de transmissão do vírus foi maior com o aumento do número de insetos por planta. E o PAA foi determinado após 15' de tempo para aquisição, e o PAI com 5 min e aumentando os períodos de acesso a aquisição e inoculação aumentou-se a taxa de transmissão.

Estudo da diversidade genética de Podosphaera xanthii através de marcadores AFLP e seqüências ITS

O meloeiro (Cucumis melo L.) é uma frutífera largamente cultivada no Brasil, principalmente no nordeste brasileiro, onde é produzida principalmente para a exportação. Plantas da família do meloeiro, como pepino e abóbora, podem ser severamente afetadas pelo oídio, causado por Podosphaera xanthii.. Este fungo apresenta diversas raças fisiológicas cuja correta identificação é importante para o manejo da doença, já que o uso de variedades resistentes é o método mais eficaz de seu controle. No entanto, a identificação destas raças por meio da prática tradicional de inoculações em uma série diferenciadora de variedades de meloeiro é laboriosa e passível de erros. Devido a isso, um método alternativo seria o uso de marcadores moleculares para determinar de forma rápida a identidade das raças. O objetivo deste estudo foi o de analisar a variabilidade entre isolados de P. xanthii previamente classificados em raças através da técnica de AFLP e do seqüenciamento da região ITS 5.8S do rDNA. A partir dos marcadores AFLP obteve-se um dendrograma no qual não houve separação dos isolados quanto às suas raças, origem geográfica ou hospedeiro de origem. Com esta técnica verificou-se alta variabilidade entre isolados, com similaridade genética máxima de 69% e similaridade mínima de 23%. Ao contrário da informação gerada por AFLP, não foi observada variação na sequência da região ITS 5.8S entre isolados. Desta forma, a análise por AFLP indicou que os isolados tem composição genética heterogênea muito embora este fato não tenha sido evidenciado pelo sequenciamento da região ITS.

Teratosphaeria nubilosa em plantações comerciais de Eucalyptus globulus nas regiões Sul e Sudeste do Brasil

Muitos patógenos, principalmente fungos, ocorrem em várias espécies de eucalipto, desde a fase de viveiro até os plantios adultos. Dentre as doenças fúngicas, destaca-se a mancha de micosferela, considerada uma das principais doenças, e o Eucalyptus globulus, uma das espécies mais suscetíveis. Esta doença é causada por várias espécies pertencentes aos gêneros Teratosphaeria e Mycosphaerella, sendo T. nubilosa de maior importância. O objetivo do presente estudo foi verificar a presença do fungo T.nubilosa em materiais coletados nos seguintes locais: Bagé-RS, Pedras Altas-RS, Botucatu-SP, Jacareí- SP e Itapeva-SP. Por meio de isolamentos a partir de folhas de E. globulus apresentando mancha de micosferela, foi possível a obtenção de isolados do fungo. A observação quanto ao padrão de germinação dos ascósporos, o seu crescimento micelial, e também por meio de PCR com primers da região genômica ITS1 e ITS4 e sequenciamento, e submissão ao GenBank, foi possível a determinação do gênero e da espécie do patógeno como T. nubilosa. Nos cinco locais estudados foi confirmada a presença deste agente causal de mancha de micosferela em plantios de E. globulus nas regiões Sul e Sudeste do Brasil.