Étude de la diversité génétique d’isolats québécois de Mycoplasma hyopneumoniae provenant d’infections simples ou mixtes et caractérisation de leur sensibilité aux antimicrobiens

Mycoplasma hyopneumoniae est l’agent causal de la pneumonie enzootique. On le retrouve dans plusieurs élevages de porcs à travers le monde. Même si ce micro-organisme est présent dans plusieurs troupeaux canadiens, peu d’informations sont présentement disponibles sur les isolats québécois. Un total de 160 poumons de porcs possédant des lésions de pneumonie ont été récupérés à l’abattoir, mis en culture et testés par PCR pour M. hyopneumoniae et Mycoplasma hyorhinis. D’autres pathogènes bactériens communs du porc et les virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (VSRRP), de l’influenza et le circovirus porcin de type 2 (CVP2) ont été également testés. Quatre-vingt-dix pourcent des échantillons étaient positifs pour M. hyopneumoniae et 5.6% l’étaient seulement pour M. hyorhinis. Dans ces échantillons positifs pour M. hyopneumoniae, la concentration de ce mycoplasme variait de 1.17 x 105 à 3.37 x 109 génomes/mL. Vingt-cinq poumons positifs en culture ou par PCR en temps réel pour M. hyopneumoniae ont été sélectionnés, parmi ceux-ci 10 étaient en coinfection avec Pasteurella multocida, 12 avec Streptococcus suis, 9 avec CVP2 et 2 avec le VSRRP. Les analyses des nombres variables de répétitions en tandem à de multiples loci (MLVA) et PCR-polymorphisme de longueur de fragments de restriction (PCR-RFLP) de M. hyopneumoniae ont démontré une forte diversité des isolats de terrain. Par contre, il semble y avoir plus d’homogénéité à l’intérieur d’un même élevage. L’analyse MLVA a également démontré que près de la moitié des isolats possédaient moins de 55% d’homologie avec les souches vaccinales et de référence utilisées dans la présente étude. L’absence d’amplification du locus 1 de M. hyopneumoniae en MLVA a été significativement associée à une baisse de la concentration de bactérie et de la sévérité des lésions. Pour tous les isolats de M. hyopneumoniae, des concentrations minimales inhibitrices (CMI) de faibles à intermédiaires ont été obtenues envers tous les antimicrobiens testés. Les isolats possédant des CMI intermédiaires envers les tétracyclines, les macrolides et les lincosamides ont été testés pour la présence des gènes de résistance tetM, ermB et pour des mutations ponctuelles dans les gènes des protéines L4, L22 et de l’ARNr 23S. Aucun de ces gènes n’a été détecté mais la mutation ponctuelle G2057A a été identifiée. Cette mutation est responsable de la résistance intrinsèque de M. hyopneumoniae face aux macrolides à 14 carbones. Ces résultats indiquent qu’il ne semble pas y avoir de résistance acquise aux antimicrobiens parmi ces isolats. En conclusion, cette recherche a permis d’obtenir de nouvelles données scientifiques sur les isolats québécois de M. hyopneumoniae.

L'expérience comme mode de détermination des faits dans le procès civil

L'utilisation de l'expérience comme un mode de détermination des faits, c'est-à-dire comme un élément qui comble les lacunes dans l'ensemble des éléments de preuve dans le procès civil, est un thème quelque peu tabou. La doctrine est souvent basée sur la prémisse voulant que le décideur rende une décision uniquement en vertu des éléments de preuve et qu'il doit absolument s'abstenir d'insérer aux constatations quoi que ce soit qui n'est pas présent dans les éléments de preuve. Cette vision est éloignée de la réalité juridique. Dans la première partie, nous allons aborder les principes procéduraux qui empêchent l'utilisation de l'expérience comme mode de détermination des faits. Ce sont le principe de la reconstruction de l'événement du passé, le principe de l'abstraction des connaissances acquises hors du procès et le principe de l'exclusion de la preuve par ouï-dire. Ensuite, nous portons notre attention sur les différents types d'expérience, c'est-à-dire l'expérience profane, divisible en bon sens et sens commun, et l'expérience scientifique, ainsi sur leurs modes de fonctionnement dans le procès civil. La première partie se termine par une brève confrontation des différents types d'expérience avec les principes procéduraux. La deuxième partie est consacré à l'analyse de l'expérience dans trois instruments juridiques: la connaissance d'office, la présomption de fait et le témoignage d'expert. Nous nous intéressons principalement à vérifier si l'expérience fonctionne à l'intérieur de ces instruments juridiques comme mode de détermination des faits et ensuite quelles sont les limites que le droit pose à l'expérience dans ce rôle. L'analyse va confirmer que le principal instrument par lequel l'expérience comme mode de détermination des faits pénètre dans le procès civil est la présomption de fait.

"Les mille tableaux du réel" : analyse de la perception dans La terre est ici d'Élise Turcotte

Ce mémoire porte sur le recueil de poèmes La terre est ici d’Élise Turcotte. Il s’attache à analyser les modalités par lesquelles le foyer de perception des sujets poétiques engendre un déplacement de la notion de « paysage » dans l’œuvre de Turcotte. Le premier chapitre étudie l’énonciation afin de retracer comment les subjectivités de La terre est ici investissent le langage et construisent le réel qui les entoure pour en donner une perception singulière. Le second chapitre analyse la création de cet espace visuel unique qui se déploie autour de la notion de « détail », tandis que le troisième et dernier chapitre s’intéresse à la remise en cause du statisme de la vision engendrant un « art de faire » qui tend plutôt vers la mise en scène et le mouvement. L’étude de cette scène comme convocation des sujets dans le langage permet de développer la conception de l’espace comme lieu pratiqué, où les multiples perceptions des sujets composent un « paysage » à la fois visuel, tout en donnant lieu à une possibilité d’action.

Étude des facteurs de perturbation de chambres d’ionisation sous conditions non standard

Durant la dernière décennie, les développements technologiques en radiothérapie ont transformé considérablement les techniques de traitement. Les nouveaux faisceaux non standard améliorent la conformité de la dose aux volumes cibles, mais également complexifient les procédures dosimétriques. Puisque des études récentes ont démontré l’invalidité de ces protocoles actuels avec les faisceaux non standard, un nouveau protocole applicable à la dosimétrie de référence de ces faisceaux est en préparation par l’IAEA-AAPM. Le but premier de cette étude est de caractériser les facteurs responsables des corrections non unitaires en dosimétrie des faisceaux non standard, et ainsi fournir des solutions conceptuelles afin de minimiser l’ordre de grandeur des corrections proposées dans le nouveau formalisme de l’IAEA-AAPM. Le deuxième but de l’étude est de construire des méthodes servant à estimer les incertitudes d’une manière exacte en dosimétrie non standard, et d’évaluer les niveaux d’incertitudes réalistes pouvant être obtenus dans des situations cliniques. Les résultats de l’étude démontrent que de rapporter la dose au volume sensible de la chambre remplie d’eau réduit la correction d’environ la moitié sous de hauts gradients de dose. Une relation théorique entre le facteur de correction de champs non standard idéaux et le facteur de gradient du champ de référence est obtenue. En dosimétrie par film radiochromique, des niveaux d’incertitude de l’ordre de 0.3% sont obtenus par l’application d’une procédure stricte, ce qui démontre un intérêt potentiel pour les mesures de faisceaux non standard. Les résultats suggèrent également que les incertitudes expérimentales des faisceaux non standard doivent être considérées sérieusement, que ce soit durant les procédures quotidiennes de vérification ou durant les procédures de calibration. De plus, ces incertitudes pourraient être un facteur limitatif dans la nouvelle génération de protocoles.

Optimisation du processus de développement du médicament grâce à la modélisation PK et les simulations d’études cliniques

Le développement d’un médicament est non seulement complexe mais les retours sur investissment ne sont pas toujours ceux voulus ou anticipés. Plusieurs médicaments échouent encore en Phase III même avec les progrès technologiques réalisés au niveau de plusieurs aspects du développement du médicament. Ceci se traduit en un nombre décroissant de médicaments qui sont commercialisés. Il faut donc améliorer le processus traditionnel de développement des médicaments afin de faciliter la disponibilité de nouveaux produits aux patients qui en ont besoin. Le but de cette recherche était d’explorer et de proposer des changements au processus de développement du médicament en utilisant les principes de la modélisation avancée et des simulations d’essais cliniques. Dans le premier volet de cette recherche, de nouveaux algorithmes disponibles dans le logiciel ADAPT 5® ont été comparés avec d’autres algorithmes déjà disponibles afin de déterminer leurs avantages et leurs faiblesses. Les deux nouveaux algorithmes vérifiés sont l’itératif à deux étapes (ITS) et le maximum de vraisemblance avec maximisation de l’espérance (MLEM). Les résultats de nos recherche ont démontré que MLEM était supérieur à ITS. La méthode MLEM était comparable à l’algorithme d’estimation conditionnelle de premier ordre (FOCE) disponible dans le logiciel NONMEM® avec moins de problèmes de rétrécissement pour les estimés de variances. Donc, ces nouveaux algorithmes ont été utilisés pour la recherche présentée dans cette thèse. Durant le processus de développement d’un médicament, afin que les paramètres pharmacocinétiques calculés de façon noncompartimentale soient adéquats, il faut que la demi-vie terminale soit bien établie. Des études pharmacocinétiques bien conçues et bien analysées sont essentielles durant le développement des médicaments surtout pour les soumissions de produits génériques et supergénériques (une formulation dont l'ingrédient actif est le même que celui du médicament de marque, mais dont le profil de libération du médicament est différent de celui-ci) car elles sont souvent les seules études essentielles nécessaires afin de décider si un produit peut être commercialisé ou non. Donc, le deuxième volet de la recherche visait à évaluer si les paramètres calculer d’une demi-vie obtenue à partir d'une durée d'échantillonnage réputée trop courte pour un individu pouvaient avoir une incidence sur les conclusions d’une étude de bioéquivalence et s’ils devaient être soustraits d’analyses statistiques. Les résultats ont démontré que les paramètres calculer d’une demi-vie obtenue à partir d'une durée d'échantillonnage réputée trop courte influençaient de façon négative les résultats si ceux-ci étaient maintenus dans l’analyse de variance. Donc, le paramètre de surface sous la courbe à l’infini pour ces sujets devrait être enlevé de l’analyse statistique et des directives à cet effet sont nécessaires a priori. Les études finales de pharmacocinétique nécessaires dans le cadre du développement d’un médicament devraient donc suivre cette recommandation afin que les bonnes décisions soient prises sur un produit. Ces informations ont été utilisées dans le cadre des simulations d’essais cliniques qui ont été réalisées durant la recherche présentée dans cette thèse afin de s’assurer d’obtenir les conclusions les plus probables. Dans le dernier volet de cette thèse, des simulations d’essais cliniques ont amélioré le processus du développement clinique d’un médicament. Les résultats d’une étude clinique pilote pour un supergénérique en voie de développement semblaient très encourageants. Cependant, certaines questions ont été soulevées par rapport aux résultats et il fallait déterminer si le produit test et référence seraient équivalents lors des études finales entreprises à jeun et en mangeant, et ce, après une dose unique et des doses répétées. Des simulations d’essais cliniques ont été entreprises pour résoudre certaines questions soulevées par l’étude pilote et ces simulations suggéraient que la nouvelle formulation ne rencontrerait pas les critères d’équivalence lors des études finales. Ces simulations ont aussi aidé à déterminer quelles modifications à la nouvelle formulation étaient nécessaires afin d’améliorer les chances de rencontrer les critères d’équivalence. Cette recherche a apporté des solutions afin d’améliorer différents aspects du processus du développement d’un médicament. Particulièrement, les simulations d’essais cliniques ont réduit le nombre d’études nécessaires pour le développement du supergénérique, le nombre de sujets exposés inutilement au médicament, et les coûts de développement. Enfin, elles nous ont permis d’établir de nouveaux critères d’exclusion pour des analyses statistiques de bioéquivalence. La recherche présentée dans cette thèse est de suggérer des améliorations au processus du développement d’un médicament en évaluant de nouveaux algorithmes pour des analyses compartimentales, en établissant des critères d’exclusion de paramètres pharmacocinétiques (PK) pour certaines analyses et en démontrant comment les simulations d’essais cliniques sont utiles.

La relation entre qualité de vie et santé : une question épistémologique.

Le lien entre qualité de vie et santé est complexe et représente un concept parapluie dont la définition est influencée par des éléments symboliques. Sur ce plan, si le statut socioéconomique sert de référence à un modèle de qualité de vie c’est parce que les paramètres et les critères de satisfaction de la vie sont souvent définis à partir des valeurs matérielles d’une culture située dans un contexte géopolitique et économique particulier. Dans cette recherche les données du terrain rural et les habitudes de vie des familles et de leur communauté sont mises en lien avec l’environnement et servent d’indicateurs s’opposant à certains résultats des statistiques épidémiologiques sur la santé. Ainsi, afin d’accéder à une analyse des fondements théoriques des liens entre une vie de qualité et la santé, les données empiriques récoltées dans le cadre d’une enquête heuristique ont été alliées aux concepts de satisfaction des besoins fondamentaux dans leurs rapports avec le milieu écologique et le contexte créé par l’actualisation des capitaux sociaux, culturels et économiques. Cette perspective d’analyse permit donc de brosser un tableau plus large et nuancé sur des déterminants de la santé jusqu’ici demeurés silencieux au sein des enquêtes épidémiologiques.

Lecture et réparation psychique : le potentiel thérapeutique du dispositif littéraire.

Réalisé en cotutelle internationale avec l'Université de Toulouse II-Le Mirail

La stratégie sénégalaise du faire faire et la construction du sens de la gouvernance de l’éducation non formelle

Traduction du titre en anglais: Making sense of governance in non-formal education : A critical analysis of the Senegalese faire faire strategy

Étude de cas sur l’ajout de vecteurs d’enregistrements typés dans Gambit Scheme

Dans le but d’optimiser la représentation en mémoire des enregistrements Scheme dans le compilateur Gambit, nous avons introduit dans celui-ci un système d’annotations de type et des vecteurs contenant une représentation abrégée des enregistrements. Ces derniers omettent la référence vers le descripteur de type et l’entête habituellement présents sur chaque enregistrement et utilisent plutôt un arbre de typage couvrant toute la mémoire pour retrouver le vecteur contenant une référence. L’implémentation de ces nouvelles fonctionnalités se fait par le biais de changements au runtime de Gambit. Nous introduisons de nouvelles primitives au langage et modifions l’architecture existante pour gérer correctement les nouveaux types de données. On doit modifier le garbage collector pour prendre en compte des enregistrements contenants des valeurs hétérogènes à alignements irréguliers, et l’existence de références contenues dans d’autres objets. La gestion de l’arbre de typage doit aussi être faite automatiquement. Nous conduisons ensuite une série de tests de performance visant à déterminer si des gains sont possibles avec ces nouvelles primitives. On constate une amélioration majeure de performance au niveau de l’allocation et du comportement du gc pour les enregistrements typés de grande taille et des vecteurs d’enregistrements typés ou non. De légers surcoûts sont toutefois encourus lors des accès aux champs et, dans le cas des vecteurs d’enregistrements, au descripteur de type.

Genetic diversity of Mycoplasma hyopneumoniae isolates of abattoir pigs.

Mycoplasma hyopneumoniae, the causative agent of porcine enzootic pneumonia, is present in swine herds worldwide. However, there is little information on strains infecting herds in Canada. A total of 160 swine lungs with lesions suggestive of enzootic pneumonia originating from 48 different farms were recovered from two slaughterhouses and submitted for gross pathology. The pneumonic lesion scores ranged from 2% to 84%. Eighty nine percent of the lungs (143/160) were positive for M. hyopneumoniae by real-time PCR whereas 10% (16/160) and 8.8% (14/160) were positive by PCR for M. hyorhinis and M. flocculare, respectively. By culture, only 6% of the samples were positive for M. hyopneumoniae (10/160). Among the selected M. hyopneumoniae-positive lungs (n = 25), 9 lungs were co-infected with M. hyorhinis, 9 lungs with PCV2, 2 lungs with PRRSV, 12 lungs with S. suis and 10 lungs with P. multocida. MLVA and PCR-RFLP clustering of M. hyopneumoniae revealed that analyzed strains were distributed among three and five clusters respectively, regardless of severity of lesions, indicating that no cluster is associated with virulence. However, strains missing a specific MLVA locus showed significantly less severe lesions and lower numbers of bacteria. MLVA and PCR-RFLP analyses also showed a high diversity among field isolates of M. hyopneumoniae with a greater homogeneity within the same herd. Almost half of the field isolates presented less than 55% homology with selected vaccine and reference strains.

Les parcours d'émancipation et les espaces de participation en santé mentale : un tremplin vers la citoyenneté

Au Québec, comme ailleurs en Occident, de plus en plus de personnes sont confrontées à une expérience de souffrance et d’exclusion qui les renvoie à la marge de la société. Cette thèse permet de saisir comment des personnes qui ont vécu une importante situation d'exclusion, entre autres, en raison de leur problème de santé mentale, en arrivent à se reconnaître comme des citoyennes en s'engageant dans leur communauté. Elle amène aussi à comprendre par quel cheminement ou parcours elles sont passées pour en arriver à s'émanciper des limites et contraintes qui pesaient sur elles. Enfin, elle éclaire le rôle joué par la participation à l'intérieur de leur parcours. Menée dans une perspective interdisciplinaire, cette recherche s’alimente de plusieurs courants théoriques tels que la sociologie, la psychanalyse, la science politique et le travail social. La notion de parcours d’émancipation permet de « s’émanciper » du modèle biomédical dominant en santé mentale en présentant une vision sociopolitique intégrant les dimensions individuelle et collective du changement. Elle amène à comprendre la constitution du « sujet-acteur » aux plans personnel et politique, c’est-à-dire le sujet qui advient par le travail de l’individu sur lui-même lui permettant de faire rupture avec son histoire passée et de la reconfigurer de manière à lui donner un nouveau sens, et l’acteur qui vient concrétiser la manifestation du sujet en actes, donc, la façon dont il s’actualise. La recherche met en évidence l’apport des organismes communautaires en santé mentale à ces parcours d’émancipation en identifiant les valeurs qui les animent et les dispositifs mis en place pour soutenir la transformation des personnes dans l’ensemble des dimensions de leur être : rapport à la « maladie », à soi, aux autres et au monde. En s’inspirant de Winnicott, on constate qu’ils constituent des espaces potentiels ou transitionnels qui donnent un ancrage sécuritaire et profond et qui jouent le rôle de « passeur d’être » permettant au sujet de s’actualiser et de devenir autonome. Ils apportent aussi une importante contribution à la réalisation des valeurs démocratiques et offrent des occasions aux personnes de se manifester en tant que « sujets-citoyens ».

Stability of preconditioned finite volume schemes at low Mach numbers

In [4], Guillard and Viozat propose a finite volume method for the simulation of inviscid steady as well as unsteady flows at low Mach numbers, based on a preconditioning technique. The scheme satisfies the results of a single scale asymptotic analysis in a discrete sense and comprises the advantage that this can be derived by a slight modification of the dissipation term within the numerical flux function. Unfortunately, it can be observed by numerical experiments that the preconditioned approach combined with an explicit time integration scheme turns out to be unstable if the time step Dt does not satisfy the requirement to be O(M2) as the Mach number M tends to zero, whereas the corresponding standard method remains stable up to Dt=O(M), M to 0, which results from the well-known CFL-condition. We present a comprehensive mathematical substantiation of this numerical phenomenon by means of a von Neumann stability analysis, which reveals that in contrast to the standard approach, the dissipation matrix of the preconditioned numerical flux function possesses an eigenvalue growing like M-2 as M tends to zero, thus causing the diminishment of the stability region of the explicit scheme. Thereby, we present statements for both the standard preconditioner used by Guillard and Viozat [4] and the more general one due to Turkel [21]. The theoretical results are after wards confirmed by numerical experiments.

Schauder – Zur Dekonstruktion eines Spürens

Zusammenfassung: Ziel der Arbeit ist den Sinn von Schauder philosophisch zu erhellen. An einem Einzelphänomen, wie es so bisher nicht behandelt wurde, wird zugleich das Geflecht von Affekt/Emotion/Gefühl, gestützt auf Hegel, Heidegger, Husserl, Freud und Lacan, in immer neuen Ansätzen kritisch reflektiert und Zug um Zug mit Derrida dekonstruiert. In einem Textverfahren, das sich auch grafisch durch gegenübergestellte Kolumnen auszeichnet, werden heterogene Ansätze zum Sinn von Schauder mit dekonstruktivistischen Einsichten konfrontiert. Die Ansätze, Schauder über Datum, Begriff, Phänomen oder Strukturelement bestimmen zu wollen, durchdringen sich dabei mit denjenigen, die sich einer solchen Bestimmung entziehen (Hegels Negativität, Heideggers Seinsentzug oder Lacans Signifikantenmangel). Am Fokus Schauder, an dem sich das Fiktive einer mit sich selbst identischen Präsenz besonders eindringlich darstellt, werden so spezifische Aporien der Metaphysik der Präsenz entfaltet und die Geschlossenheit logozentristischer Systeme in die Bewegung einer anderen Öffnung und Schließung im Sinn der Schrift bzw. des allgemeinen Textes transformiert. Neben der différance, dem Entzug der Metapher, dem Supplement und dem Gespenstischen stützt sich die Arbeit auf die Iterabilität, bei der im selben Zug die Identität des Sinns gestiftet und zerstreut wird (Dissemination). Im Kapitel Piloerection werden Ambivalenzen und Paradoxien des Schauders am Beispiel von computergestützten empirisch-psychologischen Studien aufgezeigt. Im Kapitel Atopologie des Schauders prädikative, propositionale und topologische Bedingungen zum Sinn von Schauder analysiert und dekonstruiert. Ebenso, im Folgekapitel Etymon, etymologische und technisch-mediale Bedingungen. Im Schlußkapitel Maß, Anmaß, Unmaß der Empfindung des Schauders wird am Beispiel der konkreten Beiträge zum Schauder von Aristoteles, Kant, Fechner, Otto, Klages, Lorenz und Adorno aufgezeigt, dass (1) ein Schauder nicht von einem Außen aus an-gemessen werden kann, (2) sich im Schauder die metaphysische Opposition von Fiktion und Realität in einer Unentscheidbarkeit zerstreut, (3) dass trotz der Heterogenität der Ansätze in diesen Beiträgen eine Komplizenschaft zum Ausdruck kommt: ein Begehren nach Präsenz, das durch den Ausschluß des Anderen zugleich die Gewalt des Einen produziert, (4) dass der Signifikant Schauder, der selbst in Abwesenheit eines Referenten, eines bestimmten Signifikats, einer aktuellen Bedeutungs­intention, eines Sen­ders oder Empfängers funktioniert, als verändertes Zu­rückbleiben eines differenzieller Zeichens betrachtet werden muss, als Effekt von Spuren, die sich nur in ihrem eige­nen Auslöschen ereignen. Die Arbeit schließt mit dem Vorschlag, Spüren jenseits von Arché, Telos oder Eschaton, jenseits eines Phallogozentrismus in der derridaschen Spur zu denken. Nicht zuletzt über diese Pfropfung, wie sie im Französischen [trace] so nicht möglich ist, schließt sie als deutschsprachiger Beitrag an sein Werk an.

Funktion und Biogenese kleiner RNAs in Dictyostelium discoideum

RNA mediated gene silencing pathways are highly conserved among eukaryotes and they have been well investigated in animals and in plants. Longer dsRNA molecules trigger the silencing pathways: RNase III proteins and their dsRNA binding protein (dsRBP) partners recognize those molecules as a substrate and process 21 nucleotide long microRNAs (miRNAs) or small interfering RNAs (siRNAs). Some organisms encode RNA dependent RNA polymerases (RdRPs), which are able to expand the pool of existing siRNAs. Argonaute proteins are able to bind small regulatory RNAs and are subsequently recruited to target mRNAs by base complementary. This leads in turn to transcriptional or posttranscriptional silencing of respective genes. The Dictyostelium discoideum genome encodes two Dicer homologues (DrnA and DrnB), five Argonaute proteins (AgnA to AgnE) and three RdRPs (RrpA to RrpC). In addition, the amoeba is known to express miRNAs and siRNAs, while the latter derive mainly from the DIRS-1 retrotransposon. One part of this work focused on the miRNA biogenesis pathway of D. discoideum. It was shown that the dsRNA binding protein RbdB is a necessary component for miRNA processing in the amoeba. There were no mature miRNAs detectable by Northern blot analysis in rbdB- strains, which is also true for drnB mutants. Moreover, primary miRNA-transcripts (pri-miRNAs) accumulated in rbdB- and drnB- strains. Fluorescence microscopy studies showed a nuclear localization of RbdB. RbdB accumulated in distinct perinucleolar foci. These were reminiscent of plant dicing bodies that contain essential protein components for miRNA processing. It is well known that RNase III enzymes and dsRBPs work together during miRNA processing in higher eukaryotes. This work demonstrated that the same is true for members of the amoebozoa supergroup. In Arabidopsis the nuclear zinc finger protein Serrate (SE) is also necessary for miRNA processing. The D. discoideum homologue SrtA, however, is not relevant which has been shown by the analysis of the respective knockdown strain. MiRNAs are known to be differentially expressed in several RNAi knockout strains. The accumulation of miRNAs in agnA- strains and a strong decrease in rbdB- strains were criteria that could thus be successfully used (among others) to identify and validate new miRNAs candidates by Illumina®-RNA sequencing. In another part of this study, the silencing and amplification of the DIRS-1 retrotransposons was analyzed in more detail. It was already known that DIRS-1 transcripts and extrachromosomal DIRS-1 DNA molecules accumulated in agnA- strains. This phenotype was correlated with the loss of endogenous DIRS-1 siRNAs in the knockout strain. By deep sequencing analysis of small RNAs from the AX2 wild type and the agnA- strain, the strong decrease of endogenous DIRS-1 siRNAs in the mutant strain (accounting for 70 %) could be confirmed. Further analysis of the data revealed an unequal distribution of DIRS-1 derived siRNAs along the retroelement in the wild type strain, since only very few of them matched the inverted terminal repeats (ITRs) and the 5’- half of the first open reading frame (ORF). Besides, sense and antisense siRNAs were asymmetrically distributed, as well. By using different reporter constructs it was shown indirectly that AgnA is necessary for the RrpC mediated production of secondary DIRS-1 siRNAs. These analyses also demonstrated an amplification of siRNAs in 5’- and in 3’-direction. Further analysis of the agnA- strain revealed that not only DIRS-1 sense transcripts but also ORF2 and ORF3 encoded proteins were enriched. In contrast, the ORF1 encoded protein GAG was equally expressed in the mutant and the wild type. This might reflect the unequal distribution of endogenous DIRS-1 siRNAs along the retrotransposon. Southern Blot and PCR-analyses showed that extrachromosomal DIRS-1 DNA molecules are present in the cytoplasm of angA- strains and that they are complementary to sense transcripts of intact DIRS-1 elements. Thus, the extrachromosomal DIRS-1 intermediates are likely incomplete cDNA molecules generated by the DIRS-1 encoded reverse transcriptase. One could hypothesize that virus like particles (VLPs) are the places of DIRS-1 cDNA synthesis. At least, DIRS-1 GAG proteins interact and fluorescence microscopy studies showed that they localize in distinct cytoplasmic foci which accumulate in close proximity to the nuclei.

Applying the Lessons of “Lean Now” to Transform the US Aerospace Enterprise

Lean is common sense and good business sense. As organizations grow and become more successful, they begin to lose insight into the basic truths of what made them successful. Organizations have to deal with more and more issues that may not have anything to do with directly providing products or services to their customers. Lean is a holistic management approach that brings the focus of the organization back to providing value to the customer. In August 2002, Mrs. Darleen Druyun, the Principal Deputy to the Assistant Secretary of the Air Force for Acquisition and government co-chairperson of the Lean Aerospace Initiative (LAI), decided it was time for Air Force acquisitions to embrace the concepts of lean. At her request, the LAI Executive Board developed a concept and methodology to employ lean into the Air Force’s acquisition culture and processes. This was the birth of the “Lean Now” initiative. An enterprise-wide approach was used, involving Air Force System Program Offices (SPOs), aerospace industry, and several Department of Defense agencies. The aim of Lean Now was to focus on the process interfaces between these “enterprise” stakeholders to eliminate barriers that impede progress. Any best practices developed would be institutionalized throughout the Air Force and the Department of Defense (DoD). The industry members of LAI agreed to help accelerate the government-industry transformation by donating lean Subject Matter Experts (SMEs) to mentor, train, and facilitate the lean events of each enterprise. Currently, the industry SMEs and the Massachusetts Institute of Technology are working together to help the Air Force develop its own lean infrastructure of training courses and Air Force lean SMEs. The first Lean Now programs were the F/A-22, Global Hawk, and F-16. Each program focused on specific acquisition processes. The F/A-22 focused on the Test and Evaluation process; the Global Hawk focused on Evolutionary Acquisitions; and the F-16 focused on improving the Contract Closeout process. Through lean, each enterprise made many significant improvements. The F/A-22 was able to reduce its Operational Flight Plan (OFP) Preparation and Load process time of 2 to 3 months down to 7 hours. The Global Hawk developed a new production plan that increases the annual production of its Integrated Sensor Suite from 3 per year to 6 per year. The F-16 enterprise generated and is working 12 initiatives that could result in a contract closeout cycle time reduction of 3 to 7 years. Each enterprise continues to generate more lean initiatives that focus on other areas and processes within their respective enterprises.