Genetic redundancy among durum wheat accessions as assessed with SSRs and endosperm proteins

Reducing duplication in ex-situ collections is complicated and requires good quality genetic markers. This study was conducted to assess the value of endosperm proteins and SSRs for validation of potential duplicates and monitoring intra-accession variability. Fifty durum wheat (Triticum turgidum ssp. durum) accessions grouped in 23 potential duplicates, and previously characterised for 30 agro-morphological traits, were analysed for gliadin and high molecular weight glutenin (HMWG) subunit alleles, total protein, and 24 SSRs, covering a wide genome area. Similarity and dissimilarity matrices were generated based on protein and SSRs alleles. For heterogeneous accessions at gliadins the percent pattern homology (PH) between gliadin patterns and the Nei’s coefficient of genetic identity (I) were computed. Eighteen duplicates identical for proteins showed none or less than 3 unshared SSRs alleles. For heterogeneous accessions PH and I values lower than 80 identified clearly off-types with more than 3 SSRs unshared. Only those biotypes differing in no more than one protein-coding locus were confirmed with SSRs. A good concordance among proteins, morphological traits, and SSR were detected. However, the discrepancy in similarity detected in some cases showed that it is advisable to evaluate redundancy through distinct approaches. The analysis in proteins together with SSRs data are very useful to identify duplicates, biotypes, close related genotypes, and contaminations

Diversidad y producción del estrato herbáceo bajo las copas de encima en una dehesa del centro peninsular.

La dehesa es el sistema agroforestal español más conocido y estudiado; hoy en día está protegido por la Directiva Hábitats 43/92/CEE (6310-Dehesas perennifolias de Quercus ssp.) e incluida en la red Natura 2000. El objetivo de este trabajo es analizar la contribución del arbolado a la producción y diversidad de los pastos herbáceos en la dehesa del centro peninsular. El trabajo se ha desarrollado en la finca “El Dehesón del Encinar” (Término Municipal de Oropesa, provincia de Toledo), en una parcela de 5 ha representativa de la dehesa tipo en la zona. Se muestrearon marcos de 50 x 50 cm de lado considerando dos posiciones bajo copa según la proximidad del tronco (1/2 radio y en el borde) en cuatro orientaciones: Norte, Sur, Este y Oeste, en 12 encinas en distintas localizaciones dentro de la parcela. Para cada marco de muestreo se estudió la composición florística completa de los pastos herbáceos y la contribución de cada especie a la producción en materia seca. Se utilizó un modelo GLM para ver la relación entre la riqueza específica y otras variables (producción, calidad de estación y situación bajo copa). La diversidad beta fue medida mediante el índice de Whittaker, comparando las comunidades herbáceas en las distintas situaciones presentes. En la zona de estudio encontramos que la calidad de los pastos herbáceos está íntimamente relacionada con la riqueza específica a través de la abundancia de leguminosas. Los valores superiores de riqueza se encontraron en los bordes de las copas del arbolado así como en encinas situadas en las zonas más ricas en leguminosas de la parcela general. Con respecto a la diversidad beta, no existen diferencias notables entre las comunidades de pastos herbáceos bajo las distintas encinas estudiadas; las localizaciones de la parcela con mayor riqueza específica y producción de leguminosas también muestran mayores diferencias (índices de Whittaker superiores) en la comparación de comunidades a distintas distancias del fuste (>50% de especies distintas). Constatamos y cuantificamos la importancia del estrato arbóreo en la producción y diversidad de los pastos herbáceos de la dehesa

Particle filtering for indoor RFID tag tracking

In this paper, we propose a particle filtering (PF) method for indoor tracking using radio frequency identification (RFID) based on aggregated binary measurements. We use an Ultra High Frequency (UHF) RFID system that is composed of a standard RFID reader, a large set of standard passive tags whose locations are known, and a newly designed, special semi-passive tag attached to an object that is tracked. This semi-passive tag has the dual ability to sense the backscatter communication between the reader and other passive tags which are in its proximity and to communicate this sensed information to the reader using backscatter modulation. We refer to this tag as a sense-a-tag (ST). Thus, the ST can provide the reader with information that can be used to determine the kinematic parameters of the object on which the ST is attached. We demonstrate the performance of the method with data obtained in a laboratory environment.

Uniformly reweighted belief propagation for distributed Bayesian hypothesis testing

Belief propagation (BP) is a technique for distributed inference in wireless networks and is often used even when the underlying graphical model contains cycles. In this paper, we propose a uniformly reweighted BP scheme that reduces the impact of cycles by weighting messages by a constant ?edge appearance probability? rho ? 1. We apply this algorithm to distributed binary hypothesis testing problems (e.g., distributed detection) in wireless networks with Markov random field models. We demonstrate that in the considered setting the proposed method outperforms standard BP, while maintaining similar complexity. We then show that the optimal ? can be approximated as a simple function of the average node degree, and can hence be computed in a distributed fashion through a consensus algorithm.

Diversity and Genetic structure of the Spanish collection of durum wheat (Triticum turgidum L) landraces

The objectives of this study were to assess diversity and genetic structure of a collection of Spanish durum wheat (Triticum turgidum L) landraces, using SSRs, DArTs and gliadin-markers, and to correlate the distribution of diversity with geographic and climatic features, as well as agro-morphological traits. A high level of diversity was detected in the genotypes analyzed, which were separated into nine populations with a moderate to great genetic divergence among them. The three subspecies taxa, dicoccon, turgidum and durum, present in the collection, largely determined the clustering of the populations. Genotype variation was lower in dicoccon (one major population) and turgidum (two major populations) than in durum (five major populations). Genetic differentiation by the agro-ecological zone of origin was greater in dicoccon and turgidum than in durum. DArT markers revealed two geographic substructures, east-west for dicoccon and northeast-southwest for turgidum. The ssp. durum had a more complex structure, consisting of seven populations with high intra-population variation. DArT markers allowed the detection of subgroups within some populations, with agro-morphological and gliadin differences, and distinct agro-ecological zones of origin. Two different phylogenetic groups were detected; revealing that some durum populations were more related to ssp. turgidum from northern Spain, while others seem to be more related to durum wheats from North Africa

Uncertainties in the modal estimation from output-only data in civil structures

Cualquier estructura vibra según unas frecuencias propias definidas por sus parámetros modales (frecuencias naturales, amortiguamientos y formas modales). A través de las mediciones de la vibración en puntos clave de la estructura, los parámetros modales pueden ser estimados. En estructuras civiles, es difícil excitar una estructura de manera controlada, por lo tanto, las técnicas que implican la estimación de los parámetros modales sólo registrando su respuesta son de vital importancia para este tipo de estructuras. Esta técnica se conoce como Análisis Modal Operacional (OMA). La técnica del OMA no necesita excitar artificialmente la estructura, atendiendo únicamente a su comportamiento en servicio. La motivación para llevar a cabo pruebas de OMA surge en el campo de la Ingeniería Civil, debido a que excitar artificialmente con éxito grandes estructuras no sólo resulta difícil y costoso, sino que puede incluso dañarse la estructura. Su importancia reside en que el comportamiento global de una estructura está directamente relacionado con sus parámetros modales, y cualquier variación de rigidez, masa o condiciones de apoyo, aunque sean locales, quedan reflejadas en los parámetros modales. Por lo tanto, esta identificación puede integrarse en un sistema de vigilancia de la integridad estructural. La principal dificultad para el uso de los parámetros modales estimados mediante OMA son las incertidumbres asociadas a este proceso de estimación. Existen incertidumbres en el valor de los parámetros modales asociadas al proceso de cálculo (internos) y también asociadas a la influencia de los factores ambientales (externas), como es la temperatura. Este Trabajo Fin de Máster analiza estas dos fuentes de incertidumbre. Es decir, en primer lugar, para una estructura de laboratorio, se estudian y cuantifican las incertidumbres asociadas al programa de OMA utilizado. En segundo lugar, para una estructura en servicio (una pasarela de banda tesa), se estudian tanto el efecto del programa OMA como la influencia del factor ambiental en la estimación de los parámetros modales. Más concretamente, se ha propuesto un método para hacer un seguimiento de las frecuencias naturales de un mismo modo. Este método incluye un modelo de regresión lineal múltiple que permite eliminar la influencia de estos agentes externos. A structure vibrates according to some of its vibration modes, defined by their modal parameters (natural frequencies, damping ratios and modal shapes). Through the measurements of the vibration at key points of the structure, the modal parameters can be estimated. In civil engineering structures, it is difficult to excite structures in a controlled manner, thus, techniques involving output-only modal estimation are of vital importance for these structure. This techniques are known as Operational Modal Analysis (OMA). The OMA technique does not need to excite artificially the structure, this considers its behavior in service only. The motivation for carrying out OMA tests arises in the area of Civil Engineering, because successfully artificially excite large structures is difficult and expensive. It also may even damage the structure. The main goal is that the global behavior of a structure is directly related to their modal parameters, and any variation of stiffness, mass or support conditions, although it is local, is also reflected in the modal parameters. Therefore, this identification may be within a Structural Health Monitoring system. The main difficulty for using the modal parameters estimated by an OMA is the uncertainties associated to this estimation process. Thus, there are uncertainties in the value of the modal parameters associated to the computing process (internal) and the influence of environmental factors (external), such as the temperature. This Master’s Thesis analyzes these two sources of uncertainties. That is, firstly, for a lab structure, the uncertainties associated to the OMA program used are studied and quantified. Secondly, for an in-service structure (a stress-ribbon footbridge), both the effect of the OMA program and the influence of environmental factor on the modal parameters estimation are studied. More concretely, a method to track natural frequencies of the same mode has been proposed. This method includes a multiple linear regression model that allows to remove the influence of these external agents.

Principales maderas tropicales utilizadas en España: Características, tecnología y aplicaciones

Se describen las características de las principales maderas tropicales con uso en España. La descripción incluye el nombre científico, sinonimias, nombres vulgares, su distribución en el mundo y en España, la descripción del fuste y de las trozas, con sus defectos más característicos, la descripción de la madera, sus características físicas, mecánicas, resistentes y durables. También se incluye sus aspectos tecnológicos, en el sentido de indicar que aspectos deben considerarse a la hora de trabajar estas maderas. Por último se indican los usos más comunes de las distintas maderas, las ventajas e inconvenientes frente a otras maderas Las especies principales que se describen son las siguientes: Algarrobo blanco, Prosopis alba, Grisebach Andiroba, Carapa guianensis, Aubl. Balsamo, Myroxylon balsamun, Harms. Sandwith. Barba jolote, Pithecolobium arboreum (L), Urban. Bubinga, Guibourtia tessmanii Caoba, Swietenia macrophylla, King. Cedro, Cedrela odorata, L. Cenizaro, Pithecellobium saman, (Jacq.) Benth Chinchon, Guarea grandiflora, A. DC. Cocobolo, Dalbergia retusa, Hemsl Cristobal, Platysmicium polystachyum Elondo o tali, Erythrophleum ivorensis Espavé, Anacardium excelsum, Skeels Gonzalo Alves, Astronium graveolens, Jacquin. Guayabillo, Terminalia lucida, Hoff. Guapaque, Dialium guianense, (Aubl.) Sandwith. Guayacán, Guaiacum sanctum, L. Huesito Homalium racemosum, Jacq. Ipe, Tabebuia guayacan, Hemsl. Iroko, Milicia excelsa Sim Jatoba, Hymenaea courbaril L. Machiche, Lonchocarpus castilloi, Standley. Manil, Symphonia globulifera, L. Marupa, Simarouba glauca, DC. Melina, Gmelina arborea, Roxb. Mongoy, Guibourtia ehie J. Léonard Nance, Byrsonima crassifolia (L.), H.B.K. Nazareno, Peltogyne purpurea Nispero, Manilkara zapota, (L.) Van royen. Palo blanco, Cybitax donnell- smith , Seibert. Pino amarillo, Erblichia odorata Piojo, Tapirira guianensis, Aubl. Quaruba, Vochysia guatemalensis, Donnell Smith Quira, Platysmicium pinnatum. Redondo, Magnolia yoroconte, Dandy. Rosul, Dalbergia tucurensis, Donn-Smith. Sande, Brossimiun ssp San juan areno, Ilex ssp. Saqui-saqui, Bombacopsis quinatum, (Jacq.) Dugand Santa maría, Calophyllum brasílíense Camb. Sapelly, Entandrophragma cylindricum Sprague Tamboril, Enterolobium cyclocarpum, Gris Teca, Tectona grandis, L.F.. Ukola, Tieghemella africana Ururucana, Hieronyma alchorneoides, Allem