Promoter architecture of mouse olfactory receptor genes.

Odorous chemicals are detected by the mouse main olfactory epithelium (MOE) by about 1100 types of olfactory receptors (OR) expressed by olfactory sensory neurons (OSNs). Each mature OSN is thought to express only one allele of a single OR gene. Major impediments to understand the transcriptional control of OR gene expression are the lack of a proper characterization of OR transcription start sites (TSSs) and promoters, and of regulatory transcripts at OR loci. We have applied the nanoCAGE technology to profile the transcriptome and the active promoters in the MOE. nanoCAGE analysis revealed the map and architecture of promoters for 87.5% of the mouse OR genes, as well as the expression of many novel noncoding RNAs including antisense transcripts. We identified candidate transcription factors for OR gene expression and among them confirmed by chromatin immunoprecipitation the binding of TBP, EBF1 (OLF1), and MEF2A to OR promoters. Finally, we showed that a short genomic fragment flanking the major TSS of the OR gene Olfr160 (M72) can drive OSN-specific expression in transgenic mice.

Avaluació de la teratogènia in vitro mitjançant el cultiu d’embrions sencers (WEC)

Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada a la Charité - Universitätsmedizin Berlin, Alemanya, entre novembre i desembre del 2007. En aquest treball es presenta el protocol a seguir per a dur a terme el cultiu d’embrions sencers in vitro (Whole Embryo Culture, WEC). Amb aquest protocol es pretén implementar la tècnica del WEC en el laboratori de la Unitat de Toxicologia de la Facultat de Farmàca (UB), seguint la metodologia apresa durant l’estada i deixant per escrit tots els passos seguits i el material i la metodologia concreta de cadascun d’ells. En el WEC es cultiven embrions de rata de 9.5 dies durant 48h en ampolles rotatòries en un medi líquid i amb una fase gasosa controlats. Durant el cultiu, tenen lloc dos processos principals: el plegament de l’embrió i l’organogènesi. Els embrions durant els dos dies que dura el cultiu es pleguen en els plans transversal i sagital, passant d’un embrió pla a un altre de cilíndric en forma de “C”. En aquest període, a més, es produeixen importants processos d’organogènesi com la neurulació, la formació de la cresta neural, dels somites, dels vasos sanguinis - el cor inclòs- i de la sang. Es comencen a formar la placoda nasal, la vesícula oftàlmica, la vesícula òtica, les extremitats superiors i inferiors i la cua. En la memòria adjunta es descriuen amb detall els processos d'aparellament dels animals, preparació del material i del medi de cultiu, el procés d'aïllament del embrions en el dia 9.5, les condicions de cultiu i l'avaluació dels embrions en el dia 11.5. Finalment es presenten resultats d'embrions en situació control amb un correcte desenvolupament i es mostra com, al final de l'estada, es va aconseguir el cultiu d’embrions control amb un desenvolupament correcte i estadísticament sense diferències respecte als diferents paràmetres mesurats en comparació amb els embrions control de la Charité-Universitätsmedizin de Berlin.

Millores en l'aplicació ekon SCRUM

Unit4 va començar a implantar en els seus equips de desenvolupament a nivell estatal la metodologia SCRUM. Amb els temps, es va tenir la necessitat de informatitzar el procés d'SCRUM. És per això que l'any 2009 es va iniciar el desenvolupament d'un software per aquest objectiu. L'actual projecte, doncs, parteix de la necessitat d'acabar de desenvolupar algunes parts essencials per al bon funcionament del software ekon SCRUM.

El perdó de l’ofés: la via adecuada per alleugerir les càrregues de la justícia? Estudi de la institució i de les alternatives per rendibilitzar els recursos de l’Administració de justícia

En aquesta recerca aportem les conclusions de la nostra investigació sobre la figura del perdó de l’ofès i la seva possible virtualitat com a mitjà per alleugerir l’Administració de Justícia. En primer lloc, analitzem la institució del perdó de l’ofès, en concret, la seva regulació en el nostre Codi penal, els seus antecedents històrics i aportem certes dades de Dret comparat que poden ajudar a l’estudi crític de la institució (1). En la segona part, estudiem els arguments a favor i en contra del perdó de l’ofès dins el sistema penal i ens pronunciem sobre la seva legitimitat com a mecanisme per rendibilitzar l’Administració de Justícia (2). En la tercera part, sobre la base de les conclusions anteriors, aportem una reflexió sobre les alternatives al perdó de l’ofès (3). Per últim, en la darrera part, formulem la nostra proposta final sobre els mecanismes per rendibilitzar els recursos de l’Administració de Justícia (4). Segons el nostre estudi, el perdó de l’ofès no és un bon mecanisme per alleugerir la feina de l’Administració de Justícia. En canvi, la reparació i la conciliació si poden operar com a substitutius de la pena en els supòsits de delictes de menor gravetat; en els processos penals per aquests delictes caldria introduir un intent obligatori de conciliació, com el del § 380 StPO alemany i, a més, convindria preveure en el Codi penal la facultat del jutge d’eliminar la responsabilitat penal en determinats supòsits de reparació de l’autor a la víctima del delicte.

Schistosomiasis epidemiology and control: how did we get here and where should we go?

Although a disease of great antiquity, scientific studies of schistosomiasis began only 150 years ago. The complete life-cycle was not described until just before the First World War, making it possible at last to plan proper community control programmes. Inadequate tools prevented their effective implementation until well after the Second World War when new tools became available, thanks to the newly formed World Health Organization. Molluscicides spearheaded control programmes until the late 1970s but were then replaced by the newly developed, safe drugs still used today. Whatever the method used, the initial goal of eradication was, in the light of experience and cost, gradually replaced by less ambitious targets; first to stop transmission and then to reduce morbidity. The most successful programmes combined several methods to minimise reinfection after chemotherapy. Comparisons between different programmes are difficult without using appropriate, standardised diagnostic techniques and the correct epidemiological measurements. Some examples will be presented, mainly from our studies on Schistosoma mansoni in Kenya. Drug resistance on a scale comparable with malaria has not occurred in schistosomiasis but the likely withdrawal of all drugs except praziquantel leaves its control extremely vulnerable to this potential problem. An effective, affordable vaccine for use in endemic countries is unlikely to be ready for at least 5 years, and developing strategies for its use could take a further decade or more, judging from experience with drugs and molluscicides. In the interim, by analogy with malaria, the most cost-effective approach would the use of drugs combined with other methods to stop transmission, including molluscicides. The cost of molluscicides needs to be reduced and fears allayed about their supposedly adverse ecological effects.

Information systems for water resources management improvement in developing countries

Water resources management, as also water service provision projects in developing countries have difficulties to take adequate decisions due to scarce reliable information, and a lack of proper information managing. Some appropriate tools need to be developed in order to improve decision making to improve water management and access of the poorest, through the design of Decision Support Systems (DSS). On the one side, a DSS for developing co-operation projects on water access improvement has been developed. Such a tool has specific context constrains (structure of the system, software requirements) and needs (Logical Framework Approach monitoring, organizational-learning, accountability and evaluation) that shall be considered for its design. Key aspects for its successful implementation have appeared to be a participatory design of the system and support of the managerial positions at the inception phase. A case study in Tanzania was conducted, together with the Spanish NGO ONGAWA – Ingeniería para el Desarrollo. On the other side, DSS are required also to improve decision making on water management resources in order to achieve a sustainable development that not only improves the living conditions of the population in developing countries, but that also does not hinder opportunities of the poorest on those context. A DSS made to fulfil these requirements shall be using information from water resources modelling, as also on the environment and the social context. Through the research, a case study has been conducted in the Central Rift Valley of Ethiopia, an endhorreic basin 160 km south of Addis Ababa. There, water has been modelled using ArcSWAT, a physically based model which can assess the impact of land management practices on large complex watersheds with varying soils, land use and management conditions over long periods of time. Moreover, governance on water and environment as also the socioeconomic context have been studied.

El perdó de l’ofés: la via adequada per alleugerir les càrregues de la justícia? Estudi de la institució i de les alternatives per rendibilitzar els recursos de l’Administració de justícia

En aquesta recerca aportem les conclusions de la nostra investigació sobre la figura del perdó de l’ofès i la seva possible virtualitat com a mitjà per alleugerir l’Administració de Justícia. En primer lloc, analitzem la institució del perdó de l’ofès, en concret, la seva regulació en el nostre Codi penal, els seus antecedents històrics i aportem certes dades de Dret comparat que poden ajudar a l’estudi crític de la institució (1). En la segona part, estudiem els arguments a favor i en contra del perdó de l’ofès dins el sistema penal i ens pronunciem sobre la seva legitimitat com a mecanisme per rendibilitzar l’Administració de Justícia (2). En la tercera part, sobre la base de les conclusions anteriors, aportem una reflexió sobre les alternatives al perdó de l’ofès (3). Per últim, en la darrera part, formulem la nostra proposta final sobre els mecanismes per rendibilitzar els recursos de l’Administració de Justícia (4). Segons el nostre estudi, el perdó de l’ofès no és un bon mecanisme per alleugerir la feina de l’Administració de Justícia. En canvi, la reparació i la conciliació si poden operar com a substitutius de la pena en els supòsits de delictes de menor gravetat; en els processos penals per aquests delictes caldria introduir un intent obligatori de conciliació, com el del § 380 StPO alemany i, a més, convindria preveure en el Codi penal la facultat del jutge d’eliminar la responsabilitat penal en determinats supòsits de reparació de l’autor a la víctima del delicte.

Post Mortem Inquiry - Progress Report To The Minister for Health and Children

The Inquiry is of the view that the Terms of Reference are wide ranging and comprehensive. The issue of organ retention is not one which may be examined properly in isolation and involves consideration of many issues,  most notably the legal context within which the matters arise. The issue is one which needs to be seen in its proper context so that it may be properly and fully understood. Progress Report Addendum to Progress Report

Large agminated cellular 'plaque-type' blue nevus surrounding the ear: a case and review.

Large or giant cellular blue nevi are usually congenital and represent a challenge for the physician. Close anatomic structures may be altered by the size of the moles. In this article, we report the case of an uncommon large, agminated, cellular blue nevus of the 'plaque type' in a 42-year-old female. Due to the risks of malignant melanoma development on a large or giant blue nevus, we highlight the importance of proper histopathological diagnosis. Furthermore, because of the possibility that the nevus may invade the bone and cerebral tissues, we discuss the indication of a radiological diagnosis. The accurate correlation to clinical and histopathological findings and appropriate multidisciplinary management can save the lives of patients. © 2013 S. Karger AG, Basel.

Hyaline fibromatosis syndrome inducing mutations in the ectodomain of anthrax toxin receptor 2 can be rescued by proteasome inhibitors.

Hyaline Fibromatosis Syndrome (HFS) is a human genetic disease caused by mutations in the anthrax toxin receptor 2 (or cmg2) gene, which encodes a membrane protein thought to be involved in the homeostasis of the extracellular matrix. Little is known about the structure and function of the protein or the genotype-phenotype relationship of the disease. Through the analysis of four patients, we identify three novel mutants and determine their effects at the cellular level. Altogether, we show that missense mutations that map to the extracellular von Willebrand domain or the here characterized Ig-like domain of CMG2 lead to folding defects and thereby to retention of the mutated protein in the endoplasmic reticulum (ER). Mutations in the Ig-like domain prevent proper disulphide bond formation and are more efficiently targeted to ER-associated degradation. Finally, we show that mutant CMG2 can be rescued in fibroblasts of some patients by treatment with proteasome inhibitors and that CMG2 is then properly transported to the plasma membrane and signalling competent, identifying the ER folding and degradation pathway components as promising drug targets for HFS.

Search for Borrelia sp. in ticks collected from potential reservoirs in an urban forest reserve in the State of Mato Grosso do Sul, Brazil: a short report

A total of 128 ticks of the genus Amblyomma were recovered from 5 marsupials (Didelphis albiventris) - with 4 recaptures - and 17 rodents (16 Bolomys lasiurus and 1 Rattus norvegicus) captured in an urban forest reserve in Campo Grande, State of Mato Grosso do Sul, Brazil. Of the ticks collected, 95 (78.9%) were in larval form and 22 (21.1%) were nymphs; the only adult (0.8%) was identified as A. cajennense. Viewed under dark-field microscopy in the fourth month after seeding, 9 cultures prepared from spleens and livers of the rodents, blood of the marsupials, and macerates of Amblyomma sp. nymphs revealed spiral-shaped, spirochete-like structures resembling those of Borrelia sp. Some of them showed little motility, while others were non-motile. No such structures could be found either in positive Giemsa-stained culture smears or under electron microscopy. No PCR amplification of DNA from those cultures could be obtained by employing Leptospira sp., B. burgdorferi, and Borrelia sp. primers. These aspects suggest that the spirochete-like structures found in this study do not fit into the genera Borrelia or Leptospira, requiring instead to be isolated for proper identification.

Interrupcions en el procés de la rehabilitació en pacients ancians ingressats en una unitat de convalescència geriàtrica: factors associats i conseqüències

Objectius: Determinar la prevalença, causes i conseqüències de la interrupció de la rehabilitació (IR) en pacients ingressats en una unitat de convalescència geriàtrica. Mètode: S’ha realitzat un estudi prospectiu d’una cohort de 300 pacients ingressats consecutivament en una unitat de convalescència per a avaluació integral i rehabilitació durant 10 mesos. IR s’ha definit com la interrupció del programa de rehabilitació estàndard durant &3 dies consecutius degut a una causa mèdica, cognitiva o afectiva. S’han registrat possibles factors que podien relacionar-se amb interrupció de la rehabilitació, recollits en el procés de l’avaluació geriàtrica integral feta al moment d’ingrés a la unitat. Aquests factors són: edat, sexe, situació funcional prèvia a l’ingrés actual (puntuació en els índex de Lawton i Barthel), presència de síndromes geriàtriques (úlceres per pressió, desnutrició, restrenyiment, incontinència esfinteriana, polifarmàcia, immobilitat i confusió mental), capacitat funcional en el moment d’ingrés i alta de la unitat (puntuació en Índex de Barthel), funció cognitiva (mesurat amb el MMSE de Folstein), depressió (mesurat amb el GDS-Yesavage 15) i comorbiditat (mesurat amb l’Índex de Charlson). S’ha analitzat l’eficiència del procés rehabilitador (guany en punts en Índex de Barthel per dia d’estada a la unitat) i la destinació d’alta. Resultats: Han presentat IR 54 (22%) dels 247 pacients que han iniciat el programa. Les principals causes d’interrupció han estat infecció aguda (35%), agudització de patologia crònica (22%) i confusió (18%). En l’anàlisi univariant les variables significativament relacionades amb la interrupció de la rehabilitació són: la presència d’úlceres per pressió (38,9% vs 15,0%; p&0,001), de desnutrició (63,0% vs 44,0%; p&0,02), d’incontinència urinària (59,3% vs 27,5%; p&0,001), d’immobilitat (33,3% vs 9,8%; p&0,001), de confusió (22,2% vs 10,4%; p&0,03) i la puntuació baixa en l’índex de Barthel en el moment de l’ingrés (26,7+/-15,3 vs 30,1+/-19,7; p&0,001). En l’anàlisi multivariant, només han resultat significatives la presència d’incontinència i d’úlceres per pressió al moment d’ingrés a la unitat. L’eficiència rehabilitadora en el grup IR ha estat de 0,1 ± 0,9, i de 0,8 ± 0,7 en els restants (p&0.001). Només 24% dels pacients del grup IR han sigut donats d’alta a domicili, comparat amb el 82% del grup no IR (p&0.001). Conclusions: IR és freqüent en malalts ingressats per a rehabilitació geriàtrica i es relaciona amb pobre eficiència rehabilitadora i menor freqüència d’alta a domicili. Pacients amb incontinència o úlceres per pressió al moment d’ingrés a la unitat s’ha vist que tenen més possibilitats d’interrompre la rehabilitació i podrien beneficiar-se d’un seguiment proper abans i durant la rehabilitació.

The generator problem for Z-stable C*-algebras

The generator problem was posed by Kadison in 1967, and it remains open until today. We provide a solution for the class of C*-algebras absorbing the Jiang-Su algebra Z tensorially. More precisely, we show that every unital, separable, Z-stable C*-algebra A is singly generated, which means that there exists an element x є A that is not contained in any proper sub-C*- algebra of A. To give applications of our result, we observe that Z can be embedded into the reduced group C*-algebra of a discrete group that contains a non-cyclic, free subgroup. It follows that certain tensor products with reduced group C*-algebras are singly generated. In particular, C*r (F ∞) ⨂ C*r (F ∞) is singly generated.

Regulation of membrane trafficking and organ separation by the NEVERSHED ARF-GAP protein.

Cell separation, or abscission, is a highly specialized process in plants that facilitates remodeling of their architecture and reproductive success. Because few genes are known to be essential for organ abscission, we conducted a screen for mutations that alter floral organ shedding in Arabidopsis. Nine recessive mutations that block shedding were found to disrupt the function of an ADP-ribosylation factor-GTPase-activating protein (ARF-GAP) we have named NEVERSHED (NEV). As predicted by its homology to the yeast Age2 ARF-GAP and transcriptional profile, NEV influences other aspects of plant development, including fruit growth. Co-localization experiments carried out with NEV-specific antiserum and a set of plant endomembrane markers revealed that NEV localizes to the trans-Golgi network and endosomes in Arabidopsis root epidermal cells. Interestingly, transmission electron micrographs of abscission zone regions from wild-type and nev flowers reveal defects in the structure of the Golgi apparatus and extensive accumulation of vesicles adjacent to the cell walls. Our results suggest that NEV ARF-GAP activity at the trans-Golgi network and distinct endosomal compartments is required for the proper trafficking of cargo molecules required for cell separation.

Molecular mechanisms for the transcriptional regulation of the Connexin36 gene expression in insulin-secreting cells

Résumé Régulation de l'expression de la Connexin36 dans les cellules sécrétrices d'insuline La communication intercellulaire est en partie assurée via des jonctions communicantes de type "gap". Dans la cellule ß pancréatique, plusieurs observations indiquent que le couplage assuré par des jonctions gap formées parla Connexine36 (Cx36) est impliqué dans le contrôle de la sécrétion de l'insuline. De plus, nous avons récemment démontré qu'un niveau précis d'expression de la Cx36 est nécessaire pour maintenir une bonne coordination de l'ensemble des cellules ß, et permettre ainsi une sécrétion synchrone et contrôlée d'insuline. Le développement du diabète et du syndrome métabolique est partiellement dû à une altération de la capacité des cellules ß à sécréter de l'insuline en réponse à une augmentation de la glycémie. Cette altération est en partie causée par l'augmentation prolongée des taux circulant de glucose, mais aussi de lipides, sous la forme d'acides gras libres, et de LDL (Low Density Lipoproteins), particules assurant le transport des acides gras et du cholestérol dans le sang. Nous avons étudié la régulation de l'expression de la Cx36 dans différentes conditions reflétant la physiopathologie du diabète de type 2 et du syndrome métabolique et démontré qu'une exposition prolongée à des concentrations élevées de glucose, de LDL, ainsi que de palmitate (acide gras saturé le plus abondant dans l'organisme), inhibent l'expression de la Cx36 dans les cellules ß. Cette inhibition implique l'activation de la PKA (Proteine Kinase A), qui stimule à son tour l'expression du facteur de transcription ICER-1 (Inductible cAMP Early Repressor-1). Ce puissant répresseur se fixe spécifiquement sur un motif CRE (cAMP Response Element), situé dans le promoteur du gène de la Cx36, inhibant ainsi son expression. Nous avons de plus démontré que des cytokines pro-inflammatoires, qui pourraient contribuer au développement du diabète, inhibent également l'expression de la Cx36. Cependant, les cytokines agissent indépendamment du répresseur ICER-1, mais selon un mécanisme requérant l'activation de l'AMPK (AMP dependant protein kinase). Sachant qu'un contrôle précis des niveaux d'expression de la Cx36 est un élément déterminant pour une sécrétion optimale de l'insuline, nos résultats suggèrent que la Cx36 pourrait être impliquée dans l'altération de la sécrétion de l'insuline contribuant à l'apparition du diabète de type 2. Summary A particular way by which cells communicate with each other is mediated by gap junctions, transmembrane structures providing a direct pathway for the diffusion of small molecules between adjacent cells. Gap junctional communication is required to maintain a proper functioning of insulin-secreting ß-cells. Moreover, the expression levels of connexin36 (Cx36), the sole gap junction protein expressed in ß-cells, are critical in maintaining glucose-stimulated insulin secretion. Chronic hyperglycemia and hyperlipidemia exert deleterious effects on insulin secretion and may contribute to the progressive ß-cell failure linked to the development of type 2 diabetes and metabolic syndrome. Since modulations of the Cx36 levels might impair ß-cell function, the general aim of this work was to elucidate wether elevated levels of glucose and lipids affect Cx36 expression. The first part of this work was dedicated to the study of the effect of high glucose concentrations on Cx36 expression. We demonstrated that glucose transcriptionally down-regulates the expression of Cx36 in insulin-secreting cells through activation of the protein kinase A (PKA), which in turn stimulates the expression of the inducible cAMP early repressor-1 (ICER-1). This repressor binds to a highly conserved cAMP response element (CRE) located in the Cx36 promoter, thereby inhibiting Cx36 expression. The second part of this thesis consisted in studying the effects of sustained exposure to free fatty acids (FFA) and human lipoproteins on Cx36 levels. The experiments revealed that the most abundant FFA, palmitate, as well as the atherogenic low density lipoproteins (LDL), also stimulate ICER-1 expression, resulting in Cx36 down-regulation. Finally, the third part of the work focused on the consequences of long-term exposure to proinflammatory cytokines on Cx36 content. Interleukin-1 ß (IL-1 ß) inhibits Cx36 expression and its effect is potentialized by tumor necrosis factor α (TNFα) and interferon γ (IFNγ). We further unveiled that the cytokines effect on Cx36 levels requires activation of the AMP dependent protein kinase (AMPK). Prolonged exposures to glucose, palmitate, LDL, and pro-inflammatory cytokines have all been proposed to contribute to the development of diabetes and metabolic syndrome. Since Cx36 expression levels are critical to maintain ß-cell function, Cx36 down-regulation by glucose, lipids, and cytokines might participate to the ß-cell failure associated with diabetes development.